Αφηρημένο

Στόχος

εκτροπές του DNA που προκαλούν καρκίνο του παχέος εντέρου (CRC) συμβαίνουν σε πολλαπλά βήματα που αφορούν μικροδορυφορικού αστάθεια (MSI) και χρωμοσωμική αστάθεια (CIN). Στο παρόν, μελετήσαμε CRCs από ασθενείς ΑΑ για την κατάστασή τους CIN και MSI.

Πειραματικός Σχεδιασμός

array CGH πραγματοποιήθηκε σε όγκους του παχέος εντέρου 30 AA. Η κατάσταση MSI ιδρύθηκε. Τα δεδομένα CGH από ΑΑ σε σύγκριση με δημοσιευμένους καταλόγους των 41 ΕΠΠΕ και ογκογονίδια στους Καυκάσιους και 68 γονίδια του καρκίνου, πρότεινε μέσω συστηματικής αλληλούχισης για σωματικές μεταλλάξεις στο παχύ έντερο και των όγκων του μαστού. Ο ασθενής-από-ασθενή προφίλ CGH οργανώθηκαν σε ένα μέγιστο cladogram φιλαργυρία να δώσει ιδέες σε εκτροπές της γενεαλογίας των όγκων ».

Αποτελέσματα

Η ανάλυση CGH αποκάλυψε ότι CIN ήταν ανεξάρτητο της ηλικίας, του φύλου , το στάδιο ή την τοποθεσία. Ωστόσο, τόσο ο αριθμός και η φύση των εκτροπών φαίνεται να εξαρτώνται από την κατάσταση MSI. MSI-H όγκους συγκεντρωμένα στην cladogram. Τα χρωμοσώματα με τα υψηλότερα ποσοστά CGH εκτροπών ήταν 3, 5, 7, 8, 20 και Χ χρωμόσωμα Χ κυρίως ενισχύθηκε σε άνδρες ασθενείς. Μια σύγκριση με Καυκάσιους αποκάλυψε μια συνολική παρόμοιο προφίλ εκτροπή με λίγες εξαιρέσεις για τα ακόλουθα γονίδια? ThrB, RAF1, LPL, DCC, XIST, PCNT, STS και τα γονίδια για την cytoband 20q12-q13. Μεταξύ των 68 γονιδίων μπορεί, όλα έδειξαν κάποιο επίπεδο μεταβολή στην ομάδα μας.

Συμπέρασμα

ενίσχυση χρωμόσωμα Χ σε άνδρες ασθενείς με CRC αξίζει παρακολούθησης. Η παρατηρούμενη CIN μπορεί να διαδραματίσει έναν ξεχωριστό ρόλο στην CRC σε συμφωνίες σύνδεσης. Η ομαδοποίηση των MSI-H όγκων σε σφαιρική ανάλυση των δεδομένων CGH δείχνει ότι χρωμοσωμικές ανωμαλίες δεν είναι τυχαία

Παράθεση:. Brim Η, Lee Ε, Abu-ASAB MS, Chaouchi Μ, Razjouyan Η, Namin H, et al . (2012) Γονιδιωματική εκτροπές σε μια αφρικανική αμερικανική καρκίνο του παχέος εντέρου Cohort αποκαλύπτει μια MSI-Ειδικά προφίλ και το χρωμόσωμα Χ ενίσχυση σε άνδρες ασθενείς. PLoS ONE 7 (8): e40392. doi: 10.1371 /journal.pone.0040392

Επιμέλεια: Daniela Aust, Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο του Carl Gustav Carus, Γερμανία

Ελήφθη: 15, Φεβρουαρίου, 2012? Αποδεκτές: 6 Ιούν, 2012? Δημοσιεύθηκε: 6 Αυγ του 2012

Copyright: © πληρώσεως et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από Grant # CA102681, χρηματοδοτήθηκε από το Εθνικό Ίδρυμα Καρκίνου (NCI), Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας, από το εσωτερικό ερευνητικό πρόγραμμα των Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας, Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου και την Εθνική Βιβλιοθήκη της Ιατρικής, καθώς και από Ερευνητικά Κέντρα στα Μειονοτικά Ιδρύματα (RCMI). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Πολυάριθμες μελέτες έχουν διερευνήσει τους μηχανισμούς της αλλαγές του DNA που οδηγούν σε καρκίνο του παχέος εντέρου (CRC), η οποία είναι η τρίτη πιο κοινή μορφή καρκίνου στις ΗΠΑ [1]. CRC συχνότητα είναι υψηλή σε Αφρο-Αμερικανούς (AAS), μεταξύ των οποίων προκαλεί υψηλότερο ποσοστό θανάτων από ό, τι σε άλλους πληθυσμούς (1). Οι περισσότεροι CRC προκύπτουν από αδενώματα, σε μία διαδικασία που περιγράφεται ως αλληλουχία αδένωμα-καρκίνωμα [2]. Η έναρξη και την πρόοδο του CRC συνδέεται με αλλοιώσεις στη λειτουργία των ογκογονιδίων και γονιδίων καταστολής όγκων

Τρεις κύριους μηχανισμούς της γονιδιωματικής αστάθειας στην CRC έχουν περιγραφεί:. Μικροδορυφορική αστάθεια (MSI), χρωμοσωμική αστάθεια (CIN), και πιο πρόσφατα CpG φαινότυπο νησί μεθυλίωσης (CIMP). Υπερβολική μεθυλίωση προαγωγού εκατοντάδων γονιδίων έχει ως αποτέλεσμα την CIMP είναι μέρος της επιγενετικών αστάθειας στην CRC. Περισσότερα από ένα μηχανισμό μπορεί να συμβεί με τον ίδιο όγκο. Στην MSI, η οποία εμφανίζεται σε περίπου 15% των CRC, γονιδίων επιδιόρθωσης του DNA αναντιστοιχία είτε μεταλλαγμένων ή μεθυλιωμένα που οδηγεί σε όγκους με φαινότυπο αστάθεια μικροδορυφόρου (συμβολίζεται MSI-High, MSI-H, ή ΜΙΝ) [3].

