You must be logged into post a comment.
Αφηρημένο
Το μονοπάτι Hippo περιορίζει τη δραστηριότητα της μεταγραφικής συνενεργοποιητές TAZ (
WWTR1
) και YAP. TAZ και YAP αναφέρονται ότι υπερεκφράζεται σε διάφορους καρκίνους, ωστόσο, προγνωστική σημασία τους σε ορθοκολικούς καρκίνους παραμένει απλός. Τα επίπεδα έκφρασης του TAZ και YAP, και οι στόχοι κατάντη της μεταγραφής τους,
AXL
και
CTGF
, εκχυλίστηκαν από δύο ανεξάρτητους καρκίνο του παχέος εντέρου σύνολα δεδομένων ασθενούς διαθέσιμα στη βάση δεδομένων Gene Expression Omnibus, ύψους 522 ασθενείς . Βρήκαμε ότι οι εκφράσεις του mRNA των δύο TAZ και YAP ήταν συσχετίζεται θετικά με εκείνες του
AXL
και
CTGF
(
σ
& lt? 0,05). υψηλά επίπεδα έκφρασης του mRNA της TAZ,
AXL
ή
CTGF
συσχετίστηκε σημαντικά με μικρότερη επιβίωση. Είναι σημαντικό, οι ασθενείς συν-υπερεκφράζουν όλα τα 3 γονίδια είχαν σημαντικά μικρότερο χρόνο επιβίωσης, και συνδυαστική έκφραση αυτών των γονιδίων 3 ήταν ανεξάρτητος προγνωστικός παράγοντας για την επιβίωση. Οι μεταγενέστεροι γονίδια-στόχους για TAZ-AXL-CTGF υπερέκφραση εντοπίστηκαν από MyStats εφαρμογή Java. Είναι ενδιαφέρον, τα γονίδια που σχετίζονται με την εξέλιξη του καρκίνου του παχέος εντέρου (
ANTXR1
,
EFEMP2
,
SULF1
,
TAGLN
,
VCAN
,
ZEB1
και
ZEB2
) ήταν ρυθμισμένη προς τα πάνω σε ασθενείς με συνυπάρχουσα υπερεκφράζουν TAZ-AXL-CTGF. Αυτό TAZ-AXL-CTGF υπογραφή της γονιδιακής έκφρασης (GES) στη συνέχεια εφαρμόστηκε σε Συνδεσιμότητα Χάρτης για τον εντοπισμό μικρών μορίων που θα μπορούσαν ενδεχομένως να χρησιμοποιηθούν για να αντιστραφεί αυτή η GES. Από τα κορυφαία 20 μικρά μόρια που ταυτοποιούνται από τον χάρτη σύνδεσης, αμιλορίδη (μια φειδωλή διουρητικό καλίου,) και η τρετινοΐνη (all-trans ρετινοϊκό οξύ) έδειξαν θεραπευτική υπόσχεση σε αναστολή της ανάπτυξης των κυττάρων καρκίνου του παχέος εντέρου. Χρησιμοποιώντας MyStats, βρήκαμε ότι η έκφραση χαμηλό επίπεδο είτε
ANO1
ή
SQLE
σχετίστηκαν με καλύτερη πρόγνωση σε ασθενείς με συνυπάρχουσα υπερεκφράζεται TAZ-AXL-CTGF, και ότι
ANO1
ήταν ανεξάρτητος προγνωστικός δείκτης επιβίωσης μαζί με TAZ-AXL-CTGF. Τέλος, επιβεβαίωσε ότι TAZ ρυθμίζει Axl, και διαδραματίζει σημαντικό ρόλο στη ικανότητας κλωνισμού και τα μη προσκολλημένα ανάπτυξης
in vitro
και του όγκου σχηματισμού
in vivo
. Αυτά τα δεδομένα υποδηλώνουν ότι TAZ θα μπορούσε να είναι ένας θεραπευτικός στόχος για τη θεραπεία του καρκίνου του παχέος εντέρου
Παράθεση:. Yuen H-F, McCrudden CM, Huang Υ-Η, Tham JM, Zhang Χ, Zeng Q, et al. (2013) TAZ Έκφραση ως προγνωστικός δείκτης για τον καρκίνο του παχέος εντέρου. PLoS ONE 8 (1): e54211. doi: 10.1371 /journal.pone.0054211
Επιμέλεια: Gabriele Saretzki, Πανεπιστήμιο του Νιούκαστλ, Ηνωμένο Βασίλειο
Ελήφθη: 29, Ιουνίου, 2012? Αποδεκτές: 10, Δεκεμβρίου του 2012? Δημοσιεύθηκε: 23 Ιαν 2013
Copyright: © 2013 Yuen et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται
Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη χρηματοδοτείται από τον Οργανισμό της Επιστήμης, Τεχνολογίας και Έρευνας (A * STAR), Σιγκαπούρη. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου
Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα
Εισαγωγή
Η οδός Hippo παίζει σημαντικό ρόλο στον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, τον έλεγχο του μεγέθους του οργάνου, και την ανάπτυξη του καρκίνου και την πρόοδο [1], [2], [3], [4]. YAP και TAZ είναι και οι δύο μεταγραφικές συν-ενεργοποιητές που αναστέλλονται από την οδό Hippo [1], [2], [3], [4]. Η ανώμαλη απενεργοποίηση του μονοπατιού Hippo ή /και υπερέκφραση TAZ και YAP οδηγεί σε μεταγραφική ενεργοποίηση των κατάντη τους στόχους [1], [2], [3], [4].
