Αφηρημένο

Εισαγωγή

Bio-αποθετήρια είναι ανεκτίμητη πόρους για την υλοποίηση μεταφραστική έρευνα για τον καρκίνο και κλινικά προγράμματα. Αντιπροσωπεύουν ένα από τα πιο ισχυρά εργαλεία για βιομοριακής μελέτες κλινικά σχολιασμένη ομάδες, αλλά τα δείγματα υψηλής ποιότητας που απαιτούνται για τη δημιουργία αξιόπιστων μοριακή αναγνώσεις και λειτουργικές μελέτες. Ο στόχος της μελέτης μας ήταν να προσδιορίσει την επίδραση του χρόνου ισχαιμίας του καρκίνου του ιστού στο RNA και του DNA της ποιότητας, καθώς και για την παραγωγή των προερχόμενων από ασθενή Ξενομοσχεύματα (PDXs).

Μέθοδοι

Εκατόν τριάντα πέντε δείγματα καρκίνου του πνεύμονα επιλέχθηκαν μεταξύ Θεσμικών

βιοτράπεζας

δείγματα μας. Ενώσεις αξιολογήθηκαν μεταξύ διαφορετικών θερμό (χειρουργική) και κρύα (ex-vivo) εύρη χρόνου ισχαιμίας και στην ποιότητα του RNA ή PDXs ποσοστά μεταμόσχευση. ποιότητα RNA καθορίστηκε από τον αριθμό ακεραιότητα του RNA τιμές (Rins). Φρέσκα βιώσιμα τμήματα ιστού εμφυτεύθηκαν υποδορίως σε ποντικούς NSG και σειριακά μεταμοσχεύθηκαν

Αποτελέσματα

RNAs με ένα RIN & gt?. 7 ανιχνεύθηκαν σε 51% του δείγματος (70/135), με τιμές του RIN σημαντικά χαμηλότερη (OR 0,08, Ρ = 0,01) σε δείγματα διατηρούνται για περισσότερο από 3 ώρες πριν την κρυοσυντήρηση. Υψηλότερη δείγματα ποιότητα του DNA είχε μια ταυτόχρονη υψηλή RIN. Εξήντα τρεις πρωτογενείς όγκους (41 αδενοκαρκίνωμα) εμφυτεύθηκαν με ένα συνολικό ποσοστό μεταμόσχευσης του 33%. Τόσο η παρατεταμένη ζεστό (& gt? 2 ώρες) και ex-vivo χρόνο ισχαιμίας (& gt? 10 ώρες). Συσχετίστηκαν με χαμηλότερο ποσοστό μεταμόσχευσης (OR 0.09 P = 0,01 και OR 0,04 P = 0,008, αντίστοιχα)

συμπέρασμα

ποιότητας του RNA και ποσοστό μεταμόσχευσης PDXs επηρεάστηκαν αρνητικά από την παρατεταμένη φορές ισχαιμία. Η σωστή συλλογή και επεξεργασία των ιστών να μειώσει το ποσοστό αποτυχίας. Συνολικά, NSCLC Biobanking αντιπροσωπεύει ένα καινοτόμο τροπικότητα, η οποία μπορεί να εκτελεστεί με επιτυχία στην καθημερινή κλινική ρυθμίσεις, όταν θεσπίζονται αυστηρές Τυποποιημένες Διαδικασίες Λειτουργίας

Παράθεση:. Guerrera F, Tabbò ​​F, Bessone L, Maletta F, Gaudiano Μ, Ercole E, et al. (2016) Η Επίδραση των ιστών ισχαιμία Ώρα για RNA Ακεραιότητα και Ξενομοσχεύματα που λαμβάνονται από ασθενή (PDX) Εμφύτευση Rate σε ένα μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα (NSCLC) Βιοτράπεζας. PLoS ONE 11 (1): e0145100. doi: 10.1371 /journal.pone.0145100

Επιμέλεια: Rossella Rota, Ospedale Pediatrico Bambino Gesu », Ιταλία

Ελήφθη: 4, Ιουλ 2015? Αποδεκτές: 28 Νοέμ, 2015? Δημοσιεύθηκε: 5 Γενάρη 2016

Copyright: © 2016 Guerrera et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

χρηματοδότηση:.. Οι συγγραφείς δεν έχουν καμία υποστήριξη ή χρηματοδότηση για να αναφέρετε

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν αντικρουόμενα συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος του πνεύμονα παραμένει η κύρια αιτία των θανάτων από καρκίνο [1]. Μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα (NSCLC) είναι η πιο κοινή υπότυπο, και η κλινική-παθολογική στάσης θεωρείται το χρυσό πρότυπο για να καθορίσει την πρόγνωση των ασθενών. Παρ ‘όλα αυτά, ο σωστός ορισμός της κλινικής έκβασης σε κάθε συγκεκριμένο ασθενή εξακολουθεί να είναι προβληματική [2]. Ακόμα κι αν την τελευταία δεκαετία νέες θεραπευτικές προσεγγίσεις, συμπεριλαμβανομένων των μοριακών θεραπειών, έχουν εισαχθεί, μια ολοκληρωμένη μοριακή-κλινικές χαρακτηρισμός για κάθε άτομο εξακολουθεί να ισχύει μόνο για ένα κλάσμα των ασθενών και περιορίζονται σε πολιτικές φορέα ασφάλισης υγείας. Τέλος, ακόμη και στις καλύτερες ρυθμίσεις, τα αποτελέσματα εξακολουθούν να είναι εξαιρετικά ζοφερή.

Υπάρχει μια συντριπτική συμφωνία ότι για την προώθηση της κλινικής επιτυχίας μας, ένα αναλυτικό χάρτη των παθογενετικών μηχανισμών οδήγηση καρκίνων του πνεύμονα είναι απολύτως απαραίτητο. Για να αποκτήσετε συγκεκριμένο ασθενή και ολοκληρωμένη δακτυλικά αποτυπώματα, η ενσωμάτωση πολλών αναλυτικών λεπτομερειών (π.χ. γονιδιωματική, transcriptomic, πρωτεομική) και κατάλληλα δείγματα (π.χ. δείγματα ιστών, πλάσμα) [3] απαιτείται. Τελικά, η γνώση που θα προκύψει αναμένεται να μεταφραστεί σύντομα σε εξατομικευμένη πρωτόκολλα θεραπείας. Οι δημόσιες βιο-αποθετήρια μοριακά χαρακτηρισμένα και κλινικά σχολιασμένη δείγματα πιστεύεται ότι αντιπροσωπεύει ένα εξαιρετικά πολύτιμο εργαλείο για το σχεδιασμό και την εκτέλεση των καινοτόμων και πιο επιτυχημένες θεραπείες.

