Αφηρημένο

Σκεπτικό

Νέες προσεγγίσεις για να καθορίσουν τους παράγοντες που διέπουν την ανοσοπαθογένειας των πνευμονικών παθήσεων όπως η σαρκοείδωση και η φυματίωση που απαιτούνται για την ανάπτυξη νέων θεραπειών και βιοδείκτες. Συγκρίνοντας το αίμα μεταγραφική απόκριση της φυματίωσης σε άλλες παρόμοιες πνευμονικών ασθενειών θα προωθήσουν τη γνώση των μονοπατιών της νόσου και να βοηθήσει στη διάκριση ασθένειες με παρόμοιες κλινικές παρουσιάσεις.

Στόχοι

Για τον προσδιορισμό των παραγόντων που ενισχύουν την ανοσοπαθογένειας του κοκκιωματώδη ασθένειες, σαρκοείδωση και η φυματίωση, συγκρίνοντας τις απαντήσεις της μεταγραφής του αίματος σε αυτές και άλλες πνευμονικές παθήσεις.

Μέθοδοι

σύγκριση ολικού αίματος γονιδίωμα-ευρεία μεταγραφικό προφίλ στην πνευμονική σαρκοείδωση, πνευμονική φυματίωση, με την κοινότητα επίκτητης πνευμονίας και πρωτοπαθή καρκίνο του πνεύμονα και υγιών μαρτύρων, πριν και μετά τη θεραπεία, και σε καθαρισμένα πληθυσμούς λευκοκυττάρων.

Μετρήσεις και Κυριότερα αποτελέσματα

Ένα ιντερφερόνη επαγόμενο ουδετερόφιλων με γνώμονα το αίμα μεταγραφικό υπογραφή ήταν παρούσα σε τόσο σαρκοείδωση και της φυματίωσης, με μεγαλύτερη αφθονία και έκφραση σε φυματίωση. Ετερογένεια της υπογραφής σαρκοείδωση συσχετίστηκαν σημαντικά με την ενεργότητα της νόσου. Μεταγραφικό προφίλ σε πνευμονία και καρκίνο των πνευμόνων αποκάλυψε μια υπερ-αφθονία των φλεγμονωδών μεταγραφές. Μετά την επιτυχή θεραπεία η μεταγραφική δραστικότητα σε ασθενείς με φυματίωση και η πνευμονία ήταν σημαντικά μειωμένη. Ωστόσο, οι ασθενείς με σαρκοείδωση γλυκοκορτικοειδή απόκριση παρουσίασαν σημαντική αύξηση στην μεταγραφική δραστικότητα. μεταγραφές 144-αίματος ήταν σε θέση να διακρίνει τη φυματίωση από άλλες ασθένειες των πνευμόνων και των ελέγχων.

Συμπεράσματα

Φυματίωσης και σαρκοείδωση αποκάλυψε παρόμοια μεταγραφικό προφίλ του αίματος, που κυριαρχείται από ιντερφερόνη επαγόμενο μεταγραφές, ενώ πνευμονία και καρκίνο του πνεύμονα έδειξε διακριτή υπογραφές, που κυριαρχείται από φλεγμονώδη γονίδια. Υπήρχαν επίσης σημαντικές διαφορές μεταξύ της φυματίωσης και σαρκοείδωση στο βαθμό της μεταγραφικής τους δραστηριότητας, η ετερογένεια των προφίλ τους και την ανταπόκριση της μεταγραφής τους στη θεραπεία

Παράθεση:. Bloom CI, Graham CM, Berry MPR, Ροζακέας F, Redford PS, Wang Υ, et al. (2013) Μεταγραφική αίματος Υπογραφές Διακρίνουν πνευμονική φυματίωση, πνευμονική σαρκοείδωση, πνευμονίες και καρκίνοι του πνεύμονα. PLoS ONE 8 (8): e70630. doi: 10.1371 /journal.pone.0070630

Επιμέλεια: Jyothi Rengarajan, Emory University School of Medicine, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 23 Μάρτη 2013? Αποδεκτές: 20 Ιουνίου του 2013? Δημοσιεύθηκε: 5 Αυγούστου 2013

Copyright: © 2013 Bloom et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. AOG, CMG, PSR, Ιατρικό Συμβούλιο Έρευνας (U117565642), FR & amp? Αναλώσιμα, Ινστιτούτο Merieux, SILA, CIB υποστηρίζεται από Ιατρικό Συμβούλιο Έρευνας Clinical Research Training υποτροφία? RJW & amp? KAW, MRC U1175.02.002.00014.01, Wellcome Trust 084323 και 088316, EDCTP (IP.07.32080.0002), και της Ευρωπαϊκής Ένωσης (FP7 IRSES295214). Πρόσληψη των ασθενών σε: Παρίσι (DV, GG, MM και DB) με την υποστήριξη της επιχορήγησης AP-HP (PHRC AOR-09-085)? Λυών, Λυών Δικτύου (Δράσεις Incitatives Hospices Civils de Lyon). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Συν-συγγραφέας Robert Wilkinson είναι PLoS ONE Συντακτική μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου, ωστόσο αυτό δεν μεταβάλλει το τήρηση των δημιουργών σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών. Διαφορετικά, όλοι οι άλλοι συντάκτες έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα.

Εισαγωγή

Περίπου εννέα εκατομμύρια νέες περιπτώσεις ενεργού φυματίωσης (TB), και 1,4 εκατομμύρια θάνατοι από φυματίωση, εκτιμάται ότι θα προκύψει σε παγκόσμιο επίπεδο κάθε έτος [1]. Η έγκαιρη διάγνωση είναι ζωτικής σημασίας για να αποφευχθεί η καθυστέρηση της θεραπείας, εξ ου και η ικανότητα διάκρισης της φυματίωσης από άλλες πνευμονικές καταστάσεις που μπορεί να παρουσιάζουν παρόμοια με φυματίωση, όπως η σαρκοείδωση, ή να έχουν μια οξεία (εξωνοσοκομειακή πνευμονία) ή χρόνια (πρωτοπαθή καρκίνο του πνεύμονα) παρουσίαση είναι σημαντική.

