Αφηρημένο

μικρο (mi) RNAs είναι μικρά μη-κωδικοποίησης RNA που ρυθμίζουν αρνητικά την έκφραση των πιο mRNA. Είναι ισχυρά ρυθμιστές των διαφόρων σταδίων διαφοροποίησης, και η έκφραση των γονιδίων που συσχετίζονται είτε αρνητικά είτε θετικά με εκφράζονται miRNAs αναμένεται να κατέχει πληροφορίες σχετικά με τη βιολογική κατάσταση του κυττάρου και, ως εκ τούτου, της λειτουργίας των εκφρασμένων miRNAs. Έχουμε συγκρίνει το μεγάλο ποσό των διαθέσιμων δεδομένων συστοιχίας γονιδίων στη σταθερή κρατικό σύστημα των κυτταρικών σειρών NCI60 σε δύο διαφορετικά σύνολα δεδομένων που περιέχουν πληροφορίες σχετικά με την έκφραση των 583 ατομικών miRNAs. Επιπλέον, έχουμε δημιουργήσει σύνολα δεδομένων έθιμο που περιέχουν πληροφορίες έκφραση των 54 οικογενειών των miRNAs που μοιράζονται το ίδιο αγώνα σπόρων. Έχουμε αναπτύξει μια νέα στρατηγική για τη συσχέτιση miRNAs με μεμονωμένα γονίδια βασίζεται σε ένα συνόψισε Pearson Correlation Συντελεστής (SPCC) που μιμείται ένα

in silico

πείραμα τιτλοδότησης. Με επίκεντρο τα γονίδια που συσχετίζονται με την έκφραση των miRNAs, χωρίς κατ ‘ανάγκην να είναι άμεσοι στόχοι των miRNAs, έχουμε συγκεντρωμένα miRNAs σε διαφορετικές λειτουργικές ομάδες. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα την ταυτοποίηση τριών νέων miRNAs που συνδέονται με την επιθηλιακή-προς-μεσεγχυματικά μετάβαση (ΕΜΤ) εκτός από τις γνωστές ρυθμιστικές ΕΜΤ του

miR-200

οικογένεια miRNA. Επιπλέον, η ανάλυση των υπογραφών γονιδίων που συνδέονται με την δραστηριότητα EMT, c-myc, και γονιδιακή έκφραση ριβοσωμικής πρωτεΐνης μας επέτρεψε να αναθέσει διαφορετικές δραστηριότητες σε κάθε μία από τις λειτουργικές ομάδες των miRNAs. Όλα τα δεδομένα συσχέτισης είναι διαθέσιμες μέσω ενός web interface που επιτρέπει στους ερευνητές να προσδιορίσουν τα γονίδια των οποίων η έκφραση συσχετίζεται με την έκφραση της ενιαίας miRNAs ή ολόκληρες οικογένειες miRNA. miRConnect.org θα βοηθήσει στον εντοπισμό των οδών που ρυθμίζονται από miRNAs χωρίς να απαιτούνται ιδιαίτερες γνώσεις των στόχων των miRNAs

Παράθεση:. Hua Υ, Duan S, Murmann ΑΕ, Larsen Ν, Kjems J, Lund AH, et al. (2011) miRConnect: Προσδιορισμός τελεστή Γονίδια των miRNAs και Οικογένειες miRNA σε καρκινικά κύτταρα. PLoS ONE 6 (10): e26521. doi: 10.1371 /journal.pone.0026521

Επιμέλεια: Λιν Ζανγκ, University of Pennsylvania School of Medicine, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 16 Σεπ 2011? Αποδεκτές: 28 Σεπτεμβρίου, 2011? Δημοσιεύθηκε: 26 του Οκτώβρη, 2011

Copyright: © 2011 Hua et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτοί οι συγγραφείς δεν έχουν καμία υποστήριξη ή χρηματοδότηση για να αναφέρετε

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Micro (mi) RNAs είναι μικρές, 19- 22 νουκλεοτιδίων μακρύ, μη-κωδικοποιητική RNAs που ρυθμίζουν την γονιδιακή έκφραση κυρίως στοχεύοντας το 3’UTR των mRNA με αποτέλεσμα τη μειωμένη μετάφραση των πρωτεϊνών ή αποικοδόμησης των mRNAs. miRNAs είναι θεμελιώδεις ρυθμιστές της κυτταρικής διαφοροποίησης και αναπτυξιακές διαδικασίες. Έχουν επίσης αναγνωριστεί ότι είναι ιδιαίτερα χρήσιμο στο σχηματισμό του καρκίνου και την εξέλιξη [1]. Πρόσφατα αποδείχθηκε ότι σχεδόν όλα τα ανθρώπινα γονίδια είναι υπό τον έλεγχο του miRNAs [2]. Ωστόσο, επειδή miRNAs ρυθμίζουν την έκφραση εκατοντάδων γονιδίων στόχων [3], και πολλά γονίδια που στοχεύονται από πολλαπλές miRNAs [4], την ανάθεση των βιολογικών λειτουργιών σε miRNAs ή οικογένειες miRNA έχει ένα δύσκολο έργο.

miRNAs περιέχει στο 5 ‘τους καταλήγουν σε μικρή έκταση από 6-8 νουκλεοτίδια συμπληρωματικά προς την αντιστοιχία σπόρου στο mRNA στόχο. Αυτή η συμπληρωματικότητα είναι προσβάσιμη σε υπολογιστική ανάλυση και πολλαπλές αλγόριθμοι έχουν αναπτυχθεί για να προβλέψει στόχους miRNA [5]. Ωστόσο, οι προβλέψεις στόχου γίνεται με αυτούς τους αλγορίθμους δεν είναι αρκετά ακριβείς για να συμπεράνουμε βιολογική λειτουργία των miRNAs που βασίζεται αποκλειστικά και μόνο στις λίστες των προβλεπόμενων στόχων. επικύρωση Target γίνεται συνήθως είτε με υπερεκφράζουν miRNAs ή με την αναστολή της λειτουργίας τους που ακολουθείται από τη μέτρηση της εξέλιξης mRNA ή επίπεδα πρωτεΐνης σε επιμολυσμένα κύτταρα [2], [6]. Ωστόσο, τόσο η υπερέκφραση και η αναστολή των miRNAs έχουν επιφυλάξεις [7] και δεν είναι σαφές αν οι παρατηρούμενες αλλαγές σε επίπεδο mRNA και πρωτεΐνης είναι το αποτέλεσμα της άμεσης ρύθμισης από miRNAs ή είναι το αποτέλεσμα των αλλαγών στα κατάντη των miRNA-στοχευμένες γονίδια.

