Αφηρημένο

Η NCI-60 του πίνακα των 60 ανθρώπινων καρκινικών κυτταρικών σειρών από εννέα διαφορετικούς ιστούς καταγωγής έχει χαρακτηριστεί εκτενώς σε βιολογικά, μοριακές και φαρμακολογικές μελέτες. Η ανάλυση των δεδομένων από αυτές τις μελέτες έχουν παράσχει πολύτιμες πληροφορίες για την κατανόηση των κυτταρικών διεργασιών και την ανάπτυξη στρατηγικών για τη διάγνωση και θεραπεία του καρκίνου. Εδώ, Affymetrix® GeneChip ™ miRNA έκδοση 1 μικροδιατάξεις ολιγονουκλεοτιδίων χρησιμοποιήθηκαν για την ποσοτικοποίηση 847 microRNAs για τη δημιουργία ενός συνόλου δεδομένων εκφράσεως του 495 (58.4%) microRNAs που εντοπίστηκαν όπως εκφράζεται σε τουλάχιστον μία κυτταρική γραμμή του πίνακα NCI-60. Ακρίβεια των μετρήσεων microRNA επιβεβαιώθηκε εν μέρει με αντίστροφη μεταγραφή και δοκιμασίες αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης. Παρόμοιο με εκείνο που παρατηρήθηκε μεταξύ των τεσσάρων υφιστάμενων NCI-60 σύνολα δεδομένων microRNA, η συμφωνία του νέου συνόλου δεδομένων έκφρασης με τους άλλους τέσσερις ήταν μέτρια, με μέση συντελεστές συσχέτισης Pearson των 0,37 – 0,54. Παρά το γεγονός αυτό, τα συγκρίσιμα αποτελέσματα με διαφορετικά σύνολα δεδομένων σημειώθηκαν στην ομαδοποίηση των κυτταρικών σειρών από την έκφραση microRNA τους, η διαφορική έκφραση των microRNAs από τον ιστό των γραμμών προέλευσης, και η συσχέτιση των συγκεκριμένων microRNAs με τον διπλασιασμό χρόνου των κυττάρων ή τους ευαισθησία ακτινοβολίας. κατάσταση της μετάλλαξης των κυτταρικών σειρών για το

TP53, PTEN

και

BRAF

αλλά όχι

CDKN2A

ή

KRAS

γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο βρέθηκε να να σχετίζεται με αλλαγές στην έκφραση των συγκεκριμένων microRNAs. Το σύνολο δεδομένων microRNA που παράγεται εδώ θα πρέπει να είναι πολύτιμη για όσους εργάζονται στον τομέα των microRNAs καθώς και σε integromic μελέτες του πίνακα NCI-60

Παράθεση:. Patnaik SK, Dahlgaard J, Mazin W, KANNISTO Ε, Jensen Τ, Knudsen S, et al. (2012) Έκφραση Τα microRNAs στον καρκίνο NCI-60 κυτταρικών σειρών. PLoS ONE 7 (11): e49918. doi: 10.1371 /journal.pone.0049918

Επιμέλεια: Sumitra Deb, Βιρτζίνια Πανεπιστήμιο της Κοινοπολιτείας, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 6, Αυγούστου του 2012? Αποδεκτές: 15 του Οκτ, 2012? Δημοσιεύθηκε: 28 του Νοέμβρη 2012

Copyright: © 2012 Patnaik et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Το έργο χρηματοδοτήθηκε από το Roswell Park Cancer Institute, Μπάφαλο, Νέα Υόρκη, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής, και την Ιατρική πρόγνωση Ινστιτούτο, Hørsholm, Δανία. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι συγγραφείς έχουν διαβάσει την πολιτική του περιοδικού και έχουν τα ακόλουθα συγκρούσεις: συν-συγγραφείς JD , WM και SK είναι /ήταν υπάλληλοι της Ιατρικής Πρόγνωση Ινστιτούτου, Hørsholm, Δανία, η οποία επικεντρώνεται στην ανάπτυξη και την εμπορευματοποίηση της τεχνολογίας των μικροσυστοιχιών με βάση για χρήση στην κλινική φροντίδα για τον καρκίνο. Ωστόσο, αυτό δεν μεταβάλλει την προσκόλλησή τους σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών. Ένας από τους συν-συγγραφείς αυτού του χειρογράφου, Σάι Yendamuri (SY) είναι μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου Συντακτική PLoS ONE. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

συστηματικές μελέτες των συνόλων των κυτταρικών σειρών έχουν παράσχει γνώσεις σχετικά με βιολογικές διεργασίες και μηχανισμούς τους , και έχουν αποδειχθεί χρήσιμα για την επινόηση διαγνωστικές και θεραπευτικές προσεγγίσεις. Για παράδειγμα, η φωσφατάση και tensin ομόλογο έχουν (ΡΤΕΝ) μηχανισμοί εξαρτώμενη και ανεξάρτητη από ογκοκατασταλτικό έχουν ταυτοποιηθεί χρησιμοποιώντας ένα πάνελ κυτταρικών σειρών μελανώματος [1], και γενετικοί δείκτες της ευαισθησίας στον αντικαρκινικό φάρμακο, trastuzumab (Herceptin ™) έχουν οριοθετηθεί χρησιμοποιώντας ένα πάνελ του καρκίνου του μαστού κυτταρικές σειρές [2]. Το NCI-60 του πίνακα 60 ανθρώπινου όγκου κυτταρικές σειρές διαφορετικών ιστολογίες και εννέα διαφορετικούς ιστούς προέλευσης αναπτύχθηκε από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου (NCI) των ΗΠΑ στα τέλη της δεκαετίας του 1980 με σκοπό την διαλογή αντικαρκινικών φαρμάκων [3]. Κατά τη διάρκεια των δύο τελευταίων δεκαετιών, τα κύτταρα NCI-60 έχουν χρησιμοποιηθεί για τη δοκιμή περισσότερο από 150.000 χημικές ενώσεις και τα εκχυλίσματα φυσικό προϊόν για την ανακάλυψη φαρμάκων [4]. Πολυάριθμες μελέτες έχουν προφίλ των κυττάρων για φαινοτυπικά χαρακτηριστικά, όπως είναι ο χρόνος διπλασιασμού, αποβολής του φαρμάκου, και την ευαισθησία ακτινοβολία, και για το χαρακτηρισμό των γονιδιωμάτων τους και τα επίπεδα του RNA, πρωτεϊνών και των μεταβολιτών [5], [6], [7]. Αναλύσεις δεδομένων ολοκληρωμένου από πολλαπλές μελέτες έχουν αποφέρει επίσης σημαντικές γνώσεις των βιολογικών και κλινικής σημασίας [8].

