Αφηρημένο

καρκίνο του πέους (ΠΕΣΔΑ) είναι μια σχετικά σπάνια οντότητα, όγκο, αλλά διαθέτει τα υψηλότερα ποσοστά νοσηρότητας και θνησιμότητας, ιδίως στις αναπτυσσόμενες χώρες. Μέχρι σήμερα, τα συγκεκριμένα μονοπάτια παθογόνων σηματοδότησης και των βασικών μηχανημάτων που εμπλέκονται στην καρκινογένεση και την εξέλιξη του ΠΕΣΔΑ μένει να διευκρινιστεί. Αρκετές μελέτες πρότειναν miRNAs, τα οποία ρυθμίζουν τη γονιδιακή έκφραση σε μετα-μεταγραφικό επίπεδο, ήταν συχνά κακή ρύθμιση και έκτροπα που εκφράζονται σε ανθρώπινους καρκίνους. Ωστόσο, το προφίλ miRNA στην ανθρώπινη ΠΕΣΔΑ δεν έχει αναφερθεί προηγουμένως. Σε αυτήν την παρούσα μελέτη, το προφίλ miRNA ελήφθη από 10 φρέσκα πέους καρκινικούς ιστούς και συμφωνημένα παρακείμενες μη-καρκινικούς ιστούς μέσω αλληλούχισης επόμενης γενιάς. Ως αποτέλεσμα, ένα σύνολο 751 και 806 σχολιασμένα miRNAs εντοπίστηκαν σε φυσιολογικούς και καρκινικούς ιστούς του πέους, αντίστοιχα. Μεταξύ των οποίων, εντοπίστηκαν 56 miRNAs με σημαντικά διαφορετικά επίπεδα έκφρασης μεταξύ των αξιόπιστων ιστούς. Στη συνέχεια, επιλέχθηκαν τυχαία πολλές σχολιασμένες miRNAs και επικυρωθεί χρησιμοποιώντας ποσοτική PCR πραγματικού χρόνου. Σε σύγκριση με τις προηγούμενες δημοσιεύσεις σχετικά με την έκφραση αλλαγμένης miRNAs σε διάφορους καρκίνους και κυρίως ουροποιογεννητικού (προστάτη, της ουροδόχου κύστης, νεφρού, όρχεων) καρκίνους, το πλέον πλειοψηφία των απελευθερωμένης miRNAs έδειξε το παρόμοιο μοτίβο έκφρασης σε καρκίνο του πέους. Επιπλέον, οι βιοπληροφορική αναλύσεις πρότεινε ότι οι υποθετικές γονιδίων στόχων των διαφορικά εκφρασμένων miRNAs μεταξύ καρκινικούς και συμφωνημένα φυσιολογικούς ιστούς του πέους ήταν στενά συνδεδεμένο με κύτταρο διασταύρωση, πολλαπλασιασμό, την ανάπτυξη, καθώς και γενωμική αστάθεια και ούτω καθεξής, με ρύθμιση Wnt, ΜΑΡΚ, ρ53, ΡΙ3Κ -Akt, μονοπάτια Notch και TGF-β σηματοδότηση, τα οποία ήταν όλα καλά εδραιωμένη να συμμετάσχουν στην έναρξη και εξέλιξη του καρκίνου. Η εργασία μας παρουσιάζει μια συνολική εικόνα της διαφορικά εκφρασμένων miRNAs και δυνητικά ρυθμιστικά δίκτυα γονιδίων στόχων τους για την αποσαφήνιση του παθογόνου μετατροπή της κανονικής πέος να ΠΕΣΔΑ, το οποίο η έρευνα των πόρων παρέχει επίσης νέες ιδέες για μελλοντικές έρευνες με στόχο να διερευνήσει τις σε βάθος τους μηχανισμούς των miRNAs και άλλα μικρά RNAs συμπεριλαμβανομένων piRNAs στο πέος ρύθμιση καρκινογένεση και αποτελεσματική ειδικού στόχου theragnosis

Παράθεση:. Zhang L, Wei P, Shen Χ, Zhang Υ, Xu Β, Zhou J, et al. (2015) microRNA Έκφραση προφίλ σε καρκίνο του πέους Revealed by Next-Generation Μικρό RNA αλληλουχίας. PLoS ONE 10 (7): e0131336. doi: 10.1371 /journal.pone.0131336

Επιμέλεια: Yu Xue, Huazhong Πανεπιστήμιο Επιστήμης και Τεχνολογίας, ΚΙΝΑ

Ελήφθη: 10 Φεβ 2015? Δεκτές: 1 του Ιούνη του 2015? Δημοσιεύθηκε: 9, Ιουλίου, 2015

Copyright: © 2015 Zhang et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα πρώτες αλληλουχίας αρχεία είναι διαθέσιμα από τη βάση δεδομένων ArrayExpress (αριθμός ένταξης: E-mtab-3087)

Χρηματοδότηση:. το ερευνητικό έργο χρηματοδοτήθηκε από το Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Κίνας (No.81401518, Νο 31430028, http: //www.nsfc.gov.cn/) (LZ)? το Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Κίνας (Νο 81170698, Αρ 81370856, https://www.nsfc.gov.cn/) (CZL)? το Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Κίνας (Νο 31370983, https://www.nsfc.gov.cn/) (DHZ)? Anhui Ίδρυμα Επαρχιακό Φυσικών Επιστημών (No.1408085QH180, https://www.ahkjt.gov.cn/) (LZ), η Κλινική Βασικά Θέματα Πρόγραμμα του Υπουργείου Δημόσιας Υγείας της Κίνας (Urology, http: //www.nhfpc .gov.cn /) (CZL), το σχέδιο καλλιέργειας για NSFC σε Anhui Medical University (Αρ 2013KJ14, https://www.ayfy.com) (LZ) και το έργο Κλειδί του Υπουργείου Παιδείας Κινέζικα (Νο 212080, https://www.moe.edu.cn/) (DHZ). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν ανταγωνιστικά συμφέροντα υπάρχουν

