Αφηρημένο

Σωματικές μεταλλάξεις παίζουν σημαντικό ρόλο στην έναρξη και την εξέλιξη του όγκου. Η κατάσταση μετάλλαξης ενός όγκου μπορεί να προβλέψει την πρόγνωση και να καθοδηγήσουν στοχευμένες θεραπείες. Η πλειοψηφία των τεχνικών για τη μελέτη ογκογόνων μεταλλάξεων απαιτούν υψηλή ποιότητα και την ποσότητα του DNA ή αναλυτικά προκλητική. Φασματομετρία μάζας ανάλυση μετάλλαξης που βασίζεται ωστόσο είναι ένα σχετικά απλό και υψηλής απόδοσης μέθοδο κατάλληλη για σταθεροποιημένο με φορμαλίνη, εγκλεισμένα σε παραφίνη (FFPE) υλικό όγκου. έχουν στοχεύσει πάνελ γονίδιο χρησιμοποιώντας αυτήν την τεχνική έχουν αναπτυχθεί για διάφορους τύπους καρκίνου. Αυτά τα τρέχοντα πάνελ καρκίνο hotspot δεν εστιάζονται στα γονίδια που είναι πιο σχετικές με γυναικολογικούς καρκίνους. Σε αυτή τη μελέτη, αναφέρουμε το σχεδιασμό και την επικύρωση ενός based πίνακα μυθιστόρημα, φασματομετρία μάζας ειδικά για γυναικολογικές κακοήθειες και να παρουσιάσει τις συχνότητες της ανιχνεύονται μεταλλάξεις. Χρησιμοποιώντας δεδομένα συχνότητας από το online Κατάλογος των σωματικών μεταλλάξεων στον Καρκίνο, επιλέξαμε 171 σωματικές μεταλλάξεις hotspot στα 13 πιο σημαντικά γονίδια για γυναικολογικών καρκίνων, είναι

BRAF, CDKN2A, CTNNB1, FBXW7, FGFR2, FGFR3, FOXL2, HRAS, KRAS , ΕΡΑ, PIK3CA, PPP2R1A

και

PTEN

. Ένα σύνολο 546 όγκους (205 τραχήλου της μήτρας, του ενδομητρίου 227, 89 των ωοθηκών, και 25 αιδοίου καρκινώματα) χρησιμοποιήθηκαν για τη δοκιμή και την επικύρωση του πίνακα μας, και να μελετήσει την επικράτηση και το φάσμα των σωματικών μεταλλάξεων σε αυτούς τους τύπους καρκίνου. Τα αποτελέσματα επικυρώθηκαν από τη δοκιμή εις διπλούν δείγματα και από αλληλόμορφο-ειδική qPCR. Ο πίνακας που παρουσιάζεται εδώ με χρήση φασματομετρίας μάζας δείχνει να είναι αναπαραγώγιμη και υψηλής απόδοσης, και είναι χρήσιμο σε FFPE υλικό χαμηλής ποιότητας και ποσότητας. Παρέχει νέες δυνατότητες για τη μελέτη μεγάλου αριθμού των γυναικολογικών δείγματα όγκων στην καθημερινή πρακτική, και θα μπορούσε να είναι χρήσιμη σε κατευθυνόμενη επιλογή θεραπείας

Παράθεση:. Spaans VM, Trietsch MD, Crobach S, Stelloo Ε, Kremer D, Osse EM , et al. (2014) Ο σχεδιασμός ενός πάνελ υψηλής απόδοσης σωματική μετάλλαξη Profiling Ειδικά για γυναικολογικά καρκίνους. PLoS ONE 9 (3): e93451. doi: 10.1371 /journal.pone.0093451

Επιμέλεια: Javier Σ Castresana, Πανεπιστήμιο της Ναβάρα, Ισπανία

Ελήφθη: 18, Δεκεμβρίου του 2013? Αποδεκτές: 4 του Μάρτη του 2014? Δημοσιεύθηκε: 26 Μαρτίου 2014

Copyright: © 2014 Spaans et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Οι συγγραφείς δεν έχουν καμία υποστήριξη ή χρηματοδότηση για να αναφέρετε

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Susanne Muller εργάζεται ως επιστήμονας για Sequenom, Αμβούργο Γερμανία. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων να PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

γονιδιώματα του καρκίνου φέρουν σωματικές μεταλλάξεις, και το φάσμα μετάλλαξης διαφέρει ανάλογα με τον τύπο του όγκου και υποτύπου [1] , [2]. Αξιολογώντας ένα ευρύ φάσμα βασικών μεταλλάξεις γονιδίων του καρκίνου σε διαφορετικά καρκίνους έχει τη δυνατότητα για τον εντοπισμό κλινικά σχετικές μεταλλάξεις. Μελέτες του μελανώματος, του πνεύμονα, του παχέος εντέρου, και καρκινώματα του μαστού έχουν δείξει ότι η κατάσταση σωματική μετάλλαξη μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να προβλέψει την πρόγνωση και να καθοδηγήσουν στρατηγικές θεραπείας ογκοειδικό [3] – [6]. Γυναικολογική κακοήθειες αντιπροσωπεύουν το 15-20% όλων των νέων κρουσμάτων καρκίνου στις γυναίκες σε όλο τον κόσμο, και οι αριθμοί συνεχίζουν να αυξάνονται [7], αλλά η καρκινογένεση των γυναικολογικών κακοηθειών είναι ποικίλες και ο ρόλος των σωματικών μεταλλάξεων δεν έχει ακόμη διευκρινιστεί πλήρως, [1].

Κατά την τελευταία δεκαετία, σωματικές μεταλλάξεις και ο ρόλος τους στη στοχευμένη θεραπεία έχουν μελετηθεί σε γυναικολογικές κακοήθειες, αλλά δεν έχει ακόμη στον ίδιο βαθμό όπως και σε άλλους τύπους καρκίνου, όπως του μαστού και του καρκίνου του παχέος εντέρου. Μετάλλαξη των χαρακτηριστικών των γυναικολογικών κακοηθειών μπορεί να εντοπίσει νέες φαρμακευτικών στόχων και να βοηθήσει στην πρόβλεψη πρόγνωση του ασθενούς και την ανταπόκριση του όγκου στη θεραπεία. Η έρευνα έχει αποκαλύψει επικαλυπτόμενες γενετικές αλλαγές, καθώς παρόμοιες πορείες πληγείσα σηματοδότησης στους διάφορους τύπους των γυναικολογικών όγκων [8] – [14]

Κατά τη μελέτη μεγάλου αριθμού υλικού ασθενών, αντιμετωπίζουμε δύο είδη προβλημάτων:. Τεχνική εφαρμοσιμότητα και ειδικότητα όγκου. Σήμερα, μόνο ένας περιορισμένος αριθμός γονιδίων διαλογή στην κλινική πράξη. Αναμένεται ότι ο αριθμός αυτός θα αυξηθεί σημαντικά στο εγγύς μέλλον. Ως εκ τούτου, απαιτείται μια γρήγορη και αξιόπιστη μέθοδος για την ανίχνευση μεταλλάξεων. Αυτή η τεχνική πρέπει να είναι κατάλληλο για το DNA που εξάγεται από φορμαλίνη ενσωματωμένα σε παραφίνη (FFPE) ιστού, η οποία είναι συχνά χαμηλής ποιότητας, ή από μικρές βιοψίες ιστού, η οποία είναι χαμηλής ποσότητας. Matrix υποβοηθούμενη εκρόφησης λέιζερ /ιονισμού χρόνου-πτήσης φασματομετρίας μάζας (MALDI-TOF), έχει αποδειχθεί ότι πληρούν όλα αυτά τα κριτήρια [15] – [17].

