Αφηρημένο

Μοριακή υποτύπους ορώδες καρκίνο των ωοθηκών έχουν περιγραφεί πρόσφατα. Χρησιμοποιώντας στοιχεία από ανεξάρτητες ομάδες δεδομένων, συμπεριλαμβανομένων πάνω από 900 δείγματα πρωτογενούς όγκου, δείχνουμε ότι η απορρύθμιση του

Ας-7

οδός ειδικά συνδέονται με τη μοριακή υπότυπο C5 της ορώδες καρκίνου των ωοθηκών. αριθμός αντίγραφο DNA και γονιδιακή έκφραση του

HMGA2

, αλληλόμορφα του

Ας-7

,

LIN28

,

LIN28B

,

MYC

,

MYCN

,

DICER1

, και

RNASEN

μετρήθηκαν με τη χρήση μικροσυστοιχιών και ποσοτική PCR αντίστροφης μεταγραφάσης. Ανοσοϊστοχημεία εκτελέστηκε σε 127 δείγματα χρησιμοποιώντας μικροσυστοιχίες ιστού και αντι-HMGA2 αντισώματα. Φθορισμός ίη situ υβριδισμού βακτηριακών τεχνητών χρωμοσωμάτων υβριδοποιήθηκαν με 239 όγκους των ωοθηκών χρησιμοποιήθηκε για τη μέτρηση της μετατόπισης στο

LIN28B

τόπο. Σύντομης παρεμβολής RNA knockdown σε κυτταρικές γραμμές ωοθηκών χρησιμοποιήθηκε για να δοκιμαστεί η λειτουργικότητα των ενώσεων που παρατηρήθηκαν. Τέσσερις μοριακή υποτύπους (C1, C2, C4, C5) υψηλής ποιότητας ορώδες καρκίνων των ωοθηκών έχουν γερά εκπροσωπούνται σε κάθε σύνολο δεδομένων και έδειξε παρόμοιο πρότυπο επιβίωσης των ασθενών. Βρήκαμε πολύ ειδική ενεργοποίηση ενός μονοπατιού που περιλαμβάνουν

MYCN

,

LIN28B

,

Ας-7

και

HMGA2

στο μοριακό υπότυπο C5 ορίζονται από

MYCN

ενίσχυση και υπερέκφραση, υπερ-έκφραση του

στόχων MYCN

συμπεριλαμβανομένου του

Ας-7

καταστολέα

LIN28B

, απώλεια

Ας -7

έκφρασης και

HMGA2

ενίσχυση και υπερ-έκφραση.

DICER1

, ένα γνωστό

Ας-7

στόχο, και

RNASEN

ήταν υπερ-εκφράζεται σε όγκους C5. Είδαμε κανένα στοιχείο της μετατόπισης στο

LIN28B

θέση σε όγκους C5. Η αναφερόμενη αλληλεπίδραση μεταξύ

LIN28B

και

Ας-7

ήταν ανακεφαλαιώνει με siRNA νοκ ντάουν σε κυτταρικές σειρές καρκίνου των ωοθηκών. αποτελέσματα συνεργάτης μας απορρύθμιση του

MYCN

και κατάντη των στόχων, συμπεριλαμβανομένων των

Ας-7

και ογκοεμβρυϊκών γονίδια, με ορώδες καρκίνο των ωοθηκών. Ορίζουμε για πρώτη φορά πώς στοιχεία ενός ογκογόνου οδού, που περιλαμβάνει πολλαπλά γονίδια που συμβάλλουν στην βλαστικών ανανέωση των κυττάρων, ειδικά μεταβάλλεται σε ένα μοριακό υπότυπο ορώδους καρκίνου των ωοθηκών. Με τον καθορισμό των προγραμμάτων οδήγησης ενός μοριακού υποτύπου ορώδους καρκίνων των ωοθηκών θα παράσχει μια νέα στρατηγική για την στοχευμένη θεραπευτική παρέμβαση

Παράθεση:. Helland Α, Anglesio MS, George J, Cowin PA, Johnstone ΣΟ, Σπίτι CM, et al . (2011) Απελευθέρωση του

MYCN

,

LIN28B

και

LET7

σε Μοριακή Δευτερεύων των Επιθετική High-Grade υδαρής ωοθηκών. PLoS ONE 6 (4): e18064. doi: 10.1371 /journal.pone.0018064

Επιμέλεια: Patrick Tan, Duke-Εθνικό Πανεπιστήμιο της Σιγκαπούρης Πτυχιούχος Ιατρικής Σχολής, Σιγκαπούρη

Ελήφθη: 18 του Νοεμβρίου 2010? Αποδεκτές: 18η Φεβρουαρίου 2011? Δημοσιεύθηκε: 13η Απριλίου 2011

Copyright: © 2011 Helland et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. AOCS ήταν που υποστηρίζεται από τις Ηνωμένες Πολιτείες Στρατού Ιατρικής Έρευνας και Εντολή υλικού υπό DAMD17-01-1-0729, τα καρκινικά Συμβούλιο Τασμανία, το Ίδρυμα Καρκίνου της Δυτικής Αυστραλίας και το Εθνικό Σύστημα Υγείας και Ιατρικής Έρευνας του Συμβουλίου της Αυστραλίας. Αυτή η έρευνα υποστηρίχθηκε από ένα βικτοριανό επιχορήγηση Επιστημών Ζωής Υπολογισμού Πρωτοβουλία (VLSCI) στην κορυφή Computing Διευκόλυνση της στο Πανεπιστήμιο της Μελβούρνης, μια πρωτοβουλία της Βικτωριανής Κυβέρνησης, καθώς επίσης και από επιχορηγήσεις από το Ίδρυμα Νοσοκομείο Radium και το Ίδρυμα Φρέντρικσεν για καρκίνο των ωοθηκών Έρευνας . Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Η διαχείριση του καρκίνου των ωοθηκών είναι σε μεταβατικό στάδιο. Είναι όλο και περισσότερο εμφανές ότι ο καρκίνος των ωοθηκών είναι μια σύνθετη σειρά διακριτών τύπων όγκων [1], απαιτώντας θεραπείες που στοχεύουν μοριακά χαρακτηριστικά κοινά για τους υποτύπους της νόσου. Υψηλής ποιότητας ορώδες καρκίνους των ωοθηκών (HG-SOC) αντιπροσωπεύουν την πλειοψηφία των θανάτων που σχετίζονται με την ασθένεια. Ενώ τα ποσοστά ανταπόκρισης είναι υψηλά σε πλατίνα ταξάνη επικουρική χημειοθεραπεία βασιζόμενη, υπήρξε μικρή βελτίωση στην επιβίωση των ασθενών κατά την τελευταία δεκαετία ή περισσότερο, παρά την εκτεταμένη κλινική έρευνα [2]. Οι αναστολείς PARP που εκμεταλλεύονται τις ελλείψεις σε ομόλογο ανασυνδυασμό επισκευή [3], [4] έχουν δείξει σημαντική υπόσχεση, ιδιαίτερα σε γυναίκες με βλαστική γραμμή

