Αφηρημένο

Ιστορικό

Πρόσφατες μελέτες γονιδιώματος σε επίπεδο εντόπισε μια θέση κινδύνου για καρκίνο του παχέος εντέρου σε 18q21, η οποία χαρτογραφεί στο

Smad7

γονίδιο. Ο στόχος μας ήταν να επιβεβαιώσει τη σχέση μεταξύ

Smad7

SNPs και κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου στην πολυκεντρική καρκίνου του παχέος εντέρου Οικογενειακό Μητρώο.

Υλικά και Μέθοδοι

23 ετικέτες SNPs στο

Smad7

γονίδιο γονότυπος μεταξύ 1592 με βάση τον πληθυσμό και 253 οικογένειες κλινική που βασίζεται. Οι SNP-ορθοκολικού καρκίνου ενώσεις αξιολογήθηκαν σε πολυμεταβλητή όρους λογιστικής παλινδρόμησης

Αποτελέσματα

Μεταξύ των οικογενειών με βάση τον πληθυσμό, τόσο SNPs rs12953717 (αναλογία πιθανοτήτων, 1,29?. 95% διάστημα εμπιστοσύνης, 1.12- 1,49), και rs11874392 (αναλογία πιθανοτήτων, 0,80? 95% διάστημα εμπιστοσύνης, 0,70 – 0,92) σχετίστηκαν με τον κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου. Οι ενώσεις αυτές ήταν παρόμοια μεταξύ των πληθυσμό, και τις οικογένειες κλινική που βασίζεται, αν και ήταν σημαντική μόνο μεταξύ των πρώην. Οριακά σημαντικές διαφορές μεταξύ των SNP-ορθοκολικού καρκίνου ενώσεις παρατηρήθηκαν με τη χρήση μη στεροειδών αντιφλεγμονωδών φαρμάκων, το κάπνισμα, ο δείκτης μάζας σώματος, και την ιστορία των πολυπόδων.

Συμπεράσματα

Smad7

SNPs συνδέθηκαν με κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου του παχέος εντέρου καρκίνο Οικογένεια Μητρώο. Ήταν Υπάρχουν στοιχεία που δείχνουν ότι η σχέση μεταξύ rs12953717 και κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου μπορεί να τροποποιηθεί από παράγοντες όπως το κάπνισμα και η χρήση των μη στεροειδών αντιφλεγμονωδών φαρμάκων

Παράθεση:. Jiang Χ, Castelao JE, Vandenberg D, Carracedo Α, Redondo CM, Conti DV, et al. (2013) Γενετική Παραλλαγές στο

Smad7

συνδέονται με καρκίνο του παχέος εντέρου Κινδύνου στο Colon Cancer Οικογένεια Μητρώο. PLoS ONE 8 (4): e60464. doi: 10.1371 /journal.pone.0060464

Συντάκτης: Amanda Ewart Toland, Πολιτειακό Πανεπιστήμιο του Οχάιο Medical Center, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 20 Νοέμβρη 2012? Αποδεκτές: 26 Φεβρουαρίου 2013? Δημοσιεύθηκε: 3 Απρίλη του 2013

Copyright: © 2013 Jiang et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας, χορηγεί # 5R01CA114472-02 και RFA # CA-95-011 και μέσα από συμφωνίες συνεργασίας με τα μέλη του καρκίνου του παχέος εντέρου Οικογένεια Μητρώο και αναστολείς πρωτεάσης: η Australasian καρκίνου του παχέος εντέρου Οικογένεια μητρώου (U01 CA097735) ? το Πανεπιστήμιο της Νότιας Καλιφόρνιας οικογενής παχέος νεοπλασία Collaborative Group (U01 CA074799)? η Mayo Clinic Συνεταιρισμός Οικογένεια Μητρώο του καρκίνου παχέος εντέρου Σπουδών (U01 CA074800)? το Μητρώο Οντάριο Μελετών της οικογενής καρκίνου του παχέος εντέρου (U01 CA074783)? το καρκίνο του παχέος εντέρου Οικογενειακό Μητρώο Σιάτλ (U01 CA074794)? το Πανεπιστήμιο της Χαβάης καρκίνου του παχέος εντέρου Οικογένεια Μητρώου (U01 CA074806)? το Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια, Irvine Πληροφορικής Κέντρο (U01 CA078296)? FIS PI12 /02125 Acción Estratégica de Salud del Instituto de Salud Carlos III? FIS Intrasalud (PS09 /02368)? και το Ίδρυμα Botin. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Σχόλιο συντάκτη σε ανταγωνιστικά συμφέροντα Δρ John Baron είναι: Δρ John Baron είναι σύμβουλος στην Bayer, και κατέχει δίπλωμα ευρεσιτεχνίας χρήσης για τη χρήση χημειοπροληπτικές της ασπιρίνης με το Dartmouth College – «Συνθέσεις και μέθοδοι για την πρόληψη Σποραδικές νεοπλασίας σε Colon», US Patent No: 7691833, 6 Απριλίου 2010. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

εκτιμάται ότι η κληρονομική προδιάθεση συμβάλλει -35% όλων των περιπτώσεων καρκίνου του παχέος εντέρου (CRC) [1]. Η πρόσφατη πρόοδος μέσω της εφαρμογής των μελετών συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία (GWASs) έχουν εντοπίσει μια σειρά από κοινές παραλλαγές που εμπλέκονται στην αιτιολογία της CRC [2]. Δύο GWAS [3], [4] εντόπισε μια θέση κινδύνου για CRC στο 18q21, η οποία χαρτογραφεί να

Smad7

, ένα λειτουργικό υποψήφιο γονίδιο για CRC. Smad7 παίζει ανασταλτικό ρόλο στον παράγοντα βήτα μετασχηματιστικής ανάπτυξης (ΤΟΡ-β) μονοπάτι σηματοδότησης [5], [6], η οποία εμπλέκεται σε πολλές κυτταρικές διεργασίες και έχει ένα σημαντικό ρόλο στην ανάπτυξη και εξέλιξη του καρκίνου [7]. Broderick et al. [3] προσδιόρισε τρεις SNPs (rs4939827, rs12953717, rs4464148) στο

