Αφηρημένο

Ιστορικό

Ο στόχος της μελέτης ήταν να διερευνήσει το ρόλο των γονιδίων (

HSD3B1

,

CYP17A1

,

CYP19A1

,

HSD17B2

,

HSD17B1

) που συμμετέχουν στην βιοσύνθεση στεροειδών ορμονών μονοπάτι και προγεστερόνης υποδοχέα (

PGR

) στην αιτιολογία του καρκίνου του στομάχου σε έναν πληθυσμό που βασίζεται μελέτη της γενετικής ένωση δύο φάσεων.

Μέθοδοι

στη φάση ανακάλυψης, 108 υποψήφιων SNPs στις σχετικές στεροειδών ορμονών βιοσύνθεσης μονοπάτι γονίδια και

PGR

αναλύθηκαν σε 76 γαστρικό καρκίνο περιπτώσεις και 322 έλεγχοι στην κορεατική Multi-Κέντρο Καρκίνου Cohort. Στατιστικά σημαντική SNPs που εντοπίζονται στην φάση της ανακάλυψης ήταν επαναξιολογούνται σε ένα εκτεταμένο σύνολο των 386 περιπτώσεις και 348 μάρτυρες. Pooled- και μετα-αναλύσεις διεξήχθησαν για να συνοψίσει τα αποτελέσματα.

Αποτελέσματα

Από τις 108 SNPs σε γονίδια που σχετίζονται οδού ορμόνη βιοσύνθεση στεροειδών και

PGR

αναλύονται στη φάση ανακάλυψης , 23 SNPs σε

PGR

στο υπολειπόμενο μοντέλο και 10 SNPs σε

CYP19A1

στα υπολειπόμενο ή πρόσθετο μοντέλα σχετίζονταν σημαντικά με αυξημένο γαστρικό κίνδυνο καρκίνου (

σ

& lt? 0.05). Τα ανήλικα συχνότητες αλληλομόρφων των SNPs σε φάσεις τόσο η ανακάλυψη και η παράταση δεν ήταν στατιστικά διαφορετικό. Pooled- και μετα-αναλύσεις έδειξαν

CYP19A1

rs1004982, rs16964228 και rs1902580 είχαν αυξημένο κίνδυνο για καρκίνο του στομάχου (συγκεντρωτικές Ή [95% CI] = 1,22 [1,01 – 1,48], 1,31 [1,03 – 1,66], 3.03 [1.12 – 8.18], αντίστοιχα). Αντίθετα, όλα τα

PGR

SNPs δεν ήταν στατιστικά σημαντική συσχέτιση με γαστρικό κίνδυνο καρκίνου.

Συμπεράσματα

Τα ευρήματά μας υποδηλώνουν

CYP19A1

ότι οι κώδικες

αρωματάσης

μπορεί να διαδραματίσει σημαντικό ρόλο στην ένωση των γαστρικών τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου και είναι ένα γενετικό δείκτη για γαστρικό καρκίνο ευαισθησία

Παράθεση:. Cho LY, Yang JJ, Ko KP, Ma SH, Shin A, Choi ΜΕ, et al. (2012) Γενετική Παράγοντες Ευαισθησία σε γονίδια που εμπλέκονται στη βιοσύνθεση των στεροειδών ορμονών Pathway και προγεστερόνης υποδοχέων για γαστρικός καρκίνος του κινδύνου. PLoS ONE 7 (10): e47603. doi: 10.1371 /journal.pone.0047603

Επιμέλεια: Μιχαήλ Scheurer, Baylor College of Medicine, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 29η, Απριλίου του 2012? Αποδεκτές: 12 Σεπτεμβρίου, 2012? Δημοσιεύθηκε: 23 Οκτωβρίου του 2012

Copyright: © Cho et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη υποστηρίχθηκε από μια επιχορήγηση από την (1), η Εθνική R & amp? D Προγράμματος Ελέγχου Καρκίνου, Υπουργείο Υγείας & amp? Πρόνοιας, Δημοκρατία της Κορέας (0520140)? (2) Το ερευνητικό πρόγραμμα Βασικές Επιστήμες μέσα από το Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών της Κορέας που χρηματοδοτείται από το Υπουργείο Παιδείας, Επιστημών και Τεχνολογίας [NRF-2009-353-0066258]? και (3) το πρόγραμμα Βασικής Έρευνας Εργαστήριο (BRL) μέσω του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών της Κορέας που χρηματοδοτείται από το Υπουργείο Παιδείας, Επιστημών και Τεχνολογίας [2011-0001564]. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

η γαστρική θνησιμότητας από καρκίνο είναι η δεύτερη μεγαλύτερη στον κόσμο [1]. Γαστρικό συχνότητα εμφάνισης καρκίνου είναι περίπου δύο φορές μεγαλύτερη στους άνδρες από τις γυναίκες σε πολλές περιοχές του κόσμου [2], και η αναλογία μικραίνει μετά την ηλικία των 60 ετών, όταν οι περισσότερες γυναίκες φτάνουν στην εμμηνόπαυση. Γαστρικό συχνότητα εμφάνισης καρκίνου στους άνδρες είναι περισσότερο από το διπλάσιο από ό, τι στις γυναίκες στην κορεατική πληθυσμού (62,2

vs.

