Αφηρημένο

Η ενδονεοπλασματική ετερογένεια αμφισβητεί τα υπάρχοντα παραδείγματα για την αντικαρκινική θεραπεία. Έχουμε αποδείξει στο παρελθόν ότι τα ανθρώπινα εμβρυϊκά βλαστικά κύτταρα (hESC) προερχόμενη κυτταρικό μικροπεριβάλλον σε ανοσοκατεσταλμένους ποντικούς, καθιστά δυνατή λειτουργική διάκριση των ετερογενών κυττάρων όγκου, συμπεριλαμβανομένων των κυττάρων τα οποία δεν αναπτύσσονται εντός ενός όγκου σε ένα συμβατικό πλατφόρμα ξενομοσχεύματος απευθείας όγκου. Έχουμε εντοπίσει και χαρακτηρίζεται από έξι καρκινικών κυττάρων υποπληθυσμών καθένα κλωνικά επεκταθεί από ένα μόνο κύτταρο, που προέρχεται από καρκίνωμα σαφής ανθρώπινων κυττάρων των ωοθηκών ενός ενιαίου όγκου, για να αποδειχθεί εντυπωσιακά ενδοογκική φαινοτυπική ετερογένεια που εξαρτάται δυναμικά στο μικροπεριβάλλον της ανάπτυξης του όγκου. Αυτά τα καρκινικά κύτταρα υποπληθυσμών, που χαρακτηρίζεται ως ο καρκίνος των βλαστικών κυττάρων υποπληθυσμών, ανακεφαλαίωση πιστά το πλήρες φάσμα των ιστολογικών φαινοτυπική ετερογένεια γνωστή για τα καθαρά ανθρώπινο καρκίνωμα των ωοθηκών κυττάρων. Κάθε ένα από τα έξι υποπληθυσμών εμφανίζει ένα διαφορετικό επίπεδο των μορφολογικών και ογκογόνο διαφοροποίηση όπου ανάπτυξης στην hESC που προέρχονται μικροπεριβάλλον ευνοεί την ανάπτυξη των CD44 + /αφυδρογονάση αλδεΰδη θετική τσέπες της αυτο-ανανέωση των κυττάρων που στηρίζουν την ανάπτυξη του όγκου, μέσω μιας διαδικασίας καρκινογένεσης διαφοροποίηση σε CD44- /αρνητικό παράγωγα αφυδρογονάση αλδεΰδη. Εντυπωσιακά, αυτά τα παράγωγα κύτταρα εμφανίζουν μικροπεριβάλλον εξαρτώμενη πλαστικότητα με την ικανότητα να αποκαταστήσει δείκτες αυτο-ανανέωση και την έκφραση CD44. Στην παρούσα μελέτη, έχουμε σκιαγραφήσει την ξεχωριστή έκφραση γονιδίων και επιγενετικών προφίλ των δύο αυτών των υποπληθυσμών, που εκπροσωπούν ακραίες φαινοτυπική ετερογένεια όσον αφορά την θέση που εξαρτώνται από αυτο-ανανέωσης και ογκογόνο διαφοροποίηση. Με το συνδυασμό Gene Σετ Εμπλουτισμός, Gene Ontology και Pathway-εστιασμένη σειρά αναλύσεων με την κατάσταση μεθυλίωσης, προτείνουμε μια σειρά από ισχυρές διαφορές στις οδούς όγκου αυτο-ανανέωσης και της διαφοροποίησης που διέπουν την εντυπωσιακή εντός του όγκου φαινοτυπική ετερογένεια που χαρακτηρίζει αυτό και άλλα στερεά κακοήθειες όγκου.

Παράθεση: Abelson S, Shamai Υ, Berger L, Skorecki Κ, Tzukerman Μ (2013) θέσεων-Dependent γονιδιακής έκφρασης Προφίλ ενδονεοπλασιακής ετερογενής καρκίνο των ωοθηκών Stem κυτταρικών πληθυσμών. PLoS ONE 8 (12): e83651. doi: 10.1371 /journal.pone.0083651

Επιμέλεια: Anita Β Hjelmeland, Cleveland Clinic, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: May 21, 2013? Αποδεκτές: 6 Νοέμβρη 2013? Δημοσιεύθηκε: 17 Δεκεμβρίου 2013

Copyright: © 2013 Abelson et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Finnancial υποστήριξης για αυτή την έρευνα δόθηκε από το Φιλανθρωπικό Ταμείο Daniel M. Soref, το Ίδρυμα Skirball και από μια ερευνητική επιχορήγηση από το Ίδρυμα Ισραήλ Science (επιχορήγηση Νο 453 /06MT και επιχορήγηση Νο 62/10 MT) .Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στην σχεδιασμός της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

είναι πλέον ευρέως κατανοητό ότι ένα μόνο όγκος αποτελείται από ετερογενείς κυτταρικούς πληθυσμούς, καθένα από τα οποία εμφανίζει ένα ποικίλο κυτταρική μορφολογία, φαινοτυπική έκφραση, ικανότητες την έναρξη του όγκου και εγγενή ή επίκτητη ανθεκτικότητα σε αντικαρκινικά φάρμακα. Η πρόσφατα δημοσιευμένη έρευνα που περιγράφουν εντός του όγκου ετερογένεια του καρκίνου του παχέος κυτταρικών και λειτουργική συμπεριφορά, οι οποίες εμφανίζονται από εκτεταμένη μεταβολή στη δυναμική της ανάπτυξης, η εμμονή μέσω σειριακών διόδων ξένου μοσχεύματος και την ανταπόκριση στη θεραπεία περαιτέρω τονίζει την πολυπλοκότητα των ανθρώπινων όγκων [1].