Smad7

συνδέονται με CRC και rs4939827 SNP αργότερα αναπαραχθεί ως η κορυφαία SNP στο 18q21 από Tenesa et al. [4]. Η συσχέτιση μεταξύ rs4939827 και του κινδύνου CRC επιβεβαιώθηκε, επίσης, σε μια πρόσφατη μετα-ανάλυση [8]? Ωστόσο, παρατηρήθηκε σημαντική μεταξύ μελετών ετερογένεια. Επιπλέον, αυτές οι παραλλαγές ευαισθησία βρέθηκαν να εμπλουτίζεται σε οικογενή CRC [9], [10]. Επιπλέον,

Smad7

έκφραση βρέθηκε να είναι χαμηλότερη σε καρκίνους του παχέος εντέρου σε σύγκριση με αδενώματα, ανεξάρτητα από το 18q κατάστασης αριθμού αντιγράφων [11] και το αλληλόμορφο κινδύνου σε rs12953717 συσχετίστηκε με χαμηλότερο

Smad7

έκφρασης λεμφοβλαστοειδείς κυτταρικές σειρές [3], υποδηλώνοντας ότι αλληλόμορφο-ειδική έκφραση του

Smad7

είναι πιθανό να είναι ο βιολογικός μηχανισμός βασίζεται η συσχέτιση μεταξύ διακυμάνσεις 18q21 και κινδύνου CRC.

Δεδομένου του ρόλου της Smad7 σε το σηματοδοτικό μονοπάτι TGF-β [12], καθώς και η σημαντική μεταξύ μελετών ετερογένεια στην αναφερόμενη σχέση μεταξύ Smad7 SNPs και του κινδύνου CRC, κοιτάξαμε να επιβεβαιώσει τη σχέση μεταξύ

Smad7

SNPs και τον κίνδυνο CRC σε ένα μεγάλο την οικογένεια με βάση μελέτη ασθενών-μαρτύρων με βάση την πολυκεντρική καρκίνου του παχέος εντέρου Οικογένεια μητρώου (Colon CFR), και να εξετάσει το γονίδιο Χ περιβαλλοντικών αλληλεπιδράσεων για την αναγνώριση /προστατευτικούς παράγοντες κινδύνου που μπορούν να επηρεάσουν τη σχέση μεταξύ Smad7 SNPs και του κινδύνου CRC. περίπτωση, ανεπηρέαστα σχεδιασμό της μελέτης αδελφό μας έχει αποδειχθεί ότι είναι πιο ισχυρό για τον έλεγχο των δυνητικών σύγχυση από την διαστρωμάτωση του πληθυσμού και την ανίχνευση αλληλεπιδράσεων γονιδίων-περιβάλλοντος [13].

Υλικά και Μέθοδοι

πληθυσμός Μελέτη

τα στοιχεία για τη μελέτη αυτή ελήφθησαν μέσω του παχέος εντέρου CFR, το Εθνικό Ίδρυμα Καρκίνου (NCI) -funded μητρώου των περιπτώσεων CRC, ανεπηρέαστα τα μέλη της οικογένειας, και τους ελέγχους με βάση τον πληθυσμό. Το μητρώο περιγράφεται λεπτομερώς στο Newcomb et al. [14] και Levine et al. [15]. Εν συντομία, το Colon ΚΠΑ είναι μια διεθνής μελέτη συνεργασίας που ξεκίνησε το 1997. Οι συμμετέχοντες είχαν προσληφθεί από έξι κέντρα συμπεριλαμβανομένων και των κέντρων στο Πανεπιστήμιο της Νότιας Καλιφόρνιας Consortium (Αριζόνα, Cleveland Clinic, Κολοράντο, Dartmouth, Μινεσότα, Βόρεια Καρολίνα, και το Πανεπιστήμιο της Νότιας Καλιφόρνιας) , Χαβάη (Χονολουλού), Έρευνας Καρκίνου Fred Hutchinson Κέντρο (Seattle, WA), Mayo Clinic (Rochester, MN), Cancer Care Ontario (Τορόντο, Καναδάς), και το Πανεπιστήμιο της Μελβούρνης (Βικτώρια, Αυστραλία), χρησιμοποιώντας με βάση τον πληθυσμό και clinic- στρατηγικές διαπίστωση βάση. Περιπτώσεις είχαν προσληφθεί σε δύο φάσεις, 1998-2002 (φάση 1) και 2002-2007 (φάση 2). Φάση 2 άτομα ήταν εμπλουτισμένο σε περιπτώσεις πιο πιθανό να έχουν ένα οικογενειακό ιστορικό CRC. Όλα τα κέντρα εκτός Έρευνας Καρκίνου Fred Hutchinson Κέντρο πολλαπλασιασμένο περιπτώσεις με πολλαπλές συγγενείς πρώτου βαθμού αναφορά CRC ή CRC περιπτώσεων που διαγιγνώσκονται κάτω των 50 ετών να στοχεύουν στις οικογένειες με περίσσεια κινδύνου CRC. Πρώτου βαθμού και κάποιοι συγγενείς δευτέρου βαθμού με CRC επίσης προσληφθεί από οικογένειες με πολλαπλά CRC περιπτώσεις. Το δείγμα κλινική που βασίζεται αντιπροσωπεύει οικογένειες πολλαπλών περίπτωση που διατρέχουν υψηλό κίνδυνο Κληρονομική μη πολυποδίαση καρκίνο του παχέος εντέρου ή άλλες οικογενειακές φαινοτύπους CRC.

