Αφηρημένο

Ιστορικό

(CRC) θεωρείται μια πολύπλοκη ασθένεια, και ως εκ τούτου η πλειοψηφία της γενετικής ευαισθησίας πιστεύεται ότι βρίσκεται υπό μορφή παραλλαγών χαμηλής διεισδυτικότητας μετά από μια πολυγονιδιακή μοντέλο κληρονομικότητας. μελέτες υποψήφιο γονίδιο έχουν μέχρι στιγμής ήταν μια από τις βασικές προσεγγίσεις που να προσδιορίσουν αυτές τις παραλλαγές ευαισθησία. Η συνεπής συμμετοχή κάποιων διαδρομών σηματοδότησης στην καρκινογένεση παρέχεται στήριξη για μελέτες βάσει διαδρομής ως φυσική στρατηγική για την επιλογή γονιδίων που θα μπορούσαν δυνητικά να φιλοξενούν νέους τόπους ευαισθησία.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Έχουμε επιλέξει δύο κύρια καρκινογένεση που σχετίζονται με οδούς: Wnt και BMP, προκειμένου για τη διαλογή των ενοχοποιηθεί γονίδια για νέες παραλλαγές κινδύνου. Στη συνέχεια πραγματοποίησε μια μελέτη σύνδεσης-μαρτύρων σε 933 περιπτώσεις CRC και 969 έλεγχοι με βάση την κωδικοποίηση και κανονιστικών SNPs. Έχουμε περιλαμβάνονται επίσης rs4444235 και rs9929218, η οποία δεν πληρούσε τα κριτήρια επιλογής μας, αλλά ανήκαν σε δύο γονίδια στο μονοπάτι BMP και είχε συνέπεια έχουν συνδεθεί με CRC σε προηγούμενες μελέτες. Ούτε αλληλομόρφων, ούτε γονοτυπική ή haplotypic αναλύσεις έδειξαν σημάδια σύνδεσης μεταξύ των 37 προβληθεί παραλλαγές και του κινδύνου CRC. Προσαρμογές για το φύλο και την ηλικία, και στρωματοποιημένη ανάλυση μεταξύ σποραδική και ελέγχου ομάδες δεν απέδωσαν θετικά αποτελέσματα, είτε.

Συμπεράσματα /Σημασία

Παρά το ενδιαφέρον και των δύο οδών στην παθογένεια της νόσου, και το γεγονός ότι αυτή είναι πράγματι η πρώτη μελέτη που εξετάζει αυτά τα μονοπάτια ως μια προσέγγιση επιλογής υποψηφίων-γονιδίου, η μελέτη μας δεν παρουσιάζει καμία απόδειξη της παρουσίας παραλλαγών χαμηλή διεισδυτικότητα για τις επιλεγμένες δείκτες σε οποιαδήποτε από τις θεωρηθεί γονιδίων στην ομάδα μας .

Παράθεση: Fernández-Rozadilla C, de Castro L, Clofent J, Brea-Fernández Α, Bessa Χ, Abulí A, et al. (2010) ενός νουκλεοτιδίου πολυμορφισμών στο Wnt και BMP Πορείες και του παχέος εντέρου κινδύνου σε ένα ισπανικό Cohort. PLoS ONE 5 (9): e12673. doi: 10.1371 /journal.pone.0012673

Επιμέλεια: Chun-Ming Wong, Πανεπιστήμιο του Χονγκ Κονγκ, Χονγκ Κονγκ

Ελήφθη: May 20, 2010? Αποδεκτές: 6 Αυγούστου, 2010? Δημοσιεύθηκε: 9, Σεπτεμβρίου 2010

Copyright: © 2010 Fernández-Rozadilla et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις από το Fondo de Investigacion Sanitaria /ΕΤΠΑ (05/2031, 08/0024, 08/1276, PS09 /02368), Xunta de Galicia (PGIDIT07PXIB9101209PR, Ministerio Επιστημών e Innovación (SAF 07-64873), Asociacion Espanola contra el Καρκίνο (Fundacion Cientifica y Junta de Barcelona), και Fundacion de Investigacion Medica Mutua Madrilena. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου.

