Αφηρημένο

Στο νεφρό βιταμίνη D μετατρέπεται στην ενεργή μορφή της. Δεδομένου ότι η βιταμίνη D ασκεί δραστηριότητα του μέσω δέσμευσης με τον υποδοχέα πυρηνικών βιταμίνης D (

VDR

), οι περισσότερες γενετικές μελέτες έχουν επικεντρωθεί κυρίως στην παραλλαγή εντός αυτού του γονιδίου. Ως εκ τούτου, η ανάλυση της γενετικής ποικιλότητας στο

VDR

και άλλα γονίδια της οδού της βιταμίνης D μπορεί να παρέχουν πληροφορίες για τον ρόλο της βιταμίνης D στο νεφροκυτταρικό καρκίνωμα (RCC) αιτιολογία. περιπτώσεις RCC (Ν = 777) και των ελέγχων (Ν = 1.035) ήταν ο γονότυπος να διερευνηθεί η σχέση μεταξύ του κινδύνου RCC και διακύμανση σε οκτώ γονιδίων στόχων. Ελάχιστο-p-value μετάθεση (Min-Ρ) τεστ χρησιμοποιήθηκαν για τον εντοπισμό γονιδίων που σχετίζονται με τον κίνδυνο. Ένα συρόμενο παράθυρο τριών πολυμορφισμού ενός νουκλεοτιδίου (SNP) χρησιμοποιήθηκε για τον εντοπισμό χρωμοσωμικών περιοχών με False Discovery Rate της & lt? 10%, όπου στη συνέχεια, απλότυπος σχετικοί κίνδυνοι είχαν υπολογιστεί σε Haplostats. τιμές Min-Ρ έδειξε ότι

VDR

(p-value = 0.02) και ρητινοειδούς-Χ-υποδοχέα άλφα (

ΚΧΚα

) (p-value = 0.10) συσχετίστηκαν με RCC κίνδυνο. Μέσα σε

VDR

, εντοπίστηκαν τρεις απλοτύπων σε δύο χρωμοσωμικές περιοχές που παρουσιάζουν ενδιαφέρον. Η πρώτη περιοχή, η οποία βρίσκεται εντός ιντρονίου 2, περιείχε δύο απλότυπων που αύξησε RCC κίνδυνο κατά 25% περίπου. Η δεύτερη περιοχή περιλάμβανε απλότυπος (rs2239179, rs12717991) σε όλη ιντρόνιο 4 που αυξημένο κίνδυνο μεταξύ των συμμετεχόντων με το

TC

(OR = 1,31, 95% CI = 1,09 – 1,57) απλότυπος σε σύγκριση με τους συμμετέχοντες με την κοινή απλότυπος,

TT

. Απέναντι

ΚΧΚα

, ένας απλότυπος που βρίσκεται 3 ‘της κωδικεύουσας αλληλουχίας (rs748964, rs3118523), αυξημένη RCC κίνδυνο κατά 35% στα άτομα με την παραλλαγή απλότυπο σε σύγκριση με εκείνους με την πιο κοινή απλότυπο. Αυτή η μελέτη αξιολόγησε συνολικά γενετικές διαφορές μεταξύ των γονιδίων οκτώ βιταμίνης D μονοπάτι σε σχέση με RCC κίνδυνο. Βρήκαμε αυξημένο κίνδυνο που συνδέεται με

VDR

και

ΚΧΚα

. Οι μελέτες αντιγραφή δικαιολογείται να επιβεβαιώσουν αυτά τα ευρήματα

Παράθεση:. Καράμι S, Brennan P, Rosenberg PS, Navratilova Μ, Mates D, Zaridze D, et al. (2009) Ανάλυση των SNPs και απλότυποι σε γονίδια οδού βιταμίνης D και των νεφρών Καρκίνος του κινδύνου. PLoS ONE 4 (9): e7013. doi: 10.1371 /journal.pone.0007013

Συντάκτης: Amanda Ewart Toland, Πολιτειακό Πανεπιστήμιο του Οχάιο Medical Center, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: May 11, 2009? Αποδεκτές: 14 Ιουλίου του 2009? Δημοσιεύθηκε: 15 Σεπτεμβρίου 2009

Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της δήλωσης Creative Commons Public Domain που ορίζει ότι, μόλις τοποθετηθεί στο δημόσιο τομέα, το έργο αυτό μπορεί να αναπαραχθεί ελεύθερα, διανεμηθεί, μεταδοθεί, τροποποιηθεί, χτισμένο πάνω, ή ειδάλλως να χρησιμοποιηθεί από οποιονδήποτε για οποιονδήποτε νόμιμο σκοπό

Χρηματοδότηση:. η εργασία αυτή χρηματοδοτήθηκε εν μέρει από το εσωτερικό ερευνητικό πρόγραμμα των ΗΠΑ Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας, Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, Τομέας Cancer Epidemiology και Γενετικής. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

μέσα στο νεφρό, η βιταμίνη D μεταβολίζεται σε 1,25-διϋδροξυχοληκαλσιφερόλη (1,25 (OH)

2D

3), η δραστική μορφή της βιταμίνης D [1]. Οι αντι-καρκινογόνες ιδιότητες της βιταμίνης D περιλαμβάνουν αναστολή του πολλαπλασιασμού των κλωνικών κυττάρων του όγκου, διέγερση του ανοσοποιητικού διαφοροποίησης των κυττάρων και την απόπτωση, και μειωμένη αγγειογένεση [2], [3]. δραστηριότητα βιταμίνη D προκαλείται μέσω δέσμευσης της 1,25 (OH)

2D

3 στον υποδοχέα βιταμίνης D (

VDR

), η οποία μπορεί να ρυθμίσει τη μεταγραφή άλλων γονιδίων που εμπλέκονται στη ρύθμιση των κυττάρων, ανάπτυξη και ασυλία [3] – [6].

VDR

ρυθμίζει την έκφραση των γονιδίων με σχηματισμό ενός συμπλόκου ετεροδιμερές με ρητινοειδούς-Χ-υποδοχέων (

RXR

) [7]. Αυτή η

VDR-RXR

συγκρότημα κατευθύνεται προς το στοιχείο απόκρισης βιταμίνης D (

VDRE

) στην περιοχή προαγωγού αρκετών 1,25 (ΟΗ)

2D

3 ρυθμιζόμενα γονίδια για την έναρξη της μεταγραφής [7], [8].