BRCA1

ή

BRCA2

μεταλλάξεις. HG-SOC σήμερα αντιμετωπίζεται ως ενιαία οντότητα. Η βαθύτερη κατανόηση των μοριακών τους οδηγούς της ασθένειας αυτής είναι απαραίτητη, αν είναι να αναπτυχθούν πιο αποτελεσματικές θεραπείες [2]. Πρόσφατα, το γονίδιο προφίλ έκφρασης αποκάλυψε παραγνωρισμένη ποικιλότητα εντός HG-SOC από οριοθετούν τέσσερις διαφορετικές μοριακές υποτύπους. Μία υποομάδα (C1) ορίστηκε με ένα αντιδραστικό στρώμα υπογραφή, συσχετίζοντας με εκτεταμένη desmoplasia σε τέτοια δείγματα. Όγκοι με την υπογραφή C2 χαρακτηρίζονταν από ενδο-ογκικές διήθηση των ανοσοκυττάρων, ενώ C4 όγκοι είχαν μια σχετικά χαμηλή έκφραση των γονιδίων στρωματικών και υψηλά επίπεδα κυκλοφορούντων CA125. Ο υπότυπος C5 αντανακλούσε μια μεσεγχυματικών κυττάρων γονίδιο υπογραφή έκφρασης, και αυτοί οι όγκοι είχαν αραιή διείσδυση ανοσοκυττάρων και σχετίστηκαν με χαμηλά επίπεδα κυκλοφορούντος CA125 [5]. Οι γενετικές γεγονότα που οδηγούν σε κάθε μοριακό υπότυπο του HG-SOC και να ελέγχουν την κλινική συμπεριφορά τους είναι προς το παρόν άγνωστη.

Ας-7

s είναι μια οικογένεια δώδεκα ακολουθία που σχετίζονται με τις πολύ μικρές (mi ) RNAs που διανέμεται πάνω από οκτώ γονιδιωματικές συμπλέγματα που συχνά κάτω-ρυθμίζονται σε καρκίνο [6], [7], [8].

Let-7

έχει αναδειχθεί ως μέρος ενός συμπλόκου και σημαντικό ρυθμιστικό δίκτυο στον καρκίνο, του οποίου η μειωμένη έκφραση οδηγεί σε εκ νέου έκφραση μιας σειράς ογκοεμβρυϊκών πρωτεϊνών [6], [9]. Όπως και με άλλα miRNAs,

Ας-7

μόρια αναγνωρίζουν και δεσμεύονται με αλληλουχίες-στόχους τους, με αποτέλεσμα τόσο μεταγραφική καταστολή και mRNA φθορά [10], [11], [12]. Σε κυτταρικό επίπεδο,

Ας-7

έχει εκτεταμένες συνέπειες για τη διαφοροποίηση και την αυτο-ανανέωση [13]. Η

HMGA2

γονίδιο είναι ένα μεγάλο χαρακτηρίζεται στόχος του

Ας-7

οικογένεια miRNAs [6], [9], [11], [14] και κωδικοποιεί ένα δεσμευτικό DNA και χρωματίνης τροποποιώντας πρωτεΐνη που ρυθμίζει τόσο την διαφοροποίηση και βλαστικών κυτταρική ανανέωση [15]. Υψηλού επιπέδου έκφραση του HMGA2 έχει επίσης συνδεθεί με κακή έκβαση σε μια σειρά των στερεών καρκίνων, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου των ωοθηκών [16]. Η ισορροπία μεταξύ

HMGA2

και

Ας-7

έκφρασης έχει συνδεθεί με τη συντήρηση μια αδιαφοροποίητη κατάσταση στα καρκινικά κύτταρα [9], [14]. Ένα αρνητικό βρόχου ανάδρασης που περιλαμβάνει υψηλού επιπέδου έκφραση του

Ας-7

καταστολείς,

LIN28

και

LIN28B

, έχει συνδεθεί με πολλαπλές κακοήθειες [14], [17 ], [18]. Τα ογκογονίδια c-Myc και Ν-Myc είναι θετικοί ρυθμιστές της

LIN28

και

LIN28B

, αντίστοιχα [19], [20]. Ως εκ τούτου, η απορρύθμιση των διαφόρων πτυχών μιας οδού που περιλαμβάνει MYC πρωτεΐνες,

Ας-7

καταστολείς

LIN28

και

LIN28B

, διάφορα

Ας-7

αλληλόμορφα και ογκοεμβρυϊκών στόχους, όπως

HMGA2

έχουν αναφερθεί σε μια σειρά από κακοηθειών.

Έχουμε χρησιμοποιηθεί γονιδιωματικής σύνολα δεδομένων από πάνω από 900 HG-SOC για να αποκρυπτογραφήσει τα μονοπάτια που ελέγχουν αυτήν την ασθένεια. Θα δείξουμε ότι το C5 υπότυπος του HG-SOC ορίζεται από

Let7

και

MYCN

de-ρύθμισης, παρουσιάζοντας μια νέα ευκαιρία για την στοχευμένη θεραπευτική παρέμβαση στον καρκίνο των ωοθηκών.

μέθοδοι

δήλωση Ηθικής

Αυτή η μελέτη εγκρίθηκε από τις επιτροπές Ανθρωπίνων Έρευνας Ηθικής του Αντικαρκινικού Κέντρου Peter MacCallum, Queensland Institute of Medical Research του Πανεπιστημίου της Μελβούρνης και όλα τα συμμετέχοντα νοσοκομεία. Γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους συμμετέχοντες σε αυτή τη μελέτη.