Όσον αφορά την ειδικότητα του όγκου, επί του παρόντος, αρκετές ογκογονίδιο πάνελ που βασίζονται σε διαφορετικές τεχνικές είναι (εμπορικώς) διαθέσιμα. Αυτά τα πάνελ έχουν χρησιμοποιηθεί με επιτυχία στη μελέτη μεγάλες ποσότητες δείγματα όγκων, προκειμένου να αντλήσει τα τοπία των σωματικών μεταλλάξεων που χαρακτηρίζουν τους τύπους όγκων [18] – [22]. Μια επιλογή των γονιδίων και μεταλλάξεων που σχετίζονται με τους υποτύπους του όγκου οδήγησε με επιτυχία για τον σχεδιασμό των ειδικών όγκων πάνελ [15], [16], [23]. Μέχρι στιγμής, δεν υπάρχουν διαθέσιμα πάνελ που έχουν σχεδιαστεί ειδικά για να στοχεύσετε γυναικολογικών όγκων. Ως εκ τούτου, έχουμε ως στόχο να αναπτύξει ένα πίνακα μετάλλαξη υψηλής απόδοσης που καθορίζεται για γυναικολογικές κακοήθειες.

Μια μετα-ανάλυση της κοσμικής (Κατάλογος των σωματικών μεταλλάξεων στον Καρκίνο) ηλεκτρονική βάση δεδομένων [24], διεξήχθη για να σχεδιάσουν μια MALDI -TOF βάσης, υψηλής απόδοσης πάνελ μετάλλαξη που καλύπτει σωματικές μεταλλάξεις σε 13 γονίδια που πιο συχνά αναφερθεί ότι εμπλέκεται σε γυναικολογικές κακοήθειες. Δοκιμάσαμε και επικυρωμένες αυτό το πάνελ σε ένα σύνολο 546 τραχήλου της μήτρας, του ενδομητρίου, καρκίνωμα των ωοθηκών δείγματα και του αιδοίου. Εδώ, σας παρουσιάζουμε το σχεδιασμό ενός συγκεκριμένου πίνακα γυναικολογικό καρκίνο και τις συχνότητες των σωματικών μεταλλάξεων που προσδιορίζονται με τη χρήση του.

Υλικά και Μέθοδοι

χρησιμοποιήθηκαν Όλα τα δείγματα ανθρώπινου ιστού σε αυτή τη μελέτη, σύμφωνα με την ιατρική ηθικές οδηγίες που περιγράφονται στον κώδικα για την ορθή Δευτεροβάθμιας χρήση ανθρώπινων ιστών ιδρύθηκε από την ολλανδική Ομοσπονδία Ιατρικών Επιστημών (www.federa.org, μια αγγλική μετάφραση του κώδικα μπορεί να βρεθεί here:

https://www.federa.org/sites/default/files/digital_version_first_part_code_of_conduct_in_uk_2011_12092012.pdf).

Patients λαμβάνουν πληροφορίες σχετικά με τη δευτερογενή χρήση των ιστών που είναι δείγμα για διαγνωστική χρήση. Μπορούν να αντιταχθεί ενεργά σε δευτερεύουσα χρήση. Κατά συνέπεια σε αυτές τις κατευθυντήριες γραμμές, όλα τα ανθρώπινα υλικά που χρησιμοποιήθηκαν στην παρούσα μελέτη έχει ανώνυμα. Λόγω αυτής της διαδικασίας ανωνυμίας, αναδρομική έρευνα δεν απαιτεί δεοντολογική έγκριση από το Διοικητικό συμβούλιο Institutional Review και την άδεια του κάθε ασθενούς δεν είναι απαραίτητη.

σχεδιασμός Πίνακας

Κατ ‘αρχάς, PubMed και κοσμικές [24] αναζητήσεις έγιναν για να επιλέξετε τα γονίδια και μεταλλάξεις για να συμπεριληφθούν στο γυναικολογικές ειδικά πάνελ μετάλλαξη. η επιλογή έγινε με βάση το αν μια μετάλλαξη επανειλημμένα βρέθηκε να μεταλλαχθεί σε γυναικολογικές κακοήθειες. Δεύτερον, προκειμένου να καλύψει ένα μεγάλο ποσοστό των αναφερόμενων παραλλαγών ανά γονίδιο, οι πιο συχνές μεταλλάξεις επελέγησαν για να ληφθεί μια δίκαιη γυναικολογική -tissue-ειδική κάλυψη, καθώς μόνο μεταλλάξεις hotspot ήταν κατάλληλες για την ανάλυση με την τεχνική MALDI-TOF. Επιδιώξαμε να επιλέξετε γονίδια στα οποία τουλάχιστον ένα από τα μελετήθηκαν γυναικολογικών τύπους καρκίνου (π.χ. του αιδοίου, του τραχήλου της μήτρας, του ενδομητρίου ή των ωοθηκών), τουλάχιστον το 30% όλων των αναφερόμενων μεταλλάξεων συνέβη με λιγότερα από 10 διαφορετικά sites στο γονίδιο

Η δημιουργία ενός γυναικολογικές συγκεκριμένη «hotspot» πάνελ γονιδίων -. GynCarta 1,0

Συμβουλευτικές PubMed και κοσμικές βάσεις δεδομένων έδειξε σαφώς την επικάλυψη σε κορυφαία δέκα γονίδια μεταλλαγμένα σε τραχήλου της μήτρας, του ενδομητρίου και του καρκίνου των ωοθηκών. Λίγες μελέτες σωματική μετάλλαξη έχουν διεξαχθεί σχετικά με τον καρκίνο του αιδοίου και ως εκ τούτου για αυτόν τον τύπο του όγκου που επικαλείται συχνότητες βρίσκονται σε παρόμοιους τύπους όγκων (π.χ. καρκίνωμα των πλακωδών κυττάρων του δέρματος σε άλλους δικτυακούς τόπους, καθώς και πλακώδες καρκίνωμα της κεφαλής και του τραχήλου). Επελέγησαν Οι πιο συχνά μεταλλαγμένα γονίδια που πληρούσαν τα κριτήρια ένταξης μας για το πάνελ. Το πρώτο πάνελ που χαρακτηρίζονται «GynCarta 1.0» (Sequenom, Αμβούργο, Γερμανία) αποτελείτο από 89 αναλύσεις (12 πολυπλέκτες) για την ανίχνευση 154 μεταλλάξεις σε 12 γονίδια που πληρούσαν τα κριτήρια ένταξης μας:

BRAF, CDKN2A, CTNNB1, FBXW7, FGFR2, FGFR3, FOXL2, HRAS, KRAS, ΕΡΑ, PIK3CA

, και

PTEN

.

