Αφηρημένο

επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών είναι μια εξαιρετικά ετερογενής νόσος και παραμένει η πιο θανατηφόρα γυναικολογική κακοήθεια στο δυτικό κόσμο. Θεραπευτικές προσεγγίσεις πρέπει να λογοδοτήσει για την μεταξύ των ασθενών και εντός των όγκων ετερογένεια και λεπτομερή χαρακτηρισμό του

in vitro

μοντέλα που αντιπροσωπεύουν τις διαφορετικές ιστολογικές και μοριακές υποτύπων καρκίνου των ωοθηκών είναι κρίσιμης σημασίας να εξασφαλίζεται η αξιόπιστη προκλινικές δοκιμές. Υπάρχουν περίπου 100 δημόσια διαθέσιμες κυτταρικές γραμμές καρκίνου ωοθηκών αλλά κυτταρικών και μοριακών χαρακτηριστικών τους είναι σε μεγάλο βαθμό undescribed. Έχουμε χαρακτηρίζεται 39 κυτταρικών σειρών καρκίνου των ωοθηκών υπό ομοιόμορφες συνθήκες για τα χαρακτηριστικά της ανάπτυξης, mRNA /έκφραση microRNA, αλληλουχίας εξόνιο, απάντηση φάρμακο για κλινικά σχετική θεραπευτική και αντιπαραβάλλεται όλες τις διαθέσιμες πληροφορίες σχετικά με τα αρχικά κλινικά χαρακτηριστικά και τον τόπο προέλευσης. Δοκιμάσαμε για στατιστικές συσχετίσεις μεταξύ των κυτταρικών και μοριακών χαρακτηριστικών των γραμμών και κλινικά χαρακτηριστικά. Από τις 39 κυτταρικές σειρές καρκίνου των ωοθηκών, 14 ορίστηκαν ως υψηλής ποιότητας ορώδες, τέσσερις ορώδες τύπου, ένα χαμηλού βαθμού ορώδες και 20 μη-ορώδες τύπου. Τρεις μορφολογικά υποτύπους: Επιθηλιακά (n = 21), Round (n = 7) και του άξονα (n = 12) πιστοποιήθηκαν που έδειξε διακριτή βιολογικών και μοριακά χαρακτηριστικά, συμπεριλαμβανομένης υπερέκφραση της κίνησης των κυττάρων και γονιδίων που σχετίζονται με τη μετανάστευση στην Spindle υπότυπο. Σύγκριση με τα αρχικά κλινικά δεδομένα έδειξαν σύνδεση των ατρακτοειδόμορφα όγκων με μετάσταση, προχωρημένο στάδιο, αναντίστοιχο debulking και κακή πρόγνωση. Επιπλέον, τα προφίλ έκφρασης του άξονα, στρογγυλά και μορφολογίες Επιθηλιακά συγκεντρωμένα με την προηγουμένως περιγραφείσα C1-στρωματικά, C5-μεσεγχυματικών και προφίλ έκφρασης των ωοθηκών υποτύπου C4 αντίστοιχα. Περιεκτική προφίλ των 39 κυτταρικών σειρών καρκίνου των ωοθηκών υπό ελεγχόμενες, ομοιόμορφες συνθήκες αποδεικνύει κλινικά σημαντική κυτταρική και γονιδιωματική χαρακτηριστικά. Αυτό δεδομένων παρέχει μια λογική βάση για την επιλογή των μοντέλων για την ανάπτυξη ειδικών θεραπευτικών προσεγγίσεων για ιστολογική και μοριακή υποτύπων του καρκίνου των ωοθηκών

Παράθεση:. Beaufort CM, Helmijr JCA, Piskorz AM, Hoogstraat Μ, Ruigrok-Ritstier Κ, Besselink Ν , et al. (2014) Καρκίνος των ωοθηκών Κυτταρική Γραμμή Panel (OCCP): Κλινική σημασία του

In Vitro

Μορφολογικά υποτύπους. PLoS ONE 9 (9): e103988. doi: 10.1371 /journal.pone.0103988

Επιμέλεια: Richard Pearson, Peter MacCallum Κέντρο Καρκίνου, Αυστραλία

Ελήφθη: 15 Νοεμβρίου, 2013? Αποδεκτές: 5 Ιουλίου 2014? Δημοσιεύθηκε: 17, Σεπτέμβρη 2014

Copyright: © 2014 Beaufort et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η έρευνα υποστηρίχθηκε εν μέρει από το Κέντρο για την εξατομικευμένη θεραπεία του καρκίνου (μια συνεργασία μεταξύ της UMC Ουτρέχτης, Erasmus MC Ρότερνταμ και την Ολλανδία Cancer Institute του Άμστερνταμ), το KWF-Alpe (UU 2011 – 4977) και του Ευρωπαϊκού Οργανισμού για την Έρευνα και Θεραπεία του Καρκίνου (επιχορήγηση nr. EORTC STrF 2008-03, JH). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών είναι η πιο θανατηφόρα γυναικολογική κακοήθεια στον Δυτικό κόσμο και προχωρημένο στάδιο της νόσου παραμένει ανίατη για την πλειοψηφία των ασθενών. Παρά τη δοκιμή των διαφορετικών θεραπευτικών στρατηγικών και νέων κυτταροτοξικών παραγόντων, βέλτιστη κύρια θεραπεία και τα ποσοστά επιβίωσης δεν έχουν διαφοροποιηθεί ουσιωδώς από την εισαγωγή της πλατίνας και ταξάνιο επεξεργασίας [1] – [3].

Οι πρόσφατες γνώσεις έχουν δείξει ότι ο καρκίνος των ωοθηκών είναι ένας συλλογικός όρος για επεμβατική πυελική καρκίνους που προέρχονται από διαφορετικούς ιστούς με διακριτές ιστολογικές και επιδημιολογικά χαρακτηριστικά. Οι πέντε μεγάλες histiotypes έχει αποδειχθεί ότι έχουν συγκεκριμένες γενετικές προφίλ και θα πρέπει να αντιμετωπίζονται ως ξεχωριστές ασθένειες. Υψηλής ποιότητας ορώδες (HGS) καρκίνωμα αντιπροσωπεύει το 80% των καρκίνων των ωοθηκών και ορίζεται από

ΤΡ53

μετάλλαξη (96%), ομόλογος ελαττώματα επισκευή ανασυνδυασμού του DNA (~ 50%),

CCNE1

ενίσχυση και γενωμική αστάθεια [4] – [6]. Αντίθετα, χαμηλού βαθμού ορώδες καρκίνωμα είναι

TP53

άγριου τύπου και δείχνουν συχνά ενεργοποίησης RAS μεταλλάξεις οδό [7], [8]. Τα υπόλοιπα histiotypes είναι βλεννώδες, ενδομητριοειδές και σαφή κυττάρων [3]. Τα ενεργοποίηση RAS μεταλλάξεις οδού βρέθηκαν σε ~ 40% των βλεννωδών όγκων, ενώ ενδομητριοειδές και σαφή κυττάρων όγκων έχουν

PIK3CA

(PI3Kinase συστατικό, 12%, 31% αντίστοιχα), και

ARID1A

μεταλλάξεις ( 30%, 46%, αντίστοιχα) [4], [5], [9], [10].