Εισαγωγή

Μοριακή έρευνα έχει αναδειχθεί ως ένα πολλά υποσχόμενο εργαλείο για την σε βάθος κατανόηση σε καρκινογένεση, με κυτταρικά συστατικά του, μονοπάτια και φαρμακευτικών στόχων στην θεραπευτική του καρκίνου σηματοδότησης. Δυστυχώς, η αξιοσημείωτη πρόοδος δεν έχει ενσωματώσει όλους τους τύπους καρκίνου. Καρκίνος του πέους (ΠΕΣΔΑ) είναι ένα τέτοιο σχετικά σπάνια οντότητα όγκου στο εσωτερικό των ανεπτυγμένων χωρών του κόσμου, μόνο περίπου 1.640 περιπτώσεις καρκίνου του πέους είχαν πρόσφατα διαγνωστεί και 320 θάνατοι από καρκίνο σχετίζονται εκτιμήθηκε το 2014 στις Ηνωμένες Πολιτείες σε εθνικό επίπεδο [1]. Ότι τα ποσοστά νοσηρότητας και θνησιμότητας του ΠΕΣΔΑ στις περισσότερες αναπτυσσόμενες χώρες ήταν σημαντικά υψηλότερες, αντιπροσωπεύοντας μία φορές αύξηση 3-10 με βάση τις τιμές των ανεπτυγμένων χωρών κατά τις τελευταίες δεκαετίες [2]. καρκίνο του πέους σχετίζεται με αρκετές καθιερωμένους παράγοντες κινδύνου, όπως ιού των ανθρώπινων θηλωμάτων (HPV), κακή υγιεινή, φίμωση με χρόνια φλεγμονή, το κάπνισμα και ορισμένες επιγενετικές εναλλαγές συμπεριλαμβανομένων και των τροποποιήσεων των ιστονών μεθυλίωση [3,4]. Εκτός αυτού, μερικά γονίδια κατά τη διάρκεια της καρκινογένεσης, του πολλαπλασιασμού, εισβολή και μετάσταση του ΠΕΣΔΑ έχουν ταυτοποιηθεί. Για παράδειγμα, ρ53, εξαρτώμενες από κυκλίνη αναστολέα κινάσης 2Α (CDKN2A) και μεταλλοπεπτιδάση μήτρα 9 (ΜΜΡ-9) έχουν αποδειχθεί ότι παίζουν σημαντικό ρόλο στην καρκινογόνο διαδρομές ΠΕΣΔΑ και επιθηλιακά-μεσεγχυματικά μετάβαση (ΕΜΤ), αντίστοιχα [5]. Παρ ‘όλα αυτά, όπως αναφέρθηκε παραπάνω, επιπλέον ολοκληρωμένη έρευνα για τη διαλεύκανση περαιτέρω οι ακριβείς μηχανισμοί των μοριακών αλλαγών που διέπουν την κίνηση, την ανάπτυξη και την εξέλιξη του ΠΕΣΔΑ αποτελεί επιτακτική ανάγκη για μας να εξερευνήσουν νέες και πολύτιμες προληπτικά, έγκαιρη ανίχνευση, στοχευμένες θεραπείες και πρόβλεψη πρόγνωση προσεγγίσεις για αυτό το γεννητικό και ουροποιητικό διαταραχή.

Ζευγάρι microRNAs (miRNAs) είναι μια ομάδα ενδογενώς εκφράζονται, εξελικτικά συντηρημένη, μονόκλωνο και μη-κωδικοποίησης μικρά RNAs (smRNAs, περίπου 19-23 νουκλεοτίδια σε μήκος) που δρουν ως μεταγραφικούς ρυθμιστές της γονιδιακής έκφραση σε ένα ευρύ φάσμα οργανισμών [6]. Μέχρι σήμερα, περισσότεροι από 1.000 ανθρώπινα miRNAs έχουν ταυτοποιηθεί και έχουν τεράστια παρατηρήσεις έχουν επιτευχθεί σε συνδέει τα επίπεδα εναλλακτικών και ανώμαλη έκφραση του miRNAs με την έναρξη και την πρόοδο των ανθρώπινων ασθενειών, ειδικά για τα διάφορα είδη των τύπων καρκίνου [7-9], όπως δεν είναι λιγότερο από το μισό των γονιδίων miRNA που βρίσκεται στον καρκίνο που σχετίζεται με τις περιφέρειες ή εύθραυστα τοποθεσίες σε ολόκληρο το γονιδίωμα [10]. miRNA απορρύθμιση στη βιολογία του όγκου παρατηρήθηκε για πρώτη φορά το miRNA-15a και miRNA-16-1 εντός locus 13q14, και τα δύο από τα οποία στοχεύουν miRNAs Β-κυττάρου λέμφωμα 2 (Bcl-2) mRNA διαγράφηκαν ή κατιούσα ρύθμιση στις περισσότερες πλειοψηφία των χρόνιων λεμφοκυτταρική λευχαιμία (CLL) περιπτώσεις, με αποτέλεσμα στην ογκογένεση μέσω της μείωσης αποπτωτική δραστηριότητα [11]. Επί του παρόντος, έχει γίνει ευρέως αποδεκτό ότι διαφορετικοί τύποι καρκίνου, τα στάδια, οι βαθμοί παλινδρόμησης ή κρατών διαφοροποίηση θα μπορούσε να διαθέτει ατομική προφίλ έκφρασης των miRNAs, οι οποίες υπόσχονται πολλά στην ενεργεί ως αξιόπιστο μοριακοί βιοδείκτες για τη διάγνωση του καρκίνου και μπορεί επίσης να αποκαλύψει νέα μονοπάτια παθογόνων σηματοδότησης συσχετιστεί με καρκινογένεση και εξέλιξης για στοχευμένη μοριακή θεραπευτικών [12]. Από τότε, μια ποικιλία τεχνικών έχουν εισαχθεί για τη διεξαγωγή miRNA προφίλ. Για παράδειγμα, η ποσοτική ανάστροφης μεταγραφής αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR qRT-) δοκιμασίες, κηλίδωση Northern και αναλύσεις μικροσυστοιχίες έχουν ποτέ χρησιμοποιηθεί εκτενώς για μελέτες προφίλ miRNA [13]. Πρόσφατα, μια πρόσφατα αναπτυγμένη τεχνολογία αλληλουχίας που ονομάζεται επόμενης γενιάς (NGS) έχει προσελκύσει πολλή προσοχή σε μικρά RNA (smRNA) προφίλ λόγω της μοναδικά πλεονεκτήματα της στην ειδικότητα της δοκιμής, η ευαισθησία και τα νέα ταυτοποίηση smRNAs [14-16]. Μέσω του οποίου, μπορούμε να εντοπίσουμε όλα σχεδόν τα smRNAs, όπως είναι γνωστό και τα νέα miRNAs ακόμη και με εξαιρετικά χαμηλή αφθονία, μικρή κυτταροπλασματική RNAs (scRNAs), πυρηνικά RNA (snRNAs), πυρηνισκικός RNAs (snoRNAs) και τα RNA piwi-αλληλεπιδρούν (piRNAs) [17] .