σχεδιασμός δοκιμασία

MySequenom.com σε απευθείας σύνδεση χρησιμοποιήθηκαν εργαλεία σχεδιασμού δοκιμασία για το σχεδιασμό της σωματικές δοκιμασίες ανίχνευσης μετάλλαξης. Εφαρμόστηκε ένα μέγιστο πολλαπλό επίπεδο των 12 δοκιμασίες ανά φρεάτιο. Εάν είναι δυνατόν, οι κορυφές επέκταση μεταλλαγμένο αλληλόμορφο είχαν σχεδιαστεί ως ανιχνεύθηκε για πρώτη φορά κορυφές αλληλόμορφο και τα άγρια ​​αιχμές επέκταση τύπου ως το τελευταίο ανιχνεύεται κορυφές αλληλόμορφο για να μειωθεί ο κίνδυνος των ψευδών θετικών από προσαγωγές αλάτι. Όλες οι δοκιμασίες πιστοποιηθεί σε άγριου τύπου DNA, αρνητικοί μάρτυρες και επιλεγμένα γνωστά θετικά δείγματα μετάλλαξη.

Μετάλλαξη

ανίχνευσης

Ανίχνευση μεταλλάξεων πραγματοποιήθηκε στο Ιατρικό Κέντρο του Πανεπιστημίου του Leiden ακολουθώντας το πρωτόκολλο του κατασκευαστή (Sequenom, Αμβούργο , Γερμανία) όπως περιγράφηκε προηγουμένως [29]. Εν συντομία, άγριου τύπου και μεταλλαγμένου DNA ενισχύθηκε με πολλαπλή PCR. επεξεργασία αλκαλική φωσφατάση γαρίδας αδρανοποιημένο πλεόνασμα νουκλεοτίδια. Μία αντίδραση επέκτασης εναρκτήρα (iPlex Pro) διεξήχθη με μάζα-τροποποιημένα νουκλεοτίδια περατώσεως, και το προϊόν κηλίδα επί SpectroCHIP (Sequenom, Αμβούργο, Γερμανία). Μεταλλαγμένων και άγριου τύπου αλληλόμορφα ήταν τότε διακρίσεις χρήση MALDI-TOF φασματομετρία μάζας.

Η ανάλυση των δεδομένων

Τα δεδομένα αναλύθηκαν με λογισμικό MassARRAY Typer Analyser (Typer 4.0.22, Sequenom, Αμβούργο, Γερμανία). Μεταλλάξεις ανιχνεύθηκαν με ένα ελάχιστο όριο 5% του μεταλλαγμένου κορυφής αλληλόμορφο. Τρεις ερευνητές τύφλωσε τον προσδιορισμό του όγκου επανεξεταστεί το χέρι την έξοδο, και επετεύχθη ένας προσδιορισμός συναίνεση. Οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τα στατιστικά στοιχεία IBM SPSS Data Editor έκδοση 20.0. Οι ανεξάρτητοι μαθητές

t-test

χρησιμοποιήθηκε για σύγκριση βασικής γραμμής μεταβλητές, και ακριβές τεστ του Fisher χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση κατηγορηματική και κανονικά κατανεμημένα αριθμητικά δεδομένα.

P

-τιμές ≤0.05, που αντιστοιχεί στο 95% διαστήματα εμπιστοσύνης, θεωρήθηκαν στατιστικά σημαντικές. Όλες οι δοκιμασίες ήταν αμφίδρομες.

Δείγματα

Κατ ‘αρχάς, ένα σύνολο εκπαίδευσης 51 δείγματα FFPE (26 τραχήλου της μήτρας, του ενδομητρίου 17, 6 ωοθηκών και 2 δείγματα καρκίνου του αιδοίου) χρησιμοποιήθηκε για να δοκιμαστεί η αποτελεσματικότητα του σχεδιασμένου πίνακα. Μετά από μικρές τεχνικές προσαρμογές και βελτιώσεις του πίνακα, ο αριθμός των ασθενών για κάθε τύπο ιστού επεκτάθηκε.

Συνολικά, το DNA από 548 δείγματα όγκων από καρκίνο του τραχήλου (

Ν =

209), του ενδομητρίου (

Ν =

227), των ωοθηκών (

Ν =

89) ασθενείς με καρκίνωμα, και του αιδοίου (

Ν = Τετάρτη 25) απομονώθηκε. Δύο δείγματα καρκίνου του τραχήλου απέτυχε για όλες τις αναλύσεις φασματομετρίας μάζας και αποκλείστηκαν από περαιτέρω αναλύσεις. Οι ακόλουθες παραμέτρους βασικής γραμμής συλλέχθηκαν: ηλικία, ΦΥΓΩ (Διεθνής Ομοσπονδία Γυναικολογίας και Μαιευτικής) στάδιο, ιστοπαθολογική διάγνωση, το βαθμό του όγκου κατά περίπτωση, και των ανθρωπίνων θηλωμάτων (HPV) θετικότητα και πληκτρολογήστε σε περιπτώσεις του τραχήλου της μήτρας και του αιδοίου όγκους (Πίνακας 1)

DNA απομόνωση

DNA απομονώθηκε από μπλοκ ιστό FFPE για 505 δείγματα και από φρέσκο ​​κατεψυγμένο (FF) ιστού για 43 καρκινώματα ωοθηκών. Τρεις έως πέντε πυρήνες διαμέτρου ιστού 0,6-mm μεταβλητού μήκους ελήφθησαν από τα μπλοκ FFPE από μια επιλεγμένη περιοχή που περιλαμβάνει κύτταρα όγκου ~ 70%. Σε 34 δείγματα, κύτταρα όγκου διάχυτα κατανεμημένα, και ως εκ τούτου μικρο-ανατομή διεξήχθη στις 10 τομές 10-μm αιματοξυλίνη-βάφονται για να ληφθεί ένα υψηλό ποσοστό των καρκινικών κυττάρων. απομόνωση DNA πραγματοποιήθηκε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [25] που ακολουθείται από καθαρισμό ΟΝΑ (kit Tissue NucleoSpin, Machery-Nagel, Γερμανία) ή εκτελέστηκε πλήρως αυτοματοποιημένη με τη χρήση της προετοιμασίας συστήματος (Siemens Healthcare Diagnostics, ΝΥ, USA) Tissue [28].