Μόλις βιο-αποθετήριο προσπάθειες που σχετίζονται με τον ασθενή Προέρχεται Ξενομοσχεύματα, οι τιμές τους αυξάνονται πάρα πολύ. Πράγματι, τα μοντέλα PDX αντιπροσωπεύουν την αιχμή του δόρατος στη μεταγραφική έρευνα [4] και όταν συνδυάζεται με Sequencing επόμενης γενιάς (NGS) αναλύσεις παρέχουν μια απαράμιλλη εργαλείο. Δεδομένου ότι το ποσοστό των PDX μεταμόσχευση συνδέεται με πολλαπλές μεταβλητές, συμπεριλαμβανομένης της φύσης των όγκων, το στάδιο της νόσου και την ποιότητα της δειγματοληψίας ιστού, ταχεία απόκτηση ιστών και ένα σωστό χειρισμό των φρέσκων δειγμάτων είναι απολύτως κρίσιμη.

Προς προς το σκοπό αυτό, η μεταφορά των χειρουργικών δειγμάτων από το χειρουργείο (OR) με τη χειρουργική παθολογία θέατρο απαιτεί μια απότομη οργάνωση, ικανή να εφαρμόσει διαδικασία λειτουργίας αυστηρές Πρότυπο (SOP) στο πλαίσιο μιας ολοκληρωμένης διεπιστημονικής δίκτυο [5]. Δεδομένου ότι η έγκαιρη μεταφορά περιορίζει το χρόνο ισχαιμίας ex-vivo, θα πρέπει να αφιερώσει σημαντικές προσπάθειες για να βελτιωθεί αυτή η κρίσιμο βήμα που ευνοούν την καλύτερη διατήρηση των παθολογικών δείγματος. Σκοπός μας ήταν να προσδιοριστεί η επίδραση του χρόνου ισχαιμίας καρκινικού ιστού από την ποιότητα των δειγμάτων καρκίνου του πνεύμονα αποθηκεύονται σε βιο-αποθήκη μας και πώς αυτό μπορεί να επηρεάσει μοριακού υψηλής απόδοσης αναλύσεις και η ανάπτυξη νέων προκλινικών in vivo μοντέλα.

Εδώ περιγράφουμε ένα πρωτόκολλο για τη συλλογή ιστού που οραματίζονται την άμεση συντήρηση των χειρουργικών δείγμα χρησιμοποιώντας ένα κενό μέθοδο σφράγισης εντός της εγκατάστασης ή, ακολουθούμενη από τη μεταφορά του δείγματος στους 4 ° C σε χειρουργική παθολογία.

Μέθοδοι

Α. Ασθενής Cohort Περιγραφή

Αναλύσαμε αναδρομικά πνεύμονα δείγματα καρκίνου που συλλέγονται από 135 ασθενείς που υποβλήθηκαν σε χειρουργική εκτομή 2010-2012 με την αρχική θεραπευτική πρόθεση. Ασθενείς που έλαβαν θεραπεία με προεγχειρητική πρωτόκολλα (

i

.

e

. Χημειοθεραπεία, ακτινοθεραπεία) συμπεριλήφθηκαν. Εντός της biorepository συμφωνημένα φυσιολογικό ιστό πνεύμονα, μονοπύρηνα κύτταρα περιφερικού αίματος (PBMCs), τα δείγματα ορού και σιέλου αποκτήθηκαν.

Β. Συγκατάθεση κατόπιν ενημέρωσης

Ένα αφιερωμένο ενημερωμένη συγκατάθεση, σχετικά με την αποθήκευση των ανθρώπινων δειγμάτων, αναπτύχθηκε γενική χρήση στην έρευνα και μοριακές αναλύσεις. Ιδιαίτερη έμφαση έχει δοθεί στα ακόλουθα θέματα:

Σκοπός της μελέτης

Εθελοντική συμμετοχή

Η συλλογή των κλινικών και των δημογραφικών δεδομένων

Απόρρητο και εμπιστευτικότητα

Τα οφέλη και τους κινδύνους της συμμετοχής

Re-επαφής για τα αποτελέσματα των πληροφοριών παρακολούθησης και έρευνας επιστρέψει

Ανάκληση της συναίνεσης

Δευτεροβάθμια ερευνητικό έργο

ιδιοκτησία του δείγματος και την πνευματική ιδιοκτησία

Bio-δείγματα και βιο-υγρού αποθήκευσης

η

Για κάθε ασθενή που εγγράφονται στο πρωτόκολλο Biobanking, η γραπτή συγκατάθεση συλλέχθηκε σε προεγχειρητική ρύθμιση από το θεράποντα χειρουργό του Τμήματος Χειρουργικής θώρακος και ο ασθενής καταχωρήθηκε στο Μητρώο βιοτράπεζα. Η μελέτη αυτή εγκρίθηκε από την επιτροπή δεοντολογίας της Azienda Ospedaliera Universitaria, Citta ‘della Salute e della Scienza di Torino.

C. Πρωτόκολλο συλλογής

δείγματα σιέλου συλλέχθηκαν προεγχειρητικά με Oragene • DNA (ΦΕΚ-500) για μακροχρόνια αποθήκευση. Τα δείγματα αίματος (10 cc) ήταν περι-εγχειρητικά που αποκτήθηκαν σε BD Vacutainer σωλήνες (2 ηπαρινισμένο και 2 μη ηπαρινισμένους σωλήνες) και επεξεργασία. PBMCs, πλάσματος και ορού, συλλέχθηκαν και κατάλληλα αποθηκευμένα. Η ομάδα τράπεζα ιστών ειδοποιήθηκε η ημέρα πριν από τη χειρουργική επέμβαση.

Τα δείγματα διατηρήθηκαν και μεταφέρθηκαν στο εργαστήριο παθολογίας χρησιμοποιώντας τη συσκευασία κενού και την ψύξη διαδικασία (VPAC) [6, 7]. Εν συντομία, στο OR, εκφυτευτεί χειρουργικά δείγματα τοποθετήθηκαν αμέσως σε πλαστικές σακούλες βήτα-ray αποστειρωθούν και κενό σφραγίζεται με τη χρήση του μηχανήματος TissueSAFE (Mod VAC 10, με Milestone, Μπέργκαμο, Ιταλία?. Www.milestonemedsrl.com), όπως τυποποιημένη διαδικασία στο Ίδρυμα μας [8]. Δείγματα στη συνέχεια διατηρούνται και έφερε στα εργαστήρια παθολογίας, σε απλή ψύξη (στους 4 ° C) πλαστικό κουτί, και περαιτέρω αποθηκεύονται στους 4 ° C πριν από την επεξεργασία.

