Αφηρημένο

καρκίνου της ουροδόχου κύστης είναι η πέμπτη πιο κοινή μορφή καρκίνου στις Ηνωμένες Πολιτείες, και τον εντοπισμό γενετικών δεικτών που μπορεί να προβλέψει την ευαισθησία σε πληθυσμό υψηλού κινδύνου είναι πάντα απαραίτητη. Ο σκοπός της μελέτης μας είναι να προσδιοριστεί αν οι γενετικές παραλλαγές στον παράγοντα-βήτα (TGF-β) μονοπάτι μετασχηματιστικής ανάπτυξης που σχετίζονται με τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Εντοπίσαμε 356 πολυμορφισμούς μονού νουκλεοτιδίου (SNPs) σε 37 βασικά γονίδια από αυτή την οδό και να αξιολογείται η ένωσή τους με τον κίνδυνο καρκίνου σε 801 περιπτώσεις και 801 μάρτυρες. Σαράντα ένα SNPs συσχετίστηκε σημαντικά με τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου, και μετά την προσαρμογή για πολλαπλές συγκρίσεις, 9 παρέμειναν σημαντικές (

Q

-τιμή ≤0.1). ανάλυση χρωμοσωμάτων περαιτέρω αποκάλυψε τρεις απλοτύπων μέσα σε

VEGFC

και δύο απλοτύπων σε

EGFR

ήταν σημαντικά σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης σε σύγκριση με την πιο κοινή απλότυπος. Ταξινόμηση και ανάλυση δέντρο παλινδρόμησης περαιτέρω αποκάλυψε πιθανές αλληλεπιδράσεις γονίδιο-γονίδιο υψηλής τάξης, με το

VEGFC:

rs3775194 είναι η αρχική διάσπαση, γεγονός που υποδηλώνει ότι αυτή η παραλλαγή είναι υπεύθυνη για την πιο διακύμανση του κινδύνου. Τα άτομα που φέρουν το κοινό γονότυπο για

VEGFC

: rs3775194 και

EGFR

: rs7799627 και η παραλλαγή γονότυπο για

VEGFR

: rs4557213 είχε 4,22 φορές αύξηση του κινδύνου, μια πολύ μεγαλύτερο μέγεθος αποτέλεσμα από αυτό που ανατίθενται με κοινή γονότυπο για

VEGFR

: rs4557213. Η μελέτη μας παρέχει τις πρώτες επιδημιολογικές ενδείξεις που υποστηρίζουν μια σύνδεση μεταξύ των παραλλαγών της οδού TGF-β και τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης

Παράθεση:. Wei H, Kamat AM, Aldousari S, Ye Υ, Huang Μ, Dinney CP, et al. (2012) Γενετικές Μεταβολές στην Transforming Growth Factor Beta Pathway ως προγνωστικοί παράγοντες της ουροδόχου κύστης κινδύνου. PLoS ONE 7 (12): e51758. doi: 10.1371 /journal.pone.0051758

Επιμέλεια: Yan Γκονγκ, Κολέγιο Φαρμακευτικής, Πανεπιστήμιο της Φλόριντα, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 9η Μάη του 2012? Αποδεκτές: 5, Νοέμβρη του 2012? Δημοσιεύθηκε: 12, Δεκεμβρίου του 2012

Copyright: © 2012 Wei et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Το παρόν έργο υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις από τα Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας (U01 CA 127615, R01 CA 74880, Ρ50 CA 91846, και R01 CA 131335) (www.NIH.org). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

καρκίνου της ουροδόχου κύστης επηρεάζει συνήθως τους ηλικιωμένους και τους άνδρες, με κατ ‘εκτίμηση 73.510 νέα κρούσματα και 14.880 θανάτους στις Ηνωμένες Πολιτείες το 2012 [1]. Σημαντικοί παράγοντες κινδύνου για καρκίνο της ουροδόχου κύστης περιλαμβάνουν το ανδρικό φύλο, ηλικία, το κάπνισμα, και την επαγγελματική έκθεση σε αρωματικές αμίνες [2]. Αναγνωρίζεται όλο και περισσότερο ότι η γενετική προδιάθεση μπορεί να συμβάλει στην καρκινογένεση του καρκίνου της ουροδόχου κύστης [3]. Ως εκ τούτου, εντοπίζοντας τα άτομα επιρρεπή σε καρκίνο με τη βοήθεια των γενετικών δεικτών μπορεί να μειώσει το κόστος της υγειονομικής περίθαλψης, την αύξηση του κόστους-οφέλους των ελέγχων και της επιτήρησης, και να βελτιώσει τη θεραπεία και την επιβίωση των ασθενών με καρκίνο.