Η επιθετικότητα και η εφευρετικότητα των ανθρώπινων καρκίνων προέρχονται κυρίως από τις εν λόγω συγκρότημα εντός του όγκου ετερογένεια, η οποία με τη σειρά της έχει αποδοθεί σε γενετικούς και επιγενετικές αλλαγές σε συνδυασμό με προσαρμοστικές αντιδράσεις στο μικροπεριβάλλον του όγκου. Συσσωρευμένα στοιχεία δείχνουν ότι το μοντέλο της «βλαστικά κύτταρα του καρκίνου» (CSC) και την κλωνική μοντέλο εξέλιξης, συμβάλλουν από κοινού στην εντός του όγκου ετερογένεια, όπως οι ίδιοι CSC υφίστανται κλωνική εξέλιξη [2-7]. Η συνεχής συσσώρευση μεταλλάξεων δημιουργεί ετερογένειας των κυττάρων μέσα σε ένα συμπαγή όγκο και μεταστάσεις του, και μπορεί να αντανακλά την διαδικασία κατά την οποία ορισμένα υποσύνολα των κυττάρων του όγκου να γίνει πιο επιθετική στην διαδικασία της εξέλιξης του όγκου. Μια κρίσιμη διορατικότητα σχετίζεται με την κατανόηση ότι η ικανότητα αυτο-ανανέωσης των βλαστικών κυττάρων του καρκίνου δεν είναι ένα ανθεκτικό κατάσταση, αλλά δυναμική και εξειδικευμένη-εξαρτώμενη. σήματα αλληλεπίδραση στρώματος του όγκου ρυθμίζουν επίσης επιθηλιακών πλαστικότητα των καρκινικών κυττάρων μέσω των επιθηλιακών σε προγράμματα μεσεγχυματικά μετάβαση (ΕΜΤ), ότι εκτός από τη διευκόλυνση εισβολή και τη μετάσταση των καρκινικών κυττάρων, επιτρέπει τη μετατροπή της μη ΚΕΠ σε ΚΕΠ και μπορούν να επηρεάσουν την αλλαγή του μικροπεριβάλλον του όγκου με τη μετατροπή καρκινικά κύτταρα σε καρκινικά υποστηρικτικό στρώμα [8-11]. Ως εκ τούτου, η πολυπλοκότητα και η πλαστικότητα των συμπαγών όγκων προέρχεται από την απαίτηση ενός υποστηρικτικού μικροπεριβάλλον που παρέχει ένα συμβατό δίκτυο αλληλεπιδράσεων μεταξύ των ετερογενών καρκινικών κυττάρων και διαφόρων κυττάρων όγκου υποστήριξης [12-16]. Πρόσληψη όγκου υποστήριξη πολυδύναμων μεσεγχυματικών βλαστικών κυττάρων σε συνδυασμό με την εκτεταμένη αναδιαμόρφωση των γειτονικών ιστών αποτελεί απαραίτητη διαδικασία για την παροχή ενός μικροπεριβάλλον που υποστηρίζει τον πολλαπλασιασμό των καρκινικών κυττάρων, μετανάστευση και εισβολή [17,18]. Οι συγκεκριμένες διαδικασίες οι οποίες έχουν μελετηθεί πολύ εκτεταμένα περιλαμβάνουν νεοαγγειογένεσης [19], προσέλκυση φλεγμονωδών κυττάρων [20] και του καρκίνου που σχετίζεται ινοβλάστες [21-23] η οποία, μαζί με την εξωκυττάρια μήτρα (ECM) δημιουργούν την πολυπλοκότητα της μάζας του όγκου [24] .

μοντέλα ξενομεταμόσχευση για την δημιουργία ανθρώπινων όγκων σε ανοσοανεπαρκή ποντίκια περιορίζονται από τις διαφορές μεταξύ του ποντικού και του ανθρώπινου μικροπεριβάλλον, ειδικά σε σχέση με τις εξειδικευμένες ιδιότητες που εξαρτώνται από CSC αυτο-ανανέωση [25,26]. Σε πολλές περιπτώσεις, αυτός ο περιορισμός οδηγεί σε διαφορετικούς άουτ ανάγνωσης διακριτών υποκλώνων όγκου σε δοκιμασίες ξενομεταμόσχευση [5,21,27,28]. Ως εκ τούτου, έχουμε δημιουργήσει και να επικυρωθούν ένα μοντέλο μικροπεριβάλλον του όγκου με βάση τις δυνατότητες των ανθρώπινων εμβρυϊκών βλαστοκυττάρων (hESC) για να δημιουργήσει τερατώματα σε ανοσοκατεσταλμένα ποντίκια. Το μοντέλο αυτό έχει την ευκολία της τυποποιημένα μοντέλα ξενομοσχεύματος, αλλά το πλεονέκτημα ότι η μικροπεριβάλλον του όγκου αποτελείται από μια ευρεία ποικιλία των μη-μετασχηματισμένων διαφοροποιημένων ιστών που προέρχονται από τις τρεις στρώσεις φύτρου και δομών ανθρώπινης προέλευσης [29,30]. Έχουμε αποδείξει προηγουμένως ότι αυτή η

in vivo

μοντέλο παρέχει προτιμησιακή ογκογένεση μικροπεριβάλλον με τα ακόλουθα χαρακτηριστικά: α) αυξημένη βιωσιμότητα των κυττάρων του όγκου? β) εξέχουσα καρκινικών κυττάρων εισβολή? γ) που προκαλείται από όγκους αγγειογένεση? και δ) σε σχέση προστασία από ανοσοτοξίνη επαγόμενη παλινδρόμησης [29,30].

ωοθηκών σαφές καρκίνωμα (OCCC), χαρακτηρίζεται από εντυπωσιακά ενδοογκική ετερογένεια μορφολογικές, συμπεριλαμβανομένων των κυττάρων με χαρακτηριστικά των προηγμένων ωοθηκών διαρθρωτικών παραλλαγή από τη μία πλευρά, και τα κύτταρα με χαρακτηριστικά ογκογονικών διαφοροποίησης (π.χ. εισβολή, διάδοση) και αντίστοιχη επιφάνεια του κυττάρου και ενδοκυτταρική ετερογένεια δείκτη [31-35]. Έχουμε απομονώσει και χαρακτηρίσει έξι διαφορετικούς υποπληθυσμούς των καρκινικών κυττάρων (CCSPs) από έναν όγκο από έναν ασθενή, και κατέδειξε τη θέση εξαρτάται από ογκογόνο ικανότητες και ιστολογικών φαινοτύπων όταν καλλιεργούνται εντός της ανθρώπινα εμβρυϊκά βλαστοκύτταρα που προέρχονται από ιστούς τεράτωμα, το οποίο ανακεφαλαίωση αθροιστικά το πλήρες φάσμα της ετερογένειας των όγκων [ ,,,0],36]. Οι έξι CCSPs χαρακτηρίστηκαν ως ωοθηκών CSC δυνάμει των λειτουργικών και φαινοτυπική έκφραση του CD44 + CD24 + EpCAM + και δραστηριότητα ΑΙ_ϋΗ1 [5,36]. Επιπλέον, αυτά τα έξι διακριτές υποπληθυσμών έχουν χαρακτηρισθεί λειτουργικά ως εμφανίζοντας τις βασικές ιδιότητες των βλαστικών κυττάρων και των δύο αυτο-ανανέωσης και ογκογόνο διαφοροποίηση ικανότητες σε μια θέση εξαρτώμενο τρόπο. Στην κόγχη του ποντικού, υπάρχει περιορισμένη υποστήριξη για την αυτο-ανανέωση της CSC, μαζί με ένα υψηλό ποσοστό των ογκογόνο διαφοροποίηση, ενώ η hESC που προέρχονται από εξειδικευμένες διατηρεί πιο έντονα CSC αυτο-ανανέωση, σε αντίθεση με τη διαφοροποίηση. Έτσι, το μοντέλο ανθρώπινα εμβρυϊκά βλαστοκύτταρα που βασίζεται παρέχει ένα κρίσιμο

in vivo

πλατφόρμα με σκοπό τον ουσιαστικό ρόλο της CSC αυτο-ανανέωση στην αντίσταση σε αντικαρκινικές θεραπείες και στην απόδοση εντός του όγκου ετερογένεια επιδέχονται βιολογικής ανάλυσης, καθώς και αντικαρκινική θεραπεία δοκιμών [5]. Επιπλέον, αποδείχθηκε πρόσφατα ότι το μοντέλο ανθρώπινα εμβρυϊκά βλαστοκύτταρα που βασίζεται εκφράζουν

