Αφηρημένο

XMRV, ή ξενοτροπικά ιό λευχαιμίας ποντικού (MLV)-σχετικών ιών, είναι ένα μυθιστόρημα gammaretrovirus αρχικά προσδιορίζονται σε μελέτες που ανέλυσαν ιστό από ασθενείς με καρκίνο του προστάτη το 2006 και το αίμα από ασθενείς με σύνδρομο χρόνιας κόπωσης (CFS) το 2009. Ωστόσο, ένας μεγάλος αριθμός από μεταγενέστερες μελέτες απέτυχαν να επιβεβαιώσουν μια σύνδεση μεταξύ της λοίμωξης XMRV και CFS ή του καρκίνου του προστάτη. Αντιθέτως, πρόσφατα στοιχεία δείχνουν ότι XMRV είναι ένα μολυσματικό που προέρχονται από τον ανασυνδυασμό δύο ποντίκι ενδογενών ρετροϊών κατά την διάρκεια πέρασμα ενός ξενομοσχεύματος όγκου προστάτη (CWR22) σε ποντικούς, δημιουργώντας εργαστήριο προερχόμενων κυτταρικών γραμμών που είναι XMRV μολυσμένα. Να επιβεβαιώσει ή να διαψεύσει τη σύνδεση μεταξύ XMRV και του καρκίνου του προστάτη, αναλύσαμε προστάτη καρκινικούς ιστούς και πλάσμα από ένα προοπτικά συλλέγονται ομάδα των 39 ασθενών, καθώς και αρχειακό RNA και προστατικό ιστό από την αρχική μελέτη του 2006. Παρά την ολοκληρωμένη μικροσυστοιχιών, PCR, FISH, και ορολογικές εξετάσεις, XMRV δεν ανιχνεύθηκε σε κανένα από τα πρόσφατα συλλέγονται δείγματα ή στο αρχειακό ιστό, αν και αρχειακό RNA παρέμεινε XMRV θετικά. Αξίζει να σημειωθεί ότι, αρχειακό VP62 προστατικό ιστό, από το οποίο προέρχεται το στέλεχος πρωτότυπο XMRV, βρέθηκαν αρνητικά για XMRV για την περαιτέρω ανάλυση. Ανάλυση του γονιδιώματος του ιού και την ανθρώπινη μιτοχονδριακή αλληλουχιών αποκάλυψε ότι όλα τα προηγούμενα που χαρακτηρίζεται στελέχη XMRV είναι ταυτόσημα και ότι το αρχειακό RNA είχε μολυνθεί από ένα XMRV μολυσμένα εργαστήριο κυτταρική σειρά. Τα ευρήματα αυτά δείχνουν ότι δεν υπάρχει συσχέτιση μεταξύ XMRV και του καρκίνου του προστάτη, και υπογραμμίζουν το συμπέρασμα ότι XMRV δεν είναι ένα φυσικό αποκτήσει ανθρώπινη λοίμωξη

Παράθεση:. Lee D, Das Gupta J, Gaughan C, Steffen Ι, Tang Ν, Luk KC, et al. (2012) σε βάθος έρευνα της Αρχειονομίας και Προοπτικά Συνολικές δείγματα αποκαλύπτει κανένα στοιχείο για XMRV μόλυνση στον καρκίνο του προστάτη. PLoS ONE 7 (9): e44954. doi: 10.1371 /journal.pone.0044954

Επιμέλεια: Gilda Tachedjian, Burnet Institute, Αυστραλία

Ελήφθη: 2 του Ιουνίου του 2012? Αποδεκτές: 10 Αύγ, 2012? Δημοσιεύθηκε: 18 Σεπ, 2012

Copyright: © Lee et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Οι συγγραφείς αναγνωρίζουν με ευγνωμοσύνη την υποστήριξη από ΝΙΗ /NCI CA103943 (R. Silverman), καθώς και το Ίδρυμα Charlotte Geyer, το Ίδρυμα Maltz Οικογένεια, και η Abbott Laboratories (σε R. Silverman και E. Klein). Γ Simmons υποστηρίζεται από επιχορήγηση 1R21HL109761 από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρδιάς, Πνευμόνων και Αίματος (NHLBI). J. DeRisi υποστηρίζεται από το Ιατρικό Ινστιτούτο Howard Hughes. C. Chiu υποστηρίζεται από ΝΙΗ επιχορηγήσεις R56-AI08952 και R01-HL105704, καθώς και ένα βραβείο Abbott Viral Discovery. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Jdg, EK, JD, RS, KL, XQ και JH περιλαμβάνονται ως εφευρέτες σε μία ή περισσότερες από τις ακόλουθες δημοσιευμένες αιτήσεις ευρεσιτεχνίας XMRV σχετίζονται οι οποίες περιλαμβάνουν είτε την Cleveland Clinic, Abbott Laboratories, ή τόσο το Cleveland Clinic και Abbott Laboratories ως εκδοχείς: Διεθνές αριθμούς δημοσίευσης WO2011 /002932? WO2011 /002.936? WO2010 /075.414? WO2006 /110.589? WO2012 /024.518 και WO2012 /024.513. Abbott είναι ο μοναδικός εκδοχέας των εκδοθέντων United States Patent Νο 8.183.349 που αφορούν XMRV. NT, KL, XQ, GS και JH είναι υπάλληλοι της Abbott Laboratories. ΓΔ είναι υπάλληλος της Novartis Ινστιτούτα Ιατροβιολογικών Ερευνών. Αυτά τα πιθανά ανταγωνιστικά συμφέροντα δεν μεταβάλλουν την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Το 2006, αλληλουχίες που αντιστοιχούν σε μία νέα gammaretrovirus ονομάζεται ξενοτροπικά ιού λευχαιμίας ποντικού -σχετικών ιών (XMRV) ταυτοποιήθηκαν σε ιστό από ασθενείς με καρκίνο του προστάτη μετά από ριζική προστατεκτομή [1]. Η ανακάλυψη του XMRV επιτεύχθηκε χρησιμοποιώντας δοκιμασία μικροσυστοιχιών ευρέος φάσματος (ViroChip) για την ανίχνευση όλων των γνωστών ιών, καθώς και νέων ιών με βάση την ομολογία αλληλουχίας [1], [2], [3]. Τα αποτελέσματα από τη μελέτη αυτή αποκάλυψε επίσης τη σύνδεση μεταξύ της παρουσίας XMRV και οι ασθενείς που είναι γνωστό ότι είναι ομόζυγα για το R462Q παραλλαγή της RNAse L, ένα γονίδιο προηγουμένως συνδέεται με την κληρονομική καρκίνου του προστάτη 1 locus [4]. Μεταλλάξεις σε RNAse L τα οποία μειώνουν την αποπτωτική απόκριση σε ιογενή λοίμωξη έχει υποτεθεί ότι αντανακλά αυξημένη ευαισθησία σε μόλυνση από XMRV και πρότεινε έναν πιθανό ρόλο για τον ιό στην καρκινογένεση [5], [6], [7], [8]. Αν και η αρχική μελέτη ανέφερε μια σύνδεση μεταξύ RNAse L-παραλλαγή του καρκίνου του προστάτη και μόλυνση XMRV, οι περισσότερες, αλλά όχι όλες, μεταγενέστερες μελέτες έχουν αποτύχει να ανιχνεύσει μια τέτοια ένωση [9], [10], [11], [12]. Από αυτή την αρχική ανακάλυψη, XMRV και MLV που σχετίζονται με τις αλληλουχίες του ιού που μοιάζει με πολυτροπικά Μίν (P-Μίν) βρέθηκαν επίσης σε ασθενείς με σύνδρομο χρόνιας κόπωσης (CFS) [13], [14].