από 1,25 (ΟΗ)

2D

3 ασκεί τη δραστηριότητά του μέσω της πυρηνικής

VDR

, οι περισσότερες μελέτες της γενετικής προδιάθεσης με τη βιταμίνη D ασθένειες που σχετίζονται με διερεύνησαν διακύμανση εντός

VDR

γονίδιο [4], [7], [9] – [11]. Ωστόσο, η συναυλία των γονιδίων που αλληλεπιδρούν με το

VDR

είναι τεράστια? Ως εκ τούτου, η ανάλυση της διακύμανσης στο

VDR

και άλλων γονιδίων στην οδό βιταμίνης D μπορεί να παρέχουν πληροφορίες για τον ρόλο της βιταμίνης D στο νεφροκυτταρικό καρκίνωμα (RCC) αιτιολογία. Δεδομένης της σημασίας του μεταβολισμού της βιταμίνης D στο νεφρό και την έλλειψη μελετών που έχουν αξιολογηθεί η σχέση μεταξύ της βιταμίνης D, η

VDR

γονίδιο, και RCC, έχουμε προηγουμένως αξιολογηθεί το πώς τρεις κοινές

VDR

πολυμορφισμών του γονιδίου (

ΒδίηΙ

,

FokI

,

TaqI

) τροποποιημένο RCC κινδύνου [12]. Παρατηρήσαμε μειωμένη RCC κινδύνου μεταξύ των ηλικιωμένων ατόμων και μεταξύ των ατόμων με οικογενειακό ιστορικό καρκίνου που ήταν φορείς του

στ

αλληλόμορφα στο

FokI

μονού νουκλεοτιδίου πολυμορφισμός (SNP) σε σύγκριση με άτομα με η

FF

γονότυπο [12]. Ωστόσο, δεδομένης της περιορισμένης γονιδιωματική κάλυψη του

VDR

στην προηγούμενη έρευνα υποψήφιες SNP μας, και τα πολυάριθμα γονίδια που αλληλεπιδρούν άμεσα με το

VDR

στο μονοπάτι της βιταμίνης D, έχουμε επεκταθεί σε αυτά τα ευρήματα να διερευνήσει διακύμανση στην υποψήφια γονίδια που μπορεί να αλληλεπιδρούν άμεσα με το

VDR

να τροποποιήσετε RCC κινδύνων και τη βελτίωση της ανάλυσης μας, αυξάνοντας την περιφερειακή κάλυψη διαφορές μεταξύ κάθε γονιδίου στο 80-90%.

Ως εκ τούτου, για να διαπιστωθεί αν διακύμανση των γονιδίων της οδού της βιταμίνης D τροποποιημένα RCC κίνδυνο, έχουμε συνολικά διερευνήθηκε η σχέση μεταξύ της νεφρικής τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου και 139 ετικέτες SNPs σε οκτώ γονιδίων-στόχων (

VDR, ΚΧΚα, RXRB, CYP24A1, GC, STAT1, THRAP4,

και

TRAP5

) του μονοπατιού της βιταμίνης D μεταξύ των περιπτώσεων και ελέγχων από την Κεντρική Ευρώπη, μια περιοχή με ένα από τα υψηλότερα ποσοστά της RCC σε όλο τον κόσμο [13]. Για τις γνώσεις μας, αυτό αντιπροσωπεύει ένα από τα μεγαλύτερα και πιο λεπτομερείς έρευνες της γενετικής ποικιλότητας εντός της οδού της βιταμίνης D και του κινδύνου RCC πραγματοποιηθεί έως σήμερα.

Αποτελέσματα

Μια περιγραφή των συμμετεχόντων στην μελέτη και γνωστή RCC παράγοντες κινδύνου παρέχεται στον πίνακα 1. Όλοι οι συμμετέχοντες και μόνο ο γονότυπος συμμετέχοντες έδειξαν μια παρόμοια κατανομή των χαρακτηριστικών, με την εξαίρεση του φύλου. Περιπτώσεις και οι έλεγχοι ήταν συγκρίσιμες σε ηλικία, αλλά περιπτώσεις ήταν πιο πιθανό να έχουν δείκτη περίσσεια μάζας σώματος (ΒΜΙ) (& gt? 30 kg /m

2) και η υπέρταση, καθώς και να έχουν μια συγγενής πρώτου βαθμού με καρκίνο. Η συσχέτιση με το κάπνισμα δεν ήταν πλέον παρατηρήθηκε μετά από προσαρμογή για την ηλικία, το ΒΜΙ, την υπέρταση, κέντρο μελέτης, και το φύλο [14].

Η

Ο Πίνακας 2 παραθέτει τα αποτελέσματα για την παγκόσμια γονίδιο που βασίζονται σε δοκιμές σύνδεσης με υπόθεση /καθεστώς ελέγχου χρησιμοποιώντας την ελάχιστη μετάθεση p-value (Min-P) τεστ.

VDR

(p-value = 0,02) και

RXR-άλφα (ΚΧΚα)

(p-value = 0,10) γονίδια πιο έντονα σχετίζονται με τον κίνδυνο RCC. Τόσο η τιμή p ελάχιστο για όλες τις ετικέτες SNPs στο γονίδιο και το ελάχιστο ποσοστό ψεύτικων ανακαλύψουν (FDR) ρυθμίζεται p-τιμές για τις τρεις SNP haplowalk συρόμενο παράθυρο για

VDR

και

ΚΧΚα

ήταν σημαντικά που σχετίζονται με τον κίνδυνο RCC.

Η

στη συνέχεια, οι μέθοδοι που βασίζονται HaploWalk χρησιμοποιήθηκαν για να προσδιορίσουν τις περιοχές ενδιαφέροντος σε κάθε γονίδιο που παρέμεινε σημαντική σε FDR μικρότερη από 10%. Τρεις σημαντικές

VDR

απλοτύπων (Πίνακας 3) εντοπίστηκαν σε δύο περιοχές που συνδέονται με αυξημένο κίνδυνο RCC. Η πρώτη περιοχή (Σχήμα 1), το οποίο βρίσκεται εντός ιντρονίου 2, έδειξε υποκείμενα με το

AGC

(OR = 1,29? 95% CI = 1,10 – 1,52? P-value = 0,002) ή

GAC

(OR = 1,25? 95% CI = 1,04 – 1,51? p-value = 0,02) απλότυπος ήταν σε σημαντικά αυξημένο κίνδυνο σε σύγκριση με τους ασθενείς με την πιο κοινή απλότυπος αναφερόμενο,

GAT

. Αυξημένος κίνδυνος φάνηκε να οδηγείται από το

T

να

C

αλλαγή στην τρίτη τόπους. Η δεύτερη περιοχή (Σχήμα 1), επικεντρώνεται γύρω από ιντρόνιο 4, αυξήθηκε επίσης RCC κινδύνου μεταξύ των συμμετεχόντων με το