Τακτική ιστο-παθολογικές διαδικασίες εντάχθηκαν με το πρωτόκολλο Biobanking (S1 Σύκο). Κάθε δείγμα ήταν προσανατολισμένη, να μετρηθούν και περιγράφονται, έχοντας επίγνωση ότι η συλλογή δεν θα επηρεάσει την παθολογική διάγνωση. Στη συνέχεια, οι μάζες του όγκου αποκόπηκαν και δειγματοληψία. Ταυτόχρονα, η κανονική πνευμονικού ιστού λήφθηκε από ένα απώτατο αμέτοχος περιοχή (S2 Εικ). θραύσματα ιστού αποθηκεύονται σε διαφορετικά μέσα: σε OCT (Sukura Finetek, Torrance, CA) για τα κατεψυγμένα αποκοπής ιστού, RNA

αργότερα

® Σταθεροποίηση Solution (Life Technologies) για την εκχύλιση RNA και καταψύχθηκαν ταχέως και, στη συνέχεια, φυλάσσονται σε -80 ° ψυγείο. Τέλος, θραύσματα μικρό ιστού (2x2x2 mm) τοποθετήθηκαν σε ένα μέσο κατάψυξης (59% RPMI, 30% FBS, 10% DMSO, 1% πενικιλίνη-στρεπτομυκίνη) και, στη συνέχεια, αποθηκεύεται σε υγρό άζωτο. Εκπρόσωπος διαγνωστικά δείγματα υποβλήθηκαν σε συνήθεις ιστοπαθολογικές διαδικασίες επεξεργασίας. Σχετικές πληροφορίες ασθενούς (αποθήκευση και κρυοσυντήρησης φορές και κλινικές, τη δημογραφία και ιστοπαθολογικά δεδομένα) ήταν αποθηκευμένα μέσα στην βιοτράπεζα Μητρώο.

Δ. DNA /RNA εκχύλιση και Αξιολόγησης Ποιότητας

Γενωμικό DNA εκχυλίστηκε με τη μέθοδο εκχύλισης πρότυπο φαινόλης-χλωροφορμίου [9].

Τα δείγματα ιστού ομογενοποιήθηκαν σε ΤπζοΙ και RNA εκχυλίστηκε ως προς τις οδηγίες του κατασκευαστή. Για να εξαλειφθεί κάθε γενωμικού DNA μόλυνση, όταν υπάρχουν, τα δείγματα RNA υποβλήθηκαν σε θεραπεία δεοξυριβονουκλεάσης και επανεκχυλίζεται χρησιμοποιώντας τη μέθοδο φαινόλης-χλωροφορμίου [10].

Το συνολικό DNA και RNA ποσοτικοποιήθηκαν με NanoDrop 2000c (Thermoscientific) όργανο και οι αναλογίες απορρόφηση στα 260 nm /280 nm και 260 nm /230 nm καταγράφηκαν. Σύνολο RNAs (1 μί) αναλύθηκαν σε ένα Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Inc., Santa Clara, CA) χρησιμοποιώντας RNA Nano LabChips (δαγκάνα Technologies Corporation, Hopkinton, ΜΑ). αριθμός τιμές ακεραιότητα του RNA (RIN) έχουν καθιερωθεί ως εμπειρική μετρήσεις της ακεραιότητας του RNA.

Ε. cDNA Σύνθεση και qRT-PCR

Ολικό RNA μεταγράφηκε αντίστροφα πριν πραγματικού χρόνου PCR ενίσχυση. 1 ng του συνολικού RNA υπέστη επεξεργασία με DNAseI ανασυνδυασμένο, RNase-free (Roche Diagnostics, Mannheim, Germany) και αντίστροφη μεταγραφή χρησιμοποιώντας το σύστημα Superscript First-Strand Synthesis για κιτ RT-PCR (Invitrogen Life Technologies) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. RT-qPCR διεξήχθη με θερμική iCycler (Bio-Rad) χρησιμοποιώντας το iQ SYBR Green Supermix (Bio-Rad) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Οι συνθήκες των κύκλων της PCR ήταν ως ακολούθως: 95 ° C για 5 λεπτά, ακολουθούμενη από 40 κύκλους στους 94 ° C για 10 δευτερόλεπτα, στη συνέχεια 60 ° C ή 62 ° C για 30 δευτερόλεπτα. Για να επιβεβαιωθεί η ειδικότητα της ενίσχυσης, τα προϊόντα PCR υποβλήθηκαν σε ανάλυση της καμπύλης τήξης, γραμμικότητα, και η κλίση των πρότυπη καμπύλη χρησιμοποιώντας λογισμικό CFX (Bio-Rad). Όλες οι δοκιμασίες PCR εκτελέστηκαν εις τριπλούν

mRNA επίπεδα έκφρασης αξιολογήθηκαν για 3 διαφορετικά γονίδια housekeeping:. GAPDH, ακτίνη και HUPO. Σύνολα εκκινητών σχεδιάστηκαν χρησιμοποιώντας Primer3 (S1 πίνακα).

F. Multiplex PCR

ακεραιότητα DNA εκτιμήθηκε από μια πολλαπλής PCR με ένα σύνολο από 5 ζεύγη ολιγο σχεδιάστηκαν για να ενισχύσουν διαφορετικούς στόχους του DNA (100, 200, 300, 400 και 600 bp) (S2 Πίνακας) [11]. Οι εκκινητές προστέθηκαν σε 1: 1: 1: 2 αναλογία για τη λήψη προϊόντων PCR με την ίδια ένταση μετά το διαχωρισμό σε πήκτωμα αγαρόζης. ενίσχυση του DNA πραγματοποιήθηκε όπως παρακάτω: προενεργοποίηση 7 λεπτά στους 95 ° C (1 κύκλος) που ακολουθείται από 40 κύκλους: μετουσίωση 45 sec στους 95 ° C, ανασύνδεση 50 sec στους 60 ° C, επέκταση 1,30 min στους 72 ° C με τελικό κύκλο επέκτασης από 15 λεπτά στους 72 ° C. PCR προϊόντα διαχωρίστηκαν με ηλεκτροφόρηση σε πήκτωμα αγαρόζης (2% αγαρόζη σε ρυθμιστικό διάλυμα ΤΒΕ 1%).