φυματίωση και η σαρκοείδωση είναι ευρέως διαδεδομένες ασθένειες πολυσυστηματική που περιλαμβάνουν κατά προτίμηση στον πνεύμονα και συχνά παρούσα σε μια παρόμοια κλινική, ακτινολογική και ιστολογική τρόπο. Η διάκριση αυτών των ασθενειών, ως εκ τούτου μπορούν να απαιτούν επεμβατική βιοψία. σχηματισμός κοκκιωμάτων είναι θεμελιώδους σημασίας και για τις δύο συνθήκες και παρόλο που το παθογόνο

Mycobacterium tuberculosis

αναγνωρίζεται ως ο αιτιολογικός αιτία της φυματίωσης, τι κρύβεται πίσω από σαρκοείδωση είναι άγνωστη [2]. Οι οδοί που εμπλέκονται στην κοκκιωματώδη φλεγμονή είναι επίσης ελάχιστα κατανοητή και υπάρχει λίγη κατανόηση των διαφορών που αφορούν συγκεκριμένες νόσους. Φυματίωση και η σαρκοείδωση μπορεί επίσης να εμφανίζει μια παρόμοια παρουσίαση σε οξεία πνευμονική λοιμώδη νοσήματα όπως η πνευμονία της κοινότητας και χρόνιες παθήσεις των πνευμόνων όπως η πρωτοπαθής καρκίνος του πνεύμονα.

Λόγω της πολυπλοκότητας των ασθενειών αυτών προσέγγιση βιολογίας συστημάτων μπορεί να βοηθήσει ξετυλίξουν το κύριο φιλοξενήσει ανοσοαποκρίσεις. Περιφερικό αίμα έχει την ικανότητα να αντανακλά παθολογικές και ανοσολογικές μεταβολές σε άλλα σημεία του σώματος, και την ταυτοποίηση των νόσου που σχετίζεται με μεταβολές μπορεί να καθορίζεται από ένα μεταγραφικό υπογραφή του αίματος [3]. Προς στήριξη αυτής της έννοιας, αποδείξαμε πρόσφατα ιντερφερόνη (IFN) -inducible υπογραφή του αίματος σε ασθενείς με πνευμονική φυματίωση από το Λονδίνο και [4], η Νότια Αφρική, η οποία έχει ήδη επικυρωθεί σε τρεις ανεξάρτητες μελέτες στην Αφρική [5], [6] και την Ινδονησία [7]. Αίμα προφίλ γονιδιακής έκφρασης έχει επίσης εφαρμοστεί με επιτυχία σε άλλες μολυσματικές και φλεγμονώδεις διαταραχές, όπως ο συστηματικός ερυθηματώδης λύκος (SLE), για να βοηθήσει στην κατανόηση των μηχανισμών της νόσου και τη βελτίωση της διάγνωσης και της θεραπείας [3]. Δύο πρόσφατες μελέτες έχουν χρησιμοποιηθεί αίματος μεταγραφικό προφίλ για τη σύγκριση της πνευμονικής φυματίωσης και σαρκοείδωση? Και οι δύο μελέτες βρέθηκαν οι ασθένειες είχαν παρόμοιες μεταγραφικές αποκρίσεις, οι οποίες εμπλέκονται η υπερέκφραση των γονιδίων ΙΡΝ-επαγώγιμων [8], [9]. Ωστόσο, οι μελέτες αυτές δεν εξέτασε άλλα παρόμοια πνευμονικών νοσημάτων αυξάνοντας το ερώτημα αν αυτές οι μεταγραφικές υπογραφές αντανακλάται επίσης άλλες πνευμονικές παθήσεις.

Ο κύριος στόχος της μελέτης μας ήταν η βελτίωση της κατανόησης της ανοσοπαθογένειας υποκείμενων σαρκοείδωση και η φυματίωση, συγκρίνοντας οι αποκρίσεις μεταγραφικής αίματος σε ασθενείς με πνευμονική φυματίωση με αυτή που βρέθηκε σε ασθενείς με πνευμονική σαρκοείδωση, πνευμονία και καρκίνο του πνεύμονα. Συγκρίναμε επίσης τις μεταγραφικές αποκρίσεις αίματος πριν και μετά τη θεραπεία σε κάθε ασθένεια, και εξέτασε τις μεταγραφικές αποκρίσεις παρατηρήθηκαν σε διάφορους πληθυσμούς λευκοκυττάρων των κοκκιωματώδεις ασθένειες. Επιπλέον διερευνήθηκε η συσχέτιση με σαρκοείδωση μεταξύ της κλινικής δραστηριότητας και της μεταγραφικής ετερογένεια που παρατηρείται στο αίμα.

Μέθοδοι

Μελέτη Πληθυσμού και Κοινωνικής Ένταξης Κριτήρια

Η πλειοψηφία των ασθενών με φυματίωση είχαν προσληφθεί από το Royal Free Hospital NHS Foundation Trust, Λονδίνο. Οι ασθενείς με σαρκοείδωση είχαν προσληφθεί από το Royal Free Hospital NHS Foundation Trust, St Mary του Νοσοκομείου Imperial College του NHS Trust, Barnet and Chase Farm NHS Trust στο Λονδίνο, την Οξφόρδη σαρκοείδωση Κλινική, Νοσοκομείο Churchill στην Οξφόρδη, και το Νοσοκομείο Avicenne στο Παρίσι. Οι ασθενείς πνευμονία είχαν προσληφθεί από το Royal Free Hospital του Λονδίνου. Οι ασθενείς με καρκίνο του πνεύμονα και 5 των ασθενών με φυματίωση στο σύνολο ελέγχου είχαν προσληφθεί από την Συνεργατική Δίκτυο Λυών της Γαλλίας. Όλοι οι ασθενείς είχαν προσληφθεί διαδοχικά την πάροδο του χρόνου, έτσι ώστε το σύνολο εκπαίδευσης προσελήφθη πρώτα ακολουθούμενο από την Test Set, επικύρωσης που και τέλος τα δείγματα των ασθενών που χρησιμοποιήθηκαν στον καθαρισμό των κυττάρων. δεδομένα έκφρασης γονιδίων Πρόσθετες αίματος ελήφθησαν από ασθενείς με πνευμονική φυματίωση και λανθάνουσα προσληφθεί και αναλύθηκαν στην προηγούμενη μελέτη μας, η οποία στη συνέχεια εκ νέου αναλύθηκαν σε αυτή τη μελέτη κατά τη σύγκριση αποκρίσεων πριν και μετά τη θεραπεία της φυματίωσης [10].