Έχουμε χρησιμοποιήσει πρόσφατα τα κύτταρα NCI60 [8], μια ομάδα των 60 κυτταρικών σειρών καρκίνου διατηρούνται στο NCI, για τον προσδιορισμό και την επικύρωση των συνδέσεων μεταξύ των miRNAs και τους στόχους τους. Ατάραχος σημεία δεδομένων πίνακα σχετικά με τα επίπεδα έκφρασης εκατοντάδων miRNAs και πάνω από εκατό χιλιάδες ανιχνευτές γονιδίων σε πολλαπλές πλατφόρμες συστοιχία κάνει τα κύτταρα NCI60 ένα μοναδικό σύστημα για τον εντοπισμό του καρκίνου σχετικές συνδέσεις μεταξύ των miRNAs και γονίδια που ρυθμίζονται από miRNAs. Χρησιμοποιώντας το σύστημα NCI60 που προηγουμένως επικυρωθεί

HMGA2

και

IMP1

ως στόχοι η

ας-7

οικογένεια miRNAs [9], [10]. Επιπλέον, εντοπίσαμε τα μέλη του

miR-200

οικογένεια και επικυρώνονται δύο δεσμευτικές E-box παράγοντες μεταγραφής,

ZEB1

και

ZEB2

ως στόχοι [11]. Πιο πρόσφατα έχουμε επικυρώσει την φωσφατάσης τυροσίνης

FAP1

ως

miR-200

στόχο [12]. Αυτά τα παραδείγματα δείχνουν τη δύναμη των δεδομένων NCI60 θέτει για να συνδεθείτε miRNAs με τους στόχους τους. Ωστόσο, ο προσδιορισμός των μεμονωμένων στόχων miRNA χωρίς κυτταρικό περιβάλλον ή γνώση όλων των στόχων για miRNA καθιστά δύσκολο να συνδεθεί miRNAs με τη βιολογία ή παθολογία. Οι μελέτες μας των

ας-7

και

miR-200

στα κύτταρα NCI60 επέτρεψε επίσης την πρόβλεψη και την επιβεβαίωση της βιολογικής λειτουργίας αυτών των miRNAs.

Let-7

βρέθηκε να είναι ένας δείκτης για διαφοροποιημένα κύτταρα καρκίνου [9], [13], και

miR-200

ταυτοποιήθηκε ως ένα ισχυρό δείκτη και ρυθμιστή της επιθηλιακής προς -mesenchymal μετάβασης (EMT) [11], [14].

τα περισσότερα από τα ευρήματά μας έγιναν με τη σύγκριση των miRNAs και τα επίπεδα έκφρασης του mRNA, το οποίο εκείνη την εποχή ήταν έκπληξη, δεδομένου ότι miRNAs σε κύτταρα θηλαστικών πιστεύεται ότι ως επί το πλείστον δρουν μεταγραφική σίγηση χωρίς να επηρεάζει τα επίπεδα έκφρασης του mRNA. Ωστόσο, είχε επίσης αποδειχθεί ότι το mRNA αφθονία της πλειοψηφίας των στοχευόμενων γονιδίων επηρεάστηκε κάπως από miRNAs [15], [16]. Ενώ εξακολουθεί να υπάρχει διαμάχη σχετικά με το κυρίαρχο τρόπο με τον οποίο miRNAs ρυθμίζουν τη γονιδιακή έκφραση [17], μια πρόσφατη μελέτη έδειξε ότι, για ένα σημαντικό αριθμό γονιδίων στόχο miRNAs, αποσταθεροποίηση του mRNA είναι ο κύριος μηχανισμός της πρωτεΐνης καταστολής από miRNAs [18] , μια παρατήρηση που κάνει τα δεδομένα NCI60 mRNA /miRNA ορίζει ένα πολύτιμο εργαλείο για τη μελέτη της λειτουργίας miRNA σε καρκινικά κύτταρα.

επιμόλυνση κυττάρων είτε με αναστολείς miRNAs ή miRNA συνήθως καταλήγει σε αλλαγές σε αφθονία ενός μεγάλου αριθμού των mRNAs. Είναι ενδιαφέρον ότι, τα mRNA που ρυθμίζονται αρνητικά από miRNAs βρεθεί, καθώς και ένας μεγάλος αριθμός των mRNAs που θετικά συσχετίζονται με έκφραση miRNA. Αυτές οι αλλαγές στα επίπεδα mRNA έχουν γενικά θεωρείται ότι προκαλούνται από γονίδια coregulated με miRNAs ή να είναι δευτερογενή γεγονότα. Πράγματι, είναι πιθανό ότι η πλειονότητα των γονιδίων των οποίων η έκφραση ανταποκρίνεται στις αλλαγές στην έκφραση των miRNAs δεν είναι άμεσοι στόχοι των miRNA

per se

, αλλά είναι βιολογικά τελεστές σχετίζονται με την λειτουργία του miRNA. Ειδικά όταν ανιχνεύεται με τη σταθερή κρατικό σύστημα των κυττάρων NCI60, αυτές οι βιολογικές γονίδια τελεστές μπορεί να κατέχει σημαντικές πληροφορίες σχετικά με την ενδογενή λειτουργία των miRNAs. Αυτή ήταν η πιο προφανής για

miR-200

. Μια μικρή αλλαγή στο

miR-200

έκφραση (περίπου 2 φορές) οδήγησε σε μια μέτρια μεταβολή των επιπέδων του mRNA των στόχων του

ZEB1

και

ZEB2

(περίπου 5-7 fold), η οποία οδήγησε σε μια μαζική αλλαγή στην

E-cadherin

/

βιμεντίνης

αναλογία (πάνω από 8 τάξεις μεγέθους) [11]. Η τεράστια θετική συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης του

miR-200

και το

E-cadherin

/

βιμεντίνης

λόγος μας επέτρεψε να αναθέσει τη λειτουργία του «επιθηλιακών ρυθμιστή» για το miR-200 οικογένειας, ακόμη και πριν είχαμε εντοπίστηκαν

ZEB1

και

ZEB2

ως στόχοι. Ενθαρρυμένος από την ανάλυση αυτή, έχουμε τώρα χρησιμοποιείται το σύστημα NCI60 να εντοπίσει δευτερεύοντα συσχέτισης των miRNAs (η οποία μπορεί να είναι χιλιάδες, όπως στην περίπτωση της EMT [19]) σε μια ανάλυση του γονιδιώματος σε επίπεδο που μπορεί να κατέχουν σημαντικές πληροφορίες σχετικά με τη βιολογική κατάσταση ενός κυττάρου.

