Abstract

Μολύνσεις του προστάτη από βακτήρια, ιούς θηλώματος του ανθρώπου, ιοί πολυώματος, ξενοτροπικών ιό λευχαιμίας ποντικού (MLV)-σχετικές gammaretroviruses, ανθρώπινο κυτταρομεγαλοϊούς και άλλα μέλη της οικογένειας του ιού του έρπητα έχουν ευρέως ερευνηθεί. Ωστόσο, πολλές μελέτες έχουν δώσει αντικρουόμενα και αμφιλεγόμενα αποτελέσματα. Σε αυτή τη μελέτη, ερευνήσαμε συστηματικά τις transcriptomes δειγμάτων ανθρώπινου προστάτη για τις μοναδικές γονιδιωματική υπογραφές αυτών των παθογόνων με τη χρήση RNA-επόμενα στοιχεία τόσο από τη δυτική και Κινέζους ασθενείς. Ανθρώπινων και μη ανθρώπινων RNA-επόμενα διαβάζει χαρτογραφήθηκαν σε γονιδιώματα του ανθρώπου και των παθογόνων αναφοράς αντίστοιχα χρησιμοποιώντας τα εργαλεία ευθυγράμμισης Bowtie και BLAT. μολύνσεις παθογόνων και εντάξεις αναλύθηκαν με τήρηση των προτύπων από τις δημοσιευμένες μελέτες. Μεταξύ των εννέα παθογόνων (acnes Propionibacterium, HPV, HCMV, XMRV, BKV, JCV, SV40, EBV, και HBV) αναλύσαμε, Propionibacterium acnes γονίδια ανιχνεύθηκαν σε όλα τα δείγματα όγκων του προστάτη και σε όλες τις παρακείμενες τα δείγματα, αλλά όχι στα δείγματα προστάτη από υγιείς άτομα. SV40, HCMV, EBV και χαμηλού κινδύνου HPVs μεταγραφές ανιχνεύτηκαν σε ένα δείγμα όγκου και δύο γειτονικές δείγματα από ασθενείς με καρκίνο του προστάτη κινέζικα, αλλά όχι σε οποιαδήποτε δείγματα ασθενών με καρκίνο του προστάτη δυτικής? XMRV, BKV και του ιού JC ακολουθίες δεν εντοπίστηκαν στη δουλειά μας? HBV, ως αρνητικός έλεγχος, ήταν απούσα από οποιαδήποτε δείγματα. Επιπλέον, δεν ολοκλήρωση παθογόνο εντοπίστηκε στη μελέτη μας. Ενώ απαιτείται περαιτέρω επικύρωση, η ανάλυσή μας παρέχει ενδείξεις Propionibacterium acnes λοιμώξεις σε ανθρώπινους όγκους του προστάτη. Σημειώνεται διαφορές στις ιογενείς λοιμώξεις σε όλη την εθνότητα παραμένουν να επιβεβαιωθούν με άλλα σύνολα δεδομένων για τον καρκίνο του προστάτη μεγάλη. Τα αποτελέσματα της βακτηριακές και ιογενείς λοιμώξεις και τη συμβολή τους στην παθογένεση του προστάτη καρκίνο θα απαιτήσει συνεχή έρευνα σχετικά σχετίζονται παθογόνα

Παράθεση:. Chen Υ, Ταυτοποίηση των παθογόνων Υπογραφές για τον καρκίνο του προστάτη χρησιμοποιώντας RNA-επόμενα Wei J (2015). PLoS ONE 10 (6): e0128955. doi: 10.1371 /journal.pone.0128955

Ακαδημαϊκό Συντάκτης: Andrew McDowell, University of Ulster, ΗΝΩΜΕΝΟ ΒΑΣΙΛΕΙΟ

Ελήφθη: 24 Σεπτεμβρίου 2014? Αποδεκτές: 1η Μαΐου 2015? Δημοσιεύθηκε: 8 του Ιούν 2015

Copyright: © 2015 Τσεν, Wei. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

Χρηματοδότηση:. AstraZeneca παρέχεται στήριξη με τη μορφή των μισθών για τους δημιουργούς JW και YC, αλλά δεν έχουν κανένα πρόσθετο ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, απόφαση να δημοσιεύει, ή την προετοιμασία του χειρογράφου. Οι συγκεκριμένοι ρόλοι αυτών των συγγραφέων αρθρωτά στην ενότητα «συγγραφέας συνεισφορές»

Αντικρουόμενα συμφέροντα: Μία ή περισσότερες από τις συγγραφείς απασχολούνται από μια εμπορική εταιρεία (AstraZeneca R & amp? D Mölndal).. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων να PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Καθώς η δεύτερη πιο κοινή αιτία θανάτου από καρκίνο σχετίζονται μεταξύ ανδρών [1], ο καρκίνος του προστάτη (PCA) παραμένει μια μεγάλη ανησυχία για τη δημόσια υγεία. Ένα σημαντικό ποσό των αποδεικτικών στοιχείων αποκάλυψε ότι η χρόνια φλεγμονή μπορεί να συνδέεται με την έναρξη του προστάτη [2, 3]. Χρόνιες φλεγμονώδεις διηθήσεις είναι συνήθη ευρήματα σε δείγματα ιστού του προστάτη και μολύνσεις παθογόνων θεωρούνται ως μια πιθανή αιτία αυτής.

Είναι γνωστό ότι Propionibacterium acnes (

P

.

acnes

) διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο στην ανθρώπινη υγεία και την ασθένεια [4].

P

.

acnes

στο δέρμα έχει γενικά θετική επίδραση στην υγεία του ανθρώπου με την πρόληψη του αποικισμού των παθογόνων μικροοργανισμών, αλλά όταν ο οικοδεσπότης γίνεται σε κίνδυνο (τραύμα, τραυματισμό ή μεταβολές στην ανοσολογική κατάσταση), μπορεί να εμφανιστεί παθογόνο δυναμικό [5, 6]. Η παρουσία του

P

.

acnes

έχει συσχετίζεται έντονα με ιστολογική φλεγμονή, υποδηλώνοντας ότι αυτό το βακτήριο μπορεί να συνδέεται με την ανάπτυξη του καρκίνου [7, 8]. Αρκετές μελέτες έχουν αποδείξει την υψηλή επικράτηση του Gram-θετικό βακτηρίδιο

P

.

acnes

στους ιστούς του προστάτη των ανδρών διαγνώστηκαν με νόσο του προστάτη [9, 10]. Μόλυνση του προστάτη επιθηλιακών κυττάρων σύμφωνα με

P

.

acnes

επάγει μια ισχυρή φλεγμονώδη απόκριση του ξενιστή και του μετασχηματισμού, η οποία θα μπορούσε να αποτελέσει έναυσμα για την έναρξη του καρκίνου ή την πρόοδο [6, 10].

