Αφηρημένο

Ιστορικό

Ο σκοπός αυτής της μελέτης ήταν να αποδειχθεί η σκοπιμότητα μιας πλατφόρμας longmer ολιγονουκλεοτιδίων μικροσυστοιχιών στο προφίλ αριθμό αντιγράφων του γονιδίου μεταβολές σε καρκινικές κυτταρικές σειρές προστάτη και να δείξει γρήγορα νέα υποψήφια γονίδια, τα οποία μπορεί να παίζουν ρόλο στην καρκινογένεση.

Μέθοδοι /αποτελέσματα και τα ευρήματα

Γονιδίωμα-ευρύ έλεγχο για τις περιφέρειες της γενετικής κέρδη και ζημίες από κυτταρικές σειρές καρκίνου του προστάτη εννέα (PC3, DU145, LNCaP, CWR22, και προέρχεται sublines) πραγματοποιήθηκε με τη χρήση συγκριτικών γονιδιωματικής υβριδοποίησης σε ολιγονουκλεοτιδίων μικροσυστοιχία 35.000 χαρακτηριστικό (arrayCGH). Σε σύγκριση με τα συμβατικά χρωμοσωμικές CGH, περισσότερες διαγραφές και μικρές περιοχές των κερδών, ιδιαίτερα σε pericentromeric περιοχές και οι περιοχές δίπλα στα τελομερή, είχαν εντοπιστεί. Ως επικύρωση της υψηλής ανάλυσης της arrayCGH αναλύσαμε περαιτέρω ένα μικρό αμπλικόνιο 1,7 MB σε 9p13.3, η οποία βρέθηκε στην CWR22 και CWR22-RV1. Αύξηση του αριθμού αντιγράφων επιβεβαιώθηκε με φθορισμό

in situ υβριδισμού

χρησιμοποιώντας τον κλώνο BAC RP11-165H19 από την ενισχυμένη περιοχή που περιλαμβάνει τα δύο γονίδια ιντερλευκίνης 11 άλφα υποδοχέα (

IL11-RA

) και dynactin 3 (

DCTN3

). Χρησιμοποιώντας ποσοτική πραγματικού χρόνου PCR (qPCR) θα μπορούσε να αποδείξει ότι

IL11-RA

είναι το γονίδιο με τον υψηλότερο κέρδος αριθμού αντιγράφων στις κυτταρικές σειρές σε σύγκριση με

DCTN3

υποδηλώνοντας

IL11-RA

να είναι ο στόχος της ενίσχυσης. Διαλογή των 20 πρωτογενών καρκινωμάτων του προστάτη από qPCR αποκάλυψε μια

IL11-RA

αντίγραφο κέρδος αριθμό σε 75% των όγκων που αναλύθηκαν. Κέρδος του

DCTN3

βρέθηκε μόνο σε δύο περιπτώσεις μαζί με ένα κέρδος

IL11-RA

.

Συμπεράσματα /Σημασία

ArrayCGH χρησιμοποιώντας longmer ολιγονουκλεοτιδίων μικροσυστοιχίες είναι εφικτό για ανάλυση υψηλής ευκρίνειας του chomosomal ανισορροπιών. Χαρακτηρισμός ενός μικρού αποκτήθηκε περιοχή στο 9p13.3 σε κυτταρικές σειρές καρκίνου του προστάτη και δείγματα πρωτογενούς καρκίνου του προστάτη με φθορισμό

in situ υβριδισμού

και ποσοτική PCR αποκάλυψε ιντερλευκίνης γονίδιο άλφα 11 υποδοχέα ως υποψήφιος στόχος της ενίσχυσης με ενίσχυση συχνότητα 75% σε καρκινώματα του προστάτη. Συχνή ενίσχυση του

IL11-RA

στον καρκίνο του προστάτη είναι ένας πιθανός μηχανισμός του

IL11-RA

υπερέκφραση σε αυτόν τον τύπο όγκου

Παράθεση:. Kamradt J, Jung V, Wahrheit K, L Tolosi, Rahnenfuehrer J, Schilling Μ, et al. (2007) Ανίχνευση Μυθιστόρημα Αμπλικόνια στον καρκίνο του προστάτη από Περιεκτική γονιδιακό προφίλ του καρκίνου του προστάτη κυτταρικών γραμμών χρήση ολιγονουκλεοτιδίων-Based ArrayCGH. PLoS ONE 2 (8): e769. doi: 10.1371 /journal.pone.0000769

Ακαδημαϊκό Συντάκτης: Stefan Maas, Πανεπιστήμιο Lehigh, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 5 Ιουλίου του 2007? Αποδεκτές: 18 Ιούλ 2007? Δημοσιεύθηκε: 22 Αυγούστου 2007

Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της δήλωσης Creative Commons Public Domain που ορίζει ότι, μόλις τοποθετηθεί στο δημόσιο τομέα, το έργο αυτό μπορεί να αναπαραχθεί ελεύθερα, διανεμηθεί, μεταδοθεί, τροποποιηθεί, χτισμένο πάνω, ή ειδάλλως να χρησιμοποιηθεί από οποιονδήποτε για οποιονδήποτε νόμιμο σκοπό

Χρηματοδότηση:. Deutsche Forschungsgemeinschaft, χορηγεί αριθμό KA1793 /1-1, Bundesministerium für Bildung und Forschung, χορηγεί αριθμό 01GR0453, BioSapiens Δίκτυο αριστείας , ο αριθμός των συμβάσεων της ΕΕ LSHG-CT-2003-503265

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Τα Εισαγωγή

Οι γενετικές μεταβολές που πιστεύεται ότι είναι το κλειδί γεγονότα στην ανάπτυξη των περισσότερων όγκων, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του προστάτη [1]. την εξέλιξη του όγκου φαίνεται να εξαρτάται από τη διαδοχική απόκτηση χρωμοσωμικών ανωμαλιών που οδηγούν σε κέρδη ή ζημίες του τμήματος του γονιδιώματος των καρκινικών κυττάρων. Ο χαρακτηρισμός αυτών των γονιδιωματικών ανωμαλίες στον καρκίνο του προστάτη μπορεί συνεπώς να βοηθήσει να κατανοήσουμε τη μοριακή παθογένεση και μπορεί να αποκαλύψει γενετικούς δείκτες της εξέλιξης.