ποιότητα του DNA

DNA όλων των δειγμάτων απομονώθηκε και ελέγχθηκε για την ποιότητα? 493 (90%) δείγματα σκόραρε ≥1 για την ποιότητα του DNA χρησιμοποιώντας PCR, και αυτό θεωρήθηκε επαρκής. Δύο δείγματα, και οι δύο του τραχήλου της μήτρας καρκινώματα με σκορ ποιότητα του DNA του 0, απέτυχε σε όλες τις δοκιμασίες, δίνοντας ένα ποσοστό επιτυχίας 99,99%. Αμφότερα τα δείγματα εξαιρέθηκαν από περαιτέρω ανάλυση. Σε γενικές γραμμές, τα δείγματα με χαμηλή ποιότητα του DNA ήταν πιο πιθανό να αποτύχει σε ορισμένες δοκιμασίες, αλλά 27 από 48 δείγματα (56%) με σκορ ποιότητα του DNA από το 0 αναλύθηκαν με επιτυχία σε όλες τις δοκιμασίες, και 40 από τις 48 (83%) χαμηλής δείγματα ποιότητα αναλύθηκαν επιτυχώς σε περισσότερο από 90% από τις δοκιμασίες. Το ποσοστό που αναλύθηκαν επιτυχώς δείγματα δεν διέφεραν σημαντικά μεταξύ FFPE και κατεψυγμένα δείγματα. Αυτό επιβεβαιώνει ότι η μέθοδος ανίχνευσης μετάλλαξης MALDI-TOF είναι ιδιαίτερα κατάλληλη για την ανάλυση της χαμηλότερης ποιότητας, FFPE-εκχυλισμένο DNA.

Validation

Συνολικά, 546 δείγματα όγκου συμπεριλήφθηκαν σε αυτή τη μελέτη. Για να εκτιμηθεί η αναπαραγωγιμότητα δοκιμασία, 57 (10%) δείγματα ελέγχθηκαν εις διπλούν και ένα άλλο 26 (5%) εις τριπλούν. Από τα αρχικά ανιχνεύθηκαν μεταλλάξεις σε αυτά τα δείγματα, το 95% (40/42) επιβεβαιώθηκε εις διπλούν και 97% (30/31) επιβεβαιώθηκε εις τριπλούν. Μη πρότυπο (

N

= 4) και DNA λευκοκυττάρων άγριου τύπου (

N

= 2) μάρτυρες συμπεριλήφθηκαν σε κάθε multiplex για να ληφθεί αρνητικό και άγριου τύπου φάσματα MALDI-TOF. Επιπλέον, για μια random30% (163 δείγματα),

KRAS

και

PIK3CA

μεταλλάξεις επικυρώθηκαν με χρήση αλληλόμορφο-ειδική qPCR όπως περιγράφηκε προηγουμένως [26] στις 7 παραλλαγές μετάλλαξη του

KRAS

(p.G12C, p.G12R, p.G12S, p.G12V, p.G12A, p.G12D, p.G13D) και 3 παραλλαγές μετάλλαξη του

PIK3CA

(p.E542K, σ. E545K, p.H1047R), και ένα ποσοστό αντιστοιχίας του 99,4% επιτεύχθηκε. (Σχήμα 1) Ο πίνακας GynCarta ανιχνεύεται περισσότερες μεταλλάξεις από αλληλόμορφο ειδικές qPCR έκανε. Αυτό θα μπορούσε να εξηγηθεί από το γεγονός ότι φασματομετρία μάζας είναι σε θέση να ανιχνεύσει μεταλλαγμένα αλληλόμορφα με χαμηλότερη συχνότητα (κάτω στο 5%) από ό, τι αλληλόμορφο-ειδική PCR είναι (μέχρι 20%). Το γεγονός ότι δεν βρήκαμε κανένα μεταλλάξεις στο DNA άγριου τύπου έλεγχο, ή σε οποιοδήποτε από τα H

2O αρνητικών μαρτύρων ενισχύει την πεποίθησή μας ότι αυτές οι πρόσθετες μεταλλάξεις είναι αλήθεια μεταλλάξεις και όχι false positives.

Η αντιστοιχία μεταξύ MALDI-TOF γονοτυπική μετάλλαξη (GynCarta, Sequenom, Αμβούργο, Γερμανία) και αλληλόμορφο-ειδική qPCR για 3

PIK3CA

και 7

KRAS

μεταλλάξεις προσδιορίστηκε για 164 (30% του συνολικού ομάδα των 546 καρκινώματα) δείγματα για την επικύρωση των αποτελεσμάτων. Συμφωνία υπολογίστηκε για όλους τους τύπου άγρια ​​αγώνες άγριου τύπου (1546 συνολικά) και όλους τους αγώνες μετάλλαξη μετάλλαξη (45 συνολικά) σε όλες τις αντιδράσεις (164 * 10, 1640 συνολικά). Αποτυχία αντιδράσεις εξαιρέθηκαν επειδή η σύγκριση δεν ήταν δυνατή (4 * 3 για

PIK3CA

και 4 * 7 για

KRAS

? 40 συνολικά). Αυτό οδήγησε σε μια συμφωνία του (1546 + 45) /(1640-1640) = 0,994. WT = άγριου τύπου? MUT = μεταλλαγμένα.

Η

Βελτίωση του πίνακα και τη δημιουργία GynCarta 2.0

Με τις πρώτες μεταλλάξεων δεδομένα από GynCarta 1.0 και βιβλιογραφικές αναφορές των νέων ογκογόνων μεταλλάξεων, ήμασταν σε θέση να βελτιώσουν την GynCarta 1.0 πίνακα με την αφαίρεση αναλύσεις μεταλλάξεων που δεν ανιχνεύθηκαν (

CDKN2A

D108Y, D108XA, Y108XC?

Y373C FGFR3

, A391E, K650Q, K650E, K650T, K650M, S371C?