στην παρούσα μελέτη, με στόχο να καλύψει το κενό στην πληροφόρηση σχετικά με το προφίλ των miRNAs σε ανθρώπινο καρκίνο του πέους και αξιολογείται μια πιθανή συσχέτιση μεταξύ διαφοροποιούνται τα επίπεδα έκφρασης των miRNAs με ογκογένεση και την εξέλιξη. Με την εφαρμογή αλληλούχιση επόμενης γενιάς τεχνολογία (NGS), πραγματοποιήσαμε smRNA-seq για δέκα ζεύγη φρέσκο ​​κατεψυγμένο δείγματα πέους καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων και συμφωνημένα ιστολογικά φυσιολογικούς ιστούς του πέους τα οποία ήταν δίπλα στο καρκίνο. Αντιμετωπίσαμε τις γενικές πληροφορίες των προφίλ έκφρασης των miRNAs και στα δύο ζεύγη ιστούς του πέους και ιδιαίτερα διαπίστωσε ότι ένας αριθμός miRNAs ήταν έκτροπα που εκφράζεται σε καρκίνους του πέους σε σύγκριση με συμφωνημένα φυσιολογικούς ιστούς. Αξίζει να σημειωθεί ότι, η ανάλυση γονιδίων οντολογίας (GO) των πιθανών γονιδίων στόχων των miRNAs ανέφερε ότι απελευθερωμένης miRNAs σε εμπλουτισμένο βιολογικές διεργασίες, μοριακές λειτουργίες και κυτταρικά συστατικά ενεπλάκησαν στην ανάπτυξη των κυττάρων, το σχήμα των κυττάρων, αξονογένεση, ρύθμιση δραστηριότητα της πρωτεΐνης και την αγγειογένεση, που μαζί συμμετείχε στην μετασχηματισμός των φυσιολογικών κυττάρων σε κακοήθεις αλλοιώσεις. Εκτός αυτού, το Κιότο εγκυκλοπαίδεια των γονιδίων και ανάλυση γονιδιωμάτων (KEGG) οδού εμπλουτίζεται με επιτυχία αρκετά σφιχτά καρκίνου που σχετίζονται με μονοπάτια τα οποία ήταν όλα καλά τεκμηριωμένες για να συμμετάσχουν στην έναρξη του καρκίνου, την ανάπτυξη, την εισβολή, μετάσταση, αλλά και πολλά υποσχόμενη θεραπεία. Τα αποτελέσματά μας παρέχουν μια πολύτιμη έρευνα των πόρων για την περαιτέρω διαλεύκανση των ρυθμιστικών ρόλων των miRNAs στην πέους ογκογένεση και την εξέλιξη, η οποία κατέχει επίσης μεγάλη υπόσχεση για τη διευκόλυνση της ανάπτυξης νέων διαγνωστικών βιοδεικτών και αποτελεσματικές θεραπευτικές στρατηγικές για ΠΕΣΔΑ.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική δήλωση

πληροφορημένες συγκαταθέσεις υπογράφηκαν από όλα τα δεκατρία τους ίδιους τους ασθενείς με πέους καρκίνωμα των πλακωδών κυττάρων που είχαν λάβει μερική penectomy και η έρευνα αξιολογήθηκε διεξοδικά και στη συνέχεια ενέκρινε αυστηρά σύμφωνα με τους κανονισμούς από το επιτροπές Δεοντολογίας για τα Ανθρώπινα Ερευνών της First Affiliated Νοσοκομείο Anhui Medical University (Έγκριση Αρ PJ20140906).

Κλινικά δείγματα συλλογής

καρκίνος του πέους και συμφωνημένα μη κακοήθεις δείγματα συλλέχθηκαν από το σύνολο των 13 ασθενείς που υποβλήθηκαν σε μερική penectomy 2013-2015 στο Τμήμα Ουρολογίας, την Πρώτη Ενταγμένο Νοσοκομείο Anhui Medical University. Αμέσως μετά την επέμβαση, καρκινικούς και φυσιολογικούς ιστούς συμφωνημένα πέους ξεχωριστά αποθηκευμένα σε διάλυμα RNAlater (Ambion, USA) και καταψύχονται σε -80 ° C σύμφωνα με μια πρότυπη διαδικασία λειτουργίας (SOP) καθοδηγείται από την uropathologist. Εν συντομία, ιστοί όγκου που περιέχουν περισσότερο από 80% οιδηματώδης βλάβες συμπεριλήφθηκαν για περαιτέρω αναλύσεις. Αντίστοιχα, οι ευθυγραμμισμένοι κανονικές γειτονικούς ιστούς ελήφθησαν από όπου τουλάχιστον 1,0 cm μεταξύ τους από τις ορατές ογκογόνους ιστούς στο πέος. Κάθε καρκινικών και μη-κακοήθεις ιστούς διαγνώστηκαν ιστοπαθολογικά με αιματοξυλίνη-ηωσίνη (ΗΕ) -χρώση.

SmRNA κατασκευή της βιβλιοθήκης και βαθιά

αλληλουχίας

Ολικό RNA συλλέχθηκε από δέκα ζεύγη φρέσκων-κατεψυγμένων πέους καρκίνους και συμφωνημένα ιστολογικά φυσιολογικό πέους ιστούς χρησιμοποιώντας αντιδραστήριο ΤΚΙζοΙ (Life Technologies, USA). Ειδική RNA με αναλογία A260 /A280 περισσότερο από 1,8 συνέχεια αξιολογούνται για την ακεραιότητα του RNA με τη διεξαγωγή της δοκιμασίας τσιπ DNA. Δύο βιβλιοθήκες smRNA κατασκευάστηκαν από συνενώθηκαν και ολοκληρωμένη RNA των δέκα ατόμων για κάθε ομάδα (καρκινικούς και φυσιολογικούς ιστούς συμφωνημένα πέους) με τη χρήση ενός κιτ prep δείγμα smRNA (Illumina, USA) ακολουθώντας τις πρότυπα πρωτόκολλα με ειδικές τροποποιήσεις [15]. Εν συντομία, τα κατάλληλα κλάσματα κυμαίνονταν από 18 έως 28 nt nt διαχωρίστηκαν, καθαρίστηκαν μέσω 15% (β /ο) μετουσιωτική ηλεκτροφόρηση πηκτής πολυακρυλαμιδίου και στη συνέχεια συνδέεται με RNA προσαρμογείς (5′-GTTCAGAGTTCTACAGTCCGACGATC και 3′-TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG) ακολουθούμενη από RT-PCR ενίσχυση. Στη συνέχεια, τα προϊόντα PCR καθαρίστηκαν περαιτέρω επί πηκτωμάτων αγαρόζης για να καθορίσει τις βιβλιοθήκες. Τέλος, οι δύο βιβλιοθήκες που κατασκευάζονται από δέκα καρκινικούς ιστούς του πέους (συνενωμένων και των ομογενοποιημένων σε μια βιβλιοθήκη) και δέκα συμφωνημένα γειτονικούς ιστούς κανονική του πέους (συνενωμένων και των ομογενοποιημένων σε άλλο βιβλιοθήκης) αλληλουχήθηκαν με εφαρμογή Illumina Hiseq 2000 (Illumina, USA) στο Πεκίνο Genomics Ινστιτούτο (Shenzhen, Κίνα) ακολουθώντας αυστηρά τα τυποποιημένα πρωτόκολλα [18].