Από την πρώτη περιγραφή της από Kallioniemi et al. (1992) [2] χρωμοσωμική συγκριτική γενωμική υβριδοποίησης (cCGH) έχει γίνει το πιο συχνά χρησιμοποιούμενη τεχνική για την ανίχνευση DNA αριθμό αντιγράφων αλλαγές σε γονιδιώματα του όγκου. Εμείς και άλλοι έχουν αναλύσει το γονιδίωμα των κυτταρικών γραμμών καρκίνου του προστάτη και τα δείγματα καρκίνου του προστάτη πρωτογενή με αυτή την τεχνική [3] – [5]. Ο φθορισμός

in situ υβριδισμού DNA

(FISH) και ποσοτική πραγματικού χρόνου PCR έχει αποδειχθεί ότι είναι πολύτιμα εργαλεία για την ανακάλυψη του γονιδίου-στόχου εντός εντοπίστηκαν χρωμοσωμικές περιοχές του κέρδους, π.χ. η

TLOC1 /sec62

γονιδίου στο 3q26.2 στον καρκίνο του προστάτη [6]. Εφαρμόζοντας προηγμένη βιοπληροφορικής μοντέλα σε δεδομένα cCGH έδειξαν ότι τα πρότυπα των χρωμοσωμικών ανωμαλιών περιέχουν πολύτιμες προγνωστικές πληροφορίες ενός όγκου [7].

Λόγω της σχετικής χαμηλή χωρική ανάλυση (~20MB) της cCGH και ανακρίβεια του σε κεντρομερική ως καθώς και τελομερικού περιοχές αυτή η τεχνική δεν είναι ούτε σε θέση να ανιχνεύσει επαρκώς μικρές περιοχές των κερδών ή χάνει ούτε γονιδιωματικής αλλαγές δίπλα στο κεντρομερίδιο ή τελομερών. Επίσης, για την ταυτοποίηση του γονιδίου-στόχου σε αποκτήθηκε περιοχές όπως διαπιστώθηκε από cCGH, πρόστιμο-χαρτογράφηση με τεχνικές όπως τα ψάρια είναι επίπονη και χρονοβόρα.

Σε σύγκριση με cCGH, που βασίζεται σε μικροδιάταξη CGH, που αναφέρεται ως array CGH (aCGH ) ή μήτρα CGH [8] – [9], έχει ένα κατά προσέγγιση 1.000 φορές υψηλότερη ανάλυση (ή ακόμη και υψηλότερες) και επιτρέπει την ανάλυση των χρωμοσωμικών περιοχών κοντά στο κεντρομερίδιο και τελομερών. Οι διαφορετικές προσεγγίσεις των aCGH έχουν ακολουθηθεί τα τελευταία χρόνια. Αρκετές ομάδες που χρησιμοποιούνται γονιδιωματικής συστοιχίες BAC [10], ενώ άλλοι έχουν επιλέξει cDNA ή ολιγονουκλεοτιδίων συστοιχίες που είχαν αρχικά σχεδιαστεί για την ανάλυση της έκφρασης [9], [11]. Συστοιχίες σχεδιαστεί για την έκφραση του γονιδίου είναι πλεονεκτικές για άμεση σύγκριση των γονιδιωματικών μεταβολών και γονιδιακή έκφραση στην ίδια πλατφόρμα. Αρκετές μελέτες έχουν δείξει ότι αυτή η προσέγγιση παρουσιάζει μία σημαντική συσχέτιση μεταξύ του αριθμού αντιγράφων γονιδίου και το επίπεδο έκφρασης [12], [13]. Τον τελευταίο καιρό, η χρήση των συστοιχιών ολιγονουκλεοτιδίων ειδικά για aCGH σχεδιαστεί πλέον αναφέρθηκε [14] και είναι τώρα διαθέσιμο στο εμπόριο ως πλατφόρμα aCGH. Για τις αναλύσεις aCGH των κυτταρικών σειρών καρκίνου του προστάτη, καθώς και κλινικά δείγματα είτε συστοιχίες BAC ή cDNA έχουν χρησιμοποιηθεί [12], [13], [15] – [20].

Εδώ παρουσιάζουμε την πρώτη μελέτη χρησιμοποιώντας μια 35.000 χαρακτηριστικό 70-μερές ολιγονουκλεοτίδιο συστοιχία, αρχικά σχεδιασμένο για την ανάλυση έκφρασης, για λεπτομερή γενωμική χαρακτηρισμό των κυτταρικών σειρών καρκίνου του προστάτη εννέα. Τα προκύπτοντα προφίλ aCGH σε σύγκριση με τα αποτελέσματα cCGH. Η εμφάνιση ενός πρόσφατα ανιχνεύθηκε μικρή αμπλικόνιο στην υποζώνη pericentromeric 9p13.3 σε διάφορες κυτταρικές σειρές έχει επικυρωθεί από FISH και ποσοτική πραγματικού χρόνου PCR και επιβεβαιώνεται επίσης σε δείγματα πρωτογενούς καρκίνου του προστάτη.

Υλικό και Μέθοδοι

όγκου κυτταρικές σειρές και απομόνωση DNA

Ο καρκίνος ανθρώπινες κυτταρικές σειρές προστάτη DU145, PC3, LNCaP, CWR22 και CWR22-RV1 ελήφθησαν από την American Type Cell Culture Collection (ATCC, Rockville, MD, USA) και καλλιεργούνται σύμφωνα με τα πρωτόκολλα που συνιστώνται από την ATCC. Από PC3 και DU145, δύο διαφορετικούς κλάδους ήταν διαθέσιμα, που διεξήχθη στο εργαστήριο του Καρκίνου Γενετική Branch, NHGRI, ΝΙΗ (PC3

ΝΙΗ

, DU145

ΝΙΗ

) , η άλλη στο ουρολογικό εργαστήριο στο Homburg (PC3

HOM

, DU145

HOM

). PC3-Ν, PC-125-1L, και DU145-MN1 καθορίστηκαν όπως περιγράφηκε προηγουμένως [21], [22]. LNCaP-CN4-2 παρασχέθηκε ευγενώς από τον Ζ Culig, Τμήμα Ουρολογίας, Ιατρική Σχολή Πανεπιστημίου, Ίνσμπρουκ, Αυστρία.