Γονιδιωματική σύνολα δεδομένων

δεδομένων γονιδιακής έκφρασης μικροσυστοιχιών λήφθηκε από τέσσερις ομάδες, που αναφέρεται ως AOCS, TCGA, NCI και τη Νορβηγία. Το σύνολο δεδομένων AOCS (n = 285) δημιουργήθηκε χρησιμοποιώντας Affymetrix U133 2.0 συστοιχίες και είναι διαθέσιμο σε Gene Expression Omnibus (GEO). Το σύνολο των δεδομένων του καρκίνου Γονιδιώματος Atlas (TCGA, n = 476) δημιουργήθηκε χρησιμοποιώντας συστοιχίες Affymetrix HTHGU133a, και λαμβάνονται μέσω της δικτυακής πύλης δεδομένων TCGA. Το σύνολο δεδομένων NCI (n = 185) δημιουργήθηκε για συστοιχίες Affymetrix U133a και έλαβε από τον Michael Birrer, Γενικό Νοσοκομείο της Μασαχουσέτης. Το σύνολο των δεδομένων της Νορβηγίας [21], [22] (n = 64) παρήχθη χρησιμοποιώντας συστοιχίες έθιμο cDNA και λαμβάνονται μέσω του εργαστηρίου ενός από εμάς (Α.Η.). Κλινικά λεπτομέρειες για κάθε σύνολο δεδομένων που συνοψίζονται στον Πίνακα S1.

Ασθενείς και δείγματα

Δείγματα για μελέτες ανοσοϊστοχημείας και επικύρωσης RNA λήφθηκαν από την αυστραλιανή ωοθηκών Μελέτης Καρκίνου (AOCS), μια ομάδα με βάση τον πληθυσμό των γυναικών με επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών προσλαμβάνονται μεταξύ 2002-2006 [5]. Όλοι οι ασθενείς υπέγραψαν μια θεσμική-εγκεκριμένο έγγραφο ενημέρωση και συγκατάθεση του ασθενούς. Οι λεπτομέρειες των διαδικασιών για την δεδουλευμένη βάση του ασθενούς, η συλλογή των κλινικών παρακολούθηση πληροφοριών, παθολογικές αξιολόγηση, την απομόνωση των νουκλεϊκών οξέων, και την προετοιμασία των μικροσυστοιχιών ιστού περιγράφηκε προηγουμένως [5].

αναλύει Bioinformatic

Μια λεπτομερής περιγραφή της πολλαπλής βιοπληροφορικής αναλύσεων που χρησιμοποιούνται στην παρούσα έκθεση παρέχεται σε συμπληρωματικές μέθοδοι S1.

Ποσοτική πραγματικό χρόνο αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (Q-RT-PCR)

Μέτρηση της έκφρασης των γονιδίων που κωδικοποιούν ήταν πραγματοποιήθηκε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [23], χρησιμοποιώντας είτε δοκιμασίες έκφρασης γονιδίου TaqMan (Applied Biosystems) ή SYBR πράσινο (Applied Biosystems). PCR ενίσχυση διεξήχθη εις τριπλούν για κάθε δείγμα. Η ενδογενής ελέγχους

HPRT1

και

ACTB

συμπεριλήφθηκαν για όλες τις δοκιμασίες και την σχετική ποσοτικοποίηση της έκφρασης mRNA υπολογίστηκε με τη χρήση του 2

-ΔΔCt μέθοδο [24]. Η έκφραση των ώριμων miRNAs για

Let-7

αλληλόμορφα προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας Δοκιμασία TaqMan miRNA (Applied Biosystems) ακολουθώντας τις οδηγίες του κατασκευαστή. Πρόσθετες λεπτομέρειες, καθώς και τα αστάρια και οι χρόνοι του κύκλου, παρέχονται συμπληρωματικές μέθοδοι S1.

Η ανοσοϊστοχημεία και φθορίζοντος in situ υβριδισμού

έκφραση της πρωτεΐνης HMGA2 μετρήθηκε σε δείγματα HG-SOC σε μικροσυστοιχίες ιστού (n = 127), όπως περιγράφεται στο συμπληρωματικές μέθοδοι S1. Σκορ είχε ως εξής: 0 – όχι /ασθενές ή μέτρια πυρηνική έκφραση, 1 – λιγότερο από 10 κύτταρα% του όγκου με ισχυρή πυρηνική χρώση, 2 – 10-50% κυττάρων όγκου με την ισχυρή πυρηνική χρώση, 3 – πάνω από το 50% των κυττάρων του όγκου με ισχυρή πυρηνική χρώση. Φθορισμού in situ υβριδισμού (FISH) βακτηριακό τεχνητό χρωμόσωμα (BAC) ανιχνευτές για μεταφάσεως πυρήνων όπως περιγράφηκε προηγουμένως [17].

Λειτουργικές δοκιμασίες σε κυτταρικές σειρές

Knockdown (KD) των mRNA στόχου επιτεύχθηκε χρησιμοποιώντας Dharmacon On-Target Plus Smartpools (Dharmacon, Thermo-Scientific) για όλα τα γονίδια, εκτός από

MYCN

, η οποία είχε ως στόχο τη χρήση Qiagen siRNA Hs_MYCN_3 (Qiagen). Έλεγχοι περιλαμβάνονται Dharmafect1 μόνο, Dharmacon μη φίμωση πισίνα ελέγχου,

GAPDH

smartpool, και All-Stars αρνητικός έλεγχος (Qiagen) για

δοκιμασίες MYCN

. Οι λεπτομέρειες των συνθηκών επιμόλυνσης κυτταρικής καλλιέργειας και KD παρέχονται συμπληρωματικές μέθοδοι S1.

Αποτελέσματα

Μοριακή υποτύπων του HG-SOC

Έχουμε αναπτύξει ένα ταξινομητή με βάση τα μοριακά υποτύπους (C1, C2, C4, C5) που προσδιορίζονται στην προηγούμενη μελέτη μας 215 όγκους από την αυστραλιανή μελέτη καρκίνου των ωοθηκών (AOCS) [5]. Χρησιμοποιώντας την ταξινομητής και εποπτεύεται διαδικασία μάθησης, τα δείγματα διαχωρίστηκαν σε μία από τις τέσσερις μοριακών υποτύπους σε σύνολα δεδομένων από τον καρκίνο Γονιδιώματος Atlas (TCGA) (n = 476), Νορβηγία (n = 64) [21], [22] και το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου (n = 185) [25] (Σχήμα 1Α, S1). Συνεπής πρότυπα της γονιδιακής έκφρασης και της κλινικής έκβασης παρατηρήθηκαν σε όλα τα σύνολα δεδομένων. C5 όγκοι συνδέονται σταθερά με την κακή έκβαση σε σύγκριση με τον υπότυπο C2 (Σχήμα 1Β-D). Σημειώνουμε ότι υπήρξε κάποια διακύμανση στην σχετική συχνότητα των μοριακών υποτύπων στα διάφορα σύνολα δεδομένων και αυτό μπορεί να σχετίζεται με διαφορές στα κριτήρια ένταξης που χρησιμοποιούνται σε κάθε μελέτη.