Σε αντίθεση, ο φαινότυπος CIN χαρακτηρίζεται από την παγκόσμια γενωμική αναδιατάξεις που προκύπτει από διαγραφές, επιμηκύνσεις και μεταθέσεις των χρωμοσωμικών θραυσμάτων [4]. CIN προκύπτει από συγκεκριμένες μεταλλάξεις ή κανονιστικές αποσιώπηση του γονιδίου αποσιώπησης και θα μπορούσε να εκδηλωθεί ως δομικά ελαττώματα που αφορούν κεντρομεριδίων ή κεντροσωμάτια, δυσλειτουργία μικροσωληνίσκων, της διάβρωσης των τελομερών, θραύση των χρωμοσωμάτων και την αποτυχία των σημείων ελέγχου του κυτταρικού κύκλου [5]. Σε αυτή τη μελέτη, έχουμε επικεντρωθεί στις δύο πιο μελετημένα μηχανισμούς, MSI και CIN. Ο μηχανισμός της MSI για πρώτη φορά χαρακτηρίζεται από το πλαίσιο μιας υποκατηγορίας του CRC που ονομάζεται κληρονομική μη πολυποδίαση ορθοκολικό καρκίνο ή σύνδρομο Lynch, στην οποία οι ασθενείς έχουν ετερόζυγες μεταλλάξεις gremlin γονιδίων όπως

MLH1

και

MSH3

[6]. Η απόκτηση των επαναλαμβανόμενων χρωμοσωμικών κερδών και ζημιών κατά τη διάρκεια της εξέλιξης από υψηλής ποιότητας αδενωμάτων σε διηθητικά καρκινώματα έχει επανειλημμένα βρεθεί σε όγκους CIN CRC [7]. CIN προκύπτει από συγκεκριμένες μεταλλάξεις ή γονιδιακή αναδιάταξη και ότι θα μπορούσε να εκδηλωθεί ως δομικά ελαττώματα που αφορούν κεντρομεριδίων ή κεντροσωμάτια, δυσλειτουργία μικροσωληνίσκων, της διάβρωσης των τελομερών, θραύση των χρωμοσωμάτων και την αποτυχία των σημείων ελέγχου του κυτταρικού κύκλου (5). Ένα από τα πρώτα Επίκτητης γενετικές ανωμαλίες κατά τη διάρκεια της εξέλιξης CRC περιλαμβάνει χρωμόσωμα νούμερο 7 αντίγραφο κέρδη που παρατηρούνται σε ορισμένες αδενώματα του παχέος εντέρου, καθώς και [8]. Σε μεταγενέστερα στάδια της εξέλιξης του όγκου, άλλες συγκεκριμένες χρωμοσωμικές ανωμαλίες γίνονται πιο συχνές, όπως τα κέρδη στα χρωμοσώματα 8q, 20q [9], 7, 13 [10], [11] και αντιγράψτε απώλειες αριθμό στα χρωμοσώματα 8p, 17p, 18q [10 ], [12] 15q και 20q [13]. Εδώ και μερικά χρόνια, CIN και MSI όγκοι θεωρούνται αλληλοαναιρούνται, και θεωρήθηκε ότι MSI όγκοι έχουν γενικά σταθερή, διπλοειδή καρυότυποι [14], [15]. Ωστόσο, πρόσφατες μελέτες έχουν δείξει ότι MSI και CIN μπορεί να συμβεί με τον ίδιο όγκο [16], [17]. Trautmann et al. Βρέθηκε ότι τουλάχιστον το 50% του MSI-H όγκοι έχουν κάποιο βαθμό των ταυτόχρονων χρωμοσωμικές ανωμαλίες [18]. Αν και θα μπορούσε να παρατηρηθεί ενδείξεις για κάποιο βαθμό CIN στην πλειοψηφία των MSI-H όγκους, ο τρόπος διεξαγωγής των συγκεκριμένων κερδών και ζημιών μεταξύ MSI-H και οι όγκοι MSS είναι ακόμη πλήρως κατανοητό. MSI-H όγκοι τείνουν να φιλοξενούν τα κέρδη των χρωμοσωμάτων 8, 12 και 13 και οι απώλειες των 15q και 18q, ενώ MSS όγκοι έχουν υψηλό βαθμό και μεταβλητό φάσμα των χρωμοσωμικών ανωμαλιών [13], [18]. Χρωμοσωμικές ανωμαλίες, όπως ομόζυγα και ετερόζυγα διαγραφές ή πολλαπλασιασμούς, να αλλάξει τον αριθμό των αντιγράφων του DNA μεγάλων γονιδιωματικών περιοχών ή ακόμη και ολόκληρο χρωμοσωμικούς βραχίονες, που οδηγεί στην απενεργοποίηση των ογκοκατασταλτικών γονιδίων ή στην ενεργοποίηση των ογκογονιδίων. Lassmann et al. μελέτησαν 287 αλληλουχίες στόχους σε Καυκάσιος ορθοκολικού κυττάρου όγκου DNA και βρέθηκε εκτροπές σε συγκεκριμένες περιοχές των χρωμοσωμάτων 7, 8, 13, 17 και 20 [19].

Η

Μελέτες που διερευνούν διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια που προκαλούν καρκινογένεση ή ανάπτυξη όγκων μπορεί να οδηγήσει στην ανακάλυψη συγκεκριμένων στόχων για τη θεραπεία του καρκίνου και να αυξήσει την κατανόηση μας για την διαδικασία της ογκογένεσης. Έχουμε ήδη δημοσιευμένα αποτελέσματα από μια ευρεία ανάλυση του γονιδιώματος των 15 όγκων ΑΑ CRC [20] ότι microduplications είναι κυρίως στα χρωμοσώματα 20q, 8q και 7q ενώ μικροδιαγραφές συμβαίνουν στο 18q, 8ρ και Xp σε συμφωνίες σύνδεσης. Η πιο συχνά ενισχύεται περιοχή ήταν 20q12-13 που περιλαμβάνει τα γονίδια:

TNFSF6B, PTPN1, PRPF6

και

NCOA3

. Τα πιο συχνά διαγράφονται γονίδια ήταν

LPL

(33%),

HIC1

(33%), και

BCL2

(27%) στα χρωμοσώματα 8ρ22, 17p13.3 και 18q21.3, αντίστοιχα. Η μελέτη μας έδειξε ότι υπάρχουν επαναλαμβανόμενες ανωμαλίες στο CRC που αφορούν τα χρωμοσώματα 20, 18, 17, 8, και 7 από κοινού με CRC ασθενείς του Καυκάσου. Επιπλέον, εκτροπές σε χρωμοσώματα 11, 17ρ και το Χ μπορεί να είναι εμφανής σε συμφωνίες σύνδεσης.