Πρωτοβάθμια προστάτη δείγματα καρκίνου

Οι ποσοτικές μετρήσεις αριθμού αντιγράφων γονιδίου έγιναν στις 20 πρωτοβάθμια δείγματα αδενοκαρκινώματος του προστάτη, που ελήφθησαν μετά από ριζική προστατεκτομή από τους ασθενείς είχαν λάβει προηγούμενη θεραπεία του καρκίνου του προστάτη. Μετά προστατεκτομή, τα δείγματα αποκόπηκαν από έναν παθολόγο, καταψύχθηκαν, και αποθηκεύτηκαν στους -80 ° C. Μόνον δείγματα τα οποία περιέχουν & gt?. Κύτταρα όγκου κατά 50% συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη

απομόνωση DNA και ποσοτικοποίηση

DNA απομονώθηκε χρησιμοποιώντας το κιτ απομόνωσης QiAmp DNA (Qiagen, Hilden, Germany) και στη συνέχεια ποσοτικοποιούνται με φθορομετρική δοκιμασία (Quant-iT Pico Πράσινο dsDNA Kit, Invitrogen, Karlsruhe, Germany). Ο φθορισμός μετρήθηκε χρησιμοποιώντας ένα TECAN (Salzburg, Austria) συσκευή μέτρησης φθορισμού SpectrafluorPLUS μικροπλάκας με ένα μήκος κύματος διέγερσης 485 nm και μήκος κύματος εκπομπής 535 nm. Οι συγκεντρώσεις DNA υπολογίστηκαν από μια πρότυπη καμπύλη της διπλής έλικας του DNA ελέγχου που παρέχονται με το κιτ που μετρήθηκε εις τριπλούν σε συγκεντρώσεις 30, 3, 0,3, και 0,03 ng /μl (μετρήθηκε με φθορισμομετρία).

Σύνολο ενίσχυση γονιδίωμα και καθαρισμό

Ένας όγκος 2,5 μΙ από 4 ng /μl αραιώσεις από κυτταρικές σειρές και ελέγχουν DNA χρησιμοποιήθηκε ως πρώτη ύλη για την ενίσχυση. Η phi29-ενίσχυση πραγματοποιήθηκε σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή του κιτ Repli-G (Qiagen) χρησιμοποιώντας ένα χρόνο επώασης 16 ώρες. Repli-G αντιδράσεις ελέγχονται από ένα εσωτερικό πραγματικό χρόνο με βάση

Alu

-PCR δοκιμασία. Επιπρόσθετα συγκέντρωση του DNA φθορομετρικά ποσοτικά με Quant-iT Pico Πράσινο dsDNA Kit (Invitrogen) και κυμάνθηκε μεταξύ 10-30 μg.

Alu-PCR

δοκιμασία

Λόγω ενός παρατηρούνται συχνά σύνθεση φόντο στο Repli-G ενισχύεται no-πρότυπο ελέγχου, πραγματοποιήσαμε ένα επιπλέον έλεγχο της ποιότητας σε 1 μl (1:50 αραίωση) της ακάθαρτης phi29-ενισχυμένο DNA. Ένα

Alu

συγκεκριμένη ζώνη θα πρέπει να είναι παρούσα σε όλες τις Repli-G ενισχυμένα δείγματα και απουσιάζει στα Repli-G ενισχύεται no-πρότυπο ελέγχου. Κάθε 2 μΙ δείγματος συγκρίθηκε με 1 μΙ σειριακών αραιώσεων του αρσενικού DNA ελέγχου (Promega, WI, USA) (10, 5, 2, 1, 0,5, 0,1, 0,01, 0,001 ng /μl). Οι 25 μλ αντιδράσεις περιείχαν 1 × Καυτή έναρξη SYBR πράσινο κύριο μείγμα (Qiagen), 1.5 mM MgCl

2, 0,2 mM dNTPs Mix, 400 εκκινητών nM καθένα (

Alu

-forw: 5′-GTGGGCTGAAAAGCTCCCGATTAT- 3 ‘και

Alu

-Rev: 5′-ATTCAAAGGGTATCTGGGC TCTGG-3′). Οι συνθήκες των κύκλων είχαν ως εξής: 1 λεπτό στους 94 ° C? 35 κύκλοι των 20 s στους 94 ° C, 20 s στους 55 ° C και 20 s στους 72 ° C? 10 λεπτά στους 72 ° C. Τα προϊόντα ενίσχυσης ελέγχθηκαν με ανάλυση καμπύλης τήξης χρησιμοποιώντας το λογισμικό ποσοτικοποίησης LightCycler ™ 3.5 (Roche Diagnostics, Mannheim, Germany) και ηλεκτροφόρηση πηκτής. Η ενίσχυση θεωρήθηκε επιτυχής όταν η ποσότητα της ανθρώπινης

Alu

αλληλουχίες στο DNA θραύσματα phi29 δημιουργούνται κυμαινόταν από 10-30% και όταν ένα επίχρισμα θραυσμάτων DNA, που κυμαίνονται από 1 έως 20 kb, ήταν ορατή με ηλεκτροφόρηση πηκτής.

ArrayCGH

10 μg ενισχύεται και καθαρισμένο ϋΝΑ σημάνθηκαν χρησιμοποιώντας το BioPrime Array CGH Genomic Labeling kit (Invitrogen) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή σε όγκο 50 μΐ με ένα τροποποιημένο dNTP μίγμα που περιέχει 120 μΜ καθένα από dATP, dGTP, dCTP και? 60 μΜ dTTP? και 60 μΜ Cy5-dUTP ή Cy3-dUTP. Σημασμένο DNA καθαρίστηκε χρησιμοποιώντας στήλες καθαρισμού QIAquick PCR (Qiagen). Tumor και αναφορά DNA συνενώθηκαν, αναμίχθηκαν με 50 μg Cot-1 DNA (Invitrogen) και συμπυκνώθηκε σε ένα όγκο 20 μΐ σε μια φυγόκεντρο κενού. DNA ακολούθως αναμίχθηκε με ίση ποσότητα 2 × φορμαμίδιο ρυθμιστικό, μετουσιώθηκαν στους 95 ° C για 5 λεπτά και προ-επωάστηκαν στους 37 ° C για 30 λεπτά σε υδατόλουτρο.

