Abstract

Δεδομένου ότι η μεταγραφική ρυθμιστική δράση του υποδοχέα οιστρογόνων (ER) διαμορφώνεται με βιοχημικές συμπαράγοντες της, γενετική παραλλαγή μέσα στα γονίδια ER συμπαράγοντα μπορεί να τροποποιήσει κυτταρική απόκριση σε οιστρογόνο έκθεση και, κατά συνέπεια, να τροποποιήσει τον κίνδυνο για ενδομητρίου Καρκίνος. Εμείς γονότυπος 685 SNPs tagging μέσα στα γονίδια συμπαράγοντας 60 ER σε 564 ενδομητρίου περιπτώσεις καρκίνου και 1.510 έλεγχοι από τη Σουηδία, και δοκιμάζονται οι ενώσεις τους με τον κίνδυνο καρκίνου του ενδομητρίου. Ερευνήσαμε τις ενώσεις των επιμέρους SNPs χρησιμοποιώντας μια δοκιμή τάσης, καθώς και πολλαπλές SNPs μέσα σε ένα γονίδιο ή συγκρότημα γονιδίων με τη χρήση ανάλυσης σύνδεσης πολλών μεταβλητών. Καμία σημαντική συσχέτιση παρατηρήθηκε για τυχόν μεμονωμένες SNPs ή γονίδια, αλλά μια οριακή συσχέτιση της αθροιστικής γενετικής παραλλαγής του

NCOA2

συγκρότημα ως σύνολο (

NCOA2

,

CARM1

,

CREBBP

,

PRMT1

και

EP300

) με κίνδυνο καρκίνου του ενδομητρίου παρατηρήθηκε (P

προσαρμοστεί = 0,033). Ωστόσο, η ένωση απέτυχε να αναπαραχθεί σε ένα ανεξάρτητο ευρωπαϊκό σύνολο δεδομένων του 1265 περιπτώσεις και 5190 ελέγχους (P = 0,71). Τα αποτελέσματα δείχνουν ότι οι κοινές γενετικές παραλλαγές μέσα στα γονίδια συμπαράγοντας ER είναι απίθανο να διαδραματίσει σημαντικό ρόλο στην κίνδυνο καρκίνου του ενδομητρίου σε ευρωπαϊκό πληθυσμό

Παράθεση:. Li Υ, Χαμηλή HQ, Foo JN, Darabi Η, Einarsdόttir Κ, Humphreys Κ, et al. (2012) γενετικές παραλλαγές στο ER συμπαράγοντα Γονίδια και του ενδομητρίου κίνδυνο καρκίνου. PLoS ONE 7 (8): e42445. doi: 10.1371 /journal.pone.0042445

Επιμέλεια: Chunyan Εκείνος, Πανεπιστήμιο της Ιντιάνα, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 12, Μάρ του 2012? Αποδεκτές: 6, Ιουλίου, 2012? Δημοσιεύθηκε: δεύτερης Αυγούστου του 2012

Copyright: © Li et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η ανακάλυψη σύνολο δεδομένων υποστηρίχθηκε από τη χρηματοδότηση από την αμερικανική Αντικαρκινική Εταιρεία, Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας, Υπουργείο άμυνας, σουηδική Αντικαρκινική Εταιρεία, σουηδικό Συμβούλιο Έρευνας και τον Οργανισμό για την Επιστήμη, την Τεχνολογία και Έρευνας της Σιγκαπούρης (A * STAR). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου. Το σύνολο δεδομένων επικύρωσης χρηματοδοτήθηκε ως εξής: ANECS πρόσληψη υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις του έργου από το Εθνικό Ερευνητικό Συμβούλιο Υγείας και Ιατρικής της Αυστραλίας (ID # 339435), τα καρκινικά Συμβούλιο Queensland (ID # 4196615) και του καρκίνου του Συμβουλίου Τασμανία (ID # 403031 και το ID # 457636). στρατολόγησης Αναζήτηση χρηματοδοτήθηκε από μια επιχορήγηση του προγράμματος από το Cancer Research UK [C490 /A10124]. Περίπτωση του γονότυπου υποστηρίχθηκε από το Εθνικό Σύστημα Υγείας και του Συμβουλίου Ιατρικής Έρευνας (ID # 552402). στοιχεία ελέγχου που παράγονται από το Wellcome Trust υπόθεση Κοινοπραξία Ελέγχου (WTCCC) 2, και ένα πλήρη κατάλογο των ερευνητών που συνέβαλαν στη δημιουργία των δεδομένων είναι διαθέσιμα από την ιστοσελίδα WTCCC. Οι συγγραφείς αναγνωρίζουν τη χρήση του DNA από το βρετανικό 1958 συλλογή κλάση γεννήσεων, που χρηματοδοτείται από το G0000934 επιχορήγηση Ιατρικό Συμβούλιο Έρευνας και το Wellcome Trust χορηγήσει 068.545 /Z /02. Η χρηματοδότηση για το έργο αυτό δόθηκε από το Wellcome Trust στο πλαίσιο ανάθεσης 085475. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι συγγραφείς έχουν δήλωσε ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα.