G. Προέρχεται Ξενομοσχεύματα ασθενή (PDX)

NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl /SzJ (NSG) ποντίκια ευγενώς από τον L. Shultz από το Εργαστήριο Jackson και εκτρέφονται εντός της Βιοτεχνολογίας του Κέντρου Μοριακής (MBC) Resource των ζώων, υπό αυστηρές συγκεκριμένες και ευκαιριακά παθογόνο δωρεάν (SOPF) συνθήκες.

το πρωτόκολλο των ζώων για την παρούσα μελέτη εξετάστηκε και εγκρίθηκε από την επιτροπή των ζώων του Πανεπιστημίου του Τορίνο.

PDXs συντομία καθορίστηκαν με βάση τα φρέσκα ή κατεψυγμένα παθολογικά τμήματα ιστού, μόνο όταν επαρκές υλικό ήταν διαθέσιμο για συνήθεις διαγνωστικές και μοριακές αναλύσεις. δείγματα όγκων-μοσχεύματος κόπηκαν σε πολλά κομμάτια 2x2x2 mm (πολλά κομμάτια /δείγμα) σε πλήρη μέσα. Έξι έως οκτώ εβδομάδων ηλικίας NSG πρώτα αναισθητοποιήθηκαν (Rompun 0.05μl /g e Zoletil 1.6 μγρ /g i.m.) και ραχιαία περιοχή τους αποστειρώθηκε (70% αιθανόλη). Μια δερματική τομή (0,3 cm) στη συνέχεια γίνεται κατά μήκος της περιοχής retronuchal ραχιαία μέση γραμμή και ένα μικρό θύλακα δημιουργήθηκε με αμβλεία ανατομή. Πολλαπλές θραύσματα ιστού όγκου-μόσχευμα (2-4) μεταφέρθηκαν σε κάθε υποδόριο θύλακα χρησιμοποιώντας αμβλεία άκρα λαβίδα. Τα κομμένα άκρα σφραγίστηκαν με ένα μόνο μεταλλικό κλιπ. Τα ποντίκια που ελέγχονται τακτικά, έως ότου έγινε αγρυπνία. Εμφυτεύονται ζώα στεγάζονται σε ομάδες του ιδίου φύλου. Εμφύτευμα αύξησης εκτιμήθηκε με ψηλάφηση και, όταν απαιτείται μάζες όγκου συλλέχθηκαν (& lt? 1,5 εκατοστά

3). ζώα παραλήπτη ελέγχθηκαν τακτικά και θυσιάζονται σε πρώιμο σημάδι της αγωνίας. Κατά τη συγκομιδή, οι ποντικοί υποβλήθηκαν σε ευθανασία σε ένα θάλαμο CO2 και tumorgrafts συλλέχθηκαν για ιστολογική αξιολόγηση, μοριακές μελέτες, η εκ νέου μεταμόσχευση, ή καταψύχθηκαν ταχέως σε υγρό άζωτο.

H. Μελέτη Αποτελέσματα και στατιστική ανάλυση

Τα κατηγορικά δεδομένα παρουσιάζονται ως αριθμός (ποσοστό%), οι συνεχείς στοιχεία που παρουσιάστηκαν από την μέση τους (διατεταρτημοριακό εύρος, IQR).

Το RIN υπολογίσθηκε σε όλα τα δείγματα ως υποκατάστατο της διατήρησης των ιστών. Μια RIN της ≥7 ορίστηκε ως αποκοπής για να εκτελέσει συστοιχίες έκφρασης μικροσυστοιχιών RNA και αναλύσεις RNAseq.

PDX μεταμόσχευση θεωρήθηκε επιτυχής, όταν οι μάζες όγκου παρήχθησαν μετά από τουλάχιστον δύο περάσματα και παθολογικά χαρακτηριστικά τους επιβεβαιώθηκαν με ιστολογία και ανοσοϊστοχημεία. Pearson chi-square test και ακριβή δοκιμασία του Fisher, κατά περίπτωση, χρησιμοποιήθηκαν για να αξιολογηθούν οι διαφορές στα μεταμοσχευμένα και μη μεταμοσχευμένα ομάδες: διάσταση του όγκου, ιστολογία, διαβάθμιση όγκου, παθολογική στάδιο TNM, την κατάσταση εκτομή, λεμφοκύτταρα που διηθούν όγκο (ΤΙΤ) , προσδιορίστηκαν παρουσία μικροαγγειακή εισβολής και χειρουργικές διάρκειας.

Η επιρροή φορές ισχαιμία των ιστών για την ποιότητα του RIN και την επιτυχία της μεταμόσχευσης PDX ήταν τα κύρια τελικά σημεία της μελέτης. Η

θερμή ισχαιμία

χρόνο και είχε ως στόχο τη συνολική χειρουργική διάρκεια και το

ex-vivo (κρύο) χρόνος ισχαιμίας

ορίστηκε ως το χρονικό διάστημα μεταξύ της απόκτησης των δειγμάτων στο χειρουργικό θέατρο και την στιγμή της κρυοσυντήρησης τους

Ως ένα δεύτερο τελικό σημείο, θα αξιολογηθούν τα επίπεδα έκφρασης του RNA και της γονιδιωματικής ακεραιότητας του DNA σε ένα τυχαία επιλεγμένο υποσύνολο των δειγμάτων (

δείγμα

εντολή στο STATA):. επιλέξαμε 3 δείγματα με χαμηλής ποιότητας RIN και 3 με την υψηλή ποιότητα RIN μεταξύ τους τάξεις χρόνο ισχαιμίας. αποτελέσματα γονίδιο-έκφρασης αξιολογήθηκαν ως απόλυτη έκφραση από την άποψη των κύκλων Ποσοτικοποίηση (Cq μέση). Οι διαφορές μεταξύ των ομάδων ερευνήθηκαν με δοκιμή Wilcoxon-Mann-Whitney. Το έτος των συμβάσεων αναλύθηκε επίσης

Για τους σκοπούς της έρευνας μας, ομαδοποιούνται περιπτώσεις σε τέσσερις κατηγορίες ανάλογα με ex-vivo φορές ισχαιμία:. ≤1 ώρες, 1-2 ώρες, 3-5 ώρες, 6 -9 ώρες και ≥10 ώρες.

Η συσχέτιση μεταξύ της ποιότητας του RNA (RIN της ≥7) ή τα ποσοστά εμφύτευση PDX και εξατομικευμένο ομάδων αξιολογήθηκε χρησιμοποιώντας μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης. Για να αποφευχθεί πιθανή σύγχυση επιρροές, μια προσαρμοσμένη πολυμεταβλητή μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης συμπεριλαμβανομένων των ακόλουθων χειρουργικών και παθολογικών μεταβλητών έγινε: ιστολογική υπότυποι (αδενοκαρκίνωμα ως σημείο αναφοράς), διαβάθμιση όγκου (G1 ως σημείο αναφοράς), παθολογική στάδιο ΤΝΜ (στάδιο Ι ως αναφορά) και τη διάρκεια χειρουργικής επέμβασης (ώρες, ως συνεχής).