δεδομένα NGS αναλύσεις και τα νέα miRNAs ταυτοποίηση

τα δεδομένα αλληλουχίας smRNA αναλύθηκαν περαιτέρω αναφορά στις μεθόδους που περιγράφονται στις προηγούμενες δημοσιεύσεις [15-18]. Συγκεκριμένα, μετά τη διαγραφή 5 ‘προσαρμογέα και κλάδεμα 3’ ακολουθίες δέκτη, αφαιρείτε το μολυσμένο και χαμηλής ποιότητας διαβάζει (Q & lt? 10, η αξία της ποιότητας ήταν υπολογίζονται Q = χαρακτήρα ASCII με κωδικό 64), όπως διαβάζει χωρίς ένθετο τεμάχιο ή περιέχουν πολυ ( Α) απλώνεται, τα προσόντα μοναδικές ετικέτες χαρτογραφήθηκαν σε GRCh37.p5 εισάγοντας το εργαλείο SOAP2.0 υπερταχεία (https://soap.genomics.org.cn) [19]. Ετικέτες με όχι περισσότερες από μία αναντιστοιχία είχαν διαλέξει για τις επόμενες αναλύσεις. Οι συντηρημένες γνωστό miRNAs εντοπίστηκαν από την ευθυγράμμιση των αντιστοιχίζεται ετικέτες στο εργαλείο miRBase (έκδοση 18.0) στο

Homo sapiens

[20], και οι ετικέτες δεν ταιριάζουν στο miRBase περαιτέρω ευθυγραμμισμένες κατά τις ακολουθίες των άλλων μη-κωδικοποίησης RNAs (Τα rRNA, tRNAs, snRNAs, snoRNAs) παρουσιάζονται στη βάση δεδομένων Rfam (https://www.sanger.ac.uk/resources/databases/rfam.html) [21], επαναλαμβάνει τη βάση δεδομένων καθώς και δεδομένων Pirna [22]. Κατά την εξέταση των λίγων ετικέτες smRNA μπορεί να χαρτογραφήσει σε περισσότερες από μία κατηγορίες, ακολουθήσαμε τους κανόνες προτεραιότητας που περιγράφονται στην προηγούμενη δημοσίευση για να εγγυηθούμε ότι κάθε μοναδική smRNA χαρτογραφήθηκε με μοναδικό σχολιασμό ως εξής: miRNA, Rfam, επαναλήψεις, Pirna και mRNA (122.228 .158.106 /mr2_dev) [23].

Μετά την ταυτοποίηση των γνωστών miRNAs, οι υπόλοιπες αλληλουχίες από όλα τα καρκινικά και φυσιολογικά δείγματα συμφωνημένα πέους δεν σχολιάζονται από τις προαναφερθείσες βάσεις δεδομένων επιλέχθηκαν από τις δύο βιβλιοθήκες να ευθυγραμμιστούν με το ολοκληρωμένο ανθρώπινο μεταγραφικό για την πρόβλεψη νέων miRNAs. Όλες οι δομές φουρκέτας που μοιάζει περιέχει αταξινόμητη ετικέτες smRNA που αποτελείται από όχι λιγότερο από 45 διαβάζει είχαν προβλεφθεί χρησιμοποιώντας την κλασική εργαλείο προ-microRNAs πρόβλεψη Mireap (https://sourceforge.net/projects/mireap/) [24] αυστηρά σύμφωνα με τους ακόλουθους κανόνες: 1) Μήκος ακολουθίες miRNA κυμαίνονται 18 με 26 nt? 2) ελεύθερη ενέργεια ενός προδρόμου miRNA είναι μικρότερη από -18 kcal /mol? 3) Αρδεννών επιτρέπεται για miRNA και η αντιστοιχισμένη πρόδρομος miRNA * είναι μικρότερη από 4? 4) Διάστημα μεταξύ miRNA και σε συνδυασμό πρόδρομο miRNA * δεν είναι περισσότερο από 35 nt. Εν τω μεταξύ, RNA Fold (https://rna.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAfold.html) [25], ένα πρόγραμμα υπολογίζει την ελάχιστη ελεύθερη ενέργεια (MFE) και backtraces μια βέλτιστη δευτερεύουσα δομή, είχε δανείσει για να προβλέψει όλα τα ουσιώδη δευτεροταγείς δομές των πιθανών προδρόμων miRNA. Όλα τα ανεπεξέργαστα δεδομένα που προκύπτουν από την αλληλούχιση επόμενη γενιά έχει κατατεθεί στη συγκεκριμένη βάση δεδομένων ArrayExpress (αριθμός προσχώρησης: E-mtab-3087).

Βιοπληροφορική αναλύσεις για διαφορικά εκφρασμένων miRNAs

Οι προσεγγίσεις που περιγράφονται στο προηγούμενη δημοσίευση μας για αναλύσεις βιοπληροφορική εισήχθησαν για να εκτελέσει την πρόβλεψη γονιδίων-στόχων στην παρούσα μελέτη [17-18]. Εν συντομία, οι στοχευμένες γονίδια διαφορικά εκφρασμένων miRNAs από καρκινικά και συμφωνημένα φυσιολογικούς ιστούς του πέους είχαν προβλεφθεί χρησιμοποιώντας Στόχοι μικρόκοσμος παλαιότερα ονομαζόταν στόχους miRBase (https://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/) [26-27 ], TargetSpy (https://targetspy.org/) [28] και η Μιράντα (https://www.microrna.org) [29]. Οι συγκεκριμένες προβλέψεις αυστηρά σύμφωνα με τους κανόνες που περιγράφονται ως εξής: 1) Οποιαδήποτε αναντιστοιχία δεν θα πρέπει να βρεθεί στην περιοχή σπόρο? 2) Η ελεύθερη ενέργεια του διπόλου /στόχου miRNA θα πρέπει να είναι μικρότερη από -20 Kcal /mol? 3) Η συνολική βαθμολογία για ένα ζευγάρι miRNA-mRNA πρέπει να υπερβαίνει τα 140 [17-18].