Εισαγωγή

καρκίνος του ενδομητρίου είναι η πιο κοινή γυναικολογικό καρκίνο στις δυτικές χώρες και η συχνότητά του αυξάνεται [1]. Βιολογικές, κλινικές και επιδημιολογικές μελέτες έχουν δείξει ότι ομόφωνα οιστρογόνο διεγείρει τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων και επάγει την ανάπτυξη καρκινώματος του καρκίνου [2] του ενδομητρίου, [3]. Τα οιστρογόνα παίζει το ρόλο της στην ενδομητρίου ανάπτυξης του καρκίνου μέσω του υποδοχέα οιστρογόνου με την προώθηση διμερισμό και μετατόπιση του προς τον πυρήνα, όπου ρυθμίζει την έκφραση των οιστρογόνων γονιδίων που αποκρίνονται [4].

Η αποτελεσματική ρύθμιση μεταγραφής από τον υποδοχέα οιστρογόνου απαιτεί ο συμμετοχή μιας κατηγορίας πρωτεϊνών που είναι γνωστές ως coregulators πυρηνικών υποδοχέων, που αποτελούνται από συνενεργοποιητές και συγκαταστολείς [5], [6]. Αυτές coregulators παίζουν ένα σημαντικό ρόλο σε μία ποικιλία ανθρώπινων ασθενειών, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου και ορισμένων μεταβολικών διαταραχών [7]. συνενεργοποιητές πυρηνικού υποδοχέα είναι περιοριστικό του ρυθμού σε στεροειδών μεταγραφής γονιδίου με τη μεσολάβηση υποδοχέων [8] – [10] και έχουν την ικανότητα να αντιστραφεί η squelching της μεταγραφικής δραστικότητας ενός στεροειδούς υποδοχέα με ένα άλλο [9]. Εκτός από τη λειτουργία του ως γέφυρα μεταξύ των υποδοχέων και του γενικού μεταγραφικό μηχανισμό, συνενεργοποιητές πυρηνικού υποδοχέα δρουν ως σύμπλοκα συμπαράγοντας επηρεάζουν ρύθμιση της μεταγραφής του υποδοχέα μέσω μιας ποικιλίας μηχανισμών, συμπεριλαμβανομένης φωσφορυλίωσης, ακετυλίωση, μεθυλίωση, RNA splicing και χρωματίνης αναδιαμόρφωση [10], [11 ].

Μία οικογένεια συνενεργοποιητές, η οικογένεια P160 είναι γνωστό να δεσμεύονται άμεσα με τους υποδοχείς οιστρογόνων ορμονών που ενεργοποιούνται και να προσλαμβάνουν δευτερεύουσα συνενεργοποιητές [12], [13], όπου η

CREBBP

και η

CARM1

αποτελούν ένα πεδίο αλληλεπίδρασης που επικαλύπτει φυσικά με τις σχετικές κινητές τομείς ενεργοποίηση των μελών της οικογένειας P160 [14]. Επιπλέον, αναφέρεται ότι ένα τριμερές σύμπλοκο που σχηματίζεται από

NCOA2

,

CARM1

και

EP300

ή

CREBBP

θα μπορούσε να ενισχύσει τη λειτουργία των υποδοχέων οιστρογόνων (ER) σε έναν τρόπο επαύξηση [15].