Στο Colon ΚΠΑ, οι έλεγχοι με βάση τον πληθυσμό ελήφθησαν μόνο από το ένα του παχέος εντέρου ΚΠΑ sites (Έρευνας Καρκίνου Fred Hutchinson Κέντρο), και το συνολικό μέγεθος του δείγματος (Ν = 429) είναι πολύ μικρότερη από εκείνη των ελέγχων αμφιθαλή (Ν = 3.115). Να αξιοποιήσουν στο έπακρο τη χρήση των διαθέσιμων γενετικών δεδομένων, στην παρούσα έρευνα χρησιμοποιήσαμε ένα σχέδιο υπόθεσης /ανεπηρέαστο τον έλεγχο αδελφό [13] με τα δεδομένα από τις δύο οικογένειες με βάση τον πληθυσμό και την κλινική που βασίζονται σε αναλύσεις το κύριο αποτέλεσμα. Περιπτώσεις ήταν εξεταζομένων και τα αδέλφια διαγνωστεί με CRC και οι έλεγχοι ήταν αδέλφια χωρίς CRC κατά τη στιγμή της διαπίστωσης. Η διάγνωση της CRC βασίστηκε στις ακόλουθες έξι κατηγορίες επιβεβαίωσης [14]: επανεξέταση παθολόγος διαφανειών? επανεξέταση της έκθεσης παθολογίας? έκθεση του μητρώου καρκίνου ή ιατρική εγγραφή (ες) που υποδεικνύει θεραπεία για τον συγκεκριμένο τύπο καρκίνου? έκθεση σχετικά με ένα πιστοποιητικό θανάτου? αυτο-έκθεση? και να υποβάλει έκθεση με σχετική. Ως εκ τούτου, η ανεπηρέαστη την κατάσταση των αδελφών δεν ιδρύθηκε μέσω κολονοσκόπησης. Όλες οι περιπτώσεις ερωτήθηκαν εντός 5 ετών από τη διάγνωση (76% εντός 2 ετών). Υπήρχαν πολύ λίγα ζευγάρια υπόθεση /έλεγχος κλινική που βασίζεται για στρωματοποιημένη ανάλυση έτσι ώστε όλα τα στρωματοποιημένη ανάλυση χρησιμοποιούνται μόνο οι οικογένειες με βάση τον πληθυσμό. Αποκλείσαμε monozygous δίδυμα και άτομα με άγνωστη ηλικία ή το φύλο, και να περιλαμβάνονται μόνο μη-ισπανόφωνοι λευκό θέματα. Επιπλέον, ο γονότυπος επίσης ένα τυχαίο σύνολο των μη συνδεδεμένων ελέγχων με βάση τον πληθυσμό (

n

= 429) από έναν από τους χώρους του παχέος εντέρου CFR (Έρευνας Καρκίνου Fred Hutchinson Κέντρο). Συνολικά 1.923 περιπτώσεις (1640 με βάση τον πληθυσμό και 283 ιατρείο-based) και 3.115 ανεπηρέαστη ελέγχους αδελφό τους (2621 με βάση τον πληθυσμό και 494 ιατρείο-based) συμπεριλήφθηκαν στις αναλύσεις.

Ηθική

Όλα τα άτομα υπέγραψαν μια ενημερωμένη συγκατάθεση πριν από την παροχή δεδομένων στο ΚΠΑ του παχέος εντέρου. έγκριση Δεοντολογίας για τη μελέτη λήφθηκε από το Institutional Review Boards σε κάθε χώρο CCFR: Πανεπιστήμιο της Νότιας Επιστημών Υγείας επιτροπή δεοντολογίας της Καλιφόρνιας, Mount Sinai Hospital Research Board Ηθικής του Πανεπιστημίου της Χαβάης Institutional Review Board, Το Πανεπιστήμιο της Μελβούρνης Κεντρικής Επιτροπής Ανθρωπίνων Έρευνας Ηθικής , Έρευνας Καρκίνου Fred Hutchinson Κέντρο Institutional Review Board, και Mayo Clinic Institutional Review Board.

SNP επιλογής και γονοτυπική

Smad7

ήταν ο γονότυπος ως μέρος της συνεχιζόμενης μελέτης των γονιδίων σχετικά με υπεροξείδωση των λιπιδίων και την απόπτωση (5R01CA114472-02). επιλεγμένα tagging πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) χρησιμοποιούσαν το πρόγραμμα Snagger20 [16] για την κάλυψη όλων των SNPs με συχνότητα έλασσον αλληλόμορφο (MAF) της ≥0.05 ή μεγαλύτερη με ζεύγη r

2 ≥0.80 στην περιοχή που καλύπτει κάθε γονιδίου ενδιαφέροντος καθώς και 20 kb ανάντη και 10 kb κατάντη του γονιδίου. Τα μπλοκ ανισορροπία σύνδεσης προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας δεδομένα από το Διεθνές HapMap Έργου Λευκό CEPH (Γιούτα κάτοικοι με καταγωγή από τη βόρεια και δυτική Ευρώπη) πληθυσμός (HapMap, απελευθέρωση 21, Ιούλιος 2006? Www.hapmap.org). Τέλος, τρεις GWAS-προσδιορίζονται SNPs, rs4939827, rs12953717, rs4464148, συμπεριλήφθηκαν επίσης. SNPs γονότυπος στην πλατφόρμα Illumina GoldenGate (Illumina, Inc., San Diego, CA) [17] στο Πανεπιστήμιο της Νότιας Καλιφόρνιας, Νόρις Περιεκτική Κέντρο Καρκίνου, Μοριακή Genomics Πυρήνας εγκατάσταση, χρησιμοποιώντας DNA από δείγματα αίματος [14]. μέτρα ελέγχου της ποιότητας που περιλαμβάνονται δοκιμών για αποκλίσεις από Hardy-Weinberg ισορροπία (HWE) σε μη-ισπανόφωνοι λευκοί, η συμπερίληψη της τυφλής interplate και intraplate επαναλήψεις, και την ανάμειξη περιπτώσεις και τους ελέγχους στις πλάκες του γονότυπου. SNPs εξαιρέθηκαν από την ανάλυση, αν υπήρχαν περισσότερα από δύο λάθη στις γονότυπους επανάληψη. rs4939827 δείκτη απέτυχε στην πλατφόρμα Illumina και στη συνέχεια αποκλειστεί. Στην ανάλυση αυτή, αναφέρουμε τα αποτελέσματα για 23 tSNPs στο

Smad7

. Συνολικά 133 τύφλωσε ζεύγη διπλούν συμπεριλήφθηκαν για προσδιορισμό του γονότυπου. Συμφωνία για τα διπλά δείγματα ήταν & gt? 99%