Οι επόμενες εκθέσεις έχουν ρίξει αμφιβολία σχετικά με τη σύνδεση των XMRV με καρκίνο του προστάτη ή CFS, και μάλιστα με το αν XMRV βρίσκεται ακόμη σε ανθρώπους (ανασκόπηση στο [15]). Επιπλέον, οι ιικές αλληλουχίες από ασθενείς XMRV θετικούς έλειπε το επίπεδο της γενετικής ποικιλομορφίας που αναμένεται για ρετροϊικών λοιμώξεων [1], [14], υποδηλώνοντας ότι XMRV μπορεί να έχουν προκύψει από μόλυνση του δείγματος και δεν είναι αλήθεια ιογενή λοίμωξη. Σχεδόν όλες οι μελέτες παρακολούθησης με τη χρήση ειδικών PCR έχουν αποτύχει σε μεγάλο βαθμό να επιβεβαιώσει την παρουσία της XMRV είτε CFS ή ομάδες καρκίνο του προστάτη [12], [16], [17], [18], [19], [20], [ ,,,0],21], [22], [23], [24], [25], [26], [27], [28], [29], [30], [31], [32], με αποτέλεσμα συστολής των αρχικών εγγράφων που συνδέουν XMRV και P-ΜLV με CFS [33], [34]. Μια μελέτη του 2009 διαπίστωσε, απροσδόκητα, ότι ένα κοινό εργαστήριο κυτταρική γραμμή που ονομάζεται 22Rv1, που προέρχεται από το ανθρώπινο ξενομόσχευμα καρκίνου του προστάτη CWR22, που παράγεται υψηλοί τίτλοι XMRV [35]. Αυτό ακολουθήθηκε από μια μελέτη από Garson,

et al.

Αποδεικνύοντας ότι οι ιστοσελίδες ένταξη πανομοιότυπα XMRV μοιράστηκαν μεταξύ πιθανώς μολυσμένους ιστούς όγκων του προστάτη και πειραματικά μολυνθεί εργαστήριο κυτταρική γραμμή [36], [37], υπονομεύοντας περαιτέρω την προοπτική ότι XMRV είναι ένα γνήσιο ανθρώπινο παθογόνο. Τέλος, μια μελέτη του 2011 από Paprotka,

et al.

Ισχυρές ενδείξεις ότι XMRV είναι 22Rv1 που προέρχονται από εργαστηριακές ρυπαντών που προέρχονται από ανασυνδυασμό των δύο ποντικιού ενδογενών ρετροϊών κατά τη διάρκεια σειριακό πέρασμα του CWR22 σε άτριχα ποντίκια [38]. Η πρόσφατη απόδειξη ότι XMRV και συναφείς ιοί δεν υπάρχουν στον πρωτογενή ιστό του όγκου του προστάτη από τον CWR22 ασθενή προσδίδει πρόσθετη υποστήριξη για αυτήν την υπόθεση [39].

Λόγω των κλινικών και τη δημόσια υγεία συνέπειες της πιθανής μόλυνσης XMRV στον άνθρωπο , επιδιώξαμε να επιβεβαιώσει ή να διαψεύσει τη σχέση μεταξύ XMRV και του καρκίνου του προστάτη. Μέχρι σήμερα, οι περισσότερες από τις αρνητικές μελέτες έχουν διεξαχθεί σε CFS και όχι σε καρκίνο του προστάτη, και μερικοί έχουν σκεφτεί ότι η αρχική ανακάλυψη του XMRV μπορεί στην πραγματικότητα να αντανακλά

bona fide

ιογενής λοίμωξη, αλλά ότι μεταγενέστερες μελέτες ήταν δυνητικά στιγματίστηκε από γενωμική μόλυνση του ποντικιού ή /και την ευρεία κυκλοφορία των θετικών πλασμιδίων ελέγχου που περιέχει το XMRV μολυσματικό κλώνο VP62 μοριακή [40], [41], [42]. Παρουσιάζουμε εδώ μια σε βάθος έρευνα, χρησιμοποιώντας δείγματα που λαμβάνονται τόσο από τους υποψήφιους ομάδα των 39 νέων ασθενών με καρκίνο του προστάτη και του αρχικού 2006 Urisman

et al.

Μελέτη στην οποία ανακαλύφθηκε XMRV [1]. Ειδικότερα, αρχειακά ριζική προστατεκτομή ιστού από VP62 ασθενή, που χρησιμοποιείται για τη δημιουργία του κλώνου VP62 που χρησιμοποιείται σε όλες σχεδόν τις κατάντη μοριακό και κυτταρικό μελέτες XMRV [43], ήταν διαθέσιμο για ανάλυση. ViroChip μικροσυστοιχίας, PCR, φθορισμός

in situ

υβριδισμός (FISH), ορολογικά και βαθιά αλληλούχιση αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν σε 4 διαφορετικά εργαστήρια (Εικ. 1). Τα συνδυασμένα ευρήματα είναι πιο συνεπείς με XMRV που σχετίζονται με εργαστηριακή μόλυνση των ιστών του καρκίνου του προστάτη που αναλύθηκαν στην αρχική 2006 Urisman,

et al.

Μελέτη [1] και να παρέχει μια σαφή εξήγηση για το πώς θα μπορούσε να συμβεί μια τέτοια μόλυνση.

Χρωματιστά κουτιά ανατρέξτε στο ερευνητικό εργαστήριο στο οποίο διεξήχθη η περιγραφόμενη ανάλυση. Για να ελαχιστοποιηθεί ο κίνδυνος μόλυνσης αμπλικονίου PCR, τυφλωμένοι XMRV ειδικές δοκιμές PCR διεξήχθη ξεχωριστά σε 3 ανεξάρτητα εργαστήρια.