αναλογία Αποδόσεις (OR) και τα αντίστοιχα διαστήματα εμπιστοσύνης 95% (95% ΠΙ) δόθηκαν για κάθε μοντέλο. Όλες οι στατιστικές αναλύσεις αξιολογήθηκαν με τη χρήση του λογισμικού STATA (έκδοση 12.1).

Αποτελέσματα

Α. Κλινικά και παθολογικά χαρακτηριστικά

Ένα σύνολο 135 δειγμάτων καρκίνου του πνεύμονα διερευνήθηκαν. Ο Πίνακας 1 συνοψίζει τις κλινικές, χειρουργικές και παθολογικά χαρακτηριστικά τους. Η διάμεση ηλικία κατά την επέμβαση ήταν 69 έτη (64-75 IQR), οι ασθενείς ήταν συχνότερα άνδρες (92, 68%) και οι καπνιστές (106, 81%). Η διάμεση χειρουργική διάρκεια (IQR 1-3) και ο διάμεσος ex-vivo χρόνος ισχαιμίας (IQR 1-6) ήταν και οι δύο από 2 ώρες. Η διάμεση μέγεθος όγκου ήταν 3 cm (IQR 2-5) και τα στάδια του όγκου παθολογικές ΤΝΜ ήταν ως εξής: στάδιο ΙΑ 32 (23%), ΙΒ 13 (10%), ΙΙΑ 21 (15%), ΙΙΒ 13 (10%), ΙΙΙΑ 37 (27%) ΙΙΙΒ 1 (1%), IV 18 (13%). Αδενοκαρκίνωμα ήταν η πιο συχνή ιστολογική υποτύπου (89, 66%), ακολουθούμενη από καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων (31, 23%), καρκίνωμα μεγάλου κυττάρου (7, 5%), καρκινοειδές (4, 3%), sarcomatoid (2, 2%) , αδενοχοληδωτό (1, 1%) και μικρές-κυττάρων (1, 1%). Σύμφωνα με Travis ταξινόμηση αδενοκαρκίνωμα [12], παρατηρήσαμε 44 (55%) κυψελοειδή αδενοκαρκίνωμα, 21 (26%) στερεού, 10 θηλώδη, 3 βλεννώδες, 2 lepidic και 9 NOS. Ενενήντα πέντε (70%) ασθενείς υποβλήθηκαν σε λοβεκτομή, 14 (10%) για να διλοβεκτομή, 13 (10%) για να πνευμονεκτομή και 13 στην υπο-λοβώδη εκτομή? θετικά περιθώρια εκτομή παρατηρήθηκαν σε 13 περιπτώσεις (10%, 10 R1 και 3 R2).

Η

Β. RIN Ποιότητα

RIN ≥7 παρατηρήθηκε στο 51% του δείγματος (70/135): το ποσοστό των δειγμάτων με υψηλή ποιότητα του RNA σύμφωνα με τη διαφορετική ex-vivo χρόνος ισχαιμίας απεικονίζεται στο Σχήμα 1Α. Εκπρόσωπος ηλεκτροφορήματα δείχνουν τα μέτρα ακεραιότητα του RNA των 12 αντιπροσωπευτικών δειγμάτων (Σχήμα 2, κάτω πλαίσιο) που λαμβάνεται από αποθηκευμένα δείγματα φρέσκου κατεψυγμένου καρκίνο του πνεύμονα.

Α- Ποσοστό δειγμάτων κατάλληλο για συστοιχίες γονιδιακής έκφρασης (αριθμός ακεραιότητα του RNA [RIN ] του ≥7) σε διαφορετικές ex-vivo φορές προμηθειών (χρόνος από την χειρουργική αφαίρεση σε κρυοσυντήρηση) για ≤1 ώρες, 1-2 ώρες, 3-4 ώρες, 5-9 ώρες και ≥10 ώρες. Β- Σχέση μεταξύ ex-vivo φορές προμηθειών (& lt? 1 και 1-2 ώρες, από την εκτομή για κρυοσυντήρηση) και την καταλληλότητα για συστοιχίες γονιδιακής έκφρασης (αριθμός ακεραιότητα του RNA [RIN] της ≥7) και τις χρονικές περιόδους 2010, 2011 και 2012 .

η

εκπρόσωπος ηλεκτροφορήματα (Agilent 2100 Bioanalyzer) δείχνουν την ακεραιότητα του RNA μετριέται από τον αριθμό ακεραιότητα του RNA (RIN) των 12 αντιπροσωπευτικών δειγμάτων (κάτω).

η

Χρησιμοποιώντας μια πολυπαραγοντική προσαρμοσμένο μοντέλο δείξαμε ότι τα δείγματα αποθηκεύονται μετά από διάφορα χρονικά εμφανίζει μια πτώση της αξίας RIN σύντομα μετά από 2 ώρες από ex-vivo χρόνος ισχαιμίας (ψυχρή ισχαιμία): 3-4 ώρες (ή 0,08, Ρ = 0,044), 5-9 ώρες (ή 0,15, Ρ = 0,011) και ≥10 ώρες (ή 0,25, Ρ = 0,022) (Πίνακας 2). Αντιθέτως, χειρουργικό χρόνο (θερμή ισχαιμία) δεν επηρέασε την ποιότητα του RNA.

Ανάλυση

Η πολυπαραγοντική λογιστική παλινδρόμηση σε 135 δείγματα NSCLC.

Η

Δεν παρατηρήθηκε διαφορά στο ποσοστό των δειγμάτων με υψηλής ποιότητας RNA αποδείχθηκε, σύμφωνα με το έτος της αποθήκευσης, της ιστολογίας και βαθμού όγκου: το σχήμα 1Β δείχνει το ποσοστό των δειγμάτων όγκου με RIN της ≥7 και του χρόνου προμήθειας ex-vivo, σύμφωνα με προμήθειες βιοτράπεζες. Αντιστρόφως, ένα στάδιο υψηλής pTNM σχετίστηκε με χαμηλές τιμές RIN (& lt? 7, Ρ & lt? 0,05).