24,6 ανά 100.000 άτομα) [3]. Αυτή η παγκόσμια συνέπεια ενός υψηλού αναλογία ανδρών-γυναικών συχνότητα σε γαστρικό καρκίνο μπορεί να οφείλεται σε ορμονική διαφορά μεταξύ ανδρών και γυναικών. Έτσι, έχει γίνει η υπόθεση ότι γυναικείες ορμόνες στεροειδών του φύλου, οιστρογόνων και της προγεστερόνης, μπορεί να παίζει ένα προστατευτικό ρόλο σε γαστρικό επίπτωση του καρκίνου.

Αν και ασυνεπής, επιδημιολογικές μελέτες υποστηρίζουν αυτή την υπόθεση. Πολλές επιδημιολογικές μελέτες ανέφεραν μειωμένο κίνδυνο για καρκίνο του στομάχου με μεγαλύτερη ισόβια έκθεση σε ενδογενή οιστρογόνα [4] – [11], ενώ ορισμένες μελέτες δεν έδειξαν καμία συσχέτιση [12] – [16]. Των ζώων και

in vitro

μελέτες υποστηρίζουν επίσης αυτή την υπόθεση. Θηλυκά και ευνουχισμένους αρουραίους με μικρότερη συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου του στομάχου από μη-επεξεργασμένα αρσενικούς αρουραίους σε μοντέλο καρκινογένεσης Ν-μεθυλ-Ν’-νιτρο-Ν-νιτροζογουανιδίνη [17]. Σε

H. pylori

επαγόμενη γαστρικό καρκίνο μοντέλο ποντικού, 17 βήτα-οιστραδιόλη ενήργησε ως προστατευτικός παράγοντας σε γαστρικά καρκινογένεση [18]. Το οιστρογόνο κατέδειξε αύξηση στην απόπτωση σε AGS ανθρώπινο γαστρικό καρκινικών κυττάρων [19]. Επιπλέον, τα οιστρογόνα διεγείρεται έκφραση τριφυλλοειδών πεπτιδίων που είναι σημαντικές για την προστασία του βλεννογόνου του στομάχου [20]. Αν και δημοσιευμένες μελέτες σχετικά με την επιρροή των οιστρογόνων στο γαστρικό κίνδυνο καρκίνου του είναι ασυνεπείς, μια πρόσφατη μετα-ανάλυση υποστηρίζει πλέον την έκθεση στις επιδράσεις των οιστρογόνων είτε των ωοθηκών ή εξωγενούς προέλευσης μπορεί να μειώσει τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου του γαστρικού [21].

Τα οιστρογόνα και η προγεστερόνη συντίθενται στον στεροειδή μονοπάτι βιοσύνθεσης ορμόνης. Οι στεροειδών ορμονικών υποδοχέων όπως οιστρογόνα και η προγεστερόνη έχουν ταυτοποιηθεί και εκφράζονται σε γαστρικό βλεννογόνο και τον καρκίνο ιστούς [22] – [26]. Ως εκ τούτου, στεροειδείς μονοπάτι βιοσύνθεσης ορμονών και των υποδοχέων τους μπορεί να μεταβάλλεται με γενετικές παραλλαγές των σχετικών γονιδίων, μεταβάλλοντας έτσι και συμβάλλοντας στην ατομική ευαισθησία σε καρκίνο του στομάχου. Των ορμονικών υποδοχέων, ειδικότερα, εστιάσαμε στον υποδοχέα προγεστερόνης (

PGR

), επειδή η προγεστερόνη μπορεί να είναι μια σημαντική συμβολή για την γαστρική καρκινογένεση από τα οιστρογόνα. Μια μελέτη σε ζώα [27] έδειξε ότι οναπριστόνη, ένας ανταγωνιστής του προγεστερόνη, ανέστειλε την αύξηση όγκου του στομάχου, καθώς και οιστραδιόλης-διεγερμένα ανάπτυξη.

Η υπόθεση της παρούσας μελέτης είναι γενετικών πολυμορφισμών που εμπλέκονται στη βιοσύνθεση στεροειδών μονοπάτι ορμόνη και

PGR

μπορούν να επηρεάσουν την ευαισθησία του κάθε ατόμου στην ανάπτυξη του καρκίνου του στομάχου. Για να διερευνηθεί η υπόθεση, μια μελέτη γενετικής σύνδεσης δύο φάσεων διεξήχθη: 1) η φάση ανακάλυψη ήταν μια ανάλυση προσέγγιση υποψηφίου γονιδίου εστιάζοντας σε πέντε γονίδια που εμπλέκονται στη βιοσύνθεση στεροειδών οδό (

HSD3B1

,

CYP17A1

,

CYP19A1

,

HSD17B2

, και

HSD17B1

) και το γονίδιο του υποδοχέα της ορμόνης (

PGR

)? 2) η φάση επέκτασης εξεταστούν περαιτέρω τα πιο σημαντικά SNPs που εντοπίζονται στην ανάλυση ανακάλυψη.