Η

Αποτελέσματα

XMRV δεν ανιχνεύεται στα πρόσφατα Συνολικές δείγματα καρκίνου του προστάτη και Αρχειακή VP62 ιστού με microarray Screening

Ο ViroChip μικροσυστοιχία [2], [3], [44], [45] χρησιμοποιήθηκε για τη διαλογή δειγμάτων RNA που απομονώθηκε από όγκους του προστάτη συλλέχθηκαν προοπτικά από 39 άτομα, εκ των οποίων 16 άτομα ήταν γονότυπο που φέρει τη μετάλλαξη R462Q RNAse L (QQ), 10 άτομα ήταν ετερόζυγα περιπτώσεις (RQ), και 13 ήταν υποθέσεις άγριου τύπου (RR). Η δοκιμή πραγματοποιήθηκε με πλήρη επίπαση, έτσι ώστε να αφαιρέσετε προκατάληψη. Αρχειακό ιστό του προστάτη αντιστοιχεί στο δείγμα προηγουμένως XMRV θετικά VP62 (QQ) και προέρχονται από το ίδιο μπλοκ ιστού που χρησιμοποιήθηκε στην αρχική 2006 Urisman

et al.

Μελέτη [1], που αναφέρεται περαιτέρω ως VP62 (2012) , ήταν επίσης διαθέσιμα για εξέταση μικροδέσμης. Ιεραρχική ομαδοποίηση με ανάλυση χάρτη θερμότητας αποκάλυψε ότι οι 39 όγκοι, καθώς και η εκ νέου εξάγεται VP62 (2012) του δείγματος ήταν αρνητικά για XMRV (Εικ. 2, «2012»).

Τα δείγματα αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας το ViroChip, ένα παν-ιικό microarray ανίχνευση DNA (χ-άξονας). Ο χάρτης δείχνει θερμότητα ένα επιλεγμένο σύμπλεγμα που αποτελείται από 96 ανιχνευτές gammaretrovirus (γ-άξονας) και που αντιστοιχούν στο ίδιο σύμπλεγμα που παρατηρήθηκαν στη μελέτη του 2006 από Urisman,

κ.ά.

[1]. Το κόκκινο χρώμα κορεσμός υποδηλώνει το κανονικοποιημένο μέτρο της έντασης υβριδισμού. Οι μικροσυστοιχίες που αντιστοιχεί σε βασικά δείγματα επισημαίνονται (βέλη). Μόνο δείγματα καρκίνου του προστάτη VP35 και VP42 βρέθηκαν να είναι σταθερά θετική για XMRV τόσο από συνολική και πολυ Α RNA [1].

Η

XMRV δεν ανιχνεύεται στα πρόσφατα Συνολικές δείγματα καρκίνου του προστάτη και αρχειακό VP62 ιστών από νουκλεϊκά οξέα δοκιμές (NAT)

Τρία διαφορετικά ερευνητικά ινστιτούτα (Συστήματα Blood Research Institute, Abbott Laboratories, και Cleveland Clinic) που εκτελούνται ανεξάρτητες δοκιμασίες NAT που βασίζεται στην PCR για το

gag, pol

, ή

env

γονίδια XMRV, αντίστοιχα. RNA από ιστούς του καρκίνου του προστάτη που αντιστοιχούν στα 39 άτομα που προσδιορίζονται στην προοπτική μελέτη είχε αρχικά εξάγεται σε ένα ξεχωριστό ποντίκι-free, XMRV PCR αμπλικόνιο χωρίς εργαστήριο (Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια, Σαν Φρανσίσκο). Κωδικοποιημένο επαναλήψεις RNA στη συνέχεια διανεμήθηκαν κατά τυφλό τρόπο σε καθένα από τα 3 εργαστήρια XMRV ΝΑΤ. έχουν ευαισθησία και την απόδοση ειδικότητα χαρακτηριστικά για κάθε μία από τις δοκιμασίες 3 ΝΑΤ έχουν αξιολογηθεί προηγουμένως [25], [39], [46]. Για όλες τις 3 εργαστήρια, κανένα από τα 39 δείγματα είχαν ανιχνεύσιμο αλληλουχίες XMRV (Πίνακας 1). Αρνητικά αποτελέσματα ελήφθησαν για το αρχειακό VP62 (2012) δείγμα από όλα τα 3 XMRV

gag, pol,

και

env

δοκιμασίες. Σε αντίθεση, ένας θετικός έλεγχος χρησιμοποιώντας GADPH (BsrI ή Cleveland Clinic) και β-σφαιρίνης (Abbott) ενισχύθηκε με επιτυχία για κάθε δείγμα.

Η

XMRV Εντοπίστηκε στο RNA αντίστοιχα αποσπάσματα σε Προηγουμένως XMRV-θετικό καρκίνο του προστάτη δείγματα από μικροσυστοιχιών και ΝΑΤ

Ένας περιορισμένος αριθμός του συνόλου ή πολυαδενυλιωμένου (πολυ Α) RNA δείγματα (n = 21, που αντιστοιχεί σε 14 μοναδικά δείγματα) από την αρχική μελέτη του 2006 από Urisman,

et al.

[1], 6 βρέθηκε προηγουμένως να είναι XMRV-θετικά και 8 XMRV-αρνητικό, ήταν διαθέσιμα για ανεξάρτητη εκ νέου ανάλυση. Τα δείγματα 21 RNA πρώτα αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας το μικροσυστοιχιών ViroChip. Σε συμφωνία με προηγούμενα αποτελέσματα [1], ένα θετικό σήμα υβριδοποίησης που αποτελείται αποκλειστικά από ανιχνευτές gammaretrovirus και αντιστοιχούν σε XMRV ανιχνεύθηκε μόνο σε RNA εκχυλίσματα από τα 6 προηγουμένως XMRV-θετικά δείγματα και το 22Rv1 θετικού ελέγχου (Εικόνα 2?. Πίνακας 2). Μετά την ανάλυση μικροσυστοιχίας, διαθέσιμο υπόλοιπο υλικό που αντιστοιχεί στο 17 στο σύνολο ή /και τα δείγματα πολυΑ RNA (13 μοναδικά δείγματα) ελέγχθηκαν για XMRV με

gag

RT-PCR. Όλα τα αποτελέσματα της PCR ήταν σύμφωνα με τα δεδομένα μικροσυστοιχίας (Πίνακας 2), και όλα τα θετικά αποτελέσματα της PCR επιβεβαιώθηκαν αλληλουχία να είναι XMRV και όχι μια άλλη παραλλαγή MLV, με 98-99% ταυτότητα προς την κανονική αλληλουχία 22Rv1 XMRV (GenBank αριθμός FN692043 ).