Η αυξητικού παράγοντα μετασχηματισμού βήτα (TGF-β) μονοπάτι έχει καθιερωθεί παίζουν σημαντικούς ρόλους σε διάφορους τύπους καρκίνου και εμπλέκονται στην ογκογένεση του κύστη μεταβατικό κυτταρικό καρκίνωμα. Πολλές μελέτες έχουν δείξει ότι η σηματοδότηση ΤΟΡ-β συμβάλλει στην μεταβάσεως επιθηλίου-μεσεγχύματος, αγγειογένεση, μετανάστευση, και μεταστάσεις σε πολλούς τύπους κακοηθών όγκων [4] [5], [6]. Σε φυσιολογικά κύτταρα, ΤΟΡ-β ρυθμίζει την κυτταρική ανάπτυξη, διαφοροποίηση, την παραγωγή μήτρας και την απόπτωση [7]. ΤΟΡ-β επαγόμενη απόπτωση συχνά μεσολαβεί ο Smad-εξαρτώμενη οδό, αλλά μπορεί επίσης να συμβεί μέσω δύο ρ53-εξαρτώμενη και p53-ανεξάρτητοι μηχανισμοί [8], [9], και εμπλέκει την ενεργοποίηση της κασπάσης, προς τα πάνω ρύθμιση του προ-αποπτωτικών παραγόντων (δηλαδή, Βαχ) , και /ή προς τα κάτω ρύθμιση αντιαποπτωτικών παραγόντων (δηλαδή, Bcl-2 και Bcl-xL) [10] – [12]. Αυτοί οι παράγοντες είναι όλοι αναπόσπαστα μέρη του ανθρώπινου ανοσοποιητικού συστήματος. Το ΤΟΡ-β υποδοχέα 1 παραλλαγή rs11466445 (TGFBR1 * 6Α) έχει συσχετιστεί με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του μαστού και των ωοθηκών, αλλά δεν ορθοκολικό καρκίνο της ουροδόχου κύστης ή [13] – [16]. Ωστόσο, μια άλλη μελέτη σχετικά με τις επιπτώσεις των 7 διαφορετικές γενετικές παραλλαγές σε δύο βασικά μέλη της οδού TGF-β (

TGFB1

και

TGFBR1

) και η κλινική έκβαση των μυών διηθητικού καρκίνου της ουροδόχου κύστης έδειξαν ότι

TGFBR1:

rs868, που βρίσκεται στο 3′-αμετάφραστη περιοχή, συσχετίστηκε σημαντικά με ειδική θνησιμότητα της νόσου [17]. Είναι, επίσης, αναφερθεί ότι γενετικές παραλλαγές σε

RUNX3

, ένας καταστολέας όγκων του μονοπατιού β ΤΟΡ-μπορεί να διαμορφώνει τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης [18].

Δεδομένου ότι η οδός του ΤΟΡ-β διαδραματίζει ουσιώδη ρόλο στην κυτταρική διεργασίες, υποθέσαμε ότι οι πολυμορφισμοί των γονιδίων οδού ΤΟΡ-β μπορεί να ρυθμίζουν τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Για να ελέγξει την υπόθεση αυτή, πραγματοποιήσαμε μια μεγάλη μελέτη ασθενών-μαρτύρων για την αξιολόγηση των επιπτώσεων των πολυμορφισμών μονού νουκλεοτιδίου (SNPs) σε βασικά γονίδια από αυτό το μονοπάτι. Για τις γνώσεις μας, αυτή είναι η πρώτη μελέτη για να διερευνήσουν τη σχέση μεταξύ ενός ολοκληρωμένου πίνακα των πολυμορφισμών στα γονίδια TGF-β μονοπατιού και του καρκίνου της ουροδόχου κύστης του κινδύνου και να προσδιοριστούν υποομάδες που θα ήταν πιο πιθανό να έχουν υψηλότερο κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική Δήλωση

Γράφει πληροφορημένες συγκαταθέσεις ελήφθησαν από όλους τους ασθενείς πριν από την εγγραφή τους σε αυτή τη μελέτη. Η μελέτη εγκρίθηκε από την Institutional Review Boards στο MD Anderson Cancer Center, Baylor College of Medicine, και Kelsey-Seybold Clinic.