Επιπλέον, μεγάλες μελέτες έχουν ταυτοποιήσει αρκετές μοριακές υποτύπων HGS βασίζεται στην έκφραση γονιδίων και microRNA [4] , [11]. Αυτοί οι υπότυποι υποδηλώνουν ενώσεις με ειδικές βιολογικές διεργασίες (όπως αντιδραστικό στρώμα, μεσεγχυματικά, ανοσοαντιδραστική και πολλαπλασιασμού) και φτωχή πρόγνωση, για παράδειγμα στην C1 στρωματικά υποτύπου προσδιορίζονται από Tothill et al. [4], [11]. Περαιτέρω διερεύνηση των κλινικών χαρακτηριστικών αυτών των βιολογικών διαφορετικών υποτύπων και τον εντοπισμό βέλτιστη θεραπεία θα μπορούσε να προσδιορίσει νέες θεραπευτικές στρατηγικές.

Είναι επιτακτική ανάγκη πειραματικά τιθασεύσει in vitro μοντέλα, όπως κυτταρικές σειρές, αντιπροσωπεύει με ακρίβεια τη διαφορετική ιστολογική και μοριακή υποτύπους προκειμένου να δοκιμάσει νέες στρατηγικές θεραπείας υποτύπου-ειδική. Παγκοσμίως, υπάρχουν περίπου 100 κυτταρικές σειρές ωοθηκών δημιουργήθηκε όπως περιγράφεται στη βιβλιογραφία [12] – [17] και περίπου 70 από αυτά είναι διαθέσιμα στο ATCC, ECACC, RIKEN, DSMZ, JCRB ή Cancer Research Technology. Από το 1990, ένας μέσος όρος περίπου 100 εφημερίδες /έτος δημοσιεύονται οποία στηρίζονται κυτταρικές γραμμές καρκίνου των ωοθηκών ως μοντέλο. Ένας σημαντικός περιορισμός για τις μελέτες αυτές είναι το γεγονός ότι για την πλειονότητα των κυτταρικών γραμμών ωοθήκης καταγωγή τους δεν είναι σαφώς καθορισμένο και λόγω ανεπαρκούς χαρακτηρισμός δεν είναι γνωστό ποια διακριτές ιστολογική ή μοριακή υποτύπου εκπροσωπείται.

Εμείς εδώ περιγράψουμε ένα εκτεταμένο και ομοιόμορφη χαρακτηρισμός μιας συλλογής 39 κυτταρικών σειρών καρκίνου των ωοθηκών που χρησιμοποιούνται συνήθως για το

in vitro

μελέτες. Ταυτοποιήσαμε ιστολογική καθώς και μορφολογικών υποτύπων που συνδέουν με κλινικά παθολογικά χαρακτηριστικά των ωοθηκικών καρκινωμάτων, καθώς και πρόγνωση. Επιπλέον, οι μορφολογικές υποτύπους συνδέουν με τα μοριακά υποτύπους που προσδιορίζονται από Tothill et al. [11]. Συνοπτικά, τα αποτελέσματα αυτά μπορεί να χρησιμεύσει ως οδηγός για την επιλογή κατάλληλων κυτταρικών σειρών που αντιπροσωπεύουν διαφορετικές ιστολογικές και μοριακές υπότυπο του καρκίνου των ωοθηκών για

in vitro

θεραπευτικές μελέτες.

Υλικά και Μέθοδοι

οι κυτταρικές σειρές και καλλιέργεια

οι κυτταρικές σειρές που μελετήθηκαν είχαν Caov3, CAOV4, ES-2, OV-90, OVCAR3, TOV-112D, TOV-21G, UWB1.289, UWB1.289 + BRCA1 (αγοράστηκε από την ATCC ), 59m, Α2780, A2780CIS, A2780ADR, «COLO720E», COV318, COV362, COV362.4, COV413A, COV413B, COV504, COV644, OAW28, OAW42, OV56, OV7, OV17R, pEA1, PEA2, PEO1, PEO4, PEO14, PEO16, PEO23, SKOV3 (αγοράστηκε από την Ευρωπαϊκή συλλογή κυτταρικών καλλιεργειών, ECACC μέσω Sigma), 2774, Α2780, HOC7, SKOV3, SKOV6 (ευγενική προσφορά του Gunter Daxenbichler, Τμήμα Μαιευτικής και Γυναικολογίας του Πανεπιστημίου του Ίνσμπρουκ, Αυστρία), IGROV1 (ευγενική προσφορά του Δρ Ειρήνη Hamelers, Ινστιτούτο Biomembranes, Πανεπιστήμιο της Ουτρέχτης, Ολλανδία). Πίνακας S1 συνοψίζει την αρχική πηγή των κυτταρικών σειρών. Οι κυτταρικές γραμμές Α2780 και SKOV3 αμφότερα λαμβάνονται από ένα πανεπιστημιακό εργαστήριο και αγοράζονται επίσης από ECACC, και περιγράφονται εδώ ως «ECACC Α2780» και «SKOV3 ECACC». Τριάντα εννέα από τις κυτταρικές σειρές 40 αναπτύχθηκαν ως μονοστιβάδες, εκτός από το ημι-προσκολλημένη κυτταρική γραμμή »COLO720E» για την οποία επιπλέει και συνδεδεμένα κύτταρα ανακαλλιεργήθηκαν. Συνημμένα κύτταρα πλήρως διαχωρισμένων κατά τρυψινοποίηση μεταξύ περάσματα. Οι κυτταρικές γραμμές διατηρήθηκαν στους 37 ° C σε έναν επωαστήρα με υγροποιημένο αέρα με 5% CO2.

