Abstract

Ιστορικό

Μεταβολικό σύνδρομο χαρακτηριστικά παίζουν σημαντικό ρόλο στην ανάπτυξη του καρκίνου του παχέος εντέρου. Αντιποκινών, βασικό μεταβολικό σύνδρομο κυτταρική μεσολαβητές, όταν ανώμαλα, μπορούν να προκαλέσουν καρκινογένεση.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Για να διερευνηθεί κατά πόσο πολυμορφισμοί σημαντικών adipokines,

αδιπονεκτίνης

(

ADIPOQ

) και των υποδοχέων του, είτε μόνο του ή σε συνδυασμό με περιβαλλοντικούς παράγοντες, εμπλέκονται σε καρκίνο του παχέος εντέρου, μια μελέτη ελέγχου σε δύο στάδια διεξήχθη. Στο πρώτο στάδιο, αξιολογήσαμε 24 ετικέτας πολυμορφισμών μοναδικού νουκλεοτιδίου (SNPs tag) σε όλη την

ADIPOQ

συνδετήρα και δύο

ADIPOQ

υποδοχείς (

ADIPOR1

και

AdipoR2

) μεταξύ 470 περιπτώσεις και 458 μάρτυρες. Ένας SNP με πολλά υποσχόμενη ένωση στη συνέχεια αναλύθηκε στο στάδιο 2 μεταξύ 314 περιπτώσεις και 355 μάρτυρες. Στη μελέτη μας,

ADIPOQ

rs1063538 συσχετίστηκε με συνέπεια αυξημένο κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου, με αναλογία πιθανοτήτων (OR) 1.94 (95% CI: 1,48 – 2,54) για CC γονότυπο σε σύγκριση με το ΤΤ γονότυπο. Σε δύο-factor αναλύει την αλληλεπίδραση γονιδίων-περιβάλλοντος, rs1063538 παρουσιάζονται σημαντικές αλληλεπιδράσεις με το κάπνισμα, οικογενειακό ιστορικό καρκίνου και της χρήσης αλκοόλ, με ΕΑΠ 4,52 (95% CI: 2,78 – 7,34), 3,18 (95% CI: 1,73 – 5,82) και 1,97 (95% CI: 01/27 – 03/04) για τους καπνιστές, άτομα με οικογενειακό ιστορικό καρκίνου ή πότες με CC γονότυπο σε σύγκριση με τους μη καπνιστές, άτομα χωρίς οικογενειακό ιστορικό καρκίνου ή μη-πότες με ΤΤ γονότυπο, αντίστοιχα. Πολλαπλά αλληλεπιδράσεων γονιδίων-περιβάλλοντος ανάλυση αποκάλυψε σημαντικές αλληλεπιδράσεις μεταξύ

ADIPOQ

rs1063538,

ADIPOR1

rs1539355, το κάπνισμα και το ΔΜΣ. Τα άτομα που φέρουν μία, δύο και τρεις τουλάχιστον παράγοντες κινδύνου παρουσιάζονται 1,18 φορές (95% CI: 0,89 φορές έως 1,58 φορές), 1,87 φορές (95% CI: 1,38 φορές to2.54 φορές) και 4,39 φορές (95% CI: 2,75 φορές σε 7,01 φορές) αυξημένο κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου σε σύγκριση με εκείνους που χωρίς παράγοντα κινδύνου, αντίστοιχα (

P

τάση & lt? 0.0001)

Συμπεράσματα. /Σημασία

Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι οι παραλλαγές στο

ADIPOQ

μπορεί να συμβάλει στην αύξηση κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου στην κινεζική και η συμβολή αυτή μπορεί να τροποποιηθεί από περιβαλλοντικούς παράγοντες, όπως το κάπνισμα, το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου και BMI

Παράθεση:. Liu L, Zhong R, Wei S, Yin JY, Xiang Η, Ζου L, et al. (2011) Αλληλεπιδράσεις μεταξύ γενετικές παραλλαγές στο

Η αδιπονεκτίνη

,

Η αδιπονεκτίνη

Receptor 1 και περιβαλλοντικών παραγόντων στην ο κίνδυνος καρκίνου του παχέος εντέρου. PLoS ONE 6 (11): e27301. doi: 10.1371 /journal.pone.0027301

Επιμέλεια: Takeo Yoshikawa, Rikagaku Kenkyusho Brain Science Institute, Ιαπωνία

Ελήφθη: 5 Ιούλ 2011? Αποδεκτές: 13, Οκτώβρη του 2011? Δημοσιεύθηκε: 7, Νοέμ του 2011

Copyright: © 2011 Liu et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από το Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Κίνας [NSFC-30972534 στην NS, NSFC-81001275 και 81171878 για να MX https://www.nsfc.gov.cn/Portal0/default124.htm] και Πρόγραμμα για New Century εξαιρετικά ταλέντα στην Πανεπιστήμιο [NCET-10-0388 για να MX https://www.edu.cn/]. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

καρκίνος του παχέος εντέρου είναι ένας από τους κορυφαίους αιτία νοσηρότητας και θνησιμότητας του καρκίνου, αντιπροσωπεύοντας κατ ‘εκτίμηση 1, 330, 000 νέες περιπτώσεις και 608, 000 θανάτων από καρκίνο το 2008 σε όλο τον κόσμο [1]. Καρκίνο του παχέος εντέρου έχει καιρό που επικρατεί στη Δυτική πληθυσμούς και εκτιμάται ότι θα προκαλέσει 142, 570 νέες περιπτώσεις και το 51, 370 θάνατοι από καρκίνο στην Unite μέλος το 2010 [2]. Τις τελευταίες δεκαετίες, η συχνότητα εμφάνισης καρκίνου του παχέος εντέρου αυξάνεται εντυπωσιακά στην Κίνα. Για παράδειγμα, ανεπτυγμένη περιοχή στην Κίνα, όπως η Σαγκάη σημείωσε ετήσια αύξηση της τάξης του 4,2% του παχέος επίπτωση του καρκίνου, η οποία ήταν ακόμα σημαντικά υψηλότερη από τη μέση αύξηση της τάξης του 2% σε παγκόσμιο επίπεδο κατά τα τελευταία είκοσι χρόνια [3].