η

XMRV δεν ανιχνεύεται στα πρόσφατα Συνολικές δείγματα καρκίνου του προστάτη και αρχειακό VP62 ιστών από FISH

φθορισμού

in situ

υβριδισμός (FISH) χρησιμοποιήθηκε για τη διαλογή η παρουσία των γονιδιωματικών αλληλουχιών XMRV σε, τομές ιστών μονιμοποιηθεί με φορμαλίνη εμπεδωθεί με παραφίνη (FFPE) από VP62 (2012) και 19 πρόσφατα συλλέγονται όγκους (ένα υποσύνολο των 39 ατόμων στον προοπτική μελέτη). Μεταξύ των 19 ατόμων των οποίων οι όγκοι αναλύθηκαν, 11 άτομα είχαν γονότυπο που φέρει τη μετάλλαξη R462Q RNAse L (QQ), 3 άτομα ήταν ετερόζυγα περιπτώσεις (RQ), και 5 ήταν περιπτώσεις άγριου τύπου (RR). Όλα τα δείγματα ήταν ομοιόμορφα αρνητικά με την XMRV-ειδικό ανιχνευτή (αντιπροσωπευτικά πεδία φαίνεται στο Σχ. 3, D και JL), αν και η χρώση από 22Rv1 κύτταρα XMRV μολυσμένα ήταν θετική (Εικ. 3Α), και ένα θετικό σήμα εσωτερικού ελέγχου που αντιστοιχεί στην κεντρομερική περιοχή του χρωμοσώματος 8 (CEP8) παρατηρήθηκε με συνέπεια (Εικ. 3, C, F, και Ι). Έτσι, η εξέταση των τμημάτων FFPE με FISH δεν αποκάλυψαν ενδείξεις μόλυνσης XMRV σε ιστούς του καρκίνου του προστάτη, ανεξάρτητα από RNAse L γονότυπο.

Ένα μείγμα υβριδισμού ανιχνευτή που περιέχει XMRV-SO καθετήρα (full-length XMRV VP62) και CEP8- SA ανιχνευτής εσωτερικού ελέγχου (συμπληρωματικό προς μια περιοχή κεντρομεριδίου του ανθρώπινου χρωμοσώματος 8) εφαρμόστηκε σε κάθε διαφάνεια. (Α) αντιπροσωπευτική εικόνα της XMRV-SO πορτοκαλί βαφή από ένα μίγμα κυττάρων του DU145 (μη μολυσμένα? Αρνητική χρώση XMRV) και 22Rv1 (XMRV μολυσμένα? Ισχυρή θετική χρώση XMRV), που δείχνει δύο θετικά χρωματισμένα κύτταρα. (Β) DAPI πυρηνική χρώση. χρώση aqua (C) CEP8-ΑΕ απεικονίζει δύο και τρία σήματα CEP8 aqua ανά 22Rv1 και DU145 κυττάρων, αντίστοιχα? (D-F) Εκπρόσωπος εικόνες των τμημάτων του καρκίνου του ιστού FFPE προστάτη από VP62 ασθενή (XMRV-SO, DAPI, και CEP8-SA, αντιστοίχως). Δεν παρατηρείται XMRV-SO πορτοκαλί βαφή. Το λευκό ορθογώνιο περιγράφει την περιοχή μεγεθύνεται σε πάνελ G-I (G-I) μια μεγεθυμένη εικόνα της FFPE προστάτη τμήματα του καρκίνου του ιστού από VP62 ασθενή (XMRV-SO, DAPI, και CEP8-SA, αντιστοίχως). Σε αυτό το μεγέθυνσης, χρώση aqua CEP8-SA είναι σαφώς ορατή (πίνακας I? Λευκά βέλη υπογραμμίζουν δύο αντιπροσωπευτικά σήματα CEP8 aqua). (J-L) Εκπρόσωπος εικόνες που δείχνουν καμία XMRV-SO πορτοκαλί χρώση σε FFPE τμήματα του καρκίνου του προστάτη ιστών από 3 εκπρόσωπος ασθενείς (μεταξύ των προοπτικά συλλέγονται ομάδα των 39 ασθενών).

Η

Δεν ορολογικές ενδείξεις της XMRV Λοίμωξη στον καρκίνο του προστάτη ασθενείς

τα δείγματα πλάσματος 39 που αντιστοιχούν στα άτομα που προσδιορίζονται στην προοπτική μελέτη υποβλήθηκαν σε διαλογή για την παρουσία αντισωμάτων προς XMRV ή άλλες MLVs. Κανένας ήταν αντιδραστικό έναντι του ρ15Ε διαμεμβρανική πρωτεΐνη και μόνο δύο δείγματα ήταν ασθενώς αντιδραστικά προς την gp70 πρωτεΐνη περιβλήματος (Εικ. 4). Ωστόσο, η επακόλουθη δοκιμή των δύο gp70-αντιδραστικά δείγματα με μία δοκιμασία ρ30 δεν αποκάλυψε ανιχνεύσιμα αντισώματα κατά της πρωτεΐνης Ρ30 καψιδίου. Έτσι, αυτά τα δεδομένα δεν παρέχουν καμία ορολογική απόδειξη του XMRV ή άλλη λοίμωξη MLV σε αυτούς τους ασθενείς.

Αξιολόγηση των 39 δείγματα πλάσματος από ασθενείς με καρκίνο του προστάτη για την παρουσία αντισωμάτων προς XMRV /MLV χρήση ανασυνδυασμένου που βασίζεται XMRV ρ15Ε και gp70 chemiluminsescent ανοσοδοκιμασίες μικροσωματιδίων (CMIAs) [70]. Ο άξονας x αναπαριστά το σήμα CMIA εκφράζεται σε μονάδες φυσικού λόγου σήματος log-μετασχηματιστεί του δείγματος στο αποκοπής (log N του S /CO)? τιμές μεγαλύτερες από 0 θεωρούνται θετικοί. Τα σήματα των θετικών μαρτύρων (PC1 και PC2) που αντιστοιχούν σε XMRV μολυσμένα μακάκος πλάσματος και αρνητικού ελέγχου (NC) που αντιστοιχεί σε ένα κανονικό δότη αίματος επισημαίνονται με σκούρο πράσινο.

Η

Πλήρης-Μήκος γονιδιώματος του XMRV υπάρχουν σε RNA Αποσπάσματα από Προηγουμένως θετικά δείγματα καρκίνου του προστάτη

στο αρχικό έγγραφο του 2006 από Urisman,

et al.