KRAS

G13S και

NRAS

G13V, G13A, G13D, G13C, μεταλλάξεις G 13R, G13S) και με την προσθήκη 10 νέων μεταλλάξεων hotspot των ήδη συμπεριληφθεί γονίδια. Με αυτό τον τρόπο, η κάλυψη του

FGFR2

και

PIK3CA

αυξήθηκε από 59% σε 71% και από 72% έως 76%, αντίστοιχα. Περαιτέρω, δοκιμασίες που είχαν αποδειχθεί ότι είναι δύσκολο να ερμηνευθούν εξαιτίας μικρές κορυφές τεχνουργήματος βελτιώθηκαν. Κατά τη διάρκεια της περιόδου δοκιμών και επικύρωσης,

PPP2R1A

, ένα νέο γονίδιο που μας ενδιαφέρει, είχε προκύψει από τη βιβλιογραφία [27] – [29]. Εννέα μεταλλάξεις αυτού του γονιδίου προστέθηκαν επίσης στον πίνακα, δημιουργώντας έτσι «GynCarta έκδοση 2.0. Μια πλήρης επισκόπηση των μεταλλάξεων που περιλαμβάνονται στον πίνακα 2.0 μετάλλαξη GynCarta δίνεται στον πίνακα 2, με τα πρόσθετα δοκιμασίες που αναφέρονται με έντονους χαρακτήρες. Οι δοκιμασίες για GynCarta 2,0 οργανώθηκαν κατά τέτοιο τρόπο, ώστε συνολικά 13 πολυπλέκτες θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί για την ανάλυση της πλήρους πάνελ, συγκεντρώνοντας τις νέες δοκιμασίες στις 4 πολυπλέκτες. Αυτά τα 4 πολυπλέκτες χρησιμοποιήθηκαν για την ανάλυση των 497 δειγμάτων του συνόλου επιβεβαίωσης.

Η

Αποτελέσματα

Οι μεταλλάξεις εντοπίστηκαν χρησιμοποιώντας GynCarta 1.0 και 2.0

Μετάλλαξη του γονότυπου χρησιμοποιώντας GynCarta 1,0 αποκάλυψε 395 μεταλλάξεις σε 273 (50%) δείγματα. Οι πιο μεταλλάξεις ανιχνεύθηκαν σε ενδομητρίου καρκινώματα (177 δείγματα (64%)), ακολουθούμενη από καρκίνωμα ωοθήκης (33 δείγματα (37%)), του τραχήλου της μήτρας καρκινώματα (67 δείγματα (33%)), και του αιδοίου καρκινώματα (5 δείγματα (20% )).

PIK3CA

μεταλλάχθηκε πιο συχνά (122 δείγματα), ακολουθούμενο από

PTEN

(97 δείγματα) και

KRAS

(64 δείγματα). Δεν βρέθηκαν μεταλλάξεις στο

BRAF

και

FOXL2

Η

γονοτυπική μετάλλαξη χρησιμοποιώντας GynCarta 2.0 εντόπισε ένα επιπλέον 36 μεταλλάξεις:. 4 στο

FGFR2

και 5 για

PIK3CA

.

PPP2R1A

μεταλλάξεις ανιχνεύθηκαν σε 27 δείγματα (7 τραχήλου της μήτρας, του ενδομητρίου 18, 2 ωοθηκών και 0 δείγματα του αιδοίου).

Από το πάνελ έκδοση 1.0 και 2.0 είχε κάποια αλληλοεπικάλυψη δοκιμασίες, ήμασταν σε θέση να συγκρίνουν τα αποτελέσματα και των δύο πινάκων. Εμείς δεν εντόπισε καμία αντιφατικά κλήσεις μετάλλαξη, αλλά ήμασταν σε θέση να αναλύσει δοκιμασίες που ήταν δύσκολο να ερμηνευθεί σε GynCarta 1.0 επειδή αυτοί οι προσδιορισμοί είχαν βελτιωθεί σε GynCarta 2.0. Λάβαμε επίσης επιτυχής έξοδος για 3 δείγματα που είχαν αποτύχει σε GynCarta 1.0. Οι συχνότητες μετάλλαξης για κάθε τόπο συνοψίζονται στον πίνακα 3. Το φάσμα μετάλλαξη οπτικοποιείται στο σχήμα 2.

Το φάσμα και τις συχνότητες των μεταλλάξεων που προσδιορίζονται με τη χρήση MALDI-TOF σε 546 γυναικολογικές καρκινώματα. Το φάσμα μετάλλαξη εμφανίζεται (από πάνω προς τα κάτω) για την αυχενική (

N

= 205), του ενδομητρίου (

N

= 227), των ωοθηκών (

N

= 89) και καρκινώματα του αιδοίου (

Ν

= 25). Από αριστερά προς τα δεξιά,

Ν

είναι ο αριθμός των δειγμάτων με τη μετάλλαξη, ‘%’ είναι το ποσοστό των μεταλλαγμένων δείγματα στην ομάδα αυτή, και μπάρες αντιπροσωπεύουν τα ποσοστά γραφικά: μπλε, 4 μεταλλάξεις ανά δείγμα (

N

= 6)? κόκκινο, 3 μεταλλάξεις ανά δείγμα (

Ν =

29)? πράσινο, 2 μεταλλάξεις ανά δείγμα (

Ν =

65)? και κίτρινο, 1 μετάλλαξη ανά δείγμα (

N =

189).

Η

Οι συχνότητες μετάλλαξης ανιχνεύεται συγκρίθηκαν με τις προβλεπόμενες αριθμούς των μεταλλάξεων με βάση τις αναφερθείσες συχνότητες στην COSMIC βάση δεδομένων [23] και διορθώνεται για την κάλυψη πίνακα (Πίνακας 4).

PIK3CA

μεταλλάξεις εντοπίστηκαν δύο φορές τόσο συχνά όπως προβλέπεται στον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας (

Ν

= 23 προβλέψει και

Ν = ανιχνεύεται

51) και στον καρκίνο του ενδομητρίου (

Ν

= 32 προβλέψει και

ανιχνευθεί Ν =

71).

PTEN

μεταλλάξεις ανιχνεύθηκαν επίσης πιο συχνά στον καρκίνο του ενδομητρίου από ότι είχε προβλεφθεί (

Ν =

35 προβλεφθεί και

Ν =

104 ανιχνεύεται). Ωστόσο, κανένας

PTEN

μεταλλάξεις εντοπίστηκαν στον καρκίνο του αιδοίου, αν και

Ν =

8 μεταλλάξεις είχαν προβλεφθεί [19].

Η

Επιπλέον, κανένα

BRAF

ή

FOXL2

μεταλλάξεις ανιχνεύτηκαν στην ομάδα αυτή, παρά την υψηλή κάλυψη και των δύο γονιδίων από τον πίνακα. Αυτό θα μπορούσε να εξηγηθεί από το γεγονός ότι

FOXL2

συνδέεται στενά με κοκκιωδών κυττάρων όγκων της ωοθήκης [30], ένας υπότυπος του καρκίνου των ωοθηκών, που εξαιρέθηκε από κοόρτη μελέτη μας.

