Αφηρημένο

Στόχος

Για τον προσδιορισμό των προτύπων έκφρασης των ρυθμιστικών αρχών NF-κΒ και γονιδίων-στόχων σε καρκίνωμα σαφή κυττάρων νεφρικών κυττάρων (ccRCC), η συσχέτιση τους με von Hippel Lindau (VHL) μετάλλαξης κατάστασης, και την ένωσή τους με τα αποτελέσματα της επιβίωσης.

Μέθοδοι

μετα-αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν σε δημοσιευθεί σύνολα δεδομένων γονιδιακής έκφρασης ccRCC από RankProd, μια μη-παραμετρική στατιστική μέθοδο. Βαθμούς με ένα False Discovery Rate της & lt? 0,05 με τη μέθοδο αυτή θεωρήθηκαν σημαντικές, και διασταυρώνεται με επιμέλεια λίστα των ρυθμιστικών αρχών και των στόχων του NF-κΒ να καθορίσει τη φύση και την έκταση του NF-κΒ απορρύθμιση σε ccRCC.

Αποτελέσματα

Ένα άκρως -disproportionate κλάσμα (~ 40%?

ρ

& lt? 0.001) των ρυθμιστών ΝΡ-κΒ και γονιδίων-στόχων βρέθηκαν να είναι προς τα πάνω ρυθμισμένα σε ccRCC, ενδεικτική αυξημένη δραστικότητα ΝΡ-κΒ σε αυτού του καρκίνου. Ένα υποσύνολο αυτών των γονιδίων, η οποία περιλαμβάνει ένα ρυθμιστή κλειδί ΝΡ-κΒ (

IKBKB

) και καθιέρωσε μεσολαβητές της κυτταρικής επιβίωσης και προ-φλεγμονώδεις αποκρίσεις ΝΡ-κΒ (

ΜΜΡ9

,

PSMB9

, και

SOD2

), συσχετίζονται με υψηλότερο σχετικό κίνδυνο, φτωχότερη πρόγνωση και μειωμένη συνολική επιβίωση των ασθενών. Παραδόξως, τα επίπεδα των διαφόρων ρυθμιστικών παραγόντων ιντερφερόνης (ΔΠΧΑ) και γονίδια στόχους ιντερφερόνης ήταν επίσης αυξημένα σε ccRCC, υποδεικνύοντας ότι μια «υπογραφή ιντερφερόνη» μπορεί να αντιπροσωπεύει ένα νέο χαρακτηριστικό αυτής της νόσου. Η απώλεια της έκφρασης του γονιδίου VHL συσχετίζεται έντονα με την εμφάνιση του NF-κB- και υπογραφές γονίδιο ιντερφερόνης σε αμφότερες τις οικογενείς και σποραδικές περιπτώσεις ccRCC. Όπως NF-κΒ ελέγχει την έκφραση των βασικών κόμβων ιντερφερόνης σηματοδότησης, τα αποτελέσματά μας δείχνουν μια αιτιώδη σχέση μεταξύ της απώλειας VHL, αυξημένη δραστηριότητα NF-κΒ, και την εμφάνιση μιας υπογραφής ιντερφερόνης κατά τη διάρκεια ccRCC ογκογένεσης.

Συμπεράσματα

Τα ευρήματα αυτά προσδιορίζουν NF-κΒ και τις υπογραφές ιντερφερόνη ως κλινικά χαρακτηριστικά της ccRCC, παρέχουν ισχυρές σκεπτικό για την ενσωμάτωση των αναστολέων ΝΡ-κΒ και /ή και την εκμετάλλευση της σηματοδότησης ιντερφερόνης για τη θεραπεία της ccRCC, και παρέχουν νέους στόχους ΝΡ-κΒ για δυνητική θεραπευτική παρέμβαση σε αυτή τη συγκεκριμένη στιγμή ανίατη κακοήθεια

Παράθεση:. Peri S, Devarajan Κ, Yang DH, Knudson AG, Balachandran S (2013) μετα-ανάλυση εντοπίζει NF-κΒ ως θεραπευτικός στόχος για τον καρκίνο των νεφρών . PLoS ONE 8 (10): e76746. doi: 10.1371 /journal.pone.0076746

Επιμέλεια: Edward W. Harhaj, Johns Hopkins School of Medicine, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 22 Ιουλίου του 2013? Αποδεκτές: 23 Αύγ. 2013? Δημοσιεύθηκε: 7 Οκτωβρίου 2013

Copyright: © 2013 Peri et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από την αμερικανική Αντικαρκινική Εταιρεία Έρευνας Scholar Grant (RSG-09-195-01-MPC) σε SB. Πρόσθετα κονδύλια που δόθηκαν από το Κέντρο Καρκίνου Fox Chase, μέσω θεσμικής στήριξης των νεφρών Καρκίνος Keystone Πρόγραμμα, καθώς και από ΝΙΗ χορηγεί N01 CN-95037 και Ρ30 CA 06927. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, απόφαση για τη δημοσίευση ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

η νεφρική καρκινώματα (RCC) αντιπροσωπεύουν περίπου το 3% όλων των ενήλικων μορφών καρκίνου, και την αιτία ~ 116.000 ετήσια παγκοσμίως οι θάνατοι [1]. Αρκετές ιστολογικών υπο-τύπους RCC έχουν περιγραφεί, συμπεριλαμβανομένων χρωμόφοβο, θηλώδες και σαφή κύτταρο, του οποίου το διαυγές παραλλαγή κύτταρο (ccRCC) αντιπροσωπεύει ~ 85% όλων των περιπτώσεων RCC [2,3]. Πρώιμα στάδια ccRCC είναι συνήθως ιάσιμη με εγχείρηση, και οι ασθενείς διαγνώστηκαν με εντοπισμένες νεφρικές μάζες των & lt? 4 εκατοστά. έχουν εξαιρετική πρόγνωση [4]. ccRCC είναι, ωστόσο, ένα μεγάλο μέρος ασυμπτωματική ασθένεια, και περίπου το ένα τρίτο του συνόλου των ασθενών παρουσιάζει με τοπικά προχωρημένο ή μεταστατικό καρκίνο κατά το χρόνο της διάγνωσης. Σε αντίθεση με εντοπισμένο σε πρώιμο στάδιο ccRCC, προηγμένη ccRCC είναι ένα θανατηφόρο, χημειοθεραπεία ανθεκτικό καρκίνο [1,5].

Για προχωρημένους ccRCC αντιμετωπίζεται κατά κύριο λόγο από μικρές-μόριο φαρμακολογικές προσεγγίσεις. Frontline επιλογές περιλαμβάνουν τη αναστολείς της τυροσινικής κινάσης sunitinib και sorafenib, και οι αναστολείς mTOR temsirolimus και everolimus. Αυτοί οι παράγοντες, ωστόσο, να παρέχουν μόνο βραχυπρόθεσμο όφελος με την καθυστέρηση της εξέλιξης της νόσου, και δεν είναι θεραπευτική [6-8]. Επιπλέον, τέτοιοι παράγοντες απαιτούν συνεχή χορήγηση, εκθέτοντας τους ασθενείς σε σημαντικές παρενέργειες [7,9]. Θεραπεία του μεταστατικού RCC εκ τούτου, είναι ακόμα μια θεραπευτική πρόκληση που έχουν ανάγκη από νέες επιλογές.