[1], τα τρία πλήρους μήκους ~8.2 ανακτήθηκαν kb γονιδιώματα των XMRV με ειδική PCR και αλληλούχιση των κλωνοποιημένων θραυσμάτων PCR από 3 διαφορετικά δείγματα καρκίνου του προστάτη (VP35, VP42, VP62 και). Να χαρακτηρίσει ιικά γονιδιώματα τους σε μεγαλύτερο βάθος, αναλύσαμε εκχυλίσματα RNA από αυτά τα 3 δείγματα από αμερόληπτη επόμενης γενιάς, ή «βαθιά» αλληλουχίας. Περίπου 14,6 έως 18,3 εκατομμύριο τυχαία καραμπίνα διαβάζει παράχθηκαν ανά δείγμα, και 4713, 34192, 2131 και διαβάζει χαρτογραφήθηκαν προς τα γονιδιώματα XMRV αντιστοιχούν σε VP35, VP42, VP62 και, αντίστοιχα (Εικ. 5). Η χαρτογραφηθεί διαβάζει αντιπροσωπεύεται κάλυψη ολόκληρου του γονιδιώματος για καθένα από τα δείγματα, με το βαθύτερο κάλυψη επιτυγχάνεται για VP42.

De ηονο

συναρμολόγηση & gt? 1 περιφέρειες kb απουσία ενός γονιδιώματος αναφοράς που παράγεται συνεχόμενες αλληλουχίες (contigs) που ευθυγραμμίζονται με την υψηλότερη ομοιότητα με γονιδιώματα XMRV και όχι σε σχετικές Μίν (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Δεν διαβάζει αντιστοιχεί σε μιτοχονδριακό ποντικού ή της εγκεφαλικής δεξαμενής Α-σωματιδίων (IAP) αλληλουχίες ανιχνεύθηκαν σε αυτά τα 3 δείγματα από βαθιές αλληλουχίας και ειδικές RT-PCR (δεν παρουσιάζονται τα δεδομένα). Αυτά τα αποτελέσματα υποδηλώνουν ότι το γονιδίωμα XMRV πλήρους μήκους είναι παρούσα σε όλα τα 3 κλινικά δείγματα, και υποστηρίζουν από την πιθανότητα μικτή μόλυνση με άλλα MLV-όπως ρετροϊών. Βαθιά αλληλουχίας του RNA αποσπάσματα από την εκ νέου εξάγεται αρχειακό VP62 (2012) ιστού διεξήχθη επίσης. Είναι σημαντικό ότι, ενώ το RNA από VP62 δείγμα εκχυλίζεται το 2006 ήταν θετική για XMRV, RNA που εκχυλίστηκε από τον ίδιο ιστό του προστάτη σε 2,012 βρέθηκε να είναι αρνητική όχι μόνο από ViroChip και PCR (σχήμα 2?. Πίνακας 1), αλλά και με βαθιά αλληλουχίας, χωρίς αλληλουχίες XMRV ανιχνεύεται από 4 εκατομμύρια βαθιάς αλληλούχιση διαβάζει

RNA εκχυλίσματα 22Rv1 και LNCaP κύτταρα, ιστούς καρκίνου του προστάτη από το 2006 Urisman,

et al.

μελέτης (Εικ. 5). [VP35, VP42, VP62 και (2006)], και επανεκχυλίστηκε ιστού από το δείγμα VP62, VP62 (2012), αναλύθηκαν με αμερόληπτη βαθιά αλληλούχιση. Αναγνώσεις είναι αντιστοιχίζεται στην προηγουμένως αλληλουχία γονιδιώματος XMRV που αντιστοιχούν σε καθένα από τα δείγματα, με την εξαίρεση των διαβάζει από LNCaP, τα οποία αντιστοιχίζονται με την 22Rv1 σχετιζόμενη γονιδιώματος (Genbank αριθμός πρόσβασης FN692043). Η κάλυψη (άξονας γ) επιτυγχάνεται σε κάθε θέση κατά μήκος του ~8.2 kB γονιδίωμα XMRV (χ-άξονας) χαράσσεται σε λογαριθμική κλίμακα. Συντομογραφίες: nt, νουκλεοτίδιο

Η

Η έλλειψη πολυμορφίας της XMRV Revealed από Deep αλληλουχίας

Το 2011, Paprotka,

et al

ανέφεραν ότι XMRV πιθανόν προήλθε μέσα.. ανασυνδυασμό μεταξύ 2 ενδογενείς ρετροϊούς ποντικού, PreXMRV-1 και PreXMRV-2, κατά την διάρκεια

in vivo

πέρασμα του ανθρώπινου καρκίνου του προστάτη ξενομοσχεύματος CWR-R1, με αποτέλεσμα δημιουργία του XMRV μολυσμένων με κυτταρική γραμμή 22Rv1 [38]. Η συναινετική αλληλουχία του 22Rv1 που σχετίζεται XMRV είναι σχεδόν πανομοιότυπο με ιικά γονιδιώματα που απομονώθηκαν από καρκίνο του προστάτη και ασθενείς CFS, συμπεριλαμβανομένων VP35 (13 αναντιστοιχίες), VP42 (8 αναντιστοιχίες), και VP62 (5 αναντιστοιχίες). Για να προσδιοριστεί η ακριβής σχέση μεταξύ των αλληλουχιών του γονιδιώματος συναίνεσης 22Rv1 και 3 γονιδιώματα XMRV ανακτάται στην αρχική 2.006 Urisman,

et al.

Μελέτη [1], ένα πολυμορφισμό μονού νουκλεοτιδίου (SNP) ανάλυση της νουκλεοτιδικής διαφορές μεταξύ της αλληλουχίας συναίνεσης 22Rv1 και τις προηγουμένως δημοσιευθείσες αλληλουχίες των VP35, VP42, VP62 ή εκτελέστηκε (Εικ. 6). Η ανάλυση SNP αποκαλύπτει ότι η αναφερθείσα μεταβλητότητα στις δημοσιευμένες γονιδιώματα από το 2006 πιθανόν προέκυψαν από σφάλματα που εισάγονται κατά PCR ή αλληλουχίας στο UCSF και όχι από εγγενή φυλογενετική ποικιλία των XMRV [47]. Όταν αυτά τα σφάλματα διορθώνονται με βάση περιττή κάλυψη βαθιά αλληλούχιση, οι τελικές συναινετικές αλληλουχίες του VP35, VP42, και VP62 είναι πανομοιότυπα μεταξύ τους και με την συναινετική αλληλουχία 22Rv1, συμπεριλαμβανομένου ενός που περιγράφηκε προηγουμένως φυσικό πολυμορφισμό (Α → G) στη θέση 790 [23], [38].

