Abstract

Ενσωμάτωση του ιού των ανθρώπινων θηλωμάτων (HPV) DNA στο γονιδίωμα του ξενιστή είναι ένα κρίσιμο γεγονός στη αιτιολογικός εξέλιξης από φυσιολογικό τράχηλο σε ενδοεπιθηλιακά νεοπλάσματα, και τελικά σε διηθητικό καρκίνο του τραχήλου της μήτρας. Ωστόσο, υπήρξε λίγη δουλειά για το πώς το καθεστώς του HPV ολοκλήρωσης σχετίζεται με την έκβαση της θεραπείας για τραχήλου της μήτρας καρκινώματα. Στην παρούσα μελέτη, HPV Ε2 και αριθμούς αντιγράφου γονιδίου Ε6 μετρήθηκαν σε 111 τραχήλου καρκινικούς ιστούς χρησιμοποιώντας πραγματικό χρόνο QPCR. πρότυπα ενσωμάτωσης χωρίστηκαν σε τέσσερις ομάδες: μόνο αντίγραφο-ενσωματωμένη με συστατικά επισωματική (ομάδα 1), μόνο αντίγραφο ολοκληρωμένη χωρίς εξαρτήματα επισωματικό (ομάδα 2), πολλαπλών παράλληλα επανάληψη ενσωματωμένα (ομάδα 3), και η χαμηλή HPV (ομάδα 4) ομάδες . Ένα μοντέλο υποτροπής-πρόβλεψη κατασκευάστηκε με τη χρήση πολυμεταβλητών Cox μοντέλο αναλογικών κινδύνων για την ταξινόμηση των ασθενών σε διαφορετικές ομάδες κινδύνου για την επιβίωση ελεύθερη νόσου (DFS). Το μοντέλο εσωτερικά επικυρωθεί χρησιμοποιώντας bootstrap αναδειγματοληψία. ανάλυση μικροσυστοιχιών ολιγονουκλεοτιδίων διεξήχθη για να αξιολογηθεί πρότυπα γονιδιακής έκφρασης σε σχέση με τις διάφορες ομάδες ολοκλήρωσης. DFS ποσοστό ήταν κατώτερη της τάξεως των ασθενών στην ομάδα 4, ομάδα 2/3, και η ομάδα 1. Η πολυπαραγοντική ανάλυση έδειξε ότι η ιστολογική ποιότητας, η ομάδα κλινικό στάδιο, και το σχέδιο ενοποίησης ήταν σημαντική προγνωστικούς παράγοντες για την κακή DFS. Η τρέχουσα προγνωστικό μοντέλο προέβλεψε με ακρίβεια τον κίνδυνο υποτροπής, με έκταση κάτω της χαρακτηριστικής καμπύλης (AUC) 0,74 (bootstrap διορθωθεί, 0,71). Συμπερασματικά, τα στοιχεία αυτά δείχνουν ότι η μορφή HPV ένταξη είναι ένας ισχυρός προγνωστικός παράγοντας για προσαρμοσμένη θεραπεία του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας

Παράθεση:. Shin HJ, Joo J, Yoon JH, Yoo CW, Kim JY (2014) Φυσική Κατάσταση Ιού των Ανθρώπινων θηλωμάτων Ένταξη στον Καρκίνο του Τραχήλου της Μήτρας σχετίζεται με θεραπεία Αποτελέσματα των ασθενών που υποβλήθηκαν σε ακτινοθεραπεία. PLoS ONE 9 (1): e78995. doi: 10.1371 /journal.pone.0078995

Επιμέλεια: Αντώνης W. I. Lo, το Κινεζικό Πανεπιστήμιο του Χονγκ Κονγκ, Χονγκ Κονγκ

Ελήφθη: 12, Αυγούστου, 2013? Αποδεκτές: 25 Σεπτεμβρίου του 2013? Δημοσιεύθηκε: 10 Ιανουαρίου 2014