Υλικά και Μέθοδοι

Πληθυσμός μελέτης

Στη φάση ανακάλυψης, ο πληθυσμός με βάση ένθετη πληθυσμό μελέτη ασθενών-μαρτύρων είχε προσληφθεί από την κορεατική Multi-Κέντρο Καρκίνου κοόρτης (KMCC), μια κοινότητα που βασίζεται σε υποψήφιους ομάδα των συμμετεχόντων προσλαμβάνονται από τέσσερις αστικές και αγροτικές περιοχές στην Κορέα (Αμάν, Chungju, Ούλτζιν και Youngil) από το 1993 έως το 2004 [28]. Οι συμμετέχοντες συμπλήρωσαν λεπτομερή ερωτηματολόγια τυποποιημένη συνέντευξη βάσει γενικών τον τρόπο ζωής, το ιατρικό ιστορικό, τη σωματική δραστηριότητα, τη διατροφή, αναπαραγωγικούς παράγοντες, έκθεση σε φυτοφάρμακα, και επιπλέον περιβαλλοντικούς παράγοντες. δείγματα αίματος και ούρων σημείο συλλέχθηκαν και αποθηκεύτηκαν στους -70 ° C και -20 ° C, αντίστοιχα.

Στην 31ης Δεκεμβρίου του 2002, 136 γαστρικό περιπτώσεις καρκίνου στην KMCC εντοπίστηκαν μέσω ηλεκτρονικών συνδέσεων εγγραφή στο εθνικό μητρώου του καρκίνου, το εθνικό πιστοποιητικό θανάτου, και η ασφάλιση υγείας ιατρικά αρχεία. Οι μέθοδοι παθητικής παρακολούθησης αναφέρθηκε ότι είναι 99% αποτελεσματικό και πληρότητα ήταν εξασφαλισμένη [29]. Περιπτώσεων που διαγιγνώσκονται πριν από την πρόσληψη (Ν = 36) και χωρίς δείγματα αίματος (Ν = 16) αποκλείστηκαν. Χωρίς καρκίνο έλεγχοι επιλέχθηκαν τυχαία από τον πληθυσμό KMCC. Υπήρχαν τέσσερις μάρτυρες ταιριάζουν σε κάθε γαστρικό περίπτωση του καρκίνου με δειγματοληψία πυκνότητας επίπτωσης με βάση την ηλικία (± 5 έτη), το φύλο, κατοικημένη περιοχή, και την εγγραφή. Επιπρόσθετα, οκτώ περιπτώσεις και 14 μάρτυρες αποκλείστηκαν λόγω της ανεπαρκούς DNA ή κακή γονότυπου. Τέλος, 76 περιπτώσεις και 322 μάρτυρες συμπεριλήφθηκαν στην φάση ανακάλυψη.

Στη φάση επέκτασης, επελέγησαν 388 γαστρικό καρκίνο σύνολα-μαρτύρων ως ακολούθως. Υπήρχαν 95 νέα γαστρικό περιπτώσεις καρκίνου και 52 διαδεδομένες περιπτώσεις, το Δεκέμβριο του 2008 και 52 επιπλέον υποθέσεις των οποίων δείγματα αίματος αργότερα λαμβάνονται από την KMCC. Επιπλέον, από Μάρτιος 2002 – Σεπτέμβριος 2006, 490 νεοδιαγνωσθέντες ασθενείς με καρκίνο του στομάχου από δύο πανεπιστημιακά νοσοκομεία στην Κορέα, που ήταν Chungnam Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο και Hanyang Πανεπιστημίου GURI Νοσοκομείο εντοπίστηκαν. Επιδημιολογικά δεδομένα και δείγματα φλεβικού αίματος συλλέχθηκαν σε χρόνο της διάγνωσης ή πριν από χειρουργική επέμβαση γαστρικής καρκίνο. Μεταξύ αυτών, συμπεριλήφθηκαν 189 περιπτώσεις με επαρκή δείγματα DNA και εν επιγνώσει συναίνεση. ελέγχους με βάση την κοινότητα συνδυάζεται με την ηλικία (± 5 έτη), το φύλο και το χρόνο εγγραφής 2001-2005 επιλέχθηκαν τυχαία από την KMCC. Υπήρχαν δύο περιπτώσεις και 40 ελέγχους που εξαιρούνται λόγω της κακής του γονότυπου και της ανεπαρκούς δείγματος. Τέλος, 386 περιπτώσεις και 348 μάρτυρες συμπεριλήφθηκαν στην φάση επέκτασης. Ομαδοποιούνται και μετα-αναλύσεις που περιλαμβάνονται 462 περιπτώσεις και 670 μάρτυρες.