Οι ιοί προκαλούν το 10-15% όλων των ανθρώπινων καρκίνων. Η συσχέτιση μεταξύ των λοιμώξεων που προκαλούνται από ιούς DNA και την ανάπτυξη των όγκων είναι καθιερωμένη σε πολλούς τύπους καρκίνου. Οι ιοί που σχετίζονται με ανθρώπινους καρκίνους είναι γνωστές ως «ογκογόνους ιούς». Οι περισσότεροι από αυτούς τους ιούς είναι ικανοί ενσωμάτωσης στο γονιδίωμα του ξενιστή και αθανατοποίηση το κύτταρο-στόχο, προκειμένου να διευκολυνθεί το δικό τους αντιγραφή. Το μολυσμένο κύτταρο εκφράζει τα ιικά γονίδια, τα οποία είναι ικανά να επάγουν την κυτταρική ανάπτυξη, πολλαπλασιασμό και την πρόληψη της απόπτωσης. Για παράδειγμα, ένας ιός υψηλής ηπατίτιδας Β (HBV) φορτίο και χρόνιας ηπατίτιδας Β (CHB) μόλυνση αυξάνει τον κίνδυνο ανάπτυξης ηπατοκυτταρικού καρκινώματος. HBV είναι ένας ιός DNA που μπορούν να ενσωματωθούν DNA στο γονιδίωμα του ξενιστή αυξάνοντας έτσι την απόδοση της πρωτεΐνης τρανσενεργοποιητή HBxAg. HBxAg εμπλέκεται σε πολλές μεταβολικές οδούς [11]. Πρόσφατα, μερικοί ερευνητές έχουν εντοπίσει επαναλαμβανόμενα γεγονότα HBV ενσωμάτωση στις γνωστές και υποθετικές γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο, όπως TERT, MLL4 και CCNE1. Αυτά τα γονίδια απέδειξαν υπερέκφραση του γονιδίου σε όγκους, αλλά όχι σε φυσιολογικούς ιστούς [12]. Η διαλεύκανση των ενώσεων του ιού όγκου-DNA θα ενισχύσει τις θεμελιώδεις γνώσεις μας των μηχανισμών ογκογένεσης και να παρέχει μια βάση για πρωτοβουλίες πρόληψης του καρκίνου.

Όλο και περισσότερες έρευνες έχουν δείξει ότι οι ιογενείς λοιμώξεις μπορεί να οδηγήσει σε χρόνια ή υποτροπιάζουσα φλεγμονή του προστάτη και ακόμη ξεκινήσει ή να προωθήσει την καρκινογένεση [13-15]. Viral προϊόντα είναι σε θέση να αλληλεπιδρούν με την οδό σηματοδότησης ιντερφερόνης και προκάλεσε μετασχηματισμό κυττάρων συνεργικά [16]. Ένας αριθμός ιών έχουν αναφερθεί ότι συνδέονται με τον καρκίνο του προστάτη ή του προστάτη λοιμώξεις, δηλαδή ιοί ανθρώπινου θηλώματος (HPVs), ιοί πολυώματος (ΒΚ, JC, και SV40), και μέλη της οικογένειας του ιού του έρπητα (HCMV, EBV) [17-21].

HPV αναγνωρίζεται πλέον ως μία από τις κύριες αιτίες του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας [22]. HPVs υψηλού κινδύνου έχουν επίσης συχνά εντοπίζονται στις δύο καλοήθεις και κακοήθεις ιστούς του προστάτη [23]. Υπάρχουν πάνω από 100 διαφορετικοί τύποι του HPV και πάνω από 30 από αυτούς τους τύπους μεταδίδονται σεξουαλικά, καθιστώντας HPV το πιο κοινό σεξουαλικά μεταδιδόμενη ασθένεια. Οι διάφοροι τύποι HPV χωρίζονται σε δύο κατηγορίες-σούπερ εκείνα που είναι πιο πιθανό να εξελιχθούν σε καρκίνο και εκείνα που είναι λιγότερο πιθανό. Οι λεγόμενες μορφές «υψηλού κινδύνου» είναι πιο πιθανό να οδηγήσει στην ανάπτυξη του καρκίνου, ενώ οι ιοί «χαμηλού κινδύνου» σπανίως εξελιχθούν σε καρκίνο.

μόλυνση HCMV περνά απαρατήρητος τυπικά σε υγιείς ανθρώπους, αν και μπορεί να είναι απειλητική για τη ζωή για την ανοσοκατασταλμένοι, όπως ο HIV-μολυσμένα άτομα, λήπτες μεταμόσχευσης οργάνων, ή βρέφη. Μετά τη μόλυνση, HCMV έχει τη δυνατότητα να παραμείνει λανθάνων εντός του σώματος για μεγάλες χρονικές περιόδους. Τελικά, μπορεί να προκαλέσει βλεννοεπιδερμοειδής καρκίνωμα και πιθανόν άλλες κακοήθειες. Είναι, επίσης, αναφερθεί ότι HCMV μπορεί να σχετίζεται με τον καρκίνο του προστάτη [19, 24]. Ο ιός Epstein-Barr (EBV), καλύτερα γνωστή ως η αιτία της λοιμώδους μονοπυρήνωσης, εμπλέκεται σε ορισμένες κακοήθεις λεμφώματα και lymphoepithelioma-όπως καρκινώματα [25].

ιοί πολυώματος είναι μικρές (40-50 νανόμετρα σε διάμετρο) ιούς χωρίς περίβλημα DNA, και εικοσαεδρική σχήμα. Είναι δυνητικά ογκογόνο (όγκου που προκαλούν)? και συχνά επιμένουν ως λανθάνουσες μολύνσεις σε έναν ξενιστή χωρίς να προκαλεί ασθένειες, αλλά μπορεί να προκαλέσουν όγκους σε ένα ξενιστή ενός διαφορετικού είδους, ή ένα ξενιστή με ένα αναποτελεσματικό ανοσοποιητικό σύστημα. Οι ιοί πολυώματος που μολύνουν τον άνθρωπο, συμπεριλαμβανομένων των ιών ΒΚ (BKV), JC ιούς (JCV), και τον ιό πιθήκου 40 (SV40), συνήθως προκαλούν μολύνσεις που είναι υποκλινικές και επίμονες [18].