YAP υπερέκφραση επάγει τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων και επιθηλιακά μεσεγχυματικά μετάβαση (ΕΜΤ), και αναστέλλει την απόπτωση και την επαφή της αναστολής [5], [6], [7]. Η μεταγραφική ενεργοποίηση του αμφιρεγουλίνη προσδέματος υποδοχέα του επιδερμικού αυξητικού παράγοντα μπορεί να ευθύνεται για YAP μεσολάβηση επαγωγή του πολλαπλασιασμού των κυττάρων, ειδικά κάτω από ορό εξάντληση [7], ενώ YAP συνεργάζεται επίσης με Myc να προωθήσει τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων [8]. Πρόσφατα, YAP έχει δειχθεί ότι παίζουν έναν κρίσιμο ρόλο στη βιολογία των βλαστικών κυττάρων. Είναι που προκαλείται κατά τη διάρκεια της πολυδύναμων βλαστικών κυττάρων επαναπρογραμματισμό, ενώ φίμωση της YAP μειώνει την πλειοδυναμία των εμβρυϊκών βλαστικών [9] κύτταρα. YAP προωθεί εξέλιξης του καρκίνου των ωοθηκών, και τα υψηλά επίπεδα πυρηνική έκφραση αντίστροφα με την επιβίωση των ασθενών [10]. Ειδικότερα, YAP σχετίζεται με όγκους των ωοθηκών σαφή κύτταρο, ένα ωοθήκης κακοήθεια υποτύπου με φτωχή πρόγνωση [11]. YAP έχει αποδειχθεί επίσης να διαδραματίσει ρόλο στην ογκογόνο οισοφαγικό καρκίνωμα των πλακωδών κυττάρων [12]. Στον καρκίνο του ήπατος, microRNA μεσολάβηση αναστολή της YAP αναστέλλει χαρακτηριστικά όγκου συμπεριλαμβανομένου του πολλαπλασιασμού των κυττάρων και εισβολή [13]. Αντίθετα, υπάρχουν αναφορές που δείχνουν μία αντίθετη, κατασταλτική του όγκου, ο ρόλος του στην προώθηση YAP ρ73 απόπτωση που διαμεσολαβείται [14], [15]. Σε καρκίνους μαστού και κεφαλής και λαιμού, YAP έχει δειχθεί ότι δρα ως καταστολέας όγκων σε ορισμένες περιπτώσεις [14], [16].
TAZ είναι δομικά ομόλογη με YAP, ομοίως αναστέλλεται από την οδό Hippo, και επίσης προωθεί EMT μεσολάβηση καρκίνος εξέλιξης [17], [18], [19]. TAZ ρυθμίζει τη διαφοροποίηση μεσεγχυματικών βλαστικών κυττάρων με ρύθμιση της έκφρασης Runx2- και PPAR γάμμα-εξαρτώμενη γονίδιο [20], όπως επίσης και των βλαστικών κυττάρων αυτο-ανανέωση μέσω του ελέγχου εντοπισμού της Smad [21]. TAZ παίζει σημαντικό ρόλο στην εξέλιξη του καρκίνου του μαστού [22], [23] και μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα [24], [25]. Είναι σημαντικό, TAZ προσδίδει χαρακτηριστικά των κυττάρων που σχετίζονται με τον καρκίνο του στελέχους σε καρκινικά κύτταρα του μαστού, τονίζοντας περαιτέρω τη σημασία της στην έναρξη του όγκου και της προόδου [26]. TAZ επίσης υπερεκφράζεται σε θηλώδες καρκίνωμα του θυρεοειδούς [27].
TAZ και YAP έχουν δειχθεί ότι αλληλεπιδρούν με διάφορους παράγοντες μεταγραφής [2], [3], [4], με την οικογένεια ΗΣΑΤΚ μεταγραφικών παραγόντων ( TEAD1-4) είναι το πιο σχετικό με τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων και την εξέλιξη του καρκίνου [19], [28], [29]. Οι κρυστάλλου ακτίνων-Χ δομές των συμπλοκών YAP-ΗΣΑΤΚ έχουν επιλυθεί και η προτεινόμενη αλληλεπίδραση υποστηρίζεται από και σύμφωνα με τη λειτουργική ανάλυση [30], [31], [32], που δείχνουν ότι τα σύμπλοκα YAP-ΗΣΑΤΚ ενεργοποιεί γονιδιακή μεταγραφή.
έκφραση YAP παρατηρήθηκε σε αδενοκαρκίνωμα του παχέος εντέρου [33], [34], [35]. Είναι υπερεκφράζεται σε δείγματα ανθρώπινου καρκίνου του παχέος εντέρου και η υπερέκφραση του YAP προάγει τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων και την επιβίωση σε κύτταρα καρκίνου του παχέος εντέρου [36]. Πρόσφατα ευρήματα δείχνουν ότι η εξουδετέρωση της TAZ οδηγεί σε μείωση του πολλαπλασιασμού των κυττάρων στην καλλιέργεια και την ανάπτυξη του όγκου
in vivo
[26].
Παρά στοιχεία που υποδηλώνουν την πιθανή επίπτωση της YAP και TAZ στον καρκίνο του παχέος εντέρου εξέλιξη, προγνωστική σημασία τους σε καρκίνο του παχέος εντέρου είναι άγνωστη. Σε αυτή τη μελέτη, αναλύσαμε την έκφραση του mRNA του YAP και TAZ, και δύο από κατάντη γονιδίων στόχων του,
AXL
και
CTGF
, σε δύο ομάδες ασθενών ανεξάρτητα καρκίνο του παχέος εντέρου που περιλαμβάνει 522 ασθενείς. Βρήκαμε ότι TAZ, αλλά δεν YAP, είναι ένας προγνωστικός δείκτης σε πρόοδο του καρκίνου του παχέος εντέρου. Επιπλέον, TAZ-
AXL-CTGF
συν-υπερέκφραση, το οποίο ορίζει τόσο την έκφραση του TAZ και μεταγραφική δράση του επί της έκφρασης γονιδίου-στόχου, είναι μία νέα προγνωστικός δείκτης, που είναι ανεξάρτητη από βαθμού του όγκου και το στάδιο, για κόλον ασθενείς με καρκίνο. Ο ρόλος των TAZ στον πολλαπλασιασμό των κυττάρων καρκίνου του παχέος εντέρου και ογκογένεση επικυρώθηκε από λειτουργική μελέτη.