Με βάση αυτά τα ευρήματα, υποθέσαμε ότι χρωμοσωμικές εκτροπές σε CRCs από ασθενείς ΑΑ, εάν επικυρώνονται σε μια μεγαλύτερη ομάδα, θα μπορούσε να είναι χρήσιμη για μελετώντας τις φυλετικές διαφορές και τις στατιστικές διαφορές της νόσου στον πληθυσμό ΑΑ. Ως εκ τούτου, ερευνήσαμε το CIN και την κατάσταση σε μια μεγαλύτερη ομάδα των επιπλέον ασθενείς ΑΑ CRC και συγκρίνονται τα αποτελέσματά μας με τα ευρήματα σε Καυκάσιους [19], καθώς και με μια λίστα των γονιδίων καρκίνου του παχέος εντέρου συστάθηκε με Sjöblom et al. με βάση την ανάλυση αλληλουχίας τους 13.023 γονιδίων σε 11 όγκους του παχέος εντέρου [21]. Πραγματοποιήσαμε επίσης μια φειδωλή φυλογενετική ανάλυση όλων των καταγεγραμμένων γονιδιωματικής εκτροπές για τον εντοπισμό γονιδιωματικής υπογραφές που μπορεί να συνδέσει με κλινικά και παθολογικά χαρακτηριστικά των αναλυθεί CRCs. Ο γενικός στόχος της παρούσας μελέτης ήταν να προσδιοριστούν οι χρωμοσωμικές ανωμαλίες στην αφρικανική-αμερικανική CRCs να οριοθετηθούν οι ειδικές γονιδιωματικής γεγονότα της CIN σε αυτό το μεγάλο πληθυσμό κινδύνων.

Υλικά και Μέθοδοι

Δήλωση Ηθικής

η μελέτη εγκρίθηκε από το Διοικητικό συμβούλιο Institutional Review Πανεπιστήμιο Χάουαρντ, και γραπτή, λήφθηκε ενυπόγραφη συγκατάθεση από όλους τους συμμετέχοντες.

ασθενής

επιλογή

χρησιμοποιήθηκαν φρέσκα κατεψυγμένα αρχειοθετημένα δείγματα. Παχέος βιοψίες (n = 30) ελήφθησαν από την αφρικανική-αμερικανική ασθενείς που υποβάλλονται σε κολονοσκόπηση στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Χάουαρντ. Η μελέτη αυτή εγκρίθηκε από το Διοικητικό Συμβούλιο Institutional Review Πανεπιστήμιο Χάουαρντ. Κλινικά δεδομένα που συλλέγονται για κάθε ασθενή που περιλαμβάνονται φυλή, το φύλο, σχετίζονται παρελθόν ιατρικό ιστορικό, τη χρήση φαρμάκων, και το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου του παχέος εντέρου. Οι ασθενείς κρίθηκαν επιλέξιμες εάν κολονοσκόπηση οδήγησε σε μια πρώτη διάγνωση του καρκίνου του παχέος εντέρου, η οποία επιβεβαιώθηκε με ιστοπαθολογική. Από τα ιατρικά αρχεία, κλινικές πληροφορίες συλλέγονται και καταγράφονται με βάση την αμερικανική μεικτής επιτροπής για τον Καρκίνο (AJCC) σύστημα σταδιοποίησης. Όλοι οι ασθενείς σε αυτή τη μελέτη ήταν Αφροαμερικανοί από την αυτο-έκθεση.

επιλογή του δείγματος και την εξαγωγή του DNA για τον πίνακα συγκριτικής γονιδιωματικής υβριδοποίησης (aCGH)

Φρέσκα τμήματα του όγκου κόπηκαν σε τομές πάχους 5 μm σε SuperFrost διαφάνειες (Fisher Scientific, Pittsburgh, PA). Οι περιοχές όγκου και φυσιολογικού οριοθετείται από έναν παθολόγο με χρησιμοποίηση του συμφωνημένα αιματοξυλίνη και ηωσίνη (Η &? Ε) πλακίδιο μικροδιατομή από τον οποίο το DNA εκχυλίστηκε χρησιμοποιώντας κιτ Puregene σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή (Qiagen, Germantown, MD). Ο στόχος της μικροδιατομής ήταν να ελαχιστοποιηθεί η διασταυρούμενη μόλυνση των φυσιολογικών και καρκινικών ιστών, οι οποίες θα μπορούσαν να επηρεάσουν το αποτέλεσμα του πειράματος.

MSI ανάλυση

DNA από τα αναλύθηκαν όγκους χρησιμοποιήθηκε ως ένα εκμαγείο σε PCR αντιδράσεις με πέντε ζεύγη εκκινητών, που αντιστοιχεί στο πρότυπο του πίνακα για την ανίχνευση MSI σε δείγματα καρκίνου του παχέος εντέρου (BAT25, BAT26, NR21, NR22 και NR27), όπως περιγράφηκε προηγουμένως [22], [23], [24]. Τα δείγματα που έδειξαν τουλάχιστον δυο PCR θραύσματα με μεγέθη διαφορετικά από τον άγριο τύπο σημάνθηκαν μικροδορυφορική αστάθεια υψηλά (MSI-H), εκείνες με μόνο ένα δείκτη αστάθεια σημάνθηκαν μικροδορυφορική αστάθεια χαμηλά (MSI-L), ενώ εκείνοι με όλες PCR θραυσμάτων με το αναμενόμενο μέγεθος ήταν χαρακτηρισμένα ως μικροδορυφορικού σταθερό (MSS) [22], [23], [24].

Συγκριτική γονιδιωματική υβριδισμός (CGH) πειράματα

Σε αυτά τα πειράματα, μελετήσαμε το χρωμοσωμική ανωμαλία προφίλ στα δείγματα 30 CRC. αναφοράς ελέγχου μας είτε συμφωνημένα κανονικό ή εμπορικά αγοράζονται φύλο-συμφωνημένα κανονικό DNA (Promega, Wisconsin, WI). Οι ιστοί αξιολογήθηκαν από έναν παθολόγο GI για την ανάλυση των ιστολογικών χαρακτηριστικών, συμπεριλαμβανομένου του μέγεθος, το είδος, τη θέση και παθολογικές κριτήρια των καρκινωμάτων. Ένα ολίγο βασίζεται σε μικροδιάταξη τσιπ που περιέχει 105.000 ανθρώπινα ανιχνευτές (Agilent, Santa Clara, CA? Www.agilent.com) χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση CGH. Για κάθε πείραμα aCGH, χρησιμοποιήθηκαν 1,5 μg του DNA αναφοράς και 1.5 μg του όγκου DNA. Εν συντομία, τα δοκιμής και αναφοράς DNAs υπέστησαν πέψη με

Alu

Ι και

Rsa

Ι (Promega, Madison, WI), και καθαρίστηκε με τη QIAprep Spin Miniprep κιτ (Qiagen, Germantown, MD) . Τεστ DNA (1.5 μg) και το DNA αναφοράς (1,5 μg? Promega) επισημάνθηκαν με τυχαία έναρξη με Cy5-dUTP και Cy3-dUTP, αντιστοίχως, με τη χρήση της Agilent Genomic DNA Labeling Kit Plus. Μετά την αντίδραση σήμανσης, τα ατομικά σημασμένο δείγματα δοκιμής και αναφοράς συμπυκνώθηκαν χρησιμοποιώντας Microcon ΥΜ-30 φίλτρα (Millipore, Billerica, ΜΑ) και, στη συνέχεια, συνδυάζονται. Μετά από μετουσίωση καθετήρα και προ-ανόπτησης με

