Αφηρημένο

Για την εξέταση των ενδιαφερομένων με καρκίνο του παχέος εντέρου (CRC) περίπλοκες βιολογικές διαδικασίες, μια προσέγγιση η συστημική βιολογία ενσωματώνει αρκετές βιολογικά συστατικά και άλλους παράγοντες επιρροής είναι απαραίτητη για την κατανόηση. Πραγματοποιήσαμε μια ολοκληρωμένη ανάλυση σε επίπεδο συστήματος για CRC που βοήθησε στη διαλεύκανση κρίσιμα στοιχεία του δικτύου και πολλά ρυθμιστικά στοιχεία μέσα από μια συντονισμένη άποψη. Χρησιμοποιώντας αυτή την ολοκληρωμένη προσέγγιση, η αντιληπτική της πολυπλοκότητας κρυμμένο σε ένα βιολογικό φαινόμενο εκτενώς απλοποιηθεί. αναλύει τις μικροσυστοιχίες διευκόλυνε διαφορική έκφραση των 631 σημαντικών γονιδίων που απασχολούνται στην εξέλιξη της νόσου και παρέχει ενδιαφέροντα που συνδέονται πάνω και κάτω ρυθμιζόμενα γονίδια, όπως

Ιούνιος

,

fos

και

mapk1

. Η μεταγραφική ρύθμιση αυτών των γονιδίων έγινε διάσκεψη ευρέως από την εξέταση των μεταγραφικών παραγόντων όπως

HNF4

,

nr2f1

,

znf219

και

DR1

που επηρεάζουν άμεσα τη έκφραση. Περαιτέρω, οι αλληλεπιδράσεις αυτών των γονιδίων /πρωτεϊνών αξιολογήθηκαν και κρίσιμο μοτίβα δίκτυο ανιχνεύθηκαν να συνδέσουν με την παθοφυσιολογία της CRC. Οι διαθέσιμες τυποποιημένες στατιστικές παράμετροι όπως

z

-score,

σ

-τιμή και το προφίλ σημασία διερευνήθηκαν για τον προσδιορισμό των βασικών υπογραφών από CRC μονοπάτι, ενώ μερικές νέες παραμέτρους που αντιπροσωπεύουν υπερεκπροσωπούνται δομές σχεδιάστηκαν επίσης στη μελέτη. Η εφαρμοζόμενη προσέγγιση αποκάλυψε 5 βασικά γονίδια δηλαδή

KRAS

,

Araf

,

pik3r5

,

ralgds

και

akt3

μέσω νέων μας σχεδιασμένα παράμετροι που απεικονίζει υψηλή στατιστική σημαντικότητα. Αυτές οι νέες παράμετροι μπορούν να βοηθήσουν στον έλεγχο των υποψήφιων δεικτών για ασθένειες που έχουν γνωστή βιολογική μονοπάτια. Περαιτέρω, τη διερεύνηση και τη στόχευση αυτών που προτείνονται γονίδια για πειραματικούς επικυρώσεις, αντί να είναι μαγεμένος από την περίπλοκη μονοπάτι θα αποκτήσει σίγουρα πολύτιμες πληροφορίες σε μια καλά-χρονομετρημένη συστηματική κατανόηση της CRC

Παράθεση:. Sehgal Μ, Gupta R, Moussa Α , Singh TR (2015) Μια ολοκληρωμένη προσέγγιση για την Χαρτογράφηση διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων και Εξαρτήματα Δίκτυο Χρησιμοποιώντας Μυθιστόρημα Παράμετροι για τη διαλεύκανση Βασικά ρυθμιστικά γονίδια για τον καρκίνο του παχέος εντέρου. PLoS ONE 10 (7): e0133901. doi: 10.1371 /journal.pone.0133901

Επιμέλεια: Ying Xu, Πανεπιστήμιο της Γεωργίας, Ηνωμένες Πολιτείες