Η λευχαιμία μυοειδούς Xenotropic ιός που σχετίζονται με ιούς (XMRV) ανακαλύφθηκε για πρώτη φορά σε ασθενείς με προστάτη και αργότερα σε ασθενείς με σύνδρομο χρόνιας κόπωσης (CFS) [26, 27]. Ορισμένες άλλες μελέτες έχουν δώσει ενδείξεις μόλυνσης XMRV στον προστάτη [28-31] αν και η σύνδεσή της με CFS και προστάτη έχει σε μεγάλο βαθμό απαξιωθεί [32, 33]. Πρόσφατες μελέτες έχουν δείξει ότι η παρουσία του XMRV μπορεί να είναι αποτέλεσμα της μόλυνσης DNA ποντικού [34, 35]. Επειδή κάποια αποτελέσματα, τα οποία δείχνουν την παρουσία XMRV στον προστάτη δεν μπορεί να αποδοθεί εξ ολοκλήρου σε δείγμα μόλυνσης [36], εδώ εξετάσαμε την πιθανή σύνδεση μεταξύ XMRV και του προστάτη.

Για να ανακαλύψουμε τα γονιδιωματικής επιδράσεις των γνωστών παθογόνων σε προστάτη παραμένει πρόκληση. Ενώ οι περισσότερες έρευνες προστάτη επικεντρώθηκε στην στοχευμένη ανίχνευση των ιών που βασίζεται στην PCR, η εξέλιξη της τεχνολογίας επόμενης γενιάς αλληλουχίας καθιστά δυνατό ολόκληρο το ανάκριση του γονιδιώματος. Στόχος μας είναι να αναλύσει RNA-επόμενα δεδομένα από κινέζικα και δυτικά ασθενείς του προστάτη, προκειμένου να προσδιοριστούν τα παθογόνα και την ένταξή τους στο πλαίσιο των γονιδιωμάτων υποδοχής.

Υλικά και Μέθοδοι

Τρία σύνολα δεδομένων RNA-επόμενα

Σύνολο δεδομένων 1:. μονά-end miRNA-επόμενα δεδομένα των συνενωμένων βιοψία δείγματος του προστάτη και ένα ενοποιημένο δείγμα ελέγχου της Αυστραλίας ασθενείς χωρίς ανιχνεύσιμη καρκίνο

Μικρές αλληλουχίας RNA χρησιμοποιήθηκε στο προφίλ και συγκρίνετε miRNAs στο μη-σπέρματος κυτταρικό κλάσμα του σπερματικού υγρού από άνδρες με καρκίνο βιοψία (ένα ενοποιημένο δείγμα από 6 άνδρες) και οι άνδρες με αυξημένα PSA στον ορό αλλά αρνητικά αποτελέσματα βιοψίας (α ομαδοποιημένο δείγμα από 6 άνδρες) [37]. RNA εκχυλίστηκε χρησιμοποιώντας το αντιδραστήριο ΤπζοΙ (Life Technologies) και καθαριστεί χρησιμοποιώντας RNeasy Mini κιτ (Qiagen). . Το ενιαίο τέλος miRNA-επόμενα δεδομένα κατεβάσει από EBI ΕΝΑ (https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SRP041082)

Σύνολο δεδομένων 2: ζεύγη τέλος mRNA- δεδομένων και επόμενα του προστάτη ιστών από Καυκάσιοι ασθενείς.

Transcriptomes (polyA +) 20 όγκων του προστάτη και 10 ταιριάζουν παρακείμενους ιστούς αλληλουχήθηκαν χρησιμοποιώντας την πλατφόρμα Illumina GAII. RNA εκχυλίστηκε από τα δείγματα με χρήση του κιτ Ribopure (Ambion). Σύνολο RNA δείγματα υποβλήθηκαν σε επεξεργασία για προσδιορισμό αλληλουχίας με τη χρήση της μεταγραφικό Illumina mRNA-seq πρωτόκολλο. Η παθολογική κατάσταση του δείγματα όγκου επιβεβαιώθηκε πριν από την επεξεργασία, και τα δείγματα όγκων είχαν ένα ποσοστό των κυττάρων του όγκου & gt? 80% με Gleason σκορ κυμαίνεται από 6 έως 9 [38]. Το mRNA-επόμενα δεδομένα κατεβάσει από EBI ΕΝΑ (https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SRX022060-SRX022089)

Σύνολο δεδομένων 3:. Ζεύγη τέλος του mRNA-seq Τα κινεζικά tissues προστάτη.

Ο καρκίνος του προστάτη και των παρακείμενων φυσιολογικών ιστών από 14 ασθενείς που προέρχονται από τη Σαγκάη Changhai Νοσοκομείο χρησιμοποιήθηκαν ως ομάδα για αλληλουχίας RNA (με τη χρήση Illumina HiSeq 2000 machine αλληλουχίας). Τα δείγματα όγκων είχαν Gleason σκορ κυμαίνεται από 4 έως 8 [39]. Τα δεδομένα mRNA-επόμενα είχε κατεβάσει από EBI ΕΝΑ (https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERP000550). Πέντε δείγματα (4Τ, 5T, 6Ν, 11T, 12Ν) δεν είχε διαθέσιμα ζεύγη τέλος διαβάζει, το οποίο αναλύσαμε, χρησιμοποιώντας ένα μόνο άκρο της στρατηγικής.

Όλα τα σύνολα δεδομένων δημιουργήθηκαν σε μορφή FASTQ. Η συλλογή του δείγματος, αλληλούχιση και κλινικές πληροφορίες των συνόλων δεδομένων 3 RNA-επόμενα εισήχθη στο S1 αρχείου. Η μέση διάρκεια ανάγνωσης για το σετ δεδομένων 1, 2, 3 είναι 49bp, 36bp και 90bp αντιστοίχως.