Ένα γενετικό χαρακτηριστικό γνώρισμα της ccRCC είναι αδρανοποίηση του von Hippel Lindau (VHL) ογκοκατασταλτικό γονίδιο [10]. Η

VHL

γονίδιο αδρανοποιείται με είτε μετάλλαξης είτε υπερμεθυλίωση σε έως και 90% των σποραδικές περιπτώσεις ccRCC [10-12]. Στην καλύτερη περιγράφεται ο ρόλος του, pVHL, το προϊόν του

VHL

γονίδιο, λειτουργεί ως μέρος μιας αποικοδόμησης Ε3 συγκρότημα ουβικιτίνης λιγάση που ελέγχει στενά τα επίπεδα της πρωτεΐνης του υποξία επαγώγιμοι Παράγοντας (HIF), έναν παράγοντα μεταγραφής και master ρυθμιστής της κυτταρικής απόκρισης σε υποξία [11,13]. Όταν pVHL είναι απούσα, HIF συσσωρεύεται ακόμη και κάτω από νορμοξικές συνθήκες, και ανάρμοστα διαενεργοποιεί έκφραση των γονιδίων στόχων του. Όπως πολλοί στόχοι HIF είναι ισχυρώς ογκογόνα, τη λανθασμένη έκφραση των γονιδίων στόχων HIF θεωρούνται οι πρωτογενείς ενορχηστρωτές του

VHL

ελλιπή ως εξέλιξη ccRCC όγκου, και τις οδούς στόχευση κατάντη του HIF (π.χ. σηματοδότηση VEGF) αντιπροσωπεύει μια πρωτογενή φαρμακολογική προσέγγιση για τη θεραπεία RCC [11].

Εκτός από τη ρύθμιση HIF, pVHL έχει αποδειχθεί σε διάφορες μελέτες κυτταρικής καλλιέργειας για τον έλεγχο επίσης δραστικότητα του παράγοντα μεταγραφής ΝΡ-κΒ [14]. Όταν η έκφραση pVHL χάνεται (ή αποκοπεί με RNAi), δραστικότητα ΝΡ-κΒ είναι αυξημένη? αντιστρόφως, η εκ νέου εισαγωγή του pVHL σε

VHL

-null κύτταρα RCC μειώνει την δραστηριότητα NF-κΒ [15-17]. Αυτές οι παρατηρήσεις έχουν σημαντικές κλινικές επιπτώσεις. Πρώτον, όπως NF-κΒ (όπως HIF) είναι ένας κεντρικός ρυθμιστής φλεγμονωδών και κύτταρο-επιβιώσεως αποκρίσεις, είναι πολύ πιθανό ότι τα αυξημένα σηματοδότηση ΝΡ-κΒ μετά την απώλεια pVHL θα συμβάλει βήματα στην γένεση, την εξέλιξη, την επιβίωση, και /ή εξάπλωση της ccRCC. Δεύτερον, αν NF-κΒ είναι στην πραγματικότητα αυξημένα σε όγκους ccRCC – και όχι μόνο σε κυτταρικές σειρές RCC – τότε που στοχεύουν NF-κΒ παρέχει μια συναρπαστική νέα θεραπευτική επιλογή για προχωρημένους ccRCC. Από αυτή την άποψη, οι αρχικές μελέτες έχουν δείξει ότι η αναστολή μικρού μορίου του NF-κΒ ευαισθητοποιεί αλλιώς-ανθεκτικών κυττάρων ccRCC με το (1) την ογκοκτόνο δράση των αναστολέων EGFR (2), απόπτωση από το TRAIL κυτοκίνης κατά του όγκου, και (3) ογκόλυσης από τον ιό της εγκεφαλομυοκαρδίτιδας [14,18-21]. Για τους λόγους αυτούς, η απόκτηση εικόνα για τη φύση και την έκταση του NF-κΒ de-ρύθμιση σε όγκους ccRCC γίνεται ένα σημαντικό στόχο.

Έχουμε ξεκινήσει αυτή τη μελέτη για να καθοριστεί μέσω μεγάλης κλίμακας βιοπληροφορικής πλησιάζει την επικράτηση του NF-κΒ transcriptomic απορρύθμιση σε δείγματα ccRCC ασθενή που προέρχεται. Από αυτές τις αναλύσεις, έχουμε βρει ότι η NF-κΒ φαίνεται να είναι συστατικά ενεργός σε ένα υψηλό ποσοστό περιπτώσεων ccRCC, και ότι ένας δυσανάλογα μεγάλος αριθμός των ρυθμιστικών αρχών και των στόχων του NF-κΒ (του ccRCC «NF-κΒ υπογραφή») οθόνη αυξημένα σταθερά έκφραση σε ccRCC, σε σύγκριση με φυσιολογικό νεφρικό ιστό. Περαιτέρω έρευνα αποκάλυψε επίσης την παρουσία μιας ισχυρής «ιντερφερόνη (IFN) υπογραφή» στην ccRCC. Δείχνουμε ότι η εμφάνιση και των δύο υπογραφών NF-κΒ και IFN είναι καλά συσχετίζονται με VHL κατάστασης μεταλλάξεων, και να προσδιορίσει ένα βασικό υποσύνολο των ρυθμιστικών αρχών NF-κΒ και τους στόχους των οποίων η αυξημένη έκφραση συσχετίζεται με υψηλότερο σχετικό κίνδυνο, φτωχότερη πρόγνωση και μειωμένη συνολική επιβίωση σε ccRCC. Συλλογικά, αυτά τα αποτελέσματα υποδεικνύουν ότι η αυξημένη σηματοδότηση ΝΡ-κΒ και IFN μπορεί να αντιπροσωπεύουν κοινά χαρακτηριστικά των pVHL αρνητικών ccRCC και παρέχουν λογική για τη στόχευση ΝΡ-κΒ σε αυτή τη νόσο.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική δήλωση

Η χρήση των δειγμάτων ανθρώπινου ιστού από ασθενείς στο Αντικαρκινικού Κέντρου Fox Chase εγκρίθηκε από το Fox, Chase Διοικητικό κριτική Θεσμική. Γραπτή συγκατάθεση, που εγκρίθηκε από την επιτροπή δεοντολογίας, λήφθηκε για τη χρήση αυτών των δειγμάτων.