Πληθυσμός μελέτης και Συλλογής Δεδομένων

Αυτή η μελέτη ασθενών-μαρτύρων ξεκίνησε ασθενή προσλήψεις το 1999 και είναι σήμερα σε εξέλιξη. ασθενείς με καρκίνο της ουροδόχου κύστης είχαν προσληφθεί από το Πανεπιστήμιο του Τέξας MD Anderson Κέντρο Καρκίνου και Baylor College of Medicine. Οι περιπτώσεις ήταν ασθενείς με νεοδιαγνωσμένο, επιβεβαιώθηκε ιστολογικά καρκίνο της ουροδόχου κύστης. Κανένας από τους ασθενείς είχαν υποβληθεί σε χημειοθεραπεία ή ακτινοθεραπεία πριν την εγγραφή στη μελέτη. Δεν υπήρχαν περιορισμοί ως προς την ηλικία, το φύλο, ή το στάδιο της νόσου σε προσλήψεις. Τα άτομα της ομάδας ελέγχου ήταν υγιή άτομα χωρίς προηγούμενο ιστορικό καρκίνου (εκτός από τον καρκίνο του δέρματος nonmelanoma). Είχαν προσληφθεί από την κλινική Kelsey-Seybold, το μεγαλύτερο ιδιωτικό multispecialty πρακτική ομάδα στη μητροπολιτική περιοχή του Χιούστον. Περιπτώσεις και έλεγχοι ταιριάζουν ως προς την ηλικία (± 5 έτη), το φύλο και την εθνικότητα. Όλοι οι συμμετέχοντες στη μελέτη υπό τον όρο ότι υπέγραψε συγκατάθεση και ολοκλήρωσε ένα 45 λεπτά με προσωπική συνέντευξη από εκπαιδευμένους ερευνητές προσωπικό MD Anderson. Μετά από κάθε συνέντευξη, δείγμα 40 ml περιφερικού αίματος συντάχθηκε σε κωδικοποιημένα και ηπαρινισμένους σωλήνες για την επακόλουθη απομόνωση και την ανάλυση του DNA. Τα άτομα που κάπνιζαν λιγότερο από 100 τσιγάρα στη ζωή τους ορίστηκαν ως μη καπνιστές, άτομα που κάπνιζαν περισσότερα από 100 τσιγάρα, αλλά είχε εγκαταλείψει περισσότερο από 1 έτος πριν από τη διάγνωση ή τη συνέντευξη ορίστηκαν ως πρώην καπνιστές και άτομα που είχαν σήμερα το κάπνισμα ή είχε σταματήσει λιγότερο από 1 έτος πριν ορίστηκαν ως νυν καπνιστές. Σε αυτή τη μελέτη, πρώην και νυν καπνιστές ορίστηκαν ως ποτέ καπνιστές. Δεδομένου ότι περισσότερο από το 90% των περιπτώσεων που προσλαμβάνονται μας ήταν καθαρό μεταβατικό κυτταρικό καρκίνωμα, συμπεριλάβαμε μόνο αυτή την ιστολογία στη μελέτη. Δεδομένου ότι περισσότερο από το 90% του πληθυσμού της μελέτης μας ήταν αυτο-αναφερθεί μη-ισπανόφωνοι Καυκάσιους με βάση την ημερομηνία ερωτηματολόγιο, θα περιοριστεί η ανάλυση με τους Καυκάσιους να περιοριστεί η σύγχυση από την διαστρωμάτωση του πληθυσμού, διατηρώντας το μεγαλύτερο μέρος της στατιστικής ισχύος.

επιλέχθηκε SNP Επιλογή και Γονοτυποποίηση

Μια ομάδα 356 SNPs σε 37 γονίδια (Πίνακας S1), με βάση τα ακόλουθα κριτήρια. Εν συντομία, θα χρησιμοποιηθεί το λογισμικό Ingenuity Σύστημα Διαδρομή Ανάλυση (https://www.ingenuity.com) και National Center for Biotechnology Information (NCBI) PubMed (https://www.ncbi.nlm.nih.gov) να καταρτίσει έναν κατάλογο των γονίδια οδού που σχετίζονται με ΤΟΡ-β. Για κάθε γονίδιο, επιλέξαμε την τοποθέτηση πινακίδων SNPs από τον αλγόριθμο ενδοχείαση του λογισμικού LDSelect (https://droog.gs.washington.edu/ldSelect.pl, έκδοση 1.0) (r

2 & lt? 0.8, MAF & gt? 0,05) εντός 10 kb ανοδικά της θέσης έναρξης της μεταγραφής ή 10 kb καθοδικά της μεταγραφικής θέσης διακοπής. δεδομένα συχνότητας και LD SNP βασίστηκαν στην βάση δεδομένων Διεθνή HapMap έργου, απελευθερώνουν 22, ανθρώπινο γονιδίωμα build 36. Περιλαμβάνονται επίσης πιθανώς λειτουργική SNPs με μικρές συχνότητα αλληλόμορφου (MAF) μεγαλύτερη από 0,01 στην κωδικοποίηση (συνώνυμο και μη συνώνυμες SNPs) και ρυθμιστικές περιοχές (υποκινητή, θέση ματίσματος, 5′-αμετάφραστη περιοχή, και 3′-αμετάφραστη περιοχή). Η γονοτυπική πραγματοποιήθηκε με τη χρήση iselect έθιμο SNP σειρά Illumina του (Illumina, San Diego, CA). Γονότυπους αναλύθηκαν και εξάγονται χρησιμοποιώντας το λογισμικό Illumina BeadStudio. Τυχόν SNPs με ποσοστό κλήσεων & lt? 95% εξαιρέθηκε από περαιτέρω ανάλυση