καλόπιστους

αιμοφόρα αγγεία όγκου ανθρώπου και να ενισχύσει ποσοστό μεταμόσχευσης όγκου από πρωτογενείς ανθρώπινους ωοθηκών καρκινικά βλαστικά κύτταρα που μοιάζουν με (CSC) [37]. Ως εκ τούτου, έχουμε ως στόχο να εξετάσει τα αντίστοιχα προφίλ γονιδιακής έκφρασης των δύο διαφορετικές OCCC που προέρχονται CCSPs που εκπροσωπούν τα ακραία άκρα του φάσματος όσον αφορά την θέση που εξαρτώνται από αυτο-ανανέωσης σε σχέση με ογκογόνο διαφοροποίηση. Τα αποτελέσματα που προέκυψαν μονοπάτια highlight διέπουν εντός του όγκου ετερογένεια στη γονιδιακή έκφραση και επιγενετικών επίπεδα, και τη σημαντική συμβολή του μικροπεριβάλλον του όγκου σε αυτή την ετερογένεια.

Υλικά και Μέθοδοι

Προέλευση των υποπληθυσμών των ωοθηκών καρκινικών κυττάρων

Συλλογή του ασκιτικού υγρού έγινε με γραπτή συγκατάθεση ενός ασθενή ηλικίας 64 χρόνων διαγνωστεί με σταδίου IV ωοθηκών Clear καρκινικών κυττάρων και το πρωτόκολλο εγκρίθηκε από το θεσμικό Επιτροπής Δεοντολογίας αναθεώρηση του Ιατρικού Κέντρου Rambam. Έξι διαφορετικά υποπληθυσμών των καρκινικών κυττάρων, κλωνικώς επεκταθεί από ένα μόνο κύτταρο, συμπεριλαμβανομένων CCSP C12 και C13, προήλθαν από τον κακοήθη ασκίτη ωοθηκών και πολλαπλασιάζονται σε καλλιέργεια όπως περιγράφηκε προηγουμένως [5,36]. δοκιμασίες Κλωνικότητα χρησιμοποιώντας τη μέθοδο HUMARA [38] και την εγκληματολογική ανάλυση STR έδειξε ένα μονοκλωνικό προέλευση για το σύνολο των έξι CCSPs εξετάστηκαν (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Παρ ‘όλα αυτά, η ανάλυση καρυότυπου χρωμοσωμάτων μετάφασης εξάγεται από κάθε υποπληθυσμό καρκινικών κυττάρων, απλώνονται σε πλάκες και αναλύονται με Φασματική-Καρυοτυπική (SKY), έδειξε ένα υψηλό επίπεδο χρωμοσωμικών αλλαγών και παραλλαγών μεταξύ των CCSPs (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Θα πρέπει να σημειωθεί ότι παρόλο που διατηρούνται σε καλλιέργεια για περισσότερο από 6 χρόνια, καλλιέργειες κυττάρων έχουν κατ ‘επανάληψη ξεκίνησε από κατεψυγμένα αποθέματα κάθε 3-4 μήνες, και οι CCSPs ανθεκτικά και με συνέπεια τη διατήρηση των «

καλόπιστους

» χαρακτηριστικά του καρκίνου των ωοθηκών , χαρακτηριστικά CSC και ξενομοσχεύτηκε όγκου ιστολογική φαινότυπο [5,36].

Ζώα, τεράτωμα, σχηματισμό όγκων και το χειρισμό των ιστών

SCID /μπεζ ποντίκια αγοράστηκαν από Harlan Laboratories Ltd., Ιερουσαλήμ, Ισραήλ. Τα ποντίκια στεγάστηκαν και διατηρήθηκαν υπό συγκεκριμένες ελεύθερες παθογόνων συνθήκες σύμφωνα με τις οδηγίες της επιτροπής για τον έλεγχο των πειραμάτων σε ζώα στο Technion – Israel Institute of Technology, Χάιφα, Ισραήλ. Αυτό εγκρίθηκε από την Επιτροπή Θεσμικών Ζωικά Φροντίδα και Χρήση του Technion (Πρωτόκολλο # IL-026-02-12). Τα ποντίκια παρατηρήθηκαν για τεράτωμα και όγκου σχηματισμός μία φορά την εβδομάδα και θυσιάστηκαν χρησιμοποιώντας CO

2 εισπνοή. Για τον σχηματισμό τεράτωμα, αδιαφοροποίητη hESC από τον κλώνο H9.1 (46XX), ενέθηκαν σε ποντίκια hindlimb μυϊκό σύστημα (~ 5×10

6 κύτταρα ανά ένεση) [29]. Σε 7-8 εβδομάδες μετά την αρχική ένεση του hESC, 4X10

6 καρκινικά κύτταρα εγχύθηκαν εντός του τεράτωμα (i.t όγκους) και αφέθηκαν να αναπτυχθούν επί άλλες 20 έως 60 ημέρες. όγκους ελέγχου που προέρχονται από απευθείας έγχυση (όγκοι im) του 4×10

6 κύτταρα μέσα στο μυϊκό σύστημα των πίσω άκρων συλλέχθηκαν στις 20-60 ημέρες μετά την ένεση.

μελέτες γονιδιακής έκφρασης

Οι μελέτες έκφρασης ήταν διεξάγεται με τρία ανεξάρτητα σύνολα δειγμάτων με τη χρήση της Illumina HumanWG-6 έκφραση V3.0 beadchip Array. Οι σαρωμένες εικόνες αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας το λογισμικό Illumina του GenomeStudio V.2009.1 (Illumina Inc. San Diego, CA, USA) για την εξαγωγή, και τον έλεγχο της ποιότητας. Τα ανεπεξέργαστα δεδομένα που λαμβάνονται από τα τρία ανεξάρτητα πειράματα μικροσυστοιχιών εισήχθησαν γονιδιωματικής λογισμικού (Genomics Suite? Partek Inc., St Louis, ΜΟ), κανονικοποιημένη, και την απομάκρυνση τυχόν μη-βιολογικές, «αποτελέσματα παρτίδα», η οποία μπορεί να επηρεάσει την αποτελεσμάτων που εκτελούνται. Τα σήματα γονιδιακής έκφρασης μεταμορφώθηκαν με τον υπολογισμό της βάσης των δύο λογαρίθμους. Γονίδια που δίνεται μεταγραφή τους δεν εκφράστηκε πάνω από το υπόβαθρο που ορίζεται από αρνητική ανιχνευτές έλεγχο της beadchip Illumina σε όλα τα δείγματα φιλτράρονται. Τα στοιχεία έχουν κατατεθεί στο National Center for Biotechnology Information GEO7, και είναι προσβάσιμα μέσω του GEO Σειρά ένταξη GSE43208.