ανταγωνιστικά συμφέροντα:. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Καρκίνος του παχέος εντέρου (CRC) είναι μία από τις κύριες μορφές καρκίνου, που είναι η δεύτερη πιο συχνή νεοπλασία και στα δύο φύλα και μία από τις πιο σημαντικές αιτίες νοσηρότητας στο δυτικό κόσμο [1]. Η γενετική συμβολή στην CRC έχει υπολογιστεί ότι είναι περίπου 35% από εκτεταμένες μελέτες διδύμων [2]. Ωστόσο, εξαιρετικά διεισδυτικό παραλλαγές, που προκαλούν Μέντελ σύνδρομα προδιάθεση, αντιπροσωπεύουν μόνο το πολύ 5% των περιπτώσεων της νόσου [3]. Το υπόλοιπο γενετική ευαισθησία πιστεύεται να ακολουθήσει μια πολυγονιδιακή μοντέλο, με μια αλληλεπίδραση των πολλαπλών αλληλόμορφων χαμηλής διεισδυτικότητας παραλλαγές εμφανίζονται σε υψηλή συχνότητα στο γενικό πληθυσμό, και κάθε προσδίδει μια μέτρια επίδραση στον κίνδυνο της νόσου [4], [5].

μελέτες υποψήφιες-γονίδιο ήταν ένα από τα πιο ευρέως χρησιμοποιούμενα εργαλεία στον έλεγχο για νέες παραλλαγές επηρεάζουν CRC κίνδυνο. επιλογής γονιδίων σε αυτές τις μελέτες βασίζεται κυρίως στις λειτουργικές συνέπειες της πιθανής συσχέτισης, και έτσι τα γονίδια που επιλέγονται είτε έχουν επιλεγεί λόγω της προηγούμενης παρουσίας άλλων υψηλής /αλληλόμορφα χαμηλού κινδύνου [6], ή τη συμμετοχή τους σε ένα μονοπάτι που εμπλέκονται στην παθογένεια της νόσου [7]. μελέτες υποψήφιο γονίδιο μπορεί να πραγματοποιηθεί είτε με άμεσες προσεγγίσεις, όπου οι παραλλαγές γονότυπος θεωρείται ότι είναι η υποκείμενη αιτία της νόσου λόγω της θέσης τους (παραλλαγές σε εξονικό ή ρυθμιστικές περιοχές), είτε με έμμεσες προσεγγίσεις, όπου SNPs ετικέτα εκμεταλλευτούν οι ιδιότητες ανισορροπία σύνδεσης του ανθρώπινου γονιδιώματος για να προσπαθήσουμε και οθόνη στο έπακρο την μεταβλητότητα ενός συγκεκριμένου γονιδίου.

Αυτή η τελευταία προσέγγιση έχει επίσης τη δυνατότητα, μαζί με την ανάπτυξη των τεχνολογιών υψηλής απόδοσης, με την εφαρμογή της νέας υπόθεσης -δωρεάν προσεγγίσεις (σε αντίθεση με τις υποψήφιες γονίδιο προσεγγίσεις υπόθεση-based), που καλύπτουν το μεγαλύτερο μέρος του γονιδιώματος (γονιδίωμα-ευρεία μελέτες ένωση ή GWAS). Αυτή η υλοποίηση έχει οδηγήσει επιτυχώς στην ταυτοποίηση ορισμένων νέων τόπων ευαισθησία [8] – [14], συμπεριλαμβανομένων rs4444235 και rs9929218, που εμπίπτουν απόσταση από τα δύο γονίδια που ανήκουν στο μονοπάτι BMP. Παρ ‘όλα αυτά, αυτά έχουν βρεθεί να προβλέψει μόνο ένα μικρό ποσοστό της ευαισθησίας της νόσου, ενώ το υπόλοιπο πρόκειται να ανακαλυφθούν [15].