Έχουμε αναπτύξει μια νέα μέθοδο για να συγκεντρωθούν οικογένειες miRNAs ή miRNA σύμφωνα με βιολογικό συσχέτισης τους, αντί να προβλέψει τους στόχους τους ή χρωμοσωμικές colocalization τους ή ιστού ειδική έκφραση τους. miRNAs ήταν συγκεντρωμένοι σε διακριτές λειτουργικές ομάδες σύμφωνα με την έκφραση της βιολογικής γονίδια τελεστές τους. Έχουμε επικυρώσει την δραστηριότητα ενός από αυτά τα συμπλέγματα, το οποίο περιέχει όλα τα μέλη του

miR-200

οικογένεια, στη ρύθμιση της επιθηλιακά φύση των κυττάρων. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα την ταυτοποίηση τριών νέων miRNAs,

miR-7

,

miR-203

και

miR-375

, να λειτουργούν σε επιθηλιακά συντήρησης. Επιπλέον, έχουμε εντοπίσει συστάδες καρκίνου σχετικών miRNAs που είναι είτε προαγωγή της ανάπτυξης ή καταστολή της ανάπτυξης στη φύση με βάση την συσχέτιση της έκφρασης τους με την έκφραση είτε ριβοσωμικές πρωτεΐνες ή

c-MYC

ρυθμιζόμενα γονίδια. Έχουμε δημιουργήσει ένα web-based interface, miRConnect.org, το οποίο παρέχει ένα ισχυρό και εύκολο στη χρήση εργαλείο για τους ερευνητές να προσδιορίσουν νέες συνδέσεις μεταξύ των miRNAs ή οικογένειες miRNA και ομάδες γονιδίων που είναι δείκτες για διάφορες βιολογικές καταστάσεις.

Αποτελέσματα

Δημιουργία συσχετίσεις μεταξύ miRNA και γονιδιακή έκφραση

για να διερευνήσουν βιολογικές δραστηριότητες των miRNA που καθιερώθηκε για πρώτη φορά τις συσχετίσεις μεταξύ της έκφρασης των miRNAs και γονιδίων. Κάναμε χρήση διαφόρων συνόλων δεδομένων που διατίθενται για τα κύτταρα NCI60 (59 κυτταρικές σειρές): 1) το προφίλ έκφρασης των 208 ανθρώπινα miRNAs ποσοτικοποιείται με PCR πραγματικού χρόνου (το «Q» σύνολο δεδομένων) [20]? 2) τέσσερα σύνολα δεδομένων προφίλ έκφρασης ανθρώπινου γονιδίου (Stanford, GENELOGIC_U95, GENELOGIC_U133 και NOVARTIS) που διατίθενται στο διακομιστή NCI Αναπτυξιακή Therapeutics Program (DTP). Στο σύνολο δεδομένων Q, 136 miRNAs ορίστηκαν ως εκφράζεται σε ανιχνεύσιμα επίπεδα (όπως εκτιμάται με πραγματικού χρόνου PCR) σε τουλάχιστον 30 από 59 κυτταρικές σειρές (Πίνακας S1). Τα κύτταρα NCI60 αντιπροσωπεύουν 9 διαφορετικούς καρκίνους. Η οριακή τιμή των 30 κυτταρικών σειρών επιλέχθηκε να περιλαμβάνει τουλάχιστον το ήμισυ των κυτταρικών σειρών, και για να εξασφαλιστεί ότι τουλάχιστον τέσσερις διαφορετικές προελεύσεις ιστού εκπροσωπήθηκαν. Ένα πλεονέκτημα του συστήματος NCI60 είναι η ικανότητα του συνδυασμού επιμέρους ενδογενούς έκφρασης miRNA με έναν τρόπο που αντιπροσωπεύεται από συσχετίζοντας την γονιδιακή έκφραση με την έκφραση ενός ολόκληρου οικογένειας miRNA (δηλαδή, όλοι οι 9 ας-7 δραστηριότητες αντιπροσωπεύονται στην ομάδα δεδομένων Q). Οι 136 miRNAs που περιέχονται μέλη της 24 οικογένειες σπόρων (miRNAs που μοιράζονται την ίδια ακολουθία σπόρων με περισσότερα από ένα μέλος της οικογένειας, Πίνακας S2). Επιπλέον, λόγω της προβλεπόμενης αλληλεπικάλυψης λειτουργία τους, δημιουργήσαμε ένα επιπλέον έθιμο οικογένεια όλων των μελών της οικογένειας miR-200? miR-200 πέφτει σε δύο διαφορετικές οικογένειες σπόρων, miR-141 /200Α και miR-200BC /429, διακρίνεται από ένα μόνο νουκλεοτίδιο διαφορά στο κέντρο της σειράς σπόρων [11], [14].

Η πιο κοινή και καλά καθορισμένη στρατηγική για να εξερευνήσετε ενώσεις miRNA γονίδιο είναι συντελεστή συσχέτισης του Pearson ‘s (PCC) [21], [22]. Ενώ η PCC είναι ένα ισχυρό εργαλείο για την ανίχνευση συσχετισμών, έχει περιορισμούς. Για παράδειγμα, PCC δίνει ίση βαρύτητα σε κάθε δείγμα που πρέπει να μετρηθεί (π.χ. μια κυτταρική σειρά, ένα συγκεκριμένο ιστό ή ένα δείγμα ασθενούς). Δεν κάνει διάκριση μεταξύ των δειγμάτων με υψηλή έκφραση και αυτοί με χαμηλή έκφραση. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε στρέβλωση της ανάλυσης συσχέτισης, γιατί: 1) το επίπεδο έκφρασης των miRNAs κατέχει σημαντικές ρυθμιστικές πληροφορίες? και 2) ο θόρυβος είναι περισσότερο πιθανό να υπάρχουν σε δείγματα που περιέχουν γονίδια της χαμηλής έκφρασης. Ως εκ τούτου, σκέφτηκε έναν τρόπο για να ξεπεραστούν μερικά από αυτά τα όρια. Μια λύση θα ήταν να εκχωρήσετε διαφορετικά βάρη σε υψηλά και χαμηλά επίπεδα έκφρασης. Ωστόσο, επειδή ο υπολογισμός PCC δεν είναι μια γραμμική διαδικασία, δεν είναι πρακτικό να προσθέσει βάρη απ ‘ευθείας σε κάθε δείγμα. Αντ ‘αυτού, η στάθμιση στο επίπεδο της επιλογής του δείγματος βρέθηκε να είναι πιο πρακτική από τότε PCCs διαφορετικών συστοιχιών δεδομένων κυτταρικής γραμμής θα μπορούσαν να προστεθούν και η αντίστοιχη μοντελοποίηση θα πάλι να είναι γραμμική. Με βάση αυτή την εξέταση, έχουμε αναπτύξει μια νέα μέθοδο, το «συνόψισε PCC» (SPCC). Ένα πρότυπο (άμεση) PCC (ϋΡΟΟ), η SPCC και μια τυχαιοποιημένη SPCC (rsPCC) εφαρμόστηκαν για τη δημιουργία συσχετίσεων μεταξύ της έκφρασης των miRNAs και τα γονίδια, για να ελεγχθεί η επαναληψιμότητα των συσχετισμών και να εξερευνήσετε την ιδιαίτερη βιολογία του πώς miRNAs εργασίας.