(Α) Heatmap του λαμβάνονται δεδομένα γονιδιακής έκφρασης από AOCS, TCGA, NCI και σύνολα δεδομένων Νορβηγία δείχνει ότι οι όγκοι ταξινομούνται σε 4 μοριακά υποτύπους. Τα γονίδια συγκεντρωμένα από Pearson συσχέτισης και τα δείγματα παραγγείλει από το μοριακό υπότυπο. Ενώ η αρχική K-means clustering από Tothill et al. παρουσιάζεται για την ομάδα AOCS, μια επιβλεπόμενη διαδικασία μάθησης χρησιμοποιήθηκε για την ταξινόμηση των όγκων σε άλλα σύνολα δεδομένων (βλέπε συμπληρωματικές μέθοδοι S1). Οι καμπύλες επιβίωσης (Β) Kaplan-Meier των δειγμάτων απεικονίζονται. Η συνολική επιβίωση χρησιμοποιείται ως το τελικό σημείο σε όλες τις βάσεις δεδομένων. Cox μοντέλο αναλογικών κινδύνων χρησιμοποιείται για τον υπολογισμό στατιστική σημασία της διαφοράς στην επιβίωση μεταξύ όλων των τεσσάρων ομάδων. Log-rank p-τιμή δοκιμής έχει αναφερθεί. (C) Τα δείγματα από όλα τα σύνολα δεδομένων συνενώθηκαν την εκτίμηση των χαρακτηριστικών επιβίωσης. Υπότυποι συγκρίθηκαν με C5 και ρ-τιμή της δοκιμής rank log δίνονται στον πίνακα. Οι καμπύλες (D) Kaplan-Meier σχεδιάζεται για να απεικονίσει τη λειτουργία επιβίωσης των δειγμάτων σε τέσσερις διαφορετικούς υποτύπους μετά την συνένωση των δειγμάτων.

Η

HMGA2 υπερ-έκφραση και Ας-7 προς τα κάτω ρύθμιση

για την ταυτοποίηση του υποτύπου-ειδικών κλάδων εστιάσαμε στην C5 όγκους, οι οποίες χαρακτηρίζονται από μειωμένη κυκλοφορούν ανοσοαντιδραστικότητα CA125, περιορισμένη διείσδυση ανοσοκυττάρων, μια αδιαφοροποίητη φαινότυπο [5], και η κακή συνολική επιβίωση των ασθενών (Σχήμα 1Β).

HMGA2

είναι η πιο έντονα εκφράζεται πάνω C5-ειδικό γονίδιο (AOCS p & lt? 0,0001? TCGA p & lt? 0,0001? ΝΟΙ ρ & lt? 0,0001, δύο όψεων τεστ Mann-Whitney? Σχήμα 2Α, Πίνακας S2). Άλλοι δείκτες της μια αδιαφοροποίητη φαινότυπο που είναι ιδιαίτερα C5-ειδικά περιλαμβάνουν

DACH1

,

ΡΑΧ2

,

LAMA1

,

MYCN

,

SOX11

, καθώς και τα μέλη της ομάδας υψηλού κινητικότητα

TOX

και

TCF7L1

.

Ας-7

γονιδίων στόχων, συμπεριλαμβανομένων των

HMGA2

δεν διέπονται από ρυθμίσεις ειδικά στο μοριακό υπότυπο C5 υψηλής ποιότητας ορώδες καρκίνους. (Α) η έκφραση του mRNA της

HMGA2

είναι σημαντικά υψηλότερη σε μοριακό υπότυπο C5. (Β) Ανοσοϊστοχημική ανάλυση της έκφρασης HMGA2 σε δείγματα καρκίνου των ωοθηκών που δείχνει συνεπής υπερ-έκφραση σε όγκους C5. Παράδειγμα ισχυρών (3+) χρώση (επάνω) και καμία χρώση (κάτω) φάτνωμα. (Γ) Ένα βασικό σύνολο των

Ας-7

ρυθμιζόμενων γονιδίων-στόχων (ογκοεμβρυϊκά γονίδια) που προσδιορίζονται από Boyerinas et al [6] υπερεκπροσωπούνται στη γονιδιακή υπογραφή C5. (D)

Ας-7

γονιδίων στόχων που λαμβάνονται από TargetScan5.0 εμπλουτισμένο σε όγκους C5. Η σημασία της αλληλεπικάλυψης μεταξύ C5-ειδική και

Ας-7

σύνολα γονίδιο στόχο προσδιορίστηκε με την ακριβή δοκιμή μονόπλευρη Fisher. Bar οικόπεδο που απεικονίζει τη συσχέτιση εμφανίζεται. (* Υποδηλώνει ρ & lt? 0.0001)

Η

Ανοσοϊστοχημική ανάλυση έδειξε επίσης ότι C5 όγκοι εκφράζουν σταθερά υψηλά επίπεδα της πρωτεΐνης HMGA2 (-95% σε 3+?. P = 0.02, δύο όψεων ακριβής δοκιμασία του Fisher? Εικόνα 2Β και στον πίνακα S3). Στο επίπεδο πρωτεΐνης, έντονα εκφράζοντας όγκοι ήταν επίσης παρούσα σε άλλους υποτύπους, αν και σε μικρότερη συχνότητα. Τα ευρήματα αυτά υποδηλώνουν ότι ένα συγκεκριμένο μηχανισμό ρύθμισης

HMGA2

έκφραση του mRNA ή της σταθερότητας δραστηριοποιείται κυρίως σε όγκους C5, και ότι οι μετα-μεταγραφική μηχανισμοί μπορεί να επηρεάσει την έκφραση της πρωτεΐνης HMGA2 σε άλλους υπότυπους.