Τα παθογόνα ερευνηθεί στο έργο μας

Κάναμε μια συστηματική ανασκόπηση της βιβλιογραφίας των ιών και των βακτηρίων που αναφέρθηκαν σε καρκίνο του προστάτη και τελικά επιλεγεί επτά ιούς: HPV, HCMV, XMRV, BKV, του ιού JC, SV40, EBV και ένα bacterium- Propionibacterium acnes (

P

acnes

.) για να διερευνήσει τις ενώσεις παθογόνο τους με ΣΕΣΣ. Επίσης χρησιμοποιήσαμε τον ιό HBV, η οποία μπορεί να προκαλέσει ηπατίτιδα Β και σπάνια εμφανίζεται σε ασθενείς με προστάτη, όπως ένας ιός αρνητικού ελέγχου για την αξιολόγηση των αποτελεσμάτων ανάλυσης αλληλουχίας μας.

Ακολουθίες αναφοράς που χρησιμοποιείται για τη χαρτογράφηση

Η αναφορά αλληλουχίες αποτελούνταν από ανθρώπινη και παθογόνου αλληλουχίες. Ανθρώπινες αλληλουχίες γονιδιώματος και μεταγραφικό είχαν κατεβάσει από την ιστοσελίδα του NCBI (NCBI χτίσει 37). acnes Propionibacterium και όλες οι ιικές αλληλουχίες γονιδιώματος και μεταγραφικό ελήφθησαν επίσης από το NCBI χτίσει 37.

Η ανίχνευση του παθογόνου και την ανάλυση των θέσεων ενσωμάτωσης παθογόνου

δεδομένα mRNA-επόμενα αγωγού ανάλυση για το σετ δεδομένων 2 και Σύνολο δεδομένων 3.

Χρησιμοποιήσαμε το NGS QC Toolkit (v2.3) [40] για να αποβάλει τις κακές mRNA-επόμενα διαβάζει. Δύο κριτήρια χρησιμοποιήθηκαν για να επιλέξετε καλή διαβάζει: cutOffQualScore = 20 και cutOffReadLen4HQ = 90, πράγμα που σημαίνει ότι το 90% των βάσεων ειδική ανάγνωσης πρέπει να έχει ποιότητα βαθμολογίες & gt? = 20. Όλες οι επόμενες αναλύσεις βασίστηκαν σε καθαρό mRNA-επόμενα διαβάζει.

Τόσο Bowtie [41] και το εργαλείο-BLAT ευθυγράμμισης BLAST-όπως [42] χρησιμοποιήθηκαν σε αγωγό ανίχνευση του ιού μας. Παπιγιόν είναι μια υπερταχεία διαβάσει aligner που μπορεί να χαρτογραφήσει γρήγορα δεκάδες εκατομμύρια ενιαίο τέλος ή ζεύγη-end διαβάζει. Χρησιμοποιήσαμε Bowtie2 (έκδοση 2.1.0) και εφαρμόζεται προεπιλεγμένες παραμέτρους για την πραγματοποίηση της ευθυγράμμισης.

BLAT είναι ένα εργαλείο ευθυγράμμισης όπως BLAST, αλλά δομημένο με διαφορετικό τρόπο. Μπορεί αποτελεσματικά χάρτη σύντομο διαβάζει σε όλη κόμβους εξόνιο-εξόνιο και ταυτοποίηση νέων κόμβων σύνδεσης. Εδώ χρησιμοποιούμε αυτόνομο V.35 BLAT. Οι παράμετροι που εφαρμόζονται για την ευθυγράμμιση διαβάζει με αλληλουχίες αναφοράς είναι τα εξής:. MinScore = 20, minIdentity = 88, μέγεθος βήματος = 5, και σε συνδυασμό λεπτή και δεν λεπτή κατάσταση

Πριν από τη χαρτογράφηση του διαβάζει, πραγματοποιήσαμε μια ευθυγράμμιση μεταξύ των αλληλουχιών του ανθρώπου και των παθογόνων για τον εντοπισμό συναινετικών αλληλουχιών, οι οποίες χρησιμοποιούνται για το φιλτράρισμα ψευδών συντήξεις. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 1Α, πρώτες διαβάζει πρώτα χαρτογραφηθεί στην ανθρώπινη και παθογόνο αλληλουχίες αναφοράς με Bowtie2, και στη συνέχεια unmapped διαβάζει (μόνο για το μήκος (read) & gt? 30) επιλέχθηκαν έξω για να εκτελέσει τοπική ευθυγράμμιση με BLAT. Αν δύο ζεύγη τέλος διαβάζει τα μοναδικά χαρτογραφήθηκαν με μία ανάγνωση αντιστοιχίζονται με ανθρώπινες αλληλουχίες και το άλλο ανάγνωσης αντιστοιχίζονται σε συγκεκριμένες αλληλουχίες παθογόνο, η αντιστοιχισμένη-end διαβάζει θεωρήθηκαν υποψήφια σύντηξης ανθρώπου-παθογόνο διαβάσει. Εάν η ανάγνωση από το ένα άκρο ζεύγη-διαβάζει ήταν μοναδικά χαρτογραφηθεί στο ανθρώπινο ή παθογόνο αλληλουχίες, και το άλλο άκρο ανάγνωσης ήταν μοναδικά από δύο μέρη: το ένα μέρος αντιστοιχίζονται με ανθρώπινες αλληλουχίες και αφετέρου με αλληλουχίες παθογόνο, αυτό σημάνθηκε μια ακατέργαστη ανθρώπου- περίπτωση συγχώνευσης παθογόνο. Μετά την ανίχνευση όλων των πρώτων εκδηλώσεων της σύντηξης, εφαρμόσαμε τα κριτήρια μας για να φιλτράρει τα ψευδώς θετικά διαβάζει και επιλέξτε υποψήφιοι σύντηξης.

(Α) αγωγός ανίχνευση του παθογόνου (Β) Fusion Διαβάζει με ένα μέρος (Ρ1) αντιστοιχίζονται με ανθρώπινες ακολουθίες και το άλλο τμήμα (Ρ2) αντιστοιχίζονται με παθογόνου ακολουθίες. Διαβάζει σημειώνονται με μπλε αντιστοιχίζονται σε ανθρώπινες ακολουθίες, διαβάζει σημειώνονται με πράσινο αντιστοιχίζονται με σειρές παθογόνο, διαβάζει σημειώνονται με μαύρο χρώμα είναι unmapped.