TC

(OR = 1,31? 95% CI = 1,09 – 1,57? P-value = 0,004) σε σύγκριση με απλότυπος οι συμμετέχοντες με τα περισσότερα κοινά απλότυπος αναφερόμενο,

TT

. Οι ρυθμίζεται παγκόσμιες τιμές ρ Κ για τις δύο αυτές περιοχές ήταν 0,04 (Πίνακας 3). Απέναντι από το

ΚΧΚα

γονιδίου (Σχήμα 2), μια ενιαία περιοχή που βρίσκεται κατάντη, 3 ‘της ακολουθίας κωδικοποίησης, φάνηκε να σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο RCC μεταξύ των ατόμων με το

CG

(OR = 1,35? 95% CI = 1,11 – 1,66? p-value = 0,003) απλότυπος σε σύγκριση με άτομα με την πιο κοινή απλότυπος,

GA

. Το προσαρμοσμένο R παγκόσμια τιμή p για την περιοχή αυτή ήταν 0,03

Top:. Ανάλυση HaploWalk εντόπισε δύο χρωμοσωμικές περιοχές που παρουσιάζουν ενδιαφέρον στο γονίδιο του υποδοχέα της βιταμίνης D (VDR), που ήταν σημαντικές σε FDR 10%. Περιοχή που περιλαμβάνεται SNPs 3′-rs4760648, rs2853564, rs2254210 -5 ‘? περιοχή δύο περιλαμβάνονται SNPs 3’rs12717991, rs2239179 -5 ». Κάτω: ανάλυση Haploview εντοπίστηκαν επίσης δύο μπλοκ απλότυπος μέσα στις ίδιες χρωμοσωμικές περιοχές ενδιαφέροντος

Η

Top:. Ανάλυση HaploWalk εντόπισε μια ενιαία χρωμοσωμική περιοχή ενδιαφέροντος στην ρετινοειδή-Χ-υποδοχέα-α-γονιδίου (ΚΧΚα) ότι ήταν σημαντική σε FDR 10%. Αυτή η περιοχή περιλαμβάνεται SNPs 5′-rs748964, rs3118523 -3 ‘. Κάτω: Haploview ανάλυση εντόπισαν επίσης ένα μπλοκ απλότυπος μέσα στην ίδια χρωμοσωμική περιοχή ενδιαφέροντος

Η

Τα αποτελέσματα των επιμέρους αναλύσεις αυτών των SNPs που παρέχονται στο Συμπληρωματικό Πίνακα S1.. Δεκατρείς SNPs σε πέντε γονίδια της οδού της βιταμίνης D συσχετίστηκε σημαντικά με τον RCC κίνδυνο χρησιμοποιώντας ένα μοντέλο πρόσθετου (αριθμός σημαντικών ετικέτας SNPs):

VDR

(5),

ΚΧΚα

(5),

CYP24A1

(1),

GC

(1), και

STAT1

(1). Δεν παρατηρήθηκε στατιστικά σημαντική αλληλεπίδραση μεταξύ αυτών των SNPs και πιθανούς συγχυτικούς παράγοντες (δηλ ΒΜΙ, την ηλικία, το φύλο, την κατάσταση, την υπέρταση, και ένα οικογενειακό ιστορικό καρκίνου καπνίσματος) ανιχνεύθηκαν (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Δεν παρατηρήθηκε διαφορά στην σύνδεση μεταξύ μεμονωμένων SNPs και του κινδύνου RCC παρατηρήθηκε όταν αναλύσεις περιορίζεται στις περιπτώσεις RCC ιστολογικά διαγνωστεί με σαφή κύτταρο υποτύπου (τα δεδομένα δεν φαίνονται), ούτε όταν οι αναλύσεις περιορίζονται σε περιπτώσεις με μόνο υψηλή βαθμολογία όγκων (δεν παρουσιάζονται τα δεδομένα).

Συζήτηση

Σε αυτή την ανάλυση των 139 ετικετών SNPs σε όλη γονίδια οκτώ βιταμίνης D μονοπάτι, έχουμε εντοπίσει τρεις περιοχές εντός δύο γονίδια που σχετίζονταν σημαντικά με τον κίνδυνο RCC. Και τα δύο γονίδια,

VDR

και

ΚΧΚα

, για την οποία υποθέσαμε

a priori

θα συνδέεται με τον κίνδυνο, που περιέχονται περιοχές με σημαντικές συσχετίσεις. Απέναντι από το

VDR

γονίδιο, τρεις απλοτύπων μέσα σε δύο περιοχές (εσώνιο 2 και εσώνιο 4) ήταν σημαντικά σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο. Απέναντι από το

ΚΧΚα

γονίδιο, RCC κίνδυνος ήταν υψηλότερος μεταξύ αυτών με ένα συγκεκριμένο απλότυπος που βρίσκεται 3 ‘της περιοχής κωδικοποίησης.

Μόνο μια χούφτα μελέτες έχουν διεξοδικά αναλυθεί γενετική παραλλαγή στο

VDR

γονιδίου σε σχέση με τον καρκίνο [15], [16], [17]. Μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων των ασθενών με καρκίνο του προστάτη 630 περιστατικό έγινε για να αναλύσει διεξοδικά γενετική παραλλαγή στο

VDR

γονίδιο? είκοσι δύο SNPs ήταν ο γονότυπος για να συλλάβει ένα υψηλό ποσοστό της μεταβολής του

VDR

γονίδιο [17]. Μια διπλάσια αύξηση του κινδύνου καρκίνου του προστάτη παρακολουθήθηκε επί δυο

VDR

loci (rs2107301 και rs2238135), τα οποία βρίσκονται εντός ιντρόνια 2 και 4, αντίστοιχα [17]. Αν και οι πληροφορίες είναι περιορισμένες όσον αφορά τη σχέση μεταξύ

VDR

παραλλαγές και τον κίνδυνο RCC, μελέτες γενετικής προδιάθεσης για την κοινή

VDR

πολυμορφισμούς, όπως

ΒδίηΙ

,

FokI

,

TaqI, και ΑρβΙ

, έχουν δειχθεί να τροποποιήσουν RCC κινδύνου [15], [16]. Μια πρόσφατη μελέτη ασθενών-μαρτύρων των 135 ασθενών RCC διαπίστωσαν ότι οι συμμετέχοντες με την ΑΑ

γονότυπο σε το

ApaI Ιστοσελίδα είχε μια σημαντική αύξηση στο RCC κίνδυνο (OR = 2,59? P-value = 0,01 )? περιπτώσεις με το

AA

γονότυπο επίσης βρέθηκαν να έχουν χαμηλότερα ποσοστά επιβίωσης (σχετικός κίνδυνος = 3.3? p-value = 0,04) σε σύγκριση με τις περιπτώσεις με το

Αα

ή

αα

γονότυπους [16]. Μια διπλάσια αύξηση του κινδύνου καρκίνου αναφέρθηκε επίσης μεταξύ των συμμετεχόντων με το

TT

γονότυπο στο

TaqI Ιστοσελίδα σε μια δεύτερη μελέτη ασθενών-μαρτύρων των 102 ασθενών RCC σε σύγκριση με άτομα με το

TT

ή

tt

γονότυπο (p-value = 0,001) [15].