C. mRNA έκφραση Επίπεδο

Είκοσι οκτώ περιπτώσεις επιλέχθηκαν τυχαία για την αξιολόγηση της ποιότητας του mRNA από την αξιολόγηση των επιπέδων έκφρασης των γονιδίων καθαριότητας. Όπως φαίνεται στο σχήμα 3Α, οι τιμές που λαμβάνονται είναι Cq μεταξύ 18 και 37. Cq με περισσότερα από 25 κύκλους έχουν παρατηρηθεί σε δείγματα με RIN & lt? 4, ενώ σε δείγματα με τιμές RIN εντός 4-10, αυτά τα γονίδια θα μπορούσαν να ανιχνευθούν με αποτελεσματικά λιγότερο κύκλους (20 έως 25 κύκλοι). Δείγματα με χαμηλότερο εκφράσεις κατά προτίμηση παρατηρήθηκε στην ομάδα με ≥ 3 ώρες ex-vivo χρόνο ισχαιμίας.

επίπεδα έκφρασης Α- Cq γονιδίων καθαριότητας σε τυχαία επιλεγμένα 28 αντιπροσωπευτικά δείγματα όλων των κατηγοριών χρόνο. Β Gel ηλεκτροφόρηση των 28 γονιδιακού DNA ενισχύονται με πολλαπλή PCR ενίσχυση σε διαφορετικούς αριθμούς paires βάσης (100 bp, 200 bp, 300 bp, 400 bp, 600 bp).

Η

Δ. Υψηλού μοριακού βάρους (HMW) Γενωμικό DNA Ακεραιότητα

Οι ίδιες 28 δείγματα που χρησιμοποιήθηκαν για τον προσδιορισμό του RNA αξιολογήθηκαν επίσης για γονιδιωματική ακεραιότητα του DNA τους (Σχήμα 3Β). Η παρουσία ζωνών σε κάθε μέγεθος χρησιμοποιήθηκε ως υποκατάστατο της ποιότητας του DNA, λαμβάνοντας υπόψη την ενίσχυση μέσω 600 bp η υψηλότερη τιμή ποιότητα του DNA. Δείγματα με χαμηλότερο RIN για κάθε ομάδες χρονικό διάστημα είχε επίσης κακή ποιότητα του DNA. Παρατηρούμενη ποιότητα του DNA φαίνεται να είναι παρόμοια σε όλες τις σειρές των ex-vivo χρόνο ισχαιμίας.

Ε. PDX Εμφύτευση

Εξήντα τρεις πρωτογενείς όγκους (41 αδενοκαρκίνωμα, 18 ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα, 3 μεγάλα καρκίνωμα και 1 καρκίνωμα sarcomatoid) εμφυτεύθηκαν, με συνολικό συνολικό ποσοστό μεταμόσχευσης του 33% (21/63).

οι όγκοι με μεγαλύτερες διαστάσεις (& gt? 3 εκατοστά? 23/25 vs 16/38, P & lt? 0.001) και ένα υψηλότερο παθολογικό στάδιο (ΙΙΙ-IV? 15/25 vs 13/38, P = 0.048) ήταν πιο συχνά εμφυτεύονται. ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα (12/25 vs 6/38, P = 0,017) και του όγκου με τη συμμετοχή περιθώρια εκτομή (R1-R2? 4/25 έναντι 1/38, P = 0,064) και πιο συχνά μεταμοσχευμένα. Μεταξύ αδενοκαρκίνωμα, στερεά ιστολογίας συνδέθηκε με την επιτυχή μεταμόσχευση (6/11 έναντι 7/27, P = 0,09). Αντίθετα, διαβάθμιση υψηλού όγκου (G3? 12/25 έναντι 15/38), θετική TIL (16/17 έναντι 30/34) και την παρουσία της μικροαγγειακή εισβολής (4/23 έναντι 13/38) είχαν παρόμοια συχνότητα στο μεταμοσχευμένα και μη-μεταμοσχευμένα ομάδες.

η πολυπαραγοντική προσαρμοσμένο μοντέλο έδειξε ότι η συσχέτιση μεταξύ των δύο παρατεταμένη ex-vivo ισχαιμία (ψυχρή ισχαιμία περισσότερο από 10 ώρες), εκτεταμένο χειρουργικό χρόνο (θερμή ισχαιμία περισσότερο από 2 ώρες) με χαμηλότερη μεταμόσχευση ποσοστό (P = 0.047 και P = 0,008 αντίστοιχα, Πίνακας 3)

Η πολυπαραγοντική ανάλυση λογιστικής παλινδρόμησης για 63 περιπτώσεις NSCLC

Η

Αντιστρόφως, πλακώδους επιθηλίου ιστολογικό τύπο (OR 8,55?.. P = Μ 0,01) και το στάδιο υψηλού όγκου που σχετίζονται με την επιτυχία της μεταμόσχευσης (OR 8,06? P = 0,053)

Ερευνήσαμε περαιτέρω κατεψυγμένα δείγματα όγκου PDX ποσοστό μεταμόσχευσης.. Από τις 21 γραμμές που δημιουργούνται PDX, επιλέξαμε 8 όγκους και εμείς εμφυτεύονται τα αντίστοιχα πρωτογενή κατεψυγμένα δείγματα συγκομίζονται κατά το χρόνο της χειρουργικής επέμβασης. Τέσσερα από τα οκτώ δείγματα (50%) αποτελεσματικά μεγάλωσε, δημιουργώντας μια γραμμή PDX συγκρίσιμο με το φρέσκο-που προέρχονται μία.

Συζήτηση

Ο στόχος της μελέτης μας ήταν να αξιολογήσει την συνολική ποιότητα των ιστών του δείγματα καρκίνου του πνεύμονα αποθηκεύονται σε βιο-repository μας. Έχουμε ως στόχο να οριοθετηθούν την επίδραση του χρόνου ισχαιμίας σε δείγματα καρκίνου του πνεύμονα και το πώς θα μπορούσαν να επηρεάσουν την ισχαιμία μοριακού υψηλής απόδοσης αναλύει και την υλοποίηση των προκλινικών in vivo μοντέλα.

Τα αποτελέσματα της μελέτης μας δείχνουν ότι (1) η τιμή RIN επηρεάζεται σημαντικά από την ex-vivo χρόνο ισχαιμίας, διαβάθμιση όγκου και το στάδιο pTNM? (2) που λαμβάνονται από ασθενή Ξενομοσχεύματα εμφύτευση-ποσοστό επιτυχίας συνδέεται επίσης με χαμηλή ex-vivo ισχαιμία χρόνο, χαμηλή χειρουργική διάρκειας (ζεστό χρόνο ισχαιμία) και πλακωδών κυττάρων ιστολογία? (3) επίπεδα mRNA καθαριότητας γονίδια έκφρασης και υψηλού μοριακού βάρους (HMW) γονιδιωματική ακεραιότητα του DNA σχετίζονται με RIN σκοράρει και μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως επαναλήψιμη βιοδείκτες για τη συντήρηση των ιστών.