Ηθική Δήλωση

Όλοι οι συμμετέχοντες παρείχαν έγγραφη ενημερωμένη συγκατάθεση πριν από την είσοδο των μελετών. Τα πρωτόκολλα μελέτης για την τρέχουσα μελέτες ασθενών-μαρτύρων ένθετη KMCC και εγκρίθηκαν από τις θεσμικές συμβούλια αναθεώρηση του Εθνικού Πανεπιστημίου της Σεούλ Νοσοκομείο και το Εθνικό Κέντρο Καρκίνου της Κορέας (H-0110-084-002, C-0907-044-2861-170 ), και Hanyang Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο (2003-4)

Gene υποψήφιες και επιλογής SNP

Υπήρχαν επτά γονίδια στη φάση ανακάλυψης επιλέγονται από την ανασκόπηση της βιβλιογραφίας που είχαν ως εξής:. προγεστερόνης υποδοχέα (

PGR

)? Κυτοχρώματος P450, οικογένεια 19, υποοικογένεια Α, πολυπεπτίδιο 1 (

CYP19A1

)? Κυτοχρώματος P450, οικογένεια 17, υποοικογένεια Α, πολυπεπτίδιο 1 (

CYP17A1

)? υδροξυστεροειδών (17-β) αφυδρογονάση 1 (

HSD17B1

)? υδροξυστεροειδών (17-β) αφυδρογονάση 2 (

HSD17B2

)? υδροξυ-δέλτα-5-στεροειδούς αφυδρογονάσης, 3 β- και στεροειδών δέλτα-ισομεράση 1 (

HSD3B1

).

Υποψήφιες πολυμορφισμών μονού νουκλεοτιδίου (SNP) από επιλεγμένα γονίδια επιλέχθηκαν σύμφωνα με την ακόλουθη κριτήρια: 1) αναφέρεται ότι έχει μια πιθανή λειτουργική σημασία σε προηγούμενες μελέτες? 2) συχνότητα έλασσον αλληλόμορφο (MAF) & gt? 0,05 σε ασιατικές βάσεις δεδομένων, όπως SNP500Cancer, HapMap ή CGAP χρησιμοποιώντας dbSNP αναγνωριστικά (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP)? 3) ταυτόχρονα, MAF & gt? 0,05 το HapMap ιαπωνικά (JET). Τέλος, 117 SNPs με σκορ σχεδιασμού = 1,1, r

2 & gt? 0,8 σε πέντε υποψήφια γονίδια στα στεροειδή μονοπάτι βιοσύνθεσης ορμονών και

PGR

γονότυπος. Υπήρχαν 105 SNPs που βρίσκεται στην περιοχή ιντρονίου, οκτώ SNPs που βρίσκεται στην περιοχή υποκινητή (πλευρική περιοχή ή UTR), και τέσσερα SNPs που βρίσκεται στην περιοχή κωδικοποίησης (προσάρτημα S1).

Στη φάση επέκτασης, SNPs ήταν επιλέγονται ως εξής. Για

PGR

, στην ανάλυση ανακάλυψη, 23 SNPs ήταν σημαντικές και δημιούργησε ένα μεγάλο Haploblock. Υπήρχαν δύο SNPs των 23 SNPs που βρίσκεται στην περιοχή κωδικοποίησης ή 3UTR. Οι πρώτες και παραλλαγμένα

σ

-τιμές ήταν μικρότερη από 0,04. Για

CYP19A1

, υπήρχαν δέκα σημαντικών SNPs (πρώτες

σ

-τιμή & lt? 0,05) που βρίσκεται στην περιοχή ιντρονίου.

CYP19A1

δημιουργήθηκαν έξι μπλοκ και των σημαντικών SNPs στη φάση ανακάλυψης βρίσκονταν στο μπλοκ 4, 5 και 6.

Γονοτυπικές

Οι συγκεντρώσεις Genomic DNA μετρήθηκαν για όλους τους μελέτη υποκείμενα με φασματοφωτόμετρο (NanoDrop ND-1000, NanoDrop Technologies). Η γονοτύπηση στη φάση ανακάλυψη εκτελέστηκε χρησιμοποιώντας δοκιμασία GoldenGateTM (Illumina®, San Diego, CA). Από τους 117 SNPs, εννέα SNPs κρίθηκαν άχρηστα λόγω βλάβης του γονότυπου (rs6203 andrs9939740), SNP ποσοστό κλήσεων & lt? 90% (rs2236780, rs12594293, rs12592697, rs597255, και rs2830), monomorphism (rs7175531, rs4243229), και αποκλείστηκαν σε η ανάλυση. Τέλος, αναλύσαμε 108 SNPs σε έξι γονίδια (ρυθμός προσδιορισμού του γονότυπου του 99,5%) σε 76 περιπτώσεις και 322 μάρτυρες. Για να διασφαλιστεί ο έλεγχος ποιότητας και αξιολόγηση των ενδο-υποκείμενο ρυθμό συμφωνία, 52 διπλά δείγματα κατανεμήθηκαν τυχαία στην πλάκα του γονότυπου. ποσοστά Συμφωνία για όλες τις δοκιμασίες ήταν μεγαλύτερη από 99%.

γονοτυπικός στη φάση επέκτασης πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία IlluminaVeraCodeGoldenGate με BeadXpress σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή (Illumina, San Diego, CA, USA) [16]. Για να εξασφαλιστεί η αξιοπιστία των δύο διαφορετικών μεθόδων προσδιορισμού του γονότυπου, 135 δείγματα (59 περιπτώσεις και 76 ελέγχους) ο γονότυπος τόσο από την Array Genome-Wide Ανθρωπίνων SNP 5.0 και η Δοκιμασία IlluminaVeraCodeGoldenGate, και το ποσοστό αντιστοιχίας ήταν & gt? 98,2%. Λόγω του υψηλού ποσοστού συμφωνία, όλα τα δείγματα συμπεριλήφθηκαν στην ανάλυση? ασύμφωνα δείγματα δεν είχαν εξαλειφθεί από την ανάλυση.