Cot-1 DNA

, διεξήχθη υβριδισμός στους 65 ° C με περιστροφή για 40 ώρες στους 20 rpm. Τέσσερα στάδια έγιναν με Agilent Ολίγο CGH πλύσεις: ρυθμιστικό διάλυμα πλύσης 1 σε θερμοκρασία δωματίου για 5 λεπτά, ρυθμιστικό διάλυμα πλύσης 2 στους 37 ° C για 1 λεπτό, ένα ξέβγαλμα ακετονιτρίλιο σε θερμοκρασία δωματίου για 1 λεπτό και ένα πλύσιμο 30 sec σε θερμοκρασία δωματίου σε της Agilent σταθεροποίηση και ξήρανση λύση. Όλες οι διαφάνειες σαρώθηκαν σε ένα σαρωτή μικροσυστοιχιών Agilent DNA. Δεδομένων, συμπεριλαμβανομένων Αντιγραφή Παραλλαγές Αριθμός ελήφθησαν από Agilent λογισμικού Χαρακτηριστικό Εξόρυξη 9 και αναλύονται με Agilent Γονιδιωματική Workbench 5.0 λογισμικό, κάνοντας χρήση των στατιστικών αλγορίθμων z σκορ και ADM-2 σύμφωνα με το όριο ευαισθησίας αντίστοιχα σε 2,5 και 6,0 και ένα κινούμενο μέσο όρο παράθυρο των 0,2 Mb. δεδομένα χαρτογράφησης αναλύθηκαν για την αλληλουχία του ανθρώπινου γονιδιώματος με τη χρήση της βάσης δεδομένων NCBI την κατασκευή 35, επίσης γνωστή ως hG17 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov).

Υπολογιστική ανάλυση των γονιδίων που στοχεύει αριθμό αντιγράφων εκτροπές

για να προσδιορίσετε αν συγκεκριμένα γονίδια είχαν κερδίζεται ή χάνεται σε κάθε δείγμα όγκου, συγκρίναμε τις γονιδιωματικές θέσεις αυτών των γονιδίων με τις κερδίσει και χάσει διαστήματα στο «IntervalBasedReport» παράγεται (ADM-2) για κάθε περίπτωση από την array CGH λογισμικού. Για να γίνει αυτή η σύγκριση, έχουμε αναπτύξει UNIX scripts και προγράμματα σε C και Perl. Μέρος της IntervalBasedReport είναι το μέγεθος της κάθε κέρδος ή ζημία, η οποία μας έδωσε τη δυνατότητα να φιλτράρετε τα προκύπτοντα αποτελέσματα από την τάξη μεγέθους τους και να κρατήσουν μόνο τα γεγονότα που ήταν πάνω από το όριο του 1,2 φορές για τα κέρδη και κάτω από το όριο 0,8 φορές για απώλειες.

Φειδωλότητας φυλογενετική ανάλυση των CGH μικροσυστοιχιών δεδομένων

ανάλυση δεδομένων μικροσυστοιχιών γενικά επικεντρώνονται σε συγκεκριμένα γονίδια των γνωστών σχέση με την παθολογία στο χέρι. Εδώ, έχουμε λάβει όλα τα χρωμοσωμικές εκτροπές υπόψη για τη διεξαγωγή μιας φειδώ φυλογενετική ανάλυση. Εν συντομία, για να ανακαλύψει την κατανομή των ανωμαλιών για κάθε δείγμα σε σχέση με τις συνολικές παρεκκλίσεις όλων των δειγμάτων η παρακάτω διαδικασία διεξήχθη: όλες οι εκτροπές όλων των δειγμάτων καρκίνου συνοψίστηκαν και τα διπλότυπα αφαιρεθεί? κατάλογος εκτροπές κάθε δείγμα που συγκρίθηκε με το συνολικό κατάλογο των εκτροπών και κάθε εκτροπή σκόραρε ως παρόν (1) ή απουσιάζει (0), η εκτίμηση αυτή πολικότητα παρήγαγε μια νέα μήτρα δεδομένων των δεδομένων CGH. Η νέα μήτρα δεδομένων υποβλήθηκε σε επεξεργασία για μέγιστη φιλαργυρία με αλγόριθμο MIX (της αναλυτικής πακέτο ΡΗΥίΙΡ για την παραγωγή των cladograms.

Η στατιστική ανάλυση

Αριθμητική δεδομένα εκφράζονται ως μέση τιμή ± τυπική απόκλιση (SD). έλεγχος τ ή ανάλυση διακύμανσης (ANOVA) μονόδρομος χρησιμοποιήθηκαν για τη σύγκριση των μέσων. κατηγορικές μεταβλητές συγκρίθηκαν χρησιμοποιώντας το τεστ chi-square. Ρ-τιμές μικρότερες από 0,05 θεωρήθηκαν σημαντικές. η στατιστική ανάλυση πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το SPSS 19.0 πακέτο λογισμικού (IBM Corp., Somers, Νέα Υόρκη, ΗΠΑ).

η

Αποτελέσματα

Χαρακτηριστικά των δειγμάτων που αναλύθηκαν

ομάδα μελέτης μας αποτελείται από 30 καρκίνοι του παχέος εντέρου από ασθενείς ΑΑ. Τα αρσενικά και τα θηλυκά εκπροσωπούνται ισότιμα ​​σε αυτή την ομάδα. Η μέση ηλικία ήταν 63,5 [SD = 1.1]. Οι όγκοι αφέθηκαν όψης σε 9 ασθενείς (5 άνδρες και 4 γυναίκες) και δεξιά όψης σε 21 ασθενείς (10 άνδρες και 11 γυναίκες). οι περισσότεροι όγκοι (n = 27) ήταν μετρίως διαφοροποιημένων, ο ένας ήταν ελάχιστα διαφοροποιείται, ενώ δύο ήταν καλά διαφοροποιημένο. Οι μισοί από τους όγκους (n = 15) ήταν από το στάδιο 3, εννέα όγκοι ήταν το στάδιο 2, τρεις ήταν στάδιο 4, και τα τρία ήταν σταδίου 1 (Πίνακας 1).

MSI ανάλυση

Αποτελέσματα MSI ελήφθησαν για όλους τους ασθενείς σε αυτή τη μελέτη. Από αυτά τα 30 δείγματα, 21 ήταν μικροδορυφόρων σταθερή, 4 ήταν μικροδορυφόρων ασταθή-χαμηλή (MSI-L) και 5 ήταν MSI-H. Όλες οι όγκοι MSI-H ήταν εγγύς ενώ οι όγκοι MSI-L ήταν εξίσου κατανεμημένα σε όλη του παχέος εντέρου. Δεν ενώσεις βρέθηκαν με άλλα κλινικά και δημογραφικά δεδομένα. (Πίνακας 2).