Όλες οι κυτταρικές σειρές αρχικά καλλιεργήθηκαν με τη χρήση του μέσου και συμπληρώματα, όπως συνιστάται από τους προμηθευτές. Σε αντίθεση με άλλες μελέτες, καλλιεργήσαμε όλες τις κυτταρικές σειρές υπό τις ίδιες συνθήκες καλλιέργειας για να αποφευχθεί προκαταλήψεις λόγω ποικίλες συγκεντρώσεις των συμπληρωμάτων εντός διαφορετικά μέσα (π.χ. αυξητικούς παράγοντες) ή διαφορετικά ποσοστά ορού. Όλες οι κυτταρικές σειρές καλλιεργήθηκαν σε RPMI-1640 glutamax, Gibco /Invitrogen συμπληρωμένο με 10% FCS (Lonza, πηγή: Βραζιλίας, Lot Nr 1SB002), 100 U /ml πενικιλλίνη, 100 μg /ml στρεπτομυκίνη, 50 μg /ml γενταμυκίνη. Όλα τα πειράματα και απομονώσεις νουκλεϊκών οξέων πραγματοποιήθηκαν μετά καλλιέργεια των κυτταρικών σειρών για τουλάχιστον ένα μήνα χρησιμοποιώντας αυτές τις τυπικές συνθήκες.

UWB1.289 είναι ένα BRCA1-null κυτταρική γραμμή από γυναίκα με ένα βλαστικής γραμμής

BRCA1

2594delC μετάλλαξη. UWB1.289 + BRCA1 είναι σταθερή επιμολυσμένα με ένα πλασμίδιο pcDNA3 που περιέχει ένα

BRCA1

τοποθετήσετε και διατηρήθηκε με 200 μg /ml Geneticin (G418) για να διατηρηθεί επιλογή για επιμολυσμένα κύτταρα. A2780ADR και A2780CIS είχαν προσβληθεί μία φορά το μήνα με 100 nM δοξορουβικίνη και 1 μΜ Η σισπλατίνη αντίστοιχα

Σύντομη διαδοχική ανάλυση επανάληψη

χρησιμοποιήθηκε. Το Σύστημα PowerPlex 16 (Promega) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή χρησιμοποιώντας ένα ΑΒΙ PRISM 3100 για να παράγει ένα δακτυλικό αποτύπωμα STR (Short διαδοχική επανάληψη) από κάθε κυτταρική γραμμή για να καθοριστεί μοναδική ταυτότητα ή /και έλλειψη μόλυνσης συν-καλλιέργεια. Επιπλέον, το προφίλ STR ελέγχθηκε πριν και κατά τη διάρκεια της καλλιέργειας των κυττάρων για να διασφαλιστεί ότι η διασταυρούμενη μόλυνση ή δεν πραγματοποιήθηκαν οι εσφαλμένες υποκατάστασης.

καμπύλες ανάπτυξης και της ευαισθησίας των ναρκωτικών δοκιμασία

Η ΜΤΤ χρωματομετρική δοκιμασία , το οποίο μετρά μεταβολική δραστηριότητα των βιώσιμων κυττάρων, χρησιμοποιήθηκε για να δημιουργήσει καμπύλες ανάπτυξης και καθορίζουν την χημειοευαισθησία των κυτταρικών γραμμών.

Πρώτον, καμπύλες ανάπτυξης παράχθηκαν εις διπλούν για τον προσδιορισμό του βέλτιστου αριθμού των κυττάρων που θα χρησιμοποιηθεί για το φάρμακο δοκιμασία ευαισθησίας. Αυτό έγινε για να αποφευχθεί η αναστολή της ανάπτυξης λόγω της σποράς δεν είναι αρκετά κύτταρα ή εξάντληση του μέσου μετά τη σπορά πάρα πολλά κύτταρα. Ο μεγαλύτερος αριθμός των κυττάρων που εμφανίζουν διαρκή εκθετική ανάπτυξη μετά την επέλεξε πέντε ημέρες για τα προσδιορισμούς ΜΤΤ απόκριση φαρμάκου (Πίνακας S1, S1 File).

καμπύλες απόκρισης παρήχθησαν για καρβοπλατίνη, σισπλατίνη, οξαλιπλατίνη, δοξορουβικίνη και 5-φθοροουρακίλη (ενδοφλέβια διαλύματα, Pharmachemie, Ολλανδία), πακλιταξέλη (ενδοφλέβιο διάλυμα, Ebewe Pharma, Αυστρία), docetaxel (διαλυμένη σε DMSO, Sigma), και γεμσιταβίνη (για ενδοφλέβια χρήση, διαλυμένο σε PBS, Sun Pharmaceutical Industries Europe BV, The Netherlands) . Η βιωσιμότητα των κυττάρων εκτιμήθηκε εις τετραπλούν χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία ΜΤΤ μετά από μια έκθεση πέντε ημέρα έως 18 συγκεντρώσεις της ένωσης. Φοίνιξ WinNonLin 1,1 λογισμικό (Pharsight) χρησιμοποιήθηκε για να χωρέσει μια καμπύλη δόσης-απόκρισης και για τον υπολογισμό των τιμών αναστολής 50% αύξηση (GI50) με διαστήματα εμπιστοσύνης σφάλματος και 95% (βλέπε επίσης File S1).

DNA και συνολική απομόνωση RNA

το κιτ NucleoSpin (Machery-Nagel) χρησιμοποιήθηκε σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή για την απομόνωση DNA από κύτταρα συλλέχθηκαν με τρυψίνη και πλύθηκαν με PBS.

για την απομόνωση του συνολικού RNA (συμπεριλαμβανομένων microRNAs), εκθετικά αναπτυσσόμενα κύτταρα λύθηκαν άμεσα σε φιάλες καλλιέργειας με RNA-μέλισσα να αποφευχθούν αλλαγές στην έκφραση που οφείλεται στη συγκομιδή ή το πλύσιμο. Ολικό RNA απομονώθηκε από προϊόντα λύσης όπως περιγράφηκε προηγουμένως [18]. Τρεις ανεξάρτητες απομονώσεις του RNA από κάθε γραμμή συνενώθηκαν για mRNA και ανάλυση της έκφρασης microRNA για να μειώσετε το δυνατόν προκατάληψη από ακραία τιμές.

microRNA και την έκφραση του γονιδίου ανάλυση

Για την ανάλυση της έκφρασης microRNA, TaqMan Array Ανθρωπίνων microRNA Ένα ρευστό Κάρτες v2.0 (Applied Biosystems) που περιείχε δοκιμασίες qRT-PCR για την ποσοτικοποίηση 381 μοναδική microRNAs χρησιμοποιήθηκαν σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή. Τα στοιχεία έκφρασης ομαλοποιήθηκε χρησιμοποιώντας την διάμεση τιμή Ct όλων των μετρούμενων microRNAs όπως περιγράφεται από Vandesompele et al. [19] (βλέπε επίσης File S1). Τα κανονικοποιημένα δεδομένα έκφρασης για όλα τα 384 microRNAs δίνεται στον Πίνακα S2.