Επίσης, μερικές προηγούμενες μελέτες του RCC κινδύνου και διαφορές μεταξύ των γονιδίων της οδού της βιταμίνης D έχουν διεξαχθεί . Ένας μικρός αριθμός των πολυμορφισμών στο

VDR

γονίδιο, όπως

πολυ (Α)

,

TaqI

, και

ΒδίηΙ

, έχουν σκεφτεί να να οδηγήσει σε παραλλαγή του

VDR

έκφρασης και ότι προκύπτει στη συνέχεια σε αλλαγές στα κυκλοφορούντα επίπεδα της δραστικής βιταμίνης D [15], [18], [19]. Altered

VDR

πρωτεΐνη έκφρασης έχει αναφερθεί σε ορισμένους τύπους όγκων, συμπεριλαμβανομένων του μαστού, κακοήθη γλοιώματα, του προστάτη, του παχέος εντέρου και του καρκίνου του [20]. Επιπλέον, προηγούμενες επιδημιολογικές μελέτες έχουν αναφέρει ότι αυξημένη δέσμευση της βιταμίνης D στο

VDR

σχετίζεται με μειωμένο κίνδυνο RCC, και ότι τα ενεργά επίπεδα της βιταμίνης D

3 στον ορό είναι σημαντικά χαμηλότερα σε ασθενείς με RCC σε σύγκριση με τον πληθυσμό ελέγχων [15], [16], [19]. Μαζί αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι τα επίπεδα βιταμίνης D επηρεάζουν RCC κίνδυνο. Ενώ τα αποτελέσματα ήταν ανάμικτα σχετικά με τις ενώσεις μεταξύ παραλλαγών στο

RXR

κίνδυνο γονίδιο και τον καρκίνο [21] – [24],

in vitro

ζώων και των ανθρώπων μελέτες έχουν δείξει ότι τα αυξημένα επίπεδα του

ΚΧΚα

αυξάνει τα αντιπολλαπλασιαστικά αποτελέσματα της 1,25 (ΟΗ)

2D

3 [25], [26].

In vitro

και μελέτες σε ζώα δείχνουν ότι η βιταμίνη D και οι μεταβολίτες του μπορούν να εμποδίσουν την καρκινογένεση διεγείροντας τη διαφοροποίηση των κυττάρων, την αναστολή του πολλαπλασιασμού των κυττάρων τυπικά χαρακτηρίζεται από τη σύλληψη G0 G1 κύτταρα /κύκλου, απόπτωση, και καταστολή της invassion, αγγειογένεση, μετάσταση και [3] – [6]. Σε εργαστηριακές μελέτες, 1,25 υδροξυβιταμίνης D έχει αποδειχθεί ότι μειώνει σημαντικά την ανάπτυξη του όγκου για μια ποικιλία καρκίνων, συμπεριλαμβανομένων του παχέος εντέρου, του μαστού, του προστάτη και των πνευμόνων [18]. Η χρήση της βιταμίνης D ή των αναλόγων της όπως παράγοντες προφύλαξης σε ανθρώπους, αν και περιορισμένη, έχουν δείξει ευεργετικά αποτελέσματα. Σε μια κλινική μελέτη για ασθενείς με μη εγχειρήσιμο προχωρημένο ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα μια ημερήσια δόση των 10 mg σεοκαλσιτόλης (ένα ανάλογο της βιταμίνης D) για μέχρι ένα έτος οδήγησε σε μείωση του όγκου διάσταση [27]. Επιπλέον, μεταξύ των 37 ασθενών με μεταστατικό ανεξάρτητος από ανδρογόνο καρκίνο του προστάτη, οι οποίοι υποβλήθηκαν σε θεραπεία με μια θεραπεία υψηλής δόσης από του στόματος καλσιτριόλη /docetaxel (δραστική μορφή της βιταμίνης D /μιτωτικό αναστολέα), παρατηρήθηκε ειδικού προστατικού μειώσεις αντιγόνο τουλάχιστον 50% [ ,,,0],28].

Αν και το μέγεθος των συσχέτιση μεταξύ του κινδύνου RCC και

VDR

και

ΚΧΚα

γονιδιακές παραλλαγές στη μελέτη μας μπορεί να είναι μικρή, μερικές από αυτές τις παραλλαγές είναι σχετικά συχνές στην ο πληθυσμός και συνεπώς μπορεί να σχετίζεται με ένα πολύ υψηλότερο κίνδυνο να αποδοθεί ως σύνολο σε σύγκριση με σπάνια γονίδια υψηλής διεισδυτικότητα. Επιπλέον, η

VDR

παραλλαγές που σχετίζονται με τον κίνδυνο RCC σε αυτή τη μελέτη ήταν εσονικές και δεν βρίσκονται κοντά στα όρια ιντρονίου-εξονίου που μπορεί να παράγει λάθη μάτισμα. Αυτά τα αλληλόμορφα φαίνεται να έχουν καμία επίδραση επί των επιπέδων έκφρασης ή δραστικότητας των μεταφρασμένων

VDR

πρωτεΐνης και υποτίθεται ότι συσχετίζονται με άλλες παραλλαγές με λειτουργική συνάφεια. Οι συνώνυμο SNPs συχνά δεν λαμβάνονται υπόψη σε πολλές μελέτες γενετικής ευαισθησίας βασίζεται στην παραδοχή ότι δεν μεταβάλλουν αλληλουχία αμινοξέων, η οποία θα μπορούσε να επηρεάσει στη συνέχεια πρωτεϊνική δομή και λειτουργία, ούτε η έκφραση της πρωτεΐνης [29]. Ωστόσο, ο κατάλογος των συνώνυμη μεταλλάξεων που σχετίζονται με ανθρώπινες ασθένειες αυξάνεται [29], [30]. Πρόσφατες γενετικές μελέτες έχουν δείξει ότι συνώνυμες μεταλλάξεις δεν είναι τυχαία και μπορεί να παίζει ένα σημαντικό ρόλο στην αιτιολογία της νόσου από το συνώνυμο SNPs μπορούν να επηρεάσουν την έκφραση της πρωτεΐνης και η λειτουργία μεταβάλλοντας τη σταθερότητα του mRNA [29], [31], [32]. Μελέτες αποκλειστικά εστιάζοντας σε γενετικές παραλλαγές μέσα εξονικό περιοχές του DNA που οδηγούν σε αλλαγές στην αλληλουχία της πρωτεΐνης μπορεί να είναι απλοϊκή και δεν μπορεί να εκπροσωπεί την ευρύτερη εικόνα που εξελίσσεται μεταξύ των γενετικών παραλλαγών και των νόσων [33].