Η διαφορική έκφραση των μεμονωμένων γονιδίων

Γονίδια τα οποία ρυθμίζονται διαφορικά σε κάθε ομάδα, ήταν επιλέγονται με βάση την αλλαγή φορές τους. Ο μέσος όρος των κανονικοποιημένων γονιδίων σήματα μεταξύ των διαφόρων ομάδων συγκρίθηκε και t-test Student χρησιμοποιήθηκε για την εκτίμηση της στατιστικής σημασίας της διαφοράς φορές μεταξύ τους. επιλεγμένων γονιδίων βασίστηκαν φορές αλλαγή (& gt? 2), και τα αντίστοιχα στατιστικά σημαντική p-value (& lt? 0,05). Για να μειωθεί η πιθανότητα ψευδώς θετικών, γονίδια που δεν ακολουθούν το όριο 2 φορές σε κάθε μία από τις ανεξάρτητες συστοιχίες γονιδιακής έκφρασης 3 παραλείφθηκαν.

Γονιδιακή Ρύθμιση Εμπλουτισμός αναλύσεις (GSEA)

GSEA πραγματοποιήθηκε με τη χρήση της JAVA-based λογισμικό [39]. Το εργαλείο ανάλυσης Leading Edge (ΛΕΑ) χρησιμοποιήθηκε για να εξαγάγετε τα μέλη του πυρήνα γονιδίου των εμπλουτισμένων σετ γονιδίων, προκειμένου να δημιουργήσετε λίστες των γονιδίων που κάνουν τη μεγαλύτερη συμβολή στις αντίστοιχες βαθμολογίες εμπλουτισμού (ES) που λαμβάνεται είτε για C12 im, C12 είναι, C13 im, και C13 διακρίσεις είναι τάξη. Μια συντηρητική όριο των False Detection Rate (FDR) & lt? 0,05 και τιμή p & lt? 0,05 προσδιορίστηκε μετά από 1.000 τυχαία μεταθέσεις. Μόνο που οδηγεί γονίδια αιχμής που μοιράστηκαν κατά τουλάχιστον 5 στατιστικά εμπλουτισμένο σύνολα γονίδιο χρησιμοποιήθηκαν στη συνέχεια για τον Gene Ontology αναλύσεις.

Γονιδιακή Οντολογία (GO) ανάλυση

Το web-based εργαλείο Gorilla (http : //cbl-gorilla.cs.technion.ac.il) που χρησιμοποιεί κατετάγη λίστες γονίδιο που χρησιμοποιείται για τον προσδιορισμό εμπλουτισμένο σχολιασμούς GO [40]. Ως εισροές κατάλογο στόχων, χρησιμοποιήσαμε τα μέλη του πυρήνα γονιδίου του εργαλείου GSEA λιβάδι συσχετίζεται με C12 ή C13 προέρχονται όγκους που αναπτύσσονται ενδομυϊκή (ενδομυϊκή) ή ενδο-τεράτωμα (i.t). Οι τέσσερις πίνακες στόχοι χρησιμοποιούνται χωριστά, ενώ ένας κατάλογος που αντιπροσωπεύει όλα τα γονίδια δοκιμάστηκαν στην πλατφόρμα γονιδιακή έκφραση Illumina χρησίμευσε ως φόντο για κάθε ένα από τα αναλύσεων. Η τιμή p συντηρητική όριο & lt? 0.005 επιλέχθηκε μετά από Bonferroni διόρθωση για πολλαπλές συγκρίσεις

περιοριστικά κριτήρια ανάλυσης

1) Γονίδια που δεν ακολουθούν το όριο 2 φορές σε κάθε μία από τις ανεξάρτητες 3. συστοιχίες γονιδιακής έκφρασης είχαν παραλειφθεί (πολύ περιοριστικά κριτήρια). 2) Στο GSEA, συντηρητική ονομαστική τιμή p & lt? 0,05 (ΝΟΜ p) και FDR Q-value & lt? 0,05 επιλέχθηκαν 3) λιβάδι χρησιμοποιήθηκε. 4) Κατά την ανάλυση εμπλουτισμού GO, αποκοπής του p-value & lt?. 0.005 επιλέχθηκε

Pathway-Εστιασμένη Πίνακες

Το ανθρώπινο Wnt, Sonic Hedgehog και Notch μονοπατιού σηματοδότησης RT

2 συστοιχίες Profiler PCR (SuperArray Bioscience, Frederick, USA) χρησιμοποιήθηκαν σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή με 1 μα RNA ως αρχικό υλικό σε κάθε συστοιχία. Η ανάλυση των δεδομένων έγινε με SABiosciences web-based PCR Array λογισμικό ανάλυσης δεδομένων (https://sabiosciences.com/pcrarraydataanalysis.php) και την εφευρετικότητα Pathway ανάλυση (ΜΠΒ), το λογισμικό (Ingenuity Systems, Redwood City, CA).

εκχύλιση RNA από δείγματα όγκου μικρο-ανατομή λέιζερ, και από το

σε

vitro

αναπτυσσόμενα κύτταρα, αναλύσεις qRT-PCR και αλληλούχιση Bisulfite περιγράφονται στο Υλικά και μέθοδοι S1. Τα γονίδια ειδικά αρχικά τεμάχια που χρησιμοποιούνται για qRT-PCR και όξινο θειώδες αναλύσεις που παρέχονται στους Πίνακες S2 και S3.

Αποτελέσματα

προφίλ Έκφραση OCCC προερχόμενων ετερογενής καρκινικά κύτταρα

in vitro

και

in vivo

η

Έχουμε αναφέρει πρόσφατα την παρατήρηση ότι συνεπή ετερογένεια στην ογκογόνων ιδιοτήτων μεταξύ έξι διαφορετικών OCCC που προέρχονται CCSPs ήταν πιο εντυπωσιακά αντανακλάται σε τους θέση εξαρτώμενη από