αστάθεια μικροδορυφόρου Δοκιμές

Όλοι οι διαθέσιμοι όγκοι από το παχύ έντερο Jeremy Jass Memorial Παθολογίας Τράπεζας ΚΠΑ αναλύθηκαν για την αστάθεια στις ακόλουθες 10 μικροδορυφόρων:. BAT25, BAT26, BAT40, BAT34C4, D5S346, D17S250, D18S55, D10S197, ΚΑΣ, και MYCL όπως περιγράφηκε προηγουμένως [14]. συμπεριλήφθηκαν μόνο άτομα με σαφή αποτελέσματα για τουλάχιστον τέσσερις δείκτες. Μικροδορυφορικού Η αστάθεια (MSI) υπήρχαν διαθέσιμα στοιχεία για το 1242 (64,4%) των περιπτώσεων (1.106 με βάση τον πληθυσμό και 136 ιατρείο-based). Η αστάθεια στο & gt? 30% της υπό δοκιμή loci ορίστηκε ως αστάθεια μικροδορυφόρου υψηλά (MSI-H)? αστάθεια στο & gt? 10% των τόπων, αλλά & lt? 30% των τόπων ορίστηκε ως μικροδορυφορικού αστάθεια χαμηλή (MSI-L)? και εκείνοι με αστάθεια σε 0 τόπους ταξινομήθηκαν ως μικροδορυφορικού σταθερό (MSS).

όγκου Τοποθεσία

θέση του όγκου ληφθούν από την έκθεση παθολογίας και ήταν διαθέσιμα για 1.778 (92,1%) των περιπτώσεων ( 1566 με βάση τον πληθυσμό και 212 ιατρείο-based). Δεξιά κόλον ορίστηκε ως το τυφλό έντερο μέσω του σπληνική καμπή? αριστερά του παχέος εντέρου περιλαμβάνεται η φθίνουσα παχέος εντέρου μέσω του παχέος εντέρου σιγμοειδές? ορθού όγκους περιλάμβανε την ορθοσιγμοειδικής διασταύρωση και το ορθό.

Στατιστική Ανάλυση

Όλες οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση της γλώσσας προγραμματισμού R και SAS v9.1 (SAS Institute Inc., Cary, NC).

MAF εκτιμήθηκε από τα δεδομένα γονότυπο από μη συνδεδεμένους ελέγχους βάσει πληθυσμού. Ζεύγη ανισορροπία σύνδεσης μεταξύ των SNPs εκτιμήθηκε χρησιμοποιώντας το τετράγωνο του συντελεστή συσχέτισης (

R

2) και D-prime (Δ ‘) μεταξύ των δεικτών. Αξιολογήσαμε επίσης Hardy-Weinberg ισορροπίας για κάθε SNP. Δεν παρατηρήθηκαν αποκλίσεις για όλες SNPs εκτός rs1873190. Μεταξύ των μη συνδεδεμένων με βάση τον πληθυσμό των ελέγχων, στατιστικά σημαντική μείωση του αριθμού των ετερόζυγη γονότυπων του rs1873190? Παρατηρήθηκαν (155 παρατήρησε έναντι 186 αναμένεται υπό HWE P ακριβή = 0,0006). Τα δεδομένα γονότυπων του SNP έδειξαν σαφή διαχωρισμό γονότυπο με συντελεστή 98% και τη συμφωνία ποσοστά 100% μεταξύ των επαναλήψεων.

Κατά την ανάλυση των κύριων επιδράσεων, τα δεδομένα πληθυσμό, και κλινική που βασίζεται αναλύθηκαν ξεχωριστά . Χρησιμοποιήσαμε πολυπαραγοντική όρους λογιστικής παλινδρόμησης με H αδελφική ως τον παράγοντα που ταιριάζουν και να ελέγχονται ως προς την ηλικία (συνεχής) και το φύλο. Εκτιμήσαμε τις ενώσεις SNP-CRC υποθέτοντας ένα ημερολόγιο-προσθετικό μοντέλο. Σε όλες τις αναλύσεις, το χαμηλότερο αλληλόμορφο συχνότητα κωδικοποιήθηκε ως το αλληλόμορφο «κινδύνου» και τα άτομα χωρίστηκαν σε 0, 1, ή 2 αντιπροσωπεύει τον αριθμό των αλληλομόρφων κινδύνου που κατείχε για την εν λόγω SNP. Δοκιμή για haplotypic σύνδεση πραγματοποιήθηκε με τη χρήση SAS /Γενετική και συχνότητες απλότυπου υπολογίστηκαν από τον αλγόριθμο μεγιστοποίησης.

Μεταξύ των οικογενειών με βάση τον πληθυσμό, εξετάσαμε επίσης το ενδεχόμενο ότι η ένωση SNP-CRC τροποποιήθηκε από άλλους παράγοντες, όπως το φύλο, η ηλικία, η χρήση των μη στεροειδών αντιφλεγμονωδών φαρμάκων (ΜΣΑΦ), το κάπνισμα, η κατανάλωση αλκοόλ, το δείκτη μάζας σώματος (ΔΜΣ), σωματική δραστηριότητα (μέση εβδομαδιαία μεταβολικό ισοδύναμο (ΚΟΑ) ώρες της φυσικής δραστηριότητας σε όλη την ενήλικη ζωή), την ιστορία της διαβήτη, πολύποδες, και η ελκώδης κολίτιδα, και το οικογενειακό ιστορικό CRC σε ένα συγγενή πρώτου βαθμού, όπως αναφέρθηκε από τον πρόγονο. Όλες οι αναλύσεις στο πλαίσιο της έκθεσης στρώματα είχαν καθοριστεί εκ των προτέρων, με βάση τις ενδείξεις για ενδεχόμενη τροποποίηση επίδραση στη βιβλιογραφία. Για να ελέγξει την υπόθεση αυτή, ψευδομεταβλητές που εκπροσωπούν στρώμα ειδικά έκθεσης δημιουργήθηκαν για την εκτίμηση στρώμα-συγκεκριμένα αποτελέσματα σε ένα ενιαίο μοντέλο όρους λογιστικής παλινδρόμησης. Ρ-τιμές για τις αλληλεπιδράσεις εκτιμήθηκαν από τις δοκιμές λόγου πιθανοφανειών. Αξιολογήσαμε επίσης διαφορές στη σύνδεση με την τοποθεσία του όγκου (δεξιά, αριστερά, του ορθού /ορθοσιγμοειδικής διασταύρωση) και το καθεστώς MSI (MSS, MSI-L και MSI-H) με διαστρωμάτωσης των συμφωνημένα σύνολα με τα χαρακτηριστικά του όγκου της υπόθεσης. Σας έχουν ανατεθεί τα σκηνικά η MSI ή κατηγορία όγκου ιστοσελίδα της υπόθεσης και περιλαμβάνονται όρους αλληλεπίδρασης στα υπό όρους μοντέλα λογιστικής παλινδρόμησης για την εκτίμηση των εν λόγω στρώμα-συγκεκριμένες αναλογίες πιθανοτήτων. Τέλος, θα εξεταστεί αν συμπερίληψη των περιπτώσεων που προσλαμβάνονται & gt? 2 χρόνια μετά τη διάγνωση οδήγησε σε μεροληπτικές εκτιμήσεις και τα αποτελέσματα ήταν ουσιαστικά αμετάβλητη μετά τον αποκλεισμό από τις υποθέσεις αυτές (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται)