HMGA2

ενίσχυση ήταν πιο συχνή σε C5 όγκους (p = 0,005, Mann-Whitney test? Πίνακας S4). Ωστόσο, αυτό δεν θα μπορούσε να εξηγήσει την πλειονότητα των δειγμάτων που δείχνει C5-ειδική υπερέκφραση, όπως

HMGA2

είναι σημαντικά πάνω από εκφράζεται σε δείγματα C5 χωρίς ενίσχυση του

HMGA2

τόπο (Σχήμα S1). Ως εκ τούτου, ενώ η

HMGA2

ενίσχυσης είναι πιο συχνή σε όγκους C5, ενίσχυση-ανεξάρτητο μηχανισμό (ες) πρέπει να αντιπροσωπεύουν C5-ειδικά υπερ-έκφραση του mRNA και της πρωτεΐνης.

HMGA2

είναι η πιο μεγάλη προβλεπόμενο στόχο του

Ας-7

οικογένεια των microRNA (miRNA) στο γονιδίωμα [6], [9], [11], [14], γεγονός που υποδηλώνει μειωμένη

Ας -7

έκφραση ως εναλλακτική εξήγηση για το πρότυπο του

HMGA2

έκφραση σε όγκους C5. Σύμφωνα με αυτό, παρατηρήσαμε C5-ειδικά υπερ-έκφραση άλλων γονιδίων κανονικά καταστέλλεται από

Ας-7

, συμπεριλαμβανομένου ενός βασικού συνόλου δώδεκα ογκοεμβρυϊκών γονίδια που ορίζεται από Boyerinas

et al.

[6 ] (Σχήμα 2C? p = 4.8 × 10

-8, δύο όψεων ακριβής δοκιμασία του Fisher). Μια ανεξάρτητα προέρχεται σετ γονιδίων από τα 100 πιο υψηλή θέση

Ας-7

γονιδίων στόχων προβλέψει τη χρήση ενός μοντέλου miRNA πρόβλεψη στόχου [26] Επίσης, εμπλουτίστηκε σημαντικά τον υπότυπο C5 (p & lt? 0,0001, μονόπλευρη του Fisher ακριβής δοκιμή) (Σχήμα 2D).

στη συνέχεια μετράται απευθείας έκφραση του

Ας-7

οικογένεια σε δείγματα AOCS χρησιμοποιώντας μια δοκιμασία TaqMan και συνέκριναν τα ευρήματα με δεδομένα miRNA μικροσυστοιχιών από το σύνολο δεδομένων TCGA. Βρήκαμε ότι

Ας-7b

,

-7d

, και

-7i

ήταν σημαντικά κάτω από εκφράζονται σε C5 όγκους σε σύγκριση με άλλους υποτύπους σε αμφότερες τις AOCS και ομάδες TCGA ( Τραπέζι 1).

Ας-7c

,

-7e

και

-7f

ήταν επίσης σημαντικά κάτω από εκφράζονται σε C5 είτε TCGA ή AOCS σύνολα δεδομένων. Η διαφορά μεταξύ των δύο κοόρτες με αυτά τα αλληλόμορφα μπορεί να σχετίζονται με την ευαισθησία της πλατφόρμας δοκιμασίας που χρησιμοποιείται, miRNA μικροσυστοιχίες για δοκιμασίες TCGA και TaqMan για τα δείγματα AOCS.

Η

Απορρύθμιση του Let-7

Θα διερευνηθούν πιθανές αιτίες του χαμηλού επιπέδου έκφραση του

Ας-7

αλληλόμορφα. Γονιδιωματικής διαγραφές, προσδιορίστηκε με συστοιχίες SNP που βασίζεται στο σύνολο δεδομένων TCGA, έδειξε ότι η απώλεια που αφορούν την χρωμοσωμική περιοχή 22q13.31, καλύπτοντας

Ας-7b

και

Ας-7Α3

, ήταν πιο συχνή σε όγκοι C5 (p = 0,018) (Πίνακας S5). Αν και η απώλεια της 22q13.31 μπορεί να ευθύνεται για την μειωμένη έκφραση του

Ας-7b

σε ορισμένους όγκους, δεν θα λαμβάνονται υπόψη οι επιδράσεις που παρατηρούνται με άλλα

Ας-7

αλληλόμορφα, τα οποία είναι κατανεμημένα σε 8 τόποι και είναι πιο πιθανό να απο-ρυθμίζονται στο

trans

. Ελαττώματα σε μηχανήματα επεξεργασίας miRNA, συμπεριλαμβανομένης της μείωσης των επιπέδων του Dicer (

DICER1

) και Drosha (

RNASEN

), έχουν συνδεθεί με κακή έκβαση σε HG-SOC [27], ωστόσο, υψηλότερη έκφραση του

DICER1

παρατηρήθηκε στον υπότυπο C5 (Εικόνα S2).

έχουν DICER1

επίπεδα έχει αποδειχθεί ότι ρυθμίζεται αρνητικά από

Ας-7b

[28], [29], ενδεχομένως να εξηγεί το C5-ειδική υπερέκφραση του

DICER1

.

Lin28 και Lin28B ρυθμίζουν αρνητικά

Ας-7

επίπεδα μέσω σύνδεσης με τις τερματικές θηλιές από τους προδρόμους του

Ας-7

οικογένεια miRNA, επεξεργασία εμποδίζοντας έτσι σε ώριμη miRNAs [17], [30], [31], [32]. Βρήκαμε ότι η έκφραση του

LIN28B

, αλλά όχι

LIN28

, ήταν άκρως εμπλουτισμένο σε όγκους C5 (AOCS p & lt? 0.0001, TCGA p & lt? 0,0001, δύο όψεων Mann Whitney test? Σχήμα 3Α και Εικόνα S2). Μετατόπιση μεταξύ

HACE1

και

LIN28B

έχει προταθεί να οδηγήσει σε απορύθμιση των

LIN28B

και να οδηγήσει σε μειωμένες

Ας-7

επίπεδα [17 ]. FISH σε TMA των 239 όγκους των ωοθηκών, συμπεριλαμβανομένων 73 γνωστών μοριακών υποτύπου βρήκαν στοιχεία για την αναδιάταξη των

HACE1

και

LIN28B

σε ένα μόνο πυρήνα από ένα HG-SOC όγκου άγνωστης μοριακής υποτύπου (Πίνακας S6), γεγονός που υποδηλώνει αυτό το μηχανισμό για

LIN28B

πάνω ρύθμιση είναι σπάνια σε καρκίνωμα ωοθήκης.