Αν και η πρόκληση καρκίνου του παχέος εντέρου δεν έχει πλήρως κατανοηθεί, επιδημιολογικές μελέτες διαπιστώθηκε ότι οι δυτικές διατροφικές συνήθειες και τη συμπεριφορά μοτίβα, όπως η υψηλή περιεκτικότητα σε λιπαρά, χαμηλή πρόσληψη φυτικών ινών και έλλειψη σωματικής δραστηριότητας, ήταν ο κύριος λόγος για την αύξηση της συχνότητας εμφάνισης καρκίνου του παχέος εντέρου στις αναπτυσσόμενες χώρες. Το μεταβολικό σύνδρομο, μια συνέπεια της δυτικής διατροφικών και συμπεριφοράς μοτίβα και χαρακτηρίζεται από την παχυσαρκία, αντίσταση στην ινσουλίνη και η υπέρταση, στη συνέχεια αποδείχθηκε ότι συμβάλλει στην ορθοκολικού κίνδυνο καρκίνου [4], [5], [6]. Επιδημιολογικές μελέτες έχουν αναφερθεί αυξημένος κίνδυνος καρκίνου του παχέος εντέρου σε παχύσαρκα άτομα σε σύγκριση με τα φυσιολογικά άτομα βάρος [7], [8]. Παρομοίως, οι δείκτες της αντίστασης στην ινσουλίνη, όπως τα υψηλά επίπεδα κυκλοφορίας του C-πεπτιδίου και της πρωτεΐνης που ομοιάζει με ινσουλίνη αυξητικού παράγοντα δέσμευσης 1 (IGFBP-1), έγιναν έδειξαν ότι σχετίζονται άμεσα με κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου του [9], [10]. Εν τω μεταξύ, η παρατήρηση μιας οικολογικής συσχέτιση μεταξύ διαταραχών έκκριση αντιποκινών και χαρακτηριστικά του μεταβολικού συνδρόμου, έχει γεννήσει μια σειρά από επιδημιολογικές μελέτες της σχέσης μεταξύ σημαντικών αντιποκινών, ειδικά μεταξύ αδιπονεκτίνης (ADIPOQ) και οι υποδοχείς της (ADIPORs) με την παχυσαρκία και την αντίσταση στην ινσουλίνη, η οποία έδειξε ότι κυκλοφορούν επίπεδο ADIPOQ ήταν σημαντικά αρνητικά, ενώ το επίπεδο ADIPORs ήταν θετικά, που σχετίζονται με το μεταβολικό σύνδρομο χαρακτηριστικά [11], [12].

με δεδομένη την σύνδεση μεταξύ χαρακτηριστικά του μεταβολικού συνδρόμου και κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου και το βασικό ρόλο της

ADIPOQ

και τα γονίδια των υποδοχέων της στην ανάπτυξη της παχυσαρκίας και της αντίστασης στην ινσουλίνη, τις αναδυόμενες ενδιαφέρον επικεντρώθηκε στο ρόλο του

ADIPOQ

και γονίδια υποδοχέων της σε ορθοκολικό καρκινογένεση. In vitro, ADIPOQ παρουσίασε την τάση της αναστολής της ανάπτυξης και επαγωγή απόπτωσης σε καρκίνο του παχέος εντέρου κυτταρικές γραμμές [13]. In vivo, τα ποντίκια με διαταραχές στη ADIPOQ ορό αναπτύχθηκε περισσότερο εντερικών όγκων [14]. Πρόσφατα, αρκετές σειρές αποδείξεων κατέδειξαν την αντίστροφη σχέση μεταξύ ADIPOQ ορού και του κινδύνου καρκίνου του παχέος εντέρου [15], [16], [17]. Σε μια προοπτική, ένθετα μελέτη ασθενών-μαρτύρων, οι άνδρες με την υψηλότερη ADIPOQ quintile βρέθηκαν να έχουν 68% χαμηλότερο κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου σε σύγκριση με τους άνδρες στο χαμηλότερο πεμπτημόριο (σχετικός κίνδυνος [RR], 0,42? 95% διάστημα εμπιστοσύνης [CI ], 0,23 – 0,78) [18]. Η αντικαρκινική ρόλος του ADIPOQ προκλήθηκε κυρίως από τους υποδοχείς του, η οποία έχει αποδειχθεί ότι καταστέλλει καρκίνου του παχέος εντέρου κυτταρικές γραμμές (συμπεριλαμβανομένων HCT116, ΗΤ29 και LoVo) πολλαπλασιασμού μέσω ADIPOR1- και -R2 μεσολάβηση 5′-ΑΜΡ -ενεργοποιημένου πρωτεϊνική κινάση (ΑΜΡΚ) . Επιπλέον, νοκ ντάουν του

ADIPORs

θα μπορούσε να ανακουφίσει την κατασταλτική επίδραση της ADIPOQ για την ανάπτυξη των καρκινικών κυττάρων του παχέος εντέρου [19]. Επιπλέον, η υπερέκφραση του ADIPORs θα μπορούσε να ενεργοποιήσει ενεργοποιείται από πολλαπλασιαστή περοξυσώματος υποδοχέα-α (PPAR-α), η οποία αναφέρθηκε για να παίξει ένα ρόλο στην αναστολή της FAS και ενεργοποίηση της οικογένειας του υποδοχέα του επιδερμικού αυξητικού παράγοντα για την προαγωγή του σχηματισμού του καρκίνου [20], [21 ]. Επιπλέον, πρόσφατες επιδημιολογικές μελέτες έχουν επίσης ανιχνευθεί αυξημένη έκφραση του ADIPORs σε ορθοκολικά καρκινώματα σε σύγκριση με φυσιολογικό γαστρεντερικό ιστό [22].

Αρκετές πολυμορφισμών στο

ADIPOQ

και γονίδια υποδοχέων της έχουν αποδειχθεί ότι επηρεάζουν την έκφραση αυτών των γονιδίων και την επακόλουθη κίνδυνο καρκίνου [23], [24], [25]. Κακλαμάνη et al. έδειξε ότι ορισμένοι πολυμορφισμοί του

ADIPOQ

και γονιδίων υποδοχέα της συνδέθηκαν με τον καρκίνο του μαστού [26], του καρκίνου του προστάτη [27] και του παχέος εντέρου [28] κινδύνου σε Καυκάσιους. Ωστόσο, μέχρι σήμερα, αυτές ήταν λίγες μελέτες που εξετάζουν τον ρόλο των γενετικών παραλλαγών στο

ADIPOQ

και τα γονίδια των υποδοχέων της ως παράγοντες ευαισθησίας του καρκίνου στην κινεζική πληθυσμό. Ως εκ τούτου, πραγματοποιήσαμε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων σε δύο στάδια για την αξιολόγηση συστηματικά πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) του

ADIPOQ

και τα γονίδια των υποδοχέων της ως προγνωστικός δείκτης του παχέος τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου στην κινεζική πληθυσμό.

