Αφηρημένο

(ΕΚ) συμβάλλει σημαντικά στην συνολική επιβάρυνση της νοσηρότητας και της θνησιμότητας από καρκίνο στις Ηνωμένες Πολιτείες. Το οικογενειακό ιστορικό είναι ένας γνωστός παράγοντας κινδύνου για ΕΚ, έτσι γενετικούς παράγοντες μπορεί να παίζουν ρόλο στην παθογένεση ΕΚ. Τρεις προηγούμενες μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία (GWAS) έχουν βρεθεί μόνο ένα τόπο που σχετίζεται με την κοινοτική, γεγονός που υποδηλώνει ότι η κοινή παραλλαγές με μεγάλες επιπτώσεις δεν μπορούν να συμβάλλουν σημαντικά στην ΕΚ κινδύνου. Εναλλακτικά, υποθέτουμε ότι οι σπάνιες παραλλαγές μπορεί να συμβάλει στην ΕΚ κινδύνου. Πραγματοποιήσαμε μια μελέτη exome σε επίπεδο σύνδεσης (EXWAS) της ΕΚ με τη χρήση του Infinium HumanExome BeadChip για τον εντοπισμό σπάνιων παραλλαγές που συνδέονται με την ΕΚ κινδύνου. Εμείς γονότυπος επιτυχία 177139 παραλλαγές σε ένα πολυεθνικό πληθυσμό 1.055 περιπτώσεις και 1.778 έλεγχοι από τέσσερις μελέτες που ήταν μέρος της Επιδημιολογίας του Καρκίνου του ενδομητρίου Consortium (E2C2). Δεν παραλλαγές επιτευχθεί παγκόσμια σημασία στη μελέτη, γεγονός που υποδηλώνει ότι περισσότερη δύναμη απαιτείται για την ανίχνευση μέτρια συσχέτιση μεταξύ σπάνιων γενετικών παραλλαγών και τον κίνδυνο της ΕΚ

Παράθεση:. Chen MM, CROUS-Bou Μ, Setiawan VW, Prescott J, Olson SH, Wentzensen Ν, et al. (2014) exome-Wide Μελέτη Σύλλογος καρκίνου του ενδομητρίου σε ένα πολυεθνικό πληθυσμό. PLoS ONE 9 (5): e97045. doi: 10.1371 /journal.pone.0097045

Επιμέλεια: Paolo Peterlongo, IFOM, Fondazione Istituto di FIRC Oncologia Molecolare, Ιταλία

Ελήφθη: 24 του Φεβρουαρίου 2014? Αποδεκτές: 15, Απρίλη του 2014? Δημοσιεύθηκε: May 8, 2014