Direct (δ) PCC

Στη μέθοδο αυτή πραγματοποιήσαμε ένα πρότυπο ΣΥΓΚΡΙΣΗ ανάλυση [23], η οποία παράγει ΚΕΣ, για τον εντοπισμό mRNAs που συσχετίζεται με την έκφραση του καθενός από τα 136 miRNAs. Σε αυτή και όλες τις επόμενες ΣΥΓΚΡΙΣΗ αναλύσεις που θέσαμε 30 ως ελάχιστο αριθμό των ανιχνεύσιμων κυτταρικές σειρές. Για την κανονικοποίηση της διακύμανσης ανίχνευσης μεταξύ ανιχνευτές αντίστοιχα περιλαμβάνονται στους τέσσερις πλατφόρμες συστοιχίας γονιδίων, τα ΚΕΣ ελήφθη ο μέσος όρος για κάθε γονίδιο. Η μέθοδος αυτή έδωσε μια τιμή για κάθε PCC mRNA που συσχετίζεται σημαντικά με την έκφραση ενός miRNA.

Συνόψισε (ες) PCC

Σε αυτή τη μέθοδο (που απεικονίζεται στο Σχήμα S1) τροποποιήσαμε τη διαδικασία υπολογισμού των miRNA-mRNA συσχέτιση με την πρόσθεση μιας σειράς αξιών PCC μιμούνται ένα «τιτλοποίηση» των miRNA από την κατάταξη κυτταρικές σειρές σύμφωνα με την έκφρασή τους των miRNAs. Για κάθε ζεύγος miRNA-mRNA, ταξινομήσαμε έκφραση των miRNAs σε 59 κυτταρικές σειρές από το υψηλότερο στο χαμηλότερο, και επέλεξε τα top 30 κυτταρικές σειρές, όπως την αρχική κατάσταση, επειδή αυτά τα 30 κυτταρικές σειρές αντιπροσώπευε το επάνω μισό του συνόλου των κυτταρικών σειρών και περιλαμβάνονται κύτταρα από τουλάχιστον 4 διαφορετικές προελεύσεις ιστού. Πραγματοποιήσαμε μια ΣΥΓΚΡΙΣΗ ανάλυση για τις 30 κυτταρικές σειρές (σχήμα 30). Στη συνέχεια, η κυτταρική γραμμή με Κατάταξη Αρ 31 είχε συμπεριληφθεί και επαναλήφθηκε μια ΣΥΓΚΡΙΣΗ ανάλυση για τις 31 κυτταρικές γραμμές (σχήμα 31). Επαναλαμβανόμενες ΣΥΓΚΡΙΣΗ αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν έως ότου όλα τα 59 κυτταρικές γραμμές περιελήφθησαν σε μία αυξητική τρόπο, και ένα σύνολο 30 τιμών PCC παρήχθησαν (πρότυπο 30 έως μοτίβο 59). Εμείς δεν χρησιμοποίησε ένα συρόμενο παράθυρο ενός σταθερού μεγέθους (1-30, 2-31, …, 30-59), γιατί πάντα ήθελε να συμπεριλάβει τις κυτταρικές σειρές με την υψηλότερη έκφραση ενός miRNA αναμένουν να έχουν την μεγαλύτερη επίδραση στο στόχο /γονίδια τελεστή σε αυτές τις κυτταρικές γραμμές. Αυτή η μέθοδος πρόσθετο αποδίδεται στάθμιση κατά τρόπο βαθμιαίο διαλύτη (ή τιτλοδότηση) με βάση τα επίπεδα έκφρασης miRNA. Τα 30 κυτταρικές γραμμές με την υψηλότερη έκφραση ήταν πάντα περιλαμβάνονται σε κάθε COMPARE υπολογισμό και αποδίδεται υψηλότερα βάρη, αφού περιμέναμε τις μεγαλύτερες επιδράσεις στην γονιδίων στόχων /τελεστή από αυτές τις κυτταρικές σειρές. Οι PCC ποσά είχαν κατά μέσο όρο για κάθε γονίδιο μεταξύ των πλατφορμών σειρά τεσσάρων γονιδίων.

τυχαιοποιημένες αθροίζονται (rs) PCC

Για να δοκιμαστεί η σταθερότητα και η επαναληψιμότητα της μεθόδου SPCC, σχεδιάσαμε μια τυχαιοποιημένη από του SPCC ως εσωτερικός έλεγχος. Η μόνη διαφορά μεταξύ αυτής της μεθόδου και της μεθόδου SPCC ήταν ότι οι κυτταρικές γραμμές ταξινομούνται σε μια τυχαιοποιημένη τρόπο. Για κάθε ζεύγος miRNA-mRNA, η τυχαιοποιημένη διαλογής επαναλήφθηκε 10 φορές και τα 10 rsPCCs ήταν κατά μέσο όρο.