αποτελέσματα

χαρακτηριστικά του πληθυσμού της μελέτης

ο Πίνακας 1 παραθέτει τα χαρακτηριστικά των ατόμων που περιλαμβάνονται στη μελέτη ασθενών-μαρτύρων σε δύο στάδια. Δεν υπήρχαν σημαντικές διαφορές στην κατανομή της ηλικίας, του φύλου, της χρήσης αλκοόλ και ΒΜΙ μεταξύ των περιπτώσεων και ελέγχων σε κάθε στάδιο. Η μέση ηλικία ήταν 58 ετών (διατεταρτημοριακό εύρος, 48-67 ετών) και 56 ετών (διατεταρτημοριακό εύρος, 46-67 ετών) σε ελέγχους στο πρώτο και στο δεύτερο στάδιο, αντίστοιχα, σε σύγκριση με 58 yeas παλιά (διατεταρτημοριακό εύρος , 51-67 ετών) και 59 yeas παλιά (διατεταρτημοριακό εύρος, 49-68 ετών) στις περιπτώσεις, αντίστοιχα. Περισσότερα καπνιστές παρατηρήθηκαν σε περιπτώσεις από ό, τι στην ομάδα ελέγχου (λόγος πιθανοτήτων [OR] = 1,95, 95% CI: 1,56 – 2,45 στην συνδυασμένη ανάλυση). Επιπλέον, περισσότερες περιπτώσεις κατείχε το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου και στις δύο μελέτες ασθενών-μαρτύρων (OR = 1,78, 95% CI: 1,34 – 2,38 στην συνδυασμένη ανάλυση).

Η

Κίνδυνος που σχετίζεται με την ατομική SNP

από 2 SNPs στο

ADIPOR1

και 1 SNP στο

AdipoR2

είχαν αποτύχει στο σχεδιασμό των εκκινητών PCR στο πρώτο στάδιο, συνολικά 24 SNPs ετικέτα στο

ADIPOQ

και τα γονίδια των υποδοχέων της αναλύθηκαν και, ως εκ τούτου, το σημείο αποκοπής του

P

αξία ορίστηκε ως 0.002 για multi-σύγκρισης κατά το πρώτο στάδιο. Όλες οι SNPs εφοδιασμένα την ισορροπία Hardy-Weinberg μεταξύ ελέγχων. Η συχνότητα των Τ αλληλίου ήταν 0,55 και 0,54 σε ελέγχους στο πρώτο και δεύτερο στάδιο, σε σύγκριση με 0,46 και 0,46 σε περιπτώσεις, αντίστοιχα. Στο πρώτο στάδιο, 1 πιθανή συσχέτιση βρέθηκε (

P

& lt? 0.001). Η

ADIPOQ

rs1063538 CC γονότυπο συσχετίστηκε με αυξημένο κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου, με ένα OR 1,94 (95% CI: 1,37 – 2,74) σε σύγκριση με το ΤΤ γονότυπο. Στη μελέτη επικύρωσης (στάδιο 2), ο rs1063538 συσχετίστηκε επίσης με αυξημένο κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου, με ένα OR 1,91 (95% CI: 1,23 – 2,95) για CC έναντι ΤΤ γονότυπο. Συνδυασμένη ανάλυση των δύο μελετών έδειξε ότι rs1063538 συσχετίστηκε με αυξημένο κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου. Τα άτομα που μεταφέρουν rs1063538 CC γονότυπο ή C αλληλόμορφο παρουσιάζονται 1,94 φορές (95% CI: 1,48 φορές έως 2,54 φορές) και 1,79 φορές (95% CI: 1,43 φορές έως 2,25 φορές) αυξημένο κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου σε σύγκριση με εκείνους των οποίων μεταφέρονται ΤΤ γονότυπο, αντίστοιχα (Πίνακας 2). Για να ελέγξετε τη στατιστική ισχύ του μεγέθους του δείγματος μας, υπολογίσαμε τη δύναμη για να ανιχνεύσει μια Ή 1,90 στο πρώτο σφάλμα 0.002 σε δοκιμή δύο όψεων χρησιμοποιώντας ένα επικράτηση 0,55 (επικράτηση του Τ αλληλόμορφου του rs1063538 σε ελέγχους). Τα αποτελέσματα ήταν ως εξής: συνδυασμένη μελέτη, ισχύς = 0,99? Στάδιο 1, η ισχύς = 0,94? και Στάδιο 2, ισχύς = 0,81. Τα αποτελέσματα για τις μη σημαντικές SNPs που εμφανίζονται στον Πίνακα S1.

Η

Δύο-παράγοντα γονιδίων-περιβάλλοντος αλληλεπίδρασης και αναλύσεις υποομάδων

Για να διερευνήσει τις πιθανές αλληλεπιδράσεις μεταξύ των

ADIPOQ

rs1063538 και του ΔΜΣ, την κατάσταση, τη χρήση αλκοόλ και οικογενειακό ιστορικό καρκίνου του καπνίσματος, πραγματοποιήσαμε δύο παράγοντα αλληλεπίδρασης γονιδίων-περιβάλλοντος αναλύσεις λογιστικής παλινδρόμησης στην συνολικό πληθυσμό. Τα αποτελέσματα παρουσιάζονται στον Πίνακα 3. Οι καπνιστές που μεταφέρουν CC γονότυπο σημαντικά αυξημένο κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου σε σύγκριση με τους μη καπνιστές που μεταφέρουν ΤΤ γονότυπο, με ένα OR 4,52 (95% CI: 2,78 – 7,34). Τα άτομα με οικογενειακό ιστορικό καρκίνου του υπόθαλψη CC γονότυπο συσχετίστηκε επίσης με σημαντικά αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου, με ένα OR 3,18 (95% CI: 1,73 – 5,82) σε σύγκριση με άτομα χωρίς οικογενειακό ιστορικό καρκίνου μεταφέρουν ΤΤ γονότυπο. Οι χρήστες αλκοόλ με CC γονότυπο παρουσιάζονται 1,97 φορές (95% CI: 1,27 φορές σε 3,04 φορές) αυξημένο κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου σε σύγκριση με το ποτέ πότες που μεταφέρουν ΤΤ γονότυπο. Μπορούμε επίσης να διεξαχθεί στρωματοποιημένη αναλύσεις για