Εκτός από την ύπαρξη μία από τις πρώτες μελέτες γενετικής προδιάθεσης για να εξετάσει διεξοδικά τη σχέση μεταξύ

VDR

και επτά άλλα γονίδια βιταμίνης D οδού σε σχέση με RCC κίνδυνο, μια πρόσθετη ισχύς της μελέτης μας περιλαμβάνει τη χρήση των HapMap δεδομένων σε ετικέτες γονίδια ενδιαφέροντος χρησιμοποιώντας υψηλή (80-90%) γονιδιωματική κάλυψη από την τοποθέτηση πινακίδων περιοχές του γονιδιώματος, τόσο ανάντη (20 kb) και κατάντη (10 kb) για να μειώσει την πιθανότητα ψευδών αρνητικών ευρημάτων. Σε αυτή τη μελέτη, παρατηρήσαμε επίσης υψηλά ποσοστά συμμετοχής, που χρησιμοποιούνται νεοδιαγνωσθείσα περιπτώσεις, περιλαμβάνεται μόνο ιστολογικά επιβεβαιωμένο καρκίνους, και συλλέγονται βιολογικά υλικά από μια υψηλή αναλογία των ατόμων. Το μεγάλο μέγεθος του δείγματος της μελέτης αυτής παρέχονται επαρκή στατιστική ισχύ για την ανίχνευση σχετικά μικρές συσχετίσεις μεταξύ γονότυπων και κινδύνου. Η ανάλυση των γονιδίων με σημαντικές παγκόσμιες τιμές p μείωσε τον κίνδυνο σφαλμάτων τύπου Ι στη μελέτη μας, ενώ η χρήση δύο διαφορετικών μεθόδων Απλότυπου-based (HaploWalk και HaploStats) μείωσε την πιθανότητα εξεύρεσης σημαντικών αποτελεσμάτων με βάση ευκαιρία. Επιπλέον, ενώ οι μελέτες ασθενών-μαρτύρων νοσοκομείο με βάση έχουν τη δυνατότητα περιορισμούς λόγω της έλλειψης ελέγχου του πληθυσμού, οι μελέτες αυτές μπορούν να βελτιώσουν τα ποσοστά ανταπόκρισης για την έντονη συλλογή των βιολογικών δειγμάτων και ως εκ τούτου να μειώσει τις πιθανότητες λαθών κατά την εκτίμηση των αλληλεπιδράσεων γονιδίων-περιβάλλοντος [ ,,,0],34]. Τέλος, δεν απασχολεί άμεσα δείκτη για τη βιταμίνη D μεταξύ αυτών των ατόμων της μελέτης. Ενώ υπάρχει γενική συμφωνία ότι ο ορός 25 (ΟΗ) επίπεδο D είναι ο καλύτερος δείκτης της τρέχουσας κατάστασης της βιταμίνης D, η βιοχημικός δείκτης έχει μικρό χρόνο ημίσειας ζωής και δεν θα απηχούν κατ ‘ανάγκη καθεστώς του επί μακρόν βιταμίνης D, ιδιαίτερα για τις μελέτες ασθενών-μαρτύρων όπου οι υποθέσεις έχουν μόλις πρόσφατα έχουν διαγνωστεί [35].

Εν κατακλείδι, μας

a priori

υπόθεση αυτή υποστηρίζεται και παρατηρήσαμε ότι οι γενετικές παραλλαγές στο

VDR

και

ΚΧΚα

συσχετίστηκε σημαντικά με τον κίνδυνο RCC. Ωστόσο, δεδομένου ότι τα αποτελέσματα μας παρατηρείται εντός εσώνια και όχι εξώνια και επειδή μόλις τώρα αρχίζουν να κατανοούν το ρόλο της γενετικής ποικιλότητας σε ιντρονικές περιοχές και την επίδρασή τους στην ανάπτυξη της νόσου, οι πρόσθετες μελέτες των γενετικών παραλλαγών αυτών των δύο γονιδίων και του κινδύνου RCC δικαιολογημένη.

Υλικά και Μέθοδοι

Θέματα μελέτη

Λεπτομέρειες της Κεντρικής και της Ανατολικής ευρωπαϊκή μελέτη νεφροκυτταρικό καρκίνωμα (CEERCC) έχουν αναφερθεί στο παρελθόν [36]. Εν συντομία, η μελέτη CEERCC είναι μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων νοσοκομείο με βάση του καρκίνου των νεφρικών κυττάρων πραγματοποιήθηκε μεταξύ του 1999 και του 2003 σε επτά κέντρα σε τέσσερις χώρες της Κεντρικής και Ανατολικής Ευρώπης (Μόσχα, Ρωσία? Βουκουρέστι, Ρουμανία? Lodz, Πολωνία? Και την Πράγα, Olomouc , Ceske Budejovice-και Μπρνο, Τσεχική Δημοκρατία). Κάθε κέντρο ακολούθησε ένα πανομοιότυπο πρωτόκολλο και ήταν υπεύθυνος για την πρόσληψη μια συνεχόμενη ομάδα νέων διαγνωσμένων κρουσμάτων του καρκίνου του νεφρού, καθώς και μια συγκρίσιμη ομάδα των ελέγχων του νοσοκομείου. Έλεγχοι σε όλα τα κέντρα επελέγησαν μεταξύ των ατόμων δεκτά ως εισροών ή εξωτερικούς ασθενείς στο ίδιο νοσοκομείο, όπως τις περιπτώσεις, με όρους που δεν σχετίζονται με τον καπνό ή ουροποιογεννητικού διαταραχές. Καμία μεμονωμένη ασθένεια να καλύπτουν περισσότερο από το 20% της ομάδας ελέγχου. Όλα τα άτομα ήταν οι κάτοικοι των περιοχών μελέτης για ένα τουλάχιστον έτος κατά το χρόνο της πρόσληψης και ήταν καυκάσιας καθόδου.