Η γονιδιακή έκφραση μετρήθηκε χρησιμοποιώντας το GeneChip Human εξόνιο 1,0 ST Array (Affymetrix) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή (βλέπε επίσης File S1). Η αποκτηθέντα δεδομένα έκφραση ήταν προ-επεξεργασία χρησιμοποιώντας τον αλγόριθμο Στιβαρή πολλαπλών μικροπλακετών Ανάλυση (RMA), κατά την έκφραση του λογισμικού Affymetrix κονσόλα που εκτελεί διόρθωση υποβάθρου, κανονικοποίηση και Ανιχνευτών περιλήψεων ανά μεταγραφή με αποτέλεσμα μία τιμή της έκφρασης ανά γονιδίου. Τα δεδομένα γονιδιακής έκφρασης έχει κατατεθεί στο Gene Expression Omnibus (GSE53418)

μετάλλαξη στιγμιότυπο ανάλυση

ανάλυση στιγμιότυπο έγινε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [20] – [22]. Χρησιμοποιώντας ένα Applied Biosystems στιγμιότυπο multiplex Kit. Οι αλλαγές νουκλεοτιδίων και αντίστοιχο αμινοξύ αξιολογήθηκαν ήταν για PIK3CA, BRAF, HRAS, ΕΡΑ και KRAS αναφέρονται στις μεθόδους συμπλήρωμα (

S1 αρχείου

).

Μετάλλαξη και ενίσχυση αναλύει με στερεά αλληλουχίας εξόνιο

η επεξεργασία των δειγμάτων για αλληλούχιση στην πλατφόρμα SOLiD5500 αλληλουχίας (Life Technologies) πραγματοποιήθηκε σε SciClone NGS χειρισμού υγρού ρομπότ (Perkin Elmer), με βάση το πρωτόκολλο για χειροκίνητη παρασκευή βιβλιοθήκης [23]. Sure-Επιλέξτε εμπλουτισμού για τα γονίδια ενδιαφέροντος διεξήχθη σε ένα πολυπλεξίας μόδας μέχρι 16 δείγματα ανά αντίδραση (με βάση Nijman et al. [24]) χρησιμοποιώντας ένα ειδικά σχεδιασμένο κιτ εμπλουτισμού.

Τα δεδομένα αντιστοιχίζονται με το γονιδίωμα αναφοράς (GRCh37 /hg19) χρησιμοποιώντας BWA και SNP και Indel κλήση έγινε με τη χρήση ενός αγωγού έθιμο ανάλυση. Με βάση το COSMIC βάση δεδομένων [9] και την επανεξέταση από Berns et al. [5], επιλέχθηκαν 53 γονίδια τα οποία συχνά μεταλλάσσεται ή ενισχύεται σε καρκίνο των ωοθηκών για αναλύσεις (βλέπε μεθόδους συμπλήρωμα σε File S1 για τον κατάλογο των γονιδίων).

Για την ανάλυση γονιδιακής ενίσχυσης, ισχυρή Ζ-βαθμολογίες υπολογίστηκαν για κάθε εξόνιο όπως περιγράφεται από Iglewicz και Hoaglin [25]. Ένα γονίδιο ενισχύεται με Z-score μεγαλύτερο από 2 και ιδιαίτερα ενισχυμένο αν είναι μεγαλύτερο από 3.

Το στερεό αλληλουχίας εξόνιο έχει κατατεθεί στην Ευρωπαϊκή νουκλεοτιδικές Αρχείο (PRJEB5114).

Η ανάλυση της μεταλλαγής από Tagged-αμπλικόνιο βαθιά αλληλουχίας (Tam-Seq)

Οι ακολουθίες κωδικοποίησης των TP53, BRCA1, BRCA2, PTEN, PIK3CA, EGFR και APC γονίδια ενισχύθηκαν και η αλληλουχία του χρησιμοποιώντας το Ταμ-Seq μέθοδο και την Array Fluidigm Access 48.48 (Fluidigm CA, USA) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή όπως περιγράφηκε προηγουμένως [26]. Η ανάλυση αλληλουχίας και εξακρίβωση παραλλαγής διεξήχθη όπως περιγράφεται προηγουμένως [26], [27]. Οι αλληλουχίες των εκκινητών είναι διαθέσιμα κατόπιν αιτήματος. Το Tam-Seq δεδομένων έχει κατατεθεί στην Ευρωπαϊκή νουκλεοτιδικές Αρχείο (PRJEB5183).

Μικροδορυφορικοί αστάθεια

Μικροδορυφορικοί αστάθειας προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας το MSI Ανάλυση Συστημάτων Έκδοση 1.2 (Promega) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή και ως ρουτίνας ηλεκτροφόρηση χρησιμοποιώντας ένα ΑΒΙ PRISM 3100. MSI καθορίζεται σε πέντε δείκτες μονονουκλεοτίδιο επανάληψης (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 και MONO-27).

FACS αναλύσεις

Τα κύτταρα συλλέχθηκαν και χρωματίστηκαν με κατάλληλα τιτλοποιηθεί συζευγμένο με ένα φθοριόχρωμα μονοκλωνικά αντισώματα (όπως περιγράφηκε προηγουμένως [28]). Εν συντομία, τα κύτταρα χρωματίστηκαν με αντισώματα έναντι του αυλού κυτοκερατίνης του (CK) συζευγμένο με ΡΕ (μίγμα κυτοκερατίνη 8, 18 -clone C11-και κυτοκερατίνη 19 -clone A53-B /Α2-, Veridex LCC, Raritan, NJ), CD24- FITC (κλώνος SN3, eBiosciences, San Diego, CA), CD44-PeCy7 (κλώνος IM7, eBiosciences) και EpCAM-FITC (κλώνος EBA-1, BD Biosciences, San Jose). χρώση CK προηγήθηκε βήμα καθήλωση και διαπερατοποίηση χρησιμοποιώντας FIX & amp? αντιδραστήρια Perm (An Der Grub Bio Research GmbH, Αυστρία). Η έκφραση πρωτεΐνης μετρήθηκε σε FACSCanto κυτταρόμετρο ροής (BD Biosciences). Το σήμα-προς-θόρυβο (S /N) υπολογίστηκε (δηλαδή γεωμετρική μέση ένταση φθορισμού (MFI) της βάφονται πληθυσμό διαιρείται με το MFI του ακηλίδωτος πληθυσμού) για τη διόρθωση φθορισμού αυτοκινήτων.