Η μέθοδος SPCC ανιχνεύει με ακρίβεια τόσο κατάντη γονίδια τελεστές και προέβλεψε στόχους συσχετίζοντας με miRNAs

Είναι γνωστό από πολλές μελέτες ότι αν και μεταβάλλοντας τα επίπεδα έκφρασης των miRNAs σε καρκινικά κύτταρα προκαλεί τόσο πάνω και κάτω ρύθμιση των γονιδίων, miRNAs εργάζονται κυρίως μέσω αρνητική ρύθμιση των κατάντη γονιδίων τελεστή [15], [16]. Για να δοκιμάσει αυτή την παρατήρηση με τις μεθόδους μας, οι αξίες αναλογία log2 όλων των αρνητικών εναντίον όλων θετικές συσχετίσεις υπολογίστηκαν για 136 miRNAs αντίστοιχα με τις τρεις μεθόδους (ϋΡΟΟ, SPCC και rsPCC). Μια σύγκριση της κατανομής των 136 τιμών αναλογίας κατέδειξε ότι οι αρνητικές συσχετίσεις ήταν περισσότεροι σημαντικά θετικά στην ανάλυση SPCC αλλά όχι στα άλλα δύο αναλύσεις (Σχήμα 1Α). Η αναλογία log2 με τη μέθοδο SPCC αισθητά προς τα δεξιά σε σχέση με τη μέθοδο ϋΡΟΟ. Ένας υψηλότερος αριθμός miRNAs στην μέθοδο SPCC είχε αρνητική συσχέτιση γονιδίων, τα οποία ακυρώθηκε από τυχαίο θόρυβο στη μέθοδο ϋΡΟΟ (η διάμεση τιμή ήταν περίπου μηδέν). Η αθροιστική καμπύλη του rsPCC ήταν παρόμοια με εκείνη του ϋΡΟΟ, αλλά ήταν σημαντικά διαφορετική από εκείνη της SPCC. Αυτό αποδεικνύει ότι η μέθοδος SPCC ήταν πιο αποτελεσματικό στην ανίχνευση αρνητική συσχέτιση, είτε από την ϋΡΟΟ ή η μέθοδος rsPCC.

(Α) Σωρευτική οικόπεδο αναλογία log2 αρνητικά έναντι θετικά συσχετίζοντας αριθμούς γονίδιο για 136 miRNAs υπολογίζεται με την ϋΡΟΟ, SPCC και rsPCC μεθόδους, αντίστοιχα. Ο άξονας Χ δείχνει τις τιμές αναλογία log2 των 136 miRNAs, σύμφωνα με την κατάταξή τους από την χαμηλότερη στην υψηλότερη, και ο άξονας Υ δηλώνει την αθροιστική κλάσμα 136 miRNAs. Οι διαφορές στις αθροιστικές καμπύλες μετρήθηκαν με μονόπλευρη Test Kolmogorov-Smirnov. (Β) Σύγκριση των τριών μεθόδων για τον προσδιορισμό της πιο πιθανό συντηρημένη TargetScan προβλέψει στόχους στο ανθρώπινο γονιδίωμα (συνολικά 33535 προβλεπόμενης γεγονότων στόχευσης). προβλέψεις στόχοι ανάλογα με τη συνολική βαθμολογία πλαίσιο από το υψηλότερο στο χαμηλότερο. Σταδιακά από την κορυφή 50 στην κορυφή 500 ζεύγη miRNA-γονίδιο με την υψηλότερη συνολική βαθμολογία πλαίσιο, οι τιμές αναλογίας των αρνητικών εναντίον θετικών αριθμών συσχέτισης υπολογίστηκαν και σχεδιάστηκαν για τις τρεις μεθόδους.

Η

Στη συνέχεια προσπάθησε να συγκρίνουν την αποτελεσματικότητα των τριών μεθόδων στην ανίχνευση προέβλεψε στόχους. Εμείς επιλέξαμε TargetScan, ένα ευρέως χρησιμοποιούμενο αλγόριθμο πρόβλεψης στόχο, να συγκεντρώσει μια λίστα με όλα τα ζεύγη των ανθρωπίνων miRNA γονιδίων με τη συμμετοχή των 136 miRNAs. Ο κατάλογος κατατάσσονται σύμφωνα με τη συνολική βαθμολογία πλαίσιο (που ορίζεται από TargetScan για τα συντηρημένα στόχοι) από το υψηλότερο στο χαμηλότερο (Πίνακας S3). Στη συνέχεια, σταδιακά από το top 50 στην κορυφή 500 ζεύγη miRNA γονιδίων, οι αναλογίες των αρνητικών εναντίον θετικών αριθμών συσχέτισης υπολογίστηκαν και σχεδιάστηκαν. Μόνο με τη μέθοδο SPCC, αυτή η αναλογία αυξήθηκε μαζί με την αύξηση του συνολικού βαθμολογίας πλαίσιο (Εικόνα 1Β). Ως εκ τούτου, τα αποτελέσματα για όλες τις συσχετίσεις και οι συσχετισμοί όσον αφορά την προβλεπόμενη στόχους τόσο πρότεινε ότι η μέθοδος SPCC απέδωσαν σημαντικά καλύτερα σε θεωρητικό επίπεδο, είτε από την ϋΡΟΟ ή τη μέθοδο rsPCC.

Η μέθοδος SPCC ανιχνεύει με ακρίβεια την έκφραση των miRNAs που είναι συνδεδεμένη με ενιαίο γονίδια υποδοχής καθώς και σε συσπειρώσεις

HOX

γονίδια

Εκτός από το θεωρητικό επίπεδο, ήταν απαραίτητο να δοκιμαστεί η ικανότητα της μεθόδου SPCC για τον εντοπισμό miRNA /γονίδιο συνδέσεις που έχουν συσταθεί σε γνωστά βιολογικά συστήματα. Ως εκ τούτου, γίνεται χρήση και των δύο γονιδίων του ξενιστή και ομοιοκυτίου (

ΗΟΧ

) γονίδια που έχουν καλά χαρακτηρισμένα συνδέσεις με την έκφραση ορισμένων miRNAs.

Πολλά miRNAs κωδικοποιούνται μέσα συστεγάζονται γονίδια (γονίδια υποδοχής ) και υποστηρικτές μοιράζονται με αυτούς. Η έκφραση αυτών των miRNAs οδηγείται από τους υποστηρικτές των γονιδίων υποδοχής τους, και έχουν θετική συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης των miRNAs και τα γονίδια που τους φιλοξενούν έχουν αναφερθεί [22], [24]. Με τη χρησιμοποίηση αυτών των πληροφοριών, αναλύσαμε το πόσο συχνά η συν-μεταγραφή των miRNAs και τα γονίδια που τους φιλοξενούν μπορούσε να οδηγήσει σε θετικές συσχετίσεις στα σύνολα δεδομένων NCI60. Από τους 136 miRNAs, 65 κωδικοποιούνται μέσα στα γονίδια ξενιστή (Σχήμα 2). Τόσο στη SPCC και ϋΡΟΟ αναλύει τον αριθμό των θετικών συσχετίσεων μεταξύ γονιδίων του ξενιστή και συντοπισμένο miRNAs τους μακριά έξω-αριθμημένα εκείνα των αρνητικών συσχετισμών (Σχήμα 2Α και 2Β). Αντίθετα, η ανάλυση με τη μέθοδο rsPCC οδήγησε σε μια τυχαία κατανομή των θετικών και αρνητικών συσχετίσεων (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Τα αποτελέσματα από τις μεθόδους SPCC /ϋΡΟΟ ήταν συγκρίσιμα, γεγονός που υποδηλώνει ότι η επαναληψιμότητα των συνόλων δεδομένων NCI60 ήταν υψηλή και η μέθοδος SPCC να εντοπίσει συσχετίσεις ήταν τόσο καλή όσο η μέθοδος ϋΡΟΟ στην περίπτωση των μεμονωμένων γονιδίων του ξενιστή.