Υλικά και Μέθοδοι
Εξαγωγή των δεδομένων έκφρασης των κλινικών και γονιδιακών μικροσυστοιχιών από σύνολα δεδομένων ασθενή με καρκίνο του παχέος εντέρου
Δύο καρκίνο του παχέος εντέρου σύνολα δεδομένων των ασθενών, GSE14333 [37] και GSE17538 [38], η οποία διατίθεται στην έκφραση του γονιδίου Omnibus (GEO) Database (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds) συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη αυτή. Η ιστοσελίδα GEO έχει τυποποιηθεί διευθύνσεις URL για μεμονωμένα σύνολα δεδομένων της, π.χ. το συνολικό συνοπτικές πληροφορίες σχετικά με την GSE14333 μικροσυστοιχιών σύνολο δεδομένων μπορεί να έχει πρόσβαση σε https://www.ncbi.nlm.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE14333. Για κάθε σειρά δεδομένων GEO, συνδέσεις παρέχονται στο κάτω μέρος της σελίδας για να το αρχείο (α) Σειρά Matrix, τα οποία περιέχουν τις τιμές έκφρασης για κάθε γονίδιο (probeset) και κάθε μικροσυστοιχίας. Οι διευθύνσεις URL για το αρχείο (α) της σειράς Matrix είναι επίσης τυποποιημένα. Για GSE14333, η διεύθυνση URL ήταν ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/geo/DATA/SeriesMatrix/GSE14333. Τα αρχεία σε μορφή gzip στη συνέχεια φερμουάρ σε μορφή κειμένου καρτέλα οριοθετημένο, οι οποίες περιέχουν λεπτομερείς πληροφορίες για τη στατιστική ανάλυση. Τα σύνολα δεδομένων GSE14333 και GSE17538 είναι οι δύο μεγαλύτερες ομάδες δεδομένων ασθενούς με καρκίνο του παχέος εντέρου στη βάση δεδομένων, και περιλαμβάνουν 522 ασθενείς, 458 των οποίων τα δεδομένα επιβίωσης είναι διαθέσιμα στη βάση δεδομένων. Η σειρά δεδομένων GSE17538 αποτελείται από τέσσερα υποσειράς: GSE17536, GSE17537, GSE19072 και GSE19073. GSE19072 και GSE19073 αποκλείστηκαν από τη μελέτη αυτή, καθώς δεν έχουν κλινικά δεδομένα. δεδομένων γονιδιακής έκφρασης μικροσυστοιχιών ανακτήθηκαν από τις μήτρες δεδομένων κατατεθεί στη βάση δεδομένων GEO από τους αρχικούς συγγραφείς. Τα επίπεδα γονιδιακής έκφρασης σε GSE14333 και GSE17538 αντιπροσωπεύεται από τη βάση-2 λογάριθμος της τιμής MAS5 και τις αξίες RMA, αντίστοιχα, όπως εγκρίθηκε από τους αρχικούς συγγραφείς. Ε scripting χρησιμοποιήθηκε για να εξαγάγετε τις αξίες έκφραση ενός μικρού αριθμού γονιδίων (probesets) των τόκων και τα κλινικά δεδομένα από τους πίνακες δεδομένων που μεταβιβάζονται από GEO.
Δημογραφικά και κλινικά δεδομένα των δύο ομάδων ασθενών
Τόσο η ηλικία και το φύλο των ασθενών ήταν διαθέσιμα δημογραφικά δεδομένα σε δύο σύνολα δεδομένων που αναλύθηκαν στην παρούσα μελέτη. Οι ασθενείς είχαν μέση ηλικία 67 έτη (εύρος: 26 έως 92 ετών) και 65,5 χρόνια (εύρος: 23 με 94 ετών) σε GSE14333 και GSE17538, αντίστοιχα. Υπήρχαν 43% και 46% γυναίκες, αντίστοιχα, στην ομάδα GSE14333 και GSE17538. Η ομάδα GSE14333 αποτελείται από 290 ασθενείς, για τους οποίους υπήρχαν διαθέσιμα 226 δεδομένα επιβίωσης. Δεκαπέντε, 32, 31 και 21% των ασθενών είχαν σταδίου Α, Β, Γ και Δ όγκων, αντίστοιχα. Τα δεδομένα επιβίωσης δεν ήταν διαθέσιμα για όλους τους ασθενείς του σταδίου δεδομένα D. επιβίωσης ήταν διαθέσιμα για όλους τους 232 ασθενείς στην ομάδα GSE17538. Δώδεκα, 31, 33 και 24% των ασθενών είχαν όγκους σταδίου AJCC I, II, III και IV, αντίστοιχα, και 8, 78 και 14% των ασθενών είχαν βαθμού Α, Β και Γ όγκους αντίστοιχα.
συσχετίσεις των επιπέδων έκφρασης των γονιδίων και των κλινικών
δεδομένων
Όλες οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση SPSS19.0. Οι ενώσεις μεταξύ των επιπέδων έκφρασης των γονιδίων αναλύθηκαν με το τεστ κατάταξης Spearman του. επίπεδα έκφρασης περαιτέρω διαιρείται σε υψηλά και χαμηλά επίπεδα χρησιμοποιώντας μεσαίο επίπεδο έκφρασης ως σημείο αποκοπής για την ανάλυση επιβίωσης Kaplan-Meier. Τα αποτελέσματα συγκρίθηκαν με δοκιμασία log-rank. ανάλυση παλινδρόμησης Univeriate Cox χρησιμοποιήθηκε για τη συσχέτιση των επιπέδων έκφρασης των γονιδίων και την επιβίωση των ασθενών και πολυπαραγοντική ανάλυση παλινδρόμησης κατά Cox χρησιμοποιήθηκε για τον προσδιορισμό ανεξάρτητων προγνωστικών για την επιβίωση του ασθενούς χρησιμοποιώντας τα πίσω σταδιακή προσέγγιση με ένα όριο εισόδου ρ & lt? 0.1 και όριο απομάκρυνσης της p & gt? 0,05 . Οι ασθενείς χωρίστηκαν περαιτέρω σε 4 ομάδες με βάση τα επίπεδα έκφρασης του TAZ, AXL και CTGF? η TAZ-AXL-CTGF-χαμηλή ομάδα αποτελούνταν από ασθενείς που εκφράζεται όλα αυτά τα 3 γονίδια σε χαμηλά επίπεδα? η TAZ-AXL-CTGF-ενδιάμεσο-χαμηλή ομάδα αποτελούνταν από ασθενείς οι οποίοι εξέφρασαν ένα από αυτά τα τρία γονίδια σε υψηλό επίπεδο? ο TAZ-AXL-CTGF-ενδιάμεσο-υψηλή ομάδα αποτελούνταν από ασθενείς οι οποίοι εξέφρασαν δύο από αυτά τα τρία γονίδια σε υψηλά επίπεδα? η TAZ-AXL-CTGF-υψηλής ομάδα αποτελούνταν από ασθενείς οι οποίοι εξέφρασαν και τα τρία γονίδια σε υψηλά επίπεδα. Ο χρόνος επιβίωσης των ασθενών με στρωματοποιημένη με αυτή τη μέθοδο ομαδοποίησης αναλύθηκαν με ανάλυση Kaplan-Meier και Cox παλινδρόμησης, όπως περιγράφεται παραπάνω.