Τα κριτήρια ένταξης ήταν ειδικά για κάθε ασθένεια. ασθενείς με πνευμονική φυματίωση: πολιτισμός επιβεβαίωσε

Mycobacterium tuberculosis

είτε σε πτύελα ή βρογχοκυψελιδικό έκπλυμα? πνευμονική σαρκοείδωση: διάγνωση από έναν ειδικό σαρκοείδωση, κοκκίωμα για βιοψία, συμβατά κλινικά και ακτινολογικά ευρήματα (εντός 6 μηνών από την πρόσληψή), σύμφωνα με τις κατευθυντήριες γραμμές WASOG [11]? εξωνοσοκομειακή πνευμονία ασθενείς: πληρούσαν τις κατευθυντήριες γραμμές της British Πνευμονολογικής Εταιρείας για τη διάγνωση [12]? ασθενείς με καρκίνο του πνεύμονα: διάγνωση από έναν ειδικό καρκίνο του πνεύμονα, ιστολογικές και ακτινολογικά χαρακτηριστικά συνάδουν με πρωτοπαθή καρκίνο του πνεύμονα? υγιείς μάρτυρες: το φύλο, την εθνικότητα και την ηλικία τους ήταν παρόμοια στους ασθενείς, οι αρνητικές Quantiferon-TB Gold In-Tube (QFT) (Cellestis) δοκιμή. Τα κριτήρια αποκλεισμού για όλους τους ασθενείς και υγιείς μάρτυρες περιλαμβάνονται άλλες σημαντικές ιατρικό ιστορικό (συμπεριλαμβανομένου οποιουδήποτε ανοσοκαταστολή, όπως η μόλυνση από τον ιό HIV), ηλικίας κάτω των 18 ετών ή έγκυες. Οι ασθενείς είχαν προσληφθεί από τον Σεπτέμβριο του 2009 και τον Μάρτιο του 2012. Οι ασθενείς είχαν προσληφθεί πριν από την έναρξη της θεραπείας, εκτός αν ορίζεται διαφορετικά.

Ηθική Δήλωση

Αυτή η μελέτη εγκρίθηκε από το Κεντρικό Λονδίνο 3 Επιτροπή Ερευνητικής Δεοντολογίας (09 /H0716 /41) και CPP Sud-Est IV, Γαλλία, CCPPRB, Pitié-Salpêtrière Νοσοκομείο, στο Παρίσι. Όλοι οι συμμετέχοντες έδωσαν γραπτή συγκατάθεση.

ΙΡΝγ Release Testing Δοκιμασία

Η Δοκιμασία QFT (Cellestis) πραγματοποιήθηκε σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή.

γονιδιακής έκφρασης

3 ml πλήρους αίματος συλλέχθηκαν σε σωλήνες Tempus (Applied Biosystems /Ambion) με τυποποιημένες φλεβοτομία, αναμίχθηκαν έντονα αμέσως μετά τη συλλογή, και αποθηκεύεται μεταξύ -20 και -80 ° C πριν από την εκχύλιση RNA. RNA απομονώθηκε χρησιμοποιώντας 1,5 ml πλήρους αίματος και την MagMAX-96 κιτ απομόνωσης RNA Blood (Applied Biosystems /Ambion) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. 250 μg του απομονωμένου ολικού RNA σφαιρίνης μειωθεί χρησιμοποιώντας το κιτ GLOBINclear μορφή 96 φρεατίων (Applied Biosystems /Ambion) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Total και σφαιρίνης μειωμένες ακεραιότητα του RNA εκτιμήθηκε χρησιμοποιώντας μια Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies). απόδοση RNA εκτιμήθηκε χρησιμοποιώντας φασματοφωτόμετρο NanoDrop8000 (NanoDrop Προϊόντα, Thermo Fisher Scientific). Βιοτινυλιωμένο, συμπληρωματικό RNA στόχων (cRNA) ενισχύθηκαν αντινόημα κατόπιν παρασκευάσθηκαν από 200-250ng της σφαιρίνης μειωμένη RNA χρησιμοποιώντας το κιτ ενίσχυσης RNA Illumina CustomPrep (Applied Biosystems /Ambion). 750 ng του επισημασμένου cRNA υβριδίστηκε όλη τη νύκτα για Illumina Human ΗΤ-12 V4 συστοιχίες BeadChip (Illumina), το οποίο περιείχε περισσότερο από 47.000 ανιχνευτών. Οι συστοιχίες πλύθηκαν, μπλοκάρει, χρωματίστηκαν και σαρώνεται σε Illumina iScan, σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. GenomeStudio (Illumina) στη συνέχεια χρησιμοποιείται για να εκτελέσει τον έλεγχο της ποιότητας και παράγουν τιμές έντασης του σήματος.

Καθαρισμός κυττάρων και RNA επεξεργασία για μικροσυστοιχιών

Ολόκληρο αίμα συλλέχθηκε σε ηπαρίνη νατρίου. Μονοπυρηνικά κύτταρα περιφερικού αίματος (PBMCs) διαχωρίζονται από τα κοκκιοκύτταρα /ερυθροκύτταρα χρησιμοποιώντας μία διαβάθμιση πυκνότητας Lymphoprep ™ (Axis-Shield). Τα μονοκύτταρα (CD14 +), CD4 + Τ κύτταρα (CD4 +) και CD8 + Τ κύτταρα (CD8 +) απομονώθηκαν διαδοχικά από τα PBMCs χρησιμοποιώντας μαγνητικά (MACS) σφαιρίδια ολικού αίματος με αντίσωμα συζευγμένο (Miltenyi Biotec, Γερμανία) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Τα ουδετερόφιλα απομονώθηκαν από το στρώμα των κοκκιοκυττάρων /ερυθροκυττάρων μετά από λύση ερυθρών αιμοσφαιρίων που ακολουθείται από σφαιρίδια CD15 + MACS (Miltenyi Biotec, Germany). RNA εκχυλίστηκε από πλήρες αίμα (5 ‘Prime PerfectPure Kit) ή διαχωρίζεται κυτταρικών πληθυσμών (Qiagen RNeasy Mini Kit). Σύνολο ακεραιότητα του RNA και η απόδοση αξιολογήθηκε όπως περιγράφεται παραπάνω. Βιοτινυλιωμένο, συμπληρωματικό RNA στόχων (cRNA) ενισχύθηκαν αντινόημα στη συνέχεια παρασκευάζεται από 50 ng ολικού RNA χρησιμοποιώντας τις NuGEN WT-Ovation ™ RNA Amplification και Module BiotinIL Encore (NuGEN Technologies, Inc). Amplifed RNA καθαρίστηκε χρησιμοποιώντας το κιτ καθαρισμού Qiagen MinElute PCR (Qiagen, Germany). cRNA στη συνέχεια αντιμετωπίζονται όπως περιγράφεται παραπάνω.