in vivo

ογκογόνο ικανότητες και όγκου κυτταρικό φαινότυπο [36], και ότι η hESC που προέρχονται από εξειδικευμένες υποστηρίζει περαιτέρω αυτο-ανανέωση CSC και εκθέτει πλήρες ρεπερτόριο τους ογκογόνο φαινότυπο [5]. Για να ρίξει φως σχετικά με τη συμβολή μικροπεριβάλλον του όγκου σε αυτή την ετερογένεια, εστιάσαμε στην μικροσυστοιχιών γονιδιακής έκφρασης αναλύσεις για τον χαρακτηρισμό των προφίλ γονιδιακής έκφρασης των δύο διακριτών υποπληθυσμών των καρκινικών κυττάρων, CCSP C12 και C13 τα οποία αναπτύσσονται με επιτυχία τόσο στην ξενομεταμόσχευση και ανθρώπινα εμβρυϊκά βλαστοκύτταρα που βασίζονται μοντέλα τεράτωμα, και που εμφανίζουν τα άκρα των ογκογόνων φαινοτυπικών ιδιοτήτων και την ικανότητα αυτο-ανανέωσης εξειδικευμένες εξαρτώμενη [5,36]. Τα C12 που προέρχονται από όγκους χαρακτηρίζεται από μια πληθώρα εξαιρετικά διαφοροποιημένες δομές των ωοθηκών, ενώ το C13 που προέρχονται από όγκους παρουσιάζουν κακή ωοθηκών δομική διαφοροποίηση [36]. Επιπλέον, C13 διατηρεί την ικανότητά της για αυτο-ανανέωση, όπως αποδεικνύεται από

in vivo

διαιώνιση των ογκογόνων καρκινικών κυττάρων, τόσο στο μυϊκό και το hESC προερχόμενο κυτταρικό ιστό ενώ C12 αποτυγχάνει να διαιωνίσει ογκογονικά κύτταρα του ποντικού ιστό, αλλά δημιουργεί εξαιρετικά επιθετική και επεμβατική όγκους μέσα στο ανθρώπινα εμβρυϊκά βλαστοκύτταρα που προέρχονται από κυτταρικό ιστό [5]. Υπό το φως αυτής της εντυπωσιακό αποτέλεσμα, έχουμε ως στόχο να οριοθετηθούν το προφίλ γονιδιακής έκφρασης του CCSP C12 και C13 που προέρχεται όγκων ως αντανάκλαση της αλληλεπίδρασης μεταξύ των κυττάρων του όγκου και το μικροπεριβάλλον του όγκου. RNA δείγματα εκχυλίζονται από C12 και C13 αναπτύσσονται σε καλλιέργεια κυττάρων, και από όγκους που δημιουργούνται ενδομυϊκή και i.t (κάθε δείγμα εις τριπλούν) και υβριδοποιήθηκαν σε συστοιχίες έκφρασης γονιδιώματος συνολικά (βλ Υλικά και Μέθοδοι). Σχηματική αναπαράσταση της διαδικασίας ανάλυσης περιγράφεται στο Σχήμα 1. Η συστοιχία αναλύσεις διεξήχθησαν στα ακόλουθα επίπεδα: C12 έναντι C13

in vitro

καλλιεργούνται κύτταρα, C12 έναντι όγκων im C13 και C12 έναντι C13 αυτό όγκους (Σχήμα 1Α , Β). Ανάλυση κύριων συνιστωσών (PCA) για τα δεδομένα που ελήφθησαν διεξήχθη για να αξιολογηθεί η σχετική ιεραρχική συμβολή των διαφορών στη γονιδιακή έκφραση μεταξύ των δειγμάτων (Σχήμα 2Α). Διακριτή ομαδοποίηση των C12

in vitro

καλλιεργούνται δείγματα κυττάρων και C13

in vitro

παρατηρήθηκε δείγματα που καλλιεργούνται κύτταρα, ωστόσο, μια προφανής η σχέση αποδεικνύεται μεταξύ C12 im και δειγμάτων και μεταξύ C13 im και δείγματα, υποδεικνύοντας σημαντικές διαφορές στα προφίλ γονιδιακής έκφρασης μεταξύ CCSPs C12 και C13. Ιεραρχική ανάλυση συστάδων (HCA) κάθε δείγματος εις τριπλούν περαιτέρω επιβεβαιώνει αυτά τα αποτελέσματα (Εικόνα 2Β). Διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια (DEG) μεταξύ C12 και C13

in vitro

καλλιεργούνται κύτταρα και μεταξύ όγκων που δημιουργούνται im και ταυτοποιήθηκαν με βάση την πολλαπλή μεταβολή (& gt? 2) και τα αντίστοιχα στατιστικά σημαντική ρ-τιμές (& gt? 0,05) . Επικάλυψη των DEG σε όλα τα δείγματα που εξετάστηκαν αποκάλυψε 47 επικαλυπτόμενα γονίδια που ήταν σημαντικά αλλάξει (Σχήμα 1Α) που αποτελούνται από πυρήνα διαφορές μεταξύ υποπληθυσμών των καρκινικών κυττάρων C12 και C13, εκ των οποίων, 26 ​​και 21 γονιδίων απέδειξαν αυξημένη έκφραση σε C12 και C13 αντίστοιχα (πίνακες 1 και 2).

Μια

, Workflow των αναλύσεων που πραγματοποιήθηκαν για προφίλ γονιδιακής έκφρασης των καρκινικών κυττάρων υποπληθυσμών (CCSPs) C12 και C13

στο

vitro

και

στην

vivo

.

Β

, Ταυτοποίηση διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων μεταξύ C12 και C13

στο

vitro

καλλιεργούνται κύτταρα και μεταξύ των όγκων που παράγονται ενδομυϊκή (ΙΜ) και intrateratoma (αυτό), και Gene Ontology σχολιασμούς που συσχετίζονται με όγκους που δημιουργούνται im και

Η

Μια

, Τα αποτελέσματα PCA παρέχονται ως δισδιάστατες απεικονίσεις με βάση τα αποτελέσματα συνεισφοράς για τις δύο πρώτες συνιστώσες. Διακρίσεις μεταξύ των υποπληθυσμών δείγματα (CCSPs) C12 και C13 καρκινικών κυττάρων φαίνεται όπως αναφέρεται στη σύλληψη χρώμα.

Β

, Ιεραρχική ομαδοποίηση των δειγμάτων χρησιμοποιώντας όλα τα 48.803 στοιχεία αισθητήρα στο τσιπ χάντρα Illumina αποδειχθεί μεταβλητότητας μεταξύ των δειγμάτων CCSPs C12 και C13.