GynCarta 2.0 μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τη διαφοροποίηση τύπους όγκων

Μια οπτική απεικόνιση που συνοψίζει τις συχνότητες μετάλλαξης στα διάφορα είδη όγκων απεικονίζεται στο σχήμα 2. Όπως φαίνεται στο σχήμα 2, γυναικολογικές όγκοι παρουσιάζουν σημαντική επικάλυψη σε σωματικές μεταλλάξεις, αν και συγκεκριμένα προφίλ ιστό μπορεί επίσης να εκτιμηθεί.

ενδομητριακών καρκίνων έχουν την υψηλότερη συχνότητα μετάλλαξης, με 78% των δειγμάτων που φέρουν τουλάχιστον μία μετάλλαξη. Όπως είχε προβλεφθεί, τα πιο συχνά μεταλλαγμένων γονιδίων σε γυναικολογικούς καρκίνους είναι γονίδια του μονοπατιού ρΑΚΤ /mTOR, αλλά σε αυτή την οδό, οι μεταλλακτικές συχνότητες ποικίλλουν μεταξύ των διαφόρων τύπων όγκου. Για τον καρκίνο των ωοθηκών,

KRAS

είναι η πιο συχνά μεταλλαγμένο γονίδιο (18%), ενώ

PIK3CA

επηρεάζεται κυρίως στον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας (24%) και

PTEN

στην ενδομητρίου καρκίνο (39%). Παρά το γεγονός ότι οι αριθμοί των αιδοίου καρκινώματα που περιλαμβάνονται είναι μικρό, του αιδοίου καρκίνος φαίνεται να έχει μια διαφορετική μεταλλάξεων φάσμα σε σύγκριση με άλλες γυναικολογικές κακοήθειες με

CDKN2A

(12%) και

HRAS

(8%) πιο επηρεάζονται συχνά.

Μια ενδιαφέρουσα διαφορά μπορεί να παρατηρηθεί κατά τη σύγκριση

PIK3CA

κατανομή μεταξύ των καρκίνων του τραχήλου και τους άλλους τύπους όγκων. Σε ενδομητρίου (και τον καρκίνο των ωοθηκών),

PIK3CA

μεταλλάξεις βρίσκονται πιο συχνά σε hotspots βρίσκεται στο εξόνιο 9 και εξόνιο 20, με μια ομοιόμορφη κατανομή μεταξύ αυτών των εξωνίων (33% και 45%). Στον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας, ωστόσο, οι μεταλλάξεις συμβαίνουν σχεδόν αποκλειστικά σε τόπους επί εξώνιο 9 (47 από 50 (94%)

PIK3CA

μεταλλάξεις). Αυτή η σαφής διαφορά (

σ

& lt? 0.0001) μπορεί να χρησιμοποιηθεί στην κλινική πράξη, κατά τη διαφοροποίηση πρωτοπαθή καρκίνο του τραχήλου της μήτρας από πρωτοπαθή καρκίνο του ενδομητρίου

Συζήτηση

Η ζήτηση για τον καρκίνο εξατομικευμένη. θεραπεία έχει αυξηθεί τα τελευταία χρόνια. Νέες τεχνικές προσδιορισμού του γονότυπου επιτρέπουν όγκους που πρέπει να χαρακτηριστούν με βάση την γενωμική προφίλ τους, το οποίο έχει αποκαλύψει νέους στόχους για θεραπεία όγκου-ειδική, υπό την προϋπόθεση γνώσεις σχετικά ανταπόκριση του όγκου σε χημειοθεραπεία και η radiotherapies, και βοήθησε να προβλέψει έκβαση των ασθενών [3] – [6], [ ,,,0],9], [12], [14]. Γυναικολογική κακοήθειες αντιπροσωπεύουν το 15-20% όλων των κακοηθειών στις γυναίκες παγκοσμίως [7]. Οι κλινικές επιπτώσεις των σωματικών μεταλλάξεων σε διάφορες γυναικολογικές κακοήθειες δεν είναι ακόμη πλήρως κατανοητοί. Στην παρούσα μελέτη, σχεδιάσαμε ένα πάνελ που είναι εξαιρετικά ειδικό για ένα ευρύ φάσμα των γυναικολογικών καρκίνων, για να διερευνηθεί το όγκο-ειδικό φάσμα μετάλλαξη 162 μεταλλάξεις 13 γονιδίων. Χρησιμοποιώντας αυτό το πάνελ, βρήκαμε ότι σε αυτή τη σειρά σωματικές μεταλλάξεις ήταν παρόντα στο 36% του συνόλου του τραχήλου της μήτρας καρκινώματα, σε 78% του ενδομητρίου καρκινώματα, στο 37% των ωοθηκικών καρκινωμάτων και στο 20% των αιδοίου καρκινωμάτων.

Σωματικά τα φάσματα μετάλλαξης ερευνήθηκαν προηγουμένως σε γυναικολογικούς καρκίνους επίσης τη χρήση MALDI-TOF [17], [18], [22], [31] – [33]. Ωστόσο, οι περισσότερες από αυτές τις μελέτες χρησιμοποίησαν γενικός πάνελ γονίδιο του καρκίνου βασίζεται στις δεδηλωμένες συχνότητες σε όλους τους συμπαγείς όγκους ή να χρησιμοποιηθούν προϋπάρχουσες πάνελ που έχουν σχεδιαστεί για γενική ογκολογία [17], [22], [31] – [33]. Αυτές οι προϋπάρχουσες, εμπορικά διαθέσιμα πάνελ δεν έχουν ρυθμιστεί με το πεδίο των γυναικολογικών ογκολογία, με το μειονέκτημα ότι περιέχει γονίδια που δεν εμπλέκονται σε γυναικολογικούς καρκίνους όπως

FLT3

και

KIT

, ή παραλείποντας γονίδια που έχουν δείξει ότι εμπλέκονται σχετικά συχνή σε γυναικολογικού καρκίνου, όπως

PIK3CA

. Ως εκ τούτου, δημιουργήσαμε ένα πάνελ μετάλλαξη MALDI-TOF-based σχεδιαστεί ειδικά για να ανιχνεύσει ένα ευρύ φάσμα από τα πιο κοινά μεταλλάξεις hotspot που έχουν αναφερθεί σε διάφορους τύπους των γυναικολογικών όγκων. Παρόμοια πάνελ μετάλλαξη έχουν σχεδιαστεί ειδικά για μελανώματα, καρκινώματα του παχέος εντέρου και του μη μικροκυτταρικού καρκίνου του πνεύμονα [15], [16], [20]. Με τη χρήση ενός γυναικολογικές συγκεκριμένο πίνακα, μελετήσαμε μόνο σχετικές μεταλλάξεις, συμπεριλαμβανομένων, για παράδειγμα