(Α) Boxplots απεικονίζουν διαφορική έκφραση του

LIN28B

και

MYCN

σε διαφορετικές μοριακές υποτύπους του ορώδες καρκίνων των ωοθηκών AOCS σύνολο δεδομένων. (Β) επίπεδα αριθμό αντιγράφων του DNA και τα επίπεδα έκφρασης του

MYCN

συσχετίζονται σε μεγάλο βαθμό. δείγματα C5 (κωδικοποιημένα με κόκκινο χρώμα) είναι κυρίως διανέμονται στην πάνω δεξιά γωνία του οικοπέδου. Δείγματα με αναλογία αριθμός κατακερματισμένων αντίγραφο log μεγαλύτερη από 0,3 θεωρήθηκαν για να έχουν κέρδος από

MYCN

και δείγματα με τμηματικές αναλογία καταγραφής λιγότερο από -0.3 θεωρήθηκαν για να έχουν μια απώλεια. ακριβής δοκιμασία του Fisher χρησιμοποιήθηκε για να υπολογιστεί η στατιστική σημαντικότητα του συλλόγου. (C) Σύνδεσης μεταξύ

MYCN

στόχους και τα σύνολα γονιδίων C5.

MYCN

στόχοι παρέκταση από την τομή των δύο καταλόγων γονιδίου, (1) τα γονίδια που δεσμεύονται από Ν-myc σε κυτταρικές σειρές ποντικού εμβρυϊκών και (2) τα γονίδια με 2-πλάσια αύξηση στην έκφραση μετά από επιμόλυνση του Ν-myc σε εμβρυϊκά κύτταρα ποντικού (βλέπε συμπληρωματικές μέθοδοι S1). Χρησιμοποιώντας τα δεδομένα από AOCS ή γονιδιακή έκφραση TCGA θέτει γονίδια χαρακτηρίστηκαν ως υψηλή ή χαμηλή σε C5 όγκους έναντι όλων των άλλων όγκων (C1-C4) σε ρ & lt? 0.001 από δύο όψεων t-test. Η σημασία της επικάλυψης μεταξύ των σετ γονιδίων C5 και

MYCN

γονίδιο σύνολα προσδιορίστηκε με την ακριβή δοκιμή μια μονόπλευρη Fisher. Bar οικόπεδο που απεικονίζει τη συσχέτιση εμφανίζεται.

Η

Απελευθέρωση των

MYCN

Η

Πρόσφατα, τόσο το c-Myc και Ν-myc έχει αποδειχθεί ότι ρυθμίζει

LIN28

και

LIN28B

έκφραση [19], [20], ωστόσο, βρήκαμε καμία διαφορά στην έκφραση του

MYC

μεταξύ C5 και μη-C5 όγκων. Είναι ενδιαφέρον, κέρδος

MYC

ήταν πιο συχνές σε μη-C5 όγκους (ρ & lt? 0,01) (Πίνακας S4). Αντίθετα,

MYCN

ήταν σημαντικά πάνω από εκφράζεται σε όγκους C5 (AOCS p & lt? 0.0001, TCGA p & lt? 0,0001, δύο όψεων δοκιμασία Mann Whitney? Σχήμα 3Α). Στο σύνολο δεδομένων TCGA όπου υπήρχαν διαθέσιμα στοιχεία τόσο του αριθμού αντιγράφων και της έκφρασης,

MYCN

αντιγράψετε κέρδος αριθμός ήταν άκρως εμπλουτισμένο με τον υπότυπο C5 (p & lt? 0,0001, δύο όψεων Mann-Whitney test? Σχήμα 3Β). Ενώ υπήρχε σημαντική συσχέτιση μεταξύ

MYCN

αντιγράψετε τον αριθμό και τη γονιδιακή έκφραση, μερικά δείγματα C5 πάνω εκφράζεται

MYCN

χωρίς ενίσχυση γονιδίου, προτείνοντας άλλους μηχανισμούς του υποτύπου-ειδική ρύθμιση. Περαιτέρω απόδειξη της δραστηριότητας Ν-Μγο ελήφθη με την εξέταση της έκφρασης των γνωστών γονιδίων στόχων στα AOCS και TCGA ομάδες [33]. Και στις δύο σύνολα δεδομένων παρατηρήσαμε μια σημαντική εμπλουτισμό στην έκφραση των γονιδίων στόχων N-Myc σε όγκους C5 (AOCS p & lt? 0.0001, TCGA p & lt? 0,0001, μονόπλευρη ακριβές τεστ του Fisher, Εικόνα 3C), συμπεριλαμβανομένων των trans-ενεργοποίηση του

LIN28B

.

MYCN

και

HMGA2

έκφρασης επίσης ιδιαίτερα σημαντική συσχέτιση (Σχήμα S3). Παρατηρήσαμε πολύ συγκεκριμένες απορρύθμιση των μεμονωμένων μελών του

MYCN-Lin28B-Let7

οδού σε όγκους C5, καθώς και ένα ευρύτερο σύνολο

MYCN

και

Let7

μεταγραφική στόχοι . Για να κατανοήσουμε το βαθμό στον οποίο η

Let7

οδού καθορίζει C5 όγκους, χρησιμοποιήσαμε ένα πρόσφατα περιγράφεται σηματοδότησης ανάλυση των επιπτώσεων της οδού (SPIA) [34] για να εξετάσει άλλες σηματοδότησης εξαρτήσεις οδού. Μεταξύ 87 μονοπάτια σηματοδότησης δοκιμαστεί,

Let7

ήταν η πιο σημαντική ρύθμιση μονοπάτι στο C5 όγκους (Πίνακας S7). Τα γονίδια υπογραφή για όλους τους υποτύπους παρουσιάζονται στον Πίνακα S8.