Η ανοσοϊστοχημεία

Μια μικροσυστοιχία νεφρικό ιστό (TMA), που περιέχει δύο αντίτυπα φέτες από 20 όγκους ccRCC και 8 κανονική νεφρά, κατασκευάστηκε από αρχειακό φορμόλη σταθερή, τα δείγματα των ασθενών Αντικαρκινικού Κέντρου Fox Chase ενσωματωμένες σε παραφίνη. τομές ιστών TMA κόπηκαν με πάχος 5 μικρομέτρων, αποπαραφινοποιήθηκαν με ξυλόλιο και επανυδατώθηκαν σε μειούμενη συγκέντρωση αιθανόλης. Το αντιγόνο ανάκτηση επιτεύχθηκε με βρασμό ενότητες σε ρυθμιστικό διάλυμα κιτρικού 10 mM για 20 λεπτά. Μετά τον αποκλεισμό της ενδογενούς υπεροξειδάσης με υπεροξειδάση υδρογόνου 3% σε μεθανόλη, οι τομές επωάστηκαν με Ιστορικό σκοπευτής (Biocare Medical) σε θερμοκρασία δωματίου για 30 λεπτά. Οι τομές δίπλα επωάστηκαν με πρωτεύοντα αντισώματα, ΝΡ-κΒ (Cell Signaling) σε αραίωση 1: 500, και STAT1 (BD Biosciences) σε αραίωση 1: 100, σε 4 ° C όλη τη νύκτα. Μετά την πλύση σε PBS, οι τομές επωάστηκαν με σημασμένο Polymer-HRP αντι-κουνελιού και αντι-ποντικού (ϋΑΚΟ) δευτερεύον αντίσωμα σε RT για 1 ώρα, που εκτίθενται σε τετραϋδροχλωρική διαμινοβενζιδίνη διάλυμα, και αντίθετα με αιματοξυλίνη. Μετά την αφυδάτωση σε αυξανόμενες συγκεντρώσεις αιθανόλης και εκκαθάριση σε ξυλένιο, οι τομές στερεώθηκαν σε Permount. Εικόνες ελήφθησαν με ένα μικροσκόπιο Nikon Eclipse E600 με λογισμικό ΝΑΚ Στοιχεία D3.0.

Η μετα-ανάλυση

Για μετα-αναλύσεις, έχουμε συντάξει έναν κατάλογο των δημοσιευμένων μελετών RCC από την έκφραση γονιδίων Omnibus ( GEO) ή ArrayExpress (Πίνακας S1), τα δεδομένα των οποίων ήταν (i) παράγονται χρησιμοποιώντας Affymetrix πλατφόρμες U133A, U133B και U133Plus2? (Ii) με ακρίβεια σχολιασμένη όταν κατατεθεί σε βάσεις δεδομένων? και (iii) που περιέχεται κανονικά συγκριτικά του ιστού. Για μελέτες που χρησιμοποιούν τα U133A και U133B μάρκες, θεωρήσαμε μόνο εκείνα τα οποία προφίλ δείγματα για

τόσο

μάρκες? αυτό μεγιστοποιείται ο αριθμός των γονιδίων που διατίθενται για επακόλουθη μετα-ανάλυση. Ανεπεξέργαστα δεδομένα ομαλοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας Στιβαρή Multi-array Μέση (RMA) [22]. Στις περιπτώσεις που τα δείγματα προφίλ σε δύο διαφορετικές πλατφόρμες (π.χ. Affymetrix U133A και U133B), καθετήρα θέτει με υψηλότερη μέση επιλεγμένες τιμές έκφρασης εάν πολλαπλά σετ καθετήρα αντιστοιχίζονται με ίδιο γονίδιο. Τα σύνολα δεδομένων στη συνέχεια συγχωνεύθηκαν με βάση το σύμβολο γονίδιο με τη χρήση του πακέτου MergeMaid (https://astor.som.jhmi.edu/MergeMaid) που διατίθενται μέσω Bioconductor [23]. Οι μετα-αναλύσεις διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας την μέθοδο RankProd [24], μια μη-παραμετρική στατιστική μέθοδος, που utlilzes τάξεις των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων (βαθμούς με) μεταξύ των διαφορετικών μελετών για να δημιουργήσει έναν κατάλογο βαθμούς με μεταξύ δύο συνθήκες (για παράδειγμα, ccRCC εναντίον της κανονικής). Η σημασία της διαφορικής έκφρασης των γονιδίων στη συνέχεια υπολογίζεται με βάση το ποσοστό των ψευδώς θετικών προβλέψεις (δηλαδή το False Discovery Rate, ή FDR). Για τη μελέτη αυτή, επιλέξαμε τους καταλόγους μας βαθμούς με βάση την FDR 0.05 (5%) υπολογίζεται με βάση 10000 παραλλαγές. Για να ορίσετε τις υπογραφές NF-κΒ και IFN, σε επιμέλεια NF-κΒ και γονίδια IFN ήταν διασταυρώνεται με up-ρυθμίζονται βαθμούς με. Για να εξεταστεί NF-κΒ και IFN υπογραφές σε δείγματα με μονο- ή διαλληλικούς αδρανοποίηση του

VHL

, βαθμούς με υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας LIMMA [25] και RMA-κανονικοποιημένα δεδομένα. Η μεθοδολογία μας συνοψίζεται στο διάγραμμα ροής παρουσιάζεται στο Σχήμα S1

Επιβίωση ανάλυση

Η γονιδιακή έκφραση και τα δεδομένα επιβίωσης διαθέσιμα για 55 ασθενείς ccRCC στη βάση δεδομένων TCGA (https:. //tcga-data.nci .nih.gov /TCGA /) χρησιμοποιήθηκε για την επιβίωση αναλύσεις χρησιμοποιώντας μονοπαραγοντική αναλογικού κινδύνου του Cox (PH) και Ταχεία αποτυχία Ώρα (AFT) μοντέλα [26]. Μια δοκιμή καλοσύνη-of-fit (GOF) του μοντέλου PH Cox έγινε [27]. Ενώ το μοντέλο PH Cox υποθέτει σιωπηρά ότι οι καμπύλες επικινδυνότητας και την επιβίωση που αντιστοιχούν σε δύο διαφορετικές τιμές του συμμεταβλητή δεν διασταυρώνονται, η AFT μοντέλο επιτρέπει τη διέλευση των καμπυλών [28,29] και λογαριασμούς για μη αναλογικότητας των κινδύνων (ή κίνδυνο θανάτου ) στις δύο ομάδες. Όλες οι δοκιμασίες ήταν δύο όψεων και χρησιμοποίησε ένα σφάλμα τύπου Ι από 0,05 για να προσδιοριστεί η στατιστική σημαντικότητα. Εκτός από το

σ

-τιμές για κάθε μοντέλο-fit, οι εκτιμήσεις του σχετικού κινδύνου (RR) από το ρΗ Cox και συντελεστής (β) από το πρυμναίο μοντέλα, αντίστοιχα, χρησιμοποιήθηκαν για να προσδιοριστεί το μέγεθος του συνδέσμου μεταξύ γονιδιακή έκφραση και η συνολική επιβίωση. Μια εκτίμηση RR άνω του 1 ή αρνητική εκτίμηση του β υποδηλώνουν κακή πρόγνωση με την αύξηση της έκφρασης. Για να απεικονίσει τη συσχέτιση των επιπέδων έκφρασης των γονιδίων με τη συνολική επιβίωση, προφίλ έκφρασης μεμονωμένων γονιδίων διαχωρίστηκαν μεταξύ τους από την μέση χωρίζεται σε «υψηλή» ή «χαμηλή» ομάδες έκφρασης, και καμπύλες επιβίωσης Kaplan-Meier χαράχθηκαν για κάθε ομάδα. Υπολογισμοί έγιναν χρησιμοποιώντας τα πακέτα

επιβίωση

και

LSS

στον τομέα της Ε στατιστική γλώσσα και το περιβάλλον (https://www.r-project.org).