(

Α

) SPCC και (

οι Β

) τιμές dPCCs δίνεται για τα 73 ζεύγη γονιδίων /υποδοχής miRNA που αντιπροσωπεύονται στα δεδομένα Q που και τα σύνολα δεδομένων γονιδιακής έκφρασης που συνέβη με τουλάχιστον ένα από τα μεθόδους. Reanalysis των δεδομένων συγκρίνοντας SPCC /30 με τιμές ϋΡΟΟ με αποκοπή 0,2 αποκάλυψε ότι οι δύο μέθοδοι δεν διαφέρουν ως προς την ικανότητά τους να προβλέψουν τα γονίδια του ξενιστή (είτε με paired t-test ή ζεύγη δοκιμή Wilcoxon).

στη συνέχεια, θελήσαμε να καθοριστεί αν η μέθοδος SPCC θα αποδώσει καλύτερα από ό, τι με τη μέθοδο ϋΡΟΟ στον εντοπισμό συγκεκριμένων συν-μεταγραφή. Εμείς εκμεταλλεύτηκε το

HOX

γονίδια ως ένα μοναδικό σύστημα τέσσερις συστάδες γονιδίων, που το καθένα περιέχει τουλάχιστον ένα διαγονιδιακές miRNA.

HOX

γονίδια ρυθμίζουν την εμβρυϊκή ανάπτυξη και στα θηλαστικά που ομαδοποιούνται σε 4 συστάδες (

Hoxa-D), συμπεριλαμβανομένων των 9 έως 11 γονίδια [22], [24]. Τα περισσότερα από τα γονίδια ΗΟΧ σχετίστηκαν θετικά με συν-εντοπισμένη miRNAs (κόκκινα κουτιά στο Σχήμα 3Α). Είναι ενδιαφέρον, το

Hoxa

,

HOXC

, και

HOXD

συστάδες φιλοξενούν ένα miRNA γονίδιο το καθένα και το

HOXB

περιέχει δύο (Εικόνα 3Α). Υπολογίσαμε πρώτη dPCCs και sPCCs μεταξύ των τεσσάρων miRNAs (

miR-10a

,

-10b

,

-196a

,

-196b

), η οποία κωδικοποιούνται μέσα στα συμπλέγματα ΗΟΧ, και όλων των ανθρώπινων γονιδίων. Παρατηρήσαμε ότι στη μέθοδο SPCC, σε 3

4

των συστάδων ένα γονίδιο HOX δίπλα στις συν-εντοπισμένη miRNAs είχε την υψηλότερη θετική συσχέτιση με αυτά τα miRNAs από ~18,000 ανθρώπινα γονίδια (

miR -196b

/

HOXA9

,

miR-196a

/

HOXC10

και

miR-10b

/

HOXD8

? τολμηρό κόκκινα κουτιά στο σχήμα 3Α). Ωστόσο, στη μέθοδο ϋΡΟΟ, αυτό ίσχυε μόνο για δύο συμπλέγματα (

miR-196b

/

HOXA10

και

miR-196a

/

HOXC10

) (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Για κάθε ένα από τα 136 miRNAs, υπολογίσαμε SPCC τιμές με γονίδια στο 4

HOX

γονίδιο συμπλέγματα. Οι sPCCs όλων

HOX

γονίδια μέσα σε ένα σύμπλεγμα προστέθηκαν και τα miRNAs κατατάχθηκαν σύμφωνα με την αθροιστική SPCC για κάθε

HOX

συμπλέγματος (Εικόνα S2). Αξίζει να σημειωθεί ότι, για κάθε συστάδα υπήρχε μία miRNA που οι περισσότεροι σαφώς συσχετίζεται με την έκφραση των

ΗΟΧ

γονίδια σε αυτό το σύμπλεγμα (κόκκινη στήλη στο σχήμα S2), και σε κάθε περίπτωση ήταν η miRNA κωδικοποιείται εντός αυτού του συμπλέγματος. Για να συγκρίνετε περαιτέρω την απόδοση των μεθόδων SPCC και ϋΡΟΟ εμείς απεικονίζονται τα σωρευτικά SPCC και ϋΡΟΟ βαθμολογίες για κάθε

HOX

σύμπλεγμα γονιδίων έναντι των συσχετίζοντας miRNAs (Σχήμα 3Β και 3C). Η αθροιστική SPCC και ϋΡΟΟ του αρνητικά συσχετισμού

HOX

γονίδια εμφανίζονται επίσης, αλλά ήταν αμελητέα. Έχουμε περιλαμβάνονται επίσης

miR-99a /99b

και

miR-100

σε αυτή την ανάλυση επειδή μοιράζονται εκτεταμένη ομολογία με

miR-10a

και

miR-10b

[25]. Για άλλη μια φορά, η SPCC καλύτερες επιδόσεις από τη μέθοδο ϋΡΟΟ την ανίχνευση της σωστής

HOX

συστάδα γονιδίων για κάθε συσχετισμό miRNA κατά ένα ελάχιστο υπόβαθρο σήμα από άλλες ομάδες.

(

Μια

) Δομή των τεσσάρων θηλαστικών

HOX

γονίδιο συστάδες με τη θέση των φιλοξενούμενων miRNAs.

εντοπίστηκαν HOX

γονίδια εγκλωβιστούμε σε κόκκινο χρώμα, όπως συσχετίζεται θετικά με το φιλοξένησε miRNA με τη μέθοδο της SPCC. Για κάθε συστάδα η

HOX

γονίδιο πιο στενά με το miRNA που είναι σε αυτό το σύμπλεγμα είναι εγκιβωτισμένο με έντονα κόκκινα. (

Β

) sPCCs όλων των μεμονωμένων

HOX

γονίδια σε κάθε συστάδα σωρεύτηκαν και συναρτήσει των μελών του

miR-10

/

miR-196

οικογένεια και

miR-99a

,

-99b

και

-100

. (

C

) Ίδιο με το

Β

αλλά παράγεται με τη μέθοδο της ϋΡΟΟ.