Οι υβριδισμοί πραγματοποιήθηκαν σε έθιμο (εκτυπώνεται οι διαφάνειες Facility) γυαλί NHGRI /ΝΙΗ μικροσυστοιχιών πυρήνα που περιέχει το οπερόνιο 70mer ολιγονουκλεοτιδίων που η έκδοση 3 με 34.580 ολιγονουκλεοτίδια. Τα ολιγονουκλεοτίδια αρχικά σχεδιασμένο για την ανάλυση της έκφρασης. Για arrayCGH Όλα τα ολιγονουκλεοτίδια ευθυγραμμισμένη αλληλουχία έναντι του ανθρώπινου γονιδιώματος (build 34), Ensembl, REFSEQ, dbEST και UCSC γνωστά γονίδια με αποτέλεσμα 29.383 ολιγονουκλεοτίδια με μια συγκεκριμένη χρωμοσωμική χαρτογράφηση.

δειγμάτων DNA υβριδοποιήθηκαν επί της συστοιχίας για 16 -18 ώρες στους 42 ° C χρησιμοποιώντας το MAUI σύστημα υβριδισμού 4-bay και MAUI Mixer A0 (BioMicro System, Salt Lake City, UT, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής). Μετά συστοιχίες υβριδοποίησης και MAUI Mixer αποσυναρμολογήθηκαν σε 42 ° C 1 χ SSC και 0,05% SDS (διάλυμα πλύσεως 1) και στη συνέχεια πλένεται δύο φορές σε διάλυμα πλύσης 1 για 5 λεπτά που ακολουθείται από δύο εκπλύσεις σε 0,1 χ SSC (διάλυμα πλύσεως 2) για 5 λεπτά. Αποξηραμένα διαφάνειες σειρά σαρώθηκαν χρησιμοποιώντας μικροσυστοιχίες σαρωτή ScanLite Express (Perkin Elmer, Wellesley, MA, USA). αρχείων εικόνας RAW των συστοιχιών υποβλήθηκαν σε επεξεργασία χρησιμοποιώντας το λογισμικό DeArray [23], καθώς και τα δεδομένα που προκύπτουν εικόνα εισήχθησαν R περιβάλλον χρησιμοποιώντας πακέτα βιομεταβιβαστή [24] για περαιτέρω ανάλυση.

επεξεργασία δεδομένων και στατιστική ανάλυση των δεδομένων των μικροσυστοιχιών

Η στατιστική ανάλυση για τον προσδιορισμό των περιοχών των χρωμοσωμάτων με αλλοιωμένη αριθμούς αντιγράφων σε ενιαίο συστοιχίες αποτελείται από δύο βήματα. Πρώτον, μετά τη χαρτογράφηση των μετρημένη αριθμού αντιγράφων γονιδίου log-αναλογίες με τις αντίστοιχες θέσεις των χρωμοσωμάτων τους, Εξομάλυνση εφαρμόστηκε. Τα προσαρμοστικά βάρη εξομάλυνση με βάση αλγόριθμο χαρούμε [25] για τον εντοπισμό περιοχών του σταθερού αριθμού αντιγράφων χρησιμοποιήθηκε. Αυτός ο αλγόριθμος ταιριάζει μια τμηματικά συνεχή λειτουργία κατά μήκος του χρωμοσώματος στα log-αναλογίες. Στη συνέχεια, για προσδιορίστηκαν κάθε δείγμα περιοχές που ενισχύονται ή να διαγραφούν. Εδώ, οι κανονικές κατανομές είχαν τοποθετηθεί σε ένα ισχυρό τρόπο στις εξομαλύνεται log-αναλογίες του κάθε πίνακα. Ειδικότερα, η μέση τιμή και το εύρος διατεταρτημοριακό υπολογίστηκαν, και μια κανονική κατανομή ήταν εφοδιασμένο με αυτές τις παραμέτρους. Τέλος, σταθερές περιοχές με τιμές πάνω ή κάτω από τα καθορισμένα ποσοτικοποιημένες ανιχνεύεται ως κερδίζεται ή χάνεται περιοχές, αντίστοιχα. Προκειμένου να γίνει διάκριση μεταξύ ασθενή και ισχυρά σήματα, τη διάμεση τιμή συν ή πλην ένα ή δύο τυπικές αποκλίσεις επιλέχθηκαν ως cutoffs για ασθενή και ισχυρά εκτροπές, αντίστοιχα. Οι αλγόριθμοι που υλοποιήθηκαν στη γλώσσα προγραμματισμού R (www.r-project.org). Τα αποτελέσματα ελήφθησαν με τη χρήση R έκδοση 2.3 και το χαρούμε βιβλιοθήκη που παρέχονται από το έργο Bioconductor (www.bioconductor.org), έκδοση 1.7.

Η χρωμοσωμική CGH

Η υβριδοποίηση έγινε όπως περιγράφηκε προηγουμένως με μικρές τροποποιήσεις [26]. 500 ng με βιοτίνη DNA σημασμένο ανιχνευτή, 500 ng επισημασμένου με διγοξιγενίνη DNA αναφοράς (ανθρώπινος αρσενικό αναφοράς DNA, Promega, WI, USA) και 50 μg ανθρώπινης μη σημασμένου κρεβατάκι-DNA (Invitrogen, Karlsruhe, Germany) κατακρημνίστηκαν με 0.3 Μ οξικό νάτριο στο 2.5 πλάσια όγκο αιθανόλης και διαλύθηκε σε 2.5 μΐ απιονισμένο φορμαμίδιο. Μετά από 30 λεπτά, προστέθηκαν τα 2,5 μΙ του διπλού μείγματος υβριδοποίησης (100 mM ρυθμιστικό φωσφορικού νατρίου, 4 χ SSC και 20% θειική δεξτράνη, ρΗ 7.0) και μετουσιώνεται για 5 λεπτά στους 75 ° C που ακολουθείται από 15 λεπτά preannealing στους 37 ° ΝΤΟ. Η υβριδοποίηση πραγματοποιήθηκε υπό σφραγίστηκε καλυπτρίδες για 3 ημέρες στους 37 ° C σε ένα υγρό θάλαμο. Μετά τον υβριδισμό, τα πλακίδια πλύθηκαν τρεις φορές για 5 λεπτά σε ένα διάλυμα πλύσης (50% φορμαμίδιο εντός 2 χ SSC ρΗ 7,0) στους 45 ° C, δύο φορές σε 2 χ SSC (ρΗ 7.0) στους 45 ° C, και μία φορά σε 0.1 × SSC (ρΗ 7,0) στους 45 ° C.