Στατιστική Ανάλυση

Εργαστήριο και επιδημιολογικά δεδομένα συγχωνεύθηκαν και περισσότερες αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση του λογισμικού STATA 10.0 (Stata Corporation, College Station. , TX) και HelixTree (Χρυσή Helix, Bozeman, MT) λογισμικού. Κατανομές των χαρακτηριστικών στις περιπτώσεις και έλεγχοι αξιολογήθηκαν από το 2 τεστ χ

(για τις κατηγορικές μεταβλητές) ή έλεγχος τ (για τις συνεχείς μεταβλητές). Για κάθε SNP, ελέγξαμε Hardy-Weinberg ισορροπίας χρησιμοποιώντας την χ

2 τεστ καλοσύνη-of-fit να συγκρίνουν η παρατηρούμενη με την αναμενόμενη συχνότητα των γονότυπων σε θέματα ελέγχου. Τα αποτελέσματα των γονότυπων των SNPs στον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης εκτιμήθηκαν ως διαφοράς αναλογιών και 95% διαστήματα εμπιστοσύνης (95% CI) χρησιμοποιώντας πολυπαραγοντική άνευ όρων λογιστικής παλινδρόμησης υπό την κυρίαρχη, υπολειπόμενο, και πρόσθετο μοντέλα της κληρονομίας προσαρμοσμένο για την ηλικία, το φύλο και την κατάσταση καπνίσματος , ανάλογα με την περίπτωση. Το μοντέλο καλύτερη τοποθέτηση ήταν εκείνη με το μικρότερο

P

αξίας μεταξύ των τριών μοντέλων. Ένα

Q

-τιμή υπολογίστηκε να λογοδοτήσουν για πολλαπλές συγκρίσεις. Η

Q

-τιμή μετρήθηκε το ποσοστό των ψευδώς θετικών που προκύπτουν (ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη) όταν ένα SNP δείξει σημαντικά. Bootstrap αναδειγματοληψία έγινε 100 φορές σε εσωτερικά επικύρωση των αποτελεσμάτων [19]. Ανάλυση των συνδυασμένων επιπτώσεων των δυσμενών γονότυπους περιλαμβάνει ένα άθροισμα όλων των γονότυπων των κινδύνων από τις SNPs που δείχνει στατιστική σημαντικότητα στην κύρια ανάλυση (

P

& lt? 0,05) με ίση συνεισφορά από κάθε παραλλαγή. ανάλυση απλότυπου πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας τον αλγόριθμο μεγιστοποίησης υλοποιείται στο λογισμικό HelixTree. αλληλεπιδράσεις γονιδίων-γονίδιο ανώτερης τάξης αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας ανάλυση ταξινόμησης και παλινδρόμησης δέντρο (CART) υλοποιείται στο λογισμικό HelixTree. Όλες οι στατιστικές αναλύσεις ήταν δύο όψεων.

Αποτελέσματα

Χαρακτηριστικά της μελέτης Πληθυσμός

Όπως φαίνεται στον Πίνακα 1, 801 Καυκάσου περιπτώσεις και 801 του Καυκάσου έλεγχοι που συμμετείχαν σε αυτή τη μελέτη . Δεν υπήρχαν σημαντικές διαφορές στον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης λόγω φύλου (

P

= 1) ή την ηλικία (

P

= 0,051). Όπως είχε προβλεφθεί, περιπτώσεων που αναφέρθηκαν υψηλότερο Αρ τσιγάρα /ημέρα από τους ελέγχους (25,6 έναντι 22,5,

P

& lt? 0.001). Μεταξύ των καπνιστών, οι περιπτώσεις ανέφεραν υψηλότερα πακέτα-έτη καπνίσματος από τους ελέγχους (43,0 έναντι 29,9,

P

& lt? 0.001). Υπήρξε μια σημαντική διαφορά μεταξύ των περιπτώσεων και ελέγχων από το κάπνισμα (

P

& lt? 0.001) με ένα υψηλότερο ποσοστό των ενεργών καπνιστών στις περιπτώσεις και υψηλότερο ποσοστό μη καπνιστές σε ελέγχους (

P

& lt ? 0.001)

Η

Ατομική SNPs και τη συνολική επιβίωση

Η σύνδεση όλων των σημαντικών SNPs με κίνδυνο συνοψίζεται στον πίνακα 2 (

P

& lt?. 0.05). Μεταξύ των 356 SNPs που εξετάστηκαν, 41 SNPs ήταν σημαντικά σχετίζεται με τον κίνδυνο καρκίνου (

P

& lt? 0.05), και μετά την προσαρμογή για πολλαπλές συγκρίσεις, 9 παρέμειναν σε υψηλά επίπεδα, με ένα

Q

-τιμή ≤ 0.1. Αυτές οι SNPs βρίσκονταν σε τρία γονίδια στο μονοπάτι ΤΟΡ-β, συμπεριλαμβανομένων των

VEGFC

, γονίδιο υποδοχέα του επιδερμικού αυξητικού παράγοντα (

EGFR

), και

Smad3

.