Θήκες μεταξύ 20 και 79 ετών είχαν διαπιστωθεί μέσω ενός συστήματος ταχείας πληροφόρησης. Συμμετέχουν γιατρό και άλλες επαγγελματικές μέλη του προσωπικού που επισκέπτονται τα τμήματα ουρολογία, χειρουργική επέμβαση, ακτινολογία ή παθολογίας των συμμετεχόντων νοσοκομείων τακτικά εντοπίστηκαν ασθενών που εισάγονται για τον καρκίνο των νεφρών δούλεμα. Όλοι οι ασθενείς με υποψία καρκίνου του νεφρού πλησίασε για συνέντευξη, αλλά μόνο ιστολογικά επιβεβαιωμένα κρούσματα συμπεριλήφθηκαν στην τελική ανάλυση. Όλες οι όγκοι σε κεντρική αναθεωρηθεί για να επιβεβαιώσει τη διάγνωση και ιστολογία. Η πλειονότητα των νεφρικών όγκων ήταν σαφείς καρκινώματα (83,4%), ενώ άλλοι υποτύποι περιλαμβάνονται θηλώδες (7%), χρωμόφοβο (2,4%), oncocytoma (2,3%), oncocytic νεοπλάσματα (0,2%), μεταβατικό καρκίνωμα (1,1%) , και αταξινόμητη (3,6%). Έλεγχοι συχνότητας ταιριάζουν σε περιπτώσεις σχετικά με την ηλικία (± 3 έτη), το φύλο, και κέντρο μελέτης. Συνολικά 1.097 επιβεβαιωμένα κρούσματα RCC περιστατικό και 1.476 ελέγχους συμπεριλήφθηκαν στην παρούσα μελέτη. Γονιδιωματικό DNA ελήφθη από 987 του 1097 (90%) των περιπτώσεων και 1298 του 1476 (88%) της ομάδας ελέγχου. Τα ποσοστά ανταπόκρισης σε όλη κέντρα μελέτης μεταξύ των επιλέξιμων άτομα που είχαν ζητήσει να συμμετάσχει κυμαίνονταν 90,0 έως 98,6% για τις περιπτώσεις και 90,3 έως 96,1% για τους ελέγχους.

Συνέντευξη

Θήκες και οι έλεγχοι πραγματοποιήθηκαν συνεντεύξεις με το ίδιο ερωτηματολόγιο [37]. Πληροφορίες που αφορούν δημογραφικά χαρακτηριστικά, ιατρικά ιστορικά, και παράγοντες του τρόπου ζωής αποκτήθηκε μέσω συνεντεύξεων πρόσωπο με πρόσωπο με εκπαιδευμένο προσωπικό με τη χρήση τυποποιημένων τον τρόπο ζωής και τη συχνότητα των τροφίμων ερωτηματολόγια. Περιπτώσεις ερωτήθηκαν εντός τριών μηνών από τη διάγνωση. Γραπτή συγκατάθεση για τη συμμετοχή λήφθηκε από όλα τα άτομα της μελέτης, και λήφθηκε ηθική έγκριση για όλα τα κέντρα μελέτης.

Εργαστήριο Διαδικασίες

Το γονιδιακό DNA εξήχθη από φλεγμονώδη πλακούντα ολικού αίματος χρησιμοποιώντας μια τυποποιημένη μέθοδο φαινόλης χλωροφορμίου . Γονοτυπική διεξήχθη με GoldenGate® Ολίγο πισίνα όλη (OPA) δοκιμασία από Illumina® (www.illumina.com) στις εγκαταστάσεις του Εθνικού Ινστιτούτου Καρκίνου (NCI του) Πυρήνας γονοτυπική (CGF), όπου το προσωπικό του εργαστηρίου τυφλώθηκε σε κατάσταση περιπτώσεων /ελέγχου. Κατάλληλη ποσότητα και την ποιότητα του γονιδιακού DNA ελήφθη από ένα υποσύνολο των 777 (70,8%) περιπτώσεις RCC και 1.035 (70,1%) ελέγχους, λόγω της αυστηρά κριτήρια ποιότητας και της ποσότητας για την ανάλυση χρησιμοποιώντας τον πίνακα Illumina® OPA.

Μια ανασκόπηση της βιβλιογραφίας της βιταμίνης D συνδέεται γονίδια βοήθησε τον εντοπισμό οκτώ υποψήφια γονίδια (

VDR, ΚΧΚα, RXRB, CYP24A1, GC, STAT1, THRAP4

και

THRAP5

) που τελικά επιλέχθηκαν για τη συμμετοχή τους σε μεταβολισμό της βιταμίνης D, των μεταφορών, δεσμευτική, λειτουργία ή /και της έκφρασης, που μπορούν να επηρεάσουν τους μηχανισμούς μέσω των οποίων η βιταμίνη D μπορεί να επηρεάσει τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Δεδομένου ότι είναι γνωστό ότι

VDR

προκαλεί μία μεταγραφική απόκριση με σχηματισμό ενός συμπλόκου ετεροδιμερές με τον ρητινοειδή Χ υποδοχέα, σε αυτή τη μελέτη και οι δύο

VDR

και

RXR

ήταν τα πρωτογενή γονίδια ύποπτα

a priori

να τροποποιήσει τον κίνδυνο καρκίνου του νεφρού. Η ομάδα πάγιο στοιχείο

(GC)

βιταμίνης D επιλέχθηκε πρωτεΐνη που δεσμεύεται για τη συμμετοχή της ως σημαντικός μεταφορέας της βιταμίνης D στο πλάσμα [38]. Κυτοχρώματος P450, οικογένεια 24, υποοικογένεια Α, πολυπεπτίδιο 1 (

CYP24A1

) επιλέχθηκε για τη συμμετοχή της σε εξευτελιστική και τη ρύθμιση 1,25 (ΟΗ)

2D

3 επίπεδα [39], [40 ]. Τέλος, ο μετατροπέας σήματος και ενεργοποιητής της μεταγραφής 1 (

STAT1

) και ο θυρεοειδής ορμόνη πρωτεΐνη που συνδέεται υποδοχέα 4 και 5 (

THRAP4

και

THRAP5

) επιλέχθηκαν γονίδια από το μελέτες δείχνουν ότι αυτά τα γονίδια μπορεί να προκαλέσει ή να καταστείλει μεταγραφή από την αλληλεπίδραση με το

VDR-RXR

συγκρότημα [41], [42].