Copyright: © 2014 Shin et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από το Εθνικό Κέντρο Καρκίνου, Goyang, Κορέα (Grant 1310300 και 1110033). Ο χρηματοδότης δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Ενσωμάτωση των ανθρωπίνων θηλωμάτων (HPV) DNA έχει θεωρηθεί ως ένα κρίσιμο γεγονός στη διαδικασία του τραχήλου της μήτρας καρκινογένεσης. HPV DNA έχει βρεθεί να είναι παρούσα σε ολοκληρωμένες μορφές σε κύτταρα ξενιστές με αυξανόμενη συχνότητα από φυσιολογικό τραχηλικό επιθήλιο να ενδοεπιθηλιακές νεοπλασίες, και διηθητικό καρκίνο του τραχήλου της μήτρας [1], [2], [3]. Ωστόσο, υπάρχουν αναφορές που δείχνουν ότι επισωμικό HPV DNA είναι παρούσα σε ένα σημαντικό τμήμα του διηθητικού καρκίνων του τραχήλου, υποδηλώνοντας ολοκλήρωση δεν απαιτείται πάντοτε για κακοήθη πρόοδο [4], [5]. Ενιαία αντίγραφο αποτελέσματα HPV ενσωμάτωση στην διάσπαση του ανοικτού πλαισίου ανάγνωσης Ε1 ή Ε2 (ORF) [2], [4],. Ως εναλλακτική λύση, η ολοκλήρωση πολλαπλών αντιγράφων του HPV μπορεί να προκύψει ως κεφαλή προς ουρά διαδοχικές επαναλήψεις [6], [7]. Όταν συμβεί αυτό, μόνο το ιικό αντίγραφο πλευρίζουν το κυτταρικό DNA διασπάται στην περιοχή Ε1 ή Ε2 ενώ τα εσωτερικά αντίγραφα έχουν άθικτα τα Ε1 και Ε2 ανοικτά πλαίσια ανάγνωσης (ORF του). Ενώ η απώλεια του Ε2 ORF μπορεί απορρύθμιση μεταγραφή του Ε6 και Ε7, είναι πιθανό ότι άθικτο ORFs Ε2, τα οποία βρίσκονται με πολλαπλών tandem HPV ενσωματωμένα γονιδιώματα, μπορεί να εκφράζει και να εξαίρεται μεταγραφικό έλεγχο επί Ε6 /Ε7. Στην παρούσα μελέτη, αξιολογήσαμε την προγνωστική σημασία των διαφορετικών μοντέλων HPV ολοκλήρωσης για DFS από καρκίνο του τραχήλου της μήτρας. ανάλυσης μικροσυστοιχιών στη συνέχεια χρησιμοποιείται για να συγκρίνει τις διαφορές στη συνολική έκφραση των γονιδίων μεταξύ αυτών των διαφορετικών μοντέλων ενσωμάτωσης.

Υλικά και Μέθοδοι

Τα χαρακτηριστικά των ασθενών

Αυτή η μελέτη εγκρίθηκε από το Διοικητικό Συμβούλιο αναθεώρηση Θεσμικών του Εθνικού Κέντρου Καρκίνου, την Κορέα, και γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους ασθενείς. 111 διαδοχικούς ασθενείς είχαν προσληφθεί από Ιούλιος 2003 – Ιούλιος 2008 διαγνωστεί με HPV 16, 18, ή 58 θετικές πλακώδες, αδενοϊό, ή αδενοχοληδωτό καρκίνωμα του τραχήλου της μήτρας. Τα κλινικά χαρακτηριστικά των ασθενών αυτών παρουσιάζονται στον πίνακα 1. Διαγνωστική εργασία-ups που περιλαμβάνονται rectosigmoidoscopy σε όλους τους ασθενείς, η μαγνητική τομογραφία (MRI) της λεκάνης ± κοιλιά σε 110 ασθενείς, και είτε τομογραφία εκπομπής ποζιτρονίων (PET) σάρωση ή PET /CT (αξονική τομογραφία) σάρωση σε 93 ασθενείς. Όλα αντιμετωπίστηκαν με ακτινοθεραπεία η οποία αποτελείται από την εξωτερική ακτινοθεραπεία (EBRT) και υψηλή δόση ρυθμού βραχυθεραπεία. Κατά τη διάρκεια EBRT, ταυτόχρονη εβδομαδιαία σισπλατίνη 40 mg /m

2 δόθηκε σε όλους τους ασθενείς, εκτός από τους 9 ασθενείς που είχαν μια κακή κλίμακα απόδοσης. Μετά την ολοκλήρωση της πρωτογενούς θεραπείας, οι ασθενείς παρακολουθήθηκαν κάθε 3 μήνες κατά τη διάρκεια των πρώτων 2 ετών, κάθε 4 μήνες κατά τη διάρκεια του τρίτου έτους, και κάθε 6 μήνες έκτοτε. Οι λεπτομέρειες της ακτινοθεραπείας έχουν περιγραφεί προηγουμένως [8].

