Αφηρημένο

Ιστορικό

πνεύμονα είναι η κύρια αιτία της νοσηρότητα του καρκίνου. Για να βελτιωθεί η κατανόηση των μοριακών αιτιών της ασθένειας ένα διαγονιδιακό μοντέλο ποντικού διερευνήθηκε όπου στοχευμένη έκφραση της σερίνης θρεονίνης κινάσης c-Raf το αναπνευστικό επιθήλιο επαγόμενη initialy δυσπλασία και ακολούθως αδενοκαρκινώματα. Αυτό επιτρέπει ανατομή των γενετικών γεγονότων που συνδέονται με προκαρκινικές και καρκινικές βλάβες.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Με πληθυσμούς καρκινικών κυττάρων μικροδιατομής λέιζερ συλλέχθηκαν και υποβλήθηκαν σε αναλύσεις έκφρασης ολόκληρο το γονιδίωμα. Συνολικά 473 και 541 γονίδια ήταν σημαντικά ρυθμισμένη, όταν συγκρίθηκαν καρκίνο έναντι διαγονιδιακά και μη διαγονιδιακά κύτταρα, προκαλώντας τρεις διακριτές και ένα κοινό ρυθμιστικό δίκτυο γονιδίων. Σε προχωρημένα στάδια της ανάπτυξης του όγκου παρατηρήθηκε κυρίως καταστολή της έκφρασης του γονιδίου, αλλά τα γονίδια δειχθεί προηγουμένως να είναι προς τα πάνω ρυθμισμένα σε δυσπλασία ήταν επίσης πάνω ρυθμισμένα σε συμπαγείς όγκους. Ρύθμιση των αναπτυξιακών προγραμμάτων, καθώς και τα επιθηλιακά μεσεγχυματικά και μεσεγχυματικά ενδοθηλιακά μετάβαση ήταν ένα σημάδι αίθουσα του αδενοκαρκινώματα. Επιπρόσθετα, γονίδια που κωδικοποιούν για προσκόλληση κυττάρου, δηλαδή οι ιντεγκρίνες και τα σφιχτά και χάσμα πρωτεΐνες διασταύρωση είχαν κατασταλεί, ενώ συνδέτες για υποδοχέα κινάσης τυροσίνης όπως επι- και αμφιρεγουλίνη ήταν ρυθμισμένα προς τα πάνω. Αξίζει να σημειωθεί ότι, Vegfr- 2 και συνδέτη της Vegfd, καθώς και Notch και Wnt καταρράκτες σηματοδότησης ρυθμίζονταν όπως ήταν γλυκοσυλάσες που επηρεάζουν την κυτταρική αναγνώριση. Άλλες οργανωμένες μόρια σηματοδότησης περιλαμβάνονται παράγοντες ανταλλαγή γουανίνη που παίζουν ρόλο σε μια ενεργοποίηση των ΜΑΡ κινασών, ενώ αρκετές καταστολείς των όγκων δηλαδή Mcc, Hey1, Fat3, Armcx1 και Reck ήταν σημαντικά κατασταλεί. Τέλος, θα μπορούσε να εντοπιστεί πιθανή μοριακοί διακόπτες αναγκάζοντας δυσπλαστικών κυττάρων σε κακοήθη μετασχηματισμένα κύτταρα.

Συμπεράσματα /Σημασία

Αυτή η μελέτη παρέχει ενδείξεις για το μοριακό διαταράξεις επιτρέποντας δυσπλασία να προχωρήσουν περαιτέρω σε αδενοκαρκίνωμα που προκαλείται από exaggerted C- δραστηριότητα κινάσης Raf

Παράθεση:. Rohrbeck Α, Borlak J (2009) Cancer Genomics Αναγνωρίζει ρυθμιστικού γονιδίου Δίκτυα συνδέονται με τη μετάβαση από δυσπλασία σε προχωρημένους πνεύμονα αδενοκαρκινώματα Induced από το c-Raf-1. PLoS ONE 4 (10): e7315. doi: 10.1371 /journal.pone.0007315

Συντάκτης: Stefan Maas, Πανεπιστήμιο Lehigh, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 6 Ιούλη του 2009? Αποδεκτές: 13 Σεπ 2009? Δημοσιεύθηκε: 8 Οκτωβρίου, 2009

Copyright: © 2009 Rohrbeck, Borlak. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Εμείς ευγενικά αναγνωρίζουν τη χρηματοδότηση του Υπουργείου Επιστημών και Πολιτισμού, Κάτω Σαξονία, Γερμανία? αριθμός Grant: 25A.5-76251-99-3 /00 Juergen Borlak. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Η κύρια αιτία για τον καρκίνο του πνεύμονα είναι το κάπνισμα τσιγάρων. Περισσότερο από το 80% των ασθενών με καρκίνο του πνεύμονα είτε ενεργά καπνίζουν ή έχουν το κάπνισμα στο παρελθόν, ακόμη και αν άλλοι παράγοντες, όπως η έκθεση σε αμίαντο, ραδόνιο, και γενετικοί παράγοντες μπορούν να συμβάλουν στην ασθένεια, καθώς και. Αξίζει να σημειωθεί ότι, κατά τη στιγμή της διάγνωσης περίπου το ένα τρίτο των ασθενών βρίσκονται ήδη σε προχωρημένο στάδιο IV της νόσου, ως εκ τούτου περιορίζοντας θεραπευτική θεραπευτικές επιλογές, ενώ το 15-20% των ασθενών εμφανίζουν συμπτώματα της νόσου σε πρώιμο στάδιο. Οι όγκοι είναι ταξινομημένα ανά μορφολογική εμφάνιση και χωρίζονται σε μικρές κυττάρων (SCLC) και μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα (NSCLC), με NSCLC που αντιπροσωπεύουν περίπου το 75-80% όλων των καρκίνων του πνεύμονα. Αυτή η ομάδα χωρίζεται περαιτέρω σε πλακωδών κυττάρων (35-40%) και αδενοκαρκινώματα (30-40%), όπου ως το μεγάλο κύτταρο και τα αδιαφοροποίητα μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα αντιπροσωπεύουν το υπόλοιπο υποτύπους [1].