Εμείς ως εκ τούτου, με στόχο να βρούμε τέτοιες παραλλαγές ευαισθησία μέσω διαλογής προσέγγιση υποψήφιο γονίδιο α επιλεγμένος αριθμός παραλλαγών εντός δύο κυτταρικές οδούς που έχουν σταθερά συνδεθεί με ογκογένεση CRC: η Wnt και η ΒΜΡ μονοπάτια σηματοδότησης [16], [17]

το μονοπάτι Wnt περιέχει γονίδια που έχουν για καιρό γνωστό ότι. είναι υπεύθυνη ορισμένων κληρονομικών συνδρόμων CRC, όπως

APC

και οικογενή αδενωματώδη πολυποδίαση [18]. Επιπλέον, σωματικές αλλαγές στο

APC

βρίσκονται σχεδόν το 80% των σποραδικών καρκίνων του παχέος εντέρου, και η ενεργοποίηση σηματοδότησης Wnt εμπλέκεται στο καλύτερο μέρος της σποραδικά ορθοκολικά καρκινώματα [19]. Από την άλλη πλευρά, η οδός ΒΜΡ δρα ως θετικός ρυθμιστής του μερικά από τα Wnt πρωτεΐνες [17], και τον όγκο κατασταλτική ρόλο αυτού του μονοπατιού σηματοδότησης στην παθογένεση της CRC και άλλων καρκίνων είναι καλά εδραιωμένη [20], [21]. Εκτός αυτού, οι μεταλλάξεις σε δύο από τα γονίδια του,

Smad4

και

BMPR1A

, ευθύνονται για το σύνδρομο νεανική πολυποδίαση, μια άλλη κληρονομική πάθηση CRC [22]. Λαμβάνοντας υπόψη όλες αυτές τις πληροφορίες, σκεφτήκαμε ότι θα ήταν ενδιαφέρον να ελέγξουν ορισμένα από τα γενετικής ποικιλότητας μέσα σε αυτά τα μονοπάτια για τυχόν ενδείξεις νέα που σχετίζονται με παραλλαγές CRC που θα μπορούσαν να εξηγήσουν τουλάχιστον ένα μέρος του λείπει κληρονομικότητας. Η προσέγγισή μας ήταν κυρίως λειτουργική, για μόνο SNPs εντός εξωνίου ή

cis-ρυθμιστικών αλληλουχιών

(5 ‘και 3’ περιοχές unstranslated) επελέγησαν για την ανάλυση της σχέσης τους με την ευαισθησία CRC.

Αποτελέσματα και Συζήτηση

Μετά μονοπάτι που βασίζεται μέθοδο επιλογής υποψήφιων γονιδίων μας, πραγματοποιήσαμε τη μελέτη μας σε ένα σύνολο 45 SNPs που ήταν είτε εξονικό ή ρυθμιστικές περιοχές, σε μια συνολική των 21 γονιδίων και από τις δύο οδούς Wnt και BMP. Οι λεπτομέρειες των χαρακτηριστικών SNP και τιμές σύνδεσης για τα 37 SNPs που πέρασαν με επιτυχία τα κριτήρια ποιοτικού ελέγχου φαίνονται στον Πίνακα 1. Καμία από τις προβληθεί SNPs ήταν σημαντικά σχετίζεται με μια αλλαγμένη κίνδυνο CRC, θεωρώντας αποδόσεις-δεικτών και των σχετικών σ τιμές για αλληλομόρφων και γονοτυπική δοκιμές (τάση, κυρίαρχη και υποτελούς). Λογιστικής παλινδρόμησης για την ηλικία και το φύλο προσαρμογή έγινε, αν και δεν βελτιώσει τα αποτελέσματα σ αξία. αποτελέσματα της ανάλυσης απλότυπος ήταν συνεπείς και στις δύο unphased και Haploview, και δεν δείχνουν σημάδια θετικές συσχετίσεις είτε για οποιοδήποτε από τα 8 γονίδια για τα οποία διεξήχθη η ανάλυση αυτή (

AXIN1

,

HDAC9

,

BMP4

,

DACT1

,

CDH3

,

Cdh1

,

BTRC

, και

APC)

, (Σχήμα S1). ανάλυση στρωματοποίησης σύγκριση σποραδικές και οικογενείς περιπτώσεις επίσης σε εφαρμογή, αλλά δεν παρέχουν καμία απόδειξη των διαφορών στις ευαισθησίες μεταξύ των ομάδων που θα μπορούσε να είναι ένα σημάδι των ειδικών ενώσεων σε οποιαδήποτε από τις ομάδες (Πίνακας 2).