Αποτελέσματα

Μετα-ανάλυση εντοπίζει NF-κΒ απορρύθμισης στην ccRCC

Κατά την εξέταση μια δημόσια διαθέσιμη μικροσυστοιχιών DNA σύνολο δεδομένων της ccRCC και αντιστοιχισμένο φυσιολογικά δείγματα [30,31], παρατηρήσαμε ότι αρκετές εγκατεστημένος mRNAs γονιδίου στόχου ΝΡ-κΒ έχουν υπερ-εκφράζεται σε δείγματα ccRCC, σε σύγκριση με την κανονική τους ελέγχους τους. Λαμβάνοντας υπόψη τις θεραπευτικές συνέπειες αυτών των παρατηρήσεων, επιδιώξαμε να καθορίσει εάν NF-κΒ είναι συστατικά ενεργός στην ccRCC. Κατά συνέπεια, εξετάσαμε δείγματα ccRCC προερχόμενων από ασθενή για πυρηνικό εντοπισμό της κλασικής ΝΡ-κΒ υπομονάδα ΚεΙΑ /p65. Έχουμε επικεντρώθηκε στην ΚεΙΑ /p65, ως προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει ότι η ΚεΙΑ περιέχουν διμερή σύμπλοκα είναι η κυρίαρχη μορφή του ΝΡ-κΒ σε κυτταρικές γραμμές ccRCC, και ότι αυτά τα σύμπλοκα εκ νέου εντοπίζεται από το κυτταρόπλασμα στον πυρήνα όταν είναι ενεργό [32-34 ]. Από 20 διακριτών δειγμάτων ccRCC που εξετάστηκαν, 16 (80%) που εμφανίζεται ισχυρή πυρηνική χρώση των ΚεΙΑ σε & gt? 50% των κυττάρων, ενδεικτικό της συστατικής δραστικότητας ΝΡ-κΒ στα κύτταρα αυτά. Ένα ακόμη δύο περιπτώσεις έδειξε ασθενή πυρηνική χρώση σε & lt? 20% των κυττάρων, καθώς και δύο άλλοι εκδηλώνεται κανένα ανιχνεύσιμο σήμα ΚεΙΑ στον πυρήνα. Αντίθετα, κανένας (0/8) των φυσιολογική νεφρική τμήματα που εξετάστηκαν εμφανίζεται ανιχνεύσιμη χρώση των πυρηνικών ΚεΙΑ. Ένα τυπικό παράδειγμα έντονη χρώση πυρηνικών ΚεΙΑ σε ccRCC – αλλά δεν είναι φυσιολογικό νεφρικό ιστό – παρουσιάζεται στο Σχήμα 1α? Σημειώστε ότι τα φυσιολογικά κύτταρα του εγγύς σωληνοειδούς επιθηλίου, από το οποίο ccRCC πιστεύεται ότι προκύπτουν, παρουσιάζουν ενδείξεις

κυτταροπλασματική

ΚεΙΑ (σχήμα 1α, βέλη). Αυτά τα αποτελέσματα υποδηλώνουν ότι συστατικώς δραστικό πυρηνικό NF-κΒ μπορεί να είναι ένα κοινό χαρακτηριστικό σε ccRCC, ίσως ως συνέπεια της ενεργοποίησης του ΝΡ-κΒ στο σωληνοειδές επιθήλιο κατά την διάρκεια ογκογένεσης RCC.

(α) Ανοσο-ιστοχημική χρώση δείχνει εξέχοντα πυρηνικό σήμα ΚεΙΑ σε δείγματα ccRCC, αλλά όχι σε φυσιολογικό νεφρικό ιστό. Το βέλος δείχνει κυτταροπλασματική χρώση ΚεΙΑ στα κύτταρα του εγγύς σωληνοειδούς επιθηλίου. Κλίμακα bar = 100 μΜ. (Β) Μέχρι ρυθμιζόμενα γονίδια (Χ-άξονας) από το μετα-ανάλυση των τεσσάρων συνόλων δεδομένων ccRCC χαράχθηκαν κατά ποσοστό ψευδώς ανακάλυψης (FDR, Υ-άξονας). Up-γονιδίων που ρυθμίζονται με το FDR & lt? 0.05, εμφανίζονται με κόκκινο χρώμα, χρησιμοποιήθηκαν για να καθορίσουν NF-κΒ και IFN υπογραφές. (Γ) Heatmaps δείχνει έκφραση γονιδίων υπογραφή ΝΡ-κΒ σε καθεμία από τις τέσσερις υποδεικνύονται μελέτες. Ν = κανονικό, Τ = όγκος. επίπεδα θερμότητας bar = έκφραση (log

2 κλίμακας).

Η

Για να διερευνηθεί η έκταση της NF-κΒ στόχο γονίδιο απορρύθμισης στην ccRCC, ορίσαμε πρώτα μια λίστα με τα γονίδια των οποίων η έκφραση είναι γνωστό ότι ρυθμίζουν και /ή να ρυθμίζονται από ΝΡ-κΒ. Συλλογισμό ότι παρεκκλίνουσα δραστηριότητα NF-κΒ θα πρέπει να αντικατοπτρίζεται στην αλλαγμένη έκφραση αυτών των γονιδίων, συνδυάσαμε μια δημόσια διαθέσιμη λίστα των σχολιασμένη γονιδίων στόχων NF-κΒ [(HUhttp: //bioinfolifl.fr/NF-KBUH, βασίζεται σε μεγάλο βαθμό [ ,,,0],35]] με τη δική μας σύνολα δεδομένων [36,37] για να επιμεληθείτε ένα σύνολο 137 γονιδίων (Πίνακας S2), που είναι γνωστό ότι ρυθμίζουν ΝΡ-κΒ, του οποίου προαγωγοί περιέχουν υποθετικές /θέσεις δέσμευσης επικυρωθεί ΝΡ-κΒ, ή /και του οποίου η έκφραση έχει έχουν δειχθεί να βασίζονται σε δραστικότητα ΝΡ-κΒ σε διάφορα πλαίσια.