Στη συνέχεια, τα εμπλουτισμένα όρους GO (https://www.geneontology.org) [30] και τα μονοπάτια KEGG ( https://www.genome.jp/kegg/) [31] αναλύσεις διεξήχθησαν για τις προβλεπόμενες γονίδια στόχους των διαφορικά εκφρασμένων miRNAs από φυσιολογικά και καρκινικά δείγματα του πέους. Συγκεκριμένα, μετά από τη χαρτογράφηση των πιθανών γονιδίων στόχων στο σύνολο δεδομένων των σχολιασμών GO και μονοπάτια KEGG, τη διαλογή τα εμπλουτισμένα βιολογικές διαδικασίες και τη σηματοδότηση μονοπατιών μέσω δοκιμών Υπεργεωμετρική και Fisher, οι αναλογίες εμπλουτισμό και p-τιμές για το GO και KEGG υπολογίστηκαν μέσω της εισαγωγής της πανομοιότυπες τύπο που αναφέρονται στην προηγούμενη έκθεσή μας [17], τότε η False Discovery Rate (FDR) προσαρμογή έγινε για να κρίνουμε τη σημασία των διαφορών σε πολλαπλές δοκιμές [32]. Τελικά, οι βασικοί όροι GO και οδοί αναγνωρίσθηκαν μόνο υπό την περίσταση ότι ο εμπλουτισμός ratio≥2.0 και p-value FDR & lt? 0,05 ταυτόχρονα

επαλήθευσης qRT-PCR για αλλαγμένη έκφραση των miRNAs

Ζευγάρι miRNAs. ποσοτικοποίηση εκτελέστηκε με συνήθη ποσοτική πραγματικού χρόνου PCR χρησιμοποιώντας έναν Applied Biosystems StepOne PCR πραγματικού χρόνου System (Applied Biosystems, USA) και ένα SYBR προμίγματος Ex-Taq kit II (Takara, Japan) με βελτιστοποιημένες συνθήκες αντίδρασης και με τη χρήση των ειδικών εκκινητών παρατίθενται στον πίνακα S1. Εν συντομία, ολικό RNA εκχυλίστηκε από 13 ζεύγη καρκινικούς και φυσιολογικούς ιστούς συμφωνημένα του πέους. Μεταξύ των οποίων, η εξάγεται RNA από την ταυτόσημη δέκα ασθενείς εφαρμόζεται σε NGS συνενώθηκε και επικυρωθεί, ενώ κάθε ολικό RNA από άλλους τρεις ασθενείς ήταν ξεχωριστά χρησιμοποιήθηκε για περαιτέρω αναλύσεις. Μετά την σύνθεση cDNA, εις τριπλούν αντιδράσεις πραγματοποιήθηκαν στους 95 ° C /10 min, οι επόμενες 40 ενισχύθηκαν κύκλοι διεξήχθησαν στους 95 ° C /15 s και 60 ° C /60 s. Εν τω μεταξύ, U6 snRNA είχε δανείσει ως εσωτερικός έλεγχος για την εξομάλυνση της έκφρασης των miRNAs. Για την ανάλυση των δεδομένων, ο κύκλος κατωφλίου (Ct) ορίστηκε ως κλασματικών κύκλους, όταν ο φθορισμός περάσει ένα ορισμένο όριο και περαιτέρω εφαρμόζεται για τον υπολογισμό σχετική αφθονία miRNA (△△ Ct = Ct

miRNA-Ctsn

RNAU6). Σχετική έκφραση φορές αλλαγές υπολογίστηκαν με τη χρήση 2

– △△ τύπο Ct [16]. Οι διαφορές συγκέντρωσης μεταξύ miRNA καρκινικούς και φυσιολογικούς ιστούς του πέους αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας μη ζευγαρωμένο t-τεστ [18]. Όταν μια τιμή p βρέθηκε να είναι μικρότερη από 0,05, θα μπορούσε να θεωρηθεί στατιστικά σημαντική.

Αποτελέσματα

Επισκόπηση των δεδομένων smRNA-αλληλουχίας ολόκληρο το γονιδίωμα από τα ζεύγη δειγμάτων του πέους

Όλα τα smRNAs των 18-32 νουκλεοτιδίων από τα ζεύγη φρέσκο-κατεψυγμένα δείγματα του πέους ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα (εφεξής «καρκινικούς ιστούς») και να συνδυαστούν ιστολογικά φυσιολογικούς ιστούς του πέους δίπλα στον καρκίνο (εφεξής «φυσιολογικούς ιστούς» ), τα οποία έχουν διαγνωστεί ιστοπαθολογικά από HE-χρώση (Σχήμα 1), ήταν βαθιά αλληλουχία, προκειμένου να αποκτήσουν μια ολοκληρωμένη άποψη των προφίλ smRNAs.

HE χρώση απεικονίζονται των αντιπροσωπευτικών παρακείμενων φυσιολογικών ιστών του πέους (αριστερά) και καρκινικά πέους δείγματα (δεξιά) από τρεις ασθενείς, αντίστοιχα.

η

για κάθε δείγμα, 13796889 (από 15.702.009 διαβάζει) και 14051355 ακολουθία διαβάζει (από 15.698.197 το έχουν διαβάσει) ευθυγραμμισμένο με το σύνολο δεδομένων αλληλουχίας του ανθρώπινου γονιδιώματος ήταν ληφθεί, που αντιπροσωπεύουν 704.514 (από 966.914) και 787.447 (από 1.090.353) μοναδικές ετικέτες, αντίστοιχα (S2 Πίνακας). Μεταξύ των οποίων, 6898 μοναδικές ετικέτες που αντιστοιχεί σε 4.795.955 διαβάζει και 7173 μοναδικές ετικέτες που αντιστοιχεί σε 3.815.482 διαβάζει αντιστοιχήθηκαν με γνωστές miRNAs για φυσιολογικών και καρκινικών ιστών, αντίστοιχα. Εν τω μεταξύ, 5877 που αντιστοιχεί σε 172.216 διαβάζει και 6272 που αντιστοιχούν σε 119.724 διαβάζει αντιστοιχήθηκαν με γνωστές piRNAs για φυσιολογικών και καρκινικών ιστών, αντίστοιχα. Το υπόλοιπο των αλληλουχιών αντιπαραβάλλονται σε άλλους τύπους RNAs, συμπεριλαμβανομένων mRNAs, rRNAs, sRNAs, snRNAs, snoRNAs, tRNAs, επαναλήψεις και ούτω καθεξής (Εικόνα 2 και S2 Πίνακα). Μεταξύ των οποίων, οι επαναλήψεις αποτελούνταν κυρίως από rRNA, είτε με βάση τη συνολική διαβάζει ή μοναδικές ετικέτες (S3 Πίνακας).