ADIPOQ

rs1063538 να διερευνήσει το ρόλο του πολυμορφισμού σε διαφορετικό πληθυσμό υποομάδας. Σε μη καπνιστές, CC γονότυπο αυξηθεί σημαντικά κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου, με ένα OR 1,74 (95% CI: 1,26 – 2,40) σε σύγκριση με το ΤΤ γονότυπο. Άτομα χωρίς οικογενειακό ιστορικό καρκίνου του υπόθαλψη CC γονότυπο του rs1063538 παρουσίασαν σημαντικά αυξημένο κίνδυνο για καρκίνο του παχέος εντέρου, με ένα OR 1,95 (95% CI: 1,44 – 2,65) σε σύγκριση με το ΤΤ γονότυπο. Σε χρήστες ποτέ αλκοόλ, CC γονότυπο αυξηθεί σημαντικά κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου, με ένα OR 1,87 (95% CI: 1,35 – 2,58) σε σύγκριση με το ΤΤ γονότυπο. Επιπλέον, στην υποομάδα των ΔΜΣ & lt? 25 kg /m

2, τα άτομα με CC γονότυπο του rs1063538 συσχετίστηκε με αυξημένο κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου, με ένα OR 2,05 (95% CI: 1,45 – 2,90) σε σύγκριση με τα άτομα που μεταφέρουν ΤΤ γονότυπος (Πίνακας 4).

η

Πολλαπλά αλληλεπιδράσεων γονιδίων-περιβάλλοντος από Κατηγοριοποίηση και Παλινδρόμηση Δέντρα

Χρησιμοποιήσαμε τα δεδομένα κατά το πρώτο στάδιο για την ευρεία διερεύνηση των δυνατοτήτων γονιδίων-περιβάλλοντος αλληλεπιδράσεις με τη χρήση ταξινόμησης και παλινδρόμησης δέντρα (CART). Στην ανάλυση CART, η αρχική διάσπαση του κόμβου ρίζας ήταν το κάπνισμα, και ποτέ καπνιστές είχαν πολύ υψηλότερη συχνότητα εμφάνισης καρκίνου από τους μη καπνιστές (

P

& lt? 0,05), γεγονός που υποδηλώνει ότι το κάπνισμα ήταν ο ισχυρότερος παράγοντας στην παχέος ευαισθησίας στον καρκίνο. Περαιτέρω έλεγχος της δομής δέντρου ταξινόμησης υποδεικνύεται με συνέπεια

ADIPOQ

rs1063538 ήταν ο ισχυρότερος διάσπαση, ανεξάρτητα από την κατάσταση του καπνίσματος. Ο συνδυασμός ποτέ κάπνισμα και rs1063538 CC γονότυπο παρουσίασαν τον υψηλότερο κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου, με ένα ποσοστό ασθενών 82,4%, ενώ ο συνδυασμός ποτέ κάπνισμα και αλληλόμορφο rs1063538 Τ παρουσίασε τον χαμηλότερο κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου, με ποσοστό 41,4% των ασθενών. Στην ποτέ καπνιστές που φέρουν αλληλόμορφο rs1063538 Τ,

ADIPOR1

rs1539355 ήταν ο ισχυρότερος που σχετίζονται επίδραση του παράγοντα, και ο συνδυασμός ποτέ κάπνισμα, αλληλόμορφο rs1063538 Τ και αλληλόμορφο rs1539355 G εμφάνισε το δεύτερο υψηλότερο κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου, με 66,7% ποσοστό των ασθενών. Σε μη καπνιστές μεταφέρουν

ADIPOQ

rs1063538 CC γονότυπο, ΔΜΣ ήταν η ισχυρότερη επίδραση που σχετίζεται παράγοντα, και ο συνδυασμός ποτέ κάπνισμα, rs1063538 CC γονότυπο και μη υπέρβαρα παρουσίασε ένα ποσοστό ασθενών 52,4% (Σχήμα 1). (Λειτουργικού χαρακτηριστικού δέκτη [ROC] καμπύλη σε μια 10-πλάσια διασταυρωμένης επικύρωσης για την ανάλυση ΚΑΛΑΘΙ παρέχεται ως Σχήμα S1 περιοχή κάτω από την καμπύλη ήταν 0,62, 95% CI της:. 0,59 – 0,66,

P

& lt ?. 0.001)

Terminal κόμβους δείχνουν τον αριθμό των συμμετεχόντων στο Στάδιο 1. κατάστασης της νόσου είχε χαρακτηριστεί ως περιπτώσεις (1) και τους ελέγχους (0)

η

συνδυασμένη επίδραση των παραγόντων κινδύνου

για να ενισχυθεί η στατιστική ισχύ, δεδομένα από συνδυασμένη ανάλυση χρησιμοποιήθηκαν για να ανιχνεύσουν το συνδυασμένο αποτέλεσμα των παραγόντων κινδύνου που προσδιορίζονται από CART. Δεδομένου ότι

ADIPOR1

rs1539355 παρουσιάζονται οι αλληλεπιδράσεις με άλλους παράγοντες, αν και το κύριο αποτέλεσμα αυτού του πολυμορφισμού δεν ανιχνεύθηκε στο πρώτο στάδιο, έχουμε ακόμη διεξάγεται του γονότυπου για αυτό το SNP στο Στάδιο 2 (Πίνακας S2), η οποία θα συμβάλει στην παροχή δεδομένων για ανάλυση επίδραση του παράγοντα-δοσολογίας σε συνολικό πληθυσμό. Για να αξιολογηθεί η συνδυασμένη επίδραση των πολυπαραγοντικών συνδέονται με κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου, που συνόψισε ο αριθμός των παραγόντων κινδύνου της κατάστασης του καπνίσματος,

ADIPOQ

rs1063538, ΔΜΣ και

ADIPOR1

rs1539355 σε κάθε άτομο και αναλύεται η προκύπτουσα παχέος τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Για περιβαλλοντικούς παράγοντες, το κάπνισμα και BMI≥25 kg /m

2 επιλέχθηκαν ως παράγοντες κινδύνου. Οι γονότυποι των

ADIPOQ

rs1063538 και

ADIPOR1

rs1539355 ταξινομήθηκαν ως δυαδικές μεταβλητές σύμφωνα με τα διάσπαση αποτελέσματα της CART, δηλαδή rs1063538 CC, και rs1539355 AG ή GG γονότυπο θεωρήθηκαν ως παράγοντες κινδύνου. Εμείς χωρίζεται το συνολικό πληθυσμό σε τέσσερις υποομάδες με βάση τον αριθμό των παραγόντων κινδύνου. Βρήκαμε μια σημαντική συσχέτιση επίδραση της δοσολογίας για αυξημένη κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου, με την αύξηση του αριθμού των παραγόντων κινδύνου (