Η

Έτσι, η στρατηγική μας δεν έχει καταφέρει να εντοπίσει τυχόν νέες θέσεις ευαισθησίας για CRC κίνδυνο.

προσδοκίες βάσει διαδρομής έχουν αποδειχθεί ότι είναι αρκετά αποθαρρυντικά στη βιβλιογραφία, καθώς και, για την ισχυρή υποψήφια μονοπάτια, όπως αυτά που επιδιόρθωσης DNA, εκπληκτικά απέτυχε πάρα πολύ στον εντοπισμό τυχόν νέες παραλλαγές των κινδύνων [7], [23] – [24]. Εκτός από αυτό, οι περισσότερες από τις γενετικές παραλλαγές που έχουν βρεθεί να σχετίζονται με τη νόσο βρίσκονται σε διαγονιδιακές περιοχές, με πιθανές λειτουργίες που είναι ακόμη άγνωστες.

Ακόμα, υπό το φως των πρόσφατων ανακαλύψεων που ακολουθείται η ανάλυση των δεδομένων γονιδιώματος-ευρεία, τόσο Wnt και BMP έχουν κερδίσει μια ανανεωμένη φήμη. Η θέση ευαισθησίας που βρέθηκαν στο 8q24 (rs6983267) έχει συνδεθεί με μια ενισχυμένη Wnt σηματοδότηση μέσω της αλληλεπίδρασής της με TCF4 [25], [26], και μια μετα-ανάλυση που πραγματοποιήθηκε σε μια σειρά δεδομένων GWAS κατάφερε να συνδέει δύο παραλλαγές στο

BMP4

και

Cdh1

γονίδιο περιοχές με τη νόσο (rs4444235 και rs9929218, αντίστοιχα) [8].

Ακόμα κι αν αυτό είναι στην πραγματικότητα η πρώτη μελέτη ένωση που θεωρεί τις οδούς όπως στο σύνολό της για την επιλογή του γονιδίου, μερικά από τα γονίδια που περιλαμβάνονται στην ανάλυσή μας (δηλαδή

APC, CCND1

,

Cdh1

και

TCF7

) είχαν ήδη προβληθεί για αλληλόμορφα κινδύνου [ ,,,0],6], [27] – [30]. Είναι αξιοσημείωτο ότι υπήρξε μια αυξανόμενη συζήτηση για μερικές από αυτές τις θέσεις, ειδικά η παραλλαγή p.V1822D στο

APC

(rs459552). Αυτή η αλλαγή εσφαλμένου νοήματος είναι ευρέως τεκμηριωμένη στη βιβλιογραφία, με κάποιες μελέτες υπερασπίζεται ως ουδέτερο (αυτή τη μελέτη και άλλων) [31], και μερικοί που παρέχουν έλασσον αλληλόμορφο του μια προστατευτική επίδραση [6], [28]. Η έλλειψη κατάλληλης ισχύος μελέτης, που προκύπτει από την ανεπαρκή αριθμό των δειγμάτων που έχει αποτελέσει σημαντικό πρόβλημα σε πολλές από αυτές τις μελέτες και έτσι οι περισσότεροι από αυτούς δεν έχουν δώσει πολύ πειστικά αποτελέσματα [32].

Αν και η μελέτη μας είχε πάνω από 80% δύναμη για την ανίχνευση ή τόσο χαμηλά όσο 1.21 με μικρές αλληλόμορφο συχνότητες των 0.30 (57% των SNPs μας), και 1,24 για MAFs κάτω στο 0,2 (78% των SNPs), υποθέτοντας ένα μοντέλο σύνδεσης πρόσθετης ύλης και α = 0,05, ήμασταν αδυνατεί να εντοπίσει τυχόν θετική συσχέτιση υποδηλώνει την παρουσία τυχόν νέες παραλλαγές ευαισθησία CRC. Παρ ‘όλα αυτά, είναι αξιοσημείωτο ότι, αν και η αποτυχία μας να αναπαράγουν τις ενώσεις για το

BMP4

και

Cdh1

SNPs, αυτή είναι η πρώτη μελέτη που διερευνά οποιαδήποτε από τις λεγόμενες 10 νέα GWAS -discovered τόπους ευαισθησία σε έναν πληθυσμό της Νότιας Ευρώπης.