Στατιστική Ανάλυση

Chi-square και Φοιτητικής

t-test

διεξήχθησαν για να συγκρίνετε επιλεγμένα χαρακτηριστικά μεταξύ γαστρικό περιπτώσεις και τους ελέγχους του καρκίνου. Διαφορά σε επιλεγμένα χαρακτηριστικά που ήταν το φύλο, την ηλικία,

H. pylori

λοίμωξη, CagA και VacAseropositivity, το κάπνισμα, η κατανάλωση αλκοόλ, και το ιστορικό γαστρίτιδας μεταξύ των περιπτώσεων και των ελέγχων προσδιορίστηκαν με

σ

-τιμή των 0,05.

Hardy-Weinberg ισορροπίας ( HWE) αξιολογήθηκε στην ομάδα ελέγχου για όλους τους SNPs χρησιμοποιώντας το τεστ chi-τετράγωνο ή ακριβές τεστ του Fisher με ένα επίπεδο αποκοπής του p-value & lt HWE? 0,0001. Στην ανάλυση ανακάλυψη, η συσχέτιση μεταξύ των επιμέρους SNPs και γαστρικό κίνδυνο καρκίνου αξιολογήθηκε με βάση πρώτων υλών και παραλλαγμένα

σ

-τιμές χρησιμοποιώντας το τεστ λόγου πιθανοφανειών (LRT) με έναν βαθμό ελευθερίας στο πρόσθετο, κυρίαρχη, και υπολειπόμενο μοντέλα. Το μοντέλο υποθέτει προσθετικό ένα αποτέλεσμα απόκρισης δόσης με έναν αυξανόμενο αριθμό παραλλαγής αλληλόμορφα. Τα κυρίαρχα και υπολειπόμενο μοντέλα είναι τεστ για το ελάχιστο αλληλόμορφο. Αν d είναι το έλασσον αλληλόμορφο και D είναι η κύρια αλληλόμορφο, το κυρίαρχο μοντέλο είναι DD

vs.

Dd + Dd και το υπολειπόμενο μοντέλο είναι dd

vs.

DD + Dd. Παραλλαγμένο

σ

-τιμές υπολογίστηκαν από 100.000 εξετάσεις μετάθεση στο ενιαίο μοντέλο SNP. Για την αποφυγή ψευδών ενώσεις με ψευδώς θετικά αποτελέσματα, το ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (FDR) χρησιμοποιώντας μια μέθοδο Benjamini-Hochberg είχε υπολογιστεί [30]. Γαστρικό κίνδυνο καρκίνου του υπολογίστηκε ως λόγοι πιθανοτήτων (OR) και 95% διαστήματα εμπιστοσύνης (ΠΙ) με τη χρήση άνευ όρων μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης για την προσαρμογή των παραγόντων κινδύνου που ήταν η ηλικία, το κάπνισμα (ποτέ

vs.

Ποτέ),

H. πυλωρού

μόλυνσης (θετική

vs.

αρνητική) και CagA οροθετικότητας (θετική

vs.

αρνητική) στο πρόσθετο, κυρίαρχη, και υποτελούς μοντέλα. Haploblocks δημιουργήθηκαν χρησιμοποιώντας το προεπιλεγμένο αλγόριθμο [31] και ετικέτα-SNPs εντοπίστηκαν στην ανάλυση απλοτύπων.

Στη φάση επέκτασης, οι πιο σημαντικές SNPs στη φάση ανακάλυψης εκ νέου αναλύθηκαν. Με βάση το πρόσθετο ή /και υποτελούς μοντέλα, γαστρικό κίνδυνο καρκίνου εκτιμήθηκε ως OR [95% CI] χρησιμοποιώντας άνευ όρων μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης προσαρμογή για τους ίδιους παράγοντες κινδύνου όπως αναφέρεται ανωτέρω. Το επίπεδο στατιστικής σημαντικότητας για τις φάσεις ανακάλυψη και την επέκταση ήταν

σ

-τιμή & lt? 0,05. Για να συνοψίσουμε τα αποτελέσματα από την ανακάλυψη και την επέκταση αναλύσεις, pooled- και μετα-αναλύσεις διεξήχθησαν. Με την σταθερή επίδραση μοντέλο, συνοψίζονται Ή ​​[95% CI] υπολογίστηκαν. Επίσης, η ετερογένεια μεταξύ των μελετών αξιολογήθηκε από τα στατιστικά στοιχεία Cochran Q [32]

Όλες οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση του λογισμικού SAS έκδοση 9.1 (SAS Institute, Cary, Βόρεια Καρολίνα), plink έκδοση λογισμικού 1.06 (http.: //pngu.mgh.harvard.edu/purcell/plink) [33], και Haploview 4.1 του λογισμικού (http:. www.broadinstitute.org/haploview/haploview)

Αποτελέσματα

υπάρχει δεν ήταν στατιστικά σημαντική διαφορά μεταξύ των περιπτώσεων και ελέγχων για όλα τα επιλεγμένα χαρακτηριστικά στην ανακάλυψη και την επέκταση θέματα (

σ

& gt? 0,05) (Πίνακας 1). Στη συγκεντρωτική ανάλυση, ένας μεγαλύτερος αριθμός των περιπτώσεων ήταν VacA και CagA οροθετικοί και οι καπνιστές (

σ

& lt? 0,05).