Με ανάλυση SNP, και μόνο οι διαφορές νουκλεοτιδίων μεταξύ των αλληλουχιών του 22Rv1 σχετιζόμενη XMRV και XMRV γονιδιωμάτων ανιχνεύθηκαν σε ιστούς καρκίνου του προστάτη [VP35, VP42, VP62 και (2006)] ( τα κόκκινα γλειφιτζούρια) διορθώθηκε από τις βαθιές στοιχεία κάλυψης αλληλουχίας (μαύρο γλειφιτζούρια). Το βάθος της κάλυψης ανάγνωσης επιτεύχθηκε στο νουκλεοτιδική θέση που αντιστοιχεί σε κάθε SNP εμφανίζεται κάτω από τον άξονα χ. Όλα διαβάζει καλύπτει δεδομένη θέση έδωσε το ίδιο (διορθωμένη) νουκλεοτιδίου, υποδεικνύοντας ότι οι προηγούμενες νουκλεοτιδικές διαφορές στην δημοσιευμένη γονιδιώματα [1] (κόκκινο γλειφιτζούρια) οφείλονται σε σφάλμα αλληλούχισης. Ένα φυσικό πολυμορφισμός Α → G στο γονιδίωμα XMRV [23], [38] είναι παρούσα στη θέση 790 (κυανό γλειφιτζούρι). Σημειώστε ότι XMRV συναίνεση γονιδιώματα που σχετίζονται με 22Rv1, LNCaP, και οι 3 XMRV-θετικούς ιστούς του καρκίνου του προστάτη είναι πανομοιότυπα.

Η

XMRV μόλυνση ενός γραμμής κυττάρων LNCaP 2003 αποκάλυψε με Deep αλληλουχίας

η αποτυχία να ανιχνεύσει XMRV σε εξάγεται εκ νέου αρχειακού υλικού από το δείγμα VP62 και η έλλειψη της διαφορετικότητας αλληλουχίας μεταξύ των XMRV VP35, VP42, και VP62 συναίνεση γονιδιώματα έθεσε την πιθανότητα μόλυνσης των δειγμάτων καρκίνου του προστάτη στην Urisman 2006,

et al.

μελέτη από εργαστήριο που προέρχονται από κυτταρική σειρά, είτε είναι γνωστό ότι έχουν μολυνθεί με XMRV, όπως 22Rv1 [35], [38], ή μπορεί να υποστηρίζει τη μόλυνση XMRV και δυνητικά μολυσμένο, όπως LNCaP [43], [48]. Εμείς αιτιολογημένη ότι η μόλυνση από τα κύτταρα LNCaP XMRV μολυσμένα ήταν πιο πιθανό, δεδομένου ότι το εργαστήριο στο Cleveland Clinic εκτελεί τις εκχυλίσεις νουκλεϊκών οξέων, το 2004 ήταν ταυτόχρονα συνεργάζεται με LNCaP και είχε εργαστεί μόνο με 22Rv1 πάνω από 2 χρόνια πριν. Για να διερευνηθεί αυτή η πιθανότητα, υποπολλαπλάσια 2,003 LNCaP κυττάρων από το εργαστήριο Cleveland Clinic και 2.012 LNCaP κύτταρα από την Cell Culture Facility UCSF ελέγχθηκαν για XMRV με

gag

RT-PCR (Εικ. 1). LNCaP κύτταρα αντιμετωπίζονται στο εργαστήριο από το 2003 ήταν θετικό για XMRV, ενώ τα κύτταρα LNCaP από το 2012 ήταν αρνητικά. Τα κύτταρα LNCaP XMRV θετικά 2.003 αναλύθηκαν στη συνέχεια περαιτέρω με αμερόληπτη βαθιά αλληλούχιση. Από ένα σύνολο 10.896.742 πρώτων βαθιά αλληλούχιση διαβάζει, 40844 διαβάζει χαρτογραφήθηκαν στο 22Rv1 σχετιζόμενη γονιδίωμα XMRV (Εικ. 5, «LNCaP (από το 2003)»), και το προκύπτον συγκρότημα συναίνεση βρέθηκε να είναι ταυτόσημο με 22Rv1 σχετιζόμενη XMRV (Εικ. 6, «LNCaP (από το 2003, συναίνεση)»).

Ολόκληρο-Γονιδιώματος XMRV και ανάλυση του μιτοχονδριακού SNP υποστηρίζει την πιθανότητα μόλυνσης του δείγματος από το XMRV-Infected γραμμή LNCaP κυττάρων

Για να χαρακτηρίσουμε την ποικιλομορφία ενδο-στέλεχος του LNCaP- και 22Rv1 που σχετίζεται με γονιδιώματα XMRV, μια ανάλυση SNP των συναρμολογημένων γονιδιωμάτων XMRV σε 471X και 540X μέσο κάλυψης, αντίστοιχα, εκτελέστηκε. Παραλλαγές μέσα στα γονιδιώματα XMRV βρέθηκαν να είναι σπάνια, με μόνο 25 SNPs ανιχνεύθηκαν σε LNCaP και 19 SNPs ανιχνεύθηκε σε 22Rv1 σε αποκοπής συχνότητας του 3% (Σχ 7Α και Β?. Οι πίνακες S1 και S2). Είναι ενδιαφέρον ότι, οι τρεις πιο κοινές SNP παραλλαγές ανιχνεύθηκαν στα LNCaP και 22Rv1 σχετιζόμενη γονιδιώματα XMRV, η προαναφερθείσα πολυμορφισμός Α → G στην θέση 790, ένα πολυμορφισμό Α → G στη θέση 4264 και ένας πολυμορφισμός C → G στην θέση 8112, μπορεί επίσης να είναι βρέθηκε στα γονιδιώματα XMRV VP35, VP42, VP62 και, με την εξαίρεση ότι ο πολυμορφισμός C → G δεν παρατηρείται σε VP35 λόγω έλλειψης κάλυψης αλληλουχίας. Συνολικά, περισσότερα SNPs από LNCaP που σχετίζονται XMRV παρά από 22Rv1 που σχετίζονται με XMRV βρέθηκαν να μοιράζονται με τους προστάτη γονιδιώματα καρκίνο XMRV. Επιπλέον, η συχνότητα παραλλαγή SNP στο πολυμορφικό 790 θέση, που κυμαίνονται από 13,6% έως 16,4% για τα γονιδιώματα του καρκίνου του προστάτη XMRV, ήταν περισσότερο συγκρίσιμο για την LNCaP που σχετίζεται XMRV (18,3%) από ό, τι για την 22Rv1 σχετιζόμενη XMRV (3,4% ) (Εικ. 6). Αυτές οι παρατηρήσεις δανείσει επιπλέον υποστήριξη για την υπόθεση της μόλυνσης των ιστών του καρκίνου του προστάτη από XMRV μολυσμένα LNCaP, και όχι 22Rv1, κύτταρα.