λήφθηκαν Οι μοναδικές ετικέτες και το συνολικό διαβάζει ευθυγραμμισμένο με το σύνολο δεδομένων αλληλουχίας του ανθρώπινου γονιδιώματος. Η χαρτογραφηθεί μοναδικές ετικέτες και καθαρό διαβάζει σχολιάστηκαν και ταξινομούνται ως miRNA, Pirna, rRNA, sRNA, snRNA, snoRNA, tRNA, επαναλαμβάνει, κλπ βασίζεται σε σύγκριση με αναλυτικές βάσεις δεδομένων, μερική ετικέτες και διαβάζει δεν σχολιασμένη.

Η πλειοψηφία αυτών των καθαρών διαβάζει ήταν 22 nt στο μέγεθος, που ακολουθείται με συνέπεια από θραύσματα RNA 23-nt και 21-nt (S1 Σχήμα). Επιπλέον, για να κατανοήσουμε το μοτίβο κατανομής του συνόλου των μοναδικών ετικέτες στα χρωμοσώματα, η λεπτομερής θέση της κάθε ετικέτας στο χρωμόσωμα αξιολογήθηκε. Ως αποτέλεσμα, οι κατανομές χρωμόσωμα μεταξύ των καρκινικών και φυσιολογικών ιστών ήταν γενικά τα ίδια. Συγκεκριμένα, στις καρκινικές πέους ιστούς, χρωμόσωμα 1 harbored περισσότερες από τις μοναδικές ετικέτες, που ακολουθείται από χρωμόσωμα 2, 11, 12 και 17, αντίστοιχα, οι περισσότερες από τις μοναδικές ετικέτες που βρίσκονται στο χρωμόσωμα 1, 2, 17, 12, 11 στο διπλανό φυσιολογικούς ιστούς του πέους (S2 σχήμα).

Χαρακτηριστικά των κορυφαίων άφθονα γνωστών και νέων miRNAs

Για να αναλύσει τα πιο άφθονα miRNAs σε ιστούς του πέους, έχουμε απαριθμήσει τα κορυφαία 20 εκφράζεται έντονα miRNAs με σχετικά πιο διαβάζει μετράνε σε φθίνουσα σειρά από τις 751 και 806 γνωστά miRNAs σε φυσιολογικά και καρκινικά πέους ιστούς, αντίστοιχα, τα οποία προφίλ έκφρασης υποδείχθηκε τόσο από την απόλυτη διαβάζει μετράνε και το διαβάζει μετράνε έξω από ανά εκατομμύριο διαβάζει καταμέτρηση. Σε φυσιολογικούς ιστούς του πέους, αφήστε-7α-5P, αφήστε-7f-5P, αφήστε-7b-5P, αφήστε-7c-5P, miR-140-3p, αφήστε-7G-5P, αφήστε-7E-5P, miR-103a -3p, miR-320a, miR-143-3p ήταν οι κορυφαίοι άφθονα miRNAs. Αντίστοιχα, οι υψηλά εκφράζονται miRNAs σε καρκινικούς ιστούς του πέους αφέθηκαν-7f-5P, αφήστε-7α-5P, αφήστε-7b-5P, αφήστε-7c-5P, miR-140-3p, miR-199b-3ρ, αφήστε-7g -5p, miR-199α-3ρ, αφήστε-7E-5P και miR-143-3p κατείχε τα κορυφαία άφθονα επίπεδα έκφρασης. Από την οποία, βρήκαμε ότι οι πιο υψηλή έκφραση miRNAs σε φυσιολογικά και καρκινικά πέους ιστούς ήταν περίπου η ίδια (Πίνακας 1), υποδεικνύοντας την πανομοιότυπη ιστολογική προέλευση των ζευγών δειγμάτων που υποβάλλονται σε βαθιά αλληλουχίας.

Η

Για την αναγνώριση δυναμικό μυθιστόρημα miRNAs στο πέος τους ιστούς, τα μη ταξινομημένα ετικέτες περαιτέρω επεξεργασία χρησιμοποιώντας το εργαλείο Mireap. Μόνο αυτές οι ετικέτες με διαβάζει μετράνε περισσότερο από το 50 και αυστηρά ταιριάζουν οι προεπιλεγμένες παράμετροι που ταξινομούνται ως υποψήφιοι νέων ώριμων miRNAs. Με βάση την ανάλυση αυτή, κάθε 10 προδρόμους miRNA (των οποίων το δυναμικό δομές στελέχους βρόχου φαίνονται στον S3 Εικ) που κωδικοποιεί την πλέον άφθονη προβλεπόμενη νέο ώριμο miRNA υποψηφίους με μήκη κυμαίνονταν 22 έως 24. nt ξεχωριστά προσδιορίζονται στις δύο βιβλιοθήκες smRNA από πέους ιστούς. Αξιοσημείωτα, 7 εκφράζεται σε αφθονία νέων miRNAs επικαλύπτονταν μεταξύ καρκινικών και συμφωνημένα παρακείμενο φυσιολογικό πέους ιστούς (Πίνακας 2), η οποία έδειξε την πανομοιότυπα ιστολογική προέλευση και χρωμοσωμική θέση των miRNAs στις δύο ιστούς και πάλι. Εν τω μεταξύ, αυτές οι νέες miRNAs προήλθαν από ίδιους προδρόμους έχουν επίσης δείξει ετερογένεια και προτίμησης, με την παραγωγή σχετικά πιο ώριμα προϊόντα από το 3 ‘άκρα σε σύγκριση με τα άκρα 5’ και μεταξύ των κορυφαίων 10 νέο ώριμο miRNAs είτε πέους ιστούς, 9 miRNAs ξεκίνησε με αδενίνη ή ουριδίνης (Πίνακας 2), τα οποία σχέδια ήταν σύμφωνα με την προηγούμενη έκθεση [17].