Στατιστική και οπτικοποίηση

οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν για τις κυτταρικές σειρές 33 που δημιουργήθηκαν από τη μοναδική καρκίνο των ωοθηκών υλικού ασθενών. Αντίγραφα (SKOV3 και Α2780),

in vitro

παράγωγα (A2780ADR, A2780CIS, COV362.4 και UWB1.289 + BRCA1) και η πιθανώς μολυσμένων κυτταρική σειρά «COLO720E» έμειναν έξω από αυτές τις αναλύσεις. Οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση μη παραμετρικών μεθόδων στο στατιστικό πακέτο STATA, αφήστε 12.0 (STATA Corp., College Station, TX). P-τιμές ήταν δύο όψεων και η P & lt? 0,05 θεωρήθηκε στατιστικά σημαντική

εργαλεία σειρά BRB (v4.3.1) χρησιμοποιήθηκε για την επιλογή γονιδίων και microRNAs που εκφράζονται διαφορικά μεταξύ των τριών μορφολογικών υποτύπων.. Κατ ‘αρχάς, microRNAs με & gt? 80% τις τιμές που λείπουν είχαν φιλτράρονται. Στη συνέχεια, τιμές που λείπουν που δεν είχαν επισημανθεί λόγω χαμηλής ποιότητας αντικαταστάθηκαν με την ελάχιστη τιμή για όλα τα microRNAs και τα δείγματα που ακολουθείται από 2log κανονικοποίηση. Εντός BRB, επιλέχθηκαν οι πιο μεταβλητές microRNAs και mRNAs 50% και ο αλγόριθμος τάξη σύγκριση χρησιμοποιήθηκε για να υπολογιστεί η τιμή ρ μετάθεση μετά 10.000 μεταθέσεις. P & lt? 0,05 θεωρήθηκε σημαντική. Ιεραρχική ομαδοποίηση έγινε σε διάμεσο με επίκεντρο τα δεδομένα έκφρασης mRNA και microRNA χρησιμοποιώντας σύμπλεγμα Eisen Gene 3.0. Για τα δεδομένα GSE9891 που πολλαπλούς ανιχνευτές ανά γονίδιο κατά μέσο όρο η οποία ομοιάζει περισσότερο με την προσέγγιση που υιοθέτησαν οι συστοιχίες εξόνιο (δηλαδή το σύνολο ανιχνευτών περιληπτική μέσα στο λογισμικό Affymetrix Έκφραση Console). Στη συνέχεια, τα δεδομένα γονιδιακής έκφρασης κυτταρικής γραμμής και τα δεδομένα GSE9891 (εξαιρώντας τα δείγματα LMP) ήταν διάμεσος κεντραρισμένη χωριστά για τη διόρθωση των διαφορών μεταξύ των πλατφορμών που χρησιμοποιούνται και στη συνέχεια συνδυάζονται πριν από την ιεραρχική συσταδοποίηση. Στοιχεία της βιολογικής λειτουργίας των γονιδίων που σχετίζονται με τη μορφολογία πραγματοποιήθηκε με τη χρήση του ΜΠΒ (v16542223, Ingenuity Systems).

Αποτελέσματα

Το σχήμα 1 δίνει μια περίληψη των πειραματικών σχέδιο περιλαμβάνει την καλλιέργεια όλων των κυτταρικών σειρών με τον ίδιο συνθήκες καλλιέργειας για την αποφυγή μεροληψίας που οφείλεται σε ποικίλες συγκεντρώσεις των συμπληρωμάτων μέσα σε διαφορετικά μέσα (π.χ. αυξητικοί παράγοντες) ή ορό.

STR σύντομο διαδοχική επανάληψη, MSI μικροδορυφόρων αστάθεια, PFS επιβίωση χωρίς εξέλιξη

.

Σύντομη διαδοχική επανάληψη (STR) ανάλυση

Η μετρούμενη αριθμός των επαναλήψεων για κάθε ένα από τα 16 STR τόπους, καθώς και τα προφίλ STR αναφοράς από τις δημόσιες τράπεζες δεδομένων και τη λογοτεχνία δίνονται στον πίνακα S3.

Η αντιστοιχία μεταξύ των κορυφών των προφίλ αναφοράς και τα προφίλ που δημιουργούνται σε αυτή τη μελέτη ήταν 100% για 22 κυτταρικές γραμμές, 90-99% για δέκα κυτταρικές γραμμές και 79-89% για τέσσερις κυτταρικές σειρές. Για τρεις κυτταρικές σειρές, δεν υπάρχουν διαθέσιμες αναφορές (Πίνακας S3).

Μία κυτταρική γραμμή, «COLO720E», έδειξε μόνο 4% αντιστοιχία με τα προφίλ STR δημοσιεύθηκε από Korch et al. [29]. COLO720E έχει περιγραφεί ότι είναι μίγμα των κυτταρικών γραμμών COLO684 και COLO685 οι οποίες αμφότερες προέρχονται από αδενοκαρκίνωμα μήτρας [30]. «COLO720E ‘είχε δύο μεταλλάξεις TP53 περιγράφεται (c.1118del1, c.C413T), υποστηρίζοντας τη δυνατότητα των δύο κυτταρικών πληθυσμών. Ωστόσο, αυτά τα δύο ΤΡ53 μεταλλάξεις έχουν αναφερθεί πρόσφατα από Anglesio et al. αν COLO720E κυτταρική γραμμή τους δεν ταιριάζει με τη διαθέσιμη δημόσια αναφορά STR [31]. Από το «COLO720E» έχει πρόσφατα αποσυρθεί από το αποθετήριο ECACC κυτταρική σειρά, μπορούμε να αποκλείονται από περαιτέρω αναλύσεις δεδομένων.

Καταγωγή

Οι διαθέσιμες πληροφορίες βιβλιογραφία σχετικά με την προέλευση των κυτταρικών σειρών 39 συνοψίζεται στο Σχήμα 2 (πρόσθετα δεδομένα στον πίνακα S1) [32] – [53]. Τριάντα-τρεις κυτταρικές σειρές παρήχθησαν από το μοναδικό υλικό του ασθενούς, μη συμπεριλαμβανομένων των διπλών πηγών (SKOV3, Α2780), in vitro παράγωγα (A2780ADR, A2780CIS, COV362.4, UWB1.289 + BRCA1) και το πιθανώς μολυσμένο κυτταρική σειρά «COLO720E» . Ιστολογία περιγράφηκε για 30/33 κυτταρικές σειρές και έδειξε μία παρόμοια κατανομή συχνοτήτων σε σύγκριση με καρκινώματα ωοθηκών με την πλειοψηφία να είναι ορώδης (21/33) (Σχήμα 2)

Μορφολογία

:. E Επιθηλιακά , R Γύρος, S άξονα,

Ιστολογίας & amp? Υποθετική Ιστολογίας

: S ορώδες, HGS υψηλής ποιότητας ορώδες, LGS χαμηλού βαθμού ορώδες, Ε ενδομητριοειδές, C σαφές κυττάρων, Mx μικτή, Μ βλεννώδες.