Η

Σε πραγματικό χρόνο αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης του ιού HPV Ε6 και Ε2 γονίδια

εκχύλιση, την ενίσχυση, και του γονότυπου του DNA εκτελέστηκαν όπως προηγουμένως αναφερθεί [8]. Real-time PCR διεξήχθη με ΑΒΙ Prism 7900HT Σύστημα και TaqMan καθολική PCR Master Mix (ΡΕ Applied Biosystems, Perkin-Elmer, Foster City, CA). Οι εκκινητές και ανιχνευτές σχεδιάστηκαν για ειδική ενίσχυση των περιοχών άρθρωσης Ε2 οι οποίες είναι γνωστό να διαταραχθεί συχνότερα κατά τη διάρκεια της διαδικασίας της ιικής ενσωμάτωσης [2]. Οι πληροφορίες αλληλουχία κάθε εκκινητές που χρησιμοποιούνται είναι διαθέσιμα στον Πίνακα S1. Πενήντα νανογραμμάρια του DNA στόχου από κάθε δείγμα βιοψίας χρησιμοποιήθηκαν ανά αντίδραση και πρότυπες καμπύλες παρήχθησαν με ενίσχυση μιας σειράς αραίωσης από 10

6 -10

3 αντίγραφα ενός κλώνου του HPV DNA σε pBR322. Τουλάχιστον τρεις χωρίς πρόπλασμα μίγματα αντίδρασης ελέγχου συμπεριελήφθησαν σε κάθε δοκιμή και όλα τα πειράματα διεξήχθησαν εις τριπλούν.

Η κατάταξη των αυχενικών όγκων με τη φυσική κατάσταση του HPV γονιδιωμάτων

Με βάση το σχετικοί αριθμοί αντιγράφων του Ε2 και Ε6, οι ασθενείς ταξινομήθηκαν σε 4 ομάδες? Single-αντίγραφο ενσωματωθεί με συστατικά επισωματικό (ομάδα 1) και χωρίς συστατικά επισωματικό (ομάδα 2), πολλαπλών tandem επανάληψη ενσωματωμένα (ομάδα 3), και χαμηλή HPV (ομάδα 4) ομάδες. Ομάδα 1 όγκων εξακολουθούν να περιέχουν επισωμικό HPV με ενίσχυση τόσο Ε6 και Ε2 αν και τα επίπεδα της Ε2 μειώνεται. Ομάδα 2 όγκοι δεν έχουν καμία ενίσχυση Ε2. Ομάδα 3 όγκοι έχουν ίσα επίπεδα Ε2 και Ε6 που δείχνει πολλαπλών παράλληλα ενσωμάτωση επαναλαμβάνεται HPV. Ομάδα 4 όγκοι δεν έχουν Ε2 και Ε6 ενισχύσεις. Αυτές οι τέσσερις ομάδες τελικά εκ νέου ταξινομούνται σε τρεις ομάδες που βασίζονται σε διαφορετικές κλινικές εκβάσεις τους (ομάδα 1 έναντι ομάδας 2/3 έναντι ομάδας 4).