Genomic μεταβολές σε διάφορα χρωμοσώματα

Όλα χρωμοσώματα στέγαζε ένα φάσμα αλλοιώσεων πολλαπλούς όγκους. Τα χρωμοσώματα που είχαν τις λιγότερες εκτροπές ήταν τα χρωμοσώματα 15 και 21, με 16 και 19 αντίστοιχα εκτροπών? χρωμοσώματος 8 είχαν τις περισσότερες εκτροπές (n = 48). Άλλες χρωμοσώματα με μετρήσεις υψηλής εκτροπή ήταν χρωμοσώματα 3, 5 και 7 με 44, 41 και 47 εκτροπές αντίστοιχα. Αρσενικοί και θηλυκοί ασθενείς εμφάνισαν μια παρόμοια κατανομή των αλλοιώσεων, εκτός από τρία χρωμοσώματα: 1) χρωμόσωμα Χ πρωτίστως ενισχύθηκε σε άνδρες (10/15 αρσενικά έναντι 4/15 θηλυκά), 2) χρωμόσωμα 20 επίσης μεταβληθεί κυρίως σε άνδρες ασθενείς, και 3) του χρωμοσώματος 18 είχαν περισσότερες μεταβολές στις γυναίκες.

Γονιδιωματική μεταβολές ανά περίπτωση

Ένα σύνολο 764 εκτροπές αναφέρθηκαν για όλα τα δείγματα (με μέσο όρο 25,46 ανά όγκο). Ο όγκος με το λιγότερο αριθμό των εκτροπών είχε 2, ενώ το ένα με πιο εκτροπές είχε 99. Ο ασθενής με τον υψηλότερο αριθμό εκτροπών ήταν 51 Έτη με έναν όγκο στάδιο 2, ενώ το ένα με τις λιγότερες εκτροπές ήταν ένα 65 ετών άνδρας με ένα νεόπλασμα στάδιο 1. Συνολικά, ο αριθμός των χρωμοσωμικών ανωμαλιών δεν φάνηκε να είναι είτε ηλικία ή το στάδιο που σχετίζονται με (Πίνακες 1 & amp? 3). Οι 15 γυναίκες ασθενείς είχαν ένα σύνολο 358 εκτροπών με μέσο όρο 23,8 ανά ασθενή. Οι άρρενες ασθενείς είχαν 406 εκτροπών με μέσο όρο 27 ανά όγκου. Η στατιστική ανάλυση έδειξε ότι ο αριθμός των εκτροπών ανά δείγμα δεν συνδέουν με κάθε κλινική ή δημογραφική παραμέτρων (Πίνακας 4). Μια εξαίρεση σε αυτόν τον κανόνα ήταν οι όγκοι MSI-H που έδειξε λιγότερες αποκλίσεις σε σύγκριση με μη MSI-H CRC, αλλά δεν υπήρχαν αρκετά δείγματα MSI-H για να επιτευχθεί σημαντική (Πίνακας 4).

Σύγκριση της δεδομένων aCGH με το CRC ΜΠΟΡΕΙ γονίδια

μια σύγκριση των δεδομένων μας aCGH με μια λίστα των 68 γονιδίων που εντοπίζονται μέσω της αλληλουχίας των 11 παχέος εντέρου καρκινικών όγκων αποκάλυψε ότι όλα αυτά τα γονίδια, εκτός από

ACTL9

να έχουν αλλοιωθεί σε τουλάχιστον μία από τις 30 όγκων αναλύθηκαν εδώ. Τα τροποποιημένα γονίδια έδειξαν διαφορετικές συχνότητες και τύπων εκτροπές (Πίνακας 5). Σε σύγκριση με τους Καυκάσιους, οι ακόλουθες γονίδια κυρίως ενισχύθηκαν σε πληθυσμό AA:

ADAMST18, CD248, CSMD3, EPHB6, ERGIC3, EXOC4, GALNS, Gnas, KR73. LMO7, MLL3, ΜΜΡ2, NF1RUNX1T1, SFRS6SLC29A1, SLC44A4TP53, UQCRC2

, και

ZNF442

. Αυτά τα γονίδια ενισχύθηκαν σε τουλάχιστον ένα τρίτο των δειγμάτων που ελέγχθηκαν. Διαγραφές ήταν λιγότερο διαδεδομένες και οι πιο συχνά διαγράφονται τα γονίδια στον κατάλογο υποψήφιων ουσιών είναι τα εξής:

ADAM29, APC, FBXW7, HAPLN1, NF1, SMAD2, Smad4,

και

TP53

.

SMAD2

και

Smad4

διαγράφηκαν σε 16 από τα 30 δείγματα (Πίνακας 5).

Η

Συγκριτική ανάλυση των δεδομένων aCGH μεταξύ ΕΑ και Καυκάσιων

Lassmann et al. εξέτασε την κατάσταση εκτροπή των 41 γνωστών ογκογονιδίων και ογκοκατασταλτικών γονιδίων στα δεδομένα CGH από 22 Καυκάσιους [19]. Συγκρίναμε τα αποτελέσματα της ανάλυσής τους με τα δεδομένα μας από την αμερικανική ασθενείς της Αφρικής. Συνολικά, οι δύο πληθυσμοί εμφανίζονται παρόμοια προφίλ εκτροπή για τα γονίδια που παρατίθενται στον Πίνακα 5. Ωστόσο, ορισμένες διαφορές παρατηρήθηκαν για τα ακόλουθα γονίδια?

thrB, RAF1, LPL, DCC, XIST, PCNT, STS,

καθώς και πολλά γονίδια σχετικά με το 20q12-q13 cytoband (Πίνακας 5, Εικόνα 1)

Η

NC.: Δεν υπάρχουν αλλαγές, C: Αλλαγές, Ν: αριθμός δειγμάτων στη συστάδα-The άλλων ψηφίων εντός των clusters αντιστοιχούν στον κόμβο αριθμούς