Αποτελέσματα

Πίνακας 1. δείχνει τα δημογραφικά χαρακτηριστικά του πληθυσμού της μελέτης. Ένα σύνολο 1.854 κύκλοι συγγενείας εξ αίματος συμπεριλήφθηκαν σε αυτή τη μελέτη. Μεταξύ των συμμετεχόντων, 1.640 περιπτώσεις και 2.621 έλεγχοι με βάση τον πληθυσμό και 283 περιπτώσεις και 494 έλεγχοι κλινική που βασίζεται. Τα δεδομένα για την περιοχή του όγκου και την κατάσταση MSI ήταν διαθέσιμα για 1.778 περιπτώσεις και 1.242 περιπτώσεις, αντίστοιχα.

Η

Τα αποτελέσματα της ενιαίας ανάλυσης SNP παρουσιάζονται στον Πίνακα 2. SNPs ταξινομήθηκαν ανάλογα με τη θέση τους στο χρωμόσωμα 18. Υποθέτοντας ένα log-προσθετικό μοντέλο, συνολικά επτά SNPs είχε τιμή Ρ μικρότερη από 0,05? μετά από διόρθωση Bonferroni για τον αριθμό των SNPs δοκιμάστηκαν στο

Smad7

γονίδιο, μόνο δύο SNPs, rs11874392 και rs12953717, παρέμεινε σημαντικά συνδέεται με CRC κινδύνου μεταξύ των οικογενειών βάσει πληθυσμού. Κάθε έλασσον αλληλόμορφο (Τ) της rs12953717 SNP σχετίστηκε με σημαντικά αυξημένο κίνδυνο CRC (λόγος πιθανοτήτων-OR, 1,29? 95% διάστημα-CI εμπιστοσύνης, 1,12 – 1,49), ενώ κάθε έλασσον αλληλόμορφο (Τ) της rs11874392 συσχετίστηκε με στατιστικά σημαντικά μειωμένο κίνδυνο του CRC (Ή, 0,80? 95% CI, 0,70 έως 0,92). Οι ενώσεις αυτές ήταν παρόμοια μεταξύ των οικογενειών με βάση τον πληθυσμό και τις οικογένειές κλινική που βασίζεται, αν και ήταν σημαντική μόνο μεταξύ των οικογενειών με βάση τον πληθυσμό με μεγαλύτερο μέγεθος δείγματος της. Οι δύο SNPs ήταν σε μεγάλο βαθμό με το άλλο (Δ ‘, 0.999? R

2, 0.661). Σε μια ανάλυση λογιστικής παλινδρόμησης, η συμπερίληψη των rs11874392 δεν βελτίωσε σημαντικά την εφαρμογή του μοντέλου πάνω από ότι με rs12953717 μόνο (P = 0,88). Ανάλυση των rs12953717 και rs11874392 αποκάλυψε ότι CT και TA ήταν οι πιο κοινές απλοτύπων (Πίνακας 3) και μόνο TA συσχετίστηκε με αυξημένο κίνδυνο CRC (P = 9.0 × 10

-5). Απλότυπος CA δεν συσχετίστηκε με CRC κινδύνου (P = 0,53). Δεν σημαντικές συσχετίσεις παρατηρήθηκαν για το SNP rs4464148 ή άλλες SNPs αξιολογηθεί σε

Smad7

μετά την προσαρμογή για πολλαπλές δοκιμές.

Η

Μεταξύ των οικογενειών με βάση τον πληθυσμό, αξιολογήσαμε τη συσχέτιση μεταξύ rs12953717 και του κινδύνου CRC μετά από στρωματοποίηση κατά των σχετικών κινδύνων /προστατευτικών παραγόντων (Πίνακας 4). Παρατηρήσαμε μέτρια και οριακά σημαντικές διαφορές στη συσχέτιση της νόσου με τη χρήση των ΜΣΑΦ, το κάπνισμα, ΒΜΙ και την ιστορία των πολυπόδων. Οι ισχυρότερες συσχετίσεις παρατηρήθηκαν μεταξύ των σημερινών χρηστών ΜΣΑΦ, μη /πρώην καπνιστές, τα υπέρβαρα άτομα (25≤BMI & lt? 30) και τα άτομα με προηγούμενη διάγνωση των πολυπόδων, αντίστοιχα. Δεν υπήρχαν στατιστικά σημαντικές διαφορές στη σύνδεση SNP-CRC ανάλογα με το φύλο, την ηλικία, την κατανάλωση αλκοόλ, σωματική δραστηριότητα, διαβήτης, και η ελκώδης κολίτιδα. Η επίδραση της rs12953717 φάνηκε να είναι ισχυρότερη μεταξύ των ατόμων χωρίς οικογενειακό ιστορικό CRC ό, τι μεταξύ εκείνων με οικογενειακό ιστορικό? Ωστόσο, η διαφορά αυτή δεν ήταν στατιστικά σημαντική (Ρ = 0,39). Όταν εξετάστηκε η σχέση μεταξύ rs11874392 και του κινδύνου CRC, παρατηρήθηκαν παρόμοια αλλά λιγότερο έντονα διαφορές από τους παραπάνω παράγοντες.