Αναγνώριση TAZ-AXL-CTGF συν-έκφραση γονιδίων
Οι ασθενείς ήταν στρωματοποιημένη σε τέσσερις ομάδες με βάση τα επίπεδα έκφρασης του TAZ, AXL και CTGF όπως περιγράφεται παραπάνω. συγκρίθηκαν Τα πρότυπα γονιδιακής έκφρασης των ασθενών σε TAZ-AXL-CTGF χαμηλό υποομάδα και εκείνων της υψηλής υποομάδα TAZ-AXL-CTGF (των οποίων η επιβίωση ήταν σημαντικά φτωχότερη). Probesets που εκφράζονται διαφορικά μεταξύ αυτών των δύο υποομάδες ταυτοποιήθηκαν με T-test 2-δείγμα του Welch. Αυτή η δοκιμή χρησιμοποιήθηκε για να αποφευχθεί το σφάλμα τύπου Ι λόγω άνισες διακυμάνσεις των τιμών των probesets μεταξύ υποομάδων. Εν συντομία, t test ενός Welch ήταν εφαρμόστηκε σε κάθε probeset που αντιστοιχεί σε ένα συγκεκριμένο γονίδιο εντός της μήτρας δεδομένων χρησιμοποιώντας το δικό μας MyStats εφαρμογή Java. Οι τιμές Ρ και η διαφορική έκφραση σε πολλαπλές μεταβολές για όλους τους probesets παράχθηκαν ως στηλοθέτες φύλλα εργασίας του Excel για περαιτέρω ανάλυση. Τα γονίδια προτεραιότητα ανεβαίνοντας σ τιμές. Οι 100 κορυφαίες probesets έχουν προτεραιότητα και στα δύο σύνολα δεδομένων των ασθενών, καθώς και οι κοινές και για τα δύο σύνολα δεδομένων γονίδια αναλύθηκαν περαιτέρω.
Αναγνώριση πιθανών ανασταλτικών ενώσεων στοχεύουν TAZ-AXL-CTGF που υπερεκφράζουν τον καρκίνο του παχέος εντέρου (Συνδεσιμότητα Χάρτης)
χαρτογράφηση συνδεσιμότητα η γονιδιακή έκφραση εκτελέστηκε χρησιμοποιώντας Στατιστικώς Χάρτης σημαντική σχέση του (sscMap) για την ταυτοποίηση ενώσεων μικρού μορίου υποψήφιος που μπορεί να αναστέλλουν την έκφραση των γονιδίων που είναι συν-ρυθμίζονται σε TAZ-AXL-CTGF συνεκφράζουν επιθετικό καρκίνο του παχέος εντέρου [39], [40], [41]. Από τα probesets προσδιορίζονται για να συν-εκφράζεται με TAZ-AXL-CTGF, 33 ήταν παρούσες στην πλατφόρμα μικροσυστοιχιών Affymetrix HG-U133A, το οποίο χρησιμοποιήθηκε για τη δημιουργία της βάσης δεδομένων μικροσυστοιχίας για το χάρτη Συνδεσιμότητα [39]. Το γονίδιο που καταρτίζονται υπογραφή στη συνέχεια τροφοδοτήθηκε στην εφαρμογή Java sscMap [41] ως υπογραφή ερώτημα, και η ένωσή του με τα προφίλ γονιδιακής έκφρασης 6000 που παράγεται από την θεραπεία του καρκίνου των κυττάρων με πάνω από 1000 μικρά μόρια συγκρίθηκαν. Η διαδικασία διατάραξη γονίδιο υπογραφή, η οποία αυξάνει την εξειδίκευση των αποτελεσμάτων εξόδου, εφαρμόστηκε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [42]. Όλες οι μικρές μοριακές ενώσεις, που είχαν αρνητικά που συνδέονται με την TAZ-AXL-CTGF-ΓΕΣ, ταξινομήθηκαν και ανάλογα με τη
σ
-τιμή, η σταθερότητά τους διαταραχή και τυποποιημένη βαθμολογίας σύνδεση. Η
σ
-τιμή που θεωρήθηκε σημαντική ορίστηκε σε ένα αυστηρό όριο (p = 1/1309), διασφαλίζοντας ότι τα αποτελέσματα που προκύπτουν από sccMap αποδώσει μόνο σε μέγιστο βαθμό ένα αναμενόμενο ψευδώς θετικά μικρό μόριο πάνω από τα 1309 μικρά μόρια δοκιμαστεί στην sccMap [42]. Οι top 20 μικρά μόρια στη συνέχεια εισήλθε στη μηχανή αναζήτησης Pubmed (www.pubmed.com) μαζί με καρκίνο του παχέος εντέρου να εντοπίσει αντικείμενα έρευνας που έχουν περιγράψει τα αποτελέσματά τους από τα συγκεκριμένα μόρια για τη θεραπεία του καρκίνου του παχέος εντέρου.
Αναγνώριση των θεραπευτικών στόχων για τους ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου που υπερεκφράζουν TAZ-AXL-CTGF
οι ασθενείς που συν-υπερεκφράζεται TAZ-AXL-CTGF κατηγοριοποιήθηκαν σε δύο ομάδες με βάση τις καταστάσεις επιβίωσή τους. εκφράσεις Διαφορική διαφορετικών probesets μεταξύ ασθενών στην TAZ-AXL-CTGF-ζωντανός υποομάδα και εκείνων της TAZ-AXL-CTGF-αποθανόντος υποομάδα ταυτοποιήθηκαν όπως περιγράφεται ανωτέρω.
Κυτταρική καλλιέργεια και ρετροϊική μεταγωγή
HCT116 και SW620 κύτταρα ελήφθησαν από την American Type Culture Collection και διατηρήθηκαν σε Ρ12Κ /DME μέσο συμπληρωμένο με 10% εμβρυϊκό βόειο ορό (FBS), 10 μg /ml πενικιλλίνη /στρεπτομυκίνη (P /S) (τεχνολογίες Life, Carlsbad, CA ). Η αμφοτροπική κυτταρική σειρά συσκευασίας Phoenix ελήφθη από το Εργαστήριο Nolan (Πανεπιστήμιο του Stanford) και διατηρήθηκαν σε μέσο ϋΜΕΜ συμπληρωμένο με 10% FBS και 10 μg /ml P /S. ρετροϊική μόλυνση πραγματοποιήθηκε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [18]. Η σύντομη φουρκέτα (shRNA) ενάντια στην ανθρώπινη κατασκευή TAZ (5′-AGGTACTTCCTCAATCACA-3 ‘) μεταφέρεται από τον φορέα pSuperRetro-puro (shTAZ) χρησιμοποιήθηκε για TAZ νοκ ντάουν (Oligoengine, Seattle, WA), ενώ το σκαρφάλωμα shRNA κατασκεύασμα (5’ CCTAAGGTTAAGTCGCCCTCG-3 ‘? shScr) χρησιμοποιήθηκε για τον έλεγχο. Σταθερές κυτταρικές γραμμές καθιερώθηκαν επιλέγοντας τα traduced κύτταρα σε 2 μg /ml πουρομυκίνη (Sigma Aldrich, St. Louis, ΜΟ).