στη συνέχεια εξετάσαμε με μετα-ανάλυση των προφίλ έκφρασης αυτών των 137 ΝΡ-κΒ γονίδια στόχους σε ολόκληρο το γονιδίωμα transcriptomic δεδομένα από 61 ccRCC και 34 κανονικά δείγματα σε τέσσερις ανεξάρτητες μελέτες που αναφέρονται εδώ με τα ονόματα των πρώτων συγγραφέων τους:.. Cifola, Gumz, Lenburg και Yusenko [31,38-40] τα κριτήρια για την επιλογή των μελετών αυτών συνοψίζονται στο σχήμα S1 για αυτό το μετα-ανάλυση, χρησιμοποιήσαμε RankProd, μια μη-παραμετρική στατιστική μέθοδο ικανή όχι μόνο την ενσωμάτωση δεδομένων από μια ποικιλία από πλατφόρμες, αλλά και το χειρισμό πειραματικής μεταβλητότητας μεταξύ συνόλων δεδομένων [24]. Των ~ 18.000 συνολικού γονίδια που εξετάστηκαν, 3560 βρέθηκαν να είναι ομοιόμορφα πάνω ρυθμισμένα σε ccRCC (Σχήμα 1β), ενώ 2.797 γονίδια ήταν σταθερά κάτω-ρυθμίζονται, σε ποσοστό ψευδώς ανακάλυψη (FDR) είναι ≤ 0,05. Από αυτούς, 58 γονίδια (~ 42% του συνόλου σε επιμέλεια στόχων ΝΡ-κΒ) ήταν πάνω ρυθμισμένα σε δείγματα ccRCC, σε σύγκριση με φυσιολογικούς μάρτυρες. Η αναλογία των γονιδίων ΝΡ-κΒ πάνω ρυθμισμένα σε ccRCC (58/137) είναι ιδιαίτερα σημαντική, (

ρ-τιμή

& lt? 0.001 μονόπλευρο ποσοστό

Z

-τεστ), σε σύγκριση με το ποσοστό του συνόλου των γονιδίων πάνω ρυθμισμένα σε ccRCC (3560/17997? ~ 20%). Αντιθέτως, τρεις φορές λιγότερα γονίδια στόχους ΝΡ-κΒ (18 γονιδίων, που αντιπροσωπεύει το 13% των στόχων ΝΡ-κΒ) έχουν κάτω-ρυθμίζονται σε ccRCC? Αυτό διαπιστώθηκε ότι δεν ήταν σημαντική (p-value = 0,74). Τα αποτελέσματα αυτής της ανάλυσης δείχνουν ότι τα δείγματα ccRCC εμφανίζουν επιλεκτική, ομοιόμορφα-αυξημένη έκφραση ενός υποσυνόλου γονιδίων στόχων NF-κΒ. Έχουμε ορίσει αυτά τα γονίδια του ccRCC «γονίδιο υπογραφή NF-κΒ». Το Σχήμα 1γ απεικονίζει τα προφίλ έκφρασης του γονιδίου υπογραφής ΝΡ-κΒ σε καθεμία από τις τέσσερις μελέτες

Το γονίδιο υπογραφή ccRCC ΝΡ-κΒ ήταν υπό διαλογή σε τέσσερις διακριτές κατηγορίες:. Προ-φλεγμονώδη, κύτταρο-επιβιώσεως, ΝΡ ρυθμιστές κΒ, και, περιέργως, οι ρυθμιστικές αρχές ιντερφερόνη (Πίνακας S3). Η πλειοψηφία των up-ρυθμίζονται στόχους NF-κΒ ήταν προ-φλεγμονωδών (43/58). Από τα υπόλοιπα γονίδια, επτά είχαν εμπλακεί στην επιβίωση των κυττάρων, και οι πέντε εμπρόσθιας τροφοδότησης ή ρυθμιστές ανάδραση της ίδιας της απόκρισης ΝΡ-κΒ. Απροσδόκητα, τρεις στόχοι NF-κΒ (

IRF1, IRF2

, και

IRF7

) σταθερά επάνω-ρυθμίζονται σε όλα τα δείγματα ccRCC κωδικοποιημένα ιντερφερόνη ρυθμιστικούς παράγοντες (ΔΠΧΑ), μια οικογένεια μεταγραφικών παραγόντων που σχετίζονται τυπικά με την ιντερφερόνη-μεσολάβηση έμφυτη-ανοσολογική απόκριση σε μικροβιακές λοιμώξεις [41]. Μεμονωμένα προφίλ έκφρασης δύο αντιπροσωπευτικών γονιδίων από κάθε κατηγορία που φαίνεται στο Σχήμα 2. Αυτά τα αποτελέσματα προσδιορίζουν κατά την υπογραφή ccRCC ΝΡ-κΒ πολλών καθιερωμένων μεσολαβητών από τα ΝΡ-κΒ προ-φλεγμονωδών και κυτταρο-επιβιώσεως αποκρίσεις, καθώς και ένα απρόβλεπτο υποσύνολο των ρυθμιστικών αρχών IFN.

(α) τα γονίδια των κυττάρων-επιβίωσης

BCL2

και

SOD2

, (β) προ-φλεγμονωδών γονιδίων

CCL5

και

ICAM1

, (γ) ρυθμιστές του NF-κΒ

NFKB1

και

TNFAIP3

και (δ) ιντερφερόνη ρυθμιστικούς παράγοντες

IRF1

και

IRF7

. Τα δεδομένα ομαλοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας RMA. Διπλώστε-αλλαγές του όγκου (Τ) έναντι Κανονική (Ν) σύγκριση ελήφθησαν από LIMMA. Υ-άξονας δείχνει RMA-κανονικοποιημένο επίπεδο έκφρασης (σε log

2 κλίμακα) κάθε mRNA. Μπλε κουτιά αντιπροσωπεύουν τα επίπεδα γονιδιακής έκφρασης σε φυσιολογικό ιστό, και το κόκκινο απεικονίζει έκφραση σε ccRCC. Η λευκή γραμμή μέσα σε κάθε κουτί είναι το μεσαίο, και η απόσταση μεταξύ κουτί και μουστάκια δείχνουν διατεταρτημοριακά σειρές. Κάθε μία από τις τέσσερις γραφικές παραστάσεις ανά γονίδιο αντιπροσωπεύουν προφίλ έκφρασης σε συστοιχίες που παράγεται από (από αριστερά προς τα δεξιά) τις μελέτες Cifola, Gumz, Lenburg και Yusenko.