Τα microRNAs, μικρή μη-κωδικοποίησης RNAs, παίζουν σημαντικούς ρόλους σε κυτταρικές διεργασίες με στόχευση μεταγραφών mRNA της πρωτεΐνης που κωδικοποιεί για την αναστολή της μετάφραση ή να προκαλέσει την υποβάθμιση τους. Στους ανθρώπους, έχουν 2.042 είδη των ώριμων microRNAs έχουν αναγνωριστεί σύμφωνα με την πιο πρόσφατη έκδοση (19? Αύγουστος 2012) του αποθετηρίου ακολουθία miRBase microRNA [9]. Η κακή ρύθμιση της έκφρασης των microRNAs συμβαίνει σε πολλές ασθένειες, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου [10], και η παρατήρηση αυτή έχει οδηγήσει σε πολλαπλές μελέτες αποδεικνύουν θεραπευτικές και βιοδείκτης χρησιμότητα αυτών των μορίων [11], [12]. Αξιολόγηση των microRNAs εκφράζονται στο NCI-60 πάνελ των κυτταρικών γραμμών έχει αποδειχθεί χρήσιμη στην αναγνώριση, μεταξύ άλλων, βιολογικοί ρόλοι των ειδικών microRNAs [13], [14], η μηχανιστική βάσεις και δυναμικό βιοδείκτη της microRNAs στην ευαισθησία φαρμάκου [ ,,,0],15], [16], γενετικές υπογραφές για τις ασθένειες [17], [18], και οι δομικές βάσεις των microRNA δικτύων [19], [20].

Η έκφραση των microRNAs στο NCI-60 κύτταρα πρώτη ποσοτικά το 2007 από Gaur, et al. [21] και Φυσητήρας, et al. [22] σε μελέτες που εξέτασαν αντίστοιχα 241 και 321 είδη των μορίων. Η παρούσα μελέτη σχεδιάστηκε για να επεκτείνει τα προφίλ έκφρασης microRNA NCI-60 για να καλύψει τις πολλές εκατοντάδες των microRNAs που έκτοτε έχουν ανακαλυφθεί. Ενώ αυτή η μελέτη ήταν σε εξέλιξη, άλλες δύο ομάδες έχουν δημοσιεύσει ποσοτικοποίηση των δεδομένων & gt? 700 microRNAs στο NCI-60 του πίνακα [23], [24]. Εδώ, εκτός από την παραγωγή και τον χαρακτηρισμό ενός νέου συνόλου δεδομένων εκφράσεως microRNA, τέτοια πολλαπλά σύνολα δεδομένων συγκρίνονται και αναλύσεις που ενσωματώνουν πληροφορίες σχετικά με τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, έκφραση mRNA, ογκογονιδίου μεταλλάξεις, ή την ευαισθησία ακτινοβολίας από μελέτες του πάνελ κυτταρική γραμμή αναφέρονται.

Υλικά και Μέθοδοι

Απομόνωση RNA από κύτταρα του NCI-60 πίνακας

Για κάθε μία από τις 60 κυτταρικές σειρές του NCI-60 του πίνακα (πίνακας S1), ένα ml κατεψυγμένων κυττάρων (1-2 × 10

6) σε κυτταρική σειρά-ειδικό μέσο καλλιέργειας που περιέχει 10% διμεθυλοσουλφοξείδιο ελήφθη από την Developmental Therapeutics Program (DTP) του τμήματος του Καρκίνου θεραπεία και διάγνωση του NCI. Αμέσως πριν από την απομόνωση του RNA, τα κύτταρα αποψύχθηκαν σε ένα λουτρό ύδατος στους 37 ° C για πέντε λεπτά και συλλέχθηκαν με φυγοκέντρηση στα 200 g για πέντε λεπτά σε θερμοκρασία δωματίου. Απομόνωση ολικού RNA από κύτταρα χρησιμοποιώντας το κιτ miRVana ™ (Ambion®, Austin, ΤΧ) έγινε σε τυχαιοποιημένες παρτίδες 12-24 κυτταρικές σειρές σε διάστημα τεσσάρων ημερών εντός 10 ημερών από τη λήψη των κυττάρων. Η συγκέντρωση του RNA μετρήθηκε με φασματοφωτομετρία απορρόφησης σε NanoDrop ™ 2000 όργανο (Thermo Scientific®, Waltham, ΜΑ).

Ποσοτικοποίηση των microRNAs με αντίστροφη μεταγραφή-ΡΟΚ (RT-PCR)

Επίπεδα ώριμη microRNAs

miR-16

,

-21

,

-30a-5P

,

-106a

και

-200b

στην 50 ng ολικού RNA μετρήθηκαν χρησιμοποιώντας TaqMan ™ microRNA κιτ αντίστροφης μεταγραφής και προσδιορισμούς RT-PCR (Applied Biosystems®, Foster City, CA) σύμφωνα με τα πρωτόκολλα που προτείνεται από τον κατασκευαστή. αριθμούς αναγνώρισης των δοκιμασιών microRNA ήταν 391, 397, 417, 578, και 1800, αντίστοιχα. RT και PCR αντιδράσεις για όλα τα δείγματα RNA διεξήχθησαν μαζί για κάθε δοκιμασία microRNA. Κύκλος ποσοτικοποίησης (

q C) τιμές υπολογίστηκαν ως ο μέσος όρος των C

τιμές q προσδιορίζονται από το λογισμικό SDS (έκδοση 2.3? Applied Biosystems®) για αντιδράσεις τριπλούν 40 του κύκλου PCR που εκτελέστηκαν σε θερμοκυκλοποιητή 7900HT (Applied Biosystems®)