Copyright: © 2014 Chen et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Οι Νοσηλευτές οι «Μελέτη Υγείας (NHS) ερευνητές που υποστηρίζονται από το NCI, ΝΙΗ επιχορηγήσεις Αριθμός 1R01 CA134958, 2R01 CA082838, P01 CA087969, και R01 CA49449. MMC υποστηρίζεται από επιχορήγηση της κατάρτισης 5T32CA009001-38 από το NCI. MCB υποστηρίζεται επίσης από ένα Sara Borrell μεταδιδακτορική υποτροφία από το ισπανικό Υπουργείο Υγείας, Carlos Ινστιτούτο Υγείας ΙΙΙ. Η μελέτη Πολυεθνική ομάδα (MEC) υποστηρίζεται από το NCI, NHI επιχορηγήσεις Αριθμός CA54281, CA128008 και 2R01 CA082838. Ο Fred Hutchinson Cancer Research Center (FHCRC) υποστηρίζεται από NCI, ΝΙΗ Grant Αριθμός 2R01 CA082838, ΝΙΗ RO1 CA105212, RO1 CA 87538, RO1 CA75977, RO3 CA80636, NO1 HD23166, R35 CA39779, ΚΟ5 CA92002 και κονδύλια από το Fred Hutchinson Cancer Research Κέντρο. Η μελέτη EDGE (οιστρογόνα, Διατροφή, Γενετική, και καρκίνο του ενδομητρίου) υποστηρίζεται από NCI, ΝΙΗ επιχορηγήσεις Αριθμός 2R01 CA082838, R01CA83918 (Olson PI) και Ρ30-CA008748 (Cancer Center Support Grant). Η Αλμπέρτα Υπηρεσιών Υγείας Μελέτη (AHS) υποστηρίχθηκε από επιδοτήσεις λειτουργίας που λαμβάνονται από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου του Καναδά με κεφάλαια από το καναδικό Αντικαρκινική Εταιρεία και το Καναδικό Ινστιτούτο Έρευνας Υγείας. Η AHS υποστηρίζεται επίσης από NCI, ΝΙΗ Grant Αριθμός 2R01 CA082838. Ο Δρ Christine Friedenreich υποστηρίζεται από τα βραβεία καριέρα από την Αλμπέρτα Καινοτομεί-Health Solutions και το Ίδρυμα Αλμπέρτα του καρκίνου μέσα στο Σαββατοκύριακο για να τελειώσει Καρκίνοι Γυναικών του Καρκίνου του Μαστού πρόεδρος. Ο Δρ Λίντα Κουκ υποστηρίχθηκε μέσω του προγράμματος του Καναδά Έρευνας Καρέκλες. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος του ενδομητρίου (ΕΚ), ένας καρκίνος του την επιθηλιακά επένδυση της μήτρας που συμβαίνει συνήθως κοντά ή μετά την εμμηνόπαυση, είναι η πιο κοινή μορφή καρκίνου των γυναικείων αναπαραγωγικών οργάνων και η 10η κύρια αιτία θανάτου από καρκίνο στις γυναίκες στις αναπτυγμένες κόσμο [1] – [3]. ΕΚ συνδέεται στενά με τη θεραπεία με οιστρογόνα μόνο μετεμμηνοπαυσιακές ορμόνη [4], [5] και το υπερβολικό σωματικό βάρος [6], λόγω της αυξημένης αρωματοποίηση του C-19 στεροειδών με περίσσεια λιπώδους ιστού [7]. Αυτοί οι παράγοντες κινδύνου υποστήριξη της «ομόφωνα οιστρογόνα» υπόθεση στην οποία ΕΚ μπορεί να αναπτυχθούν εξαιτίας των ανεξέλεγκτη μιτογόνες επιδράσεις των οιστρογόνων, ελλείψει επαρκών προγεστερόνης [8]. Μερικές μελέτες έχουν δείξει ότι η οικογένειά αυξήσεις ιστορία κινδυνεύουν τρεις παρα δύο φορές σε νεότερες γυναίκες που έχουν έναν θηλυκό σε σχέση πρώτου βαθμού με ΕΚ [9], [10], ενώ μεταξύ των ηλικιωμένων γυναικών η ένωση είναι λιγότερο ισχυρή. Επιπλέον, υπάρχει αυξημένος κίνδυνος ΕΚ σε γυναίκες με σύνδρομο Lynch [11], μια κληρονομική αυτοσωματικό κυρίαρχο κατάσταση που προσδίδει υψηλό κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου, καθώς και. Αυτές οι παρατηρήσεις υποδεικνύουν ότι η γενετική βλαστικής σειράς μπορούν να συμβάλλουν στην ευπάθεια ΕΚ.

Γονιδίωμα-ευρύ μελέτες συσχέτισης (GWAS) έχουν προσδιορίσει με επιτυχία περισσότερες από μία θέσεις εκατό ευαισθησία για μια ποικιλία τύπων καρκίνου [12]. Τρεις GWAS μελέτες της ΕΚ έχουν διεξαχθεί μέχρι σήμερα με ένα μόνο προσδιορισμό ενός νέου γονιδίωμα-ευρεία σημαντική θέση, rs4430796, (p = 7.1 × 10

-10) που συνδέονται με την ΕΚ [13] η

HNF1B

περιοχή του γονιδίου στο χρωμόσωμα 17q12. Δύο ανεξάρτητες μελέτες στη συνέχεια να αναπαραχθεί η σύνδεση με rs4450796 [14], [15]. Ωστόσο, δύο άλλες μελέτες GWAS της ΕΚ [14], [16] δεν ήταν σε θέση να προσδιορίσει πρόσθετα γονιδίωμα-ευρεία σημαντικές θέσεις, γεγονός που υποδηλώνει ότι η κοινή παραλλαγές με μεγάλες επιπτώσεις δεν μπορούν να συμβάλλουν σημαντικά στην οικογενή κίνδυνο ΕΚ.

Τα περισσότερα αλληλόμορφα κινδύνου ανακάλυψε μέσω GWAS έχουν μέτριο μέγεθος της επίδρασης που δεν αντιπροσωπεύουν μεγάλο μέρος κληρονομικότητα των κοινών ασθενειών [17]. Επιπλέον, μελέτες GWAS έχουν επικεντρωθεί στην κοινή παραλλαγές (& gt? 5%) στο γενικό πληθυσμό. παραλλαγές χαμηλής συχνότητας αποτελούν ένα μεγάλο κλάσμα γενετικής παραλλαγής στον άνθρωπο και μπορεί να εξηγήσει ένα ουσιαστικό τμήμα της κληρονομικότητας στην αιτιολογία του καρκίνου. Πρόσφατες μελέτες exome-αλληλουχίας έχουν βρει σπάνιες παραλλαγές στα γονίδια ευαισθησίας υποψήφιος για την οικογενή καρκίνο του παχέος εντέρου [18], ο καρκίνος του μαστού [19], και του καρκίνου του προστάτη [20], γεγονός που υποδηλώνει ότι η ανάλυση των σπάνιων παραλλαγές μπορεί επίσης να παρέχει γνώσεις σχετικά με την αιτιολογία της ΕΚ. Ωστόσο, μελέτες exome-αλληλουχίας απαιτούν μεγέθη των δειγμάτων που δεν επιδέχονται μεγάλες επιδημιολογικές μελέτες, λόγω του υψηλού κόστους που απαιτείται σήμερα για να επιτευχθεί επαρκής στατιστική ισχύς.