Η

Μια υπογραφή ιντερφερόνης σε ccRCC

Intrigued από την παρατήρηση ότι IRF που κωδικοποιούν γονίδια ήταν προς τα πάνω ρυθμισμένα σε ccRCC, υποθέσαμε ότι, εκτός από την αυξημένη δραστικότητα ΝΡ-κΒ, κύτταρα ccRCC πιθανό απεικόνιση αυξήθηκε τύπου τόνικ Ι (α /β) σηματοδότηση IFN. Τρεις δημοσίευσε τις παρατηρήσεις διέπουν αυτή την υπόθεση. Πρώτον, τα γονίδια που κωδικοποιούν ΔΠΧΑ 1,2, και 7, εκτός του ότι είναι στόχοι του ΝΡ-κΒ, είναι επίσης καλά περιγραφεί IFN-διεγερμένα γονίδια (ISGs) [42,43]. Δεύτερον, τα περισσότερα κύτταρα διατηρούν χαμηλά επίπεδα Ι (α /β) σηματοδότησης IFN αυτοκρινείς τύπου, δήθεν στο πλαίσιο της προετοιμασίας για οξείες λοιμώξεις του ιού [44-46]. Τρίτον, έχουμε αναφερθεί στο παρελθόν ότι συστατική σηματοδότηση ΝΡ-κΒ είναι απαραίτητος για την συντήρηση των αυτοκρινούς IFN σηματοδότησης [36,44]. Μαζί, αυτές οι παρατηρήσεις μας επιτρέπουν να προτείνει ένα μοντέλο στο οποίο αυξημένα NF-κΒ σηματοδότηση »ράμπες μέχρι« τύπος τονωτικό Ι IFN σηματοδότησης, η οποία στη συνέχεια αυξάνει την έκφραση του ISGs (όπως

ΔΠΧΑ

) σε ccRCC.

για να δοκιμάσετε αυτό το μοντέλο, εξετάσαμε δείγματα RCC για υπερκινητικά τύπου τονωτικό Ι IFN σηματοδότησης. Ως άμεση μέτρηση του τύπου τονωτικό Ι IFN επίπεδα σε μη μολυσμένους ιστούς είναι προκλητική και αναξιόπιστη [36], που αντί να εξεταστεί μια κατάντη συνέπεια της δυναμικής IFN: πυρηνικό εντοπισμό του πλήκτρου μεταγραφικού παράγοντα IFN-απόκρισης STAT1. Όπως και η ίδια ΝΡ-κΒ, STAT1 είναι κανονικά κυτταροπλασματική όταν ανενεργό, αλλά γρήγορα μετατοπίζεται στον πυρήνα για να οδηγήσει την έκφραση ISG κατόπιν ΙΡΝ διέγερση [47]. Αν IFN σηματοδότηση συστατικώς αυξημένα σε RCC, ο STAT1 θα πρέπει να αναμένεται να εντοπίζεται στον πυρήνα σε RCC – αλλά όχι κανονικά – ιστού. Βρήκαμε ότι τα δείγματα 16/20 RCC, αλλά κανένα από τα φυσιολογικό νεφρό δείγματα (0/8) – εμφανίζεται έντονη χρώση των πυρηνικών STAT1 (Σχήμα 3α). Αξίζει να σημειωθεί ότι, και σε συμφωνία με την ύπαρξη αιτιώδους συνδέσμου μεταξύ της αυξημένης σηματοδότησης του NF-κΒ και την αυξημένη δραστηριότητα τονωτικό IFN, πλήρως 100% των δειγμάτων πυρηνικών ΚεΙΑ θετικά ccRCC ήταν επίσης θετικά για την πυρηνική STAT1.

(α) ανοσο-ιστοχημική χρώση δείχνει ισχυρή σήμα πυρηνικού STAT1 σε δείγματα ccRCC, αλλά όχι σε φυσιολογικό νεφρικό ιστό. (Β) Heatmap δείχνει έκφραση γονιδίων υπογραφή IFN μετά IFN διέγερση των ινοβλαστών εμβρύου ποντικού. Θερμότητας bar = πολλαπλή μεταβολή (log

2 κλίμακας). τα επίπεδα έκφρασης των μη επεξεργασμένων κυττάρων αυθαίρετα οριστεί στο 1 (μπεζ). (Γ) Heatmaps δείχνει έκφραση γονιδίων υπογραφή IFN σε καθεμία από τις τέσσερις υποδεικνύονται μελέτες. Ν = κανονικό, Τ = όγκος. επίπεδα θερμότητας bar = έκφραση (log

2 κλίμακας).

Η

προσδιορίζονται από προηγούμενες εργασίες μας [36] συνολικά ~ 400 γονίδια που επάγονται τουλάχιστον δύο φορές από IFNs τύπου Ι (Σχήμα 3β), για τις οποίες τα δεδομένα έκφρασης ήταν επίσης παρόντα στις τέσσερις μελέτες ccRCC. Όταν εξετάσαμε την έκφραση αυτών των ISGs σε σύνολα δεδομένων ccRCC, συνολικά 164 ISGs βρέθηκαν να είναι προς τα πάνω ρυθμισμένα σε ccRCC (~ 40% όλων των ελεγχθέντων ISGs, ρ-τιμή & lt? 0.001 από μονόπλευρο αναλογία Ζ-τεστ) , ενώ μόνο το 51 ISGs ήταν κάτω ρυθμίζονται [~ 13%, p-value = 0,94]. Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι, όπως και με ΝΡ-κΒ, συστατικώς-αυξημένα τύπου Ι IFN σηματοδότηση λαμβάνει χώρα σε ccRCC. Το 164-γονίδιο «γονίδιο της IFN υπογραφή» αναγράφεται στον πίνακα S4, και το προφίλ έκφρασης του σε καθένα από τα τέσσερα επιμέρους μελετών φαίνεται στο σχήμα 3γ.

Χρησιμοποιήσαμε επόμενη ανάλυση Ingenuity Πορείες για την κατασκευή ενός δικτύου που θα εντοπισμό δια-μοριακές σχέσεις μεταξύ των ΝΡ-κΒ και υπογραφές γονίδιο IFN. Αυτή η ανάλυση αποκάλυψε ισχυρή συνδεσιμότητα μεταξύ NF-κΒ και των υπογραφών IFN μέσω ΙΡΝ-β (που κωδικοποιείται από

IFNB1

) και κόμβους IRF (Σχήμα 4). Όπως ήταν αναμενόμενο, προ-φλεγμονώδη και κύτταρο-επιβιώσεως συστάδες παρατηρήθηκαν εντός του βραχίονα NF-κΒ του δικτύου, ενώ πολυάριθμες καθιερωμένη έμφυτη-ανοσολογικών μεσολαβητών αντιπροσωπεύθηκαν στο σκέλος υπογραφή IFN (Σχήμα 4). Στο σύνολό τους, τα αποτελέσματα αυτά υποστηρίζουν την ύπαρξη αιτιώδους συνδέσμου μεταξύ της NF-κΒ και IFN υπογραφές διαμεσολαβείται από αυτοκρινείς σηματοδότησης IFN /IRF

Το δίκτυο κατασκευάστηκε από το λογισμικό Ingenuity Διαδρομή Ανάλυση (Ingenuity® Systems, HUhttp:. //Www. ingenuity.comUH) χρησιμοποιώντας όλα τα γονίδια στις υπογραφές NF-κΒ και IFN. Βασικά clusters στο NF-κΒ (καφέ) και IFN είναι (μπλε) τα όπλα που προσδιορίζονται και τα ρυθμιστικά μόρια που ελέγχει τους κόμβους του γονιδίου-δίκτυο εμφανίζεται ως μεγάλους κύκλους.