Βιοτινυλιωμένο ανιχνευτή DNA ανιχνεύθηκε με FITC στρεπταβιδίνη σημασμένη (Vector Laboratories, Burlingame, CA, USA). Η digoxigenized DNA ελέγχου ανιχνεύτηκε με σημασμένο με ροδαμίνη αντισώματα αντι-διγοξιγενίνης (Roche Diagnostics, Mannheim, Germany). Τέλος, τα πλακίδια χρωματίσθηκαν για αντίθεση, και ένα διάλυμα αντιξεθωριάσματος εφαρμόζεται με τον ίδιο βήμα (Vectashield με DAPI, Vector Laboratories).

Τα πλακίδια αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας ένα σύστημα ψηφιακής εικόνας ανάλυση (MetaSystems, Altlussheim, Γερμανία), με βάση την Όλυμπος AX 70 μικροσκόπιο εφοδιασμένο με ένα ψυχόμενο κάμερα CCD (Photometrics, Tuscon, AZ, USA). Για την ανάλυση των δεδομένων διαφορική φθορισμού χρησιμοποιήθηκε το λογισμικό MetaSystems ISIS 3. Οι εικόνες τριών χρωμάτων με κόκκινο, πράσινο και μπλε αποκτήθηκαν 15-20 μεταφάσεις. ανισορροπίες χρωμοσωμάτων ανιχνεύθηκαν βάσει του προφίλ αναλογία φθορισμού, που αποκλίνουν από την ισορροπημένη τιμή (FITC: ροδαμίνη = 1). Για κάθε χρωμόσωμα οι τελικές τιμές αναλογία παρασκευάστηκαν από μέσες τιμές από τουλάχιστον δέκα χρωμόσωμα ομόλογα από ξεχωριστά επάλειψη μετάφαση. αποτελέσματα CGH χαράχθηκαν ως μια σειρά από πράσινο σε κόκκινο προφίλ αναλογία, και η ερμηνεία των αποτελεσμάτων ακολούθησε περιγράφηκε προηγουμένως πρωτόκολλα [3].

φθορισμού in situ υβριδισμού

FISH έγινε σε πυρήνες και μετάφαση spreads των κυτταρικών σειρών CWR22 και CWR22-RV1. Μεταφάσης επάλειψη των λεμφοκυττάρων από ένα υγιή δότη χρησιμοποιήθηκε ως έλεγχος. Η BAC κλώνος RP11-165H19 (9p13.3, GenBank αριθμός AQ382511) λήφθηκε από Bacpac Resource Center Νοσοκομείο Παίδων (Ινστιτούτο Oakland Research, Oakland, CA, USA) και cohybridized με έναν ανιχνευτή ειδικό για το κεντρομερίδιο του χρωμοσώματος 9 (D9Z1? Oncor, Gaithersburg, MD, USA). Βακτηριακές καλλιέργειες και την απομόνωση του DNA πραγματοποιήθηκαν σύμφωνα με το πρωτόκολλο Bacpac Miniprep (https://www.biologia.uniba.it/rmc).

Alu

-PCR προϊόντα της BAC χρησιμοποιήθηκαν ως ανιχνευτές και βιοτινυλιώθηκαν χρησιμοποιώντας ψευδώνυμο μετάφραση. Διπλή χρώμα φθορισμού

in situ υβριδοποίηση

και ανίχνευση των σημάτων φθορισμού έγιναν όπως περιγράφηκε προηγουμένως [6].

ποσοτική πραγματικού χρόνου PCR

ποσοτική πραγματικού χρόνου PCR για τον αριθμό αντιγράφων γονιδίου μέτρηση βασίστηκε σε μια προσφάτως περιγραφείσα προσέγγιση [27]. Στην παρούσα μελέτη, χρησιμοποιήσαμε προσχεδιασμένα και επικυρωμένες αξιολογήσεις SNP (Applied Biosystems, CA, USA) με το σύστημα ΑΒ 7900 (Applied Biosystems). Για την επικύρωση της 9p13.3 αμπλικονίου δύο γονίδια μέσα στο αμπλικόνιο (IL-11RA, AssayID: C__11340987_10 και DCTN3, AssayID: C__25472566_10) και ενός γονιδίου σε σε 3p24.2 βρίσκεται σε μια μη μεταβληθεί περιοχή στον καρκίνο του προστάτη (TOP2B, AssayID :. C__8063527_10) αναλύθηκαν

σε ένα πρώτο στάδιο, όλοι οι SNP δοκιμασίες που χρησιμοποιήθηκαν σε αυτή τη μελέτη διεξήχθησαν σε μία σειρά αραίωσης των κανονικών DNA του αίματος για τον προσδιορισμό της αποτελεσματικότητας της PCR (Ε) του κάθε σετ εκκινητών από τον τύπο Ε = 10

-1 /s, όπου s αντιπροσωπεύει την απόλυτη τιμή της κλίσης σε οικόπεδο του κύκλου ορίου (C

T) έναντι log του ποσού των εισροών. Όλα τα εναύσματα που φαίνεται να έχουν ίση απόδοση περίπου Ε = 2 και σε σχετική οικόπεδα αποδοτικότητας σύγκριση των διαφορετικών εκκινητών (log του ποσού εισόδου

vs.

ΔΟ

T) η απόλυτη τιμή της κλίσης ήταν λιγότερο από 0,1. αριθμός Σχετική αντιγράφων του γονιδίου υπολογίστηκε στη συνέχεια μετά την ιππασίας: 2

-ΔΔCT (δελτίο χρήστη # 2, Applied Biosystems). Για τη βαθμονόμηση κανονική DNA του αίματος προστέθηκαν σε κάθε εκτέλεση PCR. Για τα γονίδια που έχουν και τα δύο αλληλόμορφα ανιχνεύεται με την δοκιμασία ο C

τιμή Τ αφαιρείται κατά 1 με βάση το δείξει την αποτελεσματικότητά του 2. Για να προσδιοριστεί εάν τα αποτελέσματα που λαμβάνονται με πραγματικού χρόνου PCR ανάλυση των δειγμάτων καρκίνου του προστάτη ήταν σημαντικά διαφορετικές από εκείνες που λαμβάνονται για δείγματα από υγιή άτομα, προσδιορίσαμε ένα διάστημα ανοχής (TI) για τους σχετικούς αριθμούς αντιγράφων γονιδίου, χρησιμοποιώντας την τυπική απόκλιση (SD) του C

τιμές Τ για γονίδια-στόχους και αναφορά σε 8 υγιή άτομα σύμφωνα με την εξίσωση: TI = 2 ± (SDΔC

T × 2). Η TI κυμάνθηκε 1,62 έως 3,17 για

DCTN3

και 1,77 έως 2,94 για

IL11-RA

.