Η

Για κάθε ένα τέλος σε συνδυασμό με ένα μέρος (Ρ1) αντιστοιχίζεται σε ανθρώπινες αλληλουχίες και το άλλο τμήμα (Ρ2) αντιστοιχίζεται με παθογόνου αλληλουχίες (βλέπε Σχήμα 1Β), τα ακόλουθα κριτήρια χρησιμοποιήθηκαν για τη διήθηση σύντηξης:

απαιτείται ότι Ρ1 είναι αυστηρά αντιστοιχίζονται με ανθρώπινες αλληλουχίες και Ρ2 είναι αυστηρά χαρτογραφηθεί σε αλληλουχίες παθογόνο . Ούτε P1 ούτε Ρ2 μπορεί να επικαλύπτονται με συναινετικές αλληλουχίες

Η χαρτογραφηθεί αναλογία Ρ1 /(P1 + P2) ή P2 /(Ρ1 + P1) & lt.? = 0,8.

P1 ή P2 θα πρέπει να μοναδικά χαρτογραφηθεί.

P1 ή P2 δεν θα πρέπει να έχει ακολουθίες χαμηλής πολυπλοκότητας.

Η

Μετά από να πάρει τη συγχώνευση υποψήφιος διαβάζει, τους αντιστοιχίζονται με τις συναινετικές αλληλουχίες από άνθρωπο παθογόνο για την απομάκρυνση ψευδώς θετικών συντήξεις σε περιπτώσεις όπου η σύντηξη διαβάζει πιθανό ήρθε από συναινετικές αλληλουχίες. Τέλος, πρέπει επίσης να ελέγχεται με το χέρι την αξιοπιστία τους, από την περιήγηση τους ευθυγράμμιση χρησιμοποιώντας το BLASTN εργαλείο στο διαδίκτυο (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) για να διασφαλιστεί ότι οι περιφέρειες P1and Ρ2 είχαν χαρτογραφηθεί σε αλληλουχίες του ανθρώπου και των παθογόνων .

miRNA-επόμενα αγωγού ανάλυση των δεδομένων για το σετ δεδομένων 1.

miRNA-επόμενα είναι ένας τύπος RNA-επόμενα, η οποία χρησιμοποιεί την τεχνολογία αλληλούχισης επόμενης γενιάς στην αλληλουχία Τα microRNAs. Πρώτον, φιλτράρονται οι πρώτες διαβάζει με σκορ ποιότητα βάσης λιγότερο από 20. Στη συνέχεια, αφαιρέθηκε το μετασχηματιστή «αλληλουχίας 3 χρησιμοποιώντας μια δέσμη ενεργειών BioPerl (διαθέσιμο σε https://www.bioperl.org/wiki/Removing_sequencing_adapters). Υπήρχαν μικρά RNAs, όπως υποβαθμισμένα τμήματα mRNA, rRNAs, tRNAs, miRNAs, siRNAs στο καθαρίζονται διαβάζει.

Επειδή ο σκοπός μας είναι να εξακριβώσουμε αν υπάρχουν παθογόνα στα δείγματα, χρησιμοποιώντας τα miRNA-επόμενα στοιχεία, αναλύσαμε το καθαρό διαβάζει χρησιμοποιώντας το mRNA-επόμενα αγωγού για το ενιαίο τέλος διαβάζει.

Μέτρηση εκπροσώπηση παθογόνο.

Στη μελέτη μας, ποσοτικά εκπροσώπηση παθογόνο καθορίζεται από ένα μέτρο του συνολικού αριθμού των χαρτογραφημένων διαβάζει πάνω στο γονιδιώματος παθογόνου και οι εκφράζονται mRNAs παθογόνο σε ανθρώπινα δείγματα.

Έχουμε υπολογίσει τις εκφράζονται επίπεδα mRNA παθογόνο εξαιρώντας μη μεταγραφεί στοιχεία του γονιδιώματος του παθογόνου. Αυτό εξαλείφει και μειώνει το δυναμικό των ανοησίες διαβάζει και τον αριθμό των μη-μεταγράφονται παθογόνο γονιδιωματική στοιχεία από την πισίνα δεδομένα. Οι μετρήσεις επίπεδο απομαγνητοφώνηση και γονιδιακό επίπεδο υπολογίστηκαν και FPKM (τεμάχια ανά kilobase του εξονίου ανά εκατομμύριο τεμάχια χαρτογραφηθεί) ομαλοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας Μανικετόκουμπα [43]. Στη συνέχεια, ένα φιλτράρισμα FPKM αποκοπής των 1.0 [44] ή μεταγραφή μετράνε & gt? = 2 χρησιμοποιήθηκε για να προσδιοριστεί το επίπεδο της εκφραζόμενης μεταγραφές. Κάθε επίπεδο έκφρασης παθογόνο κάτω από την οριακή τιμή ήταν χαρακτηρισμένα ως έχει καμία έκφραση προφανή mRNA.

Αποτελέσματα

Αναλύσαμε τρία σύνολα δεδομένων RNA-επόμενα του προστάτη samples- δύο από το δυτικό πληθυσμό και ένα από τα Κινέζοι πληθυσμό, χρησιμοποιώντας τις μεθόδους που περιγράφονται στο Υλικά και μέθοδοι τμήμα αυτής της έρευνας χαρτιού. Για τα δεδομένα-set 1 των δεδομένων επόμενα miRNA, 1% περίπου 100M πρώτων διαβάζει χαρτογραφήθηκαν στο ανθρώπινο γονιδίωμα (επειδή οι περισσότεροι από το διαβάζει θα πρέπει να αντιστοιχίζεται με την ανθρώπινη βιβλιοθήκη miRNA). Για τα δεδομένα-set 2, που αποτελείται από προστάτη ασθενών δυτική, η αποτελεσματική μέτρηση ευθυγράμμιση ήταν περίπου 17M κατά μέσο όρο. Περίπου το 86% των διαβάζει χαρτογραφήθηκαν στο ανθρώπινο γονιδίωμα. Για τα δεδομένα σετ 3, που αποτελείται από τους ασθενείς κινεζική προστάτη, η αποτελεσματική μέτρηση ευθυγράμμιση ήταν περίπου 56M κατά μέσο όρο. Περίπου το 85% των διαβάζει χαρτογραφήθηκαν στο ανθρώπινο γονιδίωμα.