Έχει υπάρξει μια ώθηση για να αναπτύξουν στατιστικά ισχυρό, αλλά είναι σχετικά φθηνή, μέθοδοι για την ανίχνευση ενώσεων για τις σπάνιες παραλλαγές με τα μεγαλύτερα μεγέθη αποτέλεσμα. Illumina έχει αναπτύξει πρόσφατα το Infinium HumanExome BeadChip (array exome) από μη-συνώνυμη παραλλαγές που βρέθηκαν τουλάχιστον 3 φορές σε περισσότερα από 2 σύνολα δεδομένων από την αλληλούχιση ολόκληρου exome πάνω από 12.000 άτομα. Αυτός ο πίνακας παρέχει μια πλατφόρμα από την οποία μπορούμε να αρχίσουμε να ατενίσετε το τοπίο σπάνιας παραλλαγή σε ένα μεγάλο αριθμό δειγμάτων.

γονότυπος σπάνιες παραλλαγές σε ένα πολυεθνικό πληθυσμό 3.067 γυναίκες (1.169 περιπτώσεις ΕΚ και 1898 έλεγχοι) από η επιδημιολογία του ενδομητρίου ο καρκίνος Consortium (E2C2) [21], προκειμένου να ελεγχθεί η υπόθεση ότι οι σπάνιες παραλλαγές σε περιοχές κωδικοποίησης μπορεί να σχετίζεται με το ΕΚ κινδύνου.

Μέθοδοι

επιτροπή

Ηθική από κάθε συμμετέχουσα μελέτη (Υπηρεσίες Αλμπέρτα Υγείας? Τα οιστρογόνα, Διατροφή, Γενετική και του ενδομητρίου μελέτης του Καρκίνου? Πολυεθνική Cohort Study) που λήφθηκε γραπτή συγκατάθεση από όλους τους συμμετέχοντες στη μελέτη. Όλα γραπτή συγκατάθεση εγκρίθηκε από το Διοικητικό Συμβούλιο Institutional Review (IRB) από κάθε όργανο (Αλμπέρτα Υπηρεσιών Υγείας, τον Καναδά? Memorial Sloan Kettering, USA? Πανεπιστήμιο της Χαβάης Cancer Center, USA? Keck School of Medicine, University of Southern California, USA).

Αλμπέρτα υπηρεσιών Υγείας, το Memorial Sloan Kettering, Πανεπιστήμιο της Χαβάης Cancer Center, και το Πανεπιστήμιο των διοικητικών συμβουλίων των θεσμικών επανεξέτασης της Νότιας Καλιφόρνιας ενέκρινε συγκεκριμένα την παρούσα μελέτη (exome-Wide μελέτη Σύλλογος καρκίνου του ενδομητρίου), καθώς και τη γραπτή συγκατάθεση που λαμβάνονται από τους συμμετέχοντες.

Οι συμμετέχουσες μελετών λαμβάνονται επίσης IRB πιστοποίησης, που επιτρέπει την ανταλλαγή δεδομένων σύμφωνα με την Πολιτική NIH για την κοινή χρήση των δεδομένων που λαμβάνονται στο ΝΙΗ Υποστηριζόμενα ή διεξάγονται γονιδίωμα Wide μελέτες Association (GWAS).

πληθυσμιακή μελέτη

exome σειρά του γονότυπου έγινε σε 3.067 δείγματα από 3 αναδρομικές μελέτες ασθενών-μαρτύρων: η Αλμπέρτα Υπηρεσίες Health Study (AHS) [22], τα οιστρογόνα, Διατροφή, Γενετική και τη μελέτη του καρκίνου του ενδομητρίου (EDGE) [ ,,,0],23], και η Έρευνας Καρκίνου Fred Hutchinson Center (FHCRC) μελέτη και 1-μαρτύρων μελέτη ένθετα μέσα στην προοπτική μελέτη κοόρτης Πολυεθνική (MEC) [24]. Οι μελέτες που συμμετέχουν σε αυτή την ανάλυση που περιγράφεται στον Πίνακα 1 και στο προηγούμενο μας GWAS [14]. Από τις γυναίκες που περιλαμβάνονται στη μελέτη, 1.169 ήταν υποθέσεις ΕΚ και 1898 ήταν μάρτυρες. Περιπτώσεις περιορίζονται σε αυτούς που διαγνώστηκαν με την πιο κοινή υπότυπο του ΕΚ (τύπου Ι), ενώ οι έλεγχοι ήταν ελεύθεροι καρκίνου και είχαν μια άθικτη μήτρα. Έλεγχοι αντιστοιχήθηκαν σε περιπτώσεις με την ηλικία και την περιοχή μελέτης.