Αποτελέσματα

Minimal επαναλαμβανόμενες περιοχές των αλλαγών

Λόγω της υψηλής αλλάξει γονιδιωμάτων τους και του μεγάλου όγκου των δεδομένων που προκύπτουν από σειρά αναλύσεων, απλό οπτικό έλεγχο των αλλαγμένη τόπους αποδείχθηκε αναποτελεσματικό να προσδιορίσει την ελάχιστη επαναλαμβανόμενες περιοχές της εκτροπής. Να αναλύσει το σύνολο των δεδομένων, σε συνδυασμό αυτόματη αναγνώριση εκτροπή με μία τροποποιημένη διαδικασία οικόπεδο συχνότητα. Εφαρμογή της ανάλυσης σταθμισμένης συχνότητας στα αυτοσωμικά κυτταρικών σειρών καρκίνου του προστάτη αποκάλυψε πολλαπλές περιοχές υψηλής επαναλαμβανόμενες αλλαγές. Σε σύγκριση με cCGH μας αναλύει αρκετές μικρές επιμηκύνσεις και μονάδες διαγραφή ανιχνεύθηκαν μόνο από aCGH, ειδικά σε pericentromeric περιοχές και οι περιοχές κοντά στα τελομερή (Εικ. 1). Το μέγεθος των μικρότερων περιοχών της εκτροπής θα μπορούσε να προσδιοριστεί σε 110 kb για τις απώλειες σε 19q13.41 σε κυτταρικές σειρές DU145

ΝΙΗ

, DU145-MN1, PC3 125-1L και CWR22-RV1, και 760 kb για τα κέρδη στο 14q32.11-q32.12 σε PC3

HOM

, PC3-Ν και PC3-125-1L. Οι περισσότερες χρωμοσωμικές ανωμαλίες, όπως ανιχνεύεται από cCGH παρατηρήθηκαν επίσης σε aCGH. Ωστόσο, περισσότερες απώλειες ανιχνεύθηκαν με μικροσυστοιχίες και πιο μεγάλες περιοχές των κερδών με την τεχνική μετάφαση. Για τα συνήθως ανιχνεύεται περιοχές των εκτροπών, δεν υπάρχει καμία διαφορά μεταξύ των δύο μεθόδων για την ταξινόμηση των κερδών ή ζημιών στην ατομική περιοχή παρατηρήθηκε (πίνακας 1).

Μια μικρή περιοχή του κέρδους για 9p κοντά στο centromer (Β, βέλος) και ένα μικρό διαγραφή στο 14q (D, βέλος) ανιχνεύονται μόνο από arrayCGH.

η

κυτταρογενετική συγκρότηση των διαφόρων κλάδων των κυτταρικών σειρών καρκίνου του προστάτη και γονική κυτταρική γραμμή εναντίον σύγκριση υπογραμμή

τα αποτελέσματα aCGH των γονικών κυτταρικές σειρές PC3

HOM

, DU145

HOM

, LNCaP και CWR22 και sublines τους συνοψίζονται στο σχήμα 2. Για PC3 και DU145, δύο διαφορετικούς κλάδους θα μπορούσαν να συγκριθούν (

HOM εναντίον ΝΙΗ

). Οι περισσότεροι εκπληκτικά, η κυτταρογενετική σύνταγμα της PC3

HOM

διέφεραν αισθητά από PC3

ΝΙΗ

. Από ένα σύνολο 54 εκτροπών και στις δύο κυτταρικές σειρές, μόνο έξι ισχυρή εκτροπές θα μπορούσε να βρεθεί από κοινού: οι απώλειες σε 1q, 8ρ, 10p και 13 και τα κέρδη σε 10q και 17q. Το κέρδος του 8q11.2-8q24.3 σε PC3

HOM

παρατηρήθηκε επίσης σε PC3

ΝΙΗ

δείχνει ένα ελάχιστο παραλλαγή μεγέθους 100 kb. Για DU145

HOM

και DU145

ΝΙΗ

, μια καλή γενική συμφωνία της γενετικής σύνθεσης βρέθηκε.

Οι αριθμοί πάνω από το οικόπεδο δείχνουν οι αριθμοί των χρωμοσωμάτων και κάθετες γραμμές όρια μεταξύ των χρωμοσωμάτων.

Η

Συγκρίνοντας κυτταρικές σειρές PC3

HOM

, DU145

HOM

, LNCaP και CWR22 με προέρχονται sublines PC3 τους -Ν, PC3-125-1L, DU145-Ν, LNCaP-CN4-2 και CWR22-RV1, αντίστοιχα, μία υψηλή συνάφεια των κυτταρογενετικής εκτροπές μεταξύ των αντίστοιχων κυτταρικές σειρές που έχουν παραχθεί από aCGH. Αξίζει να σημειωθεί ότι εκτός από μικρές διακυμάνσεις του αριθμού των επιπλέον περιοχών με τα κέρδη ή τις ζημιές των διαφορών γενετικού υλικού μεταξύ των γονικών κυτταρικών σειρών και sublines αφορούσε κυρίως την έκταση των αντίστοιχων περιοχών με αριθμό αντιγράφων αλλαγές, όπως για παράδειγμα παρατηρήθηκε για τις περιοχές με κέρδη στο 12q και 15q σε PC3

HOM εναντίον

PC3-N και για τις περιοχές με απώλειες σε 2q, 4Q, 6q και 13q21.33 σε LNCaP

vs

. LNCaP-CN4-2.

Επικύρωση της ενισχυμένης περιοχής pericentromeric 9p13.3 χρησιμοποιώντας ανάλυση FISH και ποσοτική πραγματικού χρόνου PCR

Ένα μυθιστόρημα 1.7 Mb περιοχής με αριθμό αντιγράφων κέρδη αναγνωρίστηκε σταθερά στο κύτταρο γραμμές CWR22 και CWR22-RV1 και χαρτογραφήθηκε στην υποζώνη pericentromeric 9p13.3. Η παρουσία αυτού του amplicon στο κυτταρικές γραμμές CWR22 και CWR22-RV1 επιβεβαιώθηκε με FISH μετάφασης χρησιμοποιώντας ένα κλώνο BAC (RP11-165H19) από την ενισχυμένη περιοχή και έναν ανιχνευτή ειδικό για το κεντρομερίδιο του χρωμοσώματος 9 (Σχ. 3Α και Β). Βέλτιστο σήμα και η έλλειψη διασταυρούμενης υβριδοποίησης επαληθεύτηκε χρησιμοποιώντας κανονικές spreads μετάφαση (Σχ. 3C). Ο κλώνος BAC περιείχε δύο γονίδια,

IL-11RA

και

DCTN3

, οι οποίες είχαν ήδη πιστεύεται ότι παίζουν ρόλο στην ανάπτυξη του καρκίνου του προστάτη [13].