Η

Από τις 108 SNPs σε συναφείς πέντε στεροειδών βιοσύνθεση ορμονών γονίδια και

PGR

αναλύονται στη φάση ανακάλυψης, 23 SNPs σε

PGR

στο υπολειπόμενο μοντέλο και 10 SNPs σε

CYP19A1

στα υπολειπόμενο ή πρόσθετο μοντέλα συσχετίστηκε σημαντικά με τον αυξημένο γαστρικό κίνδυνο καρκίνου στο ενιαίο SNP ανάλυση (

σ

& lt? 0,05).

PGR

rs542384,

PGR

rs543215,

PGR

rs613120, και

PGR

rs1456765 παρουσιάζονται 100.000 δοκιμασία μετάθεσης

σ

& lt? 0,01 , αν και p-τιμές FDR δεν ήταν σημαντικές (Πίνακας 2).

η

μπλοκ απλότυπος εντοπίστηκαν από το οικόπεδο LD. Ένα τετράγωνο ορίστηκε από το

PGR

που περιλάμβανε και τα 27

PGR

SNPs από τη φάση της ανακάλυψης (Σχήμα S1), ενώ έξι τετράγωνα ορίστηκαν από

CYP19A1

(σχήματα 1, 2, και 3).

Δ ‘και αξίες LOD χρησιμοποιήθηκαν για την επιλογή των χρωμάτων Ν.Δ. στη φάση ανακάλυψης. Από τα έξι τετράγωνα στο

CYP19A1

, σημαντική SNPs στη φάση ανακάλυψης βρίσκονται σε τεμάχια 4, 5 και 6.

Η

Σημαντικές SNPs στη φάση ανακάλυψης βρίσκονταν σε τεμάχια 4, 5, και 6. SNPs που αναφέρεται στις θέσεις αντιπροσωπεύουν SNPs εκ νέου αναλύονται στη φάση επέκτασης.

η

τα ανήλικα συχνότητες αλληλόμορφο του SNPs και στις δύο φάσεις ανακάλυψη και επέκταση δεν ήταν στατιστικά διαφορετικά . Pooled- και μετα-αναλύσεις έδειξαν

CYP19A1

ήταν στατιστικά σημαντική συσχέτιση με γαστρικό κίνδυνο καρκίνου. Μικρά αλληλόμορφα G, Τ και Α για rs1004982, rs16964228 και rs1902580, αντίστοιχα, ανέφεραν 1.22 (95% CI [1,01 – 1,48]), 1,31 (95% CI [1,03 – 1,66]), και 3,03 (95% CI [1.12 – 8.18]) αυξημένο κίνδυνο για καρκίνο του στομάχου, αντιστοίχως, στην ομαδοποιημένη ανάλυση. Μετα-ανάλυση έδειξε παρόμοιες ενώσεις. Αντίθετα, όλα τα

PGR

SNPs δεν είχαν στατιστικά σημαντική συσχέτιση με γαστρικό κίνδυνο καρκίνου (Πίνακας 3).

Η

Συζήτηση

CYP19A1

γενετική πολυμορφισμούς, ειδικά rs1004982, rs16964228, rs1902580, συσχετίστηκαν με αυξημένο κίνδυνο για καρκίνο του στομάχου στην παρούσα μελέτη. Η ανάλυση έδειξε ανακάλυψη 23 SNPs σε

PGR

συσχετίστηκαν με αυξημένο γαστρικό κίνδυνο για καρκίνο και δημιούργησε ένα μεγάλο haploblock στην ανάλυση χρωμοσωμάτων, αν και οι ενώσεις δεν ήταν σημαντικές στη συγκεντρωτική ανάλυση.

CYP19A1

κωδικοποιεί

Cyp19

αρωματάσης, ένα μέλος της υπερ-οικογένειας Ρ450 κυτοχρώματος που είναι το κύριο ένζυμο που καταλύει το τελικό και περιοριστικό του ρυθμού στάδιο της βιοσύνθεσης οιστρογόνου (αρωματοποίηση της ανδροστενεδιόνης και τεστοστερόνης σε οιστρόνη και οιστραδιόλη, αντίστοιχα ) [34].

Cyp19

γονίδιο χαρτογραφείται στο χρωμόσωμα 15q21.1, εκτείνεται σε περίπου 123 kb, και η ρυθμιστική περιοχή περιέχει τουλάχιστον 190 διακριτές υποκινητές που ρυθμίζουν σε ένα σήμα μονοπάτι ειδικό τρόπο [35] ή ιστο-ειδικών με ορμονικά ελεγχόμενη προαγωγούς όπως γονάδων ή λιπώδης στρώμα [36] – [39].

Cyp19

μεταλλάξεις, έδειξαν αυξημένη ή μειωμένη δραστηριότητα αρωματάσης μεταβάλλοντας έτσι τα επίπεδα των κυκλοφορούντων οιστρογόνων [40] – [43].