Western ανάλυση κηλίδος
Ανοσοκηλίδωση διεξήχθη όπως περιγράφηκε προηγουμένως [18 ] χρησιμοποιώντας SuperSignal West Pico (Thermo Scientific, Rockford, IL). Το εμπορικό αντίσωμα TAZ ελήφθη από Imgenex (San Diego, CA).
Anchorage-ανεξάρτητες δοκιμασίες μαλακού άγαρ και κλωνογονική
Για την δοκιμασία μαλακού άγαρ, 5000 κύτταρα επαναιωρήθηκαν σε 0.35% (w /v) αγαρόζης σε μέσο καλλιέργειας επιστρώθηκαν επί στερεοποιήθηκε 0,5% (w /v) αγαρόζης σε μέσο καλλιέργειας. Το ανώτερο στρώμα αφέθηκε να στερεοποιηθεί. Medium με πουρομυκίνη προστέθηκε την επόμενη ημέρα και τα κύτταρα στη συνέχεια επωάστηκαν στους 37 °
-C με 5% CO
2. Φρέσκο μέσο με πουρομυκίνη συμπληρώθηκε και οι αποικίες που σχηματίζονται βάφτηκαν με 1 mg /ml μπλε θειαζολύλιο τετραζολίου (Sigma Aldrich) για 4 ώρες στον επωαστή στους 37 ° C με 5% CO
2. Η περίσσεια χρωστικής απομακρύνθηκε με αποχρωματισμού πολλές φορές με νερό και ο αριθμός των αποικιών προσδιορίζεται.
Για κλωνογονική δοκιμασία, 500 κύτταρα σπάρθηκαν ανά φρεάτιο εις τριπλούν σε πλάκα 6 φρεατίων. Το μέσο καλλιέργειας ανανεώθηκε κάθε εβδομάδα και τα κύτταρα μονιμοποιήθηκαν με 4% παραφορμαλδεϋδη σε PBS μετά από 2 εβδομάδες επώασης στους 37 ° C με 5% CO
2. Τα σταθεροποιημένα κύτταρα βάφτηκαν με 0.5% κρυσταλλικό ιώδες (Sigma Aldrich) σε 20% αιθανόλη όλη τη νύκτα. Τα κύτταρα ξεπλύθηκαν με νερό, ξηραίνεται και αποικία αριθμός αναλύθηκε.
Ογκογένεση σε γυμνούς ποντικούς
Εκατό υΐ ενός εναιωρήματος κυττάρων από 1,5 × 10
7 /ml εμβολιάσθηκαν υποδορίως σε το αριστερό και το δεξιό οπίσθιο πλευρά των τεσσάρων έως έξι εβδομάδων θηλυκών γυμνών ποντικών. ανάπτυξη του όγκου παρακολουθήθηκε sfter 2 εβδομάδες. Τα ποντίκια στη συνέχεια ευθανασία και οι όγκοι αφαιρέθηκαν για ανάλυση.
Αποτελέσματα
TAZ και YAP mRNA εκφράσεις συσχετίζονται θετικά με την έκφραση του mRNA των κατάντη γονιδίων στόχων τους, AXL και CTGF
προηγουμένως, εμείς και άλλοι έχουν δείξει ότι
AXL
και
CTGF
είναι δύο σημαντικά γονίδια κατάντη στόχος της TAZ και YAP [23], [43], [44]. Στην παρούσα μελέτη, ερευνήσαμε αν τα επίπεδα έκφρασης του mRNA των δύο μεταγραφικών συν-ενεργοποιητών στην οδό Hippo, TAZ και YAP, συσχετίζονται με την έκφραση του mRNA της
AXL
και
CTGF
. Στους 290 ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου από το σύνολο δεδομένων GSE14333, έκφραση TAZ συσχετίστηκε σημαντικά με δύο AXL (τεστ κατάταξης Spearman, το
r
= 0.547,
σ
& lt? 0.001? Σχήμα 1Α) και CTGF (
r
= 0,543,
σ
& lt? 0.001? Εικόνα 1Β) εκφράσεις. έκφραση YAP mRNA ήταν επίσης θετικά με AXL (
r
= 0,154,
σ
= 0,009? Σχήμα 1C) και CTGF (
r
= 0.141,
p
= 0,016? Σχήμα 1D) έκφραση mRNA στο ίδιο σύνολο δεδομένων, αλλά σε μικρότερο βαθμό. Σε 232 ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου από GSE17538, έκφραση TAZ mRNA ήταν σημαντικά συσχετίζεται θετικά τόσο με AXL (
r
= 0,752,
σ
& lt? 0.001? Σχήμα 1Ε) και CTGF (
r
= 0.686,
ρ
& lt? 0,001? Σχήμα 1 F) εκφράσεις mRNA, ενώ YAP mRNA ήταν επίσης σημαντικά συσχετίζεται θετικά με την έκφραση του mRNA και των δύο γονιδίων, και πάλι σε μικρότερο βαθμό (AXL:
r
= 0,343,
σ
& lt? 0.001? Σχήμα 1G και CTGF:.
r
= 0.387,
σ
& lt? 0.001? Σχήμα 1)
οικόπεδα διασποράς για (Α) έκφραση TAZ mRNA έναντι
AXL
έκφραση του mRNA, (Β) έκφραση TAZ mRNA έναντι
CTGF
έκφραση του mRNA, (C) έκφραση YAP mRNA έναντι
AXL
έκφραση mRNA, και (Δ) της έκφρασης του mRNA YAP έναντι
CTGF
έκφραση mRNA στα GSE14333 σύνολα δεδομένων καρκίνο του παχέος εντέρου, και έκφρασης (Ε) TAZ mRNA έναντι
AXL
έκφραση mRNA, ( F) έκφραση mRNA TAZ έναντι
CTGF
έκφραση mRNA, (G) έκφραση mRNA YAP έναντι
AXL
έκφραση mRNA, και (Η) έκφραση mRNA YAP έναντι
CTGF
έκφραση mRNA στις GSE17538 σύνολα δεδομένων καρκίνου του παχέος εντέρου.