Προέλευση

: Μια ασκίτη, καρκινικό ιστό T, TM ιστού από μετάσταση, στον ιστό των ωοθηκών όγκου, Ρ πλευριτική συλλογή.

Ώρα

: P πρωτοπαθή νόσο, R υποτροπιάζουσα νόσο, CR σε κλινική αντοχή.

Platinum

αντιμετωπίζονται: U χωρίς θεραπεία, P με βάση την πλατίνα θεραπεία, O άλλη χημειοθεραπεία, ακτινοθεραπεία R.

πρωτεϊνικών δεικτών

: φωτεινό κόκκινο καμία έκφραση (σήμα-to-θόρυβο & lt? 5), κόκκινο φως χαμηλή έκφραση (σήμα-to-θόρυβο αναλογία 5-20), το πράσινο φως έκφρασης (σήμα-to-θορύβου αναλογία 20-200), φωτεινό πράσινο υψηλή έκφραση (σήμα-to-θόρυβο & gt? 200), γκρι που δεν έχει προσδιοριστεί.

Θεραπεία απάντηση

: πράσινο σε κόκκινο κλίμακα ευαίσθητο σε ανθεκτικό.

χρόνος

Διπλασιασμός: πράσινο λιγότερο από μία ημέρα, κίτρινο 1-2days, πορτοκαλί & gt? 2 ημέρες.

MSI

μικροδορυφόρων αστάθεια.

Οι γονιδιακές μεταλλάξεις

: σκούρο μπλε προσδιορίζονται από τουλάχιστον δύο μεθόδους, γαλάζιο προσδιορίζονται από μια μέθοδο, κόκκινο φως ταυτίζεται με μία μέθοδο, αλλά όχι με τη δεύτερη μέθοδο.

Η γονιδιακή ενίσχυση

: πορτοκαλί ενισχύεται (2-3x SD πάνω από τη μέση), κόκκινο εξαιρετικά ενισχυμένα (& gt? 3x SD πάνω από τη μέση). Το μονοπάτι WNT /bCatenin (WNT /bCAT) και ομόλογο ανασυνδυασμό επισκευής (HRR) στήλες δείχνουν τον αριθμό των μεταλλαγμένων γονιδίων σε αυτά τα μονοπάτια.

Η

Η καταγωγή (ασκίτης, ιστό του όγκου ή υπεζωκοτική συλλογή), ο χρόνος (πρωτοπαθή νόσο, υποτροπή, σε κλινική αντοχή) και αν ο ασθενής είχε λάβει με βάση την πλατίνα χημειοθεραπεία πριν τον πολιτισμό ήταν γνωστή σε 32, 21 και 25 κυτταρικές σειρές αντίστοιχα. Οι κυτταρικές γραμμές ιστών προέρχεται ως επί το πλείστον ήταν από ασθενείς πλατίνα-naive (7/8, 88%) και πρωτοπαθή νόσο (6/7, 86%), ενώ οι ασκίτες-προέρχονταν κυτταρικές γραμμές ήταν πιο συχνά πλατίνα-αγωγή (9/15, 60%) και καλλιεργήθηκαν μετά από υποτροπή ή κλινική αντοχή (10/12, 83%)

Μικροδορυφορικοί αστάθεια

Μικροδορυφορικοί αστάθειας και για τις πέντε δείκτες που μελετήθηκαν παρατηρήθηκε για:. 2774, και οι δύο πηγές SKOV3, IGROV1, TOV21G και «COLO720E» (Σχήμα 2). A2780ADR και A2780CIS έδειξε αστάθεια για τέσσερα από τα πέντε δεικτών (NR-21, BAT26, NR-24, μονο-27) και ήταν bi-αλληλικές για πέμπτη BAT25 δείκτη. Σε αντίθεση, η γονική κυτταρική σειρά Α2780 ECACC (επίσης από το Ευρωπαϊκό ECACC συλλογή κυτταρικής καλλιέργειας) έδειξε μόνο αστάθεια μικροδορυφόρου για ένα δείκτη (NR-21) και ήταν επίσης bi-αλληλικές για BAT25. Η δεύτερη πηγή Α2780 από ένα ακαδημαϊκό εργαστήριο δεν έδειξε αστάθεια μικροδορυφορικού (μόνο μια μικρή μετατόπιση της NR-21), αλλά ήταν επίσης bi-αλληλομόρφων για BAT25. Αυτό δείχνει ότι οι διάφορες καλλιέργειες ίδια κυτταρική γραμμή μπορούν να αναπτυχθούν ή να επιλέξετε γενετικές διαφορές όπως περιγράψαμε προηγουμένως για διαφορετικές Α2780 κυτταρικές γραμμές [54].

Αν και οι αριθμοί είναι πολύ μικρή, οι τέσσερις κυτταρικές σειρές MSI έδειξαν σημαντικά μικρότερη αντιστοιχία του προφίλ STR τους στο προφίλ STR αναφοράς (Mann-Whitney U, ρ & lt? 0,0013) και περισσότερες μεταλλάξεις από τα 29 κυτταρικές γραμμές μη-MSI (διάμεσος 13 έναντι 2 μεταλλάξεις ανά κυτταρική σειρά, Mann-Whitney U test ρ & lt? 0.001 ).