CYP19A1

που σχετίζονται με τη γενετική παραλλαγή μελέτες διερευνήθηκε η συσχέτιση με διάφορους καρκίνους που σχετίζονται με ορμόνες, όπως του μαστού, του ενδομητρίου, των ωοθηκών και του προστάτη [44] – [49]. Η δραστηριότητα αρωματάσης διεγείρεται ανάπτυξη των καρκινικών κυττάρων του μαστού [50] αρωματάσης επίπεδα έκφρασης αυξήθηκαν σε όγκους του μαστού [51], και ήταν η κύρια πηγή της 17β-οιστραδιόλης σε όγκους του μαστού και τους περιβάλλοντες ιστούς σε μετεμμηνοπαυσιακές γυναίκες [52], [53]. Μελέτες σχετικά με το ρόλο του

CYP19A1

ειδικά για ανθρώπινο γαστρικό καρκινογένεση είναι περιορισμένες. Ωστόσο, η ισχυρή έκφραση του mRNA

Cyp19

αρωματάσης δείχθηκε στο γαστρικό βλεννογόνο σε ενήλικες αρουραίους, και αρωματάσης δραστικότητα σε ανθρώπινα δείγματα γαστρικού καρκινώματος καταδείχθηκε [25]. Αυτό υποδηλώνει ένα μηχανισμό που Polym κωδικοποιεί Ορφικά παραλλαγές του

Cyp19

γονίδια μπορούν να επηρεάσουν την ευαισθησία του καρκίνου με την τροποποίηση κωδικοποιημένο ένζυμο της, είτε μέσω της έκφρασης ή της λειτουργίας, για να ρυθμίζουν τη σύνθεση οιστρογόνων. Τα ευρήματά μας υποδηλώνουν την πιθανότητα ότι οι γενετικές παραλλαγές του

CYP19A1

(rs1004982, rs16964228 και rs1902580) μπορεί να εμπλέκεται στη μεταβολή των επιπέδων των οιστρογόνων και επηρεάζουν την απόπτωση, βλεννογόνου λειτουργία, καρκινογένεση, και ως εκ τούτου γαστρικό τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου.

υπάρχουν περιορισμένες μελέτες που εξετάζουν τα γονίδια του στεροειδούς οδού μεταβολισμό ορμονών και καρκίνου του στομάχου. Μια ιαπωνική μελέτη παρατηρήθηκε μια στατιστικά σημαντική συσχέτιση μεταξύ αρκετών

CYP19A1

SNPs (rs4646 και rs1902586) και γαστρικό κίνδυνο καρκίνου [54]. Μια μελέτη με βάση τον πληθυσμό της Πολωνίας που περιελάμβανε 295 γαστρικό περιπτώσεις καρκίνου και 415 έλεγχοι γονότυπος επίσης ένα ζευγάρι των ίδιων SNPs (rs4646 και rs1902586), ωστόσο, μια σημαντική συσχέτιση δεν βρέθηκε [55]. Αυτοί οι SNPs δεν γονότυπος στη μελέτη μας, ωστόσο, άλλες SNPs του

CYP19A1

έδειξαν στατιστικά σημαντικές συσχετίσεις. Εμείς γονότυπος

CYP19A1

rs16964228, rs1902580 και rs1004982 που βρίσκονται στην περιοχή ιντρονίου σε τρία οικοδομικά τετράγωνα, μπλοκ 4, Block 5, και 6 μπλοκ, αντίστοιχα. Αν και η λειτουργική συνάφεια των

CYP19A1

rs16964228, rs1902580 και rs1004982 για

Cyp19

ένζυμο δεν είναι σαφές,

CYP19A1

μπορεί να ενεργεί ως βασικό δείκτη της ατομικής ευαισθησίας και της γενετικής του παραλλαγές μπορούν να τροποποιήσουν την ανάπτυξη του καρκίνου του στομάχου, αλλά περαιτέρω επιβεβαίωση δικαιολογείται

Πολλές μελέτες εξέτασαν

CYP19A1

με ορμονικά συναφείς μορφές καρκίνου, όπως του μαστού, του προστάτη, του ενδομητρίου [56] – [59]. . Τα SNPs rs10046 (Τ) και rs936306 (Τ) προτείνεται να είναι «υψηλής αλληλόμορφα δραστηριότητα» λόγω της σύνδεσής τους με το 10% έως 20% αυξημένα επίπεδα κυκλοφορούντων οιστραδιόλης και οιστρόνη σε μετεμμηνοπαυσιακές γυναίκες [58], [60], [61] , αν και δεν έδειξε σημαντική συσχέτιση με τον καρκίνο του μαστού [60], [62]. Στην παρούσα μελέτη, rs10046 δεν ήταν ο γονότυπος, αλλά rs936306 ήταν γονότυπου. Ενώ rs936306 ήταν σημαντική στη φάση ανακάλυψης, rs936306 ήταν ασήμαντη στις συγκεντρωτικές και μετα-αναλύσεις.