η

η φυλογενετική ανάλυση της CRC aCGH δεδομένων

Ένα ανώτατο φιλαργυρία φυλογενετική ανάλυση διεξήχθη στα στοιχεία CGH μέσω αλγορίθμου MIX (της αναλυτικής πακέτο ΡΗΥίΙΡ [25]) για την παραγωγή του φυλογενετική cladogram. Το παραγόμενο cladogram χωριστεί σε δύο κύριους κλάδους και οι διχοτόμηση και περαιτέρω υποδιαιρέσεις σε ομάδες συνοψίζονται σχηματικά στην Εικόνα 2. Μία clade περιλαμβάνονται 22 ασθενείς (δεξιάς CRC: 63%? Αρσενικά: 50%? Ανώτερο στάδιο [& gt? 2]: 59%) που περιλάμβανε όλα τα δείγματα MSI-H. Ο άλλος κλάδος που περιλαμβάνονται 8 ασθενείς (δεξιάς CRC: 87%? Αρσενικά: 50%? Ανώτερο στάδιο & gt? 2: 71%, όλα ήταν μη-MSI Η πρώτη κλάδος των 22 ασθενών περαιτέρω χωρίζεται σε δύο μικρότερες ομάδες με 14. (δεξιάς CRC: 57%? αρσενικά: 43%? ανώτερο στάδιο [& gt? 2]: 43%) και 8 (δικαίωμα όψης CRC: 75%? αρσενικά: 62%? ανώτερο στάδιο [& gt? 2]: 87%, . ρ = 0.04) ασθενείς Αξίζει να σημειωθεί ότι το 80% (4/5) του MSI-H όγκους συγκεντρώνονται εντός clade τους 14 ασθενείς (Σχήμα 2) Όλες αυτές οι όγκοι έχουν ένα πολύ χαμηλό αριθμό εκτροπών (& lt?. 15 ). Το μόνο MSI-H όγκου που δεν ομαδοποιούνται με τους άλλους έχουν υψηλό αριθμό εκτροπών (63) και ως εκ τούτου, πιθανότατα οδηγείται από χρωμοσωμική αστάθεια και όχι από μικροδορυφόρων αστάθεια.

Συζήτηση

μελέτες γονιδιώματος σε επίπεδο έχουν τη δυνατότητα να αποκαλύψει γενετικούς δείκτες που μπορεί να εξηγήσει την υψηλότερη συχνότητα εμφάνισης ορθοκολικού καρκίνου στην αφρικανική αμερικανικού πληθυσμού. Έχουμε διεξάγει στο παρελθόν αρκετές μελέτες σχετικά με τον ρόλο της MSI, μεθυλίωση των γονιδίων μπορεί και μεταλλάξεις γνωστά γονίδια όπως BRAF και KRAS (21-23, 25), καθώς και μια ανάλυση aCGH σε μικρότερο αριθμό του ΚΕΣ από πληθυσμό ΑΑ (19). Αυτές οι μελέτες συνέβαλαν στην αποκάλυψη ορισμένες από τις ειδικές γενετικές και επιγενετικές μεταβολές που συμβαίνουν σε αυτόν τον πληθυσμό. Στο παρόν, δεν εκπονήθηκε μετά από προηγούμενη εργασία μας και πραγματοποίησαν μια μικροδορυφορικού ανάλυση αστάθειας καθώς και ανάλυση ολόκληρο το γονιδίωμα του αριθμού αντιγράφων εκτροπές στο CRC από ασθενείς ΑΑ (n = 30), με στόχο την εξεύρεση επικαλυπτόμενες αλλαγές μεταξύ των δύο αυτών τύπων παραλλαγές του DNA. Πιο συγκεκριμένα, φυλογενετική ομαδοποίηση των όγκων με βάση τα δεδομένα αριθμού αντιγράφου χρησιμοποιήθηκε για να αποδείξει ότι το MSI-H όγκων σύμπλεγμα μαζί στο υπόβαθρο της ευρείας χρωμοσωμική αστάθεια, ένα παράδειγμα που έχει ελάχιστα κατανοητή στο παρελθόν.

Η πληθυσμού ΑΑ αναλύονται σε αυτή τη μελέτη ήταν σχετικά νεότεροι (μέση ηλικία 63,5 έτη) αντανακλώντας τη δυσανάλογη επιβάρυνση των CRC μεταξύ των αφρικανικών Αμερικανών [26], [27]. Εβδομήντα τοις εκατό των όγκων ήταν εγγύς επιβεβαιώνει μια παρατηρείται με βάση τον πληθυσμό τάση για την τοποθεσία του όγκου σε αυτόν τον πληθυσμό. Ενώ το 90% των όγκων ήταν μετρίως διαφοροποιημένο, περισσότερο από το 60% ήταν υψηλότερες από το στάδιο 2. Αυτά τα δεδομένα υποδηλώνουν ότι πολλοί από αυτούς τους όγκους θα είχε αποδιαφοροποιημένα σε σύντομο χρονικό διάστημα οδηγεί σε διεισδυτικότητα και τη μετάσταση τους. Τα δεδομένα αυτά στο σύνολό τους ρίξει κάποια στοιχεία σχετικά με την υψηλότερη συχνότητα εμφάνισης και την επιθετικότητα του CRC στην ΕΑ από την κλινική και παθολογική άποψη.

Η ανάλυση MSI αποκάλυψε ότι 5 από τους 30 δοκιμαστεί όγκους ήταν MSI-H (17%). Αυτό το ποσοστό MSI-H παραμένει υψηλότερο από αυτό που αναφέρθηκε στο γενικό πληθυσμό [24]. Αξίζει επίσης να σημειωθεί ότι 4 όγκοι ήταν MSI-L.

Υπήρχε ένα μέσο όρο του αριθμού 25.46 αντίγραφο εκτροπές ανιχνεύονται ανά όγκου με βάση τα αποτελέσματά μας aCGH. Οι όγκοι MSI-H μόνη παρουσίασαν χαμηλότερο ποσοστό 19,0 εκτροπών, ενώ οι μη-MSI-H όγκων έδειξε 26,7 ανά όγκο. Αυτή η ποσοτική διαφορά υποστηρίζεται από την ιδέα ότι οι όγκοι MSI-L, σε αντίθεση με αυτά που MSI-H, γενικά οδηγείται από χρωμοσωμική αστάθεια [28]. Ο συνολικός αριθμός των εκτροπών δεν φαίνεται να σχετίζεται με κάποια από τις παραμέτρους κλινικο-παθολογική (Πίνακας 4). Υπήρχαν όγκων με μεγαλύτερο αριθμό των εκτροπών που φαίνεται να έχουν το φαινότυπο CIN, ενώ υπήρχαν άλλοι με λιγότερες ανωμαλίες που είναι πιο πιθανό ένα τυχαίο-εκδήλωση της MSI ή έχουν το φαινότυπο CIMP. Η ανάλυσή μας CGH λίγων κολονικής αδενώματα αποκάλυψε πιο σταθερή καρυότυποι με λιγότερες εκτροπές (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

χρωμοσώματα 3, 5, 7 και 8 ήταν οι πιο συχνά μεταβάλλονται στην ομάδα μας των ασθενών. Υπάρχουν αρκετές δημοσιεύσεις αναφέρουν ότι αυτά τα χρωμοσώματα περιέχουν τα γονίδια του καρκίνου που είναι σχετικές με τον καρκίνο του παχέος εντέρου, καθώς και σε άλλους καρκίνους. Χρωμόσωμα 3 περιέχει

MLH1,

ένα γονίδιο επιδιόρθωσης αταίριαστων βάσεων του DNA που οδηγεί στο φαινότυπο MSI-H μετά τη διαγραφή, μετάλλαξη ή μεταγραφή αποσιώπηση της [29].