μικροσυστοιχιών υβριδισμός

Η σειρά GeneChip ™ miRNA (έκδοση 1?. Affymetrix®, Santa Clara, CA) πλατφόρμα χρησιμοποιήθηκε για την ποσοτικοποίηση microRNAs σε ολικό RNA που απομονώθηκε από το NCI-60 κύτταρα. Ενα μα του RNA πολυαδενυλιωμένα και συνδέθηκε με βιοτινυλιωμένο δενδριμερή 3DNA ™ χρησιμοποιώντας το FlashTag ™ Βιοτίνη HSR RNA Labeling Kit (Genisphere®, Hatfield, ΡΑ). Το σημασμένο RNA, σε όγκο 80 μΐ, θερμάνθηκε στους 99 ° C για 5 λεπτά και στη συνέχεια στους 45 ° C για 5 λεπτά για τη φόρτωση σε μία συστοιχία με τη χρήση υλικών και μεθόδων που παρέχονται με το Affymetrix® GeneChip ™ Hybridization, Wash και Stain εργαλειοθήκη. υβριδοποίηση RNA-συστοιχία διεξήχθη με ανάδευση σε 60 περιστροφές ανά λεπτό για 16-18 ώρες στους 48 ° C σε ένα ρευστών Station Affymetrix® 450, μετά από το οποίο συστοιχίες πλύθηκαν και ένα συζυγές στρεπταβιδίνης-φυκοερυθρίνης χρησιμοποιήθηκε για την ανίχνευση του δεσμευμένου RNA επί οι συστοιχίες με GeneChip ™ Systems 3000Dx2 (Affymetrix®) συνεστιακό μικροσκόπιο σάρωσης λέιζερ. τιμές των σημάτων υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας το λογισμικό Affymetrix® GeneChip ™ Command Console. Δεδομένα από όλες τις συστοιχίες είχαν χαμηλά επίπεδα θορύβου υποβάθρου, μια παρόμοια κατανομή των σημάτων για ενδογενή RNAs, και μια παρόμοια και εξαρτώμενη από τη συγκέντρωση διανομής σήματος για συγκεκριμένες RNA που εμπλουτίστηκαν στα δείγματα RNA πριν από την επισήμανση. Τα δεδομένα των πρώτων σήμα έχει κατατεθεί με τον αριθμό πρόσβασης E-mtab-327 στη βάση δεδομένων ArrayExpress του Ευρωπαϊκού Ινστιτούτου Βιοπληροφορικής [25].

Η έκδοση 1.0 σειρά GeneChip ™ miRNA έχει 11 μm μεγέθους 46.228 ανιχνευτή-spots για 7.815 ολιγονουκλεοτιδίων DNA ανιχνευτές συμπεριλαμβανομένων και εκείνων κατά 922 μη microRNA ανθρώπινα RNAs, 847 ανθρώπινη microRNAs, και 5.856 microRNAs από 70 άλλα είδη. Οι ανιχνευτές για την ανίχνευση microRNAs στίγματα στη συστοιχία εις τετραπλούν. Η συστοιχία έχει επίσης 95 μη-ειδικούς ανιχνευτές, κάθε κηλίδα έως 94 φορές, που binned με περιεχόμενο GC. Τα σήματα από αυτούς τους ανιχνευτές φόντο χρησιμοποιείται για να κάνει «απούσα» ή «παρούσα» κλήσεις ανίχνευσης. Συνολικά, 72 υβριδισμοί συστοιχία διεξήχθησαν σε εννέα παρτίδες, κάθε μία με οκτώ συστοιχίες, πάνω από τρεις ημέρες, με δύο, τρία και τέσσερα παρτίδες που χρησιμοποιούνται για την πρώτη, δεύτερη και τρίτη ημέρα, αντίστοιχα (Πίνακας S1). Τετραπλούν υβριδοποιήσεις εκτελέστηκαν για τέσσερα αυθαίρετα επιλέξει κυτταρικές γραμμές για την αξιολόγηση τεχνικών πολλαπλασιασμού (πίνακας S1).

Επεξεργασία Δεδομένων μικροσυστοιχιών

Raw αρχεία δεδομένων από τις 72 υβριδισμούς σειρά επεξεργάστηκαν από κοινού χρήση Affymetrix® miRNA λογισμικού QC Tool (έκδοση 1.0.33) με τα ακόλουθα βήματα, προκειμένου, όπως προτείνεται από Genisphere®: ανίχνευση φόντο, διόρθωση φόντο με τη μέθοδο ισχυρό μέσο πολυπλινθιακό (RMA) [26], ποσοστημόριο εξομάλυνση, και η διάμεση Πολωνικά περιληπτική [27]. Ποιοτικός έλεγχος και δια-επαναληπτικές αναλύσεις συσχέτισης χρησιμοποιήθηκαν για να προσδιορίσει την καλύτερη από τις τέσσερις επαναλήψεις για τέσσερα από τα παρασκευάσματα RNA (τέσσερις κυτταρικές σειρές) που δοκιμάστηκαν εις τετραπλούν. Τα δεδομένα από τις υπόλοιπες τρεις επαναλήψεις αποκλείστηκαν από τον τελικό σύνολο δεδομένων εκφράσεως. Σε αυτό το στάδιο, η μήτρα δεδομένων έκφραση είχαν τιμές σήματος για 7.635 ανθρώπινη καθώς και μη-ανθρώπινα RNAs. Οι τιμές για 324 μη microRNA RNA και 2282 microRNAs με «απών» κλήσεις ανίχνευσης για όλες τις 60 κυτταρικές σειρές στη συνέχεια απομακρύνθηκαν από τη μήτρα δεδομένων. Η έκφραση του RNA με τιμές σημάτων & lt? 4x ο μέσος ενδοτεταρτημοριακό εύρος των τιμών σήματος για όλα τα RNAs θεωρήθηκε ως απών, και τα RNA του οποίου η έκφραση απουσιάζει σε όλες τις κυτταρικές σειρές στη συνέχεια αποκλείονται από περαιτέρω αναλύσεις

. σύγκριση με τις υπάρχουσες NCI-60 Σύνολα έκφραση microRNA

προ-επεξεργασία σύνολα δεδομένων έκφραση microRNA που παράγεται από φυσητήρα, et al. [22], Gaur, et al. [21], Liu, et al. [24], και Sokilde, et al. [23] ελήφθησαν αντιστοίχως χρησιμοποιώντας την εφαρμογή του NCI CellMiner ™ web [28], την ιστοσελίδα του DTP, τους συγγραφείς, και Γονιδιακής Έκφρασης Omnibus του National Center for Biotechnology Information, USA, με αριθμό ένταξης GSE26375. Για το σύνολο δεδομένων της Gaur, et al., Η σειρά-ονόματα για microRNAs τυποποιήθηκαν με τα ονόματα που χρησιμοποιούνται στην έκδοση 15 της βάσης δεδομένων miRBase [9], όπως έχει περιγραφεί στο παρελθόν [23]. Pearson συντελεστές συσχέτισης μεταξύ των τιμών μέτρησης μη μεταμορφωμένο microRNA σε αυτά τα σύνολα δεδομένων και στη μία που προέκυψαν από αυτήν τη μελέτη υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας R.