επιλέχθηκαν SNPs Tag να παρέχουν το 80-90% γονιδιωματική κάλυψη σε όλες τις περιοχές του γονιδιώματος του ενδιαφέροντος. Για να εξασφαλίσετε πλήρη κάλυψη της στοχευμένης περιοχής, πρόσθετη κάλυψη των περιοχών τόσο ανάντη (20 kb) από την έναρξη της μεταγραφής και κατάντη (10 kb) του τελευταίου εξονίου με τη χρήση δεδομένων HapMap CEU (https://www.hapmap.org) μεταξύ των επιλέχθηκαν SNPs με μικρές συχνότητες αλληλόμορφο τουλάχιστον 5% και r

2≥80%. Επιπλέον, μη συνώνυμες SNPs ή εκείνοι συσχετίζεται με πολυμορφισμούς με δυναμικό λειτουργική σημασία περιλήφθηκαν στην ανάλυση. Συνολικά, επελέγησαν 139 SNPs σε γονίδια στόχους μονοπάτι D συνδέονται οκτώ βιταμίνη για ανάλυση. Το συνολικό μήκος της ακολουθίας αναλύθηκαν σε όλες γονίδια ήταν 495.664 βάσεις (

VDR

: 37,421 βάσεις,

ΚΧΚα

: 144022 βάσεις,

RXRB

: 36,257 βάσεις,

CYP24A1

: 50,537 βάσεις,

GC

: 72,479 βάσεις,

STAT1

: 75,061 βάσεις,

THRAP4

: 39,862 βάσεις, και

THRAP5

: 40025 βάσεις). Επαναληπτικές δείγματα ποιοτικού ελέγχου (5% δείγματα) ήταν διάσπαρτες μεταξύ των πλακών του γονότυπου. Το ποσοστό αποτυχίας του γονότυπου για τις επιλεγμένες SNPs ήταν 4,8% (7/146). Το ποσοστό αντιστοιχία μεταξύ δειγμάτων εις διπλούν DNA κυμαινόταν 93-100% και τα ποσοστά ολοκλήρωσης κυμαίνονταν από 98-100%. Ο γονότυπος συχνότητες μεταξύ των ελέγχων δεν διέφερε από την αναμενόμενη Hardy-Weinberg ισορροπία αναλογίες (p & gt? 0,05). Όλα τα SNPs και οι πληροφορίες προσδιορισμού αναφερθεί στη βάση δεδομένων SNP500Cancer του NCI (https://snp500cancer.nci.nih.gov) [43].

Στατιστική Ανάλυση

Οι κατανομές των επιλεγμένων χαρακτηριστικών και γνωστή RCC παράγοντες κινδύνου (φύλο, την ηλικία, το κάπνισμα, η υπέρταση, ο ΔΜΣ, το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου, και χώρα διαμονής) συγκρίθηκαν μεταξύ γονότυπου ασθενών και μαρτύρων χρησιμοποιώντας το Chi-square test. Αυτά τα χαρακτηριστικά περαιτέρω αξιολόγηση για να καθοριστεί εάν οι ενώσεις μεταξύ των SNPs και RCC τροποποιήθηκαν? Ωστόσο, υπάρχουν σημαντικές αλληλεπιδράσεις έχουν παρατηρηθεί μεταξύ του κινδύνου του καρκίνου, παράγοντες κινδύνου RCC, και SNPs (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Οι συσχετίσεις μεταξύ μεμονωμένων SNPs και τον κίνδυνο RCC εκτιμήθηκαν από τον υπολογισμό των λόγων πιθανοτήτων (OR) και 95% εμπιστοσύνη διαστήματα (95% CI) χρησιμοποιώντας άνευ όρων λογιστικής παλινδρόμησης. Αλληλεπιδράσεις ελέγχθηκαν συγκρίνοντας τα μοντέλα παλινδρόμησης με και χωρίς όρους αλληλεπίδρασης χρησιμοποιώντας ένα τεστ λόγου πιθανοφανειών (LRT). Όλα τα μοντέλα παλινδρόμησης προσαρμόστηκαν για την ηλικία (συνεχής), φύλο, κέντρο μελέτης, και τη συνήθεια του καπνίσματος (ποτέ, ποτέ). Πρόσθετοι παράγοντες κινδύνου (π.χ. υπέρταση, ΔΜΣ και το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου) θεωρήθηκαν επίσης, όμως, αυτές οι μεταβλητές δεν επηρεάζουν τις εκτιμήσεις κινδύνου κατά τουλάχιστον 10%. Για να αποφευχθεί η περιττή αναλύσεις, μόνο ένα SNP αξιολογήθηκε κατά τις οποίες παρατηρήθηκαν υψηλές συσχετίσεις μεταξύ δύο SNPs (r

2 & gt? 0,85). Από τους 139 SNPs γονότυπου, δύο ζεύγη των SNPs στο

VDR

γονίδιο βρέθηκαν να συσχετίζονται σε μεγάλο βαθμό (r

2 = 0,95 για rs1544410 (

BsmI

) και rs731236 (

TaqI

)? r

2 = 0,89 για rs2248098 και rs2239185) και ως εκ τούτου, μόνο ένα SNP χρησιμοποιήθηκαν ανά ζεύγος (rs1544410 (

BsmI

) και rs2248098)

Από. η πιο κοινή μορφή του νεφροκυτταρικού καρκινώματος είναι σαφής κυτταρικό τύπο, οι ενώσεις μεταξύ των μεμονωμένων SNPs και τον κίνδυνο RCC αξιολογήθηκαν επίσης μεταξύ περιπτώσεις ιστολογικά διαγνωστεί με αυτόν τον υπότυπο του νεφρικού καρκίνου. Ωστόσο περιορίζοντας τις περιπτώσεις σε εκείνους με σαφείς τύπο κυττάρων δεν επηρέασε τις εκτιμήσεις του κινδύνου κατά τουλάχιστον 10% (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Παρομοίως, οι αναλύσεις περιορίζονται σε περιπτώσεις με μόνο υψηλή βαθμολογία όγκοι δεν επηρέασε τις εκτιμήσεις του κινδύνου (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