Επεξεργασία Δεδομένων Πρώτες

Πρώτες δεδομένα υποβλήθηκαν σε επεξεργασία χρησιμοποιώντας GeneSpring GX έκδοση 11.5 (Agilent Technologies) και τα ακόλουθα εφαρμόστηκε σε όλες τις αναλύσεις. Μετά την αφαίρεση του υποβάθρου κάθε ιχνηλάτης αποδόθηκε μια σημαία για να υποδηλώσει την ανίχνευση της έντασης του σήματος του

σ

-τιμή. Σημαίες χρησιμοποιήθηκαν για να φιλτράρει τα σύνολα ανιχνευτή που δεν οδηγούν σε μια «παρών» καλούν σε τουλάχιστον 10% των δειγμάτων, όπου το «παρών» κάτω αποκοπεί = 0,99. τιμές των σημάτων στη συνέχεια έβαλαν σε ένα όριο 10, log2 μεταμορφωθεί, και ανά chip ομαλοποιήθηκε χρησιμοποιώντας 75

ου αλγόριθμο βάρδια εκατοστημόριο. Στη συνέχεια ανά γονίδιο ομαλοποίηση εφαρμόστηκε διαιρώντας κάθε μεταγραφή αγγελιαφόρου RNA από το διάμεσο ένταση όλων των δειγμάτων. Όλα στατιστική ανάλυση πραγματοποιήθηκε μετά από αυτό το στάδιο. Ανεπεξέργαστα δεδομένα μικροσυστοιχιών έχει κατατεθεί GEO (αριθμός προσχώρησης GSE42834). Όλα τα δεδομένα που συλλέγονται και αναλύονται στα πειράματα τηρούν τις ελάχιστες πληροφορίες Περίπου ένα Microarray Πείραμα (MIAME) κατευθυντήριες γραμμές.

Δεδομένα

Ανάλυση

GeneSpring 11.5 χρησιμοποιήθηκε για να επιλέξετε μεταγραφές που εμφανίζεται μεταβλητότητα έκφρασης από το μέσο όλων των μεταγραφές (χωρίς επίβλεψη ανάλυση). Ένα φίλτρο ορίστηκε ώστε να περιλαμβάνει μόνο μεταγραφές που είχαν τουλάχιστον διπλάσιο αλλαγές από το μέσο και υπάρχει στο ≥10% των δειγμάτων. Χωρίς επίβλεψη ανάλυση που χρησιμοποιήθηκαν για τις 3422-μεταγραφές. Εφαρμόζοντας μια μη παραμετρική στατιστική φίλτρου (Kruskal Wallis test με FDR (Benjamini Hochberg) = 0.01), μετά την ανεξέλεγκτους ανάλυση, δημιουργείται το 1446-απομαγνητοφώνηση και 1396-απομαγνητοφώνηση υπογραφές. Οι δύο υπογραφές διέφεραν μόνο στις οποίες ομάδες η στατιστική φίλτρο εφαρμόστηκε σε ολόκληρη? 1446, πέντε ομάδες (ΤΒ, σαρκοείδωση, πνευμονία, καρκίνο του πνεύμονα και έλεγχοι) και 1396, έξι ομάδες (ΤΒ, ενεργό σαρκοείδωση, μη δραστικές σαρκοείδωση, πνευμονία, καρκίνο του πνεύμονα και ελέγχους).

Διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια για κάθε νόσο προήλθαν από τη σύγκριση κάθε ασθένεια σε ένα σύνολο ελέγχων συμφωνημένα για την εθνικότητα και το φύλο σε διαφορά 10%. GeneSpring 11.5 χρησιμοποιήθηκε για την επιλογή μεταγραφές που ήταν ≥1.5 φορές διαφορετική έκφραση από τον μέσο όρο των ελέγχων και στατιστικά σημαντική (Mann Whitney ασύζευκτα FDR (Benjamini Hochberg) = 0.01). Σύγκριση Ingenuity Pathway Analysis (ΙΡΑ) (Ingenuity Systems, Inc., Redwood, CA) χρησιμοποιήθηκε για τον προσδιορισμό των πλέον σημαντικών κανονικών μονοπατιών που σχετίζονται με τα διαφορικά εκφρασμένα γονίδια του κάθε νόσου σε σχέση με τις άλλες ασθένειες (του Fisher ακριβής FDR (Benjamini Hochberg) = 0.05). Το κάτω άξονα χ και μπαρ του κάθε σύγκριση γράφημα ΙΡΑ έδειξε την log (p-value) και την κορυφή χ-άξονα και γραμμή έδειξε το ποσοστό των γονιδίων που υπάρχουν στο μονοπάτι.

Molecular απόσταση για την υγεία (MDTH ) προσδιορίστηκε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [13], και στη συνέχεια εφαρμόστηκε σε διαφορετικές μεταγραφικές υπογραφές. Μεταγραφική αρθρωτή ανάλυση εφαρμόστηκε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [14]. Οι πρώτες επίπεδα έκφρασης όλων των μεταγραφές σημαντικά ανιχνεύονται από το φόντο υβριδισμό συγκρίθηκαν μεταξύ κάθε δείγματος και όλα τα χειριστήρια που υπάρχουν στο εν λόγω σύνολο δεδομένων. Το ποσοστό σημαντικά εκφρασμένων γονιδίων σε κάθε μονάδα εκπροσωπήθηκαν από την ένταση του χρώματος (Student t-test,

σ

& lt? 0.05), το κόκκινο δείχνει υπερέκφραση και μπλε δείχνει υποέκφραση. Το μέσο ποσοστό των σημαντικών γονιδίων και η μέση φορές μεταβολής αυτών των γονιδίων σε σχέση με τους ελέγχους σε καθορισμένες υπομονάδες ήταν επίσης παρουσιάζονται σε γραφική μορφή. MDTH και σπονδυλωτή ανάλυση υπολογίστηκαν στο Microsoft Excel 2010. GraphPad Prism version 5 για Windows χρησιμοποιήθηκε για τη δημιουργία των γραφημάτων.

Διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια μεταξύ των ασθενών κατάρτισης που ΤΒ και φάρμακο σαρκοείδωση προήλθαν χρησιμοποιώντας Σημασία Ανάλυση των μικροσυστοιχιών (SAM) (

q

& lt? 0,05) και ≥1.5 αλλαγή έκφρασης φορές [15]. SAM χρησιμοποιήθηκε λόγω της αυξημένης ευαισθησίας αυτής της μη-παραμετρική δοκιμή σε σύγκριση με Mann-Whitney επιτρέποντας περισσότερο εκφράζονται διαφορικά μεταγραφές να εντοπίζονται μεταξύ της φυματίωσης και της ενεργού σαρκοείδωση. πρόβλεψη τάξη έγινε μέσα GeneSpring 11,5 χρήση του μηχανήματος μάθει μηχανές διανυσμάτων υποστήριξης αλγόριθμο (SVM). Το μοντέλο κατασκευάστηκε χρησιμοποιώντας ταξινομητές δείγμα »φυματίωσης» ή «όχι φυματίωση». Το μοντέλο SVM θα πρέπει να κατασκευαστεί στην ομάδα μία μελέτη και τρέχει σε μια ανεξάρτητη ομάδα για να αποφευχθεί η υπερβολική τοποθέτηση της πρόβλεψης υπογραφής. Αυτό ήταν δυνατό για όλες τις ομάδες από τη μελέτη μας. Όταν οι ομάδες μελέτης χρησιμοποίησαν μια διαφορετική πλατφόρμα μικροσυστοιχιών το μοντέλο SVM έπρεπε να κατασκευαστεί εκ νέου στο εν λόγω ομάδα. Για να μειωθούν οι συνέπειες της υπερβολικής τοποθέτηση οι ίδιες παράμετροι SVM χρησιμοποιήθηκαν πάντοτε. Ο τύπος του πυρήνα που χρησιμοποιήθηκε ήταν γραμμικό, κατ ‘ανώτατο όριο επαναλήψεων 100.000, κοστίζουν 100, αναλογία 1 και τύπου επικύρωση Ν φορές, όπου Ν = 3 με 10 επαναλήψεις. Η καμπύλη λειτουργίας δέκτη (ROC) και η περιοχή κάτω από την καμπύλη (AUC) υπολογίστηκαν με τη χρήση του Microsoft Excel 2010.

μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική ανάλυση παλινδρόμησης υπολογίστηκαν με τη χρήση του λογισμικού STATA 9 (StataCorp 2005. Stata Statistical Software: Απελευθερώστε 9. College Ο σταθμός, TX? StataCorp LP). Στην πολυπαραγοντική ανάλυση παλινδρόμησης, όπου υπήρχαν λείπουν σημείων δεδομένων (ACE του ορού και της δραστηριότητας της νόσου HRCT) για να εμποδίσει τη λίστα-σοφός διαγραφή ομοίωμα χρησιμοποιήθηκε μεταβλητή προσαρμογής.

Οι υπολογισμοί δύναμη διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας την Ανάλυση Ισχύος και δείγμα Μέγεθος Λογισμικού (PASS) 2008.

Αποτελέσματα

Αίμα μεταγραφικού προφίλ είναι παρόμοιες με τις Ασθένειες Πνευμονική Κοκκιωματώδεις, της φυματίωσης και σαρκοείδωση αλλά διαφέρουν από πνευμονία και καρκίνο του πνεύμονα

οι ομάδες της φυματίωσης και σαρκοείδωση , εξωνοσοκομειακή ασθενείς πνευμονία και καρκίνο του πνεύμονα, και οι υγιείς μάρτυρες παρουσιάζονται στον πίνακα 1 και στα Σχήματα S1-S3, και κατάλληλα ταιριάζουν δημογραφικά και κλινικά (πίνακες S1-2). Η ισχύς της μελέτης υπολογίστηκε για ένα σύνολο εκπαίδευσης (τυπική απόκλιση = 0,4, 3.000 ανιχνευτές πραγματικά διαφορικά εκφρασμένων, διπλώστε την αλλαγή του ≥1.5, δύο δείγμα t-test με FDR 0.05). Οκτώ έως 40 ασθενείς ανά ομάδα παρέχει μια δύναμη μεγαλύτερη από 0,85 για κάθε ιχνηλάτη (υπολογίζεται χρησιμοποιώντας PASS 2008) με ελάχιστο όφελος από την αύξηση του μεγέθους του δείγματος.

Η

αμερόληπτη ανάλυση έδειξε ότι η φυματίωση και η σαρκοείδωση μεταγραφική αίματος προφίλ συγκεντρωμένα μαζί, αλλά σαφώς από πνευμονία και ο καρκίνος, τα οποία οι ίδιοι συγκεντρωμένα μαζί (Training Set? 3422 μεταγραφές, Εικόνα S4A). Στατιστική φιλτράρισμα δημιουργείται 1446 διαφορικά εκφρασμένων μεταγραφές (Training Set, Εικόνα S4B). Αυτό το πρότυπο ομαδοποίηση επιβεβαιώθηκε σε ένα ανεξάρτητο κοόρτη (σύνολο δοκιμής, Εικόνα 1), και δεν επηρεάστηκε από την εθνικότητα ή το φύλο (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). ανάλυση Pathway (ΙΡΑ) αποκάλυψε ότι τα δείγματα της φυματίωσης και σαρκοείδωση συσχετίστηκαν με υπερ-αφθονία της ιντερφερόνης (IFN) σηματοδότησης και οδοί ανοσοαπόκριση (Σχήμα 2). δείγματα πνευμονία και καρκίνο του πνεύμονα σχετίστηκαν με υπερ-αφθονία των οδών που συνδέονται με φλεγμονή. Όλες οι ασθένειες παρουσίασε υστέρηση αφθονία οδών Τ και Β κυττάρου.