μορφολογικά υποτύπους

Τρεις μορφολογικές φαινότυποι διακρίθηκαν βασίζεται σε δύο ανεξάρτητες παρατηρήσεις των μορφολογικών και ανάπτυξης χαρακτηριστικά κατά τη διάρκεια της καλλιέργειας από χαμηλής πυκνότητας μέχρι 70/80% συρροή, δηλαδή το σχήμα κύτταρο, κύτταρο μεγέθους και του τρόπου ανάπτυξης κατά τη διάρκεια της καλλιέργειας, καθώς και ρυθμό πολλαπλασιασμού. Σχήμα S1 δείχνει αντιπροσωπευτικές εικόνες των έξι παραδείγματα του καθενός από τα τρία μορφολογικών υποτύπων να απεικονίσουν διαφορές στο σχήμα των κυττάρων, το μέγεθος και το σχέδιο ανάπτυξης μεταξύ των μορφολογικών υποτύπων. Η μορφολογική υπότυπος «Επιθηλιακή ‘χαρακτηρίστηκε με πεπλατυσμένη επιθηλιακά κύτταρα που μοιάζουν που αναπτύχθηκαν σε φύλλα του κανονικού ή ακανόνιστου συστάδες (n = 21). Στο «στρογγυλές» υποτύπου (n = 7), το μέγεθος των κυττάρων ήταν μικρότερο, με στρογγυλό σχήμα και υψηλή πολλαπλασιαστική ρυθμό. Κύτταρα αναπτύχθηκαν χωριστά ή ως ακανόνιστες συστάδες, προσκολλάται χαλαρά σε δίσκους καλλιέργειας ιστών και συχνά μεγάλωσε σε ένα πάνω στο άλλο. Κύτταρα με το «άξονα» υποτύπου (n = 12), τεντώθηκαν και ατρακτοειδή και μεγάλωσε ως ξεχωριστά κύτταρα ή ακανόνιστες συστάδες.

Δεν υπήρχε συσχέτιση μεταξύ μορφολογία και την προέλευση των 33 μοναδικό κυτταρικές σειρές, 74 % των κυτταρικών γραμμών Επιθηλιακών προέρχονταν από ασκίτη (14/19), και οι τέσσερις Round κυτταρικές γραμμές ήταν καλλιέργεια από ιστό, ενώ Spindle κυτταρικές σειρές προέρχονταν εξίσου από ασκίτη, ιστούς ή υπεζωκοτικής συλλογής (όλα 3/9, 33%) (ακριβής ρ του Fisher = 0,002). Αν και δεν είναι σημαντικές, κυτταρικές γραμμές Επιθηλιακά ήταν πιο συχνά από ορώδες προέλευσης (83%) σε σύγκριση με Round (33%) και του άξονα (56%) κυτταρικές σειρές (του Fisher ακριβής, p = 0,095).

Είναι ενδιαφέρον ότι η μορφολογική υποτύπου συσχετίστηκε σημαντικά με προηγούμενη χημειοθεραπεία με πλατίνα (10/14 Τα επιθηλιακά είχαν προηγουμένως λάβει θεραπεία με βάση την πλατίνα έναντι 4/4 Γύρος και 7/7 άξονα χωρίς θεραπεία γραμμές? του Fisher exact test, p & lt? 0.002).

πρωτεϊνικών δεικτών

Η έκφραση του CD44, CD24, EpCAM και αυλού κυτοκερατίνη του δίνονται στο Σχήμα 2.

Το CD44 δείκτη βλαστικών κυττάρων εκφράστηκε σε 31/33 από τις κυτταρικές σειρές και συνδέθηκε με μορφολογία (Kruskal-Wallis p = 0,0037). Είναι ενδιαφέρον, 6/9 Spindle κυτταρικές γραμμές έδειξαν υψηλή έκφραση CD44 σε συνδυασμό με απούσα έκφραση CD24 η οποία έχει προταθεί ως ένα χαρακτηριστικό των βλαστικών κυτταρικών πληθυσμών. Αντίθετα, CD44

υψηλή /CD24

-. Έκφραση δεν παρατηρήθηκε στα τέσσερα στρογγυλά κυτταρικές σειρές και μόνο σε 6/20 κυτταρικές σειρές Τα επιθηλιακά

Η επιθηλιακών δεικτών EpCAM και αυλού Cytokeratin του εκφράστηκαν σε περισσότερες κυτταρικές σειρές Επιθηλιακά (19/20 και 18/20 αντίστοιχα), αλλά μόνο σε ένα γύρο κυτταρική γραμμή (1/4). Όλα άξονα κυτταρικές σειρές έδειξε απούσα ή πολύ χαμηλή έκφραση της EpCAM αλλά 5/9 έκανε ρητή αυλού Cytokeratin του. EpCAM και την έκφραση του αυλού Cytokeratin που συνδέθηκε με μορφολογία (Kruskal-Wallis, p & lt? 0.001 και p & lt? 0.024, αντίστοιχα). Καθώς και ορώδες έναντι μη-ορώδες ιστολογία (Mann-Whitney, p = 0,004 και p = 0,108 αντίστοιχα)

Γονιδιακή μετάλλαξη και ενίσχυση

Η κατάσταση της μετάλλαξης των 53 γονιδίων προσδιορίστηκε με τρεις τεχνικές: στιγμιότυπο, στερεά ή /και Tam-Seq αλληλουχίας εξόνιο. Ασύμφωνα στοιχεία μεταξύ αυτών των τριών τεχνικών ελέγχθηκαν με το χέρι χρησιμοποιώντας τα δεδομένα των πρώτων ακολουθία. Πίνακας S4 απαριθμεί όλα τα δεδομένα μετάλλαξη η οποία συνοψίζεται στο Σχήμα 2. Συνολικά, εντοπίσαμε 178 μεταλλάξεις σε 45 γονίδια σε όλες τις κυτταρικές σειρές 39. Το πιο συχνά μεταλλαγμένο γονίδιο ήταν TP53, μεταλλάσσεται σε 27/33 κυτταρικές σειρές, συμπεριλαμβανομένων 7/8 υψηλής ποιότητας ορώδες, 9/10 ορώδες και απρόσμενα στο 3/3 χαμηλού βαθμού ορώδες.

Έχουμε καθορίσει την ενίσχυση της CCNE1, MYC, TPX2 και ΕΚΒΒ2 συγκρίνοντας την κάλυψη αλληλουχίας για κάθε εξόνιο στη διάμεση συνολική κάλυψη [55]. Ενίσχυση παρατηρήθηκε για CCNE1 (n = 5), MYC (n = 3), TPX2 (n = 3) και ERBB2 (n = 2) (Σχήμα 2, Εικόνα S2A-C). Όταν συγκρίναμε γονιδιωματική ενίσχυση του κάθε γονιδίου με έκφραση mRNA, MYC και TPX2 ήταν ιδιαίτερα εκφράζονται στην πλειοψηφία των κυτταρικών σειρών συμπεριλαμβανομένων των γραμμών που έδειξε ενίσχυση (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Οι κυτταρικές γραμμές που δείχνουν

ERBB2

ή

CCNE1

ενίσχυση έδειξε την υψηλότερη έκφραση αυτών των γονιδίων. Για

CCNE1

την ένωση αυτή ήταν σημαντική (Mann-Whitney ρ & lt? 0.001, Εικόνα S2D).