Με την εφαρμογή Τυποποιημένες Διαδικασίες Λειτουργίας (SOP) ήμασταν σε θέση να κρυοσυντήρηση 135 πρωτογενή δείγματα καρκίνου του πνεύμονα, με στόχο την παραγωγή ενός μεγάλου υψηλής ποιότητας biorepository, και χωρίς να διακυβεύεται η ιστοπαθολογική διάγνωση. Κάθε βήμα σε αυτή τη διαδικασία είναι κρίσιμη: αυτή ρίξει φως σχετικά με το ρόλο που παίζεται από μια οργανωμένη ομάδα και μια σωστή αξιολόγηση διαλογή του δείγματος στην Παθολογία δωμάτιο. Το σύστημα VPAC, έχει ήδη αποδειχθεί για τη διατήρηση της ακεραιότητας δείγματα, υιοθετήθηκε ως χρυσός κανόνας διαδικασία προκειμένου να αποκτήσουν βιώσιμους ιστούς [6-8]. Ωστόσο, ενώ στον καρκίνο του μαστού ιστούς RNA, DNA και πρωτεΐνες μπορούν να διατηρηθούν άριστα για & gt? 24h [7, 13], εμείς εδώ έδειξαν ότι οι ιστοί των πνευμόνων είναι πολύ πιο λογικό να αυτή τη στιγμή. . Αυτό μπορεί να υποδεικνύει ότι η ex-vivo ισχαιμία μπορεί να επηρεάσει τη βιωσιμότητα των κυττάρων και μοριακής αποτελέσματα ανάλογα με την προέλευση των ιστών

Υπάρχει μια γενική αποδοχή σχετικά με τη σημασία της χρήσης ανέπαφο RNA στην ανάλυση γονιδιακής έκφρασης και RIN της & gt? 7 θεωρείται αποδεκτό ως τιμή αποκοπής για δείγματα καταλληλότητα [14,15]. Στην αποθήκη μας, το 51% των δειγμάτων απέδειξε RIN & gt? 7, με μια ευνοϊκή τάση κατά τη διάρκεια των ετών. Αυτό το αποτέλεσμα βρίσκεται μεταξύ εκείνων που αναφέρθηκαν για τον καρκίνο του προστάτη (60-81% [16]), καρκίνου του παχέος εντέρου (80% [17]) και αυτές που περιγράφονται σε καρκίνο του παγκρέατος (40% [14]). Πιθανές εξηγήσεις για τις διαφορές αυτές μπορεί να οφείλονται στην ετερογένεια του κυτταρικού περιεχομένου, ανόμοια αποικοδόμηση διαφορετικών ιστών, η μεταβλητότητα δια-φορέα διαχείρισης, κ.λπ. Αν και διάφοροι παράγοντες μπορεί να επηρεάσουν επαυξημένη αποικοδόμηση του RNA, η υπόθεση ότι ex-vivo από ισχαιμία φορά συνδέεται στενά με βαθμό υποβάθμισης του RNA φαίνεται να είναι λογικό. Εδώ, η μείωση της ποιότητας του RNA παρατηρήθηκε από 3 ώρες μετά τη χειρουργική εκτομή. Το αποτέλεσμα αυτό είναι σύμφωνο με μια προηγούμενη αναφορά σχετικά με την υποβάθμιση πορεία στον πνευμονικό ιστό: οι συγγραφείς διαπίστωσαν μειωμένη σταθερότητα νουκλεϊκού οξέος από 5 ώρες μετά την επέμβαση [18]. Ομοίως, η περιορισμένη ex-vivo χρόνος ισχαιμίας φάνηκε να συσχετίζεται με τη βέλτιστη ακεραιότητα του RNA σε καρκίνο του παχέος εντέρου (6-16 ώρες) [17], ο καρκίνος του μαστού (3 ώρες) [19], του καρκίνου του προστάτη (2 ώρες) [16, 20] και σε καρκινικό ιστό παγκρέατος. Long χειρουργικό χρόνο δεν επηρεάζει την ακεραιότητα του RNA, όπως θα αναμενόταν εάν η ισχαιμία των ιστών ήταν η μόνη εξήγηση του RIN μείωση. Επιπλέον, τα επίπεδα έκφρασης του mRNA και της ακεραιότητας γονιδιακού DNA HMW φάνηκε να σχετίζεται εν μέρει με το σκορ RIN, αλλά έδειξε μικρή μείωση της ποιότητας, όταν συσχετίζεται με ex-vivo χρόνο ισχαιμίας. Αυτό μπορεί να διασώσει ένα μεγάλο κλάσμα του 49% των δειγμάτων με χαμηλότερο RIN (& lt? 7%), δεδομένου ότι μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την κλασική μοριακές τεχνικές. Στη μελέτη μας, τα στάδια υψηλή pTNM επίσης σχετίζεται με μειωμένη βαθμολογία RIN. Μια πιθανή εξήγηση θα μπορούσε να είναι η χειρουργική χειραγώγηση και την επακόλουθη απελευθέρωση RNase ως αξιωματική μορφή Bertilsson και Harveer σχετικά με τον καρκίνο του προστάτη [20].

Οι xenopatients των ασθενών που προέρχονται θεωρείται, σήμερα, εξαιρετικά αξιόπιστη προ-κλινικά μοντέλα ποντικών. Η δημιουργία αυτού του εργαλείου απαιτεί εξελιγμένες ερευνητικές εγκαταστάσεις και εισάγει την τεχνική και υλικοτεχνική προκλήσεις, και έχει πρόσφατα αξιολογήθηκε ως βασική πηγή του βιολογικού υλικού και θεραπευτικά σχετικές πληροφορίες [21, 22]. Η χρήση των νωπών και κατεψυγμένων δειγμάτων πρωτογενούς όγκου που προέρχεται από ένα