P

για τάση & lt? 0,0001). Σε σύγκριση με τα άτομα χωρίς παράγοντες κινδύνου, τα άτομα που φέρουν 1, 2 και 3 τουλάχιστον παράγοντες κινδύνου παρουσίασαν μια κλίση αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου με ΕΑΠ 1,18 (95% CI: 0,89 – 1,58), 1,87 (95% CI: 1,38 – 2,54) και 4,39 (95% CI: 2,75 – 7,01)., αντίστοιχα (Πίνακας 5)

η

Συζήτηση

Αυτή η μελέτη αξιολόγησε συστηματικά τη σχέση μεταξύ ενός συνόλου των πολυμορφισμών στο

ADIPOQ

και τα γονίδια υποδοχέα του και του παχέος εντέρου. Το σημαντικότερο εύρημα ήταν η στατιστικά σημαντική συσχέτιση του πολυμορφισμού στο

ADIPOQ

(rs1063538) με αυξημένο κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου. Επιπλέον, η παχέος καρκινογένεση ρόλο του

ADIPOQ

rs1063538 τροποποιήθηκε από περιβαλλοντικούς παράγοντες, όπως το κάπνισμα, οικογενειακό ιστορικό καρκίνου, η χρήση αλκοόλ και ΔΜΣ, και το συνδυασμένο αποτέλεσμα των πολλαπλών πιθανούς παράγοντες, όπως το κάπνισμα,

ADIPOQ

rs1063538, ΔΜΣ και

ADIPOR1

rs1539355, έδειξαν σημαντική επίδραση της δοσολογίας σε μια προσέγγιση αλληλεπίδρασης γονιδίων-περιβάλλοντος.

στην κύρια ανάλυση ισχύ μας, το

ADIPOQ

rs1063538 ήταν η μόνη SNP παρουσίασαν στατιστικά σημαντική συσχέτιση με αυξημένο κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου. Αυτή η ένωση είναι βιολογικά αληθοφανής. Πρώτον, η

ADIPOQ

και γονίδια υποδοχέων της ήταν πρόσφατα βρέθηκε να παίζουν ρόλο στην καρκινογένεση ιδιαίτερα στην παχυσαρκία σχετίζεται κακοήθειες. Έχει δειχθεί ότι ADIPOQ θα μπορούσε να καταστείλει την ανάπτυξη ορισμένων κακοήθων κυττάρων με ρύθμιση AMPK ή β-κατενίνης Wnt μονοπάτι, δύο εκ των οποίων ασκείται επίδραση στην καρκινογένεση [29]. ADIPOQ μπορεί επίσης να συμβάλει στην αντικαρκινική με την προώθηση της απόπτωσης. Τα επίπεδα ADIPOQ έχουν συσχετισθεί με την ενεργοποίηση των αποπτωτικών ενζύμων στον καταρράκτη κασπάσης, η οποία οδήγησε σε κυτταρικό θάνατο, η διαμόρφωση της έκφρασης διαφόρων γονιδίων απόπτωσης που σχετίζονται με μυελομονοκυτταρική κύτταρα, και τη μείωση της νεοαγγείωσης του όγκου [30]. Υψηλό επίπεδο έκθεσης ADIPOQ έχει αποδειχθεί ότι αναστέλλουν τον πολλαπλασιασμό καρκίνου του παχέος εντέρου κυτταρικές γραμμές [13], ενώ, νοκ-άουτ από

ADIPOQ

θα μπορούσε να προωθήσει την ανάπτυξη του όγκου σε ποντικούς με τη μείωση διήθηση μακροφάγων [31]. Επιπλέον, επιδημιολογικές μελέτες έχουν βρει υποέκφραση ADIPOQ υπάρχουν σε μία ευρεία ποικιλία ανθρώπινων καρκίνων, το οποίο υποστήριξε έντονα τη σημασία της ADIPOQ την καταστολή της έναρξης του καρκίνου και την ανάπτυξη [32]. Δεύτερον, οι rs1063538 SNP βρίσκεται εντός της περιοχής 3’UTR του

ADIPOQ

και προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει ότι πολυμορφισμοί στο 3’UTR παρουσίασε σημαντική επίπτωση στο επίπεδο ADIPOQ. Για παράδειγμα, rs6773957 και rs3774261 βρέθηκαν να είναι τα πιο ισχυρά συνδεδεμένες SNPs σε αμερικανικά μέσα σε ένα γονιδίωμα σε επίπεδο σύνδεσης και σύνδεσης σαρώσεις του επιπέδου ADIPOQ, και οι δύο εκ των οποίων βρίσκονται στην 3’UTR του γονιδίου αυτού και συλλαμβάνεται από rs1063538 [33 ]. Δεδομένου του σημαντικού ρόλου των ADIPOQ στη ρύθμιση του κυτταρικού πολλαπλασιασμού και της απόπτωσης [34], [35], και ο ρόλος της 3’UTR στη ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης, είχε εξαχθεί το συμπέρασμα ότι πολυμορφισμοί στο 3’UTR του

ADIPOQ

θα μπορούσε να διαδραματίσει ένα ρόλο στην καρκινογένεση του παχέος, η οποία τεκμηριώνεται με Κακλαμάνη et al. [26]. Στη συνέχεια, μπορούμε να συμπεράνουμε ότι θα μπορούσαν να επηρεάσουν rs1063538 ορθοκολικού κίνδυνο καρκίνου κατά ανισορροπία σύνδεσης της με άλλες SNPs στην 3’UTR να ρυθμίζει την έκφραση του

ADIPOQ

, ωστόσο, παρέμεινε να επιβεβαιωθεί. Επιπλέον, είναι επίσης πιθανό ότι αυτή η SNP είναι απλώς ένας SNP ετικέτα η οποία είναι σε ανισορροπία σύνδεσης με το πραγματικό SNP συνάφειας. Το πραγματικό SNP αιτιώδης μπορεί να βρίσκεται στην περιοχή κωδικοποίησης και να επηρεάσει τη λειτουργία της πρωτεΐνης στο μετα-μεταφραστική επίπεδο [36].