Η

VHL κατάστασης μεταλλάξεων συσχετίζεται με την έκφραση του ΝΡ κΒ και IFN υπογραφές

Τα αποτελέσματα από μελέτες κυτταρικής καλλιέργειας υποδηλώνουν την ύπαρξη αιτιώδους συνδέσμου μεταξύ της απουσίας λειτουργικής πρωτεΐνης pVHL και αυξημένη δράση του NF-κΒ στο ccRCC [15-17]. Λαμβάνοντας υπόψη αυτές τις παρατηρήσεις, ζητήσαμε πληροφορίες εάν η μεταλλακτική κατάσταση του

VHL

συσχετίζεται με την εμφάνιση του NF-κΒ και IFN υπογραφές σε ccRCC. Για την ανάλυση αυτή, συγκρίναμε με τις αντίστοιχες κανονικές τους ελέγχους τους (1), επιθηλιακό κυτταρικές καλλιέργειες του προ-νεοπλασματικών νεφρικές βλάβες από έξι οικογενείς περιπτώσεις ασθενών με VHL που φιλοξενούν ένα λειτουργικό αντίγραφο του

VHL

[48], (2) ccRCC ιστού από 32 οικογενείς περιπτώσεις biallelically αδρανοποιημένου

VHL

[49], και (3) ccRCC ιστό από 20 σποραδικές περιπτώσεις biallelically αδρανοποιημένου

VHL

[49]. Βρήκαμε ότι ούτε NF-κΒ, ούτε IFN υπογραφές ήταν παρόντες σε ασθενείς με ένα λειτουργικό αντίγραφο του

VHL

. Αντίθετα, τα δείγματα ccRCC φιλοξενούν διαλληλικούς απώλεια του VHL (είτε οικογενής ή σποραδική σε προέλευση) εμφανίζεται εύρωστη έκφραση αμφοτέρων των υπογραφών ΝΡ-κΒ και IFN (Σχήμα 5). Αυτά τα δεδομένα παρέχουν ισχυρή υποστήριξη στην ιδέα ότι VHL αδρανοποίησης πιθανό αιτιακή σχέση με την εμφάνιση της αυξημένης δραστηριότητας του NF-κΒ και IFN σε ccRCC.

Heatmaps δείχνει πολλαπλές μεταβολές στα επίπεδα έκφρασης των γονιδίων υπογραφής NF-κΒ ( α) ή IFN γονίδια υπογραφή (β) μεταξύ VHL +/- δειγμάτων από περιπτώσεις οικογενούς νόσου VHL σε σύγκριση με

VHL

+ /+ φυσιολογική νεφρική επιθήλιο (στήλη 1)? VHL – /- περιπτώσεις οικογενούς ccRCC σύγκριση με το φυσιολογικό νεφρικό ιστό (στήλη 2)? ή VHL – /- περιπτώσεις σποραδικής ccRCC σύγκριση με το φυσιολογικό νεφρικό ιστό (στήλη 3). μπαρ θερμότητας = πολλαπλή μεταβολή (log

2 κλίμακας).

Η

Η αυξημένη έκφραση του υποσυνόλου των στόχων NF-κΒ συσχετίζονται με κακή έκβαση σε ασθενείς ccRCC

Για να προσδιοριστεί εάν η αυξημένη δραστηριότητα NF-κΒ συσχετίστηκε με κακή έκβαση επιβίωση σε ccRCC, εξετάσαμε τη συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης των γονιδίων στο NF-κΒ μας υπογραφή και τη συνολική επιβίωση σε ασθενείς 55 ccRCC οποίων η έκφραση γονιδίων και την επιβίωση δεδομένα ήταν διαθέσιμα στο The Cancer Genome Atlas (TCGA) . Από την ανάλυση αυτή, διαπιστώσαμε ότι η αυξημένη έκφραση των τεσσάρων ρυθμιστών NF-κΒ και γονιδίων-στόχων (

IKBKB

,

ΜΜΡ9, PSMB9

, και

SOD2

) ήταν σημαντικά σχετίζεται με υψηλότερη σε σχέση κινδύνου (RR), φτωχότερη πρόγνωση και μειωμένη συνολική επιβίωση των ασθενών από το μοντέλο PH Cox (

σ

-τιμή & lt? 0,05, RR & gt? 1) ή με την AFT μοντέλο (

p

-τιμή & lt? 0,05 ή συντελεστή β & lt? 0? βλέπε Μέθοδοι). Αυτά τα τέσσερα γονίδια που περιλαμβάνουν ένα βασικό ρυθμιστή της NF-κΒ ίδια σηματοδότησης (

IKBKB

) και καθιέρωσε μεσολαβητές των NF-κΒ κυτταρικής επιβίωσης και προ-φλεγμονώδεις αντιδράσεις (

ΜΜΡ9, PSMB9

, και

SOD2

), αυξάνοντας τη συναρπαστική δυνατότητα που επιλεκτικά στοχεύουν τα μέλη αυτού του υποσυνόλου θα έχουν κλινικό όφελος σε ccRCC. Το Σχήμα 6 παρουσιάζει τις καμπύλες Kaplan-Meier για αυτά τα γονίδια και ο Πίνακας S5 συνοψίζει τα αποτελέσματα των αναλύσεων αυτών.

καμπύλες επιβίωσης Kaplan-Meier για τα γονίδια στην υπογραφή του ΝΡ-κΒ του οποίου αυξημένα επίπεδα έκφρασης συσχετίζονται σημαντικά με φτωχότερη συνολική επιβίωση έκβαση απεικονίζονται. Ατομικά προφίλ γονιδιακής έκφρασης διαχωρίστηκαν μεταξύ τους από την μέση χωρίζεται σε «υψηλή» (κόκκινο) ή «χαμηλή» (μπλε) ομάδες έκφρασης. Τα ονόματα γονίδιο αναφέρεται παραπάνω κάθε γράφημα. Παρακαλούμε δείτε τον Πίνακα S5 για

σ

-τιμές.