Ενώ η κοινή γενετική παραλλαγή μέσα στα γονίδια σχετίζονται με τις ορμόνες [16], [17] και η οδός του μεταβολισμού των οιστρογόνων [18] έχει αποδειχθεί ότι σχετίζεται με τον κίνδυνο καρκίνου του ενδομητρίου, η γενετική παραλλαγή των γονιδίων ER συμπαράγοντας, εξ όσων γνωρίζουμε, δεν έχει εξεταστεί προσεκτικά για τη συμμετοχή τους στην ανάπτυξη του καρκίνου του ενδομητρίου.

στην παρούσα εργασία, με στόχο να πραγματοποιήσει μια ολοκληρωμένη μελέτη σύνδεσης του πολυμορφισμούς εντός των γονιδίων ER συμπαράγοντας με κίνδυνο καρκίνου του ενδομητρίου. Έχουμε πραγματοποίησε τη μελέτη ανακάλυψη σε ένα ενδομητρίου δείγμα καρκίνου με βάση τον πληθυσμό των μετεμμηνοπαυσιακών γυναικών σουηδική και πραγματοποιείται ανάλυση επικύρωσης σε ένα ανεξάρτητο ευρωπαϊκό σύνολο δεδομένων.

Αποτελέσματα

Discovery Ανάλυση

συνολικά 564 περιπτώσεις και 1.510 μάρτυρες συμπεριλήφθηκαν στην ανάλυση ανακάλυψη (Πίνακας 1). Όλες οι περιπτώσεις και οι έλεγχοι ήταν μετεμμηνοπαυσιακές γυναίκες σουηδική. Εμείς γονότυπος επιτυχώς 685 SNPs ετικέτα εντός των 60 γονιδίων ER συμπαράγοντα, η οποία μπορεί να συλλάβει 2410 κοινή SNPs (MAF & gt? 5%) με κάλυψη 91% κατά μέσο όρο (r

2 & gt? 0,8), σύμφωνα με τη βάση δεδομένων HapMap. Από αυτά, τα 51 γονίδια είχαν κάλυψη πάνω από 80%. Λεπτομέρειες της αξιολόγησης κάλυψης SNP συνοψίζεται στον Πίνακα S1. Επιπλέον, έχουμε εκ νέου αξιολόγησε την κάλυψη του ίδιου συνόλου των SNPs ετικέτας σε παραλλαγές MAF & gt? 5% στη βάση δεδομένων του έργου 1000 γονιδιωμάτων, η οποία είναι μια ενημερωμένη και πιο περιεκτικό κατάλογο της ανθρώπινης παραλλαγής γονιδιώματος. Η μέση κάλυψη μειώθηκε σε 64% και 19 γονίδια είχαν κάλυψη πάνω από 80%. Ωστόσο, με r

2 & gt?. 0.8, 5084 SNPs είχαν συλληφθεί μεταξύ 7141 SNPs στα 60 γονίδια

Η

Από τις 685 SNPs ετικέτα αναλύονται, ονομαστικές τιμές Ρ μικρότερη από 0,05 αποτελέσματα για 42 SNPs (6,13%). Το οικόπεδο Q-Q των παρατηρούμενων ρ-τιμές από τις δοκιμές σύνδεσης φαίνεται στο Σχήμα 1, όπου γονιδιωματική παράγοντας φούσκωμα ελέγχου είναι 1.058, χωρίς σαφείς ενδείξεις απόκλισης από την μηδενική. Η πιο σημαντική συσχέτιση παρατηρήθηκε σε SNP rs130052 (MAF = 0,13) μέσα στο

CREBBP

γονιδίου (λόγος πιθανοτήτων (OR) = 1.41 (95% CI 1,16 – 1,72), προσαρμοσμένη στην ηλικία P = 0,002). Οι ΕΑΠ με ​​ή χωρίς την ηλικία προσαρμογή ήταν παρόμοια. Δεν P-τιμές των επιμέρους SNPs θα μπορούσε, ωστόσο, να επιβιώσει η διόρθωση Bonferroni για πολλαπλές δοκιμές.