Εκτός από τη μέτρια κύριο αποτέλεσμα της

ADIPOQ

rs1063538, παρατηρήσαμε επίσης σημαντική επίδραση των αλληλεπιδράσεων γονιδίων-περιβάλλοντος, η οποία ήταν σε θέση να ενισχύσουν την μέτρια επίδραση του ενιαίου γενετική παραλλαγή, και να ενισχύσει την προφητική δύναμη. Σε δύο-factor αναλύει την αλληλεπίδραση γονιδίων-περιβάλλοντος και στρωματοποιημένη αναλύσεις, βρήκαμε ότι τα άτομα που μεταφέρουν

ADIPOQ

rs1063538 CC γονότυπο παρουσιάζονται διαφορετικές κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου σε διαφορετικό καθεστώς το κάπνισμα, οικογενειακό ιστορικό καρκίνου των κατηγοριών, η χρήση αλκοόλ και ΔΜΣ. Με συνέπεια, μια σημαντική αλληλεπίδραση ανιχνεύθηκε επίσης μεταξύ των

ADIPOQ

rs1063538,

ADIPOR1

rs1539355, την κατάσταση και BMI καπνίσματος σε ανάλυση CART. Παρά το γεγονός ότι τα στατιστικά αλληλεπιδράσεις δεν συνεπάγονται κατ ‘ανάγκην βιολογική αλληλεπιδράσεις, πολλές γραμμές στοιχείων προτείνουν ότι τα ευρήματά μας μπορεί να είναι βιολογικά αληθοφανής. Ως ένας από τους κύριους adipokines, ADIPOQ δρα δια διασυνδέσεως με τους υποδοχείς του, ADIPOR1 και AdipoR2 [32]. Προηγουμένως μελέτες έχουν τεκμηριώσει ότι ADIPOQ καταστέλλεται καρκίνου του παχέος εντέρου κυτταρικές γραμμές (συμπεριλαμβανομένων HCT116, ΗΤ29 και LoVo) πολλαπλασιασμού μέσω ADIPOR1- και -R2 μεσολάβηση ΑΜΡΚ, ενώ knockdown του ADIPORs όπως ADIPOR1 ανακουφίζεται η κατασταλτική επίδραση του ADIPOQ επί της ανάπτυξης των καρκινικών κυττάρων [19]. Αν και η

ADIPOR1

rs1539355 δεν ήταν εντοπιζόμενες λειτουργικές SNP, αυτός ο πολυμορφισμός βρέθηκε επίσης να σχετίζεται με μειωμένη αντίσταση στην ινσουλίνη, γεγονός που υποδηλώνει μπορούσε να υπάρχει κάποια σχέση μεταξύ αυτού του πολυμορφισμού και γονιδιακή έκφραση ή λειτουργία [37]. Εκτός αυτού, οι

ADIPOR1

rs1539355 θα μπορούσε να αναδείξει το ρόλο του

ADIPOQ

SNPs στο γονότυπο παχυσαρκία [38]. Δεδομένου ότι τόσο η αντίσταση στην ινσουλίνη και την παχυσαρκία γονότυπους αποδείχθηκε σχετίζεται με ορθοκολικό κίνδυνο καρκίνου, ήταν λογικό να πιστεύουμε ότι οι αλληλεπιδράσεις μεταξύ των παραλλαγών του

ADIPOQ

και τα γονίδια των υποδοχέων της έπαιξε ρόλο στην καρκινογένεση του καρκίνου του παχέος εντέρου [39]. Εκτός από τις αλληλεπιδράσεις μέσα

ADIPOQ

οδό σήματος, η λειτουργία του

ADIPOQ

και τα γονίδια των υποδοχέων της τροποποιήθηκε επίσης από κάποιους που σχετίζονται κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου περιβαλλοντικούς παράγοντες, όπως το κάπνισμα και το ΔΜΣ. Προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει ότι η παχυσαρκία θα μπορούσε δυνητικά να επηρεάσουν την ενεργοποίηση του

ADIPOQ

και γονιδίων υποδοχέα του και μετέπειτα κίνδυνο καρκίνου [40], [41]. Για παράδειγμα, Tang et al. έδειξε ότι μια θετική συσχέτιση των γενετικών παραλλαγών του

ADIPOQ

με καρκίνο του προστάτη περιορίζεται στα πρόσωπα που ήταν υπέρβαροι [42] και Πετρίδου et al. έδειξε ότι οι γυναίκες με υψηλό ΔΜΣ και τα χαμηλά ADIPOQ πλάσμα είχαν 6,5 φορές αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του ενδομητρίου σε σύγκριση με τις γυναίκες με φυσιολογικό ΔΜΣ και υψηλότερες συγκεντρώσεις ADIPOQ [43]. έκθεση στον καπνό επίσης καταδείχθηκε ότι αναστέλλει την έκφραση του mRNA του

ADIPOQ

στα λιποκύτταρα. Όταν συγκρίνεται με κανένα, περιβαλλοντική έκθεση καπνό πάνω από 10 τσιγάρα την ημέρα συσχετίστηκε με χαμηλή ADIPOQ επίπεδο [44]. Αντιστρόφως, διακοπή του καπνίσματος βρέθηκε να σχετίζεται με αυξημένο επίπεδο ADIPOQ πλάσμα [45], [46]. Οικογενειακό ιστορικό καρκίνου και της χρήσης αλκοόλ καθορίστηκε επίσης παράγοντες κινδύνου για καρκίνο του παχέος εντέρου, ωστόσο, οι μελέτες για την επίδραση αυτών των δύο παραγόντων στην έκφραση του

ADIPOQ

και των υποδοχέων γονιδίων του ήταν περιορισμένες. Αν και υπήρχε ακόμα θα πρέπει να αντιμετωπιστεί κάποιος μηχανισμός, οι αλληλεπιδράσεις μπορεί να αποκαλύψει μια βιολογική προώθηση αυτών των παραγόντων.