Δεν ιού, αλλά

P

.

acnes

ανιχνεύθηκαν στο δείγμα PCa από Σύνολο δεδομένων 1

Κανένας από τους ιούς ανιχνεύθηκαν είτε στο ομαδοποιημένο δείγμα καρκίνου ή το φυσιολογικό δείγμα από το δυτικό πληθυσμό, ωστόσο

P

.

acnes

εντοπίστηκε στο δείγμα καρκίνου (βλ S2 αρχείων και Πίνακας 1). Δεν υπήρχαν υψηλά φορτία ανάγνωσης του

P

.

acnes

γονιδιώματος (περίπου 77 διαβάζει χαρτογραφηθεί σε κάθε 100 kb κατά μέσο όρο), λόγω του περιορισμένου αριθμού μικρών αλληλουχιών RNA αντιστοιχίζονται με τις αλληλουχίες αναφοράς. Τα γονίδια που εκφράζονται με FPKM & gt? 1 ήταν παρατίθενται στον Πίνακα 1. Η ενδοκυτταρική πρωτεάση /γενική πρωτεΐνη του στρες 18 (YP_056816.1) ανταποκρίνεται σε περιβαλλοντικούς στρεσογόνους παράγοντες, συμπεριλαμβανομένων ακραίες θερμοκρασίες, έκθεση σε τοξίνες, και μηχανικές βλάβες. Υποθετική πρωτεΐνη PPA0381 (YP_055091.1) είναι πιθανό να διαδραματίσει έναν ρόλο στην ξενιστή-ιστό βιολογική αποδόμηση και τη φλεγμονή [45]. Βακτηριακές μεταφορείς ABC είναι απαραίτητα στην βιωσιμότητα των κυττάρων, την παθογένεια και την παθογένεια [46]. Fe (III) dicitrate ABC μεταφορέα (YP_056465.1) συμμετέχει σε συστήματα πρόσληψης σιδήρου ABC που είναι σημαντικά δράστες της παθογένειας

Η

Δεδομένου ότι το μήκος ανάγνωσης ήταν & lt.? 60bp, δεν μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε ένα ενιαίο τέλος στρατηγική για να βρουν τον άνθρωπο βακτηρίων συγχωνεύσεις σε αυτά τα δείγματα.

Δεν ιού, αλλά

P

.

acnes

ανιχνεύεται τόσο σε προστάτη και τα γειτονικά καλοήθη δείγματα σε σύνολο δεδομένων 2

Δεν υπήρχαν προφανείς ιό χαρτογραφηθεί διαβάζει ανιχνεύθηκαν στα δείγματα 20 προστάτη ούτε στα 10 συμφωνημένα δίπλα δείγματα από τη δυτική ασθενείς. Ωστόσο

η P

.

acnes

υπογραφή ανιχνεύθηκε σε αμφότερα τα δείγματα καρκίνου και γειτονικά δείγματα (βλ S2 File). 14 από τα 20 δείγματα καρκίνου και 9 στους 10 παρακείμενο καλοήθη δείγματα είχαν τουλάχιστον 2 εκφράζονται

P

.

acnes

μεταγραφές.

Χρησιμοποιώντας 10 ζεύγη καρκίνου και των γειτονικών δειγμάτων, εντοπίσαμε 7 καρκίνο συγκεκριμένα γονίδια από

P

.

acnes

, το σύνολο των οποίων εκφράζονται σε τουλάχιστον 3 από 10 δείγματα καρκίνου (βλέπε Πίνακα 2). Μεταξύ αυτών, οι βακτηριακές τοποϊσομεράση Ι (YP_054960.1) απαιτείται για την αποτροπή της hypernegative supercoiling του DNA κατά τη διάρκεια της μεταγραφής και παίζει σημαντικό ρόλο στην μεταγραφή των γονιδίων στρες κατά τη διάρκεια της βακτηριακής απόκρισης στρες [47]. Και παράγοντα επιμήκυνσης G (YP_056556.1) προωθεί το βήμα της μετατόπισης στη σύνθεση βακτηριακών πρωτεϊνών.

Η

Προσπαθήσαμε να βρούμε σύντηξης ανθρώπου-βακτήρια στο

P

.

acnes

εντοπίστηκαν δείγματα, αλλά καμία τέτοια ζεύγη τέλος διαβάζει όπου ανάγνωσης αντιστοιχίζονται με ανθρώπινες αλληλουχίες και το άλλο αντιστοιχίζονται με

P

.

acnes

εντοπίστηκαν ακολουθίες.

Ιοί και

P

.

acnes

εντοπίστηκαν στον καρκίνο και τα γειτονικά δείγματα δεδομένων που έχουν 3

Σε αυτή τη μελέτη, υπήρχαν 9 συμφωνημένα καρκίνου και των γειτονικών δειγμάτων, 3 ασύζευκτα δείγματα καρκίνου και 2 αταίριαστα γειτονικά δείγματα διαθέσιμα σε δεδομένα που 3 (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι).

Το διαβάζει από

P

.

acnes

εντοπίστηκαν σε όλες τις κινεζικές δείγματα καρκίνου και των παρακείμενων φυσιολογικών δειγμάτων. Δείγμα 7Ν, 7Τ, 8N είχε ένα υψηλό επίπεδο RNA

P

.

acnes

(βλ S2 αρχείου). Όλα τα αλλά 2 δείγματα καρκίνου έχουν αποδείξεις εξέφρασε

P

.

acnes

μεταγραφές. Ωστόσο, δεν βρήκαμε ειδική για τον καρκίνο

P

.

acnes

μεταγραφές που εκφράστηκαν σε τουλάχιστον 3 δείγματα καρκίνου ως πρότυπο κατώφλι μας.

Είναι ενδιαφέρον ότι, κάποιες ιός διαβάζει ανιχνεύθηκαν σε 3 κινεζική 7Τ δείγμα προστάτη δείγματα του καρκίνου και των παρακείμενων δειγμάτων 7N, 8Ν – όλα από ασθενείς με σταδίου ΙΙΙ προστάτη και με υψηλές βαθμολογίες PSA (7Τ & amp? 7Ν: PSA 30.33? 8N: PSA10.4) (βλ S1 αρχείου)

Όλα τα 3 δείγματα ταυτοποιήθηκαν ως έχοντες ιικό φορτίο DNA,. εκφράζεται μεταγραφές και περισσότερα από ένα είδος ιού ανιχνεύθηκε στο καθένα. Τα μολυσμένα προφίλ ιού ήταν παρόμοια στα 3 δείγματα (βλέπε πίνακα 3). Οι ιοί με περισσότερες διαβάζει ήταν SV40, HCMV, EBV και οι ιοί HPV χαμηλού κινδύνου (όπως HPV49, 50, 88108) (βλέπε πίνακα 3 και S3 αρχείου).