Αναλύσεις συσχέτιση των επιπέδων των microRNAs και Target mRNAs

δεδομένα έκφρασης γονιδίων Πρώτες τους αποκτήθηκαν χρησιμοποιώντας Affymetrix® GeneChip ™ HG-U133A ολιγονουκλεοτίδιο DNA μικροσυστοιχίες για την έκφραση των mRNAs σε 57 από τις 60 NCI-60 κυτταρικές σειρές αυτής της μελέτης θα μπορούσαν να επιτευχθούν με τη χρήση του web εφαρμογή CellMiner ™. Μια λίστα των 10.392 διατηρημένη mRNAs (μοναδική σύμβολα γονίδιο) που προβλέπεται από τον αλγόριθμο TargetScan 5.1 [29], για να είναι οι στόχοι των 153 συντηρημένες οικογένειες microRNA ελήφθη σε απευθείας σύνδεση στην https://www.targetscan.org. Τα στοιχεία έκφρασης mRNA ήταν προ-επεξεργασία με τη μέθοδο του RMA με το πακέτο Affy Bioconductor [30] Ε, για την απόκτηση ομαλοποιημένη και να συνδεθείτε

2-μετασχηματιστεί τιμές σήματος μικροσυστοιχιών. Ένα φίλτρο εφαρμόστηκε στη συνέχεια διατηρούν τις τιμές μόνο για εκείνα ανιχνευτών για την οποία η σειρά δείγμα των τιμών σήματος ήταν ≥1. Από τους 495 microRNAs θεωρείται εκφράζονται σε αυτή τη μελέτη, 192, που ανήκει σε ένα σύνολο 121 συντηρημένων οικογένειες microRNA, ταυτοποιήθηκαν ως στόχευση 6465 από τα 10392 mRNA. σύμβολα γονιδίου της 6465 mRNAs μετατράπηκαν σε 10.612 Affymetrix® αναγνωριστικά ανιχνευτή χρησιμοποιώντας το πακέτο Biomart Bioconductor [31] στο R. Ένα σύνολο 117.004 Pearson συντελεστές συσχέτισης μεταξύ των επιπέδων έκφρασης των 192 microRNAs και mRNAs στόχο τους όπως ανιχνεύεται από τα 10.612 ανιχνευτές ήταν στη συνέχεια υπολογίζεται το R. Δύο tailed t τεστ με διόρθωση Benjamini-Hochberg για μια ψευδή ρυθμό ανακάλυψης (FDR) του & lt? 5% χρησιμοποιήθηκαν για να εκτιμηθεί η σημασία των συσχετισμών. Οι συσχετίσεις υπολογίζονται επίσης για 10 τυχαίες παραλλαγές των ετικετών κλάσης (προσδιορίζοντας τις κυτταρικές γραμμές) του συνόλου δεδομένων έκφρασης του mRNA.

Άλλες

Η limma (έκδοση 3.10.0) πακέτο Bioconductor [32] χρησιμοποιήθηκε σε R για την ανάλυση της διαφορικής έκφρασης χρησιμοποιώντας log

2-μετασχηματισμένα τιμές έκφρασης. Στατιστικές αναλύσεις και γραφική αποτύπωση έγιναν χρησιμοποιώντας το Excel ™ (έκδοση 12? Microsoft®, Redmond, WA), Prism ™ (έκδοση 5.0c? GraphPad®, La Jolla, CA) και R (έκδοση 2.12.1). ΤΜ4 [33] MultiExperiment Viewer (έκδοση 4.6) χρησιμοποιήθηκε για την ιεραρχική ανάλυση ομαδοποίησης με τη βελτιστοποίηση για φύλλο-παραγγελία. Εκτός αν ορίζεται διαφορετικά, μια τιμή Ρ κάτω από 0,05 σε στατιστικές δοκιμές που χρησιμοποιήθηκε για να κρίνουν στατιστική σημαντικότητα. Οι λεπτομέρειες σχετικά με τη διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές που προβλέπονται με τα αποτελέσματα των αναλύσεων, όπου εφαρμόστηκε μια τέτοια διόρθωση.

Αποτελέσματα

microRNA Έκφραση προφίλ του NCI-60 κύτταρα Χρησιμοποιώντας Affymetrix® μικροσυστοιχίες

GeneChip® miRNA 1,0 μικροσυστοιχίες από Affymetrix® χρησιμοποιήθηκαν για να εξεταστεί η έκφραση της 847 microRNAs σε ολικό RNA από 60 κυτταρικές σειρές του NCI-60 καρκίνου του πάνελ κυτταρικής γραμμής (πίνακας S1). Αυτή η εργασία εκτελέστηκε επί τρεις ημέρες σε συνολικά εννέα παρτίδων οκτώ δειγμάτων RNA το καθένα (πίνακας S1). RNA που χρησιμοποιείται για την δημιουργία προφίλ έκφραση ελήφθη από κατεψυγμένων κυττάρων, παρόμοια με μια προηγούμενη μελέτη της έκφρασης microRNA στην NCI-60 του πίνακα [21]. Η απόδοση του RNA 1 έως 2 × 10

6 κύτταρα των κυτταρικών σειρών κυμαίνονταν 11 με 60 ug (μέσος όρος = 37? Τυπική απόκλιση [SD] = 11).