Αναγνώριση της αυξημένης αντίγραφα των σημάτων του BAC κλώνου RP11-165H19 αντιστοιχίζονται με 9p13.3 αμπλικόνιο στην κυτταρική σειρά CWR22 και CWR22-RV1 (Α και Β). Βέλτιστη σήμα C και η έλλειψη διασταυρούμενης υβριδοποίησης επαληθεύτηκε χρησιμοποιώντας κανονική μετάφαση spreads δείχνει δύο σήματα για κάθε ανιχνευτή. BAC σήματα κλώνος RP11-165H19 είναι πράσινο? κόκκινο σήματα υποδεικνύουν χρωμόσωμα 9 κεντρομεριδίου (D9Z1).

Η

Με βάση γονίδιο εντοπισμό και σχολιασμένα λειτουργία γονιδίου, επιλέξαμε αυτά τα δύο υποψήφια γονίδια για τις μετρήσεις αριθμού αντιγράφων γονιδίου σε κυτταρικές γραμμές καρκίνου του προστάτη και 20 πρωτογενείς καρκίνωμα του προστάτη δειγμάτων χρησιμοποιώντας ποσοτική πραγματικού χρόνου PCR.

IL-11RA

έδειξε σημαντική αύξηση στον αριθμό αντιγράφων του γονιδίου πάνω από το φυσιολογικό σε CWR22 και CWR22-RV1 και σε 15 από τους 20 (75%) δείγματα όγκων πρωτοπαθή καρκίνο του προστάτη (Σχ. 4). Για

DCTN3

, κανένα κέρδος αριθμός αντιγράφων ανιχνεύθηκε σε οποιαδήποτε κυτταρική γραμμή και σε μόνο 2 από τα δείγματα 20 (10%) του όγκου του καρκίνου του προστάτη. Το γονίδιο ελέγχου

TOP2B

σε 3p24.2 αποδείχθηκε αμετάβλητο σε σύγκριση με το κανονικό αίμα (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

IL-11RA

παρουσίασαν σημαντική αύξηση του αριθμού αντιγράφων του γονιδίου πάνω από το φυσιολογικό σε CWR22, CWR22-RV1, DU145

HOM

και DU145-MN1 και σε 15 από τα δείγματα 20 (75%) του καρκίνου του προστάτη. Για

DCTN3

, κανένα κέρδος αριθμός αντιγράφων ανιχνεύθηκε σε οποιαδήποτε κυτταρική γραμμή και σε μόνο 2 από τα δείγματα 20 (10%) του καρκίνου του προστάτη. Τιμές πάνω κόψει γραμμή το διορισμό του ως ο αριθμός αυξήθηκε αντίγραφο του γονιδίου σε σύγκριση με το φυσιολογικό.

Η

Συζήτηση

Αν και ο καρκίνος του προστάτη κυτταρικές σειρές έχουν προηγουμένως αναλυθεί από aCGH χρησιμοποιώντας πλατφόρμες cDNA μικροσυστοιχιών [12] , [13], [15] – [20], δείχνουμε σε αυτή τη μελέτη η σκοπιμότητα ενός συνόλου longmer ολιγονουκλεοτίδιο, αρχικά σχεδιασμένο για την ανάλυση της έκφρασης, για μια υψηλής ανάλυσης γενωμικού χαρακτηριστικών των κυτταρικών σειρών καρκίνου του προστάτη εννέα. Τα δεδομένα μικροσυστοιχιών για τη μελέτη αυτή έχει υποβληθεί στο NCBI GEO με την ένταξη GSE7376. Σε σύγκριση με cCGH, ανιχνεύσαμε περισσότερες διαγραφές και μικρές περιοχές των κερδών με aCGH, ειδικά σε pericentromeric περιοχές και οι περιοχές κοντά στα τελομερή, όπου cCGH είναι γνωστό ότι δεν παρέχουν αξιόπιστες πληροφορίες σχετικά με τις ανισορροπίες του DNA. Από την άλλη πλευρά, μεγάλες περιοχές των κερδών όπως αποκαλύπτεται από cCGH περιλαμβάνει σχεδόν ολόκληρο το χέρι των χρωμοσωμάτων αγνοήθηκαν από aCGH. Παρόμοιες παρατηρήσεις έχουν επίσης αναφερθεί με Saramaki et al. (2006) [13] χρησιμοποιώντας cDNA που βασίζεται aCGH. Εκτός από αντικείμενα εξομάλυνση θα μπορούσε κανείς να υποστηρίξει ότι οι διαφορές αυτές θα μπορούσαν να προκύψουν από το βήμα ενίσχυσης DNA για aCGH στη μελέτη μας, ενώ οι μη-ενισχυμένου DNA χρησιμοποιήθηκε για cCGH. Παρά το γεγονός ότι η ενίσχυση ολόκληρου του γονιδιώματος με phi29 πολυμεράση μπορεί να προσθέσει κάποια προκατάληψη και την αύξηση του θορύβου υποβάθρου, θεωρείται η πιο αμερόληπτη προσέγγιση σε σχέση με τις διαδικασίες που βασίζεται στην PCR ενίσχυση του DNA [28]. Όπως κάθε στάδιο ενίσχυσης του DNA φαίνεται αναπόφευκτη για τη μελέτη των δειγμάτων καρκίνου του προστάτη πρωτογενούς, χρησιμοποιήσαμε ένα στάδιο ενίσχυσης στη μελέτη μας παρόλο ποσότητα DNA δεν ήταν ένας περιοριστικός παράγοντας κατά την εργασία με κυτταρικές σειρές.