Παρά τα αρνητικά αποτελέσματα μας, θα πρέπει να θεωρήσουμε ότι δεν είχαμε καθόλου καλύψει πλήρως όλες τις πιθανές παραλλαγές χαμηλή διεισδυτικότητα εντός των επιλεγμένων γονιδίων. Αυτό οφείλεται κυρίως στο γεγονός ότι η στρατηγική μας ήταν καθαρά λειτουργική, επιλέγοντας τις παραλλαγές που ήταν

a priori

καλοί υποψήφιοι πρέπει να συνδέονται άμεσα με την ασθένεια. Αυτό όντως μπορεί να συνιστά περιορισμό στη μελέτη, για το μεγαλύτερο μέρος της γενετικής ποικιλότητας εντός της loci δεν ερευνήθηκε. Έτσι, πιστεύουμε ότι πρέπει να καταβληθούν περαιτέρω προσπάθειες για να ελέγξουν μια ευρύτερη ποικιλία των τόπων μέσα σε αυτά τα μονοπάτια, ειδικά λαμβάνοντας υπόψη τις προηγούμενες θετικές συσχετίσεις που περιγράφονται μέχρι τώρα και για τα δύο Wnt και ΒΜΡ-σχετιζόμενα γονίδια.

Μελετώντας τις δυνητικές αποδόσεις αναλογίες οι παραλλαγές που περιγράφονται μέχρι τώρα (1.11, CI 1.08-1.15 και 0.91, CI 0.89-0.94 για rs4444235 και rs9929218, αντίστοιχα), υποθέτουμε μεγαλύτερες ομάδες πληθυσμού μπορεί να απαιτείται για την ανίχνευση τέτοιων ανεπαίσθητες επιδράσεις. Από την άλλη πλευρά, κατά την εξέταση υποψήφιο γονίδιο προσεγγίσεις, θα ήταν επίσης χρήσιμο να μετα-αναλύσει προηγούμενες μελέτες και τραβήξτε την πληροφορία σε όλη τους συνολικά στην αναζήτηση των αποδεικτικών στοιχείων των πιθανών νέων οδών που συνδέονται με την παθογένεια της νόσου.

Υλικά και Μέθοδοι

πληθυσμούς Μελέτη

Τα άτομα ήταν 933 ασθενείς CRC και 969 ελέγχους που ανήκε στο έργο EPICOLON, μια προοπτική, πολυκεντρική, με βάση τον πληθυσμό της έρευνας επιδημιολογία μελετά την επίπτωση και χαρακτηριστικά της οικογενειακής και σποραδικές CRC στην ισπανική πληθυσμού [33]. Περιπτώσεις επιλέχθηκαν σε 11 νοσοκομεία στην Ισπανία, όπως όλους τους ασθενείς με

de-novo

ιστολογικά επιβεβαιωμένη διάγνωση του ορθοκολικού αδενοκαρκινώματος και οι οποίοι παρακολούθησαν 11 κοινότητα νοσοκομεία σε όλη την Ισπανία μεταξύ Νοεμβρίου 2006 και Δεκεμβρίου 2007. Οι ασθενείς στους οποίους CRC αναπτύσσονται στο πλαίσιο με οικογενή αδενωματώδη πολυποδίαση ή φλεγμονώδη νόσο του εντέρου, και τις περιπτώσεις όπου οι ασθενείς ή οικογένεια αρνήθηκε να συμμετάσχει στη μελέτη αποκλείστηκαν. Δημογραφικά, κλινικά και όγκων που σχετίζονται με τα χαρακτηριστικά του probands, καθώς και ένα λεπτομερές οικογενειακό ιστορικό ελήφθησαν χρησιμοποιώντας ένα προκαθορισμένο ερωτηματολόγιο, και καταχωρήθηκε σε μια ενιαία βάση δεδομένων. Από αυτούς, 592 (63%) ήταν άνδρες και 341 (37%) γυναίκες. Η μέση ηλικία για τις περιπτώσεις ήταν 73 (εύρος 26-95), ενώ η μέση ήταν 71 (SD ± 10,7). έλεγχοι νοσοκομείο με βάση στρατολογήθηκαν σε συνδυασμό με τις περιπτώσεις και επιβεβαιώθηκε ότι δεν έχουν καρκίνο ή προηγούμενο ιστορικό νεοπλάσματος, και καμία οικογενειακή ιστορία της CRC. Όλοι οι έλεγχοι επιλέχθηκαν τυχαία και να συσχετίζονται με τις περιπτώσεις για το φύλο και την ηλικία (± 5 έτη) σε αναλογία 1:01. Και οι δύο περιπτώσεις και οι έλεγχοι είχαν ευρωπαϊκή καταγωγή και από την Ισπανία.