Τεχνική αντιγραφής του έκφραση μέθοδο προφίλ επιβεβαιώθηκε από την εξέταση των στοιχείων υβριδισμού για τέσσερα σκευάσματα RNA, ένα κάθε από το KM12, PC-3, RPMI-8226 και OVCAR-8 κυτταρικές σειρές που δοκιμάστηκαν εις τετραπλούν. Η μέση (και SD) των εκατοστιαίων 75η του log

2-μετασχηματιστεί τιμές σήματος μικροσυστοιχιών για τις τετραπλές σειρές των 1.779 ανιχνευτές (847 για microRNAs) σχολιασμένο ως ανθρώπινα-ειδικά ήταν 3,58 (0,07), 3,61 (0,12), 3.62 (0.04) και 3,50 (0,10), αντίστοιχα. Για τους 95ο εκατοστημόριο, οι τιμές ήταν 9,60 (0,10), 9,43 (0,09), 9,66 (0,11) και 9,60 (0,21), αντίστοιχα. Η μέση (και SD) των συντελεστών 12 αυτο-αυτο Pearson συσχέτιση για τις τέσσερις κυτταρικές σειρές ήταν 0,98 (& lt? 0,01), 0,97 (0,01), 0,98 (& lt? 0,01) και 0,98 (0,01), αντίστοιχα. Για κάθε κυτταρική σειρά, οι τετραπλούν υβριδισμοί διεξήχθησαν σε διαφορετικές ημέρες εκτός από τα OVCAR-8, ένα ζεύγος τετραπλούν αναλύθηκε στην ίδια παρτίδα (πίνακας S1). Ο συντελεστής συσχέτισης Pearson ήταν 0.980 για αυτό το ζεύγος των επαναλήψεων ενδο-παρτίδας.

Τουλάχιστον ένα από τα 60 κυτταρικές σειρές που εκφράζεται 523 (63,4%) των 847 microRNAs ανιχνεύσιμο με την πλατφόρμα μικροσυστοιχιών όπως υποδεικνύεται από το σημαντικά υψηλότερες τιμές των σημάτων από τα microRNA-ειδικούς ανιχνευτές σε σύγκριση με μη-ειδικούς ανιχνευτές αναντιστοιχία με παρόμοιο περιεχόμενο σε GC. Παρά το γεγονός ότι οι συσχετίσεις μεταξύ των επαναλήψεων που περιγράφεται παραπάνω φαίνεται εξαιρετική, μια πιο προσεκτική εξέταση έδειξε ότι οι συσχετισμοί δεν ήταν καλός σε τιμές σήματος χαμηλής μικροσυστοιχιών. Αυτό φαίνεται στο σχήμα S1 για τέσσερις μεταξύ επαναληπτικές συγκρίσεις. Δεδομένου ότι αυτό υποδεικνύεται υψηλά επίπεδα θορύβου σε χαμηλές τιμές σήματος, ένα σήμα φιλτραρίσματος τιμή με βάση έγινε για να προσδιορίσει RNAs που θα μπορούσαν να θεωρηθούν ότι ποσοτικοποιούνται με μεγαλύτερη ακρίβεια. Κατά συνέπεια, η έκφραση του RNA με τιμές σημάτων & lt? 4χ η μέση (18.3) από τις σειρές ενδοτεταρτημοριακό των τιμών σήματος για όλες τις υβριδοποιήσεις (εύρος = 13,3 – 26,3? SD = 2.7) θεωρήθηκε ως απών. Είκοσι οκτώ microRNAs με έκφραση απουσιάζει σε όλες τις 60 κυτταρικές σειρές ως ανά κριτήριο αυτό αποκλείστηκαν από περαιτέρω αναλύσεις. Ετσι, 495 (58,4%) των 847 microRNAs ανιχνεύσιμη με την πλατφόρμα μικροσυστοιχία θεωρήθηκαν εκφράζονται και τα δεδομένα για τους χρησιμοποιήθηκε για επόμενες αναλύσεις.

Συσχέτιση μεταξύ Array- και RT-PCR που βασίζεται microRNA ποσοτικοποιήσεις

για να επιβεβαιωθεί τουλάχιστον εν μέρει την ακρίβεια των μετρήσεων έκφραση microRNA σειρά που βασίζεται, RT-PCR χρησιμοποιήθηκε για την ποσοτικοποίηση των επιπέδων των microRNAs

miR-16

,

-21

,

-30a-5P

,

-106a

, και

-200b

σε 50 ng κάθε ένα από τα παρασκευάσματα RNA για 12 κυτταρικών σειρών. Οι κυτταρικές σειρές επιλέχθηκαν τυχαία και τα microRNAs αυθαίρετα πήρε από εκείνους για τους οποίους τουλάχιστον το ήμισυ των κυτταρικών σειρών είχε log τιμή του σήματος

2-μετασχηματιστεί μικροσυστοιχιών & gt? 5. Όπως φαίνεται στο σχήμα 1, οι δύο σειρές μετρήσεων για όλες τις πέντε microRNAs είχε σημαντικές συσχετίσεις (Ρ & lt? 0,01) σε δοκιμές Pearson, με απόλυτη συντελεστή συσχέτισης ≥0.70. Οι τιμές της κλίσης της γραμμικής γραμμές παλινδρόμησης (μέθοδος ελαχίστων τετραγώνων) κυμαίνεται από

–

0.40 (

miR-16

) στο

–

0.93 (

ΜΙΚ 21

) για τέσσερα microRNAs, υποδεικνύοντας καλύτερη ανιχνευσιμότητα των microRNAs με την δοκιμασία RT-PCR. Για

miR-200b

, αυτό είναι επίσης αξιοσημείωτη με τα πέντε δείγματα RNA με τις τιμές των σημάτων κακή μικροσυστοιχιών (2

1.

2-2

1.

7), αλλά ανιχνεύσιμο RT-PCR C

τιμές q σε μια καλή σειρά (27,8 – 34,3). Για

miR-30a-5P

, η κλίση της γραμμής παλινδρόμησης ήταν

-.

2.2, γεγονός που υποδηλώνει την καλύτερη ανιχνευσιμότητας με την πλατφόρμα μικροσυστοιχιών

Pearson συντελεστές συσχέτισης (

r

), οι τιμές P, και την καλύτερη τοποθέτηση (τα ελάχιστα τετράγωνα) γραμμές εμφανίζονται για RT-PCR C

q και συνδεθείτε

2-μετασχηματιστεί τιμές σήματος μικροσυστοιχιών για microRNAs

miR-16

,

-21

,

-30a-5P

,

-106a

, και

-200b

(n = 12).