για εσωτερικά επικύρωση αυτών των αποτελεσμάτων, έχουμε την επόμενη πραγματοποιηθεί τυχαία δειγματοληψία εκκίνησης των σημαντικών SNPs για 100 επαναλήψεις και αναφέρονται ο αριθμός των φορών που το

P

αξία ήταν & lt? 0,05. Οκτώ από τις εννέα αυτές κορυφή SNPs είχαν πολύ συνεπή αποτελέσματα, με εκκίνησης

P

τιμές & lt? 0,05 για περισσότερο από το 90% των δειγματοληψιών (Πίνακας 2)

σωρευτικές επιπτώσεις των πολλαπλών Δυσμενής Γονότυπους καθεξής. Καρκίνος

κινδύνου

Επειδή ανώμαλη σηματοδότηση ΤΟΡ-β μπορεί να οδηγήσει στην ενεργοποίηση πολλαπλών κατάντη γονιδίων και 9 SNPs πέτυχε στατιστική σημαντικότητα μετά από πολλαπλές συγκρίσεις στην ανάλυση κύριο αποτέλεσμα, χρησιμοποιήσαμε συνδυασμένη ανάλυση για να προσδιοριστεί αν πολλαπλές δυσμενής γονότυπους στην μονοπάτι TGF-β έχει αθροιστική δράση σχετικά με τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Υπήρξε μια σημαντική τάση δόσης-απόκρισης του αυξημένου κινδύνου καρκίνου της ουροδόχου κύστης με αύξηση του αριθμού των δυσμενών γονότυπους. Σε σύγκριση με την ομάδα αναφοράς που αποτελείται από άτομα με 0~2 δυσμενείς γονότυπους, οι ομάδες με 3 ή 4 δυσμενείς γονότυπους είχαν σημαντικά αυξημένα κινδύνους με τις ΕΑΠ 1,73 (95% CI, 1,28 έως 2,33,

P

& lt ? 0.001) ή 2,15 (95% CI, 1,59 έως 2,91,

P

& lt? 0.001), αντίστοιχα, ενώ η ομάδα υψηλού κινδύνου με 5~9 δυσμενείς γονότυπους είχαν σημαντικά αυξημένα κινδύνους με το OR 2,57 (95% CI, 1,92 έως 3,43,

P

& lt? 0.001). (

P

τάση = 1,07 × 10

-10) (Πίνακας 3)

απλότυπου ανάλυση VEGFC και EGFR SNPs

Όπως πολλαπλές SNPs στο

VEGFC

και

EGFR

γονιδίων έδειξε σημαντικές συσχετίσεις, έχουμε την επόμενη πραγματοποιηθεί ανάλυση χρωμοσωμάτων για 8 κορυφή SNPs σε αυτά τα γονίδια σε πληθυσμό της μελέτης μας. Παρατηρήσαμε τρία απλοτύπους σημαντική συσχέτιση με τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης (Πίνακας 4). Απλότυπος Η7 αποτελείται από SNPs rs1485762-rs6828869-rs17697515-rs3775194-rs4557213, και τα θέματα που μεταφέρουν rs1485762 άγριου τύπου, rs6828869 παραλλαγή, rs17697515 άγριου τύπου, παραλλαγή rs3775194, και αλληλόμορφα άγριου τύπου rs4557213 παρουσίασαν σημαντική αύξηση 78% του κινδύνου (OR, 1,78? 95% CI, 1,13 – 2,82?

P =

1.4 × 10

-2) σε σύγκριση με εκείνους που μεταφέρουν απλότυπος H0. Απλοτύπων Η11 andH15 κατέληξε επίσης σημαντικές συσχετίσεις με τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης ή του 1,63 (95% CI, 1,09 – 2,43?

P

= 1.6 × 10

-2) ή 1,78 (95% CI, 1,23 – 2,57?

P

= 2,0 × 10

-3), αντίστοιχα (Πίνακας 4). Από τα τρία SNPs στο

EGFR

γονιδίου έδειξε σημαντικές συσχετίσεις μετά από πολλαπλές συγκρίσεις (

Q

≤0.1, Πίνακας 2), πραγματοποιήθηκε επίσης ανάλυση χρωμοσωμάτων για αυτά τα τρία SNPs στο

EGFR

στο σύνολο του πληθυσμού και εντόπισε δύο σημαντικές απλοτύπων (

P

& lt? 0,05) (Πίνακας 5). Απλότυπος Η3 αποτελείται από SNPs rs11238349- rs7799627- rs6593205, και τα θέματα που μεταφέρουν rs11238349 άγριου τύπου, rs7799627 παραλλαγή και παραλλαγή αλληλόμορφα rs6593205 παρουσίασαν σημαντική μείωση κατά 25% του κινδύνου (OR, 0,75? 95% CI, 0,56 – 1,00?

P

= 0,05) σε σύγκριση με απλότυπο H0. Απλότυπος H4 κατέληξε επίσης μια σημαντική συσχέτιση με τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης με ένα OR 1,41. (95% CI, 1,09 – 1,83?