η
TAZ, αλλά δεν YAP, η έκφραση του mRNA είναι ένας προγνωστικός παράγοντας για την επιβίωση των ασθενών
στους 226 ασθενείς των οποίων τα δεδομένα επιβίωσης ήταν διαθέσιμα από τον καρκίνο του παχέος εντέρου GSE14333 ομάδα ασθενών, ένα υψηλό επίπεδο έκφρασης TAZ mRNA συσχετίστηκε σημαντικά με μικρότερη επιβίωση (υψηλό επίπεδο: η μέση επιβίωση = 72,3 μήνες, το 95% Διάστημα εμπιστοσύνης (CI) = 63-81 μήνες? χαμηλό επίπεδο: η μέση επιβίωση = 129 μήνες, 95% CI = 121-136 μήνες,
σ
& lt? 0.001? Σχήμα 2Α). Με ανάλυση Cox παλινδρόμησης, η έκφραση TAZ mRNA συσχετίστηκε σημαντικά με την επιβίωση (Κίνδυνοι Λόγος (HR) = 2.251, 95% CI = 1,626 – 3,116,
σ
& lt? 0.001? Σχήμα 2C) στον καρκίνο του παχέος εντέρου GSE14333 ομάδα ασθενών. Με την πολυπαραγοντική ανάλυση (Σχήμα 2C), η έκφραση TAZ mRNA (HR = 2,062, 95% CI = 1,472 – 3,116,
σ
& lt? 0.001) και του όγκου στάσης (
σ
& lt? 0.001) είναι και οι δύο ανεξάρτητοι προγνωστικοί παράγοντες της επιβίωσης στην ίδια ομάδα. Ομοίως, ένα υψηλό επίπεδο έκφρασης TAZ mRNA συσχετίστηκε σημαντικά με μικρότερη επιβίωση των ασθενών με καρκίνο του παχέος εντέρου ομάδα ασθενών GSE17538 (υψηλό επίπεδο: η μέση επιβίωση = 84 μήνες, 95% CI = 72-96 μήνες? Χαμηλό επίπεδο: η μέση επιβίωση = 109 μήνες , 95% CI = 97-120 μήνες,
σ
= 0,011? Σχήμα 2Β). Με Cox-παλινδρόμησης, η έκφραση TAZ mRNA είναι ένας προγνωστικός δείκτης επιβίωσης σε αυτή την ομάδα (HR = 1,743, 95% CI = 1,177 – 2,582,
σ
= 0.006? Σχήμα 2D). ανάλυση παλινδρόμησης Cox Mulivariate έδειξε επίσης ότι η έκφραση του mRNA TAZ (HR = 1,998, 95% CI = 1,245 – 3,205,
σ
= 0,004? Σχήμα 2D) ήταν ανεξάρτητος προγνωστικός παράγοντας για την επιβίωση μαζί με το στάδιο (
σ
& lt? 0.001) και του βαθμού (
σ
= 0,03) των καρκίνων σε αυτό το καρκίνο του παχέος εντέρου ομάδα ασθενών. Από την άλλη πλευρά, η έκφραση YAP mRNA δεν συσχετίζονται σημαντικά με την επιβίωση των ασθενών με ανάλυση Kaplan-Meier (GSE14333:
σ
= 0.519? Σχήμα 2Ε και GSE17538:
σ
= 0,634? Σχήμα 2F ) ή με ανάλυση Cox-παλινδρόμησης (GSE14333:
σ
= 0,673? Σχήμα 2G και GSE17538:
σ
= 0.979? Σχήμα 3Η) είτε σε σύνολο δεδομένων. Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι η έκφραση TAZ mRNA είναι ένα μυθιστόρημα προγνωστικός δείκτης για ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου, αλλά YAP δεν είναι.
αναλύει Kaplan-Meier για την έκφραση TAZ mRNA σε (Α) GSE14333 και (Β) GSE17538 παχέος εντέρου σύνολα δεδομένων ασθενούς με καρκίνο . Μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική Cox παλινδρόμησης αναλύσεις για την έκφραση TAZ mRNA, την ηλικία, το στάδιο του όγκου και του βαθμού του όγκου σε (C) GSE14333 και (Δ) GSE17538 παχέος εντέρου σύνολα δεδομένων των ασθενών με καρκίνο. Kaplan-Meier αναλύσεις για έκφραση YAP mRNA σε (Ε) GSE14333 και (F) GSE17538 συνόλων δεδομένων ασθενούς με καρκίνο του παχέος εντέρου. Μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική Cox παλινδρόμησης αναλύσεις για την έκφραση TAZ mRNA, την ηλικία, το στάδιο του όγκου και του βαθμού του όγκου στο (G) GSE14333 και σύνολα δεδομένων ασθενή με καρκίνο (H) GSE17538 του παχέος εντέρου.
Η
Kaplan-Meier ανάλυση για το
AXL
έκφραση του mRNA στο (Α) GSE14333 και (Β) GSE17538 παχέος εντέρου σύνολα δεδομένων των ασθενών με καρκίνο. Μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική Cox παλινδρόμησης αναλύσεις για
AXL
έκφραση του mRNA, την ηλικία, το στάδιο του όγκου και του βαθμού του όγκου σε (C) GSE14333 και (Δ) GSE17538 παχέος εντέρου σύνολα δεδομένων των ασθενών με καρκίνο. Kaplan-Meier ανάλυση για το
CTGF
έκφρασης mRNA σε (Ε) GSE14333 και (F) GSE17538 καρκίνου του παχέος εντέρου σύνολα δεδομένων του ασθενούς. αναλύει μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική Cox παλινδρόμησης για
CTGF
έκφραση του mRNA, την ηλικία, το στάδιο του όγκου και του όγκου βαθμού (G) GSE14333 και σύνολα δεδομένων ασθενή με καρκίνο (H) GSE17538 του παχέος εντέρου.