Λειτουργική ανάλυση των ενώσεων οδού

Για να εξερευνήσετε τη λειτουργική σημασία των ευρημάτων μας σε πρωτογενείς όγκους, ψάξαμε γονιδιακά δεδομένα από 40 κυτταρικές σειρές των ωοθηκών. Α2780 και CH1 προσέγγιση C5 όγκους πιο στενά, καθώς και οι δύο εξέφρασαν χαμηλά επίπεδα του

Ας-7

αλληλόμορφα, και τα υψηλά επίπεδα του

HMGA2

και

LIN28B

(Σχήμα S4A, S4B ). Ωστόσο, μόνο το CH1 εκφράζεται

MYCN

, ούτε γραμμή έδειξαν ενίσχυση του

MYCN

τόπο, και οι δυο εξέφρασαν έντονα

LIN28

, η paralogue του

LIN28B

(Σχήμα S4B, S4C). Μετά από συστηματική knock-down του

LIN28

,

LIN28B

και

MYCN

είμαστε παρακολουθείται έκφραση των

Ας-7

αλληλόμορφα. Και στις δύο Α2780 και CH1 κύτταρα, σε συνδυασμό siRNA knock-down (KD) και των δύο

LIN28

και

LIN28B

είχε ως αποτέλεσμα τη ρύθμιση του συνόλου σχεδόν Ας-7 μέλη της οικογένειας (Σχήμα S5A-Β ), σύμφωνα με προηγούμενες αναφορές [17], [31]. KD του

LIN28B

ήταν γενικά δεν είναι τόσο σημαντική όσο

LIN28

(μέγιστο επιτυγχάνεται 70% KD, σε σύγκριση με & gt? 90% KD) και συνδέθηκε με μικρότερο αντίκτυπο στο

Ας-7

έκφρασης. Από την ιδιαίτερη σημείωση,

Ας-7

up-ρύθμιση μετά από

LIN28 /LIN28B

KD δεν ήταν άμεσα? παρά

LIN28

και

LIN28B

mRNA που καταπιέζεται μέσα σε 48 ώρες,

Ας-7

πάνω ρύθμιση δεν ήταν ανιχνεύσιμη μέχρι 96 ώρες. KD του

MYCN

RNA ήταν δύσκολο να αποκτηθούν (συμπληρωματικές μέθοδοι S1) στην κυτταρική σειρά CH1. Στην καλύτερη περίπτωση η μείωση της έκφρασης mRNA του 60% επιτεύχθηκε (Σχήμα S5B) και μικρή επίδραση στο

LIN28B

ή

Ας-7 παρατηρήθηκε

έκφρασης. Ούτε KD του

LIN28

,

LIN28B

, ούτε

MYCN

είχε σημαντική επίδραση στην πρωτεΐνη HMGA2 ή έκφραση του mRNA (Σχήμα S5c). Ωστόσο, όπως παρατηρείται σε ορισμένους όγκους C5, τα κύτταρα CH1 έχουν την ενίσχυση της

HMGA2

(Σχήμα S4B), γεγονός που υποδηλώνει αυτή τη κυτταρική γραμμή έχει έναν εναλλακτικό μηχανισμό της HMGA2 υπερ-έκφραση.

Συζήτηση

μια εκτεταμένη σειρά πειραμάτων gain- και απώλειας λειτουργίας σε κυτταρικές σειρές έδειξαν μια λειτουργική αλληλεπίδραση μεταξύ Ν-myc και Lin28B [20]? Lin28B και Ας-7 [17], [30], [31], [32]? και ας-7 και HMGA2 και άλλα ογκοεμβρυϊκών πρωτεΐνες [6]. Εδώ έχουμε δείξει ότι κάθε στοιχείο οδός εκφράζεται ειδικά με έναν τρόπο που θα αντιπροσωπεύει την βαθιά υπερέκφραση HMGA2 και άλλων ογκοεμβρυϊκά πρωτεϊνών σε ένα μεγάλο ποσοστό των όγκων C5 (Σχήμα 4, Πίνακας S9). Κέρδος ή υπερ-έκφραση του

MYCN

δεν έχει προηγουμένως συσχετιστεί με ορώδης καρκίνο των ωοθηκών. Ενώ ένα επίπεδο ενίσχυσης δεν είναι τόσο υψηλή όσο περιγράφεται τυπικά σε νευροβλάστωμα [35], βρίσκουμε σημαντική υπερ-έκφραση του Ν-myc γονιδίων-στόχων σε όγκους C5 υποστηρίζοντας την άποψη ότι είναι λειτουργικά ενεργό. Πρόσφατα στοιχεία δείχνουν ότι ακόμα και σε χαμηλά επίπεδα κέρδους αριθμού αντιγράφων του

MYCN

μπορεί να επηρεάσει σημαντικά την έκβαση των ασθενών με μυελοβλάστωμα [36].

MYCN

υπερ-έκφραση ήταν ιδιαίτερα C5-ειδικά και τους μηχανισμούς εκτός από την ενίσχυση είναι πιθανό να συμβάλει σε αυτό

Κάθε περίπτωση είναι σημαντικά εμπλουτισμένη σε C5 έναντι μη-C5 υψηλής ποιότητας ορώδες όγκους.:

MYCN

ενίσχυση p & lt? 0,0001?

MYCN

υπερ-έκφραση p & lt? 0,0001? υπερέκφραση

MYCN

στοχεύει σ & lt? 0,0001?

LIN28B

υπερ-έκφραση p & lt? 0,0001? υπο-έκφραση

Ας-7

αλληλόμορφα p & lt? 0,01 έως 0,0001?

HMGA2

ενίσχυση p & lt? 0.001,

HMGA2

υπερ-έκφραση p & lt? 0,0001 (δεδομένα TCGA). απώλεια σωρευτικά από Let-7b, και /ή κέρδος HMGA2, και /ή κέρδος MYCN συμβαίνουν στο 77,8% των δειγμάτων σε C5 υπότυπο (p & lt? 0.0001, ακριβές τεστ δύο όψεων του Fisher? Πίνακας S4).

είναι πιθανό ότι διάφοροι μηχανισμοί οδηγούν σε

HMGA2

υπότυπο ειδική έκφραση συμπεριλαμβανομένων των

MYCN

ενίσχυση, η απώλεια συγκεκριμένων

Ας-7

αλληλόμορφα συμπεριλαμβανομένων των

Ας -7b

, και ενίσχυση της

HMGA2

ίδια. Για παράδειγμα, στο CH1 κύτταρα

LIN28

και

LIN28B

είναι τόσο πάνω εκφράζονται και να καταστέλλουν

Ας-7

έκφραση, ωστόσο, αυτά τα κύτταρα δείχνουν επίσης

HMGA2

ενίσχυση. Βρήκαμε επίσης μια σημαντική συσχέτιση μεταξύ του μοριακού φαινοτύπου C5 και την απώλεια του

Ας-7b

. Η έκφραση του

Ας-7b

μειώθηκε και στις δύο AOCS και σύνολα δεδομένων TCGA, και είναι αξιοσημείωτο ότι μεταξύ των

Ας-7

αλληλόμορφα,

Ας-7b

έχει προηγουμένως που όπως αναφέρθηκε στο πλαίσιο εκφράζεται σε HG-SOC [37]. Αν και τα διάφορα αλληλόμορφα

Let-7

φαίνεται να στοχεύουν πολύ παρόμοιες ακολουθίες, την παρουσία πολλαπλών ανεξάρτητων γονιδίων, διαφορική έκφραση τους κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης [7] και τα δεδομένα μας υποδηλώνουν εκτελούν επιλεκτική ρόλους.