P

= 1,0 × 10

-2) (Πίνακας 5)

Η

αλληλεπιδράσεις γονιδίων-γονιδίου υψηλός-διαταγής

επόμενο διερευνηθούν οι αλληλεπιδράσεις γονιδίων-γονίδιο υψηλότερης προκειμένου να καθοριστεί εάν ή όχι πολύπλοκες αλληλεπιδράσεις μεταξύ αυτών των σημαντικών SNPs θα μπορούσε περαιτέρω διαμορφώνει τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Η τελική δομή δέντρου εντοπίστηκαν αρκετές πιθανές αλληλεπιδράσεις μεταξύ των κορυφαίων εννέα SNPs (Σχήμα 1).

VEGFC

: rs3775194 είχε αναγνωριστεί ως η αρχική διάσπαση, γεγονός που υποδηλώνει σημαντικό ρόλο της στο γονίδιο γονίδιο αλληλεπίδραση και τη δυνατότητα να προβλέψει τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Η τελική δομή δέντρου εντόπισε επίσης τέσσερις κόμβους τερματικό με σημαντικά υψηλότερο κίνδυνο σε σχέση με το γενετικό προφίλ χαμηλού κινδύνου του κόμβου 1 (Σχήμα 1). Ειδικότερα, ο κόμβος 5 είχαν σημαντικά αυξημένο κίνδυνο με το OR 3,28 (95% CI, 1,88 έως 5,72), ενώ ο κόμβος 6 είχε ένα ακόμη υψηλότερο σημαντικά αυξημένο κίνδυνο με το OR 4,22 (95% CI, 1,46 έως 12,17).

Σημείωση: Κάθε κόμβος δηλώνει τον αριθμό και το ποσοστό των περιπτώσεων και OR με διάστημα εμπιστοσύνης 95% σε παρένθεση. * Σημαντικά σε

P

& lt?. 0.05

Η

Συζήτηση

καρκίνου της ουροδόχου κύστης εξακολουθεί να είναι μια δύσκολη ασθένεια που οφείλεται στο υψηλό ποσοστό υποτροπής και τη συνοδεύεται υψηλή ιατρική δικαστικά έξοδα. Χρησιμοποιώντας γενετικούς δείκτες για τον προσδιορισμό του κινδύνου μπορεί να βοηθήσει στον εντοπισμό υψηλού κινδύνου πληθυσμό για την έγκαιρη εξέταση, διάγνωση και θεραπεία, η οποία μπορεί να βελτιώσει την κλινική έκβαση. Αυτή είναι η πρώτη μελέτη για να διερευνηθεί η σχέση μεταξύ μιας συνολικής πάνελ των πολυμορφισμών των γονιδίων οδού ΤΟΡ-β και του κινδύνου καρκίνου της ουροδόχου κύστης και να εντοπίσει υποομάδες που θα έχουν περισσότερες πιθανότητες υψηλότερο κίνδυνο καρκίνου. Εμείς εντοπίστηκαν και αξιολογήθηκαν 356 SNPs σε 37 γονίδια-κλειδιά από την οδό TGF-β για τις ενώσεις τους με τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Τα αποτελέσματά μας εντοπίστηκαν 41 SNPs σημαντική συσχέτιση με την ευαισθησία του καρκίνου της ουροδόχου κύστης, και εννέα από αυτούς παρέμεινε σημαντική μετά από προσαρμογή για πολλαπλές συγκρίσεις (

Q

≤0.1). Ειδικότερα, SNPs στο

VEGFC

έδειξε τις σημαντικότερες οργανώσεις στην ενιαία SNP και αναλύσεις απλότυπος. ανάλυση ΚΑΛΑΘΙ αποκάλυψε περαιτέρω πιθανές αλληλεπιδράσεις γονίδιο-γονίδιο υψηλής τάξης και κατηγοριοποιούνται θέματα σε διαφορετικές ομάδες κινδύνου σύμφωνα με τις ειδικές πολυμορφικές τις υπογραφές τους. Η μελέτη μας παρέχει τις πρώτες επιδημιολογικές ενδείξεις που υποστηρίζουν μια σύνδεση μεταξύ μιας ολοκληρωμένης SNPs TGF-β μονοπατιού και τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης.