Η

Εμείς αξιολογηθεί περαιτέρω η σύνδεση των γενετικών παραλλαγών μέσα σε κάθε γονίδιο ER συμπαράγοντας με τη διεξαγωγή ανάλυσης πολλαπλών παραλλαγή ένωση μέσω της μέγιστης πιθανότητας (AML) δοκιμή πρόσμειξη, για να παρέχει ένα γονίδιο που βασίζεται τιμή Ρ (Πίνακας S3). Βρήκαμε τις ενώσεις των τεσσάρων γονιδίων,

CREBBP

(P = 0,017),

NEDD4

(P = 0,030),

NCOA2

(P = 0.037) και

NR0B1

(P = 0,031) με ονομαστικές τιμές P & lt? 0,05 (Πίνακας 2). Ωστόσο, μετά από διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές, καμία από τις ενώσεις παρέμεινε σημαντικά συνδέεται με κίνδυνο καρκίνου του ενδομητρίου.

Η

Εν όψει των γονιδίων συμπαράγοντα ER παίζουν τους ρόλους τους με συμπλέγματα πρωτεϊνών, ερευνήσαμε οι ενώσεις των πέντε ER συγκροτήματα συμπαράγοντα που χρησιμοποιούν AML, δηλαδή το P160 οικογένεια που σχετίζονται με ακετυλίωση των ιστονών & amp? συγκροτήματα μεθυλίωσης (που περιέχει

CARM1

,

PRMT1

,

CREBBP

,

EP300

,

NCOA1

,

NCOA2

και

NCOA3

)? Το συγκρότημα επεξεργασίας RNA (

PPARGC1A

,

PPARGC1B

και

SRA

)? Το συγκρότημα πρόσληψη Pol II (

MED13

και

PBP

)? Ο συνδέτης-εξαρτώμενη συγκαταστολείς (

NRIP1

και

LCoR

) και η αποακετυλασών ιστόνης συγκρότημα (

HDAC7

και

NCoR1

). Μεταξύ των πέντε συγκροτήματα, η σχετική οικογένεια P160 συγκρότημα ακετυλίωση των ιστονών και της μεθυλίωσης έδειξαν συσχέτιση (P

συνολικής = 0,023), αλλά η ένωση δεν θα μπορούσε να επιβιώσει η διόρθωση για τη δοκιμή πέντε ανεξάρτητες συγκρότημα ομάδες (P

συνολικής = 0,115) ( Πίνακας 3)

η

Όπως τα τρία επιμέρους P160 ακετυλίωση των ιστονών & amp.? συγκροτήματα μεθυλίωση (

NCOA1

,

NCOA2

και

NCOA3

) παίζουν ένα διακριτό ρόλο στη ρύθμιση της μεταγραφής, ερευνήσαμε περαιτέρω τις ενώσεις αυτών των υπο-συγκροτήματα, χρησιμοποιώντας το τεστ AML . Ενώ η

NCOA1

και

NCOA3

υπο-συγκροτήματα δεν έδειξε συσχέτιση, το

NCOA2

υπο-συγκρότημα έδειξε μια σημαντική συσχέτιση (P

συνολικής = 0,011) ( Πίνακας 4), η οποία παρέμεινε σημαντική μετά από διόρθωση για τη δοκιμή τρεις υπο-συγκροτήματα (P

συνολικής = 0,033).

η

Επικύρωση Ανάλυση Χρησιμοποιώντας μία in silico Replication Ορισμός

Αν και η αθροιστική γενετικές παραλλαγές στο συγκρότημα της οικογένειας P160 δεν ήταν σημαντική μετά από πολλαπλές προσαρμογές, η περαιτέρω υπο

–

σύνθετη ανάλυση μπορεί να υποδείξει την πηγή του σήματος που βρίσκεται στο

NCOA2

υπο-συγκρότημα. Ως εκ τούτου, προσπαθήσαμε να επικυρώσει το αποτέλεσμα σε έναν ανεξάρτητο ευρωπαϊκό σύνολο δεδομένων του 1265 ενδομητρίου περιπτώσεων καρκίνου και 5190 ελέγχους για τις οποίες υπάρχουν στοιχεία GWAS του γονότυπου [19]. Εμείς εξάγεται SNPs από τον πίνακα συστοιχία Illumina Infinium 610K βρίσκονται εντός 5 kb πλευρίζουν τα πέντε γονίδια της υπο-συγκρότημα. Συνολικά, ταυτοποιήθηκαν 65 SNPs και 53 SNPs περάσει τον έλεγχο της ποιότητας (Πίνακας S4). Η κάλυψη των κοινών SNPs ήταν 96% στο

NCOA2

, 86% στο

CREBBP

, 80% στο

CARM1

, 50% στο

EP300

και 20% στο

PRMT1

(Πίνακας S5). Η δοκιμή AML εφαρμόστηκε σε κάθε ένα από τα πέντε γονίδια και το σύνολο υπο-συγκρότημα (Πίνακας 5), αλλά κανένα από αυτά δεν έδειξε σημαντική συσχέτιση (Ρ = 0,71 για το υπο-συγκρότημα).