Η

Εν περιλήψει, τα στοιχεία αυτά δείχνουν ότι η σταθερή κρατικό σύστημα του mRNA NCI60 και δεδομένα miRNA είναι χρήσιμη στην ανίχνευση βιολογικά σημαντικές συνδέσεις μεταξύ των miRNAs και τα γονίδια που τους φιλοξενούν. Η μέθοδος SPCC, το οποίο σχεδιάστηκε για να μιμείται ένα πείραμα τιτλοδότησης miRNA, ήταν ανώτερη από τη μέθοδο ϋΡΟΟ σε δύο δοκιμασίες (αρνητική συσχέτιση με εκφράζεται mRNAs και

ΗΟΧ

συστάδα γονιδίων συσχέτιση) που χρησιμοποιούνται για τον χαρακτηρισμό προσέγγισή μας. Η μέθοδος SPCC ήταν, ως εκ τούτου, χρησιμοποιούνται στις επόμενες αναλύσεις.

miRConnect.org, μια εύχρηστη web interface για να εξερευνήσετε τις συνδέσεις μεταξύ των miRNAs και βιολογικών γονίδια τελεστές τους

Όπως εισήχθη παραπάνω, εκτός από την πραγματικός γονίδια στόχους, τα γονίδια τα οποία δεν προβλέπεται να είναι miRNA στόχους καθώς και ο μεγάλος αριθμός των και θετικά και αρνητικά συσχέτιση γονιδίων μπορεί να κατέχει σημαντικές πληροφορίες σε σχέση με την κατάσταση των επιπέδων κυτταρική έκφραση miRNA, η οποία μπορεί να παρέχουν πληροφορίες σχετικά με τις βιολογικές δραστηριότητες του miRNAs. Όλα τα αρνητικά και θετικά συσχετίζοντας τα γονίδια για το 136 miRNA και τις 25 οικογένειες miRNA προσδιορίζεται τόσο με την ϋΡΟΟ και τη μέθοδο SPCC στο σύνολο δεδομένων Q, καθώς και οι πληροφορίες σχετικά με το πώς πολλοί από αυτούς προέβλεψε στόχους από TargetScan 5.0, μπορεί να βρεθεί υπό miRConnect-Q σε μια αναζήτηση στο διαδίκτυο διεπαφής: miRConnect.org (ή miRConnect.net)

Ομαδοποίηση των miRNAs με βάση την επικάλυψη του συσχετισμού των γονιδίων τους

τα στοιχεία μας υποδηλώνουν ότι η χρησιμοποίηση των συνόλων δεδομένων NCI60 και η μέθοδος SPCC θα μπορούσε να είναι χρήσιμη για την ανίχνευση βιολογικά σχετικές συνδέσεις μεταξύ των miRNAs και κατάντη γονίδια τελεστές τους, η οποία μπορεί να παρέχει νέες γνώσεις σχετικά με βιολογικές δραστηριότητες των miRNAs. Υποστηρίξαμε ότι τα γονίδια είτε αρνητικά είτε θετικά με ένα συγκεκριμένο miRNA θα είναι εξίσου σημαντική γιατί κάθε σετ μπορεί να περιέχουν δείκτες της βιολογικής κατάστασης ρυθμίζεται σε αντίθετες κατευθύνσεις. Για παράδειγμα,

E-cadherin

και

βιμεντίνης

, η οποία θετικά και αρνητικά συσχετίζονται με την έκφραση του

miR-200

οικογένειας, αντίστοιχα (

Cdh1

και

VIM

στον πίνακα 1), τόσο το σημείο στο λειτουργία EMT που σχετίζονται με των

miR-200

. Ως εκ τούτου, προτείναμε ότι είτε αρνητικές είτε θετικές συσχετίσεις θα μπορούσαν να καθορίζουν αυτόνομα μια συγκεκριμένη βιολογική κατάσταση ενός miRNA ή μιας ομάδας miRNAs.

Η

Για να εξεταστεί αυτή η υπόθεση, θα επιλεγεί η κορυφή του 2000 θετική και την κορυφή 2000 αρνητικών συσχετισμών και τα αντίστοιχα γονίδια για καθένα από τα 136 miRNAs, και εκτέλεσε μια ιεραρχική ομαδοποίηση στην ομάδα των 136 miRNAs. Επιλέξαμε 2000 ως αποκοπής επειδή αυτός ο αριθμός καλύπτεται περίπου το 10% όλων των γονιδίων, τα οποία θα πρέπει να έχει ως αποτέλεσμα την εξάλειψη των περισσότερων θόρυβο. Η ομαδοποίηση, η οποία βασίζεται σε ζεύγη συγκρίσεων αντιπροσωπεύει την διασταύρωση των γονιδίων που συσχετίζονται σημαντικά στην έκφρασή τους με την έκφραση δύο διαφορετικών miRNAs (Σχήμα 4 και Σχήμα S3). Όταν αξιολογήθηκαν θετικά συσχέτιση γονιδίων, ένας αριθμός miRNAs σφικτά συγκεντρωμένοι (Σχήμα 4). Ομοίως, πολλές από τις ίδιες miRNAs συγκεντρωμένοι όταν αρνητικά συσχετίζοντας τα γονίδια χρησιμοποιήθηκαν (Σχήμα S3). Παρά το γεγονός ότι πολλοί μηχανισμοί μπορεί να είναι υπεύθυνοι για αυτή την ομαδοποίηση, θα αναφερόμαστε σε αυτά ως «λειτουργική clusters».