PPM1L,

ένα άλλο γονίδιο CRC στο χρωμόσωμα 3, φάνηκε να έχει μεταβλητό αριθμό αντιγράφων σε APC-αρνητικών οικογενή αδενωματώδη πολυποδίαση CRC [30]. Χρωμόσωμα 5 εμφανιστεί 41 εκτροπές κατανέμεται εξίσου μεταξύ των διαγραφών και ενισχύσεις [20/21].

APC

είναι ένα σημαντικό γονίδιο CRC στο χρωμόσωμα 5?

APC

παίζει σημαντικό ρόλο στα πρώιμα στάδια για CRC γεγονότα τόσο στο σποραδικό CRC καθώς και σε κληρονομικό σύνδρομο FAP [31]. Χρωμοσώματος 7 περιέχει γονίδια επιστάτη, όπως

PMS2

[32], ένα γονίδιο επιδιόρθωσης του DNA, και εγγυημένα παραδοσιακά ιδιότυπα προϊόντα, όπως

PIK3CG

[33]. Δεδομένου ότι τα εγγυημένα παραδοσιακά ιδιότυπα προϊόντα αναμένεται να διαγραφούν, το δυσανάλογο ποσό των κερδών [35 πολλαπλασιασμούς /12 διαγραφές] στο χρωμόσωμα 7 είναι αρκετά ενδιαφέρουσα. Χρωμοσώματος 8 ήταν το ένα με πιο εκτροπές [25 πολλαπλασιασμοί /23 διαγραφές]. Αυτό χρωμόσωμα είναι γνωστό ως το σημείο πρόσβασης για την εξέλιξη του όγκου CRC [34].

Ένα άλλο χρωμόσωμα με ένα ενδιαφέρον πρότυπο εκτροπών ήταν χρωμόσωμα Χ, με 24 εκτροπές (14 πολλαπλασιασμοί /20 διαγραφές). Αυτό το χρωμόσωμα έχει περιγραφεί ως μεταφορέας των ΕΠΠΕ. προηγούμενα ευρήματα μας, τα ευρήματα Περαιτέρω στήριξη της τρέχουσας αποτελέσματά μας ότι το χρωμόσωμα Χ κατά προτίμηση ενισχύθηκε σε ασθενείς αρσενικό CRC [20]. Πράγματι, 10 από τα 15 άρρενες ασθενείς εμφανίζεται ενίσχυση για χρωμόσωμα Χ σε σύγκριση με μόνο 4 γυναίκες ασθενείς. Ένα παρόμοιο εύρημα παρατηρήθηκε σε ασθενείς ιαπωνικό αρσενικό CRC [35]. Αυτή η ενίσχυση θα μπορούσε να υποδηλώνει ότι οι γυναίκες με το Χ χρωμόσωμα αλληλομόρφων ανισορροπία μπορεί να είναι πιο επιρρεπείς στην ανάπτυξη καρκίνων.

Μια σύγκριση των δεδομένων μας με αυτά που λαμβάνονται σε Καυκάσιους [19] για 41 γνωστά ογκογονίδια και ΕΠΠΕ αποκάλυψε συνολικά ένα παρόμοιο προφίλ εκτροπή στους δύο πληθυσμούς. Ένα ενδιαφέρον γονίδιο που δείχνει τον πληθυσμό-ειδικά πρότυπα είναι

Xist

, ένα γονίδιο RNA X της οποίας η έκφραση καθορίζει το μοτίβο του χρωμοσώματος Χ αδρανοποίηση στις γυναίκες [36].

Xist

ενισχύθηκε σε περίπου το ένα τρίτο των δύο Καυκάσου και όγκων ΑΑ, αλλά διεγράφη μόνο σε αο (13%). Άλλες X- γονίδια των χρωμοσωμάτων που σχετίζονται με τις διαφορές μεταξύ των πληθυσμών ήταν

STS

(στεροειδή σουλφατάσης) που έχει διαγραφεί κυρίως σε Καυκάσιους και ενισχύθηκαν σε συμφωνίες σύνδεσης και

KAL1,

με ένα μοτίβο παρόμοιο με

Xist

.

STS

Είναι γνωστό ότι εμπλέκεται σε θηλυκά καρκίνους, όπως ο καρκίνος ωοθηκών και του μαστού [37], [38], αλλά όχι πολύ είναι γνωστά για το δυναμικό ρόλο της στην CRC.

KAL1

ενισχύθηκε και διαγράφονται σε διάφορα υποσύνολα των ασθενών ΑΑ μας. Jian et al. έχουν δείξει ότι

KAL1

γονιδιακή έκφραση είναι μειωμένη σε πρώιμο στάδιο και αυξημένη σε μεταγενέστερα στάδια καρκίνου [39]. διαλογή τους παχέος εντέρου, του πνεύμονα και των πάνελ cDNA του καρκίνου των ωοθηκών υποδεικνύεται σημαντική μείωση στο

KAL1

έκφρασης σε σύγκριση με ταιριάζουν noncancerous ιστούς. Η έκφραση αυτή αυξήθηκε με την εξέλιξη του καρκίνου από νωρίτερα (Ι και ΙΙ) αργότερα (III και IV) τα στάδια του καρκίνου. Τα ευρήματα αυτά θα μπορούσαν να αντανακλούν το γεγονός ότι οι χρωμοσωμικές ανωμαλίες που παρατηρούνται στο σύνολο μας δείγματα είναι το στάδιο-ειδικό. Μεταξύ αυτοσωματικό γονίδια,

DCC

(Διαγράφηκε στον Καρκίνο του παχέος εντέρου) διαγράφηκε το 50% των περιπτώσεων, σε αντίθεση με Καυκάσιους, όπου ήταν πιο συχνά ενισχύεται από διαγράφεται. κατάστασή του στην ΕΑ είναι περισσότερο σύμφωνη με γνωστή λειτουργία του ως ΕΠΠΕ και η απώλεια κατά τη διάρκεια του παχέος εντέρου ογκογόνο μετασχηματισμό [40]. Δύο συνεχόμενα γονίδια στο χρωμόσωμα 3,

thrB

και

RAF1

ενισχύονται κυρίως στην ΕΑ, ενώ τα ίδια γονίδια διαγράφηκαν σε Καυκάσιους.

thrB

γονίδιο δείχθηκε ότι δρα ως ένα ογκογονίδιο σε καρκίνωμα του θυρεοειδούς [41], αλλά όχι πολύ είναι γνωστά για τον πιθανό ρόλο της στον καρκίνο του παχέος εντέρου.