Ηθική δήλωση

Η μελέτη εγκρίθηκε από την «Comité Ético de Investigación Clínica de Galicia», και κάθε ένα από τα θεσμικά διοικητικά συμβούλια αναθεώρηση του τα νοσοκομεία, όπου τα δείγματα συλλέχθηκαν ( «Επιτροπή Δεοντολογίας του Νοσοκομείου Clínic-Βαρκελώνης», «Επιτροπή Δεοντολογίας του Νοσοκομείου del Mar-Βαρκελώνης», «Επιτροπή Δεοντολογίας του Νοσοκομείου γερμανική Trias i Pujol-Βαρκελώνης», «Επιτροπή Δεοντολογίας του Νοσοκομείου Sant Pau-Βαρκελώνης «,» Επιτροπή Δεοντολογίας του Νοσοκομείου Universitari Arnau de Vilanova-Lleida «,» Επιτροπή Δεοντολογίας του Νοσοκομείου Γενικό-Αλικάντε «,» Επιτροπή Δεοντολογίας του Νοσοκομείου de Donosti «,» Επιτροπή Δεοντολογίας του Νοσοκομείου General de Asturias -Oviedo «,» Επιτροπή Δεοντολογίας του Νοσοκομείου Κλινικο-Σαραγόσα «,» Επιτροπή Δεοντολογίας του Νοσοκομείου de Calahorra-La Rioja «,» Επιτροπή Δεοντολογίας του Νοσοκομείου Meixoeiro-Vigo »). Όλα τα δείγματα που λαμβάνονται με τη γραπτή συγκατάθεση επανεξετάζονται από την ηθική του διοικητικού συμβουλίου του αντίστοιχου νοσοκομείου

DNA εξόρυξη

DNA ελήφθη από κατεψυγμένα περιφερικό αίμα.? εκχύλιση διεξήχθη σε ένα ρομπότ Chemagen (Chemagen Biopolymer-Technologie AG, Baesweiler, Γερμανία) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή, στο Γαλικίας Δημόσια Fundation της Γονιδιωματική Ιατρική στο Santiago de Compostela. Περιπτώσεις και έλεγχοι εξήχθησαν σε μεικτές παρτίδες για να αποφευχθεί κάθε είδους προκατάληψη.

Υποψήφιος γονίδιο επιλογής

Τόσο Wnt και μονοπάτια ΒΜΡ είχαν αρχικά επιλεγεί μετά τα ευρήματα της Nishanian et al. [34], ο οποίος κατέδειξε την αλληλεπίδραση μεταξύ αυτών των δύο οδών. Και οι δύο οδοί διερευνηθεί διεξοδικά μέσα από το site Ανατομία του έργου του καρκίνου Γονιδιώματος [35], αλλά απέτυχε να βρει οποιαδήποτε πληροφορία σχετικά με το μονοπάτι BMP είτε αυτό ή άλλα web browsers. Για το λόγο αυτό, τα γονίδια Wnt επιλέχθηκαν από την περιήγηση στο μονοπάτι μέσα Biocarta [36], ενώ τα γονίδια ΒΜΡ έπρεπε να επιλέγονται αυστηρά από την προηγούμενη βιβλιογραφία [17], [34]. Σαράντα-ένα τα γονίδια επελέγησαν τελικά να συμπεριληφθούν στην ανάλυση.