η

διαφορικά εκφράζονται προφίλ των miRNAs σε καρκίνους του πέους

κατά τη σύγκριση των διακριτών επιπέδων των miRNA αφθονία μεταξύ των φυσιολογικών και καρκινικών ιστών, δύο ποσότητες είναι συχνή μεγάλη σημασία: το ένα είναι το ρ-τιμή που αντιστοιχεί με τις αποκρίσεις t-test προς το ζήτημα αν μπορεί να επιτευχθεί η στατιστικά σημαντική διαφορά των επιπέδων έκφρασης μεταξύ των ζευγών ομάδων. Το άλλο είναι η τιμή πολλαπλή μεταβολή (FC), το οποίο θα μπορούσε να επεξηγούν τι είναι το μέγεθος της διαφοράς αφθονίας miRNA μεταξύ των ζεύγη δειγμάτων. Αξίζει να σημειωθεί ότι, ακόμη και πολύ μεγάλες τιμές FC μπορεί να έχει ασήμαντη ρ-τιμές σύμφωνα με την t-test που προκαλείται από σημαντικές μεταβλητότητες. Ομοίως, σχετικά μικρό μέγεθος της διαφοράς μπορεί επίσης να σημαίνει ένα μικρό π-αξία λόγω των εξαιρετικά συνεπής τεχνική επαναλήψεις μέσα σε κάθε δείγματα. Έτσι, μια χρήσιμη μέθοδος απεικόνισης που ονομάζεται «οικόπεδο ηφαίστειο», η οποία μπορεί ταυτόχρονα να παρουσιάζουν πολλαπλή μεταβολή και p-τιμές για τον άξονα Χ και Υ-άξονα ξεχωριστά, έχει εισαχθεί για τη διεξαγωγή ανάλυσης μας. Σε γενικές γραμμές, τα σημεία που βρίσκονται στην πάνω αριστερά ή πάνω δεξιά περιοχές του οικοπέδου και υποδεικνύεται με το πράσινο χρώμα θα πρέπει να επιστήσει περισσότερο την προσοχή, όπως είχαν κάνει και οι δύο μικρές τιμές p (p & lt? 0,05) και υψηλές τιμές FC (FC≥2) . Σε αυτή τη συγκριτική μελέτη, η επισκόπηση του οικοπέδου ηφαιστείου που δημιουργείται από τα προφίλ miRNAs σε καρκίνο του πέους και συμφωνημένα φυσιολογικοί ιστοί εμφανίζονται (S4 σχήμα). Ως αποτέλεσμα, η διαφορική σημαντικά τα επίπεδα έκφρασης 98 miRNAs βρέθηκαν μεταξύ ΠΕΣΔΑ και γειτονικό φυσιολογικό δείγματα του πέους μετά την προσαρμογή για πολλαπλές δοκιμές. Με την εφαρμογή επιπλέον φιλτράρισμα με ένα αυστηρό αποκοπής των 50 διαβάζει μετράνε και στα δύο δείγματα, εντοπίσαμε 56 miRNAs που αποτελείται από 30 (53,6%) miRNAs που ρυθμίζεται προς τα κάτω (Πίνακας 3) και 26 (46,4%) που ρυθμίζεται προς τα πάνω (Πίνακας 4) στους ασθενείς και θα μπορούσε διακρίσεις καρκίνωμα του πέους από συμφωνημένα φυσιολογικούς ιστούς.

η

Μεταξύ των οποίων, τα πιο άφθονα μειωτικά miRNAs σε καρκινικούς ιστούς του πέους ήταν miR-320a, miR-205-5p, ΜΙΚ 145-5p, miR-423-5p και miR-23β-3ρ. Από τους ρυθμίζεται προς τα πάνω miRNAs, miR-107, miR-223-3p, miR-340-5p, miR-424-5p και miR-944 ήταν τα top 5 πιο άφθονα εκφράζεται miRNAs σε ιστούς του καρκίνου του πέους, μεταξύ των οποίων, miR-107 είχε ένα επίπεδο έκφρασης στην ΠΕΣΔΑ άνω των 30.000 διαβάζει καταμέτρηση. Εν τω μεταξύ, miR-107 ήταν επίσης η πιο σημαντική απορυθμίζεται miRNA όπως το ημερολόγιο

2 (Καρκίνος /Κανονική Λόγος) ήταν 3.83708. Αντίστοιχα, miR-508-3p ήταν η πιο σημαντική μειωτικά miRNA ως έκφραση του miR-508-3p μάλιστα δεν ανιχνεύθηκε στο ΠΕΣΔΑ.

Η αλλαγμένη έκφραση των miRNAs σε καρκινικούς ιστούς του πέους επικυρωθεί από qRT-PCR

για να επικυρώσετε την αλλοιωμένη έκφραση των miRNAs στο ΠΕΣΔΑ προφίλ από smRNA-seq, qRT-PCR πραγματοποιήθηκε στις πέους καρκινικούς ιστούς και συμφωνημένα ιστολογικά φυσιολογικούς ιστούς. Πρώτον, να αποκλείσει τις πιθανές ατομικές διαφορές μεταξύ των δειγμάτων υποβάλλεται στη αλληλουχίας, το 10 ζεύγη πέους δείγματα από τους ασθενείς ήταν επίσης αναμειγνύεται ως μια πισίνα για την επικυρωμένη δοκιμασία. Στη συνέχεια, πήραμε τυχαία 5 ρυθμίζεται προς τα πάνω και 5 μειωτικά miRNAs μεταξύ των διαφορικά εκφρασμένων miRNAs για τη διεξαγωγή της ανάλυσης qRT-PCR και τα επίπεδα έκφρασης παρουσιάστηκαν χρησιμοποιώντας την κανονικοποιημένη αλλαγή φορές των καρκινικών ιστών σε σχέση με φυσιολογικούς ιστούς. Τα αποτελέσματα αποκάλυψαν ότι τα επίπεδα έκφρασης και αλλοιωμένη τάση έκφραση των 10 απελευθερωμένης miRNAs ήταν αρκετά συνεπείς με τα αποτελέσματα που λαμβάνονται από την τεχνολογία NGS. Και από τις δύο τεχνικές, miR-509-3p έδειξε τη μεγαλύτερη πολλαπλή μεταβολή του κατιούσα ρύθμιση των επιπέδων έκφρασης σε καρκινικούς ιστούς του πέους, και miR-107 διέθετε τη μεγαλύτερη πολλαπλή μεταβολή του απορυθμίζεται επίπεδα έκφρασης σε καρκινικούς ιστούς του πέους, η οποία μαζί έδειξαν ότι τα επίπεδα έκφρασης των miRNAs ανιχνεύεται με αλληλούχιση smRNA-seq ήταν αξιόπιστη (S5 σχήμα). Επιπλέον, για να επικυρώσει το τροποποιημένο πρότυπο έκφρασης των miRNAs αποκαλύπτεται από τα στοιχεία που NGS σε μεμονωμένους ασθενείς, πήραμε 4 απελευθερωμένης miRNAs για τη διεξαγωγή της ανάλυσης qRT-PCR και τα επίπεδα έκφρασης παρουσιάστηκαν χρησιμοποιώντας την κανονικοποιημένη αλλαγή φορές των καρκινικών ιστών σε σχέση με φυσιολογικούς ιστούς σε κάθε ασθενή , αντίστοιχα. Σύμφωνα με το αποτέλεσμα, βρήκαμε ότι παρόλο που τα αποτελέσματα με βάση τον πληθυσμό και εγγενείς διαφορές αναπόφευκτα αναδείχθηκε ως η προηγούμενη έκθεση [33], η τάση των προτύπων έκφρασης ήταν συνεπής με τα ευρήματα NGS, όπως miR-107 και miR-223-3p έδειξε τα απορυθμίζεται επίπεδα έκφρασης σε καρκινικούς ιστούς του πέους, ενώ miR-1247-5p και miR-509-3p έδειξε τα μειωτικά επίπεδα έκφρασης σε καρκινικούς ιστούς του πέους, η οποία επαληθεύεται και πάλι τα δεδομένα smRNA-επόμενα αλληλουχίας (S6 σχήμα).