Απάντηση σε χημειοθεραπευτικά

Για όλα τα ναρκωτικά, η συγκέντρωση που προκαλεί 50% αναστολή της ανάπτυξης (τιμές GI50) έδειξε ένα εύρος δύο log μεταξύ των ευαίσθητων και ανθεκτικών κυτταρικών γραμμών (Σχήμα 3). Αξιοσημείωτα, διάμεσες τιμές GI50 (nm) έδειξε σημαντικές διαφορές μεταξύ των φαρμάκων με τα πιο ευρέως διαχωρίζονται ενώσεις, Docetaxel και καρβοπλατίνη, που έχει ένα 10.000-πλάσια διαφορά (Σχήμα 3).

Οι θύσανοι εκτείνονται προς 1,5 φορές το ύψος του κουτιού (δηλαδή 25

ο εκατοστημόριο σε μεσαίο και μεσαίο έως 75

ο εκατοστημόριο) ή, αν δεν υπάρχει αξία σε αυτό το εύρος, με την ελάχιστη ή μέγιστη τιμή

.

μεταλλάξεις βλαστικής σειράς στο

BRCA1

και

BRCA2

έχουν συσχετιστεί με την αντιμετώπιση των ναρκωτικών πλατίνα. Ωστόσο, δεν υπήρξε σαφής συσχέτιση μεταξύ της απόκρισης σε πλατίνα και μετάλλαξης κατάσταση ή την έκφραση του

BRCA1

και

BRCA2

στα πειράματά μας (δεν παρουσιάζονται τα δεδομένα). Περίπου το 50% των μεταλλάξεων BRCA παρατηρήθηκαν δεν ήταν γνωστό ότι είναι κλινικά σημαντική (Πίνακας S4) και ως εκ τούτου δεν θα μπορούσε να επηρεάσει BRCA λειτουργία. Ωστόσο, οι δύο κυτταρικές σειρές με γνωστές μεταλλάξεις βλαστικής γραμμής στο BRCA1 (UWB1.289) και BRCA2 (PEO1) ήταν σχετικά ευαίσθητο σε Cisplatin.

Η απόκριση για όλα τα φάρμακα έδειξαν μια σημαντική θετική συσχέτιση με το ρυθμό πολλαπλασιασμού των κυτταρικών σειρών, δηλαδή ο χρόνος διπλασιασμού (Πίνακας 1).

η

ο Πίνακας 1 παρουσιάζει τη συσχέτιση μεταξύ της απόκρισης του φαρμάκου και την έκφραση των δεικτών πρωτεΐνης CD44, CD24, EpCAM και αυλού κυτοκερατίνη του. Είναι ενδιαφέρον ότι, οι κυτταρικές σειρές με υψηλή έκφραση CD44 ήταν πιο ευαίσθητα σε ταξάνες. Αντίθετα, κυτταρικές γραμμές που δείχνουν υψηλή έκφραση του αυλού κυτοκερατίνης ήταν σχετικώς ανθεκτικά στα τρία φάρμακα λευκόχρυσου που δοκιμάστηκαν, και δοξορουβικίνη. Υψηλή έκφραση του EpCAM επίσης συσχετίζεται με σχετική αντίσταση στη σισπλατίνη. Αυλού κυτοκερατίνη και EpCAM συσχετίζονται ισχυρώς και απουσιάζει η έκφραση και των δύο δεικτών ήταν πιο συχνά εμφανίζονται στο Γύρο κυτταρικές σειρές που ήταν σε γενικές γραμμές πολύ ευαίσθητο στα περισσότερα θεραπευτικά μέσα. Εάν οι τέσσερις στρογγυλές κυτταρικές σειρές αποκλείεται, η μόνη στατιστικά σημαντική συσχέτιση που παρατηρήθηκε ήταν μεταξύ ανταπόκριση οξαλιπλατίνη και την έκφραση του αυλού κυτοκερατίνης του, υποδεικνύοντας ότι αυτή η μικρή ομάδα των κυτταρικών σειρών προκαλεί κυρίως άλλες ενώσεις.

Χρησιμοποιήσαμε επόμενο της κατάταξης Spearman συσχέτιση για τη δοκιμή για τη συσχέτιση μεταξύ των τιμών GI50 και η έκφραση του mRNA ή κάθε microRNA για τον εντοπισμό γονιδίων και microRNAs που σχετίζονται με την ανταπόκριση στη θεραπεία. Ο αριθμός των mRNA που σχετίζονται με απόκριση στις οκτώ θεραπευτικά δοκιμάστηκαν κυμαινόταν από 22-310 γονιδίων (ρ & lt? 0.001) και 1-10 microRNAs (ρ & lt? 0,01). Το σχήμα 4 δείχνει για κάθε mRNA και microRNA η συσχέτιση και η σημασία ανάμεσα στην έκφραση και την απάντησή της στην σισπλατίνης και πακλιταξέλης.

X-άξονες Spearman συσχέτισης, Υ-άξονες -Log του p-value.

η

Υποθετικά ιστολογικών υποτύπων

Έχουμε ορίσει κυτταρικές σειρές ως υποθετικό HGS ή ενδομητριοειδές /διαυγοκυτταρικό κυτταρικές σειρές με βάση τέσσερα κριτήρια. Κριτήρια για την υποθετική προέλευση HGS ήταν: 1) HGS προέλευσης με μετάλλαξη ΤΡ53 και όχι MSI, ή 2) ορώδες προέλευσης με μετάλλαξη ΤΡ53 και ενίσχυση του CCNE1, MYC ή TPX2. Κριτήρια για την υποτιθέμενη ενδομητριοειδές /σαφές κύτταρο προέλευσης ήταν:. 1) ενδομητριοειδές ή /και σαφείς κύτταρο προέλευσης, ή 2) μετάλλαξη ARID1A

Χρησιμοποιώντας αυτά τα κριτήρια, θα συναχθεί το υποτιθέμενο ιστολογική υπότυπο για τις κυτταρικές γραμμές 39 ως 20 μη -serous (Σχήμα 2, η ομάδα τελευταία στήλη 1 & amp? 2). και 19 ορώδες κυτταρικές σειρές που περιελάμβανε 14 υψηλής ποιότητας ορώδες και ένα χαμηλού βαθμού ορώδες γραμμή (Σχήμα 2, η ομάδα τελευταία στήλη 3-5)

Από τα μη ορώδες κυτταρικές σειρές, ομάδα 1 (βλέπε επίσης Εικόνα 2), περιλαμβάνει δέκα κυτταρικές γραμμές που περιγράφηκαν ως μη ορώδες και μόνο σε COV362 και 59 Μ, μια ενίσχυση MYC έρχεται σε αντίθεση με αυτό. [11]. [11].