ανάλυση ανακάλυψή μας έδειξε 23 SNPs σε

PGR

συσχετίστηκαν με αυξημένο κίνδυνο για καρκίνο του στομάχου. Στην ανάλυση απλότυπου μας, τις σημαντικές 23 SNPs από την ανάλυση ανακάλυψη, εκτός από τα υπόλοιπα τέσσερα

PGR

SNPs που ήταν ο γονότυπος, σχηματίζεται ένα μεγάλο μπλοκ, υποδεικνύοντας αυτά τα SNPs συσχετίζονται μεταξύ τους και συνδέονται με το γαστρικό Καρκίνος. Ωστόσο, λόγω της ανεπαρκούς δύναμης στο υπολειπόμενο μοντέλο, η φάση επέκτασης δεν αναφέρουν στατιστικά σημαντική συσχέτιση με οποιαδήποτε

PGR

SNPs.

PGR

επίπεδα αυξήθηκαν σημαντικά σε ιστούς ασθενείς με γαστρικό καρκίνο », ενώ όχι σε φυσιολογικό ιστό [63] προτείνοντας γαστρικό βλεννογόνο μπορεί να είναι ο ιστός στόχος για τη δράση της προγεστερόνης [64]. Ως εκ τούτου, πολυμορφικές παραλλαγές του

PGR

μπορούν να συμμετέχουν στην τροποποίηση του γαστρικού καρκίνου ευαισθησίας μεταβάλλοντας κωδικοποιημένη έκφραση κατάσταση υποδοχέα της και τη λειτουργία.

Αν και αυτή ήταν μια μελέτη δύο φάσεων που στοχεύουν στην αύξηση του αριθμού των συμμετεχόντων στη μελέτη, η δύναμη ήταν, ωστόσο, χαμηλή, και δεν επέτρεψε στρωματοποιημένη ανάλυση σύμφωνα με σχετικές ορμόνη παράγοντες όπως εμμηνοπαυσιακή κατάσταση, το φύλο και το είδος του καρκίνου, όπως η καρδιακή και μη καρδιακή. Η αιτιολογία του καρκίνου του στομάχου είναι πολυπαραγοντική, και μια σε βάθος κατανόηση των παραγόντων κινδύνου και προστασίας και τις αλληλεπιδράσεις του θα βοηθήσει να παρέχει μια ακόμα καλύτερη κατανόηση της νόσου. Επιπλέον, κατά τη φάση επέκτασης, το νοσοκομείο και περιπτώσεις με βάση την κοινότητα αντιστοιχήθηκαν με τους ελέγχους που βασίζονται στην κοινότητα που μπορεί να εισαγάγει προκατάληψη. Ωστόσο, η προκατάληψη πληροφορίες ελαχιστοποιείται δεδομένου ότι οι άνθρωποι γεννιούνται με τα γονίδιά τους και οι αλλαγές στα γονίδια δεν είναι κοινά. Επίσης, η προκατάληψη επιλογής ελαχιστοποιούνται λόγω υποθέσεις ταιριάζουν σε ελέγχους σύμφωνα με σημαντικούς παράγοντες κινδύνου στο αρχικό στάδιο του σχεδιασμού της μελέτης.

Η μελέτη είναι μια μελέτη της γενετικής ένωση δύο φάσεων. Στη γενετική ανάλυση υποψήφιος προσέγγιση, σημαντικές SNPs που εντοπίστηκαν στη φάση ανακάλυψης εκ νέου αναλύονται στη φάση επέκτασης. Δεύτερον, αυτή η μελέτη ασθενών-μαρτύρων με βάση τον πληθυσμό ένθετων είναι απαλλαγμένη από πολλές προκαταλήψεις κοινό στην αναδρομική σχέδια. Συγχυτικούς παράγοντες προσαρμόστηκαν στα πολυπαραγοντικά μοντέλα.

Εν ολίγοις, αυτό τον πληθυσμό με βάση τις εκθέσεις μελέτης γενετικής σύνδεσης δύο φάσεων

CYP19A1

γενετικές παραλλαγές, rs16964228, rs1902580 και rs1004982, είναι σημαντικά συνδέονται με γαστρικό κίνδυνο καρκίνου και φαίνεται να είναι ένα γενετικό δείκτη ευαισθησίας σε γαστρικό καρκινογένεση στην κορεατική πληθυσμό. Δεδομένου

CYP19A1

‘s ρόλο-κλειδί στη βιοσύνθεση των οιστρογόνων,

CYP19A1

πολυμορφισμών που μεταβάλλουν την παραγωγή οιστρογόνων μπορούν να συμμετέχουν σε γαστρική καρκινογένεση. Οι μελλοντικές μελέτες των οιστρογόνων και τεστοστερόνης βιοδείκτες από το αίμα και τα ούρα που απαιτούνται για την επιβεβαίωση και την περαιτέρω κατανόηση της μοριακής βάσης.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

PGR

γονίδιο χάρτη και LD μπλοκ. τιμές D »και LOD χρησιμοποιήθηκαν για την επιλογή των χρωμάτων Ν.Δ. στη φάση ανακάλυψης. SNPs που αναφέρεται στις θέσεις αντιπροσωπεύουν SNPs εκ νέου αναλύονται στην επέκταση

doi:. 10.1371 /journal.pone.0047603.s001

(TIFF)

Παράρτημα S1.

Λεπτομερείς πληροφορίες σχετικά με τα υποψήφια γονίδια και SNPs στο στεροειδών μονοπάτι βιοσύνθεσης ορμονών και

PGR

.

doi: 10.1371 /journal.pone.0047603.s002

(DOCX)