Η
Τόσο AXL και CTGF, κατάντη γονιδίων στόχων του TAZ και YAP, είναι προάγγελοι της επιβίωσης των ασθενών
Για να διερευνηθεί αν η λειτουργική έκβαση της μεταγραφικής προγράμματος διαμεσολαβείται από TAZ και YAP παρέχει προγνωστική αξία σε ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου, αναλύσαμε το αν το mRNA έκφραση του AXL και CTGF, δύο από τα πιο καλά καθορισμένη γονιδίων στόχων των συμπλοκών TAZ /YAP-ΗΣΑΤΚ, συσχετίζονται με την επιβίωση των ασθενών στις δύο ομάδες ασθενών καρκίνου του παχέος εντέρου.
mRNA έκφραση υψηλού επιπέδου του AXL συσχετίζεται με ένα μικρότερη καρκίνο του παχέος εντέρου χρόνο ασθενή επιβίωση στην ομάδα GSE14333, αν και η συσχέτιση αυτή δεν ήταν σημαντική (υψηλό επίπεδο: η μέση επιβίωση = 80 μήνες, 95% CI = 71 έως 88 μήνες? χαμηλό επίπεδο: η μέση επιβίωση = 114 μήνες, 95% CI = 101 -129 μήνες,
σ
= 0,064? Σχήμα 3Α). Στην ομάδα GSE17538, η έκφραση του mRNA υψηλό επίπεδο AXL συσχετίστηκε σημαντικά με μικρότερη επιβίωση (υψηλό επίπεδο: η μέση επιβίωση = 84 μήνες, 95% CI = 72-96 μήνες? Χαμηλό επίπεδο: η μέση επιβίωση = 104 μήνες, 95% CI = 94 -114 μήνες
p = 0,004
? Σχήμα 3Β). Με ανάλυση Cox παλινδρόμησης, η έκφραση AXL mRNA ήταν ένας προγνωστικός δείκτης επιβίωσης των ασθενών τόσο στην GSE14333 (HR = 1,839, 95% CI = 1,230 – 2,748,
p = 0,003
? Σχήμα 3C) και η GSE17538 (HR = 2.158, 95% CI = 1,141 – 4,081,
σ
= 0,018? Εικόνα 3D) ομάδες. Στην ομάδα GSE14333, έκφραση AXL mRNA (HR = 1,631, 95% CI = 1,076 – 2,471,
σ
= 0,021? Σχήμα 3C) ήταν ανεξάρτητος προγνωστικός δείκτης επιβίωσης των ασθενών με όγκους στάσης (
p
& lt? 0.001), ενώ στην ομάδα GSE17538, έκφραση AXL mRNA (HR = 3,700, 95% CI = 1,665 – 8,220,
σ
= 0.001? Εικόνα 3D) ήταν ανεξάρτητος προγνωστικός δείκτης επιβίωσης των ασθενών μαζί με το στάδιο (
σ
& lt? 0.001). και του βαθμού (
σ
= 0.055) από τους καρκίνους
Παρόμοια αποτελέσματα ελήφθησαν για CTGF. Ένα υψηλό επίπεδο έκφρασης του CTGF mRNA συσχετίστηκε σημαντικά με μικρότερη επιβίωση των ασθενών και στις δύο GSE14333 (υψηλό επίπεδο: η μέση επιβίωση = 87 μήνες, 95% CI = 74 έως 102 μήνες? Χαμηλό επίπεδο: η μέση επιβίωση = 98 μήνες, 95% CI = 88 -108 μήνες,
σ
= 0,012? Σχήμα 3Ε) και GSE17538 (υψηλό επίπεδο: η μέση επιβίωση = 85 μήνες, 95% CI = 73-97 μήνες? χαμηλό επίπεδο: η μέση επιβίωση = 105 μήνες, 95% CI = 95-114 μήνες,
σ
= 0,004? Σχήμα 3F) ομάδες. ανάλυση παλινδρόμησης Cox μονοπαραγοντική έδειξε επίσης ότι η έκφραση του CTGF mRNA ήταν ένα προγνωστικό παράγοντα για την επιβίωση των ασθενών και στις δύο ομάδες (GSE14333: HR = 1,667, 95% CI = 1,260 – 2,232,
σ
& lt? 0.001? Σχήμα 3G και GSE17538 : HR = 1,433, 95% CI = 1,126 – 1,825,
σ
= 0,004? Σχήμα 3Η). Επιπλέον, η έκφραση του CTGF mRNA είναι ένας ανεξάρτητος προγνωστικός παράγοντας για την επιβίωση και στις δύο ομάδες (GSE14333: HR = 1,543, 95% CI = 1,155 – 2,061,
σ
& lt? 0.001? Σχήμα 3G και GSE17538: HR = 1.902, 95 % CI = 1,385 – 2,612,
σ
& lt? 0.001? Σχήμα 3Η) μαζί με το στάδιο (GSE14333:
σ
& lt? 0.001 και GSE17538:
σ
& lt? 0.001 ) και του βαθμού (GSE17538:.
σ
= 0.053) από τους καρκίνους
TAZ, AXL και CTGF μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε συνδυασμό με την πρόβλεψη του καρκίνου του παχέος εντέρου επιβίωση των ασθενών
Όπως περιγράφεται παραπάνω, η έκφραση της TAZ,
AXL
και
CTGF
όλα συσχετίζονται με τον καρκίνο του παχέος εντέρου επιβίωση των ασθενών. Ερευνήσαμε περαιτέρω το εάν η έκφραση τους θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν σε συνδυασμό ως προγνωστικός δείκτης για ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου. Στην ομάδα GSE14333, οι ασθενείς των οποίων οι όγκοι είχαν έκφραση χαμηλό επίπεδο των τριών γονιδίων είχαν ένα μέσο χρόνο επιβίωσης 117 μήνες (95% CI = 110-123 μήνες), ενώ εκείνες των οποίων οι όγκοι υπερεκφράζεται μόνο ένα από τα τρία γονίδια είχε επίσης μια μέση επιβίωσης από 117 μήνες (95% CI = 101 – 132 μήνες). Οι ασθενείς των οποίων οι όγκοι είχαν ένα υψηλό επίπεδο έκφρασης των δύο από τα τρία γονίδια είχαν ένα μέσο χρόνο επιβίωσης 65 μήνες (95% CI = 57-74 μήνες), ενώ εκείνες των οποίων οι όγκοι είχαν ένα υψηλό επίπεδο έκφρασης των τριών γονιδίων είχαν μέση επιβίωση ώρα 72 μήνες (95% CI = 60-84 μήνες). Ο χρόνος επιβίωσης των ασθενών μεταξύ των εν λόγω τέσσερις υποομάδες ήταν σημαντικά διαφορετική (
σ
= 0.001? Σχήμα 4Α). Στην ανάλυση Cox παλινδρόμησης, χρησιμοποιώντας την υποομάδα που περιέχουν οι ασθενείς των οποίων οι όγκοι είχαν χαμηλή έκφραση των τριών γονιδίων ως ομάδα αναφοράς, διαπιστώσαμε ότι οι ασθενείς των οποίων οι όγκοι υπερεκφράζεται ένα (HR = 3,953, 95% CI = 1,070 έως 14,607,
p
= 0,039), δύο (HR = 6,503, 95% CI = 1,894 έως 22,330,
σ
= 0.003) ή και τα τρία γονίδια (HR = 7,656, 95% CI = 2,287 έως 25,628,
σ
= 0,001) είχαν ένα αυξανόμενο κίνδυνο εξέλιξης της νόσου (Εικόνα 4C).