SNP ανάλυση της αλληλουχίας βαθιά αναγνώσεις που αντιστοιχούν στα γονιδιώματα XMRV της 22Rv1 (Α) και LNCaP ( Β), καθώς και οι μιτοχονδριακών γονιδιωμάτων αυτών των δύο κυτταρικών σειρών (C) διεξήχθη. (Α και Β) οι παραλλαγές SNP εντός του γονιδιώματος XMRV για 22Rv1 και LNCaP (χ-άξονας) εμφανίζονται κατά φθίνουσα σειρά συχνότητας (γ-άξονας). Τα κοινόχρηστα SNPs σε γονιδιώματα XMRV που αντιστοιχεί σε 3 δείγματα καρκίνου του προστάτη XMRV-θετικό (VP35, VP42, VP62) και LNCaP (άξονα z) σε μια οριακή συχνότητα 0,5% απεικονίζονται στο γράφημα, με βασικούς SNPs επισημαίνονται με κόκκινο χρώμα. SNPs με την παραλλαγή συχνότητες & lt? 0,5% απεικονίζονται ως μηδέν? τιμές που λείπουν (κενά τετράγωνα) αναφέρονται σε θέσεις SNP για τα οποία η κάλυψη είναι & lt? 10Χ. (Γ) SNP παραλλαγές εντός του μιτοχονδριακό γονιδίωμα για 22Rv1 και LNCaP δείχνονται (χ-άξονας), με την συχνότητα κάθε 22Rv-1- /LNCaP που σχετίζεται SNP στο γενικό ανθρώπινο πληθυσμό, όπως προσδιορίζεται με έναν πληθυσμό επιπέδου ανθρώπινο μιτοχονδριακό βάσεων δεδομένων [50], δίνεται σε παρένθεση. Για κάθε γονιδίωμα των μιτοχονδρίων καρκίνο του προστάτη που σχετίζεται με (ζ-άξονας), η συχνότητα μειονότητα SNP (άξονας γ) απεικονίζεται γραφικά ενάντια στην παραλλαγή SNP κυτταρική γραμμή που συνδέεται με (χ-άξονας), χρησιμοποιώντας ένα αποκοπής συχνότητας του 3%. Για τις προσδιοριζόμενες κάθε SNP μειονότητα, η συχνότητα της παραλλαγής και της κάλυψης σε αντίστοιχη θέση νουκλεοτιδίου δείχνεται. SNPs μειονότητας με την παραλλαγή συχνότητες & lt? 3% καταγράφονται ως μηδέν? τιμές που λείπουν (κενά τετράγωνα) αναφέρονται σε θέσεις SNP για τα οποία η κάλυψη είναι & lt? 30X. Σημειώστε ότι οι VP62 δείγμα μετοχές ένας 146C μιτοχονδριακό SNP με LNCaP (αστερίσκοι).

Η

Για να διερευνήσουν περαιτέρω αυτή η δυνατότητα, μπορούμε επόμενη αναζήτηση για ενδείξεις άμεση μόλυνση των δειγμάτων καρκίνου του προστάτη από XMRV μολυσμένα LNCaP ή 22Rv1 χρησιμοποιεί μια στρατηγική προφίλ μιτοχονδριακό RNA (mtRNA). Οι ~16.5 kb μιτοχονδριακών γονιδιωμάτων 22Rv1 και LNCaP συγκεντρώθηκαν από 555.977 και 171.418 mtRNA βαθιά αλληλουχίας διαβάζει, αντίστοιχα. Υπήρχαν 6 νουκλεοτιδικές διαφορές στο μιτοχονδριακό γονιδίωμα LNCaP και 13 διαφορές στο μιτοχονδριακό γονιδίωμα 22Rv1 σε σχέση με το ανθρώπινο μιτοχονδριακό Cambridge αλληλουχία αναφοράς (CRS) (GenBank NC_012920) [49]. Οι μιτοχονδριακών γονιδιωμάτων του VP35, VP42, VP62 και στη συνέχεια συναρμολογούνται από ανακτημένο mtRNA διαβάζει και σαρώνονται για την παρουσία της μειονότητας SNPs που θα υποδηλώνουν την παρουσία της μόλυνσης ιχνών από αλληλουχίες μιτοχονδριακού γραμμή που σχετίζεται με LNCaP ή 22Rv1 κυττάρων (Εικ. 7C). Χρησιμοποιώντας μια αποκοπής του 3% για να ορίσετε ένα SNP μειονότητα, 6 από 6 SNPs σε κοινή μεταξύ των μιτοχονδριακών γονιδιωμάτων των VP42 και LNCaP και 5 από 6 SNPs στο κοινό μεταξύ VP35 και LNCaP ανιχνεύθηκαν. Πρόσθετες διάσπαρτα SNPs μειονότητα βρέθηκαν να μοιράζονται μεταξύ των μιτοχονδριακών γονιδιωμάτων του VP35, VP42, VP62, LNCaP και 22Rv1. Δεν SNPs που αντιστοιχεί είτε στο LNCaP ή 22Rv1 μιτοχονδριακό γονιδίωμα βρέθηκαν σε οποιοδήποτε από τα XMRV-αρνητικά δείγματα, συμπεριλαμβανομένης της αρχειοθέτησης VP62 (2012) του δείγματος. Η παρουσία των πρόσθετων SNPs που προσδιορίζουν μοναδικά VP35, VP42 ή VP62 (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται) επιβεβαιώνουν ότι το RNA προστατικό ιστό ήταν παρών, και ως εκ τούτου, ότι οι κοινές SNPs μειοψηφίας ήταν το αποτέλεσμα των LNCaP ή /και μόλυνση 22Rv1. Με βάση τις αναλογίες των παραλλαγών SNP στον ανθρώπινο πληθυσμό όπως εκτιμάται από μια μιτοχονδριακή βάση δεδομένων σε επίπεδο πληθυσμού (mtDB) [50], η πιθανότητα να μοιράζονται όλες τις 6 SNPs στο κοινό μεταξύ VP42 και LNCaP από τυχαία πιθανότητα και μόνο εκτιμάται σε λιγότερο από 0,00146 %.