η υπερ-έκφραση του

MYCN

και

Let-7

στόχων σε όγκους C5 προσθέτει βάρος στη λειτουργική σημασία της ενίσχυσης και υπερ-έκφραση του

MYCN

και ο σημαντική μείωση στην έκφραση του

Ας-7

αλληλόμορφα. Νοκ ντάουν του

LIN28

και

LIN28B

έκφρασης οδήγησε στην εκ νέου έκφραση του

Ας-7 κατασκευαστής παρέχουν πρόσθετα στοιχεία μιας αλυσίδας των αλληλεπιδράσεων σε όγκους των ωοθηκών. Ωστόσο, άλλες καθιερωμένες αλληλεπιδράσεις δεν παρατηρήθηκαν στις κυτταρικές σειρές καρκίνου ωοθήκης δοκιμάστηκαν εδώ. Για παράδειγμα, αν και

HMGA2

είναι ένα καλά καθορισμένο στόχο του

Ας-7

[6], τόσο στο κέρδος και πειράματα απώλειας λειτουργίας, η αποκατάσταση των

Ας-7

έκφραση δεν αισθητά επηρεάσει

HMGA2

έκφρασης. Τα ευρήματα αυτά μπορούν να εξηγηθούν από περιορισμένη πειραματική καταστολή των

LIN28B

και

MYCN

, το γεγονός ότι ούτε οι γραμμές CH1 ούτε κυττάρων Α2780 phenocopy πιστά όλα τα μοριακά ελαττώματα δει C5 όγκους, και η ενίσχυση της

HMGA2

στα κύτταρα CH1. Σημειώνουμε επίσης ότι

Ας-7

έκφραση αποκαταστάθηκε μόνο μετά από μεγάλο χρονικό διάστημα (96 ώρες) του siRNA μεσολάβηση νοκ ντάουν του

LIN28

και

LIN28B

, γεγονός που υποδηλώνει ότι είναι δύσκολο να ξαναρχίσει την οδό αφού έχει ρυθμισμένα προς τα κάτω. Περαιτέρω επικύρωση των ευρημάτων μας, θα απαιτήσει κυτταρικές σειρές που προέρχονται από C5 όγκους που μοιράζονται περισσότερο τα μοριακά χαρακτηριστικά των πρωτογενών ομολόγους τους.

Αν και τα στοιχεία αυτής της οδού να έχει καταδειχθεί προηγουμένως να απο-ρυθμίζονται σε καρκίνο των ωοθηκών [37 ], [38], η έκθεσή μας είναι η πρώτη που δείχνει την πλήρη διακοπή της οδού και η σύνδεσή της με έναν συγκεκριμένο υπότυπο του HG-SOC. Η ανάλυσή μας δείχνει ότι το

Ας-7

οδός είναι μοναδικά εξέχουσα μεταξύ των γεγονότων διαταράσσεται σε όγκους C5 σηματοδότησης, και φαίνεται να sculpt το προφίλ της μεταγραφής τους. Η ταυτοποίηση των μοριακών υποτύπων του καρκίνου του μαστού [39], [40] και ορισμένων αιματολογικών καρκίνων, όπως διάχυτο από μεγάλα Β-κύτταρα λέμφωμα [41], [42], [43] έχουν παράσχει ισχυρές σημεία εκκίνησης για να ανακαλύψουν υπότυπο ειδικών οδηγών ασθένεια. Ταυτόχρονη ρύθμιση προς τα κάτω του

Ας-7

και επαυξημένης

HMGA2

αποτελέσματα έκφρασης σε λιγότερο διαφοροποιημένη όγκους με κύτταρο-όπως χαρακτηριστικά στέλεχος [6], [9], [13], [14], [15]. Αυτές οι παρατηρήσεις συμφωνούν με τη χαμηλή έκφραση των δεικτών διαφοροποίησης C5 όγκους [5], συμπεριλαμβανομένων

MUC 16

, ο στόχος του αντισώματος CA125 χρησιμοποιούνται κλινικά για τη διάγνωση του καρκίνου των ωοθηκών και την πρόγνωση. Η εργασία μας για πρώτη φορά ορίζει ένα μονοπάτι σε HG-SOC που σχετίζεται με και φαίνεται να οδηγεί την βιολογική και κλινική συμπεριφορά ενός ξεχωριστού μοριακού υποτύπου του καρκίνου των ωοθηκών, προτείνοντας μια στοχευμένη θεραπευτική προσέγγιση σε αυτή την ομάδα ασθενών.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

γονίδιο HMGA2 είναι σημαντικά πάνω ρυθμισμένα σε C5 όγκους από TCGA. (Α) mRNA έκφραση του

HMGA2

βασίζεται σε όλα τα δείγματα από TCGA (Β) HMGA2 υπερεκφράζεται σε δείγματα χωρίς ενίσχυση της ενεργητικής HMGA2

doi:. 10.1371 /journal.pone.0018064.s001

(ΔΕΘ)

Εικόνα S2.

έκφραση ενός αριθμού από C5 ειδικών γονιδίων μετρήθηκε χρησιμοποιώντας qRT-PCR. Αυτό γίνεται για να επικυρώσει τα δεδομένα έκφρασης μικροσυστοιχιών από την ομάδα AOCS. Οι Boxplots απεικονίζει την σχέση μεταξύ των επιπέδων έκφρασης αυτών των γονιδίων και μοριακών υποτύπου (C5 ή μη-C5) παρουσιάζεται, οι τιμές ρ υπολογίζονται χρησιμοποιώντας Wilcox στη δοκιμή αθροίσματος κατάταξης

doi:. 10.1371 /journal.pone.0018064.s002

(ΔΕΘ)

Εικόνα S3.

επίπεδα HMGA2 και έκφραση MYCN. Τα επίπεδα (Α) HMGA2 και έκφραση MYCN συσχετίζονται σε δείγματα TCGA.