PIK3CA

και

PPP2R1A

που δεν ενσωματώνονται σε γενικές γραμμές πάνελ, όπως η OncoCarta (Sequenom, Αμβούργο, Γερμανία) και με μια καλύτερη και πιο συγκεκριμένη κάλυψη (π.χ. για

CTNNB1

). Ως αποτέλεσμα, οι αναφερόμενες συχνότητες του γονιδίου-συμμετοχή μπορεί να διαφέρουν σημαντικά. Για παράδειγμα, στη σειρά του καρκίνου του ενδομητρίου, μια

KRAS

ρυθμός μετάλλαξης 17% ανιχνεύθηκε. Αυτό έρχεται σε αντίθεση με τη μελέτη των Cote et al [32] ότι, χρησιμοποιώντας ένα γενικό ογκο-panel, αναφέρει μια

KRAS

ρυθμός μετάλλαξης μόνο 1% σε καρκίνο του ενδομητρίου. Από άλλες μελέτες που χρησιμοποιούν διαφορετικές τεχνικές, είναι γνωστό ότι το

KRAS

είναι μεταλλαγμένο σε 15-20% όλων των καρκίνων του ενδομητρίου [18], [34]. Αυτό το παράδειγμα δείχνει ότι η αξιοπιστία των μελετών χρησιμοποιώντας μια προσέγγιση MALDI-TOF επηρεάζεται σοβαρά από την επιλογή και την έκταση της κάλυψης των γονιδίων που ενσωματώνονται στον πίνακα.

Ικανοποιητική κάλυψη από τα γονίδια στο πάνελ μας επιτεύχθηκε για οι μεταλλάξεις που μελετήθηκαν, και τα φάσματα μετάλλαξης που παράγεται σε αυτή τη μελέτη είναι έτσι μια αξιόπιστη αναπαράσταση των συχνοτήτων μετάλλαξης σε γυναικολογικές κακοήθειες στα γονίδια που επιλέγονται για αυτόν τον πίνακα. Ωστόσο, ορισμένα σχετικά γονίδια, όπως

ΤΡ53

και

ARID1a

, [8], [13], [34] – [39] δεν περιελήφθησαν στον πίνακα μας, επειδή δεν το έκαναν εκπληρώσει το κριτήριο του «γονιδίου hotspot». Και τα δύο γονίδια έχουν μεταλλάξεις διάσπαρτα ευρέως σε όλο το γονίδιο και συνεπώς δεν είναι κατάλληλο για μια προσέγγιση MALDI-TOF. Υπάρχουν κάποιοι τόποι στο

TP53

και

ARID1a

που πιο συχνά μεταλλαγμένο? Ωστόσο, αυτά δεν καλύπτουν περισσότερο από το 20% όλων των γνωστών μεταλλάξεων του. Συμπεριλαμβανομένων μερικών από αυτούς τους τόπους στο πάνελ μας θα υποτιμούν την πραγματική μεταλλάξεων συχνότητα αυτών των γονιδίων σε γυναικολογικές καρκίνους. συχνότητες μετάλλαξης τους θα μπορούσε να μελετηθεί καλύτερα χρησιμοποιώντας άλλες μεθόδους ανίχνευσης, όπως αλληλουχίας Sanger ή αλληλουχίας επόμενης γενιάς (NGS).

Κάναμε αποφασίσει να συμπεριλάβει 22 αναλύσεις για το ογκοκατασταλτικό γονίδιο

PTEN

, με αποτέλεσμα την κάλυψη του 40%, η οποία θα μπορούσε να θεωρηθεί υποβέλτιστη χρήση αυτής της προσέγγισης. Η συχνότητα μετάλλαξης που αναφέρονται εδώ είναι επομένως πιθανό να υποτιμάται η πραγματική σωματικών μεταλλάξεων συχνότητα

PTEN

. Επιπλέον, η απώλεια της ΡΤΕΝ μπορεί επίσης να προκληθεί από άλλες μοριακές μεταβολές, όπως LOH και υπερμεθυλίωση προαγωγέα [40]. Ως εκ τούτου, η πρόσθετη χρήση άλλων τεχνικών, όπως η ανοσοϊστοχημεία καλό είναι να αξιολογήσει την πραγματική κατάσταση της PTEN.

CDKN2A

δεν είναι πραγματικά ένα hotspot μεταλλαγμένο γονίδιο πάρα πολύ, αλλά προστέθηκε στο πάνελ λόγω της υψηλής προβλέψει ενδιαφέρον της στον καρκίνο του αιδοίου, και επειδή αναμένεται να ληφθεί μια δίκαιη κάλυψη του γονιδίου. Οι όγκοι που περιλαμβάνονται στη βάση δεδομένων COSMIC δείχνουν συχνά πλήρη απώλεια ή μεγάλες διαγραφές στο

CDKN2A

γονίδιο, ένας τύπος μετάλλαξης που δεν είναι εύκολα ανιχνεύσιμη με φασματομετρία μάζας MALDI-TOF. Ωστόσο, δεδομένου ότι

Οι CDKN2A

μεταλλάξεις στο πλακώδες καρκίνωμα του δέρματος αναφερθεί να είναι πιο συχνά από ό, τι σημειακές μεταλλάξεις (μεγάλο) διαγραφές, πιστεύουμε ότι η προσθήκη

CDKN2A

σημειακές μεταλλάξεις στον πίνακα μπορεί να δώσει πολύτιμες πληροφορίες, ειδικά για τον καρκίνο του αιδοίου. Παρά το γεγονός ότι οι αριθμοί είναι πολύ χαμηλοί, τα αποτελέσματα από την έρευνα για

CDKN2A

imutations στην αιδοίου και του πέους ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα ενισχύσει αυτή την υπόθεση [41].

FBXW7

φαίνεται να έχουν χαμηλή κάλυψη από τον πίνακα, αλλά αυτό επηρεάζεται από το γεγονός ότι έχει ερευνηθεί και βρεθεί να μεταλλαχθεί σε σχετικά μικρές ποσότητες των γυναικολογικών όγκων. Κατά την εξέταση του μεγάλου αριθμού των διαθέσιμων δεδομένων από την έρευνα στον καρκίνο του παχέος εντέρου, η αναμενόμενη κάλυψη είναι περίπου 35%.