σύγκριση με τις υπάρχουσες NCI-60 Σύνολα έκφραση microRNA

από τις 495 microRNAs θεωρείται εκφράζεται στο σύνολο των 60 κυτταρικών σειρών σε αυτή τη μελέτη, 135 (27%), 144 (29%), 299 (60%) και 359 (73%) επίσης ποσοτικοποιούνται σε 59 από τις 60 κυτταρικές σειρές στις μελέτες του Blower, et al. [22], Gaur, et al. [21], Liu, et al. [24], και Sokilde, et al. [23], αντίστοιχα. Αυτές οι τέσσερις μελέτες χρησιμοποίησαν αντίστοιχα έθιμο 40-mer μικροσυστοιχίες DNA, προσδιορισμούς TaqMan ™ RT-PCR, Agilent® μικροσυστοιχίες DNA 60-mer (έκδοση 2), και Exiqon® κλειδωμένο νουκλεϊκών οξέων miRCURY ™ μικροσυστοιχίες (Dx, έκδοση 9.2) για την αξιολόγηση της έκφρασης 321, 241, 723 και 955 microRNAs, αντίστοιχα. Σε Pearson αναλύσεις συσχέτισης των μη μετασχηματισμένων μετρήσεις έκφραση microRNAs κοινού σε αυτό και τις μελέτες Φυσητήρας, Gaur, Liu ή Sokilde, η μέση (και SD) των συντελεστών Pearson ήταν 0,44 (0,30), 0,47 (0,28), 0,54 (0,29) και 0,45 (0,34), αντίστοιχα. Τα κλάσματα του microRNAs με συντελεστή Pearson & gt? 0,75 ήταν 0,18, 0,16, 0,29 και 0,24, αντίστοιχα (σχήμα 2). Και στις τέσσερις συγκρίσεις, οι συντελεστές συσχέτισης ήταν υψηλότερες για microRNAs με υψηλές τιμές σήματος από για εκείνους με χαμηλές τιμές (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Παρόμοιες αναλύσεις διεξήχθησαν επίσης να συγκρίνουν τα σύνολα δεδομένων των Sokilde, et al. και Liu, et al. έναντι άλλων (σχήμα S2). Όταν συσχετίζοντας το σύνολο δεδομένων Sokilde με τα σύνολα δεδομένων Ανεμιστήρας, Gaur και Liu, αντίστοιχα, η μέση (και SD) των συντελεστών Pearson ήταν 0,37 (0,32), 0,39 (0,33) και 0,44 (0,30), αντίστοιχα. Οι τιμές ήταν 0,47 (0,31) και 0,42 (0,22) σε σύγκριση του συνόλου δεδομένων Liu με τα σύνολα δεδομένων φυσητήρα και Gaur, αντίστοιχα. Έτσι, αν κρίνουμε από τις συσχετίσεις που παρατηρήθηκαν με τα υπάρχοντα σύνολα δεδομένων, η «ορθότητα» του συνόλου δεδομένων έκφραση microRNA που παράγονται στην παρούσα μελέτη είναι παρόμοια με αυτά που παράγονται σε προηγούμενες μελέτες. Λόγω της μεταβλητής ευαισθησίας και της εξειδίκευσης των πέντε πλατφόρμες ποσοτικοποίηση αυτών των μελετών για τα διάφορα microRNAs, μια σύγκριση cross-platform για συσχετίσεις κυτταρική γραμμή δεν πραγματοποιήθηκε.

Οι κατανομές Αθροιστική συχνότητα παρουσιάζεται για συντελεστές συσχέτισης Pearson (

r

) με ένα κάδο μεγέθους των 0.025 για microRNAs ποσοτικά σε αυτή τη μελέτη και τις μελέτες του φυσητήρα, et al. [22], Gaur, et al. [21], Liu, et al. [24], και Sokilde, et al [23]. Η κατανομή των συντελεστών με τις μετρήσεις έκφραση του Liu, et al. νέα δειγματοληψία εμφανίζεται επίσης.

Η

microRNA Έκφραση και ιστών Προέλευσης

Για να εκτιμηθεί αν η έκφραση microRNA μεταξύ των κυτταρικών σειρών συνδέθηκε με τον ιστό προέλευσης των κυτταρικών σειρών, χωρίς επίβλεψη ιεραρχική συσταδοποίηση με βάση τη μέση uncentered συσχέτιση Pearson διεξήχθη χρησιμοποιώντας log

2-μετασχηματισμένα τιμές σήματος μικροσυστοιχιών για την 495 που εκφράζεται microRNAs (σχήμα 3Α). Οι ομάδες των κυτταρικών σειρών λευχαιμίας και του μελανώματος εντελώς διαχωρίζονται σε δικές τους ανεξάρτητες ομάδες. Όλες οι επτά, αλλά ένας (HCT-116) καρκίνο του παχέος εντέρου κυτταρικές γραμμές πολύ διαχωρίζονται σε ένα ανεξάρτητο σύμπλεγμα. Μια παρόμοια ισχυρή ομαδοποίηση των κυτταρικών σειρών για τα υπόλοιπα έξι ιστούς προέλευσης δεν παρατηρήθηκε. Η OVCAR-8 ωοθηκών κυτταρική γραμμή και η NCI /ADR-RES κυτταρική γραμμή που λαμβάνεται από το [34], καθώς και η Μ14 μελανώματος κυτταρική γραμμή και η MDA-MB-435 κυτταρική σειρά που προέρχεται από αυτό [35 ], συγκεντρωμένα ως γείτονες, όπως αναμενόταν. Ωστόσο, αυτό δεν παρατηρήθηκε για το τρίτο ζεύγος ομόλογων κυτταρικών σειρών στον πίνακα NCI-60, η U251 κυτταρική σειρά και τα παράγωγα της, SNB-19 [36]. DNA αποτυπωμάτων υποδεικνύει ότι, σε σύγκριση με το 94% -97% γενετική ομοιότητα των άλλων δύο ζεύγη, αυτό το ζεύγος των γραμμών είναι μόνο 81% ομοιότητα.

A

. Χωρίς επίβλεψη ομαδοποίηση των 60 NCI-60 κυτταρικές σειρές από log

2-μετασχηματιστεί τιμές σήματος μικροσυστοιχιών της 495 εκφράζεται microRNAs εμφανίζεται ως δενδρόγραμμα. Οι διαφορετικοί τύποι ιστών προέλευσης των κυτταρικών σειρών που υποδεικνύεται από το χρώμα τους (

Pr.

, προστάτη). Το δέντρο προέρχεται από uncentered συσχετίσεις Pearson, με μέση δεσμούς που χρησιμοποιείται για την ένωση συμπλέγματα. Η κλίμακα στα αριστερά αντιπροσωπεύει τον κόμβο-ύψη.