Βιοτράπεζα

πόρων απέδειξε τη σκοπιμότητα αυτής της προσέγγισης, ιδιαίτερα όταν οι διάφορες προσπάθειες να συγκεντρώσουμε σε ένα καλά ολοκληρωμένο δίκτυο. Η ομάδα μας εκμεταλλεύεται απευθείας εμφύτευση σε ποντικούς, υποδορίως, θραυσμάτων νωπό ή κατεψυγμένο ιστό που προέρχεται από χειρουργικά ασθενείς. Το ποσοστό μεταμόσχευσης του 33%, ακόμα και ουσιαστικά συγκρίσιμα με αυτά που ήδη πιστοποιείται (25% -35%) και από άλλες ομάδες σε μια υποδόρια ρύθμιση [23-25], είχε ως αποτέλεσμα ελαφρώς χαμηλότερη από το αναμενόμενο λαμβάνοντας υπόψη τη μεγάλη ροπή μοντέλου NSG για μεταμόσχευση. Ωστόσο παρατηρήσαμε μια αρκετά υψηλό ποσοστό (29%) μεταμοσχευμένων αδενοκαρκινώματα που συνήθως έχει ως αποτέλεσμα λιγότερο επιρρεπή σε εμφύτευση σε σύγκριση με όγκων πλακωδών κυττάρων. Ισχαιμία του χρόνου επιρροή σε ποσοστό μεταμόσχευσης απέδειξαν ότι μια παρατεταμένη χειρουργική περίοδο (ζεστό) ισχαιμία συνδέεται αρνητικά με την επιτυχία της μεταμόσχευσης [25] και όχι συνολικό χρόνο (ζεστό και κρύο). Άλλα χαρακτηριστικά επηρεάζουν το ποσοστό μεταμόσχευσης: διάσταση του όγκου (& gt? 3 cm), παθολογική σταδίου (ΙΙΙ-IV) και πλακώδους επιθηλίου ιστολογικό τύπο έχουν αντίκτυπο στο ποσοστό μεταμόσχευσης, γεγονός που υποδηλώνει ότι και ενδογενείς βιολογικές ιδιότητες του όγκου παίζουν ρόλο στον προσδιορισμό της PDX επιτυχή γενιά. Το ίδιο ισχύει και για την παραγωγή PDX από κατεψυγμένα δείγματα όγκου. Η ικανότητα του νέου παράγουν το 50% των PDX γραμμή από κρυοσυντηρημένα υλικά υποδηλώνει ότι διάφορα στοιχεία μπορούν να επηρεάσουν την βιολογία ιστό? Ωστόσο, τονίζουν τη δυνατότητα να πάει πίσω αναδρομικά στην βιοτράπεζα ιστό και να πάρει συγκεκριμένες όγκους μοριακού οριστεί προκειμένου να δημιουργήσει κατάλληλη γραμμή PDX χρήσιμο για

ad hoc

προκλινικές προβολές.

Μέχρι σήμερα, καμία μελέτη έχουν διεξαχθεί σύγκριση διαφορετικών μεθόδων διατήρησης ιστών. Ωστόσο, λαμβάνοντας υπόψη την ικανότητά του να διατηρήσει την κυτταρική μορφολογία, την ακεραιότητα και τη σταθερότητα επιτόπου νουκλεϊκά οξέα, χρησιμοποιήσαμε το σύστημα VPAC για την αποθήκευση ιστών, εικασίες θετική επίδραση και σε PDX ποσοστό μεταμόσχευσης.

Όλα μαζί αυτά τα δεδομένα δείχνουν ότι η γενιά ενός biorepository καρκίνου του πνεύμονα είναι μια εφικτή προσέγγιση και απαιτεί σύνθετες προσπάθειες δίκτυο ενσωματώνοντας διάφορες βιο-ιατρικές ικανότητες. Έτσι, καλά σχεδιασμένα πρωτόκολλα έχουν θεμελιώδη σημασία για τη σωστή και αποτελεσματική

Βιοτράπεζες

. Παθολόγοι, ογκολόγοι, του θώρακα χειρουργοί, νοσηλευτές, οι βιολόγοι, οι τεχνικοί, επιδημιολόγοι και ιατρικές στατιστικολόγοι πρέπει να συνεργάζονται σε μια κοινή λειτουργική ροή εργασίας για να εξασφαλιστεί όχι μόνο υψηλής ποιότητας δείγματα, αλλά και κατάλληλο πρωτόκολλο επεξεργασίας, σωστή αποθήκευση, συλλογή δεδομένων, επιδημιολογικές αναλύσεις σε αποτελεσματικά συντονισμένες έργα .

η προσέγγισή μας παρέχει την biorepository μιας πολύτιμης συλλογής των δειγμάτων για εκτεταμένη έρευνα σχετικά με NSCLC. Ειδικότερα, η υψηλή ποιότητα του RNA και DNA μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τεχνικές προσδιορισμού αλληλουχίας επόμενης γενιάς, όπως RNAseq, ολόκληρου exome αλληλουχίας και ολόκληρο το γονιδίωμα Sequencing, αλλά επίσης νουκλεϊνικά οξέα με χαμηλότερη ποιότητα μπορεί να διασωθεί για πρότυπες τεχνικές γονιδιακής έκφρασης (δηλαδή ποσοτική αντίστροφη μεταγραφάση αλυσίδας πολυμεράσης αντιδράσεις). Τέλος, η διαθεσιμότητα των νωπών και κατεψυγμένων δειγμάτων όγκων αντιπροσωπεύουν μια ανεκτίμητη πηγή για να δημιουργήσει γραμμές που λαμβάνονται από ασθενή Ξενομοσχεύματα (PDX) [26].

Συμπέρασμα

Η μοριακή διαστρωμάτωση των NSCLC στο πρόσφατη εποχή της «ιατρικής ακρίβεια» τόνισε τη σημασία της διατήρησης σειρά από υψηλής ποιότητας δείγματα ενσωματωθεί με κλινικο-παθολογικών δεδομένων. Αυτά τα αρχεία καταγραφής μπορεί να διερευνηθεί με Next-Generation Sequencing και είναι υποχρεωτικά για την παραγωγή σταθερών προ-κλινικά μοντέλα.

Εδώ αναφέρουμε μια επαναλήψιμη και αξιόπιστη προσέγγιση για να δημιουργήσει μια τράπεζα ιστών για NSCLC, και θα παρέχει στοιχεία σχετικά με η κρίσιμη τιμή της ποιότητας δειγμάτων για μετέπειτα μελέτες. Πράγματι, η ποιότητα του RNA και ποσοστό μεταμόσχευσης PDX επηρεάστηκαν αρνητικά από παρατεταμένο χρόνο ισχαιμίας, και ως εκ τούτου, μια σωστή, παρακολουθείται και καλά ενορχηστρωμένη συλλογή ιστού μπορεί να μειώσει το ποσοστό αποτυχίας.

Σε γενικές γραμμές, NSCLC Biobanking αντιπροσωπεύει μια καινοτόμο μορφή που μπορεί να να εκτελεστεί με επιτυχία σε μια ρουτίνα κλινικό περιβάλλον σε όλα τα θεσμικά όργανα, αλλά απαιτεί επικυρωμένες Τυποποιημένες Διαδικασίες λειτουργίας.