Τα ευρήματά μας aCGH είναι καλή συμφωνία με τα δεδομένα που αναφέρονται στη βιβλιογραφία για PC3, DU145, LNCaP, και CWR22 [12], [13], [15] – [20]. Ωστόσο, μια ενδιαφέρουσα πλευρά πτυχή της μελέτης μας είναι η παρατήρηση ενός σημειώνονται κυτταρογενετική διαφορά μεταξύ των δύο κλάδων PC3, οι οποίες διεξήχθησαν σε δύο διαφορετικά εργαστήρια (PC3

HOM εναντίον

PC3

ΝΙΗ

). Η υποτιθέμενη γονιδιωματική αστάθεια των κυτταρικών σειρών μπορεί να οδηγήσει σε γενετική divergency, τι πρέπει να λαμβάνονται υπόψη κατά τη σύγκριση των ευρημάτων από διάφορες εργαστήρια σε φαινομενικά ίδιες κυτταρικές σειρές. Ένα σύστημα διαχείρισης της ποιότητας, η οποία περιλαμβάνει λεπτομέρειες σχετικά με τη γενετική σύνθεση των χωριστά χρησιμοποιήθηκαν κυτταρικές σειρές, φαίνεται συνετή.

Όσον αφορά τη σύγκριση των γονικών κυτταρικών σειρών και sublines, δεν ακαθάριστα διαφορές στην κυτταρογενετική σύνθεση βρέθηκαν από aCGH. Διαφορές αφορούσε κυρίως τα όρια των αντίστοιχων περιοχών με αριθμό αντιγράφων αλλαγές. Αυτά τα ευρήματα είναι σε αντίθεση με προηγούμενες μελέτες μας αποδεικνύουν cCGH αρκετές επιπλέον περιοχές του DNA αριθμό αντιγράφων αλλαγές στα υποσειρές σε σύγκριση με τις γονικές κυτταρικές σειρές [4]. Μια εξήγηση μπορεί να είναι τεχνικό, όπως το έχει ήδη αναφερθεί διαφορές αφορούσαν κυρίως μεγάλες περιοχές χρωμοσωμάτων, τα οποία ανιχνεύονται με μικρότερη ευαισθησία από aCGH σε σύγκριση με cCGH, όπως συζητήθηκε παραπάνω.

Ως επικύρωση της υψηλής ανάλυσης της aCGH , αναλύσαμε περαιτέρω μία μικρή μονάδα ενίσχυσης του 1,7 MB στο pericentromeric περιοχή του χρωμοσώματος 9 στο 9p13.3, η οποία βρέθηκε στα ξενομοσχεύματος κυτταρικές γραμμές που παράγονται CWR22 και CWR22-RV1 με aCGH αλλά όχι από cCGH. Είναι ενδιαφέρον, Saramaki et al. (2006) [13] διαπίστωσε επίσης η περιοχή αυτή με aCGH που πρόκειται να ενισχυθεί στο ξενομόσχευμα καρκίνου του προστάτη LuCaP35. Επιβεβαίωσαν τα αποτελέσματά τους από BAC-FISH και κατέδειξε την ενίσχυση και υπερέκφραση της ουβικιτίνης-σύζευξη ενζύμου γονίδιο E2R2 (

UBE2R2

), το γονίδιο dynactin 3 (

DCTN3

) και το 40Α τομέα επανάληψη WD γονίδιο (

WDR40A

) σε 9p13.3. Χρησιμοποιώντας μια τεχνική PCR σε πραγματικό χρόνο, μπορούμε ποσοτικοποιηθεί περαιτέρω τον αριθμό αντιγράφων του γονιδίου ιντερλευκίνης 11 υποδοχέα άλφα (

IL-11RA

) και το γονίδιο dynactin 3 (

DCTN3

) αμφότερα αποκαλύπτουν το υψηλότερο log2 αναλογία aCGH μέσα 9p13.3.

IL-11RA

βρέθηκε με την υψηλότερη αύξηση αριθμού αντιγράφων σε CWR22, CWR22-RV1, DU145

HOM

και DU145MN1 προτείνοντας

IL-11RA

ως υποτιθέμενου στόχευση γονιδίου αυτού αμπλικονίου. Εμείς, ως εκ τούτου, σε διαλογή 20 δείγματα πρωτογενούς καρκίνου του προστάτη και βρέθηκε 75% των όγκων που φιλοξενούν ένα

IL-11RA

κέρδος αριθμού αντιγράφων και μόνο, κανένας από

DCTN3

μόνο, και το 10% των δύο γονιδίων . Η μέση αύξηση του αριθμού αντιγράφων για

IL-11RA

ήταν περίπου 4 φορές. Τα στοιχεία αυτά υπογραμμίζουν την αρχική μας υπόθεση ότι

IL-11RA

αντιπροσωπεύει το στόχο της ενίσχυσης και όχι

DCTN3

. Η υπόθεση αυτή ενισχύεται περαιτέρω από ανοσοϊστοχημικές μελέτες [29], [30] και ο καρκίνος προφίλ της βάσης δεδομένων Oncomine ™ (www.oncomine.org) που και οι δύο αποκαλύπτουν υψηλή υπερέκφραση του

IL-11RA

στον καρκίνο του προστάτη σε σύγκριση με την κανονική προστατικού ιστού.

IL-11RA

κωδικοποιεί ένα ειδικό υποδοχέα για την IL-11 και ανήκει στην οικογένεια των υποδοχέων κυτοκίνης gp130-εξαρτώμενη, τα οποία περιλαμβάνουν τους υποδοχείς για την IL-6, ανασταλτικό παράγοντα λευχαιμίας, ακτινωτό νευροτροφικό παράγοντα, ογκοστατίνη Μ, και καρδιοτροφίνη [31]. Ένα σημαντικό σύστημα σηματοδότησης ενεργοποιούνται από

IL-11RA

και άλλα μέλη αυτής της οικογένειας υποδοχέων είναι ο μετατροπέας κινάση σήματος Janus και ενεργοποιητής της μεταγραφής (Jak-STAT) οδού με STAT3 που έχει μελετηθεί καλά σημασία στην καρκινογένεση προστάτη [ ,,,0],32]. Επιπλέον, ενεργοποιημένα STAT3 πιστεύεται ότι παίζει βασικό ρόλο στην ενεργοποίηση του υποδοχέα ανδρογόνων σε απουσία ανδρογόνων, μία εξήγηση της αυξητικής πυρίμαχων ανάπτυξη του καρκίνου του προστάτη [33]. Είτε

IL-11RA

είναι αιτιολογικός στην ανάπτυξη του καρκίνου του προστάτη θα πρέπει να διερευνηθεί περαιτέρω μελέτες.