Η Αυξημένα κατά CCSP C12

C12 vs κύτταρα C13

C12 vs C13 im

C12 vs C13 είναι

Illumina probe_ID

Σύμβολο Gene

Gene Όνομα

φορές αλλαγή

p-value

φορές p-τιμή μεταβολής

φορές αλλαγή

p-value

ILMN_1677814ABCC3ATP-δεσμευτική κασέτα, υπο-οικογένεια C (CFTR /MRP), μέλος παράγοντας 310.030.00212.40010.400.003ILMN_2081070BTCbetacellulin6.380.0012.7103.290ILMN_1677108CAPN13calpain 135.800.01211.070.0015.930.005ILMN_1777190CFDcomplement D (αδιψίνη) 4.370.0013.6803.140.001ILMN_1656560DKFZP564O0823prostate ανδρογόνων-ρυθμίζεται βλεννίνη-όπως πρωτεΐνη 15.2503.780.0013.830.004ILMN_1815673DKK3dickkopf WNT αναστολέας οδού σηματοδότησης 32.630.0256.380.0036.270.004ILMN_2398159DKK3dickkopf σηματοδότηση Wnt μονοπάτι αναστολέας 33.210.0098.700.0018.490.001ILMN_1729455EML1echinoderm μικροσωληνίσκους πρωτεΐνη που συνδέεται, όπως 13.150. 0105.680.0035.680ILMN_1743445FAM107Aamily με ομοιότητα ακολουθίας 107, μέλος A29.680.00917.21016.300ILMN_1715748FLNCfilamin C, gamma10.7003.750.0064.380.001ILMN_1799744GALCgalactosylceramidase9.140.00112.380.00113.480ILMN_1726666GPX3glutathione υπεροξειδάσης 3 (πλάσμα) 169.140409.810368.950ILMN_1696183HBQ1hemoglobin, θήτα 17.6802.9903.020ILMN_2217329IAH1isoamyl οξικό-υδρόλυση εστεράσης 1 ομόλογο (S. cerevisiae) 13.4309.4506.930ILMN_1673521KISS1RKISS1 receptor5.6204.1403.970ILMN_1662358MX1myxovirus (ιός της γρίπης) αντίσταση 1, ιντερφερόνη-διεγέρσιμη πρωτεΐνη ρ78 (ποντίκι) 17.36039.970.00127.660ILMN_1709814NMRAL1NmrA-σαν οικογένεια πεδίο περιέχει 18.7409.41010.100ILMN_1680339PDGFRLplatelet προερχόμενα από τον υποδοχέα-like2.950.0035.200.0015.310.001ILMN_1792506PLA1Aphospholipase αυξητικού παράγοντα Α1 μέλος A4.8402.4902.840.003ILMN_1736533RND2Rho οικογένειας ΘΤΡάσης 26.800.0017.360.0016.500.002ILMN_1726928TCEA3transcription παράγοντα επιμήκυνσης Α (SII ), 312.4903.970.0015.620ILMN_1760245TMEM42transmembrane πρωτεΐνη 426.780.0015.260.0015.190ILMN_1713990TRIP6thyroid αλληλεπίδρασης ορμονικών υποδοχέων 63.370.0016.210.0015.120.004ILMN_1670377ZNF20zinc δάχτυλο πρωτεΐνη 203.950.0016.4905.680ILMN_1798533ZNF22zinc πρωτεΐνης δακτύλου 227.7206.7206.570ILMN_2117904ZNF22zinc δάχτυλο πρωτεΐνη 227.6906.5107.660ILMN_1728710ZNF816Azinc δάχτυλο πρωτεΐνη 8166.510.0017.040.0017.220 πρωτεΐνης δακτύλου ILMN_1802053ZNF91zinc 914.180.0063.9003.770.001Table 1. διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων μεταξύ των καρκινικών κυττάρων υποπληθυσμών (CCSPs) C12 και C13

στο

vitro

καλλιεργούνται κύτταρα και μεταξύ των όγκων που παράγονται ενδομυϊκή (ΙΜ) και intrateratoma (IT).

τιμές των μηδέν (0) = λιγότερο από 0.001 CSV CSV Κατεβάστε Αυξημένα κατά CCSP C13

C13 vs κύτταρα C12

C13 vs C12 im

C13 vs C12 είναι

ΟΝΟΜΑ

Gene Σύμβολο

Gene Όνομα

φορές αλλαγή p-value

Η πάσο p-τιμή μεταβολής

Η πάσο p-τιμή μεταβολής

Η ILMN_1802167ALDH1L1aldehyde αφυδρογονάση 1 οικογένεια, μέλος L15.1103.870.0016.570.001ILMN_1805410C15orf48chromosome 15 ανοικτό αναγνωστικό παράγοντας 488.380.0073.060.0092.830.002ILMN_1774287CFBcomplement πλαίσιο B4.450.0013.500.0015.350ILMN_1810942CYP3A5cytochrome P450, οικογένεια 3, υποοικογένεια Α, πολυπεπτίδιο τομέα 54.870.0115.760.0179.230.007ILMN_1725597FXYD4FXYD περιέχει ρυθμιστή ιόντων μεταφορά 44.570. 0056.080.0056.800.004ILMN_1660973GAD1glutamate αποκαρβοξυλάση 15.440.0012.520.0022.550.001ILMN_1712082GCNT3glucosaminyl (Ν-ακετυλο) τρανσφεράσης 3, βλεννίνη type5.900.0093.6504.190.002ILMN_1739813HYAL1hyaluronoglucosaminidase 14.030.00815.84014.140ILMN_2314417HYAL1hyaluronoglucosaminidase 12.430.0046.050.0025.650.001ILMN_1778010IL32interleukin 322.870.0096.450.0015.180ILMN_1705814KRT80keratin 803.990.0153.840 .0023.570ILMN_1692223LCN2lipocalin 220.320.0052.500.0023.820.006ILMN_1814270LY6Dlymphocyte αντιγόνο 6 συγκρότημα, θέση D10.2909.520.00212.990ILMN_1802780M160CD163 μόριο-όπως 13.290.0015.320.0044.830.001ILMN_1651568MUC13mucin 13, στην κυτταρική επιφάνεια associated4.570.0053.980.0027.130ILMN_1709809NHP2L1NHP2 μη-ιστόνης πρωτεΐνης χρωμόσωμα 2-όπως 1 (S. μεταφορά cerevisiae) 11.1407.9505.260.001ILMN_1773389PLTPphospholipid protein6.3803.280.0034.610.006ILMN_1713829PTGESprostaglandin E synthase5.9108.5309.180ILMN_1651429SELMselenoprotein M2.530.0013.510.0023.800.001ILMN_1683670SLC10A2solute φορέα οικογένεια 10 (/συμμεταφορέας οξύ χολής νάτριο), μέλος 25.650.00115.1105.140.006ILMN_1739001TACSTD2tumor που σχετίζεται με το ασβέστιο μετατροπέας σήματος 276.1505.310.0125.460.004ILMN_1725387TMEM200Atransmembrane πρωτεΐνη 200A4.540.0047.310.0047.950.003Table 2. διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων μεταξύ των καρκινικών κυττάρων υποπληθυσμών (CCSPs) C13 και C12

στο

vitro

καλλιεργούνται κύτταρα, καθώς και μεταξύ όγκοι που δημιουργούνται ενδομυϊκή (ΙΜ) και intrateratoma (IT)