Τα miRNAs χωρίστηκαν σε 13 λειτουργικές συστάδες (I-XIII). Οι πληροφορίες δίνονται για κάθε miRNA στον ιστό ειδική έκφραση, γονιδιωματική συν-εντοπισμό και την οικογένεια σπόρων. Διάστικτη γραμμή:. Κατώτατο όριο του 12,5% των ομάδων που επιλέχθηκε να ορίζονται τα 13 σμήνη

Η

Είναι ενδιαφέρον, όλα τα 5 μέλη του

miR-200

οικογένεια ήταν καλά συγκεντρωμένα, σύμφωνα με παρόμοια βιολογική δραστικότητα (σύμπλεγμα Ι στο Σχήμα 4 και σύμπλεγμα VI στο Σχήμα S3) τους. Εκτός από την

miR-200

, ένας αριθμός άλλων δομικώς σχετίζονται miRNAs σχηματίζονται λειτουργικά συμπλέγματα σύμφωνα με τις κοινές τους αριθμούς των γονιδίων τελεστή τους. Αρκετές οικογένειες σπόρων, όπως

miR-181abc

,

miR-19ab

,

miR-221/222

,

miR-103/107

και

miR-135ab

, ήταν συγκεντρωμένα μαζί σφιχτά. Σε αντίθεση, τα μέλη πολλών άλλων οικογενειών σπόρων βρέθηκαν διάσπαρτα σε διαφορετικά λειτουργικά συμπλέγματα (π.χ. η

ας-7

ή το

miR-30

οικογένεια). Αυτό το φαινόμενο πρότεινε ότι η ομαδοποίηση των miRNAs βασίστηκε εν μέρει, αλλά δεν περιορίζονται σε ακολουθίες σπόρων miRNA.

Η ομαδοποίηση των miRNAs στην ανάλυση αυτή ήταν εν μέρει οφείλεται στο γεγονός ότι ορισμένα μέλη της οικογένειας είναι μέρος της ίδιας μεταγραφικής μονάδα. miRNAs ότι το μερίδιο χρωμοσωμική συν-εντοπισμός και βρίσκονται επίσης στα ίδια λειτουργικά συμπλέγματα περιλαμβάνονται οι μεταγραφικές μονάδες

miR-106β /93/25

,

miR-17~92

,

miR -194-2/192

,

miR-183~182

,

miR-99b /ας-7E /125α

,

miR-206 /133Β

.

σε μερικές περιπτώσεις, miRNA ομαδοποίησης βασίστηκε σε κανένα αγώνα σπόρων, ούτε η γονιδιωματική εντοπισμού. Για παράδειγμα, τα μέλη της, τόσο η

miR-141 /200Α

και

miR-200BC /429

οικογένειες σπόρων ήταν συγκεντρωμένα μαζί, αν και αποτελούνται από δύο συστάδες γονιδίων σε ξεχωριστά χρωμοσώματα (cluster Ι, » συστάδα γονιδίων «στήλη στο Σχήμα 4).

Οι κυτταρικές γραμμές NCI60 αντιπροσωπεύουν 9 διαφορετικούς ανθρώπινους καρκίνους. Για να καθοριστεί εάν η παρατηρούμενη ομαδοποίηση των miRNAs ήταν εν μέρει οφείλεται στην ιστοειδική έκφραση είτε miRNAs ή mRNAs, εντοπίσαμε miRNAs που εκφράζονται κατά προτίμηση σε οποιαδήποτε από τις 9 ανθρώπινης τύπους καρκίνου (Πίνακας S4? Πίνακας S5). Μερικές συσχετίσεις με τον ιστό προέλευσης βρέθηκαν. Για παράδειγμα, οι δύο συστάδες Ι (συμπεριλαμβανομένων των

miR-200

οικογένεια και

miR-194

) και XI (συμπεριλαμβανομένων των

miR-30

οικογένεια) περιείχε περισσότερα από τα miRNAs που είναι εμπλουτισμένα σε καρκινικά κύτταρα κόλου (Σχήμα 4). καρκινικά κύτταρα κόλου μπορεί να έχει μια πιο επιθηλιακά-σαν χαρακτηριστικό από τις περισσότερες άλλες καρκινικές κυτταρικές σειρές.

Εν περιλήψει, αυτά τα δεδομένα υποδηλώνουν ότι, ενώ οι αλληλουχίες κοινές σπόρων, χρωμοσωμικό συν-εντοπισμό, και ιστοειδική έκφραση επηρεάζεται πιθανώς την συνεργασία έκφραση των miRNAs με ορισμένα γονίδια και επομένως ομαδοποίηση τους, πολλές miRNAs συνενώθηκαν για άλλους λόγους. Ένας σημαντικός παράγοντας που καθορίζει την ομαδοποίηση θα μπορούσε να είναι η βιολογική λειτουργία ενός miRNA, δεδομένου ότι η ομαδοποίηση βασίζεται στην τομή των συνόλων γονιδίων που συσχετίζονται θετικά σημαντικά με δύο ζεύγη miRNAs. Για παράδειγμα,

miR-200

,

-203

,

-375

και

-7

, οι οποίες ομαδοποιούνται στο Σχήμα 4 και Σχήμα S3 , δεν έχουν την ίδια αλληλουχία σπόρου, γονιδιωματική colocalization ή ειδική έκφραση στο ίδιο ιστό. Ο λόγος γι ‘αυτούς στην ομάδα φαίνεται μαζί για να είναι ότι μοιράζονται παρόμοια βιολογική λειτουργία στη ρύθμιση EMT.

Αναγνώριση των οικογενειών miRNA που εμπλέκονται στην ανάπτυξη των κυττάρων ρύθμιση

c-myc

δεν είναι μόνο μια γενική ρυθμιστής της λειτουργίας miRNA και έκφρασης, αλλά και η ίδια ρυθμίζονται από miRNAs [26], [27]. Για να προσδιορίσετε αν ομαδοποίηση miRNAs σύμφωνα με την ταυτότητα του συσχετισμού γονιδίων θα εντοπίσει τη σύνδεση μεταξύ miRNAs και

c-myc

, χρησιμοποιήσαμε τους καταλόγους των γονιδίων που είτε ρυθμίζεται προς τα πάνω (460 γονίδια) ή μειωτικά (211 γονίδια) από

c-MYC

(που λαμβάνεται από https://www.myc-cancer-gene.org/) και επιλύεται πόσοι από αυτούς ήταν είτε θετικά είτε αρνητικά συσχετίζεται με την έκφραση καθενός από τα 136 miRNAs. Το αποτέλεσμα γίνεται ορατό στο Σχήμα 5. Η σημασία του εμπλουτισμού του συσχετισμού των γονιδίων προσδιορίστηκε με διεξαγωγή μιας Wilcoxon Rank-Sum Test. Το επίπεδο σημαντικότητας υποδεικνύεται από κουτιά με διαφορετικά χρώματα. Σαφώς, ορισμένες συστάδες των miRNAs ήταν θετικά και άλλοι αρνητικά συσχετίζεται είτε με

c-myc

που προκαλείται ή

c-myc

καταπιεσμένη γονίδια.