Η

Γονοτυπικές και Ελέγχου Ποιότητας

DNA εκχυλίζεται σε κάθε περιοχή μελέτης από το παλτό ή το μάγουλο-κυττάρων δείγματα λευκοκυττάρων ακολουθώντας το πρωτόκολλο του κατασκευαστή και γονότυπου στο Πανεπιστήμιο της Νότιας Καλιφόρνιας, χρησιμοποιώντας την Infinium Ανθρωπίνων exome BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA), ως μέρος της αντιγραφής του Σταδίου ΙΙ της E2C2 GWAS. Η BeadChip περιλαμβάνονται 9.232 έθιμο δείκτες, 2.211 εκ των οποίων είναι σχετικές με ΕΚ, πέραν των 247.870 δείκτες κωδικοποίησης κυρίως για την πρωτεΐνη-αλλάζοντας τις εναλλακτικές προσφορές που έχουν ήδη συμπεριληφθεί στην προεπιλογή σχεδιασμό του BeadChip του.

γονότυπου κλήση έγινε με Illumina GenCall σε όλα τα δείγματα (n = 3067) χρησιμοποιώντας το αρχείο συμπλέγματος MEC (16.000 πολυεθνική δείγματα) για τις μη προσαρμοσμένους δείκτες και autoclustering για τους προσαρμοσμένους δείκτες. Παραλλαγές αποκλείστηκαν από τις αναλύσεις εάν τα ποσοστά κλήσης ήταν & lt? 90% (n = 115), η παραλλαγή ήταν μονομορφικής (n = 77.521), οι τόποι δεν είχε παρατηρηθεί ιδρυτές και λείπουν όλα γονότυπους (n = 1.962), η παραλλαγή ήταν ένα αλληλόμορφο εισαγωγή ή διαγραφή (n = 117), ή το παραλλαγή παρέκκλινε από Hardy-Weinberg ισορροπία στην τιμή p & lt? 0,0001 σε κάθε εθνική ομάδα (n = 248). Το τελικό γνώρισμα της νόσου σύνολο ανάλυση δεδομένων που περιέχονται 177.139 γονότυπου με επιτυχία παραλλαγές.

Συνολικά, 3.031 από 3.067 δείγματα με επιτυχία ο γονότυπος με ποσοστά κλήσης ≥ 90%. Από αυτά, αφαιρούνται 40 δείγματα εις διπλούν (γονότυπος ποσοστό αντιστοιχίας & gt? 99.9%) που χρησιμοποιήθηκε για τον έλεγχο της ποιότητας της ανάλυσης και 15 δείγματα για άλλους λόγους ελέγχου της ποιότητας. Διενεργήσαμε ανάλυση κύριων συνιστωσών (PCA) για τον εντοπισμό αυτο-αναφερόμενη ακραίες τιμές εθνικότητα και συνάγουν την καταγωγή με EIGENSOFT v 4.2 [25], χρησιμοποιώντας 47.097 προσαρμοσμένες και μη προσαρμοσμένες SNPs με τα ποσοστά του γονότυπου & gt? 90% και MAF & gt? 1%. Το HapMap φάσης ΙΙ (build 37) CEU, YRI, και τα δείγματα JPT-CHB χρησιμοποιήθηκαν ως πληθυσμοί αναφοράς. Χρησιμοποιώντας τα πρώτα 5 κύριες συνιστώσες, προσδιορίσαμε 7 άτομα που ήταν ακραίες τιμές εθνότητα και τους εξαιρούνται από τις αναλύσεις. Μετά από περαιτέρω απομάκρυνση των 136 ακραίων τιμών (πάνω από 3,5 τυπικές αποκλίσεις από τη μέση τιμή) της ετεροζυγωτίας του δείγματος από την εθνικότητα, 2.833 γυναίκες (1.055 περιπτώσεις ΕΚ και 1778 έλεγχοι) παρέμειναν για ανάλυση γνώρισμα της νόσου.

Στατιστική Ανάλυση

ανάλυση Ενιαία παραλλαγή ένωσης.