τιμές των μηδέν (0) = λιγότερο από 0.001 CSV Λήψη CSV

μικροπεριβάλλον -. εξαρτάται από το γονίδιο όγκου προφίλ έκφρασης

Για να εξετάσει το προφίλ της γονιδιακής έκφρασης της CCSP C12 και C13 – προέρχεται όγκων ως αντανάκλαση της αλληλεπίδρασης μεταξύ των κυττάρων του όγκου και το μικροπεριβάλλον του όγκου (Εικόνα 1Β), εφαρμόσαμε ανάλυση γονιδίων σύνολο εμπλουτισμού (GSEA) [39], για να εκτιμήσει κατά πόσον ξεχωριστές σειρές γονιδίου ήταν στατιστικά σημαντικές. Για το σκοπό αυτό χρησιμοποιήσαμε συνολικά 3279 γονιδίου σύνολα που δημοσιεύονται στη βάση δεδομένων Μοριακής Υπογραφές επίσημη ιστοσελίδα GSEA (https://broadinstitute.org/gsea). GSEA ανιχνεύει εμπλουτισμό ολόκληρη σετ λειτουργικά σχετίζονται με τις ομάδες των γονιδίων με τη σύγκριση των δεδομένων έκφρασης με επιλεγμένα σύνολα γονιδίων από διαθέσιμες βάσεις δεδομένων σετ γονιδίων. Τα σύνολα γονιδίων με ονομαστική τιμή-ρ & lt? 0,05 (ΝΟΜ p) και FDR τιμή Q & lt? 0,05 χρησιμοποιήθηκαν για να ελαχιστοποιηθεί η ταυτοποίηση των ψευδώς θετικών στην ανάλυση GSEA. Από τις 3279 σειρές γονιδίων οι οποίες ελέγχθηκαν στην C12 ενδομυϊκή έναντι i.t σύγκριση, 401 γονίδιο σύνολα εμπλουτίστηκαν σε C12 i.t, και 43 γονίδιο σύνολα εμπλουτισμένο σε C12 i.m. Επιπλέον, στην ενδομυϊκές έναντι i.t σύγκριση C13, 120 σύνολα εμπλουτίστηκαν σε C13 τάξη i.t, και 43 σειρές γονιδίων συσχετίζονται με την τάξη ενδομυϊκή C13 (Πίνακας 3). Για να ερμηνεύσει αποτελεσματικά αυτό το μεγάλο ποσό των δεδομένων, χρησιμοποιήσαμε το εργαλείο λιβάδι του λογισμικού GSEA, αποσπώντας τα μέλη του γονιδίου πυρήνα των εμπλουτίζεται σύνολα γονιδίων που συμβάλλουν τα μέγιστα με τις αντίστοιχες τιμές ES. Λαμβάνοντας υπόψη μόνο κορυφαία γονίδια άκρη, δημιουργήσαμε 4 λίστες γονίδιο που αντιπροσωπεύουν τις πιο σημαντικές υποσύνολα για C12 ενδομυϊκώς, C12 i.t, C13 ενδομυϊκές και C13 ε.τ. Το Σχήμα 3 δείχνει τις 100 πιο διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων ανάλογα με GSEA για C12 και C13

in vitro

καλλιεργούνται κύτταρα (Σχήμα 3Α) και για C12 ενδομυϊκή και i.t (Σχήμα 3Β) και C13 ενδομυϊκή και i.t. (Εικόνα 3C).

Εμπλουτισμένο σύνολα γονιδίων

Gene Σετ Όνομα Ver.2.5

Gene Set Μέγεθος

ES

NES

ΝΟΜ σ

FDR q

C12 ενδομυϊκή DAC_IFN_BLADDER_UP17-0.755-2.27700GNF2_IGF125-0.667-2.18200.002GNF2_LYN26-0.630-2.15000.003MODULE_345114-0.495-2.22300.003MODULE_436124-0.449-2.08200.006MODULE_7121-0.633-2.01400.01IFN_BETA_UP65-0.477-1.96700.011MODULE_171128-0.428-1.97900.014PROTEASOME17-0.588-1.7620.0060.045ANDROGEN_AND_ESTROGEN_METABOLISM23-0.552-1.7910.010.038 C12 i.tHSA04512_ECM_RECEPTOR_INTERACTION850.7942.65200HSA01430_CELL_COMMUNICATION1350.7082.51600DNA_REPLICATION_REACTOME440.6912.10400.002CANCER_UNDIFFERENTIATED_META_UP680.6412.08300.003HSA04350_TGF_BETA_SIGNALING_PATHWAY880.5721.94500.012CELL_ADHESION1710.5181.86700.022HSA04310_WNT_SIGNALING_PATHWAY1470.5151.82700.03CELL_CYCLE770.5651.8520.0010.024HSA05217_BASAL_CELL_CARCINOMA550.6171.9400.0010.013SRC_ONCOGENIC_SIGNATURE580.5621.7530.0060.044 C13 ενδομυϊκή BECKER_TAMOXIFEN_RESISTANT_UP38-0.487-3.12600DSRNA_UP36-0.436-2.13200CMV_8HRS_UP32-0.451-2.08800MODULE_35528-0.416-2.10900DAC_IFN_BLADDER_UP17-0.535-2.21300.001HPV31_DN48-0.379-2.16700.002CMV_24HRS_UP72-0.263-1.26100.007NF90_UP24-0.487-1.92600.008RIBAVIRIN_RSV_UP22-0.409-1.79800.016ET743_RESIST_UP17-0.385-1.68900.036C13 το HSA01032_GLYCAN_STRUCTURES_DEGRADATION300.5931.59000.002MYC_ONCOGENIC_SIGNATURE1900.4941.52100.006RAS_ONCOGENIC_SIGNATURE2490.4491.39600.029HSA04910_INSULIN_SIGNALING_PATHWAY1350.4541.3860.0010.032HSA04012_ERBB_SIGNALING_PATHWAY870.4851.4330.0020.019HSA04370_VEGF_SIGNALING_PATHWAY700.4821.4150.0040.023HSA04150_MTOR_SIGNALING_PATHWAY480.5201.4770.0050.011HSA04512_ECM_RECEPTOR_INTERACTION850.4541.3350.0120.052HSA04330_NOTCH_SIGNALING_PATHWAY460.4881.3810.020.033HSA00100_BIOSYNTHESIS_OF_STEROIDS240.5421.4180.0310.022Table 3. Εκπρόσωπος εμπλουτισμένο γονίδιο σύνολα για CCSPs C12 και C13 προερχόμενη όγκοι που δημιουργούνται ενδομυϊκή (ΙΜ) και intrateratoma (IT).