μικροσυστοιχιών ανάλυση

ανάλυση μικροσυστοιχιών εκτελέστηκε για 39 ασθενείς από τους οποίους θα μπορούσαν να ληφθούν φρέσκα κατεψυγμένα δείγματα όγκων. οι ασθενείς με λοίμωξη από HPV 16 συμπεριλήφθηκαν μόνο στο πείραμα μικροσυστοιχιών για να αποφευχθεί η ανομοιογένεια που προκαλούνται από διαφορετικούς γονότυπους HPV. Ως αποτέλεσμα, 14, 9, 12, και 4 δείγματα από ομάδες1 ολοκλήρωση έως 4, αντίστοιχα, αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας πλήρες ανθρώπινο γονιδιακής έκφρασης μικροσυστοιχιών 44K v.1.0 (Agilent Technologies, Inc., Palo Alto, CA). Όλα τα αριθμητικά δεδομένα ομαλοποιήθηκαν με ανά-spot και ανά chip εξομάλυνση (ένταση που εξαρτάται από κανονικοποίηση), και ανά γονίδιο κανονικοποίηση (προς το διάμεσο) χρησιμοποιώντας GeneSpring 7.3.1. γραμμική ανάλυση τάσεων κατάταξη με βάση χρησιμοποιήθηκε για να δοκιμαστεί η γραμμική τάση στην γονιδιακή έκφραση μεταξύ διαφορετικών μοντέλων ενσωμάτωσης εντολή των κλινικών αποτελεσμάτων. μέθοδος μετάθεση με 250.000 νέα δειγματοληψία διεξήχθη για να αξιολογήσει την αντίστοιχη

σ

-τιμή. Τα επίπεδα έκφρασης σε κλίμακα log2 χρησιμοποιήθηκαν στην ανάλυση, και η ψευδής ποσοστό ανακάλυψη (FDR) [9] ελέγχθηκε σε 0.05. έχουν τα δεδομένα μικροσυστοιχιών έχουν κατατεθεί στην έκφραση του γονιδίου Omnibus (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) και είναι προσβάσιμες μέσω της έκφρασης γονιδίων αριθμό σειράς Omnibus GSE49288.

Η στατιστική ανάλυση

τα δημογραφικά και κλινικά χαρακτηριστικά παρουσιάζονται ως μετρήσεις και ποσοστά για τις κατηγορικές μεταβλητές και μεσαίο και το εύρος για τις συνεχείς μεταβλητές. Οι αναδιανεμητικές διαφορές μεταξύ των ομάδων αξιολογήθηκαν με τη χρήση του Pearson Chi-square test ή την ακριβή δοκιμασία του Fisher. Κατάταξη συσχέτιση Spearman που λήφθηκε για να μετρήσει τη σχέση μεταξύ του HPV ιικό φορτίο και να αντιγράψετε αριθμούς. Οι διαφορές σε αριθμό αντιγράφων μεταξύ των ομάδων δοκιμάστηκαν χρησιμοποιώντας δοκιμή Kruskal-Wallis. Η πολυπαραγοντική Cox μοντέλο αναλογικών κινδύνων χρησιμοποιείται για την πρόβλεψη της DFS μετά την προσαρμογή των αποτελεσμάτων των άλλων πιθανών συνεισφερόντων παραγόντων όπως η ηλικία, η ομάδα στάδιο, κομβική θέση, ιστολογική βαθμό, και ιστολογικός τύπος. Το τελικό μοντέλο επιλέχθηκε με βάση το αποτέλεσμα του μονοπαραγοντική ανάλυση καθώς και την εξέταση της κλινικής ή βιολογικής σημασίας των μεταβλητών. Όλες οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση SAS έκδοση 9.1 (Cary, NC) και R στατιστικό λογισμικό, έκδοση 2.12. Όλες οι αναφερόμενες

σ

-τιμές είναι δύο όψεων.

Η επικύρωση του μοντέλου πρόβλεψης χρησιμοποιώντας bootstrap αναδειγματοληψία

Η ικανότητα διάκρισης των πολλαπλών μεταβλητών μοντέλο Cox για την πρόβλεψη δύο χρόνων χωρίς νόσο επιβίωση αξιολογήθηκε χρησιμοποιώντας το στατιστικό C, ένα μέτρο συμφωνία ανάλογη με την περιοχή κάτω από το χαρακτηριστικό λειτουργίας λήπτη (ROC) καμπύλη. Η βαθμονόμηση του μοντέλου αξιολογήθηκε χρησιμοποιώντας το τεστ chi-square τύπου Hosmer-Lemeshow συγκρίνοντας τη διαφορά μεταξύ των παρατηρούμενων και των προβλεπόμενων ποσοστών επιβίωσης 2 χρόνια από τον ανεπτυγμένο μοντέλο για τους ασθενείς σε κάθε πεντάγωνο. Με βάση το προβλεπόμενο ποσοστό επιβίωσης, τρεις ομάδες σχηματίστηκαν με διαίρεση των ασθενών σε τριτημόρια. Η διαφορά στις διανομές επιβίωσης αυτών των τριών ομάδων συγκρίθηκαν χρησιμοποιώντας το τεστ log-rank. Το προγνωστικό μοντέλο ελέγχθηκε με τη χρήση 1000 δείγματα bootstrap ως εσωτερικό επικύρωσης για να διορθώσει την ανοδική τάση στην εκτίμηση στατιστική C λόγω της εκ νέου αντικαθιστώντας τα δεδομένα.