Παρά την εντατική έρευνα τα μοριακά γεγονότα απαραίτητη για την ανάπτυξη του αδενοκαρκινώματα πνεύμονα παραμένουν ασαφείς, ακόμη και αν είναι καλά εδραιωμένη, ότι η ασθένεια περιλαμβάνει την ενεργοποίηση των ογκογονιδίων. Για παράδειγμα, οι μεταλλάξεις K-ras ανιχνεύονται στο 20-30% των αδενοκαρκινωμάτων και αδρανοποίηση των ογκοκατασταλτικών γονιδίων, όπως το ρ53, p16INK4a, και Rb είναι συχνά παρατηρούνται καθώς [2], [3], [4], [5 ]. Ελαττώματα στα μονοπάτια επιδιόρθωσης του DNA και τα σημεία ελέγχου του κυτταρικού κύκλου επιτρέπουν στα κύτταρα του όγκου να συσσωρεύουν μεταλλάξεις που είναι επωφελείς για την ανάπτυξη, την εισβολή και εξάπλωση. Σημαντικής σημασίας είναι η ανώμαλη έκφραση των αυξητικών παραγόντων, υποδοχείς τους, και οδών σηματοδότησης τους, που μπορεί να οδηγήσει σε ανεξέλεγκτη κυτταρική διαίρεση. Για παράδειγμα, ο EGFR διαμεμβρανικός υποδοχέας (υποδοχέας επιδερμικού αυξητικού παράγοντα) εκφράζεται σε υψηλά επίπεδα σε αδενοκαρκινώματα [6]. EGFR και των συνδετών τους, οι νεουρεγκιουλίνες ενεργοποιούν έναν καταρράκτη μεταγωγής σήματος που αφορούν την ενεργοποιημένη από μιτογόνο πρωτεΐνη κινάσης που αποτελεί μια διεγερτική βρόχο αύξηση στον καρκίνο του πνεύμονα [7]. Επιπρόσθετα, η υψηλή δραστικότητα τελομεράσης αναφέρθηκε για πρωτογενή NSCLC ιδιαίτερα σε προχωρημένα στάδια της νόσου, ενώ σε φυσιολογικά αδρανή κύτταρα τελομεράσης δραστηριότητα δεν είναι ανιχνεύσιμη. Υπάρχει ανάγκη να κατανοήσουμε καλύτερα η μοριακή βάση των μελετών tumorigensis και μικροσυστοιχιών είναι καθοριστικό ρόλο στην αποκωδικοποίηση του genom καρκίνο του πνεύμονα. Πρόσφατα, ανέφερε το μοριακό χαρακτηρισμό των πνευμόνων δυσπλασία σε ένα μοντέλο διαγονιδιακού ποντικού c-Raf που αναπτύσσει πνεύμονα αδενοκαρκινώματα [8], [9]. Συγκεκριμένα, το c-Raf είναι μια σερίνη /θρεονίνη κινάση Proteine ​​και άμεση καθοδικός τελεστής της Ras. Ενεργοποιείται να GTP-δεσμευμένη κατάσταση σε απόκριση προς διάφορους συνδέτες μέσω σύνδεσης προς συγγενείς υποδοχείς τους, και εμπλέκεται σε πολλές καταρράκτες σηματοδότησης. Αδικαιολόγητη ενεργοποίηση της Raf σηματοδότησης είναι ένα σημαντικό γεγονός στο αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα και αυτό το μοντέλο ποντικού ανακεφαλαιώνει τις γενετικές γεγονότα που συνδέονται με τα διάφορα στάδια της ανάπτυξης του όγκου, δηλαδή από χαμηλό σε υψηλό βαθμό δυσπλασίας σε εξαιρετικά και λιγότερο διαφοροποιημένα αδενοκαρκινώματα. Υπάρχουν επίσης ενδείξεις για Raf-1 υπερέκφραση σε ανθρώπινα αδενοκαρκινώματα πνεύμονα [10] και σε μια πρόσφατη έκθεση c-Raf δείχθηκε να ανταγωνίζονται απόπτωση που επάγεται από ΙΡΝα σε ανθρώπινα καρκινικά κύτταρα πνεύμονα [11], [12].

σε πρόσφατη μελέτη μας επικεντρώθηκε κυρίως στα ρυθμιστικά δίκτυα γονίδιο που συνδέεται με δυσπλασία και εντόπισε ορισμένες μοριακές αντιδράσεις που θεωρούν ως αστάρωμα παράγοντες για την κακοήθη εξαλλαγή. Εμείς τώρα έκθεση με τα πορίσματά της περίπου 12 μηνών διαγονιδιακά ποντίκια για να αποκτήσουν περαιτέρω πληροφορίες σε προχωρημένα στάδια της νόσου, δηλαδή πέρα ​​από δυσπλασία. Με τη χρήση των κυττάρων του όγκου εκτοξεύοντας λέιζερ πίεση μικροδιατομής (LMPC) χωρίς μόλυνση με φυσιολογικό επιθήλιο, τα αιμοφόρα αγγεία, τα στρωματικά κύτταρα και νέκρωση του όγκου θα μπορούσαν να απομονωθούν. Γονιδίωμα έκφραση ευρύ αναλύσεις των βλαβών όγκου ήταν από σύγκριση με τα διαγονιδιακά αλλά κατά τα άλλα φυσιολογικά κύτταρα ή μη διαγονιδιακά κύτταρα. Συνδυάσαμε μικροδιατομής με γονιδιακής έκφρασης για να προσδιοριστεί διαφορικά εκφρασμένα γονίδια για την αναγνώριση των γονιδίων ρυθμιστικά δίκτυα που σχετίζονται με αδενοκαρκίνωμα. Εμείς εντοπίστηκαν ομάδες γονιδίων που ενεργούν σε συνεννόηση που ειδικά συνδέονται με κακοήθη μετασχηματισμό και εντοπίσαμε υποψήφια γονίδια και τα μονοπάτια που πιθανόν συμβάλλουν στην πρόοδο από πνευμονική δυσπλασία σε καρκίνο. Συνολικά, αυτή η μελέτη προσδιόρισε διάφορα δίκτυα ρυθμιστικών γονιδίων που σχετίζονται ειδικά με την εξέλιξη από δυσπλασία να μεταμορφωθεί κακοήθη αναπνευστικό επιθήλιο.

Αποτελέσματα

ιστολογικές αλλαγές

Όπως SHWON στο Σχήμα 1, δώδεκα μηνών ζώα εμφανίζουν πολυεστιακή ανάπτυξη του όγκου και τυπικά χαρακτηριστικά της αδενοκαρκινώματα πνεύμονα. Οι μορφολογικές ανωμαλίες σχετίζονται με τη δομή των κυττάρων, τον αριθμό των κυττάρων, και κυτταρολογική εμφάνιση του επιθηλίου. Συγκεκριμένα, η τυπική bronchioloar κυλινδρικό επιθήλιο με κάθετα προσανατολισμένα πυρήνας αντικαθίσταται από τα καρκινικά κύτταρα. Τα κύτταρα των όγκων είναι στήλες με πολυγωνικά με υψηλή πυρηνικής να κυτταροπλασματική αναλογίες, σημειώνονται πλειομορφία, και εξέχοντα πυρήνια. Επίσης παρατηρείται σχετίζονται με όγκο απόπτωση Άφθονα μιτωτική δραστηριότητα αλλά.