αναλύσεις Ενιαία παραλλαγή πραγματοποιήθηκαν συνολικά και στρωματοποιημένη από την αυτο-αναφερόμενη εθνική ομάδα. Για κάθε SNP, υπολογίσαμε αναλογίες πιθανοτήτων (OR) και τα διαστήματα εμπιστοσύνης 95% (CI) χρησιμοποιώντας άνευ όρων λογιστικής παλινδρόμησης, υποθέτοντας ένα πρόσθετο γενετικό μοντέλο (0, 1, 2 αντίγραφα του ανηλίκου αλληλόμορφο) και τη ρύθμιση για το δείκτη μάζας σώματος (ΔΜΣ στην kg /m

2), η ηλικία, η περιοχή μελέτης, πλάκα, και τα πρώτα 4 κύρια συστατικά να λογοδοτήσει για τη διαστρωμάτωση του πληθυσμού. Όλα ενιαία παραλλαγή αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση plink κατά 1,07 [26].

ανάλυση Gene-based.

Ως ένα επιπλέον μέθοδος για να ανακαλύψετε τις σπάνιες παραλλαγές που σχετίζονται με το ΕΚ, το γονίδιο που βασίζεται δοκιμή πραγματοποιήθηκε με τη χρήση SKAT-O [27] πάνω από όλες τις εθνικότητες. SKAT-O συνδυάζει δοκιμές γονίδιο-επιβάρυνση και SKAT, μια δοκιμή επίπεδο SNPset για σύνδεση με τη χρήση μεθόδων μηχανικής πυρήνα, σε ειδικές περιπτώσεις, για μια βελτιστοποιημένη προσέγγιση που μεγιστοποιεί την εξουσία. Οι αναλύσεις αυτές επίσης προσαρμοσμένο για ΒΜΙ, την ηλικία, το site μελέτη, πλάκα και τις πρώτες 4 κύριες συνιστώσες. Συνολικά, 16.245 γονίδια με τουλάχιστον μία παραλλαγή ελέγχθηκαν

Η στατιστική σημαντικότητα

Εμείς καθορίζεται ενιαία ένωση παραλλαγή για να φτάσει παγκόσμια σημασία αν η μη διορθωμένη τιμή p ήταν & lt?.. 2.82 × 10

-7, που αντιστοιχεί σε μια διόρθωση Bonferroni για 177.139 δοκιμές. ενώσεις γονίδιο που βασίζεται θεωρήθηκαν σημαντικές για μη διορθωμένη p-τιμές & lt?. 3,08 × 10 -6, που αντιστοιχεί σε μια διόρθωση Bonferroni για 16.245 δοκιμές

Σύμφωνα με την πολιτική ΝΙΗ /NCI όλα τα στοιχεία θα υποβληθούν

στη βάση δεδομένων γονοτύπων και φαινοτύπων (dbGaP, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gap).

Αποτελέσματα

Σύλλογος αναλύσεις που περιλαμβάνονται 177.139 γονότυπου με επιτυχία παραλλαγές με MAF & gt ? 0 από συνολικά 257.102 παραλλαγές που περιλαμβάνονται στον πίνακα. Τα χαρακτηριστικά του πληθυσμού των τεσσάρων συμμετεχόντων μελέτες (AHS, EDGE, FHCRC, και MEC) που περιγράφονται στον Πίνακα 1. ηλικία κατά τη διάγνωση Μέση για τις περιπτώσεις κυμαίνονταν από 58,5 έτη στην AHS σε 65,5 έτη στην MEC και σημαίνουν ΒΜΙ κατά τη διάγνωση για τις περιπτώσεις κυμαίνονταν από 28,8 kg /m

2 στο MEC με 32,3 kg /m

2 σε AHS και EDGE. Από τα 3067 δείγματα γονότυπου, 2833 συμπεριλήφθηκαν στην ανάλυση. Δεν υπήρχαν διαφορές στην ηλικία, ΒΜΙ, και εθνικότητα μεταξύ αποκλείονται περιπτώσεις και αυτές που περιλαμβάνονται στην ανάλυση (τα αποτελέσματα δεν φαίνονται). Από αυτά τα 2.833 άτομα, υπήρχαν 254 αυτο-αναφερόμενη Αφρο-Αμερικανοί, 347 αυτο-αναφερόμενη Ασιάτες, 1686 αυτο-αναφερόμενη Καυκάσιους, 79 αυτο-αναφερόμενη κάτοικοι της Χαβάης, 360 αυτο-αναφερόμενη Λατίνες και 107 οι οποίοι δεν αναφέρουν μια συγκεκριμένη εθνότητα (Πίνακας 2).