Η

Επίσης, χρησιμοποιήσαμε τον αγωγό ανίχνευσης σύντηξης να προσδιορίσει τα γεγονότα σύντηξης ανθρώπου-παθογόνου. Εμείς φιλτράρεται τις πρώτες συγχωνεύσεις χρησιμοποιώντας ακολουθίες συναίνεσης μεταξύ κάθε παθογόνου και την ανθρώπινη ακολουθία. Δεν ιογενή ή βακτηριακή συγχωνεύσεις εντοπίστηκαν σε δεδομένα που 3.

Είναι γνωστό ότι οι διαφορετικές

P

. Οι

acnes

στελέχη που σχετίζονται με τον προστάτη από αυτούς που βρίσκονται συνήθως στο δέρμα [48]. Οι ακολουθίες σχέδιο γονιδίωμα δύο στελέχη του

P

.

acnes

απομονωθεί από ριζική προστατεκτομή δείγματα (

P

.

acnes

Ρ6 και

P

.

acnes

PA2) έχουν αναφερθεί [ ,,,0],49]. Προσπαθήσαμε να χρησιμοποιήσει τις αλληλουχίες του γονιδιώματος του 3 στελέχη: KPA171202 (από το δέρμα), Ρ6 και ΡΑ2 (από προστάτη), αλλά οι μετρήσεις αναγνώσεως δεν ήταν αρκετά υψηλή για να ανιχνεύσει την πίεση ειδικών αλληλουχιών γονιδίων όπως το γονίδιο καθαριότητα (RecA) ή η θεωρούμενη αιμολυσίνη γονίδιο (ΤΙγ) προκειμένου να διερευνηθεί η φυλογενετική σχέση μεταξύ βακτηριακών οργανισμών [50, 51]. 16S rRNA είναι ο χρυσός κανόνας για φυλογενετική ανάλυση. Ωστόσο, 16S rRNA μπορεί να αφαιρεθεί κατά τη διάρκεια της προετοιμασίας της βιβλιοθήκης αλληλούχιση σύμφωνα με τα πρωτόκολλα του RNA-seq τεχνολογία. Εμείς δεν εντόπισε οποιαδήποτε διαβάζει αντιστοιχίζονται με 16S rRNA.

Συζήτηση

μολύνσεις μικροοργανισμών του προστάτη από

P

.

acnes

, HPV, HCMV, του ιού JC και BKV και. ο ανακαλύφθηκε πρόσφατα, XMRV έχουν προταθεί ως σημαντικοί παράγοντες κινδύνου για την ανάπτυξη του προστάτη [17, 19, 23, 29, 52, 53]. Μέχρι τώρα, οι μελέτες που αποσκοπούν στην αναπαράγει τις συσχετίσεις μεταξύ αυτών των λοιμώξεων παθογόνου με προστάτη έχουν δώσει αντικρουόμενα αποτελέσματα μεταξύ των διαφόρων εθνοτικών ομάδων. τρέχουσα μελέτη μας ανέλυσε τις ενώσεις μεταξύ των μολύνσεων παθογόνου μεταξύ των κινεζικών και δυτικές ασθενείς προστάτη χρησιμοποιώντας RNA-seq. Για τις γνώσεις μας, αυτή είναι η πρώτη ανάλυση του ρόλου αυτών των ιών και των βακτηρίων στην ανάπτυξη των όγκων του προστάτη και των δύο δυτικές και κινεζικές ασθενείς χρησιμοποιώντας δεδομένα NGS.

Το βακτήριο

P

.

acnes

ανιχνεύθηκε σε όλα τα τρία σύνολα δεδομένων, και στις δύο καρκινικούς ιστούς και των παρακείμενων ιστών καλοήθους προστάτη εκτός σε φυσιολογικά δείγματα από υγιή άτομα. Λόγω των περιορισμών των δεδομένων, δεν μπορούμε να αποκλείσουμε το ενδεχόμενο ότι το

P

.

acnes

ανακαλύψαμε στον ιστό του προστάτη μπορεί να έχουν έρθει από το δέρμα. Η παρατήρησή μας ήταν σύμφωνο με προηγούμενες αναφορές που

P

.

acnes

ήταν διαδεδομένη σε καλοήθεις και κακοήθεις ιστούς του προστάτη [9, 54]. Είναι πολύ πιθανό ότι

P

.

acnes ήταν

παρούσα σε καρκίνο του προστάτη, αλλά όχι φυσιολογικά δείγματα.

P

.

acnes

πιστεύεται ότι επάγει και να διατηρήσει μια φλεγμονώδη αντίδραση με την παραγωγή χημειοτακτικούς παράγοντες που προσελκύουν τα ουδετερόφιλα [55], καθώς και την ικανότητα του

P

.

acnes

να επιβιώσουν φαγοκυττάρωση in vitro έχει επιβεβαιωθεί [56]. Επιπλέον,

P

.

acnes

απελευθερώνει πρωτεασών και άλλων ενζύμων που συμβάλλουν στην βλάβη των ιστών [45]. Η απόκριση του ξενιστή σε

P

.

acnes

χαρακτηρίζεται από την παραγωγή προφλεγμονωδών κυτοκινών όπως παράγοντας νέκρωσης όγκων-α (TNF-α), ιντερλευκίνη 1-α (IL-1α) και η ιντερλευκίνη 8 (IL-8) [57].

P

.

acnes

έχει δειχθεί ότι επάγουν αυτές τις κυτοκίνες και στις δύο μακροφάγα και κερατινοκύτταρα μέσω των οδών σηματοδότησης TLR2 και TLR4 [58, 59].

P

.

acnes

μπορεί να ενέχει αυξημένο κίνδυνο για προστάτη, δεδομένου του ρόλου της σε φλεγμονώδεις διαδικασίες.