Πέντε από τους κορυφαίους εννέα σημαντικών SNPs ήταν σε

VEGFC

, το οποίο είναι γνωστό ότι έχουν σημαντικές λειτουργίες που συμβάλλουν στον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης (Πίνακας 2). VEGFC είναι μέλος του αυξητικού παράγοντα /αγγειακού ενδοθηλιακού αυξητικού παράγοντα που προέρχεται από αιμοπετάλια (PDGF /VEGF) της οικογένειας. Αυτό το γονίδιο λειτουργεί στην αγγειογένεση, λεμφαγγειογένεση, αύξησης των ενδοθηλιακών κυττάρων και την επιβίωση, επηρεάζει την διαπερατότητα των αιμοφόρων αγγείων, και επίσης διευκολύνει κομβικά μετάσταση. Αρκετές μελέτες έχουν συσχετίσει αυξημένα έκφραση του VEGF με υποτροπή ή εξέλιξη της νόσου, συχνά ως ανεξάρτητος προγνωστικός δείκτης για την πολυπαραγοντική ανάλυση. Υπάρχει ένας θετικός συσχετισμός μεταξύ

VEGF-C

έκφρασης και του λεμφικού εισβολή σε ασθενείς με καρκίνο του μαστού, γαστρικό, τραχήλου της μήτρας και του καρκίνου του [20] – [22]. έκφραση VEGF-C βρέθηκε στο κυτταρόπλασμα των μεταβατικών κυττάρων καρκινώματος και συνδέθηκε με μετάσταση λεμφαδένα σε καρκίνο της ουροδόχου κύστης [23] – [24] και επίσης έχει βρεθεί ότι συσχετίζεται με κλινικές παραμέτρους, όπως το μέγεθος του όγκου, παθολογική στάδιο Τ, παθολογικές βαθμός , λεμφική-φλεβική εμπλοκή, και πυελική λέμφου μετάσταση στους λεμφαδένες σε ασθενείς με καρκίνο της ουροδόχου κύστης [23]. ανάλυση χρωμοσωμάτων εντοπίστηκαν τρεις ακόμη σημαντικές απλοτύπων του

VEGFC

, γεγονός που υποδηλώνει ότι η ανάλυση απλότυπος που βασίζεται μπορεί να είναι πιο κατατοπιστική από ενιαία ανάλυση SNP και επαναδιάταξη των cells δείγματα DNA που μεταφέρουν τα απλοτύπων υψηλού κινδύνου και χαμηλού κινδύνου μπορεί να είναι σε θέση να βελτιώσει αξιολόγηση του κινδύνου. Τα πέντε πιο σημαντικά (

Q

& lt? 0,1)

VEGFC

SNPs που εντοπίστηκαν είναι όλα βρίσκονται στην περιοχή ιντρόνιο, το οποίο μπορεί να συμβάλει σε αλλαγές στην έκφραση των γονιδίων ή μάτισμα. Εναλλακτικά, είναι επίσης δυνατόν ότι αυτά τα SNPs που συνδέεται με άλλες παραλλαγές συνάφεια

VEGFC

.

Τρεις από τους εννέα πιο σημαντικές SNPs ήταν σε

EGFR

(Πίνακας 2) . EGFR είναι ένας υποδοχέας κινάσης τυροσίνης διαμεμβράνης στην οικογένεια ERB υποδοχέων που εκφράζονται στην επιφάνεια των επιθηλιακών κυττάρων [25]. EGFR ρυθμίζει σημαντικές διαδικασίες στην καρκινογένεση, συμπεριλαμβανομένων επιβίωση των κυττάρων, προσβολή όγκου, και η αγγειογένεση και εμπλέκεται σε πολλές κακοήθειες, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου της ουροδόχου κύστης [26]. EGFR υπερέκφραση παρατηρείται συχνά σε όγκους και προ-καρκινικές βλάβες και επάγει το σχηματισμό όγκων σε μελέτες σε ζώα. έκφραση EGFR σε καρκίνο της ουροδόχου κύστης προβλέπει ανεξάρτητα εξέλιξης της νόσου και της θνησιμότητας, και οι δύο VEGF και EGFR αναδύονται ως σημαντικούς στόχους για τη θεραπεία του μεταστατικού καρκίνου της ουροδόχου κύστης [25]. . Είναι πιθανό ότι αυτές οι EGFR SNPs μπορεί να επηρεάσει τη μεταγραφή γονιδίων, αλλοιώνοντας έτσι το επίπεδο της πρωτεΐνης, ή μπορεί να συνδεθεί με άλλες παραλλαγές συνάφεια

EGFR

Επιπλέον, μπορούμε επίσης να προσδιορίζονται

Smad3

: rs12324036 σημαντική συσχέτιση με τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Είναι γνωστό ότι ο TGF-β /Ακτιβίνης /Κομβικό σηματοδότηση μετάγεται από SMAD2 και Smad3, και αυξημένο επίπεδο ΤΟΡ-β1 μπορεί να επανέλθει ένα κακοήθη φαινότυπο σε μια λιγότερο επιθετική φαινοτύπου σε κυτταρική γραμμή καρκινώματος κύστης αρουραίου που στερούνται ΤΟΡ-β1 [27]. προηγούμενη μελέτη μας εντόπισε επίσης

Smad3

: rs11632964 που σχετίζονται σημαντικά με τον καρκίνο του πνεύμονα συνολική επιβίωση [28], η οποία τονίζει επίσης το σημαντικό ρόλο της Smad3 στον καρκίνο. Είναι πιθανό ότι το αλληλόμορφο παραλλαγή του

Smad3:

rs12324036 μπορεί να επηρεάσει τη μεταγραφή γονιδίων αλλοιώνοντας έτσι το επίπεδο της πρωτεΐνης. Εναλλακτικά, μπορεί να συνδεθεί με άλλες παραλλαγές συνάφεια

Smad3

. Συνολικά, η μελέτη μας υπογραμμίζει τη σύνδεση της

EGFR VEGFC

, και

Smad3

πολυμορφισμών με τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης.