Η

Η επαρκή γονότυπος SNPs και υψηλή κάλυψη μας επέτρεψε να εκτελέσει την ανάλυση καταλογισμό στα δύο γονίδια,

NCOA2

και

CREBBP

τόσο στο σουηδικό και τα ευρωπαϊκά δείγματα. Συνολικά 19 SNPs στο

CREBBP

και 270 SNPs στο

NCOA2

μοιράστηκαν μεταξύ των δύο συνόλων δεδομένων. Πραγματοποιήσαμε μετα-ανάλυση των αποτελεσμάτων για τα SNPs μεταξύ των δύο συνόλων δεδομένων. Ωστόσο, δεν SNP βρέθηκε να σχετίζεται σημαντικά με τον κίνδυνο καρκίνου του ενδομητρίου (Πίνακας 6 και Πίνακας S6).

Η

Συζήτηση

Για τις γνώσεις μας, αυτή είναι η πρώτη ολοκληρωμένη ανάλυση της σύνδεσης μεταξύ των πολυμορφισμών των γονιδίων συμπαράγοντα ER και κίνδυνο καρκίνου του ενδομητρίου. Δεν βρήκαμε σημαντική συσχέτιση μεταξύ ενιαίο SNPs ή μεμονωμένων γονιδίων που σχετίζονται με τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου του ενδομητρίου. Παρά το γεγονός ότι η γενετική παραλλαγή του

NCOA2

συγκρότημα στο σύνολό του είναι οριακά σχετίζεται με τον κίνδυνο καρκίνου του ενδομητρίου στο σουηδικό πληθυσμό, δεν καταφέραμε να επικυρώσει αυτή τη διαπίστωση σε μια ανεξάρτητη μελέτη των θεμάτων της ευρωπαϊκής καταγωγής.

Perissi και Rosenfeld [13] περιγράφεται ένα τεράστιο αριθμό των coregulator-συγκροτήματα που ασχολούνται με ER μεσολάβηση μεταγραφική ρύθμιση με διάφορες λειτουργίες και ενζυματικές δραστηριότητες. Μια μελέτη που πραγματοποιήθηκε από το Lee και οι συνεργάτες του απέδειξαν ότι

NCOA2

,

CARM1

και

EP300

ή

CREBBP

σχηματίζουν ένα τριαδικό σύμπλεγμα που θα μπορούσαν να ενισχύσουν τον υποδοχέα οιστρογόνων ( ER) σε ένα συνεργικό τρόπο [15]. Αν και η ανάλυση ανακάλυψη στη μελέτη μας κατέδειξε με οριακή σημασία ότι οι σωρευτικές επιπτώσεις των πολλαπλών παραλλαγών του

NCOA2

συγκρότημα μπορεί να έχει μια συμβολή στον κίνδυνο καρκίνου του ενδομητρίου, η ένωση απέτυχε να αναπαραχθεί σε ένα ανεξάρτητο δείγμα.

έχει αναφερθεί [20], [21], ότι οι ER συνενεργοποιητές συνηθέστερα εκφράζεται σε ER-θετικό καρκίνο του ενδομητρίου ή καλά διαφοροποιημένο, σχετίζονται με τις ορμόνες καρκίνου του ενδομητρίου παρά ER-αρνητικό καρκίνο του ενδομητρίου. Συνεπώς, είναι πιθανόν ότι οι συμπαράγοντες ER ρυθμίζουν δέσμευση στους υποδοχείς οιστρογόνου στον καρκίνο του ενδομητρίου ER-θετικός οιστρογόνων. Δυστυχώς, δεν ήταν σε θέση να εκτελέσει την ανάλυση υπο-ομάδας λόγω του περιορισμού του μεγέθους του δείγματος και ER ανεπάρκεια πληροφορίες κατάστασης. Ως

NCOA2

συγκρότημα αποτελείται από 5 γονίδια (

NCOA2

,

CARM1

,

CREBBP

,

PRMT1

και

EP300)

και η κάλυψη των κοινών SNPs είναι χαμηλό (50% το

EP300

και 20% σε

PRMT1

) στα δείγματα επικύρωσης, δεν ήμασταν σε θέση να καταλογίσει τις SNPs που αναλύθηκαν στη μελέτη ανακάλυψη. Την ηλικία και άλλους παράγοντες κινδύνου θα μπορούσαν να επηρεάσουν τα αποτελέσματα, αλλά δυστυχώς, δεν μπορέσαμε να εκτελέσει προσαρμογή, λόγω της έλλειψης πληροφοριών στη μελέτη επικύρωσης.