Αποτελέσματα

Ε6 και Ε2 αριθμούς αντιγράφων του γονιδίου και πρότυπο ολοκλήρωση

η κατάταξη των ασθενών με βάση την σχετική ποσότητα του αριθμού αντιγράφων Ε2 και Ε6 οδήγησε σε 31, 24, 37, και 14 ασθενείς στις ομάδες 1 έως 4, αντίστοιχα. Οι κύκλος κατωφλίου (Ct) αναλογίες E2 /Ε6 από τους ασθενείς σε κάθε ομάδα παρουσιάζεται από ένα διάγραμμα διασποράς (Εικ. 1). 5 ασθενείς είχαν αταξινόμητο μοτίβα. αριθμούς αντίγραφο Ε6 και Ε2 παρουσίασαν θετική συσχέτιση σε Group3 (r = 0.83,

σ

& lt? 0,0001) και με Ομάδα1 (r = 0.43,

p = 0,02

), αλλά όχι σε Group2 ( r = 0,008,

σ

= 0,97), ούτε στην ομάδα 4 (r = 0.26,

p = 0,37

).

Οι αναλογίες Ε2 /E6 Ct των ασθενών στην κάθε ομάδα απεικονίζονται ως κουκίδες στο διάγραμμα διασποράς. Οι οριζόντιες γραμμές αντιπροσωπεύουν τη μέση τιμή με διατεταρτημοριακό εύρος.

Η

μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική ανάλυση του αποτελέσματος της θεραπείας

Κατά τη διάρκεια της παρακολούθησης, 33 ασθενείς (29,7%) παρουσίασαν εξέλιξη της νόσου, συμπεριλαμβανομένων 25 απομακρυσμένες μεταστάσεις ή 10 τοπικές υποτροπές. Μεταξύ αυτών των ασθενών, τρεις είχαν και τα δύο. Δεκατρείς ασθενείς πέθαναν και η αιτία του θανάτου του 2 ασθενείς ανάμεσά τους ήταν καρδιαγγειακή νόσο και άγνωστα, αντίστοιχα. Είχαν λογοκρίθηκε από την ημερομηνία του θανάτου. Οι ασθενείς παρακολουθήθηκαν για μέση 29 μήνες (εύρος, 2-67 μήνες). Η μέση διάρκεια της παρακολούθησης των ασθενών χωρίς υποτροπή ήταν 36 μήνες (εύρος, 6 έως 67 μήνες). Όταν οι τέσσερις ομάδες επανα-ταξινομηθούν σε τρεις ομάδες, το ποσοστό DFS των ασθενών στην ομάδα 1 ήταν η υψηλότερη, ακολουθούμενη από τις ομάδες 2/3 και η ομάδα 4 σε φθίνουσα σειρά. Οι αναλογίες κινδύνου (HR) και το διάστημα εμπιστοσύνης ήταν 1,90, Διάστημα εμπιστοσύνης (CI) 0,70 έως 5,15,

σ

= 0,207 για την ομάδα 2/3 εναντίον της ομάδας 1, HR 3.52, CI 1.11 έως 11.14,

p

= 0. 032 για την ομάδα 4 έναντι ομάδας 1, αντίστοιχα (

σ

= 0,083 από δοκιμασία log-rank, Εικ. 2 και Πίνακας 2) σχετικά με μονοπαραγοντική ανάλυση. Άλλες σημαντικές προγνωστικές παραμέτρους για DFS περιλαμβάνονται ομάδα στάδιο, κομβικό μετάσταση, ιστολογική βαθμολογία, ιστολογικού τύπου, και το κάπνισμα από μονοπαραγοντική ανάλυση. Στην πολυπαραγοντική ανάλυση, πρότυπο ολοκλήρωσης (γενική