επιλογή SNP και του γονότυπου

κριτήρια επιλογής SNP θεωρείται μόνο λειτουργικοί δείκτες με μικρές συχνότητες αλληλόμορφο πάνω από 0,05 και τουλάχιστον δύο ανεξάρτητα κριτήρια επικύρωσης όπως ορίζεται στο dbSNP [37]. Αυτό συμπεριλάβει όλες τις εξονικό παραλλαγές επιλέγονται με Pupasuite [38] και γονιδιακών ρυθμιστικών περιοχών

cis

(5’or 3 ‘UTR άκρα), όπως ορίζεται από τον web browser FESD [39]. 5’UTR παραλλαγές συμπεριλήφθηκαν μόνο όταν τηρούνται τα προαναφερθέντα κριτήρια και ήταν υποτίθεται ότι είναι σε θέση δέσμευσης του παράγοντα δέσμευσης γνωστό transctiptional. 3 ‘παραλλαγές UTR είχαν συμπεριληφθεί λόγω της πιθανής σχέσης τους με περιοχές δέσμευσης miRNA [40]. Επειδή ορισμένα από τα επιλεγμένα γονίδια δεν είχαν SNPs τέτοιων αυτά τα είδη σε οποιαδήποτε από τις τρεις browsers κατά τη στιγμή της επιλογής SNP, έπρεπε τελικά να πέσει έξω από τη μελέτη. Τέλος, 43 SNPs επιλέχθηκαν μέσα σε 21 γονίδια που πρόκειται να προβληθεί ως δυνητική άμεση τροποποιητές του CRC ευαισθησίας (Πίνακας 3).

Η

rs4444235 και rs9929218 είναι δύο παραλλαγές που βρίσκονται στις κοντινές και ιντρονικές περιοχές της

BMP4

και

Cdh1

, αντίστοιχα, που έχουν πρόσφατα αναφερθεί να σχετίζεται με τη νόσο [8]. Λαμβάνοντας υπόψη ότι οι SNPs που είχαμε επιλέξει μέσα σε αυτά τα δύο γονίδια δεν ήταν καλή taggers για αυτές τις δύο παραλλαγές (r-τετράγωνο τιμές ήταν 0,6 για την SNPs στο

BMP4

, και 0.02 για όσους

CHD1

) (Σχήμα 1), αποφασίσαμε να τους συμπεριλάβει στη μελέτη μας, καθώς, παρόλο που δεν πληρούσαν τα κριτήρια επιλογής μας, καθιστώντας το συνολικό αριθμό που ερωτάται SNPs αυξηθεί σε 45.

σχέσεις R-τετράγωνο μεταξύ SNP ζεύγη: Α. rs4444235-rs17563 στο

BMP4

και Β rs9929218, rs1801552 στο

Cdh1

η

η γονοτύπηση εκτελέστηκε με την MassARRAY (Sequenom Inc., San Diego, USA) τεχνολογία στον κόμβο Σαντιάγο ντε Κομποστέλα της ισπανικής Γονοτυπικές Center. Κλήση των γονότυπων έγινε με Sequenom Typer λογισμικό v4.0 χρησιμοποιώντας όλα τα δεδομένα από τη μελέτη ταυτόχρονα.

Στατιστικές αναλύσεις

Ο ποιοτικός έλεγχος πραγματοποιήθηκε, για πρώτη φορά από εξαιρουμένων δύο SNPs και τα δείγματα με επιτυχία γονότυπο τα ποσοστά κάτω από 95%, με τη βοήθεια του φίλτρου Γονοτυπικές δεδομένων (GDF) [41]. Γονοτυπική κατανομές για όλα τα SNPs σε ελέγχους ήταν σύμφωνες με την ισορροπία Hardy-Weinberg, όπως εκτιμάται χρησιμοποιώντας ένα Χ

