Αφηρημένο

Καρκίνος του παχέος εντέρου (CRC) είναι ένας από τους κορυφαίους κακοήθεις καρκίνους με την ταχεία αύξηση της επίπτωσης και της θνησιμότητας. Οι υποτροπές της CRC μετά από θεραπευτική εκτομή είναι μερικές φορές αναπόφευκτη και συχνά λαμβάνουν χώρα μέσα στον πρώτο χρόνο μετά την επέμβαση. Τα microRNAs μπορεί να χρησιμεύσει ως βιοδείκτες για την πρόβλεψη πρώιμη επανεμφάνιση του CRC, αλλά τον εντοπισμό τους από πάνω από 1.400 γνωστά ανθρώπινα microRNAs είναι δύσκολη και δαπανηρή. Μια εναλλακτική προσέγγιση είναι να αναλύσει υφιστάμενα δεδομένα έκφρασης του αγγελιοφόρου RNAs (mRNAs), επειδή γενικά τα επίπεδα έκφρασης των microRNAs και mRNAs στόχο τους είναι αντιστρόφως ανάλογα. Σε αυτή τη μελέτη, εξάγαμε έξι δεδομένων έκφραση του mRNA της CRC σε τέσσερις μελέτες (GSE12032, GSE17538, GSE4526 και GSE17181) από το συλλογικό γονιδιακής έκφρασης (GEO). Εμείς συναχθεί προφίλ έκφρασης microRNA και εκτελείται υπολογιστική ανάλυση για τον προσδιορισμό microRNAs που σχετίζονται με CRC υποτροπή χρησιμοποιώντας τη μέθοδο IMRE βασίζεται στην βάση δεδομένων MicroCosm που περιλαμβάνει 568.071 συνδέσεις microRNA-στόχου μεταξύ 711 microRNAs και 20.884 γονίδια στόχοι. Δύο microRNAs, miR-29a και miR-29c, αποκαλύφθηκαν και περαιτέρω μετα-ανάλυση των συνόλων δεδομένων έκφρασης έξι mRNA έδειξε ότι αυτά τα δύο microRNAs ήταν πολύ σημαντική βασίζεται στο συνδυασμό τιμή p Fisher (p = 9.14 × 10

– 9 για miR-29a και p = 1,14 × 10

-6 για miR-29γ). Επιπλέον, οι δύο αυτές microRNAs πειραματικά δοκιμαστεί σε 78 ανθρώπινα δείγματα CRC για να επικυρώσει την επίδρασή τους στις αρχές της επανάληψης. εμπειρικά αποτελέσματα μας έδειξαν ότι οι δύο microRNAs ήταν σημαντικά ρυθμισμένη προς τα κάτω (p = 0,007 για miR-29a και ρ = 0,007 για miR-29c) στις αρχές της δεκαετίας-επανάληψη ασθενείς. Αυτή η μελέτη δείχνει τη σκοπιμότητα χρησιμοποίησης προφίλ mRNA για να δείξει microRNAs. Σας δείχνει επίσης miR-29a /c θα μπορούσε να είναι εν δυνάμει βιοδείκτες για CRC πρώιμη υποτροπή

Παράθεση:. Kuo TY, Hsi Ε, Yang IP, Tsai PC, Wang JY, Juo S-ΗΗ (2012) Υπολογιστική Ανάλυση προφίλ έκφρασης mRNA Προσδιορίζει microRNA-29α /c ως Predictor ορθοκολικού καρκίνου Πρώιμη υποτροπή. PLoS ONE 7 (2): e31587. doi: 10.1371 /journal.pone.0031587

Συντάκτης: Steve Horvath, του Πανεπιστημίου της Καλιφόρνιας, στο Λος Άντζελες, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 16 Ιουλίου 2011? Αποδεκτές: 9, Γενάρη 2012? Δημοσιεύθηκε: 13 Φεβρουαρίου 2012