Είμαστε δίπλα εφαρμόζεται μια προσέγγιση βάσει διαδρομής για να αξιολογηθεί πλήρως το αποτέλεσμα από τις εννέα σημαντικών SNPs (

Q

& lt? 0.1) σχετικά με τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Έχουμε εντοπίσει ένα φαινόμενο γονιδίου-δοσολογίας για τις εννέα SNPs που ήταν σημαντική μετά από πολλαπλές προσαρμογή σύγκριση. Εκείνοι με 5~9 γονότυπους κίνδυνο είχαν τον υψηλότερο κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης, γεγονός που υποδηλώνει επιπλέον παραλλαγές σε αυτό το βασικό μονοπάτι ήταν επιζήμια και είχε μεγαλύτερη επίδραση από οποιαδήποτε μεμονωμένη παραλλαγή. Επιπλέον, το μέγεθος κάθε μεμονωμένης SNP ήταν μέτρια, αλλά ο κίνδυνος για τα άτομα με πέντε σε εννέα από αυτές τις γονότυπων κίνδυνος ήταν περισσότερο από το διπλάσιο. Αυτό υπογραμμίζει επίσης τη σημασία της συμμετοχής των πολλαπλών SNPs στο πλαίσιο μιας κοινής πορείας για την εξέταση των κοινών επιπτώσεις στην αξιολόγηση του κινδύνου.

Στο πλαίσιο ενός μονοπατιού, υποθέσαμε ότι οι αλληλεπιδράσεις γονιδίων-γονιδίου θα διαμορφώσουν περαιτέρω τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης . Πιθανές αλληλεπιδράσεις γονίδιο-γονιδίου ανάμεσα σε τρεις παραλλαγές παρατηρήθηκαν, με

VEGFC:

rs3775194 είναι η αρχική διάσπαση ανάλυση ΚΑΛΑΘΙ μας, γεγονός που υποδηλώνει τη σημασία της για τον καθορισμό του πιο διακύμανση του κινδύνου. Τα άτομα που φέρουν το κοινό γονότυπο για

VEGFC

: rs3775194 και

EGFR

: rs7799627 και η παραλλαγή γονότυπο για

VEGFR

: rs4557213 είχε 4,22 φορές αύξηση του κινδύνου, μια πολύ μεγαλύτερη επίδραση μέγεθος από αυτό που έχει ανατεθεί από κοινού γονότυπο για

VEGFR

:. rs4557213

Εν ολίγοις, έχουμε πραγματοποιήσει μια ανάλυση βάσει διαδρομής των γονιδίων οδού TGF-β και τον κίνδυνο καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Αυτά τα δεδομένα παρέχουν σημαντικές γενετικές πληροφορίες για την πρόβλεψη άτομα σε κίνδυνο για καρκίνο της ουροδόχου κύστης και τον εντοπισμό όγκων σε πρώιμο, ιάσιμη φάση. Επιπλέον, σχετικά ολοκληρωμένη ερώτημα μας πολυμορφισμών οδού TGF-β και μεγάλο μέρος του πληθυσμού μας με αναλυτικές πληροφορίες κίνδυνο παρέχουν σημαντικές ενδείξεις για την εμπλοκή των SNPs ως προγνωστικοί παράγοντες ή ρυθμιστές του κινδύνου καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Ωστόσο, υπάρχουν ορισμένοι περιορισμοί στη μελέτη μας. Για παράδειγμα, περαιτέρω λεπτομερούς χαρτογράφησης και λειτουργικές δοκιμασίες είναι απαραίτητες για να αποκαλύψει πιθανούς μοριακούς μηχανισμούς αυτών των SNPs ή άλλες που συνδέονται με πολυμορφισμούς συνάφεια. Επιπλέον, μόνο Καυκάσιους συμπεριλήφθηκαν στην παρούσα μελέτη. Θα ήταν ενδιαφέρον να εξετάσεις αυτές SNPs σε μειονοτικούς πληθυσμούς. Τέλος, αν και τα στοιχεία μας είναι σε μεγάλο βαθμό στο εσωτερικό επικυρωθεί, οι μελλοντικές μελέτες αναπαραγωγής σε ανεξάρτητους πληθυσμούς που απαιτούνται για την επικύρωση μερικά από τα αποτελέσματα.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.

επιλεγμένα γονίδια του μονοπατιού TGF-β για αυτή τη μελέτη

doi:. 10.1371 /journal.pone.0051758.s001

(DOC)