Β

. Heat-χάρτη, με ψευδο-χρώμα κλίμακα από κάτω, του Ζ κλίμακα τιμών σημάτων μικροσυστοιχιών των 60 κυτταρικών σειρών για τα σύνολα των οκτώ microRNAs καθένα με χαμηλότερες τιμές Ρ σε δοκιμές διαφορικής έκφρασης σε κυτταρικές γραμμές από έναν ειδικό ιστό προέλευσης σε σύγκριση με όλες τις άλλες κυτταρικές σειρές. Και οι δύο κυτταρικές σειρές και microRNAs ομαδοποιούνται από τον ιστό προέλευσης. Ζ κλιμάκωση έγινε κατά μήκος των γραμμών (από microRNA).

Η

Για την αναγνώριση microRNAs διαφορικά εκφράζεται σε κυτταρικές σειρές ενός συγκεκριμένου ιστού προέλευσης σε σύγκριση με όλες τις άλλες κυτταρικές σειρές, εμπειρική Bayes μετριάστηκε t- στατιστικές και διόρθωση Benjamini-Hochberg για FDR & lt? 5% ήταν μεταχειρισμένα. Οι ομάδες των κυτταρικών σειρών από καρκίνο του ΚΝΣ (n = 6), ο καρκίνος του παχέος εντέρου (n = 7), λευχαιμία (n = 6), μελάνωμα (n = 9), ο καρκίνος των ωοθηκών (n = 7) και νεφρικό καρκίνο (n = 8), αντίστοιχα, έδειξαν διαφορική έκφραση του 83 (17%), 37 (7%), 137 (28%), 74 (15%), 14 (3%) και 3 (0,6%) του 495 microRNAs υπάρχουν σε το πλήρες σύνολο δεδομένων. Δεν εκφράζονται διαφορικά microRNAs θα μπορούσαν να εντοπιστούν στις ομάδες κυτταρικών σειρών από του μαστού (η = 6), NSCLC (n = 9) ή του προστάτη (η = 2) του καρκίνου και αν οι ομάδες είχαν 10 (2%), 24 (5% ) και 4 (0,8%) microRNAs για τους οποίους οι τιμές P ήταν & lt? 0,05 χωρίς προσαρμογή για ψευδή ανακάλυψη. Τα θερμικά χάρτες στα σχήματα 3Β και S6 δείχνει την έκφραση οκτώ microRNAs για κάθε μία από τις εννέα ομάδες των κυτταρικών σειρών με τις χαμηλότερες τιμές Ρ. Τα λεπτομερή στατιστικά στοιχεία για τις 72 συνολικές microRNAs που προβλέπονται στον πίνακα S2.

microRNA Έκφραση και Ακτινοβολία Ευαισθησία

Amundson, et al. έχουν εξετάσει την γάμμα ευαισθησία ακτινοβολίας 59 από τις 60 κυτταρικές σειρές της παρούσας μελέτης για την ποσοτικοποίηση επτά διαφορετικές παραμέτρους επιβίωσης ακτινοβολίας [37]. Οι παράμετροι περιλαμβάνουν SF2, SF5 και SF8, το κλάσμα του κυτταρικού πληθυσμού που επιβιώνει μετά από έκθεση σε 2, 5 και 8 Gy ακτινοβολίας, αντίστοιχα. Για να ελέγξετε αν οι κυτταρικές γραμμές NCI-60 μπορεί να ανάμικτες σε δύο ακτινοβολίας-ευαίσθητα και ανθεκτικών ομάδες παρόμοιου μεγέθους, όπως έχει γίνει για την ευαισθησία του φαρμάκου (π.χ., [6], [38], [39]), ένα μη-παραμετρική μέθοδος χρησιμοποιήθηκε για την εκτίμηση Gaussian πυκνότητες πυρήνα των δεδομένων απόκρισης ακτινοβολίας μετά ημερολόγιο

2 μετασχηματισμού και z-score κανονικοποίηση. Δικόρυφη κατανομή με παρόμοιου μεγέθους ευαίσθητων και ανθεκτικών ομάδες δεν παρατηρήθηκε για οποιαδήποτε από τις επτά παραμέτρους επιβίωση ακτινοβολία (σχήμα S3). Ως εκ τούτου, οι παράμετροι ακτινοβολίας θεωρήθηκαν ως συνεχείς μεταβλητές και Pearson συσχέτιση αναλύσεις του log

2-μετασχηματιστεί τιμές των παραμέτρων με log

2-μετασχηματιστεί τιμές έκφραση microRNA πραγματοποιήθηκαν. Αν και σημαντικές συσχετίσεις με απόλυτη συντελεστή Pearson & gt? 0.5 δεν παρατηρήθηκαν για τέσσερις από τις παραμέτρους ευαισθησίας ακτινοβολία, ήταν παρόντες 30 (6%), 27 (5%) και 33 (7%) του 495 που εκφράζεται microRNAs αυτής της μελέτης για SF2, SF5 και SF8, αντίστοιχα (σχήμα S4). Ωστόσο, οι συσχετίσεις για όλα τα τρεις παραμέτρους οδηγήθηκαν σε μεγάλο βαθμό από τις έξι υψηλής ευαίσθητη στην ακτινοβολία λευχαιμία κυτταρικές σειρές του πίνακα NCI-60. Όταν οι γραμμές λευχαιμίας εξαιρέθηκαν από τις αναλύσεις η συσχέτιση, η έκφραση των κανένας από τους 495 microRNAs συσχετίζεται με απόλυτη συντελεστή Pearson & gt? 0.5 για καμία από τις τρεις παραμέτρους ευαισθησία ακτινοβολίας. Παρόμοια αποτελέσματα παρατηρήθηκαν όταν τα σύνολα δεδομένων έκφρασης microRNA του Liu, et al. και Sokilde, et al. αναλύθηκαν (σχήμα S4). .. Όπως αναγράφονται στον πίνακα S3, 10, τεσσάρων και 14 microRNAs στα σύνολα δεδομένων της παρούσας μελέτης, Liu, et al, και Sokilde, et al, αντίστοιχα, είχαν απόλυτη συντελεστή Pearson & gt? 0,4 για τουλάχιστον ένα από SF2, SF5 και SF8. Τα microRNAs

ας-7i

,

miR-142-5p

και

miR-193b

ήταν κοινά για τα αποτελέσματα με τα τρία σύνολα δεδομένων.