Συζήτηση

Στην παρούσα μελέτη, ερευνήσαμε την πιθανή συσχέτιση μεταξύ XMRV και του καρκίνου του προστάτη χρησιμοποιώντας ένα συνδυασμό των μικροσυστοιχιών, προσεγγίσεις PCR, FISH, ορολογικά και βαθιά αλληλουχίας. XMRV δεν ανιχνεύθηκε σε ένα νέο σύνολο 39 προοπτικά συλλέγονται όγκους του προστάτη (και τα δύο με ή χωρίς μεταλλάξεις RNAse L) με PCR δοκιμασίες εκτελούνται ανεξάρτητα σε 3 διαφορετικά εργαστήρια ή ViroChip μικροσυστοιχίας. Επιπλέον, XMRV δεν ανιχνεύθηκε σε αρχειακό VP62 ιστό προηγουμένως βρεθεί να είναι XMRV-θετικά [1]. Αυτά τα αρνητικά ευρήματα αυτά υποστηρίζονται από την αποτυχία για την ανίχνευση αλληλουχιών XMRV σε 19 από τα πρόσφατα συλλέγονται δείγματα καρκίνου του προστάτη και αρχειακό ιστό VP62 με FISH. Επιπλέον, απέτυχε να ανιχνεύσει αποκρίσεις αντισωμάτων να XMRV σε δείγματα πλάσματος από τους 39 ασθενείς με καρκίνο του προστάτη, ένα εύρημα που παρατηρήθηκε επίσης πρόσφατα σε μια άλλη μελέτη [51] Λαμβανόμενα μαζί, τα δεδομένα που παρουσιάζονται εδώ υποδηλώνουν έντονα ότι δεν υπάρχει καμία συσχέτιση μεταξύ λοίμωξη XMRV και του καρκίνου του προστάτη, ανεξάρτητα από το καθεστώς RNAse L.

στην αρχική μελέτη του 2006 από Urisman, et al. καθώς και μια μελέτη του 2010 από τον Arnold, et al. [1], [9], XMRV ανιχνεύθηκε σε ένα μικρό ποσοστό των μη-κακοήθη στρωματικά κύτταρα με FISH. Δεν είναι σαφές ως προς το γιατί XMRV ανιχνεύθηκε με FISH σε αυτές τις προηγούμενες μελέτες, αλλά όχι στην παρούσα μελέτη, η οποία περιελάμβανε την εκ νέου ανάλυση των αρχειακών ιστού VP62. Εδώ χρησιμοποιείται μια άμεση-επισημασμένο, πλήρους μήκους καθετήρα πλασμίδιο XMRV με ποσοστό ενσωμάτωσης υψηλού σήματος [52], η οποία παρήγαγε ένα σαφές πρότυπο χρώσης στικτή στην 22Rv1 κύτταρα με FISH (Εικ. 3Α). Αξίζει να σημειωθεί ότι αυτή η νέα σχεδίαση ανιχνευτής ήταν σε θέση να ανιχνεύσει ανθρωπίνων θηλωμάτων (HPV) του τραχήλου της μήτρας καρκινικών κυττάρων που φιλοξενούν 1 έως 2 αντίγραφα του ολοκληρωμένου HPV-16 ανά κύτταρο καθώς και του τραχήλου της μήτρας τμήματα του καρκίνου του ιστού (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Έτσι, αν ενσωματωθεί XMRV ήταν παρούσα στους ιστούς που εξετάστηκαν σε αυτή τη μελέτη, θα πρέπει να έχουν ανιχνευθεί με τη μέθοδο FISH. Είναι πιθανό ότι η χαμηλή συχνότητα των XMRV κυττάρων του προστάτη FISH-θετική παρατηρηθεί σε προηγούμενες μελέτες [1], [9] αντιπροσωπεύουν μη-ειδικά αντικείμενα δέσμευσης.

Για να διερευνηθεί κατά πόσο η ανακάλυψη των XMRV μπορεί να έχουν προκύψει από ακούσια εργαστηριακής μόλυνσης, έχουμε εκ νέου αναλύονται διαθέσιμες αρχειακές εκχυλίσματα RNA από δείγματα καρκίνου του προστάτη που λαμβάνονται από την αρχική μελέτη του 2006 από Urisman,

et al

[1]. Με μικροσυστοιχιών και ανάλυση PCR, τα προηγούμενα ευρήματα ότι ένα υποσύνολο αυτών των δειγμάτων harbored αλληλουχίες XMRV επανελήφθη (σχήμα 2?. Πίνακας 2). Επιπλέον, αμερόληπτη ανάλυση βαθιά αλληλουχίας των 3 XMRV-θετικά δείγματα (VP35, VP42, VP62 και), αποκάλυψε ότι το σύνολο του ιικού γονιδιώματος ήταν παρούσα (Εικ. 5). Η αποτυχία να ανιχνεύσει μιτοχονδριακή ποντίκι ή ακολουθίες ΙΑΡ σε αυτά τα 3 δείγματα υποστηρίζουν επίσης την άποψη ότι αυτά τα δείγματα λιμάνι XMRV και δεν σχετίζονται με το ποντίκι ενδογενή gammaretroviruses.

Ένα από τα ευρήματα υποστηρίζοντας έναντι εργαστηριακών μόλυνση ως μια πιθανή πηγή XMRV έχει ο βαθμός απόκλισης αλληλουχίας που παρατηρείται μεταξύ των γονιδιωμάτων XMRV, έως 2% στο

gag

και

pol

θραύσματα [1], [14]. Παρά το γεγονός ότι η αναφερόμενη ποικιλομορφία είναι εξαιρετικά χαμηλή για ρετροϊούς σε γενικές γραμμές [53], ορισμένα ρετροϊών όπως HTLV-1 μπορεί να παρουσιάζουν συγκριτικά χαμηλά ποσοστά των φυσικών παραλλαγή ακολουθίας, με στελέχη στην άγρια ​​φύση που είναι 96-99% ταυτόσημες [54]. Παρ ‘όλα αυτά, τα δεδομένα SNP που δημιουργείται από το βαθύ αλληλούχιση αποκαλύπτουν ότι οι συναινετικές αλληλουχίες των γονιδιωμάτων XMRV VP35, VP42, VP62 και είναι στην πραγματικότητα πανομοιότυπα μεταξύ τους και με την συναίνεση 22Rv1 σχετιζόμενη στέλεχος XMRV (Εικ. 6). Έτσι, έχουν αναφερθεί στο παρελθόν ποικιλομορφία ακολουθίας μεταξύ των διαφόρων στελεχών στη μελέτη του 2006 από Urisman,

et al.

[1] και πιθανώς σε άλλες αποτελούν αντικείμενο πλήρους ή μερικώς η αλληλουχία γονιδιώματα XMRV φαίνεται να προκύπτουν από σφάλματα πολυμεράσης Taq εισαχθεί κατά τη διάρκεια της PCR