Ένα άλλο ενδιαφέρον εύρημα της μελέτης μας είναι ότι παρατηρήσαμε τη διαφορά μεταξύ των γειτονικών ιστών που περιβάλλουν τους όγκους και φυσιολογικούς ιστούς από υγιή άτομα . Η

P

.

acnes

δεν υπάρχουν σε φυσιολογικά δείγματα από υγιή άτομα, αλλά εμφανίστηκε σε όλες τις παρακείμενες δείγματα των ασθενών προστάτη στο έργο μας. Οι ιστοί που γειτνιάζουν με όγκους του προστάτη μπορεί επίσης να υποβάλλονται σε αλλαγές που σχετίζονται όγκου, ως εκ τούτου προσεκτική χαρακτηρισμός αυτών των διαφορετικών ιστών είναι απαραίτητο να κατανοήσουμε τις μοριακές αλλαγές που οδηγούν προς PCA [60].

Δεν ιοί ανιχνεύθηκαν σε δείγματα δυτική προστάτη Σύνολο δεδομένων σε 1 και 2. Ωστόσο, οι ιοί, όπως HCMV, EBV, SV40 και χαμηλού κινδύνου HPVs ταυτοποιήθηκαν σε ορισμένα από τα κινέζικα ιστών του προστάτη (τόσο καρκίνου και γειτονικά δείγματα) σε Σύνολο δεδομένων 3. Η παρουσία αμφοτέρων των αλληλουχιών γονιδίου HPV και EBV ήταν παρούσα σε ίση αναλογία της κανονικής, καλοήθεις και προστάτη δείγματα από αυστραλιανό αρσενικά. Ωστόσο, χρησιμοποιώντας μια σειρά αναλυτικών τεχνικών, συμπεριλαμβανομένης της in situ αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης (IS-PCR) και το πρότυπο υγρό PCR πριν τελικά αλληλούχηση του προϊόντος [21], δεν μεταγραφές ιός DNA ανιχνεύθηκαν στα δείγματα προστάτη χρησιμοποιώντας δεδομένα RNA-seq από η TCGA Portal (https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/) [61, 62]. Τα διαφορετικά αποτελέσματα από διάφορες μελέτες είναι πιο πιθανό να αποδοθεί σε δείγμα διαφορές: εθνοτική διαφορά, παθολογικές διαφορά, κ.λπ. Η κινεζική 7Ν δείγμα, 7Τ, 8N μολύνθηκαν από δύο

P

.

acnes

και άλλους ιούς. Η παρουσία πολλαπλών ιικών αλληλουχιών στο ίδιο δείγμα όγκου του προστάτη είναι ιδιαίτερα αξιοσημείωτο επειδή αυτές οι παρατηρήσεις επιβεβαιώνουν την εκτίμηση του Zambrano et al. [63] ότι ο προστάτης είναι ένα ενδιαίτημα για πολλαπλές ιογενείς και άλλες λοιμώξεις, μερικά από τα οποία μπορεί να έχουν ογκογόνο δυναμικό. Επειδή μόνο 2 από τους 14 ασθενείς (Νο.7 ασθενή και No.8 ασθενή) σε στοιχεία που είχαν 3 ιογενείς λοιμώξεις, κανένα στερεό μπορεί να εξαχθεί συμπέρασμα ως προς το αν οι ιοί συμβάλλουν στην ανάπτυξη του προστάτη.

XMRV και άλλους ιούς δεν ανιχνεύθηκαν σε κανένα από τα τρία σύνολα δεδομένων. Τα αποτελέσματά μας είναι συνεπή με την πλειονότητα των δημοσιευμένων μελετών για XMRV, οι οποίες δείχνουν ότι XMRV δεν είναι παρούσα σε ανθρώπους [33, 64-66]. Η απουσία υψηλού HPV16 κινδύνου και HPV18 από οποιοδήποτε από τα σύνολα δεδομένων που αναλύονται δείχνει ότι HPV υψηλού κινδύνου και δεν σχετίζεται με προστάτη σε ασθενείς που ερευνήθηκαν.

Έχει αναφερθεί ότι οι ιογενείς και βακτηριακές ένταξη συμβαίνει στο ανθρώπινο σωματικό γονιδιώματος και μπορεί να παίζει ρόλο στην καρκινογένεση. Το γεγονός ότι δεν εντόπισε κανένα άνθρωπο βακτήρια ή σύντηξη ανθρώπινου ιού σε κάθε σύνολο δεδομένων μπορεί να υποδηλώνουν ότι

P

.

acnes

και οι 4 ιοί (HCMV, EBV, SV40, χαμηλού κινδύνου ιοί HPV) μπορεί να μην εγκυμονούν σοβαρούς κινδύνους για την ανάπτυξη του καρκίνου του προστάτη.

Η μελέτη μας έδωσε μια σειρά από ενδιαφέροντα συμπεράσματα σχετικά με τις υπογραφές των παθογόνων των ασθενών προστάτη. Οι κύριοι περιορισμοί της παρούσας μελέτης είναι η μικρή RNA-επόμενα μέγεθος σύνολο δεδομένων και η έλλειψη διαθέσιμων δειγμάτων ιστού για την επικύρωση. Αν και τα ευρήματα της παρούσας μελέτης, ιδιαίτερα η παρουσία των ιών σε Κινέζους ασθενείς ΣΕΣ, μένει να επικυρωθεί από μεγάλα σύνολα δεδομένων του προστάτη, η ανάλυσή μας ρίχνει φως στην αναδυόμενη εφαρμογή του RNA-επόμενα τεχνολογίας στην ανίχνευση υπογραφών παθογόνο σε ανθρώπινους καρκίνους και αποσαφήνιση μυθιστόρημα μηχανισμοί του παθογόνου με γνώμονα την παθογένεση του καρκίνου.

Υποστήριξη Πληροφορίες

S1 αρχείου. πληροφορίες δείγμα προστάτη για τα τρία σύνολα δεδομένων

doi:. 10.1371 /journal.pone.0128955.s001

(XLSX)

S2 αρχείου. Χαρτογραφήθηκαν διαβάσετε κάλυψη των

P

. .

acnes

σειρές στα τρία σύνολα δεδομένων

doi: 10.1371 /journal.pone.0128955.s002

(XLSX)

S3 αρχείου. Ιικών γονιδίων που εκφράζονται σε δείγματα 7Ν, 7Τ, 8N των δεδομένων που 3.

doi: 10.1371 /journal.pone.0128955.s003

(XLSX)

Ευχαριστίες

ευγνωμοσύνη Αναγνωρίζετε Ziliang Qian και Sophie Dong για την παροχή συμβουλών μας σχετικά με τις μεθόδους ανίχνευσης σύντηξης ιογενή.