διαστρωμάτωση του πληθυσμού είναι ένα σημαντικό ζήτημα για τη μελέτη της γενετικής σύνδεσης. Για τα δεδομένα επικύρωσης αυτής της μελέτης, όλοι οι έλεγχοι ήταν από το Ηνωμένο Βασίλειο και είχαν εξεταστεί προσεκτικά για να αποκλείσει οποιαδήποτε θέματα της μη ευρωπαϊκής καταγωγής [22]. Όλες οι περιπτώσεις ήταν από την Αυστραλία και ήταν επίσης της ευρωπαϊκής καταγωγής. Ως εκ τούτου, οι έλεγχοι και οι περιπτώσεις έχουν την ίδια εθνοτική καταγωγή. Επιπλέον, αυτή η σύνολο δεδομένων έχει χρησιμοποιηθεί σε ένα προηγουμένως δημοσιευθεί GWAS ανάλυση [19], όπου η ανάλυση έδειξε ότι η PCA πληθυσμός διαστρωμάτωση είναι αμελητέα. Σταθερά, ο λ

αξία GC με τα αποτελέσματα γονιδιώματος σε επίπεδο είναι πολύ μικρή (1,04). Στο σύνολό τους, αυτά τα αποτελέσματα έδειξαν ότι οι περιπτώσεις και οι έλεγχοι του συνόλου δεδομένων επικύρωσης που χρησιμοποιείται στην παρούσα μελέτη ήταν καλά συμφωνημένα γενετικά, καθώς και τα αποτελέσματα της γενετικής σύνδεσης της παρούσας μελέτης δεν θα πρέπει να υποστούν τις αρνητικές επιπτώσεις της διαστρωμάτωσης του πληθυσμού.

Η τρέχουσα μελέτη παρείχε μια ολοκληρωμένη ανάλυση των κοινών γενετικών παραλλαγών στα γονίδια ER συμπαράγοντα. Κατ ‘αρχάς, ο μεγάλος αριθμός των SNPs ετικέτας καλύπτονται κατά μέσο όρο 91% της κοινής διακύμανσης (MAF & gt? 5%) εντός των 60 υποψήφια γονίδια που βασίζονται σε δεδομένα HapMap CEU (NCBI36) (Πίνακας S1). Η μέση κάλυψη μειώθηκε σε 64% με βάση τα στοιχεία 1000Genomes CEU (NCBI37), αλλά ο αριθμός των συλληφθέντων SNPs αυξήθηκε από 2585 έως 5084. ανάλυση Καταλογισμός πραγματοποιήθηκε στα δείγματα ανακάλυψη και επικύρωσης για να αξιολογούν επιπλέον untyped SNPs και να διασφαλιστεί ότι το ίδιο σύνολο των πολυμορφισμών αναλύθηκαν στα δείγματα ανακάλυψη και την αντιγραφή. Με ένα συνολικό μέγεθος δείγματος 1829 περιπτώσεις και 6700 ελέγχους, η μελέτη μας είχε μια συνολική δύναμη του 85% σε επίπεδο σημαντικότητας 0,05 για να ανιχνεύσει μια αιτιώδη αλληλόμορφο με MAF πάνω από 0,1 και άνω 1.2 για τον καρκίνο του ενδομητρίου. Ωστόσο, δεν έχουμε βρει κανένα στοιχείο του συνεταιρίζεσθαι, παρά το γεγονός ότι η ένωση αξιολογήθηκε με τη χρήση μεμονωμένων SNP, τα γονίδια ή πολύπλοκες συμπαράγοντας δοκιμές που βασίζονται ER. Ως εκ τούτου, η μελέτη μας έδειξε ότι οι κοινοί πολυμορφισμοί στο πλαίσιο αυτών των γονιδίων είναι απίθανο να παίζουν σημαντικό ρόλο στη συνολική κίνδυνο καρκίνου του ενδομητρίου σε ευρωπαϊκό πληθυσμό. Ωστόσο, δεν θα μπορούσαμε να αποκλείσουμε την πιθανότητα ότι ορισμένοι SNPs θα μπορούσαν να συνδέονται με το ενδομήτριο επιβίωση του καρκίνου. Περαιτέρω μελέτες θα χρειαστούν για να εξετάσει αν η κοινή παραλλαγές με ασθενέστερη ισχύ ή σπάνιες παραλλαγές μέσα σε αυτά τα γονίδια μπορεί να παίζουν ρόλο στον επηρεασμό κίνδυνο καρκίνου του ενδομητρίου και την επιβίωση.