Οι ιστολογικές αναλύσεις του πνευμονικού ιστού από ποντίκια διαγονιδιακά για πνεύμονα στόχευσης έκφραση της πρωτεΐνης cRaf-1. Lung ιστού από ένα 12-μηνών SP-C-C-Raf ποντικού τεμαχίσθηκαν σε 10 μm, σταθεροποιήθηκαν σε μεθανόλη /acetig οξύ και χρωματίστηκαν με Η &? Ε. Διαπιστώσαμε πολλαπλές εστίες αδενοκαρκινώματος. Α: Επισκόπηση παρουσίαση (μεγέθυνση: × 50), Β: αδενοκαρκίνωμα (μεγέθυνση: × 200).

Η

SAM (Σημασία Ανάλυση μικροσυστοιχίες)

Όταν διαγονιδιακά αλλά κατά τα άλλα αναλλοίωτα κύτταρα του πνεύμονα συγκρίθηκαν με τα καρκινικά κύτταρα συνολικά 473 σημαντικά ρυθμιζόμενων γονιδίων (48 up-ρυθμίζονται και 425 κάτω-ρυθμιζόμενες) προσδιορίστηκαν (συμπληρωματικός Πίνακας S1). Σε μια περαιτέρω σύγκριση των μη διαγονιδιακών κυττάρων του πνεύμονα με καρκινικά κύτταρα 113 έως ρυθμιζόμενα και 428 κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια θα μπορούσαν να αναγνωριστούν (συμπληρωματικός Πίνακας S2). Για τέτοια σύγκριση, ζητήσαμε τουλάχιστον 2-φορές διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων με εκτιμώμενο ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη = 0,001 (Πίνακας 1). Transgenicity μόνη σχετίστηκε με 16 έως ρυθμιζόμενα και 2 κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια (συμπληρωματικός Πίνακας S3). Αναζητήσαμε περαιτέρω για διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων με τη σύγκριση των συνόλων δεδομένων του αδενοκαρκινώματος vs διαγονιδιακών και αδενοκαρκίνωμα vs μη διαγονιδιακά. Σε μια τέτοια σύγκριση 426 γονίδια ρυθμίζονται στο κοινό (Σχήμα 2).

διάγραμμα Venn για σημαντικά διαφορική εκφράζονται γονίδια. Σύγκριση των όγκων και διαγονιδιακών αναλλοίωτο ιστό πνεύμονα με μη διαγονιδιακά δείγματα. 426 γονίδια βρέθηκαν σε όγκο, αντίστοιχα, οι οποίες ήταν τουλάχιστον 2 φορές διαφορικά εκφρασμένων (FDR = 0.001).

Η ανάλυση

Κύρια συνιστώσα (PCA) και ιεραρχική ανάλυση συστάδων γονιδίων (HCA)

Τα επίπεδα έκφρασης αναλύθηκαν από GCOS (GeneChip λογισμικό Λειτουργικό) και το λογισμικό ArrayTrack. Εμείς αρχική εξέτασε τα δεδομένα σε 34.000 γονίδια × 15 δείγματα μήτρας. Το PCA διαχωρίζονται τα δεδομένα σε 3 μεγάλες ομάδες, δηλαδή μη διαγονιδιακά, διαγονιδιακά και αδενοκαρκίνωμα (Σχήμα 3).

ανάλυση κύριων συστατικών των καρκινικών κυττάρων από διαγονιδιακά c-raf μοντέλο SP-C /ποντίκι σε σύγκριση με φυσική πνευμονικό ιστό των διαγονιδιακών και μη διαγονιδιακών ποντικών. κόκκινο, όγκου? μπλε, διαγονιδιακά δείγμα μη-όγκου? πράσινα, μη διαγονιδιακά δείγματα.

Η

Θα πραγματοποιηθεί επίσης αναλύσεις διασποράς ιεραρχική γονιδίων και έψαξε για το πλησιέστερο ζεύγος τιμών έκφρασης 3246 διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων που ομαδοποιούνται. Κατά συνέπεια, τα δεδομένα οργανώνονται σε ένα φυλογενετικό δέντρο στο οποίο τα μήκη υποκατάστημα αντιπροσωπεύουν το βαθμό ομοιότητας μεταξύ των τιμών. Μια σαφής διαχωρισμός των ανέλυσε στοιχεία (αδενοκαρκίνωμα, διαγονιδιακά αλλά αμετάβλητη πνευμονικού ιστού και μη διαγονιδιακά πνευμονικού ιστού) λήφθηκε (Σχήμα 4) και το PCA και HCA ομαδοποιημένα δεδομένα σύμφωνα με τη βιολογική τους κατάσταση. Αντίστοιχα, τα δεδομένα γονιδιακής έκφρασης διαγονιδιακών SP-C /C-Raf πνεύμονα ήταν καλά διαχωριστεί από τα μη διαγονιδιακά και αδενοκαρκινώματος κύτταρα, γεγονός που υποδηλώνει μεγάλη διαφορά μεταξύ αυτών των ομάδων. Χρησιμοποιήθηκαν αυστηρές cut-offs. Με εκτιμώμενο ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη του 0,1 που λήφθηκε στο αδενοκαρκίνωμα 2727 σημαντικά γονιδίων που ρυθμίζονται (895 έως ρυθμιζόμενα και 1832 κάτω-ρυθμιζόμενες) σε σύγκριση με τα διαγονιδιακά αλλά αναλλοίωτη κύτταρα και 3765 γονίδια (1401 έως ρυθμιζόμενα και 2364 κάτω-ρυθμιζόμενες) στο αδενοκαρκίνωμα έναντι μη διαγονιδιακά κύτταρα. Η σύγκριση αυτών των συνόλων δεδομένων που οδήγησαν σε 2631 γονίδια που ρυθμίζονται από κοινού στο αδενοκαρκίνωμα (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Τα κανονικοποιημένα δεδομένα χρησιμοποιήθηκαν για Minimum Variance αλγορίθμου ομαδοποίησης σύνδεση του Ward του. Ένα σύνολο 3246 διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων (μέση ένταση κανάλι & gt? 100, FDR: 0,1, Bad Flags: 5) χρησιμοποιήθηκαν στην δενδρόγραμμα σύμπλεγμα να ληφθεί ένα διαυγές διαχωρισμός των αναλύθηκαν ομάδων (όγκος, διαγονιδιακά και μη διαγονιδιακά). τιμές έκφρασης ήταν το χρώμα που κωδικοποιείται με ένα κόκκινο πράσινο κλίμακα. Green, τα επίπεδα μεταγραφής κάτω από τη μέση? μαύρο, ίσο με το μέσο και το κόκκινο, μεγαλύτερη από μέση.