σ

= 0.014? Για την ομάδα 2/3 έναντι της ομάδας 1,

σ

= 0.03, HR 3.15, CI 1.12 έως 8.9? Για την ομάδα 4 vs . ομάδα 1,

σ

= 0,004, HR 6.78, CI 1,86 – 24,79), ιστολογική βαθμό, ομάδα κλινικό στάδιο, και την ηλικία παρέμεινε σημαντική (Πίνακας 2)

ομάδα 1.? ενσωμάτωση μόνο αντίγραφο του HPV με συστατικά επισωματική, Ομάδα 2? ενσωμάτωση μόνο αντίγραφο του HPV χωρίς εξαρτήματα επισωματική, Ομάδα 3? Πολλαπλών παράλληλα επανέλαβε την ένταξη, Ομάδα 4? χαμηλή HPV.

Η

Η απόδοση των μοντέλων αποτέλεσμα, την πρόβλεψη και την εσωτερική επικύρωση

Το C-στατιστική του μοντέλου για την πρόβλεψη δύο χρόνων επιβίωσης ήταν 74% (95% CI , 65% -83%) και ο κώδικας εκκίνησης επικυρωθεί C-στατιστικό στοιχείο ήταν 71%. Ο τύπος Hosmer-Lemeshow Chi-square στατιστικό αποτέλεσμα της δοκιμής ήταν 9,02 με το αντίστοιχο

σ

= 0,435 που δείχνει μια καλή τακτοποίηση. Η δοκιμασία log-rank οδήγησε σε μια σημαντική διαφορά μεταξύ των κατανομών επιβίωσης των τριών ομάδων ασθενών όπως ορίζονται από το προβλεπόμενο ποσοστό επιβίωσης (

σ

& lt? 0.0005). (Εικ. 3 και Πίνακας 3)

ανάλυση μικροσυστοιχιών των 39 τραχηλικών δειγμάτων καρκίνου

654 γονίδια επιλέχθηκαν ως παρουσιάζουν σημαντικά διαφορετικές εκφράσεις μεταξύ των ομάδων ολοκλήρωσης χαρακτηριστεί από την φυσική κατάσταση του HPV DNA (ομάδα 1 έναντι ομάδας 2 /3 εναντίον Group4). Επειδή τα ποσοστά επιβίωσης των ασθενών τείνει να μειωθεί από Ομάδα1 έως 4, εξετάστηκαν τα γονίδια που παρουσίασαν συνακόλουθη τάση στα επίπεδα έκφρασης τους. Ως αποτέλεσμα, οι μέσες εκφράσεις 429 γονιδίων μεταξύ τους δείχθηκαν να είναι σε σταδιακή αύξηση (241) ή μείωση (188) με τη σειρά του Group1 έως 4 (Σχ. 4). Μετά από μια αυστηρή επιλογή με βάση την οικογένεια σοφό ποσοστό σφάλματος (διόρθωση Bonferroni) μικρότερη από 5%, διαμεμβρανική ρυθμιστές προσκόλλησης κυττάρου όπως κλαουδίνης, occludin, και συνδεκανίου παρέμειναν ως γονίδια που δείχνουν σημαντικές μειώσεις από την ομάδα 1 έως 4. Ρυθμιστικό μικρών ΟΤΡάσης μεσολάβηση μεταγωγής σήματος, όπως η πρωτεΐνη ελέγχου κυτταρικής διαίρεσης 42 (CDC42) πρωτεΐνες τελεστές, πρωτεΐνες ενεργοποιώντας Rho ΟΤΡάσης και p21 (CDC42 /Rac) -ενεργοποιημένου κινάση 2 (ΡΑΚ2) επίσης μειώθηκε σημαντικά. Αυτά τα γονίδια είναι γνωστό ότι παίζουν ένα σημαντικό ρόλο στην αναδιοργάνωση ακτίνης ινών στρες, η προσκόλληση κυττάρου προς κύτταρο, κύτταρο προς εξωκυτταρική μήτρα. Μεταξύ των γονιδίων με αυξητική τάση της έκφρασης από Group1 έως 4 ρυθμιστές μεταγραφής, όπως MYC σχετιζόμενη παράγοντα Χ (ΜΑΧ) και παράγοντα νέκρωσης όγκου (TNF). Επίσης, υπήρχαν μόρια που συνδέονται με χρωματίνη αναδιαμόρφωση όπως ΑΤ-πλούσιες διαδραστικές 1Α τομέα (SWI-παρόμοια), ΑΤ-πλούσιες διαδραστικές περιοχή 4Β (RBP1-όπως, BRCAA1), και chromodomain ελικάση DNA δεσμευτική πρωτεΐνη. Βιολογικές λειτουργίες αυτών των γονιδίων εξετάστηκαν χρησιμοποιώντας την έκδοση DAVID Βιοπληροφορική Πόρων 6.7 (https://david.abcc.ncifcrf.gov/). Λεπτομερείς πληροφορίες των γονιδίων και