Η

Variant Διανομή μεταξύ των εθνοτήτων αναφέρθηκαν

σε αυτό τον πληθυσμό της μελέτης, 77.521 παραλλαγές (30,4%) βρέθηκαν να είναι μονομορφικής σε όλες τις αναφερθεί εθνικότητες και 177.139 παραλλαγές (69,6%) ήταν πολυμορφικές σε ένα τουλάχιστον καταγωγής πληθυσμού με 74,0% των πολυμορφικών αλληλόμορφων που έχει MAF ≤ 1% (Εικόνα 1). Από τις παραλλαγές που ήταν πολυμορφικοί σε τουλάχιστον μία εθνοτική πληθυσμού, 42,0% στις χώρες της Αφρικής Αμερικανοί, 71,7% στους Ασιάτες, 34,9% στους Καυκάσιους, 69,7% στη κάτοικοι της Χαβάης, 49,5% στην Λατίνες και 60,0% στα άτομα άγνωστης εθνικότητας ήταν μονομορφικής ( Σχήμα 2). Οι κατανομές MAF ήταν αρκετά παρόμοια μεταξύ τους Ασιάτες, κάτοικοι της Χαβάης, και εκείνοι που δεν ανέφεραν μια συγκεκριμένη εθνότητα, ενώ οι Αφροαμερικανοί, Καυκάσιων, και Λατίνες μοιράζονται περισσότερες ομοιότητες σε MAF με κάθε άλλο παρά με Ασιάτες, κάτοικοι της Χαβάης, και εκείνοι άγνωστης εθνικότητας. Περίπου 20,2% (n = 35.912) από τις παραλλαγές μοιράστηκαν από τις 5 αναφερθεί εθνοτήτων, ενώ Καυκάσιους και Λατίνες είχαν τις πιο παραλλαγές στο κοινό κατά 41,1% (n = 72.878) (Σχήμα 3). Καυκάσιους είχε τις πιο μοναδικές πολυμορφικές παραλλαγές (18,7%), ακολουθούμενη από την Αφρο-Αμερικανοί (14,0%), Λατίνες (3,2%), οι Ασιάτες (2,7%), όσοι δεν αναφέρουν την εθνικότητα (1,0%), και κάτοικοι της Χαβάης (0,4% ).

Ο αριθμός των παραλλαγών χαράσσεται από τον ανήλικο συχνότητα αλληλόμορφο πάνω από όλες τις εθνικότητες. Αυτές οι παραλλαγές περιλαμβάνουν εκείνες που είναι μονομορφικής σε όλες τις εθνότητες.

Η

Ο αριθμός των παραλλαγών χαράσσεται από τον ανήλικο συχνότητα αλληλόμορφο για κάθε εθνικότητα. Όλες αυτές οι παραλλαγές είναι πολυμορφικές σε τουλάχιστον μία αναφερόμενη εθνότητα.

Η

Οι αριθμοί των κοινών παραλλαγές εμφανίζονται σε διασταυρώσεις. Οι συνολικός αριθμός των πολυμορφικών παραλλαγών από την εθνικότητα που αναφέρονται στην πάνω αριστερή γωνία.

Η

Ενιαίου Συνδέσμου Παραλλαγή για καρκίνο του ενδομητρίου

Δεν παραλλαγές επιτευχθεί παγκόσμια σημασία στην ενιαία παραλλαγή ένωση ΕΚ για όλες τις εθνότητες σε συνδυασμό (Σχήμα 4α, Πίνακας 3) κατά τη διόρθωση για πολλαπλές συγκρίσεις χρησιμοποιώντας τη ρύθμιση Bonferroni (p & lt? 2,82 × 10

-7). Οι ισχυρότερες ενώσεις ήταν για παραλλαγές με & gt? 0,05 MAF (Πίνακας 3) βρίσκεται σε απόσταση 50 kb της μακράς μη πρωτεΐνης κωδικοποίησης διαγονιδιακές RNA,

LINC00520

(rs1953358, OR = 1,36, p = 4,76 × 10

-7) και στην περιοχή ιντρονίου του

PROS1

(rs8178648, OR = 1,71, p = 1,53 × 10

-6), το οποίο κωδικοποιεί για την πρωτεΐνη S, συμπαράγοντας σε πρωτεΐνη C σε αντι -coagulation μονοπάτι. Σε Καυκάσιους, οι οποίοι αποτελούν την πλειοψηφία της συνολικής ανάλυσης, μόνο rs8178648 παρέμεινε ενδεικτικά συνδέονται με OR = 1,98 και p = 3,35 × 10

-6 (Σχήμα 4β, Πίνακας 3). Δεν υπήρχαν σε παγκόσμιο επίπεδο σημαντική ή υποδηλώνουν παραλλαγές στις χώρες της Αφρικής Αμερικανοί, Ασιάτες, κάτοικοι της Χαβάης, Λατίνες, και εκείνοι που δεν αναφέρουν την εθνικότητα (Πίνακας S1).