Σύλλογος microRNAs με Oncogene μεταλλάξεις

η κατάσταση μετάλλαξης του 24 ογκογονιδίων είναι γνωστή για 59 από τις 60 κυτταρικές σειρές αυτής της μελέτης [40]. Για ορισμένα από τα γονίδια –

BRAF

,

CDKN2A

(

p16

),

KRAS

,

PTEN

, και em

ΤΡ53

– ογκογονικές μεταλλάξεις υπάρχουν σε & gt? 10 από τις κυτταρικές σειρές, η οποία επιτρέπει τη σύγκριση των επιπέδων έκφρασης microRNA μεταξύ των ομάδων των κυτταρικών σειρών μεταλλαγμένης και άγριου τύπου. Χρησιμοποιώντας εμπειρικές Bayes μετριάστηκε t-στατιστικών στοιχείων και τη διόρθωση Benjamini-Hochberg για FDR & lt? 5%, microRNAs

miR-29b

και

miR-769-3p

βρέθηκαν να είναι οι μόνες δύο microRNAs ότι εκφράστηκαν διαφορικά μεταξύ του 47 μεταλλαγμένο

PTEN

και 12 άγριου τύπου

PTEN

γραμμές (P & lt? 0,01 και για τις δύο microRNAs). Σε μια παρόμοια ανάλυση, microRNAs

miR-34a

και

miR-34a *

(

miR-34a-3ρ

) βρέθηκαν να είναι οι μόνες δύο microRNAs που ήταν διαφορικά εξέφρασε μεταξύ του 43 μεταλλαγμένο

TP53

και 16 άγριου τύπου

TP53

γραμμές (P & lt? 0,01 και για τις δύο microRNAs). Η διαφορική έκφραση των τεσσάρων

PTEN

– ή

TP53

-associated microRNAs απεικονίζεται στο σχήμα 4. Για τις

BRAF

γονίδιο, για την οποία 11 κυτταρικών σειρών φέρουν μεταλλάξεις , 40 microRNAs εκφράστηκαν διαφορικά, με το

miR-146a

και

miR-509-3p

υπερεκφράζεται και

miR-149

και

mR-192b

υποεκφράζονται το πιο (πίνακας S5). Ο υψηλός αριθμός των διαφορικά εκφρασμένων microRNAs μπορεί να οφείλεται οκτώ από τα 11

BRAF

μεταλλαγμένες κυτταρικές γραμμές είναι κυτταρικές σειρές μελανώματος. Δεν διαφορικά εκφρασμένων microRNAs εντοπίστηκαν σε τέτοιες αναλύσεις για

CDKN2A

(33 μεταλλαγμένες κυτταρικές σειρές) ή

KRAS

(11 μεταλλαγμένες κυτταρικές σειρές).

οικόπεδα Dot με μέσους όρους και κυμαίνεται μεταξύ τεταρτημόριο φαίνεται για την έκφραση των microRNAs

miR-29b, -34a

,

-34a *

και

-769-3p

σε 59 NCI-60 κυτταρικές γραμμές ομαδοποιούνται ανάλογα με την κατάσταση μετάλλαξης για το

PTEN

ή

TP53

γονίδια.

η

συσχέτιση μεταξύ των επιπέδων των microRNAs και τους Target mRNAs

σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ της έκφρασης των microRNAs και mRNAs ανιχνεύθηκαν για 3483 (3%) των 117.004 δυνατά ζεύγη των microRNAs και mRNAs στόχο τους, όπως προβλέπεται από τον αλγόριθμο TargetScan. Οι 3.483 ζεύγη αποτελούνταν από 167 microRNAs και 1.232 mRNAs στόχο με μοναδικά σύμβολα γονίδιο. Μεταξύ των 3.483 σημαντικές συσχετίσεις, 1.997 (57%) ήταν αρνητικά και 1.486 (43%) ήταν θετικά (εικόνα S5). Αντίθετα, η μέση τιμή και SD για τον αριθμό των σημαντικές συσχετίσεις που παρατηρήθηκαν με 10 τυχαίες μεταθέσεις του συνόλου δεδομένων εκφράσεως mRNA για εναλλαγή αναγνωριστικά κυτταρικής γραμμής ήταν 21.3 και 6.6, αντίστοιχα. Με διόρθωση Benjamini-Hochberg για FDR κάτω από 5%, η μέση τιμή των 174 αναμενόταν. Επιπλέον, οι τιμές των 117.004 συντελεστές συσχέτισης που λαμβάνονται με το σύνολο δεδομένων mRNA έκφραση ήταν σημαντικά διαφορετική σε Wilcoxon τεστ κατάταξης αθροίσματος (Ρ & lt? 2 × 10

-16). Από εκείνα που λαμβάνονται με οποιοδήποτε από τα 10 παραλλαγμένο σύνολα δεδομένων

Συζήτηση

Η έκφραση των 847 microRNAs στο NCI-60 του πίνακα των ανθρώπινων κυτταρικών σειρών όγκου εξετάστηκε σε αυτή τη μελέτη, χρησιμοποιώντας Affymetrix® GeneChip ™ miRNA 1.0 DNA ολιγονουκλεοτιδίων μικροσυστοιχίες για να δημιουργήσει ένα σύνολο δεδομένων από 495 microRNAs προσδιορίζονται όπως εκφράζεται σε τουλάχιστον μία από τις 60 γραμμές του πίνακα. Έτσι, η μελέτη επεκτείνει την κάλυψη microRNA των τριών από τα τέσσερα υφιστάμενα NCI-60 σύνολα δεδομένων έκφρασης. Αυτά τα σύνολα ανεξάρτητα δημιουργούνται χρησιμοποιώντας διαφορετικές πλατφόρμες υψηλής απόδοσης – custom 40-μερές DNA μικροσυστοιχιών, TaqMan ™ RT-PCR, Agilent® 60-μερές DNA μικροσυστοιχιών, ή Exiqon® κλειδωμένο νουκλεϊκών οξέων miRCURY ™ μικροσυστοιχιών – να αξιολογήσουν τα επίπεδα των 321, 241, 723 ή 955 microRNAs, αντίστοιχα [21], [22], [23], [24]. Όπως απεικονίζεται στα σχήματα 2 και S2, ο συσχετισμός των μετρήσεων έκφρασης microRNA μεταξύ των πέντε σύνολα δεδομένων είναι μέτρια, με μέσες συντελεστές Pearson που κυμαίνεται από 0,37 να 0,54.