οι ασθενείς χωρίστηκαν σε 4 ομάδες ανάλογα με τον αριθμό των γονιδίων που υπερεκφράζονται (εκφρασμένη σε πάνω από τη μέση στάθμη ) μεταξύ TAZ,
AXL
και
CTGF
. Kaplan-Meier ανάλυση για την έκφραση TAZ-AXL-CTGF mRNA σε (Α) GSE14333 και (Β) GSE17538 παχέος εντέρου σύνολα δεδομένων των ασθενών με καρκίνο. Μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική Cox παλινδρόμησης αναλύσεις για την έκφραση TAZ-AXL-CTGF mRNA, την ηλικία, το στάδιο του όγκου και του βαθμού του όγκου σε σύνολα δεδομένων ασθενή με καρκίνο (C) GSE14333 και (Δ) GSE17538 του παχέος εντέρου.
Η
Παρόμοια αποτελέσματα ελήφθησαν στην ομάδα των ασθενών GSE17538. Οι ασθενείς των οποίων οι όγκοι εκφράζονται τα τρία γονίδια σε χαμηλό επίπεδο είχε ένα μέσο χρόνο επιβίωσης 108 μήνες (95% CI = 97-119 μήνες), εκείνοι των οποίων οι όγκοι είχαν ένα υψηλό επίπεδο έκφρασης ενός από τα τρία γονίδια είχαν ένα μέσο χρόνο επιβίωσης 88 μήνες (95% CI = 72-104 μήνες), εκείνοι των οποίων οι όγκοι υπερεκφράζεται δύο από τα τρία γονίδια είχαν ένα μέσο χρόνο επιβίωσης 99 μήνες (95% CI = 78-121 μήνες), ενώ εκείνες των οποίων οι όγκοι υπερεκφράζεται τα τρία γονίδια είχαν μέσος χρόνος επιβίωσης από 77 μήνες (95% CI = 63 έως 91 μήνες). Αυξανόμενη συχνότητα υπερέκφρασης αυτών των τριών γονιδίων οδήγησε σε σημαντικά μικρότερη επιβίωση σε αυτούς τους ασθενείς (ανάλυση Kaplan-Meier,
σ
= 0,01? Σχήμα 4Β). ανάλυση Cox παλινδρόμησης χρησιμοποιώντας όγκους που υπερεκφράζεται κανένα από τα τρία γονίδια ως σημείο αναφοράς αποκάλυψε ότι οι ασθενείς των οποίων οι όγκοι υπερεκφράζεται ένα (HR = 1,675, 95% CI = 0,75 – 3,741,
σ
= 0,203), δύο (HR = 1.770, 95% CI = 0.790 = 3.966,
σ
= 0.166) και το σύνολο των τριών γονιδίων (HR = 2,807, 95% CI = 1,482 – 5,317,
σ
= 0.002) είχαν αυξημένος κίνδυνος για την εξέλιξη της νόσου (Εικόνα 4D)
Μάλιστα, οι ασθενείς των οποίων οι όγκοι εκφράζονται TAZ,
AXL
και
CTGF
mRNA σε χαμηλά επίπεδα (GSE14333:. μέση επιβίωση = 117 μηνών, 95% CI = 110 – 123? GSE17538: μέση επιβίωση = 108 μήνες, 95% CI = 95 έως 121 μήνες) είχαν ανώτερη επιβίωση σε σύγκριση με εκείνους των οποίων οι όγκοι υπερεκφράζεται όλα τα τρία γονίδια (GSE14333: μέση επιβίωση = 96, 95 % CI = 84 έως 108,
σ
& lt? 0.001? GSE17538:. μέση επιβίωση = 91 μήνες, 95% CI = 81 έως 101 μήνες,
σ
= 0.037? Σχήμα S1)
ούτε η ηλικία, ούτε φύλο των ασθενών ήταν παράγοντας που καθόρισε τον αριθμό των TAZ, AXL και CTGF που υπερεκφράζεται είτε σε καρκίνο του παχέος εντέρου ομάδα ασθενών. έκφραση TAZ-AXL-CTGF ήταν μόνο σημαντικά χαμηλότερη σε όγκους σταδίου Α σε σύγκριση με τους όγκους των άλλων σταδίων (
σ
= 0,022), αλλά δεν ήταν σημαντικά διαφορετική μεταξύ άλλων στάδια GSE14333. Σε GSE17538, έκφραση TAZ-AXL-CTGF δεν ήταν σημαντικά διαφορετική μεταξύ AJCC στάδια ή βαθμίδες όγκου. Όταν οι ασθενείς ταξινομήθηκαν από τους στάδιο, βρήκαμε ότι η έκφραση TAZ-AXL-CTGF ήταν ακόμα συσχετίστηκε σημαντικά με κακή επιβίωση σε ασθενείς με υψηλότερα όγκους σταδίου. Σε GSE14333, αυξάνοντας τον αριθμό των γονιδίων που υπερεκφράζεται μεταξύ TAZ, AXL και CTGF συσχετίστηκε σημαντικά με μικρότερη επιβίωση (HR = 1,414, 95% CI = 1,031 – 1,938,
σ
= 0,032) σε ασθενείς με όγκους σταδίου C . Παρόμοια αποτελέσματα ελήφθησαν σε GSE17538, στην οποία, η έκφραση TAZ-AXL-CTGF συσχετίστηκε με φτωχότερη επιβίωση σε ασθενείς με όγκους του υψηλότερου βαθμού και υψηλότερο στάδιο.
You must be logged into post a comment.