Οι νέες τεχνολογίες, όπως η αλληλούχιση επόμενης γενιάς είναι σε θέση να ανιχνεύσει μεταλλάξεις σε πολλαπλά γονίδια χωρίς προεπιλογής και μπορεί επομένως να υπερνικήσουν το όρια μιας προσέγγισης φασματομετρία μάζας. Με NGS, πλήρης γονίδια που ενδιαφέρουν μπορούν να αναλυθούν και ως εκ τούτου όλες οι μεταλλάξεις θα βρεθεί. Ωστόσο, βιοπληροφορική ανάλυση των δεδομένων που παράγονται από NGS μπορεί να είναι προκλητική και εξακολουθεί να είναι σήμερα σε εξέλιξη. Επιπλέον, διαφοροποίηση μεταξύ των μη παθογόνων σωματικά παραλλαγές και παθογόνων μεταλλάξεων μπορεί να είναι χρονοβόρα και πολύπλοκη [42]. Σε σύγκριση, MALDI-TOF ανάλυση των δεδομένων είναι πολύ πιο απλή, ιδιαίτερα κατά την ανάλυση μεταλλάξεων με γνωστή κλινική σημασία. Ο πίνακας που παρουσιάζουμε εδώ καλύπτει τις πιο συχνές μεταλλάξεις σε γυναικολογικών καρκίνων, με λίγες εξαιρέσεις. Τα φάσματα μετάλλαξη έχουμε ανιχνεύεται είναι συγκρίσιμες με τα φάσματα αναφέρονται σε NGS και μελέτες προσδιορισμού αλληλουχίας exome που εστιάζονται σε γυναικολογικούς καρκίνους [8], [43], [44]. Ως εκ τούτου, MALDI-TOF φασματομετρία μάζας έχει τη δυνατότητα για χρήση σε κλινικό περιβάλλον, για την ανίχνευση της κατάστασης μεταλλάξεων των αντίστοιχων γονιδίων σε ένα γρήγορο και αξιόπιστο τρόπο. Ένα άλλο σαφές πλεονέκτημα της ανάλυσης φασματομετρίας μάζας με βάση μετάλλαξη είναι η ευελιξία να προσθέσετε και να διαγράψετε αναλύσεις από μια ομάδα, όπως φαίνεται και στην παρούσα έκθεση, έτσι οι νέες ιδέες ή κλινικές απαιτήσεις μπορούν να υιοθετηθούν εύκολα.

Η σωματική τοπίο μετάλλαξη του καρκίνοι γυναικολογικές που παράγεται από αυτή τη μελέτη (σχήμα 2) και από τις δημόσιες βιβλιοθήκες μετάλλαξη εμφανίζουν επικαλύψεις και διακριτικό προφίλ μετάλλαξης μεταξύ γυναικολογικές όγκων. Μεταλλάξεις στο PI3K /Akt-μονοπάτι είναι συχνές και επικάλυψη, ωστόσο εντοπίστηκαν ορισμένες διάκριση μεταλλάξεις. Ένα παράδειγμα είναι η διαπίστωση ότι

PIK3CA

εξόνιο 20 μεταλλάξεις μόνο σπάνια συμβαίνουν σε καρκίνο του τραχήλου της μήτρας, ενώ είναι ένα συχνό εύρημα σε ενδομητρίου καρκίνων. Το εύρημα αυτό μπορεί να έχει αξία σε ένα κλινικό περιβάλλον, όταν υπάρχει αβεβαιότητα σχετικά με το όγκους πρωτογενούς προέλευσης, ιδιαίτερα στην αυχενική αδενοκαρκινώματα που είναι HPV αρνητικά και βρίσκεται στο χαμηλό τμήμα της μήτρας της μήτρας. Καταδεικνύει ότι τα σωματικά μεταλλάξεων πληροφορίες μπορεί να είναι χρήσιμες για την ταξινόμηση των όγκων [45].

σωματικών χαρακτηριστικών μετάλλαξη μπορεί επίσης να αποκαλύψει νέες γνώσεις σχετικά με τους τύπους όγκων που δεν είναι καλά ακόμη χαρακτηρίζονται, όπως ο καρκίνος του αιδοίου. Ο καρκίνος του αιδοίου είναι μια σπάνια ασθένεια που μπορεί να προκύψει μέσα από μια HPV-εξαρτώμενη ή HPV-ανεξάρτητο μονοπάτι. Η καρκινογένεση του HPV-ανεξάρτητο αιδοίου καρκινώματα είναι σε μεγάλο βαθμό άγνωστη. Στην παρούσα μελέτη, 25 καρκινώματα του αιδοίου (εκ των οποίων 19 του HPV-αρνητικούς όγκους) αναλύθηκαν, και ένα

PIK3CA

, 3

CDKN2A

, και 2

HRAS

μεταλλάξεις ήταν ανιχνεύθηκε στα HPV-αρνητικών καρκινωμάτων. Δεν ανιχνεύθηκαν μεταλλάξεις σε οποιοδήποτε από τα γονίδια διερευνώνται 13 στις 6 HPV-θετικών όγκων. Το φάσμα μετάλλαξη του καρκίνου του αιδοίου φαίνεται διαφορετικό από το φάσμα των άλλων γυναικολογικών καρκίνων, αλλά παρουσιάζει ομοιότητες με το φάσμα μετάλλαξη του πλακώδους κυττάρου καρκίνωμα της κεφαλής και του τραχήλου [46], ένα είδος όγκου που μοιράζεται μορφολογικά και αιτιολογικός χαρακτηριστικά με αιδοίου πλακώδες καρκίνωμα . Το γεγονός ότι ο καρκίνος του αιδοίου δεν τίθεται σε Mullarian προήλθε δομές, όπως οι άλλοι τρεις τύποι όγκων σε αυτή τη μελέτη να κάνει, θα μπορούσε επίσης να είναι μια εξήγηση για τις διαφορές στο φάσμα που έχουμε ανιχνευθεί. Τα αποτελέσματα της μελέτης μας άμεση περαιτέρω διερεύνηση του ρόλου των

HRAS

και

CDKN2A

στον καρκίνο του αιδοίου.

Εν κατακλείδι, σχεδιάσαμε, επικυρώνονται και να χρησιμοποιηθεί μια νέα φασματομετρία μάζας με έδρα πίνακα μετάλλαξη να εντοπίσει σωματικές μεταλλάξεις σε μια μεγάλη ομάδα των γυναικολογικών κακοηθειών. Έχουμε δείξει ότι αυτό το νέο πάνελ είναι αναπαραγώγιμη, υψηλής απόδοσης, και είναι κατάλληλο για χαμηλής ποιότητας και της ποσότητας του DNA από δείγματα FFPE. Τα δεδομένα μας υποστηρίζουν την πιθανότητα για σωματική μετάλλαξη προφίλ ως εργαλείο για την ταξινόμηση των τύπων όγκων, κατά την γυναικολογική οδού. Επιπλέον, τα αποτελέσματα μας αποκάλυψαν ότι η PI3K-Akt μονοπατιού σηματοδότησης έχει πληγεί περισσότερο εμφανές σε γυναικολογικές κακοήθειες, που δικαιολογούν περαιτέρω διερεύνηση της

PI3K

/AKT /mTOR στόχευση θεραπειών στην γυναικολογική ογκολογία.