1446-μεταγραφήματα εκφράζονται διαφορικά σε ολόκληρο αίμα της εκπαίδευσης Set υγιείς μάρτυρες, ασθενείς με πνευμονική φυματίωση, ασθενείς με πνευμονική σαρκοείδωση, οι ασθενείς πνευμονία και καρκίνο του πνεύμονα ασθενείς. Η ομαδοποίηση των 1446-μεταγραφές δοκιμάστηκαν σε έναν ανεξάρτητο κοόρτη από την οποία δεν προέρχονται από, το σύνολο ελέγχου. Ο θερμικός χάρτης δείχνει τις μεταγραφές και τα προφίλ των ασθενών Test Set »που διοργανώνει ο αμερόληπτη αλγόριθμο χωρίς επίβλεψη ιεραρχικής ομαδοποίησης. Μια διακεκομμένη γραμμή προστίθεται στο heatmap για να βοηθήσει την απεικόνιση των κύριων συμπλεγμάτων παράγεται από τον αλγόριθμο συσταδοποίησης. τιμές έντασης Απομαγνητοφώνηση ομαλοποιούνται στη μέση της όλα τα αντίγραφα. Κόκκινο μεταγραφές είναι σχετικά υπερ-άφθονη και μπλε μεταγραφές κάτω-άφθονη. Η χρωματιστή γραμμή στο κάτω μέρος του heatmap υποδεικνύει ποια ομάδα ανήκει το προφίλ.

Η

Κάθε ένα από τα τρία κυρίαρχα συστάδες των μεταγραφών συνδέεται με διαφορετικές ομάδες μελέτης στο σύνολο εκπαίδευσης. Η κορυφή του συμπλέγματος μεταγραφή είναι πάνω-άφθονη στους ασθενείς πνευμονία και καρκίνο και σημαντικά που συνδέονται με μονοπάτια ΙΡΑ σχετικά με τη φλεγμονή (Fisher είναι ακριβή με Benjamini Hochberg FDR = 0,05). Η μεσαία συστάδα μεταγραφή είναι πάνω-άφθονη στους ασθενείς της φυματίωσης και σαρκοείδωση και σημαντικά που σχετίζονται με σηματοδότηση IFN και άλλων οδών IPA ανοσολογική απόκριση (Fisher είναι ακριβή με Benjamini Hochberg FDR = 0,05). Το κάτω μέρος του συμπλέγματος μεταγραφή είναι υπό-άφθονα σε όλους τους ασθενείς και σημαντικά που συνδέονται με μονοπάτια κυτταρικής ΙΡΑ Τ και Β (του Fisher ακριβής Benjamini Hochberg FDR = 0,05).

Η

Η ετερογένεια του μεταγραφικού προφίλ με σαρκοείδωση ασθενείς συσχετίζεται με κλινικό φαινότυπο

Η μεταγραφική προφίλ των ασθενών με σαρκοείδωση σύμπλεγμα είτε με ασθενείς με φυματίωση ή με υγιείς μάρτυρες (1446 μεταγραφές, Εικόνα 1). Οι ασθενείς έτσι αξιολογήθηκαν για τη δραστικότητα της νόσου (χαρακτηρισμένα ως είτε ενεργά ή μη ενεργά) με μια προκαθορισμένη δέντρο απόφασης ενός σύνθετου κλινικών παραμέτρων αντανακλά ένα προφίλ στιγμιότυπο της δραστηριότητας της νόσου σε εκείνο χρονικό σημείο (Σχήμα S5? Πίνακας S3). 1396-μεταγραφές βρέθηκαν να εκφράζονται διαφορικά χρήση αυτής της κατάταξης σαρκοείδωση. ασθενών και πάλι ενεργό σαρκοείδωση σε σύμπλεγμα με τους ασθενείς με φυματίωση, ενώ οι ασθενείς μη ενεργό σαρκοείδωση σε σύμπλεγμα με τους ελέγχους (1396 μεταγραφές, Σχήμα 3Α). Αυτό επικυρώθηκε στην ανεξάρτητη ομάδες δοκιμής και επικύρωσης Σετ (Σχήμα S6a & amp? Β? Πίνακα S4A, S4B).

1396-μεταγραφές εκφράζονται διαφορικά σε ολόκληρο αίμα του σετ εκπαίδευσης μετά την εφαρμογή της ανάλυσης σε έξι ομάδες να συμπεριλάβει τις δύο φαινοτύπους των ασθενών με σαρκοείδωση. Τα (Α) Οι 1396 μεταγραφές και τα προφίλ των ασθενών κατάρτισης που διοργανώνεται από ανεξέλεγκτους ιεραρχική ομαδοποίηση. Μια διακεκομμένη γραμμή προστίθεται στο heatmap να διευκρινίσει τα κύρια συμπλέγματα που δημιουργούνται από τον αλγόριθμο ομαδοποίησης. τιμές έντασης Απομαγνητοφώνηση ομαλοποιούνται στη μέση της όλα τα αντίγραφα. (Β) Μοριακό απόσταση για την υγεία των 1.396 αντιγράφων σε σύνολα κατάρτιση και οι εξετάσεις καταδεικνύει την ποσοτικοποίηση των μεταγραφικών μεταβολή σε σχέση με τους μάρτυρες. Η μέση, SEM και

ρ

οι τιμές εμφανίζονται (ANOVA με δοκιμή πολλαπλής σύγκρισης Tukey του).

Η

Η εφαρμογή της Μοριακής απόσταση για την υγεία (MDTH) αλγόριθμο [13] για όλους οι ομάδες της νόσου έδειξε ότι η μη ενεργό βαθμολογίας σαρκοείδωση MDTH δεν ήταν ποσοτικά σημαντικά διαφορετική από τους ελέγχους, ενώ η ενεργός βαθμολογία σαρκοείδωση MDTH ήταν (Εικόνα 3Β). Οι βαθμολογίες της φυματίωσης ήταν σημαντικά υψηλότερες από τις δραστικές βαθμολογίες σαρκοείδωση, καθώς και οι βαθμολογίες πνευμονία ήταν σημαντικά υψηλότερες από τις βαθμολογίες καρκίνο του πνεύμονα, με πνευμονία και η φυματίωση έχουν τις υψηλότερες βαθμολογίες MDTH. Συλλογικά, αυτό υποδηλώνει μια ποσοτική όσο και ποιοτική διαφορά στο αίμα μεταγραφική υπογραφές.