Υπάρχουν κάποιοι περιορισμοί στη μελέτη μας. Κατ ‘αρχάς, αυτή η μελέτη ασθενών-μαρτύρων δύο σταδίων νοσοκομείο με βάση και η μεροληψία επιλογής μπορεί να υπάρχουν, δεδομένου ότι οι έλεγχοι ήταν από έναν πληθυσμό υγειονομική εξέταση που μπορεί να μην είναι ιδανική εκπρόσωποι της γεωγραφικά συμφωνημένα πληθυσμού σε παρόμοιες περιβαλλοντική έκθεση. Ωστόσο, οι έλεγχοι προέρχονται από την ίδια περιοχή με τις περιπτώσεις και τυχαία δειγματοληψία, η οποία μπορεί να μειώσει την επίδραση των μεροληψία της επιλογής. Δεύτερον, η ενημέρωση του ΒΜΙ των ασθενών επιτυγχάνεται κατά την πρώτη διάγνωση του καρκίνου του παχέος εντέρου. Δεδομένου ότι η καρκινογένεση είναι ένα σύνθετο και χρόνιο καταναλώσεις, η πρόσφατη ΔΜΣ μπορεί να φέρει κάποια προκατάληψη του συνδέσμου της παχυσαρκίας και κινδύνου ορθοκολικού καρκίνου. Ωστόσο, μια πρόσφατη μελέτη μεγάλης ασθενών-μαρτύρων που δημοσιεύθηκε στην Εφημερίδα του Εθνικού Ινστιτούτου Καρκίνου έδειξε ότι ΔΜΣ βασίζεται σε πρόσφατες αυτο-αναφερόμενη μέτρα αναφερθεί παρόμοιο αποτέλεσμα με ΔΜΣ από προοπτικές μελέτες σε κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου [47], [48], [49] . Ως εκ τούτου, πιστεύουμε ότι τα τελευταία ΔΜΣ στη μελέτη μας δεν θα επιφέρει σημαντική προκατάληψη με τα αποτελέσματα της μελέτης μας. Τρίτον, υπάρχουν κάποια στοιχεία που λείπουν στην περιβαλλοντική έκθεση και στις δύο μελέτες ασθενών-μαρτύρων, όπως το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου, δεδομένου ότι οι συμμετέχοντες δεν θα μπορούσε να δώσει ακριβείς πληροφορίες για συναφή είδη κατά τη διάρκεια της συνέντευξη. Ως εκ τούτου, ολοκληρώσαμε την αλληλεπίδραση γονιδίων-περιβάλλοντος αναλύσεις στο συνολικό πληθυσμό, η οποία μπορεί να φέρει περισσότερη στατιστική ισχύ με τα αποτελέσματα και τη μείωση προκατάληψης που προκαλούνται από τα δεδομένα που λείπουν. Τέταρτον, το μέγεθος του δείγματος δεν είναι αρκετά μεγάλη για κάποια στατιστική ανάλυση, ειδικά για ορισμένες αναλύσεις υποομάδων, η οποία μπορεί να φέρει κάποια επίδραση στη σταθερότητα και την αξιοπιστία των αποτελεσμάτων. Έτσι, περαιτέρω μελέτες με περισσότερους μέγεθος του δείγματος, πιο SNPs και λειτουργική εξερευνήσετε έχουν εγγύηση προσδιόρισε το ρόλο του

ADIPOQ

οικογένεια γονιδίων και γονιδιακών των περιβαλλοντικών αλληλεπιδράσεων στην παχέος καρκινογένεση.

Εν ολίγοις, αυτή είναι η πρώτη μελέτη για να αξιολογήσει συστηματικά τις επιπτώσεις των γενετικών παραλλαγών βλαστικής στο

ADIPOQ

και τα γονίδια των υποδοχέων της και αλληλεπιδράσεων γονιδίων-περιβάλλοντος για κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου στην κινεζική. Βρήκαμε ένα SNP στο

ADIPOQ

(rs1063538) συσχετίστηκε με αυξημένο κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου και των πιθανών αλληλεπιδράσεων γονιδίων-περιβάλλοντος μπορεί να παίξει πιο σημαντικό ρόλο στη ρύθμιση κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου. Η ταυτοποίηση νέων δεικτών γενετικής ευαισθησίας του παχέος αιτιολογία του καρκίνου θα βοηθήσει όχι μόνο στην κατανόηση της βιολογίας του παχέος καρκινογένεσης, αλλά μπορεί επίσης να ενσωματωθεί με γνωστή κλινική, επιδημιολογική και γενετική γνώση για να μας βοηθήσετε να βελτιώσουμε την πρόβλεψη του κινδύνου καρκίνου του παχέος εντέρου.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική δήλωση

Η μελέτη ενημερώθηκε τη συναίνεση όλων των τελικών συμμετεχόντων και έχουν εγκριθεί από το διοικητικό συμβούλιο αναθεώρηση της Tongji Ιατρικό Κολέγιο της Huazhong Πανεπιστήμιο Επιστήμης και Τεχνολογίας.

Οι συμμετέχοντες στη μελέτη

Ένα σχέδιο μελέτη ασθενών-μαρτύρων σε δύο στάδια χρησιμοποιήθηκε στην παρούσα έρευνα. Η πρώτη μελέτη ασθενών-μαρτύρων χρησιμοποιήθηκε για την αξιολόγηση της

ADIPOQ

και τα γονίδια των υποδοχέων των πολυμορφισμών του σε σχέση με ορθοκολικό τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου, και στη συνέχεια να επικυρώσει πολλά υποσχόμενη ενώσεις στο δεύτερο ανεξάρτητο πληθυσμού. Στο πρώτο στάδιο, οι υποθέσεις είχαν πρόσφατα διαγνωστεί με καρκίνο του παχέος εντέρου μεταξύ 1ης Ιανουαρίου 2007 και 31 Νοεμ 2009 στην όγδοη Νοσοκομείο σε Wuhan, χωρίς προηγούμενη διάγνωση του καρκίνου, και ζωντανό κατά το χρόνο της συνέντευξης. Προσλήψεις για το Στάδιο 2 συνέβησαν μεταξύ της 1ης Ιανουαρίου 2009 και 31ης Αυγούστου 2010 στην Taihe Νοσοκομείο Shiyan, και οι περιλαμβανομένων των κριτηρίων ήταν ίδια με τις περιπτώσεις που προσλαμβάνονται στο Στάδιο επιλέχθηκαν 1. Οι έλεγχοι από τον πληθυσμό υγειονομική εξέταση στο ίδιο νοσοκομείο κατά τη διάρκεια της ίδιας περιόδου και συχνά συνδυάζεται με περιπτώσεις από την ηλικία (± 5 έτη) και το φύλο σε κάθε στάδιο. Κανένας από τους ελέγχους είχαν καμία προσωπική ιστορία του καρκίνου, παθήσεις του πεπτικού συστήματος, υπέρταση ή διαβήτη κατά το χρόνο της αιμοδοσίας, το οποίο εξακριβώθηκε με ένα ερωτηματολόγιο που συμπληρώνεται από κάθε υγιή ελέγχου. δείγμα αίματος και τις προσωπικές πληροφορίες όσον αφορά το φύλο, έτος γέννησης, το κάπνισμα, η χρήση αλκοόλ, τα τελευταία βάρος, το ύψος και το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου συλλέχθηκαν από κάθε συμμετέχοντα, καθώς και πρόσθετες πληροφορίες για την ηλικία κατά του παχέος τη διάγνωση του καρκίνου και κλινικά χαρακτηριστικά καταγράφηκε από τις περιπτώσεις. Των επιλέξιμων συμμετεχόντων, 470 περιπτώσεις (94,0%) και 458 μάρτυρες (91,6%) και 314 περιπτώσεις (87,22%) και 355 ελέγχους (98,61%) ολοκληρώθηκε συνεντεύξεις πρόσωπο με πρόσωπο και δώρισε τα δείγματα αίματος στην πρώτη και στη δεύτερη φάση, αντίστοιχα.