Η

Διαδρομή ανάλυση σημαντικά εκφρασμένων γονιδίων

Η Ανάλυση (ΜΠΒ), το λογισμικό Ingenuity Μονοπάτια εργαζόταν και πάνω από το 75% των ρυθμιζόμενων γονίδια χαρτογραφήθηκαν σε διαφορετικά δίκτυα στη βάση δεδομένων του ΜΠΒ. Τα δίκτυα αυτά περιγράφουν λειτουργικές σχέσεις μεταξύ των γονιδιακών προϊόντων με βάση τα ευρήματα που παρουσιάζονται σε έγκριτα επιστημονικά επικυρωμένες βιολογικών οδών. Λαμβάνονται συλλογικά, 24 και 30 δίκτυα θα μπορούσαν να οριστούν για τη σύγκριση αδενοκαρκίνωμα vs διαγονιδιακών και αδενοκαρκίνωμα έναντι των μη-διαγονιδιακών κυττάρων. Με βάση την ανάλυση μονοπατιού οι κορυφαίες 4 δίκτυα φτάσει σε ένα σκορ 40 ή υψηλότερο και περιείχαν 20 ή περισσότερα γονίδια σε κάθε ένα από τα δίκτυα του σύγκριση αδενοκαρκινώματος vs κύτταρα διαγονιδιακά (Εικόνα 5 και 6) και σε αδενοκαρκίνωμα έναντι μη διαγονιδιακά κύτταρα (Σχήμα 7 και 8). Αυτό αποδεικνύει την εκτεταμένη σχέση και αλληλεπίδραση μεταξύ των σημαντικά ρυθμιζόμενα γονίδια στον καρκίνο του πνεύμονα. Τα δίκτυα ειδικά συνδέονται με το κυτταρικό σηματοδότηση, κυτταρική προσκόλληση, πολλαπλασιασμό και ανάπτυξη, την εξέλιξη και το μεταβολισμό των λιπιδίων (Συμπληρωματική Εικόνα S1 και S2). Στη συνέχεια, θέλουμε να περιγράψουμε εξέχοντα παραδείγματα.

δίκτυα Ingenuity που δημιουργούνται από τη χαρτογράφηση των γονιδίων εστίασης που εκφράστηκαν διαφορικά μεταξύ του όγκου και διαγονιδιακών αναλλοίωτη πνευμονικό ιστό (μέρος Ι). Κάθε δίκτυο εμφανίζεται γραφικά με γονίδια /γονιδιακών προϊόντων ως κόμβοι (διαφορετικά σχήματα αντιπροσωπεύουν τις λειτουργικές κατηγορίες των γονιδιακών προϊόντων) και οι βιολογικές σχέσεις μεταξύ των κόμβων ως ακμές (γραμμές). Το μήκος μιας ακμής αντανακλά την απόδειξη στη βιβλιογραφία που υποστηρίζουν αυτή τη σχέση από κόμβο σε κόμβο. Η ένταση του χρώματος κόμβου υποδεικνύει το βαθμό της ανάντη (κόκκινο) ή προς τα κάτω ρύθμιση (πράσινο) του αντίστοιχου γονιδίου. Μια συνεχής γραμμή χωρίς βέλος υποδεικνύει αλληλεπίδραση πρωτεΐνης-πρωτεΐνης. Τα βέλη υποδεικνύουν την κατεύθυνση της δράσης (με ή χωρίς σύνδεση) ενός γονιδίου σε ένα άλλο. δίκτυα IPA δημιουργήθηκαν ως εξής: Μετά το φόρτωμα των γονιδίων και των αντίστοιχων τιμών έκφραση φορές αλλαγή (γίνεται ξεχωριστά για όγκο vs διαγονιδιακών και του όγκου έναντι μη διαγονιδιακών διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων), κάθε αναγνωριστικό γονίδιο χαρτογραφήθηκε στο αντίστοιχο αντικείμενο γονίδιο της στην Γνώση IPA Βάση (μέρος του αλγόριθμου ΙΡΑ). Διπλώστε αλλαγή τιμές έκφρασης χρησιμοποιήθηκαν για να υπογράψει τα γονίδια των οποίων η έκφραση ήταν διαφορικά ρυθμιζόμενη? Αυτά τα «γονίδια εστίαση» επικαλύπτονται σε ένα παγκόσμιο μοριακό δίκτυο που περιέχονται στο IPA Γνωσιακής Βάσης. Δικτύων αυτών των γονιδίων εστίασης στη συνέχεια δημιουργούνται αλγοριθμικά βάσει συνδεσιμότητα τους και βαθμολογούνται σύμφωνα με τον αριθμό των γονιδίων εστίασης στο πλαίσιο του δικτύου, καθώς και ανάλογα με τη δύναμη των ενώσεών τους.

Η

δίκτυα Ingenuity παράγεται από χαρτογράφηση τα γονίδια εστίαση που εκφράστηκαν διαφορικά μεταξύ του όγκου και διαγονιδιακών αναλλοίωτη πνευμονικό ιστό (μέρος ΙΙ).

η

δίκτυα Ingenuity που δημιουργούνται από τη χαρτογράφηση των γονιδίων εστίασης που εκφράστηκαν διαφορικά μεταξύ όγκου και μη διαγονιδιακά αναλλοίωτη πνευμονικό ιστό ( μέρος Ι).

η

δίκτυα Ingenuity που δημιουργούνται από τη χαρτογράφηση των γονιδίων εστίασης που εκφράστηκαν διαφορικά μεταξύ όγκου και μη διαγονιδιακά αναλλοίωτη πνευμονικό ιστό (περιγραφές βλέπε Εικ. 6) (μέρος ΙΙ).