Η

Επίσης εξετάσαμε την πιθανή ετερογένεια του SNP επίδραση από τη θέση του όγκου και την κατάσταση MSI ( Πίνακας 5). Οι ισχυρότερες ενώσεις παρατηρήθηκαν για τον καρκίνο του παχέος εντέρου άπω και MSI-L /MSI-H όγκους από ό, τι για άλλους όγκους? Ωστόσο, ούτε η διαφορά ήταν στατιστικά σημαντική.

Η

Για την αντιμετώπιση πιθανή προκατάληψη επιβίωσης λόγω της συμπερίληψης των περιπτώσεων συνέντευξη έως και 5 χρόνια μετά τη διάγνωση, επαναλάβαμε τις αναλύσεις των κύριων αποτελεσμάτων, συμπεριλαμβανομένων μόνο εξεταζομένων συνέντευξη εντός 2 ετών της διάγνωσης και ανεπηρέαστα τα αδέλφια και τα αποτελέσματά τους ήταν ουσιαστικά αμετάβλητος (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Συζήτηση

Σύμφωνα με το δύο GWAS [3], [4], βρήκαμε μια στατιστικά σημαντική συσχέτιση μεταξύ της δύο

Smad7

πολυμορφισμούς, rs12953717 και rs11874392, και CRC σε αυτή τη μεγάλη μελέτη ασθενών-μαρτύρων που βασίζονται στην οικογένεια. Παρατηρήσαμε τις προτάσεις ότι η ένωση των rs12953717 και του κινδύνου CRC μπορεί να τροποποιηθεί με τη χρήση των ΜΣΑΦ, το κάπνισμα, ΔΜΣ και την ιστορία των πολυπόδων.

Η βασική παραλλαγή αιτιώδης για τη συσχέτιση μεταξύ 18q21 διακύμανσης και του κινδύνου CRC παραμένει άγνωστη. Pittman et al. [11] ανέφεραν ότι ένα C έως G SNP σε 44.703.563 bp, ένα SNP σε ισχυρή ανισορροπία σύνδεσης με άλλες γενετικές παραλλαγές σε όλο 18q21, μπορεί να είναι η λειτουργική παραλλαγή υπεύθυνη για 18q21 που σχετίζεται με μεταβολές στην CRC του κινδύνου μέσω της διαφορικής

Smad7

έκφραση και την επακόλουθη σηματοδότηση ΤΟΡ-β. Σε σύγκριση με το αλληλόμορφο C, το αλληλόμορφο G κίνδυνος σχηματίζει ασθενέστερες σύμπλοκα πρωτεΐνης-ΟΝΑ με πυρηνικά εκχυλίσματα και συσχετίστηκε με μειωμένη έκφραση του

Smad7

στο παχέος εντέρου. Ωστόσο, παραμένει ασαφές το πώς αυτές οι αλλοιώσεις μπορεί να προάγει την καρκινογένεση. Έχει προταθεί ότι

Smad7

μπορεί να επάγουν την γένεσιν όγκων αναστέλλοντας ΤΟΡ-β επαγόμενη αναστολή της ανάπτυξης και την απόπτωση [18]. Η έκφραση του

Smad7

είναι πολύ χαμηλή σε επιθηλιακούς ιστούς, αλλά είναι προς τα πάνω ρυθμισμένα σε διάφορες μορφές καρκίνου. Υπερ-έκφραση του

Smad7

έχει δειχθεί ότι αναστέλλει ΤΟΡ-β-διαμεσολαβούμενη επαγωγή της ενδογενούς οξυγονάσης αίμης-1 (

ΗΟ-1

) έκφραση γονιδίων [19], ένα προσαρμοστικό άμυνα κατά των οξειδωτικών το στρες [20]. Στα καρκινικά κύτταρα του παχέος εντέρου, σταθερή έκφραση του

Smad7

δεσμεύει την ΤΟΡ-β-διαμεσολαβούμενη ενεργοποίηση της

ΝΡκΒ

[5], ένα κρίσιμο μόριο στο οξειδωτικό στρες που προκαλείται από απόπτωση. Επιπλέον, οι ασθενείς με CRC διαγραφή του

Smad7

βρέθηκαν να έχουν ευνοϊκή κλινική έκβαση [21]. Αντίθετα, η ενίσχυση αυτού του γονιδίου σχετίστηκε με σημαντικά χειρότερη πρόγνωση, με ένα διαβαθμισμένο αποτέλεσμα ανάλογα με τις

Smad7

αριθμού αντιγράφων γονιδίου [21].

Δεδομένου ότι

Smad7

είναι που εμπλέκονται στην εντερική φλεγμονή μέσω της ρύθμισης του TGF-β σηματοδότηση [22], [23], η σχέση μεταξύ

Smad7

SNPs και του κινδύνου CRC μπορεί να τροποποιηθεί από παράγοντες που επηρεάζουν τη φλεγμονή. Στην ανθρώπινη φλεγμονώδης ιστούς των εντέρων, σηματοδότηση TGF-β1 διαταράσσεται από την αυξητική ρύθμιση του

Smad7

, οδηγώντας σε μια ενισχυμένη παραγωγή φλεγμονωδών κυτοκινών. Αναστολή της

Smad7

με ένα συγκεκριμένο αντινοηματικό ολιγονουκλεοτίδιο μπορεί να αποκαταστήσει την ανοσοκατασταλτική σηματοδότηση ΤΟΡ-β1 και καταστέλλουν τη φλεγμονώδη παραγωγή κυτοκίνης [23]. Στη μελέτη μας, δεν υπάρχει κάποια ένδειξη των διαφορών στην ένωση μεταξύ rs12953717 και τον κίνδυνο CRC με ΜΣΑΦ χρήση, με την επίδραση του SNP που πιο έντονη μεταξύ των σημερινών χρηστών και τουλάχιστον μεταξύ των πρώην χρηστών. Σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων με βάση τον πληθυσμό του καρκίνου του παχέος εντέρου, Slattery et al. [24] παρατηρείται επίσης ελαφρώς ισχυρότερη ενώσεις rs4939827 και rs12953717 για τα άτομα αναφέρουν πρόσφατη χρήση ασπιρίνης /ΜΣΑΦ. Τα ευρήματά μας είναι επίσης συνεπείς με αυτές από μια πρόσφατη μελέτη που υποδηλώνει ότι CRC-ειδική επιβίωση σε μετεμμηνοπαυσιακές γυναίκες ποικίλλει ανάλογα με