εκτιμήσεις κινδύνου υπολογίστηκαν για την ετερόζυγη και ομόζυγο παραλλαγή γονότυπους σε σχέση με την κοινή ομόζυγο γονότυπο εκλαμβάνοντας μοντέλο προσθέτου. Όταν η συχνότητα του ομόζυγου αλληλόμορφο παραλλαγής ήταν λιγότερο από 5% μεταξύ των ελέγχων, ένα κυρίαρχο μοντέλο χρησιμοποιήθηκε για να καθοριστεί εκτιμήσεις κινδύνου για την παρουσία και την απουσία του αλληλόμορφου παραλλαγής. Ενώσεις μεταξύ παραλλαγών SNP και RCC εκτιμήθηκαν χρησιμοποιώντας ένα μοντέλο πρόσθετο (δηλαδή γραμμική δοκιμή της τάσης για τον αριθμό των αντιγράφων του αλληλόμορφου παραλλαγής (0, 1, 2)) ή ένα κυρίαρχο μοντέλο (δηλαδή Wald τεστ chi-square για την παρουσία ή απουσία του αλληλόμορφου παραλλαγής (0, 1)). Για να εκτιμηθεί παγκόσμια σημασία της σύνδεσης με τα γονίδια, ένα ελάχιστο μετάθεση p-value (Min-P) δοκιμή χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση, επειδή διορθώνει πολλαπλές δοκιμές, ενώ, επίσης, αντιπροσωπεύοντας συσχετίσεις μεταξύ SNPs μέσα σε ένα γονίδιο [44]. Επελέγησαν Γονίδια που είχε σημαντικό τεστ Min-Ρ σε ένα επίπεδο αποκοπής 10% για περαιτέρω ανάλυση. Ανάλυση για γονίδια που δεν πληρούν το κριτήριο αυτό είναι διαθέσιμο στο Συμπληρωματικό Σχήμα S1, S2, S3, S4, S5, S6.

HaploWalk, ένας απλότυπος που βασίζεται συρόμενη μέθοδο παραθύρου αναλυτική, χρησιμοποιήθηκε για να αξιολογήσει υποψήφια γονίδια με Ν =

K

SNPs. Η διαδικασία HaploWalk θεωρείται ένα παράθυρο τριών SNP για κάθε SNP από SNP

2

μέσω SNP

K-1

. Για κάθε παράθυρο, συχνότητες απλοτύπου στις περιπτώσεις και έλεγχοι ανακατασκευάστηκε χρησιμοποιώντας τον αλγόριθμο ΕΜ [45], και μια δοκιμασία Wald χρησιμοποιήθηκε για την διαλογή σύνδεσης με το καθεστώς ελέγχου περιπτώσεων [44]. Στην αρχική φάση εξέτασης, δεν έγινε προσαρμογή για πιθανούς συγχυτικούς παράγοντες. Η δοκιμασία Wald χρησιμοποιείται μια οριακή τιμή του 5%, έτσι ώστε απλοτύπων σε περιπτώσεις και τους ελέγχους που είχε την αναμενόμενη συχνότητα κάτω από το όριο σε ελέγχους συγκεντρώθηκαν σε μια «άλλη» σπάνια κατηγορία απλότυπος για τη δοκιμή. Για να ληφθεί υπόψη για πολλαπλές δοκιμές σε όλη την

K

SNPs, οι

K-2

p-τιμές (ένα για κάθε παράθυρο) ρυθμίστηκαν για πολλαπλές συγκρίσεις χρησιμοποιώντας το False Discovery Rate (FDR) -controlling διαδικασία της Benjamini και Hochberg [46]. Απλότυπος παράθυρα με FDR-προσαρμοσμένη αξία των & lt?. 10% προήχθησαν στο δεύτερο στάδιο

Στο στάδιο δύο, μπλοκ απλότυπος ταυτίζεται με HaploWalk αναλύθηκαν σε σχέση με RCC κίνδυνο χρησιμοποιώντας Haplostats (R έκδοση 2.4.0 ? https://www.r-project.org) [47], προσαρμοσμένο για την ηλικία, το φύλο, το κέντρο μελέτης, και τη συνήθεια του καπνίσματος. Επιπλέον, χρησιμοποιήσαμε πρότυπες μεθόδους για τον προσδιορισμό απλοτύπων χρησιμοποιώντας το πρόγραμμα Haploview έκδοση 3.32 [48]. Ανισορροπία σύνδεσης μεταξύ δεικτών εκτιμήθηκε υπολογίζοντας ζεύγη Lewontin της Δ ‘και Ε

2 χρησιμοποιώντας Haploview μεταξύ τους ελέγχους του πληθυσμού [48]. Ετερογένεια των συχνοτήτων γονοτύπου μεταξύ των χωρών αξιολογήθηκε χρησιμοποιώντας το τεστ λόγου πιθανοφανειών για να συγκρίνουμε την εφαρμογή των μοντέλων με και χωρίς όρους αλληλεπίδρασης, αλλά δεν βρήκαμε στοιχεία ετερογένειας στους πληθυσμούς. Καμία ένδειξη διαστρωμάτωση του πληθυσμού ήταν εμφανής από τα κύρια στοιχεία ανάλυσης της μελέτης σύνδεσης γονιδίωμα μεγάλη διεξάγονται σε αυτόν τον πληθυσμό [49], και η πιθανότητα αυτή είναι μικρή μεταξύ των ευρωπαϊκών πληθυσμών [50]. Συσχετίσεις μεταξύ των κοινών απλοτύπων (& gt? 5% συχνότητα) και τον κίνδυνο RCC εκτιμήθηκαν με υπολογισμό ΕΑΠ και 95% ΠΙ χρησιμοποιώντας την πιο κοινή κατηγορία απλότυπος για σύγκριση. Όλες οι αναλύσεις έγιναν σε STATA 9.0, εκτός αν ορίζεται διαφορετικά (STATA Corporation, College Station, TX).

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.

SNP που βασίζεται κύρια αποτελέσματα ανάλυσης για τα γονίδια της βιταμίνης D οδού

doi: 10.1371 /journal.pone.0007013.s001

(1,73 MB DOC)

Εικόνα S1.

RXRB HaploWalk και ανάλυση Haploview. Επάνω: Ανάλυση HaploWalk εντοπιστεί κανένα χρωμοσωμικές περιοχές που παρουσιάζουν ενδιαφέρον στην ρετινοειδή-Χ-υποδοχέα-βήτα (RXRB) γονίδιο που ήταν σημαντικές σε FDR 10%. Η δοκιμή Min-P για αυτό το γονίδιο δεν ήταν στατιστικά σημαντική (p-value = 0.20). Κάτω: ανάλυση Haploview εντόπισε δύο μπλοκ απλότυπος? κανένα δεν σχετίζεται με τον κίνδυνο RCC, όταν αναλυθούν Haplostats

doi:. 10.1371 /journal.pone.0007013.s002

(0,24 MB ΔΕΘ)

Εικόνα S2.

CYP24A1 HaploWalk και ανάλυση Haploview. Επάνω: Ανάλυση HaploWalk εντοπιστεί κανένα χρωμοσωμικές περιοχές ενδιαφέροντος του κυτοχρώματος P450, οικογένεια 24, υποοικογένεια Α, 1 (CYP24A1) γονίδιο πολυπεπτιδίου που ήταν σημαντικές σε FDR 10%. Η δοκιμή Min-P για αυτό το γονίδιο δεν ήταν στατιστικά σημαντική (p-value = 0.63).