αποκλίνοντος κυττάρου σηματοδότησης

Αναζητήσαμε γονιδίων που εμπλέκονται στην κυτταρική σηματοδότηση και βρέθηκαν 6 γονίδια να είναι ρυθμισμένα προς τα πάνω σε αδενοκαρκίνωμα που κυμαίνονται μεταξύ 5,9 έως 28.1 φορές, καθώς και 36 γονίδια να είναι ρυθμισμένα προς τα κάτω που κυμαίνεται μεταξύ -3,8 να -29.4 φορές όταν διαγονιδιακά αλλά μορφολογικά αναλλοίωτη πνευμονικό ιστό συγκρίθηκε. Παρομοίως 5 γονίδια ρυθμισμένα προς τα πάνω μεταξύ 7,4 να 30.0-φορές και 42 γονίδια ρυθμισμένα προς τα κάτω (-4.1 να -35.2 φορές) σε σύγκριση με τα μη διαγονιδιακά πνευμονικού ιστού. Ειδικότερα, Pthlh (ορμόνη πρωτεΐνη παρόμοια ορμόνη παραθυρεοειδούς) ήταν 28,1 φορές up-ρυθμιζόμενη και δείχθηκε να είναι υπεύθυνη για την υπερασβεστιαιμία που σχετίζεται με κακοήθεια [13], αλλά πρόσφατες μελέτες έχουν αποκαλύψει την ανάπτυξη ρυθμιστικές επιδράσεις του [14]. Δίπλα σημαντικά ρυθμιστικά αποτελέσματα επί του ασβεστίου, είναι ένας αυξητικός παράγοντας για κακοήθεις κυτταρικές σειρές πολλών ιστών, συμπεριλαμβανομένων εκείνων του οστού, του νεφρού και του προστάτη [15], [16], [17]. Σημαντικά, υπερβολική παραγωγή Pthlh παρατηρείται συχνά σε κυτταρικές σειρές καρκινώματος του πνεύμονα και βρέθηκε να υπερεκφράζεται σε όλους τους τύπους καρκινώματος του πνεύμονα [18], [19]. Αντίθετα, μεταξύ των κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια αρκετές κώδικας για παράγοντες εναλλαγής νουκλεοτιδίου γουανίνης (GEFs). Σε γενικές γραμμές GEFs τονώσει την αποσύνδεση και την ανταλλαγή των δεσμευμένων ΑΕΠ (γουανοσίνη διφωσφορική) για GTP (γουανοσίνη triphosphat) για Ras απαντώντας σε ανάντη ερεθίσματα. Έτσι, η σύνδεση του GTP ενεργοποιεί πρωτεΐνες RAS. Σε αδενοκαρκίνωμα RasGRP2 είναι -9.3 φορές κάτω-ρυθμίζονται και μια παρόμοια -9,9 φορές κάτω ρύθμιση προσδιορίστηκε σε σύγκριση με μη-διαγονιδιακών κυττάρων. Αξιοσημείωτα, RasGRP2 στοχεύει στην μεμβράνη του πλάσματος με ένα συνδυασμό Ν-τερματική μυριστοϋλίωσης και παλμιτοϋλίωσης [20]. Βρήκαμε RasGRP3 -5.4 φορές κάτω-ρυθμίζονται σε αδενοκαρκίνωμα, σε σύγκριση με τα διαγονιδιακά αλλά κατά τα άλλα αναλλοίωτα κύτταρα και -6,9-φορές κάτω-ρυθμίζονται σε σύγκριση με μη-διαγονιδιακών κυττάρων. Σε αντίθεση με τα ρυθμισμένα προς τα κάτω GEFs βρήκαμε RasGRF1 (RAS γουανίνης παράγοντας νουκλεοτιδίου απελευθέρωσης πρωτεΐνης-ειδικό 1) 11.3-φορές πάνω ρυθμισμένα σε αδενοκαρκίνωμα σε σύγκριση με τα διαγονιδιακά και 25,4 φορές στη σύγκριση αδενοκαρκίνωμα vs μη διαγονιδιακά. Συγκεκριμένα, RasGRF1 είναι ένας παράγοντας ανταλλαγή του ασβεστίου που διεγείρεται για Ras και Rac. Επιπλέον, RasGRF1 είναι ένα υπόστρωμα της κινάσης τυροσίνης Src και φαίνεται ότι ολιγομερισμό RasGRFs απαιτείται για τις βιολογικές λειτουργίες του [21].

Απροσδόκητα, οι Ras ΟΤΡάσης ενεργοποίησης πρωτεΐνες (RasGAPs) δεν ρυθμίζονται σε πνεύμονα αδενοκαρκίνωμα. Παρά το γεγονός ότι και οι δύο πρωτεΐνες RasGEFs και RasGAPs που απαιτούνται για την ολοκλήρωση ενός πλήρους κύκλου ΘΤΡάσης και να επιτρέψει για ένα διακόπτη μεταξύ μιας ανενεργή και ενεργή κατάσταση της Ras, η κατάσταση ενεργοποίησης αυτών των πρωτεϊνών Ras, αλλά όχι το επίπεδο της έκφρασης, μπορεί να καθορίσει τις κυτταρικές επιδράσεις . Επιπλέον, βρήκαμε κάτω-ρυθμίζονται Rho παράγοντες ανταλλαγής νουκλεοτιδίων γουανίνης όπως ArhGEF15 (Rho νουκλεοτιδίων γουανίνης παράγοντα ανταλλαγής 15) (-9,4 φορές αδενοκαρκίνωμα vs διαγονιδιακά /-10,7 φορές αδενοκαρκίνωμα vs μη διαγονιδιακά), ArhGEF10 (συντελεστής ανταλλαγής νουκλεοτιδίων Rho γουανίνη 10) (-5.1-πλάσια αδενοκαρκίνωμα vs διαγονιδιακά /-6,3-πλάσια αδενοκαρκίνωμα vs μη διαγονιδιακά) και η Rho ΟΤΡάσης πρωτεΐνης ενεργοποίησης, ArhGAP20 (Rho ΟΤΡάσης πρωτεΐνης ενεργοποίησης 20) (-6,0 φορές αδενοκαρκίνωμα vs /-8,5-πλάσια αδενοκαρκίνωμα διαγονιδιακά vs μη διαγονιδιακά) που πρόκειται να κατασταλεί. Όπως Ras πρωτεΐνες, αυτές οι πρωτεΐνες Rho ενεργοποιηθεί μέσω εξωκυτταρικών σημάτων που προκαλούν δέσμευση και υδρόλυση του GTP και επαγωγή κατάντη μορίων τελεστών [22].