Τιμές των μηδέν (0) = λιγότερο από 0.001MSigDB Ver.2.5ES = Εμπλουτισμός Βαθμολογία NES = τυποποιημένη Εμπλουτισμός σκοράρει FDR = False Discovery Rate CSV Λήψη CSV

Οι 100 πιο διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων μεταξύ των καρκινικών κυττάρων υποπληθυσμών (CCSPs) C12 και C13

στο

vitro

καλλιεργούνται κύτταρα (

A

), CCSP C12 που προέρχονται από όγκους που δημιουργούνται ενδομυϊκή (ΙΜ) και intrateratoma (IT) (

Β

) και CCSP C13 που προέρχονται από όγκους που δημιουργούνται im και (

C

). Η διαφορική έκφραση των γονιδίων υπολογίστηκε σύμφωνα με τις μετρήσεις σήματος-προς-θόρυβο. Οι top 50 σύμβολα αντιπροσωπεύουν γονίδια τα οποία ήταν αυξημένα σε όγκους που αναπτύχθηκε ε.τ. Τα επόμενα 50 σύμβολα αντιπροσωπεύουν γονίδια τα οποία είναι αυξημένα σε όγκους που αναπτύχθηκε ενδομυϊκά Γονίδια τα οποία βρίσκονται υψηλότερα σε καθεμία από τις δύο ομάδες των 50 γονιδίων υποδεικνύει ένα υψηλότερο επίπεδο από ό, τι διαφορά τα ευρισκόμενα σε χαμηλότερες θέσεις. Οι τιμές έκφρασης εκπροσωπούνται όπως φαίνεται στο χρώμα λεζάντα.

Η

Γονιδιακή Οντολογία (GO) εμπλουτισμός ανάλυση

Οι προκύπτουσες λίστες γονιδίων υποβλήθηκαν σε GO εμπλουτισμό ανάλυση [40], με τη χρήση του γορίλα web-based λογισμικό. Η είσοδος για την ανάλυση αυτή αποτελούνταν από τους καταλόγους των κορυφαίων γονιδίων άκρη και μια λίστα με φόντο το οποίο αντιπροσωπεύει το σύνολο των γονιδίων που εξετάστηκαν στην πλατφόρμα έκφρασης του γονιδίου Illumina. Με μια συντηρητική κριτήριο Bonferroni προσαρμοστεί τιμή p & lt? 0.005, λάβαμε δύο καταλόγους εμπλουτισμένο όρων GO ανά CCSP, που αντιπροσωπεύει την αλληλεπίδρασή του με τα δύο διαφορετικά μικροπεριβάλλοντα. Σημαντικά, στην κόγχη του ποντικού, μόνο ένας περιορισμένος αριθμός διαφορών μεταξύ των δύο CCSPs βρέθηκαν (Σχήμα 4Α, C). 10 και 7 όροι GO εμπλουτίστηκαν σε CCSP C12 και C13 αντίστοιχα. Όλα τα 7 όροι GO που εμπλουτίστηκαν σε CCSP C13 ενδομυϊκή επίσης εμπλουτισμένη με CCSP C12 ενδομυϊκή με παρόμοιες βαθμολογίες εμπλουτισμό τιμές (ES). Όλες αυτές ορίζονται όρους GO που σχετίζονται με το ανοσοποιητικό σύστημα και να συμμετέχουν στο «κελί απάντηση σε ένα ερέθισμα που παράγεται από έναν ζωντανό οργανισμό». Ο εμπλουτισμός αυτών GO όρων καταδεικνύει μια αλλαγή στην κατάσταση ή δραστηριότητα του CCPSs, ως αποτέλεσμα της αλληλεπίδρασης με την ετερόλογη εξωτερικό περιβάλλον, όπως θα αναμενόταν. Από την άλλη πλευρά, στην hESC προερχόμενα μικροπεριβάλλον παρατηρήθηκαν πολύ μεγαλύτερες διαφορές μεταξύ των δύο CCSPs (Σχήμα 4Β, D). CCSP C12 εμφάνισε εμπλουτισμό των πολλαπλών όρων GO που σχετίζονται με τον κυτταρικό κύκλο, η οποία μπορεί να αντανακλά την επίδραση του hESC προερχόμενων μικροπεριβάλλον ως μια θέση πιο στήριξης σε αντίθεση με την μικροπεριβάλλον ποντικού. Επιπλέον, GO όροι που σχετίζονται με τη διαδικασία της επιθηλιακής προς μεσεγχυματικά μετάβαση (ΕΜΤ) επίσης εμπλουτισμένο σε C12 που προέρχεται όγκους στο hESC προερχόμενο μικροπεριβάλλον. Σε σχέση με το C12, C13 CCSP προέρχεται όγκους στο ανθρώπινα εμβρυϊκά βλαστοκύτταρα που προέρχονται από μικροπεριβάλλον παρουσιάζουν μόνο μερικά, χαμηλή τιμή ES εμπλουτίζεται όρους GO, ως επί το πλείστον σχετίζονται με μεταβολικές διεργασίες. Οι κατάλογοι των εμπλουτισμένων όρων GO σε C12 και C13 – προέρχονται οι όγκοι που δημιουργούνται ενδομυϊκή και i.t παρουσιάζονται στον Πίνακα S1.

Στατιστικά σημαντικές σειρές γονιδίων GSEA υποβλήθηκαν σε κορυφαία ανάλυση ακμή (ΛΕΑ) και τα προκύπτοντα γονίδια ομαδοποιήθηκαν σε οντολογική σχολιασμούς των βιολογικών κατηγορίες διαδικασίας. Τα διαγράμματα πίτας παρουσιάσει τα εμπλουτισμένα σχολιασμούς GO και οι βαθμολογίες που ταιριάζουν εμπλουτισμό τους (ES) για:

Μια

, GO σχολιασμούς υπερεκφράζεται σε C12 όγκους που δημιουργούνται ενδομυϊκώς σε σύγκριση με το C12 όγκους που δημιουργούνται ε.τ.

Β

, GO σχολιασμούς υπερεκφράζεται σε C12 όγκους που δημιουργούνται i.t σε σύγκριση με το C12 όγκους που δημιουργούνται ενδομυϊκή (οι 20 σχολιασμοί GO με τις υψηλότερες βαθμολογίες εμπλουτισμού φαίνονται).

C

, GO σχολιασμούς μέχρι ρυθμιζόμενη σε C13 όγκους που δημιουργούνται ενδομυϊκώς σε σύγκριση με το C13 όγκους που δημιουργούνται ε.τ.

D

, GO σχολιασμούς υπερεκφράζεται σε όγκους C13 που δημιουργείται είναι σε σύγκριση με το C13 όγκους που δημιουργούνται im

Η

Στο σύνολό τους, η ανάλυση αυτή καταδεικνύει τα διαφορετικά μονοπάτια των αλληλεπιδράσεων μεταξύ CCSPs C12 και C13 με το μικροπεριβάλλον κατά τη διαδικασία της εξέλιξης του όγκου. Σε αντίθεση με το συμβατικό μοντέλο ποντικού, το μοντέλο hESC με βάση επιδεικνύει ένα πιο πολύπλοκο κύτταρο-μικροπεριβάλλον αλληλεπίδραση του καρκίνου, η οποία μπορεί να παράσχει μια πιο αυθεντική αντανάκλαση της σχέσης ανταποκριτή μεταξύ των καρκινικών κυττάρων του ασθενούς και των πολύπλοκων ανθρώπινων ιστών που περιβάλλουν τον όγκο.