2 τεστ (1

df). Όλες οι ρ-τιμές που ελήφθησαν ήταν ≥0.05, αποκλείοντας έτσι την πιθανότητα αντικείμενα προσδιορισμού του γονότυπου (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). διαστρωμάτωση του πληθυσμού εκτιμήθηκε με Δομή v2.2 [42]. Εν συντομία, το posibility διαφορετικών σεναρίων ελέγχθηκε υποθέτοντας ένα διαφορετικό αριθμό υποκείμενων πληθυσμών (k που κυμαίνεται από 1 έως 4), επιτρέποντας για ένα μεγάλο αριθμό επαναλήψεων (25 K στο περίοδο στρωσίματος που ακολουθείται από 500 K επαναλήψεις). Η πιθανότητα μέση λογαριθμική εκτιμήθηκε για τα δεδομένα για μία δεδομένη k (που αναφέρεται ως L (Κ)) σε κάθε τρέξιμο. Εμείς, ως επίσης και εκτελούνται πολλαπλές διαδρομές για κάθε τιμή του k υπολογισμό της συνολικής μέσης L (K) και την τυπική απόκλιση. Όλα τα αποτελέσματα φάνηκε να είναι σύμφωνη με την αρχική υπόθεση ενός ενιαίου υπάρχοντα πληθυσμό. Επιπλέον, πρόσθετες διαδικασίες για την καλύτερη σύγχυση μεταβλητή οπτικοποίηση έγιναν με τη βοήθεια ενός Principal Component Analysis (PCA) χρησιμοποιώντας το εργαλείο EIGENSOFT

smartpca

[43], αν και ο αριθμός των δεικτών ήταν πολύ χαμηλή. Δεν βρέθηκαν διαφορές των διαστρωμάτωση του πληθυσμού μεταξύ των περιπτώσεων και των ελέγχων για κάθε δομή ή τα 10 πρώτα στοιχεία της ανάλυσης PCA (Εικόνα S2). Μετά τον έλεγχο της ποιότητας 1746 δείγματα (854 περιπτώσεις και 892 έλεγχοι) και 37 SNPs παρέμεινε για περαιτέρω αναλύσεις.

δοκιμές Συνδέσμου πραγματοποιήθηκαν από chi-τετράγωνο τεστ για κάθε SNP και απλοτύπων όπου είναι δυνατόν με τόσο Haploview v4.0 [ ,,,0],44] και unphased [45]. Εν ολίγοις, τα πρότυπα LD απέναντι γονίδια για τα οποία ο γονότυπος περισσότερα από ένα SNP ελέγχθηκαν Haploview και δοκιμάστηκαν για συσχέτιση με τη χρήση unphased (για να ελεγχθεί σε οποιαδήποτε από τις απλοτύπων σχετίστηκε) και Haploview (για να δείτε ποια από τις απλοτύπων σχετίστηκε). Γονοτυπική δοκιμές σύνδεσης, ανάλυση λογιστικής παλινδρόμησης για το φύλο και την προσαρμογή της ηλικίας, και στρωματοποιημένη ανάλυση μεταξύ σποραδικής και οικογενούς ομάδες εκτιμήθηκαν με plink v1.03 [46]. Ή και 95% διαστήματα εμπιστοσύνης υπολογίστηκαν για κάθε στατιστικό στοιχείο, και να αντιμετωπίσει το ζήτημα των πολλαπλών δοκιμών, δοκιμές μετάθεση και τη διόρθωση Bonferroni χρησιμοποιήθηκαν. ισχύς της μελέτης υπολογίστηκε με το λογισμικό CATS [47].

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1. δομή

απλότυπου και ανάλυσης για τις 8 γονίδια για τα οποία ο γονότυπος περισσότερα από ένα SNP. Ο πίνακας δείχνει τις τιμές σύνδεσης για κάθε SNP που δημιουργείται από Haploview

doi:. 10.1371 /journal.pone.0012673.s001

(3,40 MB ΔΕΘ)

Εικόνα S2.

Principal οικόπεδο ανάλυση συστατικό για πρώτη εναντίον δεύτερη συνιστώσα, συγκρίνοντας την περίπτωση και τον έλεγχο των πληθυσμών μας

doi:. 10.1371 /journal.pone.0012673.s002

(0.96 MB ΔΕΘ)

Σημείωση S1.

doi: 10.1371 /journal.pone.0012673.s003

(0,03 MB DOC)

Ευχαριστίες

Είμαστε ειλικρινά ευγνώμονες σε όλους τους ασθενείς που συμμετέχουν σε αυτή τη μελέτη οι οποίοι είχαν προσληφθεί σε 11 ισπανικά νοσοκομεία, ως μέρος του έργου EPICOLON. Σας ευχαριστούμε Μαρία Magdalena-Κάστρο (MMC), Όλγα Lortes (ΕΓ) και η Εύα Fernández (EF) για την άριστη τεχνική βοήθεια τους.