Δίπλα στα μέλη της οικογένειας GEF παρατηρήσαμε ρύθμιση των μορίων στο Wnt σηματοδοτικό μονοπάτι. Πράγματι, Wnt πρωτεΐνες περιλαμβάνουν μία οικογένεια εκκρινομένων γλυκοπρωτεϊνών που παίζουν διαφορετικούς ρόλους στην ανάπτυξη, τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, των κυττάρων πολικότητα και προσδιορισμός κυττάρων μοίρα [23], [24]. Η δέσμευση του Wnt μορίων στην κατσαρωμένα διαμεμβρανικών υποδοχέων διεγείρει μια ενεργοποίηση της οδού σήματος Wnt. Με την ενεργοποίηση της κανονικής Wnt σηματοδοτικό μονοπάτι ο σχηματισμός της αξίνης του μεσολάβηση πολύπλοκων αποικοδόμησης αναστέλλεται και κυτοσολικές β-κατενίνης είναι σταθεροποιημένη. Όπως η ίδια συνέπεια β-κατενίνης εμπλουτίζει στον πυρήνα για να αλληλεπιδράσει με παράγοντες μεταγραφής της οικογένειας Tcf /Lef. Παρατηρήσαμε Wnt2 (άπτερα σχετίζονται θέση ολοκλήρωσης ΜΜΤν 2) για να είναι -13,8 φορές καταστέλλεται στον καρκίνο και -16,2 φορές κάτω ρυθμιζόμενη σε σύγκριση με μη-διαγονιδιακά κύτταρα. Σημαντικά, τα γονίδια Wnt παίζουν ένα ρόλο ως μεσολαβητές του επιθηλίου-μεσεγχύματος αλληλεπιδράσεις στον αναπτυσσόμενο πνεύμονα. Έχει δειχθεί ότι Wnt2 εκφράζεται κυρίως στο μεσέγχυμα κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης των πνευμόνων [25]. Τα στοιχεία δείχνουν ότι η οδός του σήματος Wnt απαιτείται για τον προσδιορισμό και τη διαφοροποίηση των επιθηλιακών κυττάρων του πνεύμονα [26], [27] και παίζει ένα ρόλο στον καρκίνο του πνεύμονα [28], [29]. Παρ ‘όλα αυτά, οι μεταβολές στο σηματοδοτικό μονοπάτι Wnt στον καρκίνο του πνεύμονα είναι ακόμα ασαφής και μάλλον αμφιλεγόμενη. Για παράδειγμα, έχει αναφερθεί ότι η ανοσοϊστοχημική θετική χρώση β-κατενίνης στον πυρήνα παρατηρήθηκε σε λιγότερο από το 10% των πρωτογενών μη μικροκυτταρικό αδενοκαρκινώματα πνεύμονα και συνδέθηκε με καλύτερη πρόγνωση [30]. Σε αντίθεση, οι εκθέσεις προτείνουν συστατικά της οδού σήματος Wnt στο μεταστατικό καρκίνο του πνεύμονα να επάγεται [27]. Επιπλέον, στο μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα κυτταρική σειρά καρκίνου Η292, β- κατενίνης καθώς και περαιτέρω γονίδια της οδού σήματος Wnt ήταν ρυθμισμένα προς τα πάνω [31]. Παρομοίως, ένα up-ρύθμιση του Wnt5a παρατηρήθηκε στο καρκίνωμα του πνεύμονα και συζητούνται σε σχέση με την εξέλιξη του όγκου [32]. Σε αντίθεση με τα αποτελέσματα μας, Wnt2 αναφέρθηκε να αυξηθεί σε ανθρώπινο μη μικροκυτταρικό ιστούς καρκίνου του πνεύμονα [33]. Παρατηρήσαμε επίσης καταστολή των Tcf21. Αυτή η πρωτεΐνη ανήκει στην οικογένεια των βασικών παραγόντων μεταγραφής έλικας-βρόχου-έλικα και ήταν -17,7 φορές κάτω ρυθμίζονται σε καρκίνο σε σύγκριση με τα διαγονιδιακά και -20,8 φορές σε σύγκριση με μη-διαγονιδιακά. Tcf21 είναι γνωστό ότι Forster διαφοροποίηση των επιθηλιακών κυττάρων δίπλα στο μεσεγχυματικά και είναι ένα κρίσιμο μόριο για την ανάπτυξη των πνευμόνων [34]. Στην πραγματικότητα, συχνά υπερμεθυλίωση υποστηρικτής της Tcf21 αναφέρθηκε στην πρωτογενή αδενοκαρκινώματα πνεύμονα [35].

Εκτός από τροποποιημένα μόρια σηματοδότησης Wnt βρήκαμε Notch μονοπατιού να ρυθμίζονται επίσης. Εγκοπή 4 ήταν -6,8 φορές κάτω ρυθμίζονται σε αδενοκαρκίνωμα σε σύγκριση με διαγονιδιακά και -7.6 φορές κάτω ρυθμιζόμενη στη σύγκριση αδενοκαρκίνωμα έναντι μη διαγονιδιακών. Συγκεκριμένα, τα Notch 4 (γονίδιο ομόλογο Notch 4), ένα μέλος της οικογένειας Notch διαμεμβρανική υποδοχέων εκφράζεται κυρίως σε εμβρυϊκά ενδοθήλιο και σε ενήλικες ενδοθήλιο [36]. Κατά την πρόσδεση του συνδέτη, Delta4, αυτός ο υποδοχέας ενεργοποιείται. Όταν ενεργοποιηθεί, η ενδοκυτταρική υπομονάδα μετατοπίζεται στον πυρήνα και ρυθμίζει τη μεταγραφή πολλών γονιδίων και ρυθμίζει, μεταξύ άλλων, του αγγειακού ενδοθηλιακού αυξητικού παράγοντα κυττάρων (VEGF), ΝΡκΒ και ΗΕδ-1 [37], [38]. Η ενεργοποίηση της σηματοδότησης Notch παίζει σημαντικό ρόλο στην ανάπτυξη και τη συντήρηση των νεοπλασματικών φαινοτύπων [39], [40], [41].