σ

-τιμή της γραμμικής τάσης καταγράφονται στον Πίνακα S2. ανάλυση οντολογία Gene χρήση αυτού του εργαλείου δείχνει ότι το επίπεδο της έκφρασης των γονιδίων που σχετίζονται με την κερατινοκυττάρων και την διαφοροποίηση των Τ-λεμφοκυττάρων ήταν πολύ χαμηλός σε ομάδα 4. Ειδικά, ρετινοειδούς Χ υποδοχέα άλφα (NM_002957) μειώθηκε σημαντικά στην ομάδα 4, ενώ ήταν περισσότερο εντόνως εκφρασμένο στην ομάδα 1 (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Αυτό υποστηρίζει την παρατήρηση της έλλειψης διαφοροποίησης επιθηλιακών σε όγκους με χαμηλή HPV DNA.

Η

Συζήτηση

Στην παρούσα μελέτη, η προγνωστική αξία της φυσικής κατάστασης του HPV εξετάστηκε σε τοπικό επίπεδο προηγμένες τραχήλου της μήτρας όγκους. Η μελέτη μας αποκαλύπτει ότι τραχήλου της μήτρας όγκους με εξαρτήματα επισωματική έχουν ανώτερη μετά την ακτινοθεραπεία επιβίωση σε σύγκριση με εκείνους με καθαρά ολοκληρωμένου HPV. Διαπιστώθηκε επίσης ότι η πρόγνωση του καρκίνου του τραχήλου μειώνεται σημαντικά σε όγκους με μη ανιχνεύσιμο επίπεδο του HPV DNA.

Έχει προηγουμένως δειχθεί ότι επιθετικοί όγκοι δεν είναι πάντοτε αποτελούνται από κύτταρα με 100% ολοκληρωμένη HPV DNA. Υπάρχουν περίπου 17~20% των ασθενών με διηθητικό καρκίνο με μικτή επισωματική και ολοκληρωμένων μορφών του HPV [4], [5] ή ακόμη και επισωμικού μορφές μόνο στο 7% των ασθενών [4]. Επιπλέον, διάφορες μελέτες έχουν αποδείξει ότι η φυσική κατάσταση του HPV σε καρκίνο του τραχήλου σχετίζεται με τα αποτελέσματα της θεραπείας [4], [10], [11]. έχουν μοτίβα Viral ολοκλήρωση αξιολογήθηκε με κηλίδωση Southern του Ε1 τοποθεσία /Ε2 [10] ή με in situ μέθοδο ιική ενίσχυση του σήματος του DNA [11] ή και τα δύο από αυτές τις μεθόδους [4].

Σχετική ποσότητες Ε2 και Ε6 χρησιμοποιήθηκαν σε αυτή τη μελέτη και, κατά εκπληκτικό τρόπο, βρέθηκε ότι το ένα τρίτο (37/111) των δειγμάτων είχαν ενσωμάτωσης πολλαπλών αντιγράφων του HPV. Η παρουσία πολλαπλών αντιγράφων HPV διαδοχικής επανάληψης γονιδιωμάτων σε όγκους είναι γνωστό ότι παράγεται με την μέθοδο κυλιόμενο αντιγραφή κύκλος του HPV [12]. Ενώ η πρόγνωση των ασθενών με δύο μονά ένταξη αντίγραφο του HPV χωρίς εξαρτήματα επισωμικά και πολλαπλών παράλληλα επανέλαβε την ένταξη ήταν κακή στη μελέτη μας, η βιολογική σημασία αυτής της παρατήρησης πρέπει να αποσαφηνιστεί.