Αποτελέσματα απλή παραλλαγή αναλύσεις (-log

10p) είναι συναρτήσει της θέσης του χρωμοσώματος (NCBI χτίσει 37) για σύνδεση πάνω από όλες τις εθνότητες (Α) και για τις ενώσεις μέσα σε Καυκάσιους (Β). Τα υπονοούμενα παραλλαγές επισημαίνονται παραπάνω. Τα αποτελέσματα προσαρμόστηκαν ως προς την ηλικία κατά τη διάγνωση, BMI, χώρο μελέτης, πλάκα, και οι τέσσερις πρώτες κύριες συνιστώσες.

Η

Gene-based Ανάλυση καρκίνο του ενδομητρίου

Κανένα από τα δοκιμές γονιδιακής με βάση το καταστατικό ήταν συνολικά σημαντική (p & lt? 3,08 × 10

-6) και μετά την προσαρμογή για πολλαπλές συγκρίσεις (Πίνακας S2). Από τα 16.245 γονίδια που εξετάστηκαν, η πιο σημαντική συσχέτιση ΕΚ ήταν με το

KRT81

(p = 2,21 × 10

-5), ένα μέλος της κερατίνης γονιδιακής οικογένειας που βρίσκεται στο 12q13.

PROS1

, όπου βρίσκεται rs8178648, δεν συσχετίστηκε σημαντικά με την ΕΚ (p = 0,6789) κατά τον έλεγχο πάνω από όλα τα έθνη, ούτε κατά τον έλεγχο μόνο σε Causasians (τα αποτελέσματα δεν φαίνονται).

Συζήτηση

Σας παρουσιάζουμε μια αρχική διερεύνηση για το αν οι σπάνιες παραλλαγές που συνδέονται με την ΕΚ κινδύνου σε ένα πολυεθνικό πληθυσμό από την E2C2. Δεν παραλλαγές έφτασε παγκόσμιας σημασίας (ρ & lt? 2,82 × 10

-7) στην ενιαία ένωση παραλλαγή αναλύσεις της ΕΚ σε όλες τις εθνότητες σε συνδυασμό ή όταν στρωματοποιημένη κατά αναφερθεί εθνικότητα. Επιπλέον, καμία δοκιμή γονιδιακής με βάση καταστατικό έφτασε παγκόσμιας σημασίας (ρ & lt? 3,08 × 10

-6)

Ανάμεσα σε όλες τις εθνικότητες, rs8178648 στο χρωμόσωμα 3 διατήρησε μια υποβλητική σχέση με ΕΚ (OR = 1.707. , 95% CI: 1,363 – 2,123, p = 1,53 × 10

-6). Η παραλλαγή βρίσκεται εντός της περιοχής εσωνίου του

PROS1

, ένα γονίδιο που κωδικοποιεί για την πρωτεΐνη S, ένας συμπαράγοντας στην αντιθρομβωτική οδό που προκαλεί αυτοσωματικό κυρίαρχο κληρονομικής θρομβοφιλίας όταν μεταλλαχθεί [28].

PROS1

έκφραση έχει αναφερθεί να είναι υψηλά σε επιθετικό καρκίνο του προστάτη ιστό [29] και του ιστού του καρκίνου του θυρεοειδούς [30], γεγονός που υποδηλώνει ότι μπορεί να έχει ένα ρόλο στην αιτιολογία ή την πρόοδο του καρκίνου.

PROS1

έχει βρεθεί να ρυθμίζεται προς τα πάνω απ ‘ευθείας από προγεστίνες [31] και ρυθμίζεται προς τα κάτω από την 17β-οιστραδιόλη, ένα οιστρογόνο που ρυθμίζει τη γονιδιακή έκφραση μέσω υποδοχέα οιστρογόνου [32], καθιστώντας ευαίσθητα σε ανισορροπίες στην ορμόνη μεταβολικό φύλο μονοπάτι, το οποίο εμπλέκεται στην αιτιολογία ΕΚ. Ωστόσο,

PROS1

δεν ήταν σχετίζεται σημαντικά με την ΕΚ (p = 0,6789), όταν χρησιμοποιεί το SKAT-O και κανένας άλλος GWAS έχουν βρει σημαντική ή υποδηλώνουν παραλλαγές σε αυτό το γονίδιο.