Διαμόρφωση κυτταρικής προσκόλλησης

Βρήκαμε Chl1 (κυτταρικής προσκόλλησης μόριο με ομολογία με L1CAM) ένα μέλος της οικογένειας γονιδίων L1 νευρικών μορίων κυτταρικής προσκόλλησης όπως 20.4-φορές πάνω ρυθμισμένα αλλά έως και 50 γονίδια ρυθμισμένα προς τα κάτω, π.χ. Icam2 (μεσοκυττάριο μόριο προσκόλλησης 2) (-9.4 φορές), Pecam1 (αιμοπεταλίων /ενδοθηλίου μόριο κυτταρικής πρόσφυσης 1) (-5.4 φορές), πώληση (σελεκτίνη, λεμφοκυττάρων) (-8.6 φορές), Cdh5 (καντερίνη 5) ( -8,4-φορές), Itga1 (ιντεγκρίνης άλφα 1) (-4.0 φορές) και Itga8 (ιντεγκρίνης άλφα 8) (-16,1 φορές) σε αδενοκαρκινώματος vs διαγονιδιακά κύτταρα. Συγκεκριμένα, Chl1 είναι ένα μέλος της υπεροικογένειας των ανοσοσφαιρινών των νευρωνικών μορίων κυτταρικής προσκόλλησης και εκφράζεται έντονα στο κεντρικό και περιφερικό νευρικό σύστημα [42], [43], αλλά, έχουν ομόλογα L1 έχουν περιγραφεί για άλλους κυτταρικούς τύπους διαφορετικών προέλευσης, όπως καθώς, όπως ενδοθηλιακά κύτταρα, επιθηλιακά κύτταρα, ινοβλάστες δικτυωτού, και τα κύτταρα του λεμφοειδούς και μυελομονοκυτταρικής προέλευσης [44], [45], [46]. Αρκετές μελέτες συνδέουν L1 να κινητικά διαδικασίες που εμπλέκονται στην κύτταρο όγκου εξαγγείωση και τη διάδοση γλοίωμα στον εγκέφαλο [47]. Πρόσφατες αναφορές συνδέουν έκφραση L1 σε μετάσταση μελανώματος [48] και των καρκινωμάτων των ωοθηκών και της μήτρας που σχετίζονται με την κακή κλινική έκβαση [49] αλλά, ρύθμιση του Chl1 σε καρκίνους του πνεύμονα, είναι νέα και μπορούν να ενεργούν ως συν-υποδοχέα για ιντεγκρίνη και αυξητικούς παράγοντες [50]. Από αυτή την άποψη, Icam2, δηλαδή ένα μέλος της υπεργονιδιακής οικογένειας ανοσοσφαιρίνης των πρωτεϊνών προσκόλλησης που χρησιμεύει ως αντι-υποδοχέα για λευκοκυττάρων λειτουργία που σχετίζεται με αντιγόνο-1 (LFA-1 ή /CD11a /CD18) είναι σημαντικό ενδιαφέρον [51]. Είναι στενά συνδεδεμένη με ICAM1, αλλά έχει μόνο δύο μοιάζουν με Ig εξωκυτταρικά πεδία, σε σύγκριση με τα πέντε περιοχών Ig του ICAM1 [52]. Icam2 κυτταροπλασματική ουρά μπορεί να αλληλεπιδράσει με εζρίνης in vitro. Εζρίνη είναι μέλος του ΜΣΙ (εζρίνης, ραδιξίνη, μοεσίνη και) οικογένεια, η οποία μπορεί να λειτουργήσει ως σύνδεσμος μεταξύ της μεμβράνης πλάσματος και του κυτταροσκελετού της ακτίνης [53]. Πρόσφατα, έχει αναφερθεί, ότι η αυξημένη έκφραση Icam2 σε καρκινικά κύτταρα ενισχύει την πρόσφυση και ενισχύει την κυτταροτοξική δράση των κυττάρων του ανοσοποιητικού, όπως κύτταρα ΝΚ, με αποτέλεσμα τη μείωση της μετάστασης [54]. Βρήκαμε Πώληση (L-σελεκτίνη) να ρυθμίζεται το οποίο κωδικοποιεί για μια πρωτεΐνη λεκτίνης δέσμευσης και είναι γνωστό ότι εκφράζεται από λευκοκύτταρα. Αυτό μόριο προσκόλλησης μεσολαβεί στην αρχική προσκόλληση των λευκοκυττάρων σε ενδοθηλιακά κύτταρα, η οποία επιτρέπει λευκοκύτταρα να κυλήσει κατά μήκος του τοιχώματος των φλεβών [55], [56]. Τα λεμφοκύτταρα και τα ουδετερόφιλα επιδεικνύουν μία αναστρέψιμη απώλεια Πώληση έκφρασης μετά την κυτταρική ενεργοποίηση η οποία προκύπτει από ενδοπρωτεολυτική απελευθέρωση του υποδοχέα από την κυτταρική επιφάνεια [57]. Διαλυτό Sell είναι λειτουργικά ενεργό και είναι παρούσα σε υψηλά επίπεδα στο ανθρώπινο πλάσμα. Οι Μειωμένα επίπεδα της L-σελεκτίνης που παρατηρείται στον ορό των ασθενών που αναπτύσσουν σύνδρομο αναπνευστικής δυσχέρειας ενηλίκων [58]. Έχει αποδειχθεί ότι Sell είναι σε θέση να μεταδίδουν ενδοκυτταρικά σήματα, συμπεριλαμβανομένης της αυξημένης φωσφορυλίωσης τυροσίνης και ενεργοποίηση ΜΑΡ κινάσης σε ουδετερόφιλα [59]. Υπάρχουν αυξανόμενα στοιχεία για Pecam1 ένα μόριο προσκόλλησης κυττάρου να αλληλεπιδρά με integrinα

νβ

3 και παίζει ένα ρόλο στην αγγειογένεση [60]. Επιπλέον, ο σχηματισμός ενδοθηλιακού σωλήνα εξαρτάται από Pecam1 και καντερίνης 5 [61], η οποία, στη μελέτη μας, είχαν ρυθμισμένα προς τα κάτω. Από αυτή την άποψη καντερίνη 5, μια σημαντική καντερίνης στα ενδοθηλιακά κύτταρα, κατά προτίμηση εντοπισμένο στο interendothelial διασταυρώσεις κυττάρου [62]. Οι καντερίνες οργανώνονται σε συνδεσμικές δομές, δηλαδή ενώσεις προσφύσεως. Σε τέτοιες διασταυρώσεις, οι καδερίνες συγκεντρωμένα και συνδέονται μέσω κυτταροπλασματική περιοχή τους με ένα πολύπλοκο δίκτυο κυτταροσκελετικών πρωτεϊνών. Μέσω ομόφιλη αλληλεπιδράσεις τους, παίζουν ένα ρόλο στη διαλογή κύτταρα διαφορετικών καταγωγών κατά την διάρκεια της εμβρυογένεσης, για την ίδρυση κύτταρο πολικότητας, ώστε να διατηρηθεί η μορφολογία του ιστού και της διαφοροποίησης των κυττάρων [63], [64].

Κανονισμός του σφιχτό και χάσμα διασταυρώσεις

Βρήκαμε Cldn5 (κλαουδίνης 5) για να κατασταλεί σημαντικά σε αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα. Μια λειτουργική σχέση έχει προταθεί για να ελέγχουν Cdh5 Cldn5 έκφραση [65]. Συγκεκριμένα, κλαουδίνης 5 είναι μια σημαντική κλαουδίνης προσδιορίζονται στην κανονική ενδοθηλιακά κύτταρα [66], αλλά εκφράζεται επίσης σε τύπου ΙΙ κυψελιδικά επιθηλιακά κύτταρα [67]. Αποτελεί homooligomeres και εντοπίζεται στην περιοχή κορυφαίο-σφιχτό κόμβο και στις δύο βρόγχους και βρογχιόλια [68].

Επιπλέον, πολλές αναφορές δείχνουν ότι ενώσεις προσφύσεως (AJs) και σφιχτό κόμβους να διασυνδεθούν και ότι AJs επηρεάζουν σφιχτό οργάνωση διασταύρωση. Κανονισμός του κλαουδίνης 5 έκφρασης από καντερίνη 5 μπορεί, ως εκ τούτου ενισχύει την στιχομυθία μεταξύ σφιχτό και ενώσεις προσφύσεως για την προώθηση της ανάπτυξης του όγκου και των μεταστάσεων.