Παρά HPV γονότυπου και αυστηρή πραγματικό time PCR, υπήρχαν 14 ασθενείς με μη ανιχνεύσιμο HPV Ε2 και Ε6 στους όγκους τους, οι οποίοι έδειξαν το χειρότερο ποσοστό επιβίωσης μεταξύ των ομάδων 4 ολοκλήρωσης. Είναι πιθανό ότι οι όγκοι χωρίς HPV DNA μπορεί να αντιπροσωπεύουν εκείνα με περισσότερα χαρακτηριστικά των καρκινικών βλαστοκυττάρων τα οποία στερούνται διαφοροποίησης επιθηλιακών όπου ιικής αντιγραφής περιορίζεται με αντιγραφή αποτυχημένο HPV [13]. Συνεπής με αυτή την υπόθεση, η ανάλυση μικροσυστοιχιών έδειξαν χαμηλή έκφραση των γονιδίων που σχετίζονται με την κερατινοκυττάρων και την διαφοροποίηση των Τ-λεμφοκυττάρων. Επιπλέον, με βάση αυτά τα δεδομένα, είναι επίσης δεδομένο ότι διαφορών μεταξύ των ομάδων στη χρωματίνη αναδιαμόρφωσης μπορεί να επάγει την διαφορική έκφραση των διαφόρων γονιδίων. Ειδικά, τα μόρια που συνδέονται με σηματοδότηση Rho-ΟΤΡάσης μπορεί να συνεισφέρει στην ανάπτυξη σε μεταστατικό φαινότυπο μέσω εξασθένηση της κυτταρικής προσκόλλησης και μορφολογικές μεταβολές όπως EMT (επιθηλιακά-μεσεγχυματικά μετάβαση) στους όγκους με κακή ποσοστά επιβίωσης, όπως προτείνεται στην προηγούμενη μελέτη μας [14] . Περισσότερες μελέτες πρέπει να γίνουν για να αποδείξει αυτή την ιδέα

Τα σημερινά δεδομένα είναι συνεπή με την προηγούμενη εργασία μας, η οποία περιγράφεται υψηλό ιικό φορτίο. (HC2test? Digene Corp) συνδέθηκε έντονα με καλή πρόγνωση, ενώ οι ασθενείς με χαμηλότερο ιικό φορτίο τα πήγε πολύ χειρότερα μετά από ακτινοθεραπεία [8]. Εν ολίγοις, έχουμε καθορίσει τα πρότυπα HPV ολοκλήρωσης χρησιμοποιώντας μια νέα ποσοτική μέθοδο PCR ανάλυσης της στοιχειομετρίας του HPV Ε2 και Ε6 και προσδιορίζεται η σχέση τους με μετα-ακτινοβολία κλινική έκβαση. μοτίβα Ενσωμάτωση βρέθηκαν έτσι να είναι ένας ισχυρός προγνωστικός παράγοντας δείχνει μια καλή συσχέτιση με άλλες γνωστές προγνωστικούς παράγοντες όπως στάδιο, κομβικών κατάσταση, τον τύπο και την κατάσταση ιστολογική διαφοροποίηση. Θα χρειαστεί περαιτέρω μελέτη, χρησιμοποιώντας μεγαλύτερο αριθμό δειγμάτων και επιπλέον μεθόδων εξέτασης των προτύπων HPV ένταξη στον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας για να επιβεβαιώσουν αυτά τα ευρήματα.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.

Primer και αλληλουχίες ανιχνευτή για το γονίδιο Ε2 και Ε6 PCR πραγματικού χρόνου

doi:. 10.1371 /journal.pone.0078995.s001

(DOC)

Πίνακας S2.

Γονίδια τα οποία έδειξαν αύξηση (α) και τη μείωση (β) γραμμική τάση από Ομάδα1 να Group4? Το όνομα, τη λειτουργία, φορές μεταβολής (FC) των γονιδίων και p-value της γραμμικής τάσης φαίνονται κάτω από την ταξινόμηση του γονιδίου οντολογίας

doi:. 10.1371 /journal.pone.0078995.s002

(DOC)