RAF1

είναι γνωστό ότι εμπλέκεται σε πολλούς καρκίνους (μελάνωμα, γαστρικό και προστάτη) μέσω γονιδιακής αναδιατάξεις μαζί με άλλα γονίδια της οικογένειας RAF [42]. Τρία γονίδια στο χρωμόσωμα 20 (

TPD521.2, TOP1

και

TNFRSF6B

) έδειξε μια πολύ υψηλότερη συχνότητα της ενίσχυσης στην ΕΑ από ό, τι στους Καυκάσιους. Δεν γνωρίζουμε πολλά πράγματα για

TPD521.2

.

TOP1

υψηλότερη έκφραση φάνηκε να σχετίζεται με τον καρκίνο του μαστού, όπου είναι ένας προγνωστικός δείκτης της κακής πρόγνωσης [43], αλλά ο ρόλος της στον καρκίνο του παχέος εντέρου δεν έχει τεκμηριωθεί εξουδετέρωση αντισώματος της

TNFRSF6B

σε ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα κυτταρικές σειρές ανέστειλε πολλαπλασιασμό και την απόπτωση που επάγεται [44]. Το εύρημα αυτό συμφωνεί με την υψηλότερη συχνότητα ενίσχυση του γονιδίου αυτού στην ομάδα μας.

Όταν συγκρίναμε τα δεδομένα μας σε μια άλλη λίστα γονίδιο συστάθηκε με Sjöblom et al. [21], ανακαλύψαμε ότι οι περισσότεροι από αυτά τα γονίδια επίσης τροποποιήθηκαν στον πληθυσμό μας (Πίνακας 6), με 10 γονίδιο που διαγράφεται κυρίως και 19 κατά προτίμηση ενισχύονται.

TP53

ήταν εξίσου ενισχύονται και διαγράφονται στο σύνολο μας δειγμάτων (σε 10 από 30). Είναι γνωστό ότι η ρ53 (ΤΡ53) είναι ένα ογκοκατασταλτικό γονίδιο [45], η οποία ταιριάζει περισσότερο για το προφίλ διαγραφή του και όχι ενίσχυση της.

SMAD2

και

Smad4

ήταν οι πιο συχνά διαγράφονται γονίδια σε αυτή την ομάδα (σε 16 από τις 30). Έχουμε αναφερθεί στο παρελθόν ένα διαφορετικό αποτέλεσμα στο aCGH ανάλυσή μας της 15ης όγκων ΑΑ του παχέος εντέρου [20]. Ωστόσο, με περισσότερα δείγματα (n = 30) και να βελτιωθεί το λογισμικό ανάλυσης (Genomic Workbench 6.5), παρουσιάζει τα ευρήματά μας είναι περισσότερο ευθυγραμμισμένη με τη γνωστή κατάσταση ΕΠΠΕ σε πολλούς καρκίνους [46]. Νευροφιμπρομίνης (NF1) που χάνεται επίσης σε πολλά δείγματα από ομάδα μας είναι γνωστό ότι δρα μια TSG στο παχύ έντερο στρέφοντας την ενεργό μορφή της Ras σε ανενεργό μορφή [47]. FBXW7, ένα συστατικό του (πρωτεΐνη Skp1 /Cullin /F-box) SCF Ε3 ουμπικουιτίνης συγκρότημα λιγάση, δρα ως καταστολέας όγκων σε αρκετούς ιστούς και στοχεύει πολλές μεταγραφικοί ενεργοποιητές και πρωτο-ογκογονίδια για την αποδόμηση διαμεσολαβείται από ουβικουϊτίνη. Το γονίδιο

FBXW7

, το οποίο διαγράφεται σε πολλά από τα δείγματα μας, οι επιρροές ποντικού εντερική ομοιοστασία και τον καρκίνο, με στόχο Notch, Ιουν, και DEK για την υποβάθμιση [48].

Όσον αφορά τα ενισχυμένα γονίδια, CD248 (ΤΕΜ-1) ενίσχυση σε 11 δείγματα θα μπορούσε να δικαιολογηθεί από καθιερωμένο ρόλο της στην αγγειογένεση του όγκου [49]. Ενώ

EPHB6

ενισχύεται σε ομάδα μας, η λειτουργία του είναι γνωστό ότι είναι ένας καταστολέας μετάσταση σε μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα [50], υποδηλώνοντας ότι έχει μια διαφορετική λειτουργία στον ιστό του παχέος εντέρου που χρειάζεται να χαρακτηρίζονται περαιτέρω . Ένα άλλο εκπληκτικό ασυμφωνία είναι ότι

ΜΜΡ2

ενισχύθηκε σε ιστούς AA CRC μας, ενώ η χρήση του 2 αναστολέων /ΜΜΡ1 έχει αποδειχθεί ότι προάγει κυτταρική εισβολή των κυτταρικών σειρών CRC in vitro [51].

Gnas

δείχθηκε να ενεργοποιηθεί μέσω ενίσχυσης κυρίως στον καρκίνο των ωοθηκών [52], καθώς και μέσω ενεργοποίησης μεταλλάξεων σε καρκίνο του παχέος εντέρου [53]. Τα στοιχεία μας εδώ επιβεβαιώνουν ότι η ενεργοποίηση Gnas μέσω ενίσχυσης εμφανίζεται στο παχύ έντερο, όπως καλά.

Gnas

φάνηκε να δρα μέσω της ενεργοποίησης της Wnt και μονοπάτια ERK1 /2 ΜΑΡΚ όπως φαίνεται στο Αρο (Min /+) ποντίκια [53].

LMO7

, ενισχύθηκε επίσης σε δείγματα μας, αποδείχθηκε ότι μεσολαβούν κυττάρου-ειδική ενεργοποίηση των Rho-MRTF_SRF μονοπάτι, όπου παίζει ένα σημαντικό ρόλο στην μαστού καρκινικά κύτταρα μετανάστευση [54]. Ενώ η παραπάνω συζήτηση επικεντρώνεται σε γονίδια που ήδη είναι γνωστό ότι είναι ογκογονίδια ή εγγυημένα παραδοσιακά ιδιότυπα προϊόντα που βασίζονται σε προηγούμενες μελέτες, οι περισσότερες από τις ανωμαλίες που καταγράφηκαν από CGH επηρεάζουν τα γονίδια χωρίς σχολιασμένο ρόλο στον καρκίνο. Χρησιμοποιήσαμε την εμφάνιση αυτών των σχολιαζομένων εκτροπές σε μια φυλογενετική ανάλυση ομαδοποίησης των όγκων με βάση όλες τις καταγράφονται εκτροπές για να δούμε πώς αυτοί οι όγκοι μπορεί να σχετίζονται μεταξύ τους και αν κάποια κλινική, παθολογική ή μοριακών παραμέτρων θα μπορούσε να οδηγήσει την φύση των χρωμοσωμικών ανωμαλιών στο πλαίσιο μιας δεδομένου όγκου.