GO εμπλουτισμό ανάλυση γονιδίων διαφορικά εκφραζόμενων σε καρκινικούς και φυσιολογικούς ιστούς του πέους

Οι θεμελιώδεις βιολογικές λειτουργίες των θεωρούμενων γονιδίων στόχων ταξινομήθηκαν μέσω του συστήματος Gene Ontology. Από μεμονωμένων γονιδίων σχετίζονταν με διακριτές όρους GO, γονίδιο σύνολα τα οποία έδειξε τα παρόμοια απορυθμισμένη πρότυπα έκφρασης σε πολλαπλά καρκίνους ήταν πιθανά λειτουργικά κρίσιμη για τις ογκογόνων διεργασίες [30]. Για να κατανοήσουμε καλύτερα τις βιολογικές συμπεριφορές της απελευθερωμένης γνωστό miRNAs, πιθανών γονιδίων στόχων και βιολογικών λειτουργιών στόχο αυτών των miRNAs έχουν προβλεφθεί από τη χρήση μικρόκοσμος TargetSpy και λογισμικά Miranda [26-29] (S1 αρχείου). Μετά την προσαρμογή του αριθμού του συνόλου των γονιδίων μετράνε σχολιασμένο από ένα συγκεκριμένο term≥10 GO, εμπλουτισμένη ratio≥2.0 και p-value FDR & lt? 0,05 για να αποκτήσετε το πιο πειστικό αποτέλεσμα για τον εμπλουτισμό ανάλυση, τα top 10 πιο εμπλουτισμένο όρους GO συμπεριλαμβανομένων των βιολογικών διεργασιών, την κυτταρική εξαρτήματα και μοριακές λειτουργίες παρουσιάστηκαν στον πίνακα 5. μεταξύ των οποίων, τα πιθανά γονίδια στόχους της απελευθερωμένης miRNAs μεταξύ των καρκινικών και δείγματα φυσιολογικού πέους φαίνεται να σχετίζεται κυρίως με τις εμπλουτισμένες κυτταρικά συστατικά αποτελείται από cytoskeletons όπως adherens διασταύρωση (η οποία άγκυρες διασταύρωση διαμεμβρανικές πρωτεΐνες και διευκολύνει κύτταρο cytoskeletons συνημμένο), ίνες στρες (η οποία αποτελείται από βραχείας νημάτια ακτίνης), κυττάρου-κυττάρου διασταύρωση (η οποία διασταύρωση επικοινωνεί συνδέει συνήθως παρακείμενα κύτταρα). Εν τω μεταξύ, η πιο εμπλουτισμένο μοριακή λειτουργία μεταξύ των κορυφαίων 10 όρους GO ήταν δεσμευτική βήτα-κατενίνης (το οποίο λειτουργεί ως διαδραστική συμπεριφορά με β-κατενίνης σε μια επιλεκτική και μη-ομοιοπολικούς τρόπο). Εξάλλου, αυτές οι υποθετικές γονιδίων στόχων ήταν στενά σχετίζεται με ένα ευρύ φάσμα των βιολογικών διεργασιών συμπεριλαμβανομένης της ρύθμισης της ανάπτυξης (που διαμορφώνει εκτενώς ανάπτυξη του οργανισμού), ρύθμιση κυτταρικό σχήμα (το οποίο λειτουργεί ως κυβερνήτης διαμόρφωση κυτταρική επιφάνεια), αξονογένεση (η οποία διαδικασία ρυθμίζει γενικά το νευράξονας του μορφογένεση και προσδιορισμός σχήμα), εξαρτώμενη από κυκλίνη ρύθμιση δραστικότητας κινάσης πρωτεΐνης (η οποία διαδικασία ρυθμίζει δραστικότητα κινάσης σερίνης /θρεονίνης σφαιρικά), η φωσφορυλίωση πεπτιδυλο-σερίνη (η οποία διαδικασία προκαλεί την μετατροπή του πεπτιδυλ-σερίνης στην πεπτιδυλ-ο-φωσφο-L-σερίνη) και θετική ρύθμιση της αγγειογένεσης (ποια διαδικασία διευκολύνει το σχηματισμό των αιμοφόρων αγγείων).

η

KEGG ανάλυση μονοπατιού των γονιδίων που εκφράζονται διαφορικά σε καρκινικά και φυσιολογικούς ιστούς του πέους

Μετά την ανάλυση GO, ο υποτιθέμενος στόχος γονίδια αυτών των miRNAs που εκφράζονται διαφορικά σε καρκινικά και φυσιολογικά δείγματα του πέους εισήχθησαν σε KEGG να προβεί σε ανάλυση εμπλουτισμό μονοπάτι, το οποίο τελικά έδειξε 22 γονιδίων στόχων που σχολιάστηκαν για διαφορικά εκφρασμένων miRNAs, και 5 μονοπάτια KEGG εμπλουτίστηκαν. Με βάση την στατιστικά σημαντική ευκρίνειας με FDR τιμές p & lt? 0,05, οι σχολιασμένη πιο εμπλουτισμένο μονοπάτια βρέθηκαν να είναι στενά συνδεδεμένη με «το ραχιαίο-κοιλιακό σχηματισμό άξονα (ΟΚΚ-EGFR)» (το οποίο ρυθμίζει τις βασικές τελεστές στο σχηματισμό άξονα, όπως Rho