Μία αδυναμία αυτής της μελέτης είναι περιορισμένου μεγέθους του δείγματος μας, η οποία δεν ήταν επαρκώς κινούνται για την ανίχνευση σπάνιων παραλλαγές με μέτρια αποτελέσματα που συνδέονται με την ΕΚ. Επιπλέον, η περιεκτικότητα σε συστοιχία exome βασίζεται κατά κύριο λόγο για την ευρωπαϊκή καταγωγή, ενώ η μελέτη μας περιελάμβανε ένα σημαντικό αριθμό δειγμάτων με άλλες καταγωγές. Ελλιπή κάλυψη σειρά exome όλων των λειτουργικών παραλλαγές και indels που μπορεί να επηρεάσουν τον κίνδυνο ΕΚ μπορούν επίσης να έχουν περιορίσει το πεδίο της μελέτης μας. Ωστόσο, η ανάλυσή μας είναι ένα από τα μόλις δύο μελέτες [33], χρησιμοποιώντας τον πίνακα exome να εξετάσει τις ενώσεις μεταξύ σπάνιες παραλλαγές και πολύπλοκες ασθένειες σε μεγάλο πολυεθνικό πληθυσμό. Η μελέτη μας είναι επίσης ο πρώτος για να χρησιμοποιήσει τον πίνακα exome με ΕΚ και χρησιμεύει ως επέκταση στην προηγούμενη εξέτασή μας των κοινών παραλλαγών στο ΕΚ κινδύνου.

Μια προηγούμενη GWAS [13] εντοπιστεί μία νέα θέση κοντά στο

HNF1B

, rs4430796, αντιστρόφως ανάλογα με την ΕΚ κινδύνου. Εμείς αναπαραχθούν τα ευρήματα σε GWAS μας [14], αλλά δεν έχουν άλλα κοινά παραλλαγές που συνδέονται με την ΕΚ έχει καθοριστεί. συστοιχίες exome που εστιάζουν σε σπάνιες παραλλαγές, οι οποίες υποτίθεται ότι έχουν μεγαλύτερα μεγέθη αποτέλεσμα από κοινές παραλλαγές, έχουν χρησιμοποιηθεί για να προσδιορίσει επιτυχώς νέα τόπους που επηρεάζουν την επεξεργασία και την έκκριση ινσουλίνης σε διαβητικούς τύπου 2 [34]. Μέχρι σήμερα, οι αναλύσεις των θέσεων καρκίνου χρησιμοποιώντας συστοιχίες exome απέτυχαν να βρουν ισχυρές αποδείξεις ότι σπάνια παραλλαγές είναι ιδιαίτερα σχετίζονται με τον καρκίνο, αποκαλύπτοντας μόνο μία παραλλαγή σημαντική συσχέτιση με τον καρκίνο του μαστού και κανένας με καρκίνο του προστάτη [33]. Ομοίως, δεν έχουμε εντοπίσει τόπους σχετίζεται σημαντικά με την ΕΚ. Λόγω του περιορισμένου μεγέθους του δείγματος μας, η μελέτη μας εκτιμάται ότι θα τροφοδοτείται επαρκώς για την ανίχνευση ΕΑΠ & gt? 2.53 για παραλλαγές χαμηλής συχνότητας (MAF = 0.02). Μια Ή 2,00 (MAF = 0.01) θα πρέπει επίσης περίπου 4.250 περιπτώσεις και 7.250 ελέγχους να είναι επαρκώς κινούνται. Ακόμη και για παραλλαγές με υψηλότερη MAFs παρόμοιο με αυτό που παρατηρήθηκε για rs8178648, μια μελέτη που ανιχνεύει μια ανά-αλληλόμορφο ή του 1,70 θα απαιτούσε τουλάχιστον 1.107 περιπτώσεις και 1.871 ελέγχους που πρέπει να θεωρηθεί επαρκώς τροφοδοτημένο (β = 0,80). Ως εκ τούτου, μεγαλύτερες μελέτες πρέπει να διεξάγονται με σκοπό τον εντοπισμό νέων ενώσεων με σπάνιες παραλλαγές.

Εν κατακλείδι, η μελέτη μας δεν βρήκε κανένα στοιχείο ότι οι σπάνιες παραλλαγές με μεγάλα μεγέθη ενέργεια που σχετίζεται με το ΕΚ κινδύνου. Αν και ήμασταν σε θέση να εντοπίσει μερικά ενδεικτικά ενώσεις, όπως με rs8178648, πολύ μεγαλύτερες μελέτες θα χρειαστούν για να προσδιορίσει μια πιο μετριοπαθή επιρροή της σπάνιας παραλλαγές σχετικά με τον κίνδυνο της ΕΚ.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.

1-5. Ενιαία ένωση παραλλαγή αποτέλεσμα. Top 100 πιο σημαντικό μεμονωμένο ενώσεις παραλλαγή με καρκίνο του ενδομητρίου από εθνοτικές ομάδες

doi:. 10.1371 /journal.pone.0097045.s001

(XLSX)

Πίνακας S2.

SKAT-O γονίδιο με βάση τα αποτελέσματα σύνδεσης. SKAT-O γονίδιο ενώσεις με βάση με τον καρκίνο του ενδομητρίου για όλες τις εθνότητες σε συνδυασμό

doi:. 10.1371 /journal.pone.0097045.s002

(XLSX)