Βρήκαμε Cldn2 (13,4 φορές) σημαντικά πάνω ρυθμισμένα σε αδενοκαρκίνωμα. Cldn2 (κλαουδίνης 2), έχει δειχθεί ότι τροποποιούν την εισβολή του όγκου με τη ρύθμιση των μεταλλοπρωτεϊνασών μήτρας (MMPs). Τόσο κλαουδίνης 2 και κλαουδίνης 5 είναι σε θέση να ενεργοποιήσουν τύπου μεμβράνης 1 ΜΜΡ-μεσολάβηση προ-ΜΜΡ-2 επεξεργασίας. Οι εκθέσεις δείχνουν μέλη της κλαουδίνης-οικογένειας που πρέπει να διαμορφώνεται κατά τη διάρκεια ογκογόνο μετασχηματισμό και συνεπώς μπορεί να διαδραματίσει σημαντικό ρόλο στον επηρεασμό της εξέλιξης του όγκου και εισβολή [69], [70].

Εκτός από σημαντική ρύθμιση των γονιδίων που κωδικοποιούν σφιχτό κόμβο μας βρέθηκε η πρωτεΐνη μεσοκυττάριου Gja5 (χάσμα διασταύρωση κανάλι μεμβράνη πρωτεΐνη άλφα 5 ή της λεγόμενης συνδετίνης 40) -7,3-φορές κάτω ρυθμιζόμενη σε αδενοκαρκίνωμα και -8,7-φορές καταστέλλεται σε σύγκριση με μη-διαγονιδιακά κύτταρα. Gja5 είναι μέλος των συνδεσινών και κωδικοποιεί μια πρωτεΐνη διασταύρωση κενό που εκφράζεται υψηλά σε πνεύμονα, αγγειακό ενδοθήλιο, και τα τμήματα του συστήματος καρδιακής αγωγιμότητας [71]. Πρόσφατες μελέτες επιβεβαίωσαν την έκφραση του γονιδίου Gja5 /Cx40 στον πνευμονικό ιστό [72] και ότι Gja5 /Cx40 εκφράστηκε παρόμοια σε φυσιολογικούς πνεύμονες και μικροί όγκοι μεγέθους του πνεύμονα, αλλά και την έκφραση του μειώθηκε σε μεγάλους όγκους μεγέθους [73]. Αξιοσημείωτα, παρεκκλίνουσα μεσοκυττάριου ενδοκυτταρική επικοινωνία είναι ένα σημαντικό χαρακτηριστικό των κακοήθων κυττάρων και επιτρέπει νεοπλασματικά κύτταρα να ξεφύγουν από το ιστο-ειδικό έλεγχο της ανάπτυξης [74], [75].

ρύθμιση των υποδοχέων κινάσης τυροσίνης και τους συνδέτες τους

Αρκετές μελέτες έχουν εξετάσει το ρόλο των υποδοχέων αυξητικού παράγοντα και τους συνδέτες τους στην ενεργοποίηση της Ras. Ως εκ τούτου, ψάξαμε για ρυθμιζόμενες παράγοντες ανάπτυξης και των υποδοχέων τους και παρατηρήθηκαν 5 γονίδια να είναι ρυθμισμένα προς τα πάνω που κυμαίνονται μεταξύ 6,3 έως 26,6 φορές, π.χ. Areg (αμφιρεγουλίνη), ereg (επιρεγουλίνη), και μέχρι 70 γονίδια κάτω ρυθμισμένα (-3.8 έως -29.4 φορές), π.χ. FGF7 (αυξητικό παράγοντα ινοβλαστών 7), FGFR4 (ινοβλαστών υποδοχέα αυξητικού παράγοντα 4), Pdgfb (προερχόμενος από αιμοπετάλια αυξητικός παράγοντας βήτα πολυπεπτίδιο)), Vegfd /Figf (c-fos επάγεται αυξητικό παράγοντα) και VEGFR2 /KDR (υποδοχέας αγγειακού ενδοθηλιακού αυξητικού παράγοντα – 2) όταν διαγονιδιακών αλλά μορφολογικά αναλλοίωτη πνευμονικό ιστό συγκρίθηκε με αδενοκαρκινώματα. Παρομοίως, 12 γονίδια ήταν προς τα πάνω ρυθμισμένα μεταξύ 7,4 έως 598.1 φορές και 71 γονίδια ρυθμισμένα προς τα κάτω (-4.1 έως -30.4 φορές) σε σύγκριση με μη διαγονιδιακά πνευμονικού ιστού. Ειδικότερα, η Areg (αμφιρεγουλίνη) και ereg (επιρεγουλίνη), προσδέματα του υποδοχέα του επιδερμικού αυξητικού παράγοντα (EGFR) ήταν ιδιαίτερα σημαντικά ρυθμισμένη προς τα πάνω (έως και 600 φορές). Έχει προταθεί ότι η αυξημένη έκφραση του Areg και ereg μπορεί να παίζει ένα σημαντικό ρόλο στην ανάπτυξη του όγκου και να οδηγήσουν σε χρόνιες EGFR διέγερση ακολουθούμενη από αυξημένο πολλαπλασιασμό. Πράγματι, επιρεγουλίνη είναι κανονικά καταστέλλεται σε ανθρώπινα κύτταρα αλλά αναφερθεί να ενεργοποιούνται εκτενώς σε όγκους [76], αλλά μια μελέτη έδειξε ότι η ενεργοποίηση του τελομεράσης και επακόλουθη επαγωγή επιρεγουλίνη απαιτούνται για τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων παρατεταμένης [77]. Ομοίως, Areg μεταγραφής εντοπίστηκε σε μία ποικιλία ανθρώπινων όγκων [78]. Είναι σημαντικό ότι, πρόσφατες ενδείξεις υποδηλώνουν Areg να αναστέλλουν την απόπτωση σε μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα σειρές κυττάρων [79]. Εκτός από τη ρύθμιση up-of Areg και ereg σημαντικά, βρήκαμε αυξητικός παράγοντας των ινοβλαστών 7 -5.4 φορές κάτω-ρυθμίζονται σε αδενοκαρκίνωμα και -6,4-φορές κάτω-ρυθμίζονται σε αδενοκαρκίνωμα έναντι των μη-διαγονιδιακών κυττάρων. Επιπλέον, FGFR4 ήταν -15,2 φορές και -18,6-φορές κάτω-ρυθμίζονται σε καρκίνο. Αυτή η μονομερής υποδοχέας κινάσης τυροσίνης μπορεί να διεγείρει αγγειογόνο, μιτογόνες και διαφοροποίηση αποκρίσεις σε κύτταρα [80]. Δυσλειτουργία αυτής της οδού αποδείχθηκε σε αρκετές όγκους, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του πνεύμονα [81], αλλά σε αντίθεση με τη μελέτη μας, τα συστατικά του μονοπατιού σηματοδότησης FGF έχουν αναφερθεί να ρυθμίζεται προς τα πάνω [82].

Σε αυτό το πλαίσιο, βρήκαμε Vegfd