Η

Αξίζει να σημειωθεί ότι, η αυξημένη έκφραση ενός πέμπτου γονιδίου (

NFKB1

, που κωδικοποιεί το NF-κΒ υπο-μονάδας ρ105 /p50) ήταν επίσης σημαντικά σχετίζεται με φτωχότερη συνολική επιβίωση από την AFT μοντέλο (

σ

-τιμή = 0,041). Ωστόσο, ένας συντελεστής θετική αξία β (33,6) και η έλλειψη σημασίας από το μοντέλο Cox PH (p-value = 0,41, RR = 0,5) μας αποκλείεται από την αποσαφήνιση σύνδεσή της με την εξέλιξη ccRCC, λόγος για τον οποίο επικεντρωθήκαμε στο

IKBKB

,

ΜΜΡ9, PSMB9

, και

SOD2

.

Συζήτηση

Σε αυτή τη μελέτη, έχουμε διαπιστώσει ότι η NF-κΒ είναι συστατικά δραστηριοποιείται στην πλειοψηφία των δειγμάτων ccRCC δοκιμαστεί και έχουν δείξει με μετα-ανάλυση ότι οι βασικές ρυθμιστικές αρχές και τους στόχους του NF-κΒ είναι ομοιόμορφα πάνω ρυθμισμένα σε τέσσερις ανεξάρτητες μελέτες. Επίσης αναφέρουν την ανακάλυψη ενός υπογραφή IFN σε ccRCC, και παρέχουν πειστικές αποδείξεις ότι η απώλεια της λειτουργίας VHL είναι απαραίτητη για τις δύο υπογραφές NF-κΒ και IFN. Τέλος, έχουμε εντοπίσει ένα υποσύνολο των δυνητικά druggable ρυθμιστές NF-κΒ και τους στόχους των οποίων η αυξημένη έκφραση συσχετίζεται με κακή πρόγνωση και την επιβίωση. Αξίζει να σημειωθεί, μη διαθεσιμότητα των στοιχείων των ασθενών μας αποκλείεται από την εξέταση αν το NF-κΒ και /ή υπογραφές IFN συσχετίζεται με ccRCC στάδιο /ποιότητας.

Αν και NF-κΒ με τη μεσολάβηση σηματοδότηση επιβίωσης πιθανό εξελιχθεί για να προστατεύσει τα κύτταρα από μιτοχονδριακό ροής εγγενής στην κανονική φυσιολογικές αντιδράσεις (π.χ. κατά τη διάρκεια της κυτοκίνης με γνώμονα την αντι-μικροβιακών απαντήσεις), αρκετές παρατηρήσεις καθιστούν εύλογο ότι ο NF-κΒ κυτταρικής απόκρισης επιβίωσης έχει σφετεριστεί από τα καρκινικά κύτταρα για να προωθήσουν τα δικά τους βιωσιμότητα. Για παράδειγμα, το ιδρυτικό μέλος της οικογένειας NF-κΒ – η ρετροϊού πτηνών γονίδιο

ν-συνδεδεμένη

– είναι ένα

καλόπιστους

ογκογονίδιο, και γονίδια που κωδικοποιούν NF-κΒ υπομονάδες και τα συστατικά σηματοδότησης οθόνη ενεργοποιώντας μεταλλάξεις σε διάφορα όγκους [αναθεωρούνται στο [50-52]]. στόχων κυττάρου-επιβίωση NF-κΒ κωδικοποιούν αντιοξειδωτικά ένζυμα που ρυθμιστικό μιτοχόνδρια σε περιόδους αυξημένης βιοενεργητικής ζήτηση, καθώς και άλλες πρωτεΐνες (όπως τα μέλη οικογένειας Bcl-2 Bcl-X

L και Bfl-1) που εμποδίζουν ενεργά μιτοχόνδρια από την επαγωγή του κυτταρικού θανάτου κατά τη διάρκεια της γονοτοξικές και μεταβολικών τονίζει εγγενείς στη διαδικασία της ογκογένεσης [51,52].

Απώλεια pVHL έχει αποδειχθεί ότι οδηγεί σε αύξηση της δραστικότητας του ΝΡ-κΒ, υποδεικνύοντας ότι η ενεργοποίηση του ΝΡ-κΒ μπορεί αντιπροσωπεύουν ένα κοινό κατάντη συνέπεια της

VHL

-deficiency [15-17,33]. Τα εργαστήρια Καείίη και Rettig παρείχαν μηχανιστική εικόνα για το πώς pVHL η ανεπάρκεια οδήγησε σε αυξημένη δραστηριότητα NF-κΒ από τη διευκρίνιση δύο διακριτών οδών, του κανονισμού pVHL-εξαρτώμενη NF-κΒ. Καείίη και οι συνεργάτες του εντόπισαν το NF-κΒ ενεργοποιητή CARD9 ως pVHL-πρωτεΐνη αλληλεπίδρασης, και απέδειξε ότι pVHL προωθείται ανασταλτική φωσφορυλίωση του CARD9 από την CK2 κινάσης. Εκτομή έκφραση pVHL αυξημένη CARD9 με γνώμονα την δραστηριότητα NF-κΒ, ενώ η κατάργηση της έκφρασης CARD9 κανονικοποιημένη δραστηριότητα NF-κΒ σε pVHL ανεπάρκεια ρυθμίσεις RCC [17]. Παράλληλα, An και Rettig προσδιορίστηκε ότι η απώλεια του pVHL, μέσω ενός HIF → EGFR αυτοκρινή βρόχο, έχει σαν αποτέλεσμα αυξημένη δραστικότητα ΝΡ-κΒ σε ccRCC [16]. Και οι δύο μηχανισμοί συνδεθείτε ανεπάρκεια pVHL με αυξημένη δραστηριότητα του NF-κΒ και παρέχουν βιοχημικές εξηγήσεις για την παρατήρηση μας ότι αυξημένη NF-κΒ συσχετίζεται καλά με VHL κατάστασης μεταλλάξεων.

Ένα απροσδόκητο αποτέλεσμα από αυτή τη μελέτη ήταν η ανακάλυψη που χαρακτηρίζει μια υπογραφή IFN ccRCC. Η απλούστερη εξήγηση για αυτή την υπογραφή είναι ότι είναι η άμεση συνέπεια της αυξημένης δραστικότητας του ΝΡ-κΒ. Είμαστε υπέρ αυτή την εξήγηση για τους λόγους ότι (1) τα γονίδια που κωδικοποιούν κλειδί κόμβους του συστήματος IFN, περιλαμβανομένων ΙΡΝ-β και IRF-7, περιέχει λειτουργικές θέσεις ΝΡ-κΒ σε προαγωγούς τους [53,54], και απλή ενεργοποίηση του ΝΡ κΒ μπορεί να οδηγήσει αυτά τα υποστηρικτές [43,54]? (2) ένα 1: 1 συσχετισμός βρέθηκε μεταξύ των δειγμάτων που περιείχαν ccRCC πυρηνικής NF-κΒ και εκείνες που εμφανίζονται ενεργοποιημένα STAT1, και (3), η υπογραφή IFN καταρρέει σε κύτταρα που στερούνται του ΚεΙΑ υπομονάδα ΝΡ-κΒ (Σχήμα 7α).