Smad7

γονότυπο (rs4939827 και rs4464148) μεταξύ των ασθενών που είχαν τακτικά με τη χρήση ΜΣΑΦ πριν από τη διάγνωση, αλλά δεν είναι ανάμεσα ποτέ Οι χρήστες και πρώην χρήστες ΜΣΑΦ [25]. Μελέτες έχουν δείξει ότι η διαταραχή της σηματοδότησης ΤΟΡ-β1 λόγω των υψηλών επιπέδων του

Smad7

είναι ένα χαρακτηριστικό της κολίτιδας και κλείδωμα

Smad7 αποκαθιστά

ΤΟΡ-β1 σηματοδότηση σε κολίτιδα [26]. Από μη του /της πρώην καπνιστές έχουν υψηλότερο κίνδυνο της ελκώδους κολίτιδας σε σύγκριση με την τρέχουσα καπνιστές [27], η παρατήρηση μας για μια ισχυρότερη

Smad7

ένωση SNP μεταξύ μη του /της πρώην καπνιστές θα δανείσει κάποια υποστήριξη στην υπόθεση της φλεγμονής. Παρατηρήσαμε με συνέπεια ένα υψηλότερο CRC ή rs12953717 μεταξύ των ατόμων με ελκώδη κολίτιδα από εκείνους που δεν, αν και η διαφορά αυτή δεν ήταν στατιστικά σημαντική, πιθανώς λόγω του μικρού αριθμού των ατόμων με ελκώδη κολίτιδα. Από την άλλη πλευρά, το κάπνισμα αυξάνει τον κίνδυνο της άλλης μορφής της IBD, της νόσου του Crohn, αλλά δεν μπορέσαμε να εξεταστεί η συσχέτιση SNP-CRC στρωματοποιημένη με το ιστορικό της νόσου του Crohn, λόγω του μικρού αριθμού των ατόμων με αυτή την ασθένεια (Ν = 32 ). Επιπλέον, η παρατήρηση μιας αλληλεπίδρασης ΒΜΙ θα μπορούσε επίσης να υποδηλώνουν την εμπλοκή των οδών φλεγμονής, αφού η παχυσαρκία συνδέεται με μια κατάσταση χρόνιας φλεγμονής [28]. Ωστόσο, η παρατήρηση της επίδρασης της Smad7 γενετικές παραλλαγές μόνο μεταξύ των υπέρβαρων ατόμων, αλλά όχι μεταξύ των παχύσαρκων ατόμων ήταν απροσδόκητη και απαιτεί επιβεβαίωση.

Smad7

μπορεί επίσης να λειτουργήσει μέσω μονοπατιών ινσουλίνης που σχετίζονται. έκφραση της πρωτεΐνης Smad7 στο νεφρικό φλοιό είναι μειωμένη στον διαβήτη [29] και η έκφραση υπό όρους του

Smad7

σε παγκρεατικά κύτταρα β διαταράσσει σηματοδότηση ΤΟΡ-β και προκαλεί αναστρέψιμη σακχαρώδη διαβήτη [30]. Επιπλέον, η

Smad7

rs3764482 SNP (IVS2 -21C & gt? T) έχει συσχετιστεί με μειωμένο κίνδυνο εμφάνισης διαβήτη τύπου 2 σε ποντίκια [31]. Ερευνήσαμε αυτό δυνατό μηχανισμό με την εξέταση των διαφορών στην ένωση του SNP με CRC κίνδυνο από την κατάσταση του διαβήτη, αλλά δεν βρήκε ισχυρά στοιχεία για την αλληλεπίδραση με το διαβήτη (Πίνακας 3). Η συσχέτιση μεταξύ rs12953717 και τον κίνδυνο CRC παρέμεινε μεταξύ των μη διαβητικών ατόμων.

Εκτός από την επιβεβαίωση των συσχετίσεων μεταξύ

Smad7

SNPs και τον κίνδυνο CRC, θα ορίζεται περαιτέρω αυτές τις ενώσεις σύμφωνα με άλλες γνωστές κινδύνου /προστατευτικών παραγόντων για CRC και όγκου χαρακτηριστικά. Βρήκαμε μια ισχυρότερη συσχέτιση SNP μεταξύ των ατόμων με προηγούμενο ιστορικό πολυπόδων. Περαιτέρω διερεύνηση από τον τύπο, τον αριθμό και το μέγεθος των πολυπόδων δεν εκτελέστηκε, επειδή λεπτομερείς πληροφορίες σχετικά με αυτά τα χαρακτηριστικά είναι ανύπαρκτη. Ο ακριβής βιολογικός μηχανισμός για την αλληλεπίδραση μεταξύ των πολυπόδων και

Smad7

είναι άγνωστη? Ωστόσο, μια πρόσφατη μελέτη σε κύτταρα καρκίνου του προστάτη βρέθηκε ότι

Smad7

μπορεί να αλληλεπιδράσει με αδενωματώδη πολυποδίαση coli πρωτεΐνη (APC) για τη σύνδεση ο τύπος TGF-β υποδοχείς Ι σύστημα μικροσωληνίσκων για την προώθηση της κυτταρικής μετανάστευσης [32], αναφέροντας ένα πιθανό ρόλο του

Smad7

στην πρόοδο από αδενωματώδεις πολύποδες προς CRCs. Ερμηνεία αυτού του αποτελέσματος πρέπει να είναι προσεκτικοί, γιατί η αναλογία των ατόμων που είχαν εξεταστεί για πολύποδες πριν από τη διάγνωση του καρκίνου του είναι άγνωστη. Υπήρξε κάποια ένδειξη διαφορές στην επίδραση του