Τρεις Data Mining στρατηγικές Δείχνουν ότι η φυματίωση και η Active σαρκοείδωση κυριαρχούνται από IFN-γονίδια που επάγονται, ότι η πνευμονία και καρκίνο του πνεύμονα κυριαρχούνται από φλεγμονωδών γονιδίων

Ερευνήσαμε περαιτέρω τις βιολογικές οδούς που συνδέονται με την κάθε ομάδα ασθένεια, χρησιμοποιώντας σπονδυλωτή ανάλυση, [14], ΙΡΑ, και σχολιασμό από την κορυφή διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων για κάθε ομάδα νόσο. Modular ανάλυση, η οποία θα λαμβάνει υπόψη όλα τα γονίδια που εκφράζονται διαφορικά κατά τους ελέγχους, επαληθεύεται ότι η φυματίωση και ενεργό σαρκοείδωση παρουσίασαν σημαντική υπερέκφραση των μονάδων IFN σε σύγκριση με τις άλλες πνευμονικές ομάδες της νόσου (Εικόνα 4Α? Εκπαίδευσης Set? Σχήμα S7, Test Set), ενώ η πνευμονία και ασθενείς με καρκίνο έδειξαν σημαντική υπερέκφραση των μονάδων φλεγμονής (Σχήμα 2). ασθενών με φυματίωση έδειξε μία σημαντική ποσοτική αύξηση του αριθμού των γονιδίων ΙΡΝ-επαγώγιμη και ο βαθμός της έκφρασης, σε σύγκριση με τους ασθενείς ενεργό σαρκοείδωση (Σχήματα 4Β, 4C). Πνευμονία και καρκίνο του πνεύμονα έδειξαν σημαντική αύξηση του αριθμού των γονιδίων που υπάρχουν στις ενότητες φλεγμονή και το βαθμό της έκφρασης, σε σύγκριση με ΤΒ και την ενεργό σαρκοείδωση (Σχήματα 4Δ, 4Ε). ασθενείς πνευμονία έδειξε αυξημένο αριθμό γονιδίων που υπάρχουν στη μονάδα ουδετερόφιλων (Σχήμα S8), συσχετίζοντας με αριθμό ουδετερόφιλων στο αίμα (συσχέτισης Spearman, το r = 0,42,

σ

& lt? 0.0001).

( Α) επίπεδα έκφρασης γονιδίου του συνόλου των προϊόντων μετεγγραφής που ήταν σημαντικά ανιχνεύθηκαν σε σύγκριση με φόντο υβριδισμού (15212 μεταγραφές,

ρ

& lt? 0,01) συγκρίθηκαν στη κατάρτισης που ανάμεσα σε κάθε ομάδα ασθενών: TB, ενεργό σαρκοείδωση, μη δραστικές σαρκοείδωση, πνευμονία, τον καρκίνο του πνεύμονα, των υγιών μαρτύρων. Κάθε ενότητα αντιστοιχεί σε ένα σύνολο από συν-ρυθμιζόμενων γονιδίων που αποδόθηκαν από τις βιολογικές λειτουργίες αμερόληπτη λογοτεχνία προφίλ. Μια κόκκινη κουκκίδα υποδηλώνει σημαντική υπερ-αφθονία των μεταγραφών και ένα μπλε κουκίδα υποδεικνύει σημαντική υπο-αφθονίας (p & lt? 0,05). Η ένταση του χρώματος συσχετίζεται με το ποσοστό των γονιδίων σε αυτή την ενότητα που σημαντικά διαφορικά εκφραζόμενο. Η αρθρωτή ανάλυση μπορεί επίσης να εκπροσωπούνται σε γραφική μορφή, όπως φαίνεται στο (Β) – (Ε), συμπεριλαμβανομένων των δειγμάτων τόσο η Κατάρτιση και σύνολο ελέγχου. Η μέση, SEM και

ρ

οι τιμές εμφανίζονται (ANOVA με δοκιμή πολλαπλής σύγκρισης Tukey του). (Β) Το ποσοστό των γονιδίων σημαντικά υπερεκφράζεται στα 3 IFN ενότητες για κάθε ασθένεια. (Γ) Η αναδίπλωση μεταβολή της έκφρασης των γονιδίων που υπάρχουν στις μονάδες IFN σύγκριση με τους ελέγχους. (Δ) Το ποσοστό των γονιδίων σημαντικά υπερεκφράζεται στα 5 ενότητες φλεγμονή για κάθε ασθένεια. (Ε) Η αναδίπλωση μεταβολή της έκφρασης των γονιδίων που υπάρχουν στις ενότητες φλεγμονή σε σύγκριση με τους μάρτυρες.

Η

σύγκριση ΙΡΑ, χρησιμοποιώντας γονίδια τα οποία εκφράζονται διαφορικά μεταξύ κάθε ομάδας ασθένεια και μια αντίστοιχη σύνολο ελέγχων , αποκάλυψε τις πιο σημαντικές οδούς κατά τη σύγκριση μεταξύ των ασθενειών (≥1.5 φορές αλλαγή από τους ελέγχους, Mann Whitney Benjamini Hochberg

σ

& lt? 0,01? ΤΒ = 2524, ενεργό σαρκοείδωση = 1391, πνευμονία = 2801 και καρκίνο του πνεύμονα = 1626 μεταγραφές). Οι κορυφαίες τέσσερις σημαντικές οδοί που σχετίζονται με την πρωτεϊνική σύνθεση (σηματοδότηση eIF2), την ανοσολογική απόκριση, σηματοδότηση IFN, υποδοχείς αναγνώρισης προτύπων αναγνωρίζοντας βακτήρια και ιούς, και την παρουσίαση του αντιγόνου (Σχήμα 5Α και στον Πίνακα S11). Υπό-αφθονία του μονοπατιού σηματοδότησης eIF2 οδηγήθηκε από τους ασθενείς πνευμονία. Άλλα γονίδια που σχετίζονται με την σύνθεση πρωτεϊνών (πρωτεΐνες ριβοσώματος και άλλα ευκαρυωτικά παράγοντες έναρξης) και της ξεδιπλωμένης απόκριση πρωτεΐνη (α απόκριση στρες σε υπερβολική πρωτεϊνική σύνθεση), ήταν επίσης σημαντικά κάτω από άφθονα στους ασθενείς πνευμονία π.χ. PERK, CHOP, ABCE1 (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Η στατιστική σημαντικότητα (κάτω χ-άξονας, ραβδογράφημα, Σχήμα 5Α) και το ποσοστό των γονιδίων (top άξοναχ, γράφημα γραμμής, Σχήμα 5Α) των τριών οδών ανοσοαπόκριση οδηγήθηκαν κυρίως από τους ασθενείς με ΤΒ και την ενεργό σαρκοείδωση, πάλι αποδεικνύοντας η ομοιότητα των βιολογικών μονοπατιών που διέπουν αυτές τις ασθένειες. Ωστόσο, η οδός ΙΡΝ σηματοδότησης ήταν πιο σημαντική (Σχήμα 5Α) και περιείχε μεγαλύτερο αριθμό γονιδίων σε ΤΒ από ενεργό σαρκοείδωση (Σχήμα 5Β).

διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων προήλθαν από την εκπαίδευση Ρυθμίστε με τη σύγκριση κάθε ασθένεια να υγιείς μάρτυρες συμφωνημένα για την εθνικότητα και το φύλο: ΤΒ = 2524, ενεργό σαρκοείδωση = 1391, ο καρκίνος πνευμονία = 2801 και του πνεύμονα = 1626 μεταγραφές (≥1.5 φορές αλλαγή από το μέσο όρο των ελέγχων, Mann Whitney με Benjamini Hochberg FDR = 0,01). (Α) ΙΡΑ κανονικών μονοπατιών χρησιμοποιήθηκε για να καθοριστεί η πλέον σημαντική οδούς (I-IV) που συνδέεται με κάθε ασθένεια σε σχέση με τις άλλες ασθένειες (του Fisher ακριβής με Benjamini Hochberg FDR = 0.05). Το κάτω άξονα χ και μπαρ κάθε γραφική παράσταση υποδεικνύει το log (p-value) και την κορυφή χ-άξονα και γραμμή δείχνει το ποσοστό των γονιδίων που υπάρχουν στο μονοπάτι. Τα γονίδια στο μονοπάτι σηματοδότησης eIF2 είναι κατά κύριο λόγο υπό-άφθονα γονίδια αλλά οι γονίδια στις άλλες τρεις οδοί είναι κυρίως υπερ-αφθονία σε σχέση με τους μάρτυρες. Μονοπάτια πάνω από την μπλε διακεκομμένη γραμμή είναι σημαντική (p & lt? 0,05). (Β) Η IFN μονοπάτι σηματοδότησης IPA επικαλύπτονται πάνω σε κάθε ομάδα της νόσου. γονίδια Χρωματιστά εκφράζονται διαφορικά σε αυτή την ομάδα νόσο σε σύγκριση με μάρτυρες τους (ακριβής FDR του Fisher = 0,05). Κόκκινο γονίδια αντιπροσωπεύουν υπερ-αφθονία και το πράσινο κάτω-αφθονίας. Η οδός για τη φυματίωση δείχνεται μεγεθύνεται έτσι ώστε η λεπτομέρεια των γονιδίων μπορεί να φανεί, αυτό παρουσιάζεται επίσης και πάλι σε πολύ μικρότερη κλίμακα, εκτός από τις άλλες ασθένειες, ώστε να μπορούν πιο εύκολα να γίνει οπτική σύγκριση.

Η

Οι top 50 υπερ-άφθονη διαφορικά εκφρασμένων μεταγραφές για κάθε ασθένεια σχετίζεται με τα ευρήματα από την αρθρωτή και IPA ανάλυσης όπου η φυματίωση και ενεργό σαρκοείδωση ήταν κυριαρχείται από IFN-επαγώγιμων γονιδίων π.χ. IFITM3, IFIT3, GBP1, GBP6, CXCL10, OAS1, STAT1, IFI44L, FCGR1B (Πίνακας S5). Και πάλι αυτά ήταν μεγαλύτερη σε αριθμό φυματίωση από σαρκοείδωση. Το top 50 υπερ-αφθονία μεταγραφές σε πνευμονία κυριάρχησε αντιμικροβιακή γονίδια ουδετερόφιλων που σχετίζονται π.χ. ELANE, DEFA1B, MMP8, CAMP, DEFA3, DEFA4, MPO, LTF. Τα γονίδια FCGR1A, Β και C ήταν υπερ-αφθονία στις 50 μεταγραφές όλων των τεσσάρων πνευμονικών ασθενειών. Α 4-set διάγραμμα Venn των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων αποδεικνύεται μοναδικά γονίδια για κάθε ομάδα νόσο (Εικόνα S9 και Πίνακας S6), με πάνω από τρεις φορές τον αριθμό των μοναδικών γονιδίων φυματίωσης από μοναδικά ενεργά γονίδια σαρκοείδωση. Τα μοναδικά γονίδια TB αποτελείται ανοσοαποκρίσεις γονίδια που σχετίζονται σημαντικά με την οδό IFN-σηματοδότησης και παρουσίαση αντιγόνου. Τα μοναδικά γονίδια πνευμονία συσχετίστηκαν με υπό-αφθονία μονοπατιών που σχετίζονται με την πρωτεϊνική σύνθεση. Τα μοναδικά γονίδια του καρκίνου του πνεύμονα που σχετίζεται με υπερ-αφθονία των οδών που σχετίζονται με φλεγμονή και υπό-αφθονία των οδών Τ κυττάρων. Επικαλυπτόμενα γονίδια κοινά σε όλες τις τέσσερις ομάδες της νόσου ήταν σημαντικά σχετίζεται με υπο-αφθονία των οδών κυττάρων Τ και Β.

φυματίωση και η πνευμονία ασθενείς μετά τη θεραπεία παρουσίασαν ελάττωση του μεταγραφικού προφίλ Εκτιμώντας σαρκοείδωση ασθενείς που ανταποκρίνονται σε γλυκοκορτικοειδή παρουσίασαν σημαντική αύξηση στη μεταγραφική δραστηριότητα

στη συνέχεια εξετάσαμε την μετεγγραφική ανταπόκριση στη θεραπεία. ασθενείς πνευμονία, παρακολουθείται τουλάχιστον 6 εβδομάδες μετά την έξοδο από το νοσοκομείο τους, έδειξε μια καλή κλινική ανταπόκριση στην τυπική αγωγή με αντιβιοτικά (Πίνακας S7A) και μια ελάττωση στο προφίλ μεταγραφική τους στο επίπεδο των ελέγχων από modular ανάλυση (όλα τα ανιχνεύσιμα μεταγραφές) και MDTH (1446-μεταγραφές) (Σχήμα 6Α & amp? 6Β). Η MDTH των 1446-μεταγραφές προέρχονται στην παρούσα μελέτη διαφορετικών νόσων του πνεύμονα, επίσης μειώθηκε στο αίμα των ασθενών της Νότιας Αφρικής ΤΒ μετά την ολοκλήρωση της θεραπείας, η επιστροφή στο υπογραφή της λανθάνουσας ελέγχων ΤΒ (Σχήμα 6C) και υποστηρίζοντας προηγούμενη έκθεση μας [10].

(Α) Modular ανάλυση.