SNP επιλογής

ένα σύνολο από 100 SNP δεικτών με συχνότητα έλασσον αλληλόμορφο (MAF) ≥0.1 του

ADIPOQ

και τα γονίδια των υποδοχέων της ήταν λήψη από HapMap (http: //www.hapmap.org/) χρησιμοποιώντας τη φάση 1 και τη φάση 2 Data Release 24 (Build 36.3) για το κινεζικό πληθυσμό (κινεζική Han από το Πεκίνο-CHB). SNPs ετικέτα επιλέχθηκαν για κάθε γονίδιο με τη χρήση Tagger στο Haploview (https://www.broadinstitute.org/haploview/haploview). Χρησιμοποιήσαμε τη λειτουργία ζεύγη και επιλέγεται ένα ελάχιστο σύνολο δεικτών, έτσι ώστε όλα τα αλληλόμορφα που πρέπει να συλληφθούν θα συσχετιστεί με r

2≥0.8 με ένα δείκτη σε αυτό το σύνολο. Η

ADIPOQ

,

ADIPOR1

και

AdipoR2

απέδωσε 10, 9 και 8 SNPs ετικέτα, αντίστοιχα. (Αναλυτικές πληροφορίες εμφανίζονται στον πίνακα S1).

Πολυμορφισμός ανάλυση

Το γονιδιακό DNA από δείγματα περιφερικού αίματος απομονώθηκε χρησιμοποιώντας κιτ καθαρισμού του αίματος Genomic DNA (Tiangen Biotech, Πεκίνο, Κίνα) ακολουθώντας το πρωτόκολλο του κατασκευαστή . Γονοτυπική πραγματοποιήθηκε σε δύο φάσεις.

Στο πρώτο στάδιο, η πλατφόρμα Sequenom MassARRAY (Sequenom San Diego, CA, USA) χρησιμοποιήθηκε για γονοτυπικής ανάλυσης υψηλής απόδοσης και το σχεδιασμό δοκιμασία [50]. Η γονοτύπηση διεξήχθη χρησιμοποιώντας χημεία iPlex σε μήτρα εκρόφηση λέιζερ υποβοηθούμενη /ιονισμού χρόνου-πτήσης φασματόμετρο μάζας (MALDI-TOF). Multiplex SNP δοκιμασίες σχεδιάστηκαν με τη χρήση λογισμικού SPECTRODESIGNER. PCR αντιδράσεις, συνθήκες ποδηλασίας και αντιδράσεις επέκτασης μετά την PCR διεξήχθησαν όπως το πρωτόκολλο του κατασκευαστή. Τα προϊόντα της αντίδρασης iPlex υποβλήθηκαν σε επεξεργασία με τη ρητίνη SpectroCLEAN (Sequenom) για να απομακρυνθούν τα άλατα και κηλίδα επί 384 SpectroChip, και στη συνέχεια σε επεξεργασία και αναλύθηκαν από το φασματόμετρο μάζας MALDI-TOF. Γονότυπους κλήθηκαν χρησιμοποιώντας MassARRAY Typer 4.0 του λογισμικού [51]. Για κάθε πλάκα 384 φρεατίων, 20 δείγματα αντιγραφεί και 4 φρέατα κατατεθεί H

2O (κενό) στη μόλυνση διασταύρωση και την αξιοπιστία του συστήματος. Μια ολόκληρη πλάκα θεωρείται ότι έχει αποτύχει εάν: (i) δεν SNPs είχαν περάσει συντελεστή του 80%? και /ή (ii) εάν το ποσοστό επιτυχίας των διπλών ελέγχων ήταν & lt? 99,5% και ότι του τυφλού & lt? 90%? και /ή (iii) το ποσοστό επιτυχίας των εν λευκώ και μόνο ήταν & lt? 75%. SNPs απομακρύνθηκαν από την ανάλυση όταν: (i) δεν είχαν καλέσει σε τουλάχιστον 80% των ασθενών και ελέγχων? ή /και (ii) ότι ήταν μονομορφικοί, καθώς αυτά είναι μη κατατοπιστική? και /ή (iii) συχνότητες γονοτύπου τους παρέκκλινε από Hardy-Weinberg ισορροπία (HWE) προσδοκία, πιθανόν να οφείλεται σε σφάλματα προσδιορισμού γονοτύπου [52].

Στο δεύτερο στάδιο, πολυμορφισμοί αξιολογήθηκαν με τη χρήση της 5′-νουκλεάσης ( Taqman) δοκιμασία (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). Οι εκκινητές και ανιχνευτές σχεδιάστηκαν από Primer Express 3.0 (Applied Biosystems). Οι αντιδράσεις ολοκληρώθηκαν και διαβάζονται σε ένα σύστημα ανιχνευτή ακολουθία TaqMan 7900 ΗΤ (Applied Biosystems). μίγμα Amplification (12,5 μΙ) αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης περιείχε 50 ng του DNA, 900 ηΜ εκάστου προς τα εμπρός και αντίστροφο εκκινητή, 300 ηΜ του κάθε ειδικού ανιχνευτή, και 6,25 μΙ Taqman καθολική PCR Master Mix (Applied Biosystems, Foster City, CA) . Η ενίσχυση έγινε υπό τις ακόλουθες συνθήκες: 95 ° C για 10 λεπτά που ακολουθείται από 45 κύκλων των 94 ° C για 30 s και 62 ° C για 1 λεπτό. Τα δεδομένα αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας αλληλόμορφη Διάκριση Program (Applied Biosystems). Ο συντελεστής ήταν 99,2%. Συνολικά% δείγματα 10 ήταν ο γονότυπος εις διπλούν και έδειξε 100% αντιστοιχία.

Η στατιστική ανάλυση

χ Pearson ‘s

2 test χρησιμοποιήθηκε για να συγκρίνει τις διαφορές στην κατανομή των κατηγορικών μεταβλητών (φύλο , την κατάσταση, τη χρήση αλκοόλ και οικογενειακό ιστορικό καρκίνου) και είτε Wilcoxon τεστ rank-sum ή του Student κάπνισμα

t-test

χρησιμοποιήθηκε για να συνεχίσει τις μεταβλητές (ηλικία, δείκτης σωματικού βάρους [ΔΜΣ]), ανάλογα με την περίπτωση.