Smad7

SNPs από τη θέση του όγκου. Παρατηρήσαμε μια σημαντική συσχέτιση του rs12953717 για άπω όγκων του παχέος εντέρου, αλλά όχι για εγγύς όγκων του παχέος εντέρου και του ορθού όγκους. Η διαπίστωση αυτή είναι συνεπής με Curtin et al. [33], ο οποίος ανέφερε επίσης σημαντικές ενώσεις για την άπω όγκους του παχέος εντέρου για δύο

Smad7

SNPs, αλλά όχι για εγγύς παχέος εντέρου και του ορθού όγκων. Παρομοίως, Slattery et al. [24] παρατηρείται ελαφρώς ισχυρότερη ενώσεις για την άπω ό, τι για εγγύς καρκίνων του παχέος εντέρου. Ωστόσο, δεν παρατηρήθηκε σημαντική διαφορά στο μέγεθος του αποτελέσματος rs4939827 με θέση του όγκου αναφέρθηκε από Broderick et al. [3]. Αντιθέτως, Tenesa et al. [4] διαπίστωσε ότι rs4939827 ήταν πιο έντονα σχετίζεται με τον κίνδυνο καρκίνου του ορθού από ό, τι για τον καρκίνο του παχέος εντέρου. Συνεπής με τις περισσότερες προηγούμενες μελέτες [4], [24], [34], δεν βρήκαμε σημαντικές διαφορές στις ενώσεις SNP με βάση την ηλικία, το φύλο, το οικογενειακό ιστορικό και την κατάσταση MSI.

Η μελέτη μας έχει μια σειρά των περιορισμών. Πρώτον, το SNP rs4939827 είχε αποκλειστεί από την ανάλυσή μας λόγω της αποτυχίας του γονότυπου? Ωστόσο, με δεδομένη την τέλεια ανισορροπία σύνδεσης (R

2 = 1,0 σε HapMap CEU Τύπου δεδομένων 28.) μεταξύ rs4939827 και rs11874392, είναι απίθανο να έχουν οποιαδήποτε απώλεια πληροφοριών λόγω αυτού του αποκλεισμού. Δεύτερον, η μέθοδος Bonferroni για την προσαρμογή για πολλαπλές συγκρίσεις μπορεί να είναι τόσο συντηρητική ότι ορισμένα δυνητικά σημαντικό πολυμορφισμούς, όπως της παραλλαγής προσδιορίζονται στην προηγούμενη GWAS του CRC rs4464148 [3], μπορεί να αγνοηθεί. Από την άλλη πλευρά, οι παρατηρούμενες ασθενέστερη ενώσεις άλλων Smad7 SNPs (rs4939832, rs1316447, rs4939837, rs7240215) με CRC κίνδυνος δεν έχουν ευρέως αναπαραχθεί από άλλες μελέτες και ως εκ τούτου θα μπορούσε να ήταν ευρήματα ευκαιρία. Τρίτον, χρησιμοποιήσαμε μια υπόθεση-ανεπηρέαστη σχεδιασμό της μελέτης αδελφό που μπορεί να μειώσει τη δύναμη να εντοπίσει συσχέτιση μεταξύ των γενετικών παραλλαγών και τον κίνδυνο CRC λόγω της overmatching σε γονότυπους μεταξύ των περιπτώσεων και δεν επηρεάζονται τα αδέλφια τους [13]? Ωστόσο, το σχέδιο αυτό δεν θα οδηγήσει σε προκαταλήψεις στην εκτίμηση της γενετικής σχετικών κινδύνων, και είναι πιο ισχυρή για την ανίχνευση αλληλεπιδράσεων γονιδίων-περιβάλλοντος και ελέγχους για πιθανές σύγχυση από την διαστρωμάτωση του πληθυσμού. Και τέλος, δεν παρατηρήσαμε στατιστικά σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ αυτών των κοινών

Smad7

SNPs και τον κίνδυνο CRC σε οικογένειες κλινική με βάση, πιθανώς λόγω του περιορισμένου μεγέθους του δείγματος στην κλινική με βάση το σύνολο δεδομένων. Εναλλακτικά, η γενετική προδιάθεση σε πολλαπλές περίπτωση, οικογένειες κλινική που βασίζεται μπορεί να είναι σε μεγάλο βαθμό οφείλεται σε άλλους ακόμα-να-να-προσδιορίζονται γενετικές παραλλαγές με ισχυρότερες επιπτώσεις.

Εν ολίγοις, χρησιμοποιώντας δεδομένα από τον καρκίνο του παχέος εντέρου Οικογένεια μητρώου, επιβεβαιώσαμε τη συσχέτιση μεταξύ

Smad7

και CRC βρέθηκαν σε GWAS. Απαιτούνται περαιτέρω μελέτες για να επιβεβαιώσουν τα αποτελέσματά μας στρωματοποιημένη από δημογραφικούς παράγοντες και τα χαρακτηριστικά του όγκου και για τη διαλεύκανση των σχετικών βιολογικών μηχανισμών. Με την αυξανόμενη επιδημιολογικά στοιχεία που συνδέουν

Smad7

με την ευαισθησία CRC, μελέτες απαιτούνται για να διερευνήσει πιθανούς βιολογικούς μηχανισμούς μέσω των οποίων

Smad7

συμβάλλει στην ανάπτυξη της CRC.

Ευχαριστίες

το περιεχόμενο αυτού του χειρογράφου δεν αντανακλά απαραίτητα τις απόψεις ή τις πολιτικές του Εθνικού Ινστιτούτου Καρκίνου ή κάποιο από τα συνεργαζόμενα κέντρα στην Colon Cancer Οικογένεια Μητρώο, ούτε αναφορά εμπορικών επωνυμιών, εμπορικών προϊόντων ή οργανισμών υποδηλώνει την έγκριση από η κυβέρνηση των ΗΠΑ ή το Colon Cancer Οικογένεια Μητρώο. Ευχαριστούμε τη συλλογή δεδομένων και την ομάδα διαχείρισης και όλα τα άτομα που συμμετείχαν στην Colon Cancer Οικογένεια Μητρώο.