Υλικά και Μέθοδοι

Δήλωση Ηθικής

Αυτή η μελέτη εγκρίθηκε από την Institutional Review Boards στη Σουηδία και το Εθνικό Πανεπιστήμιο της Σιγκαπούρης, το Εθνικό Σύστημα Υγείας και Ιατρικής Έρευνας του Συμβουλίου της Αυστραλίας και το Wellcome Trust υπόθεση Ελέγχου Κοινοπραξία του Ηνωμένου Βασιλείου. Οι ασθενείς σε αυτό το χειρόγραφο έχουν δώσει γραπτή συγκατάθεση για τη δημοσίευση των στοιχείων υπόθεσή τους.

Πληθυσμός μελέτης και DNA Extraction

σουηδικού πληθυσμού.

Ο Πίνακας 1 συνοψίζει την προέλευση, και αριθμοί των περιπτώσεων και ελέγχων που χρησιμοποιούνται σε αυτή τη μελέτη. Θέματα ήταν από δύο ανεξάρτητους πληθυσμούς από τη Σουηδία και το σύνολο του δείγματος στάδιο 1 της μια πρόσφατα δημοσιευμένη καρκίνο του ενδομητρίου GWAS [19]. Οι λεπτομέρειες της σουηδικής διαδικασίας επιλογής πληθυσμός για την παρούσα μελέτη έχουν δημοσιευθεί νωρίτερα [23], [24]. Εν συντομία, 564 όλων ενδομητρίου περιπτώσεων καρκίνου μεταξύ των γυναικών 50-74 ετών εντοπίστηκαν μέσω των εθνικής εμβέλειας μητρώα καρκίνου στη Σουηδία μεταξύ 1994 και 1995. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, 1510 συνδυάζεται με την ηλικία της συχνότητας των ελέγχων επιλέχθηκαν τυχαία από το Σουηδικό Μητρώο του συνολικού πληθυσμού. Όλες οι περιπτώσεις και τους ελέγχους χωρίς προηγούμενη κακοήθεια στρατολογήθηκαν στην μελέτη. Μόνο οι γυναίκες με άθικτη μήτρα θεωρήθηκαν ως επιλέξιμες οι έλεγχοι. Όλες οι επιλέξιμες θέματα παρέχονται πληροφορίες παράγοντα κινδύνου όπως η ηλικία, το αναπαραγωγικό ιστορικό και ο δείκτης μάζας σώματος (Πίνακας S2), που λήφθηκαν μέσω ερωτηματολογίων.

Στο silico

σύνολο δεδομένων επικύρωσης.

επικύρωση των δεδομένων μας αντλήθηκαν από την πρώτη φάση της GWAS του καρκίνου του ενδομητρίου, λεπτομερώς αλλού [19]. Εν ολίγοις, οι περιπτώσεις στάδιο 1 ήταν πρωτογενούς υποτύπου ενδομητριοειδές ασθενείς με καρκίνο του ενδομητρίου εκθέσεων ευρωπαϊκή καταγωγή από την Αυστραλία (το Αυστραλιανό Εθνικό ενδομητρίου Μελέτης του Καρκίνου (ANECS)) και το Ηνωμένο Βασίλειο (μελέτες Επιδημιολογίας και παράγοντες κινδύνου για τον καρκίνο κληρονομικότητα (SEARCH) Στάδιο 1 έλεγχοι ήταν γονότυπος ως μέρος του Wellcome Trust υπόθεση Κοινοπραξία Ελέγχου (WTCCC) από την Αγγλία, και περιελάμβανε 2.694 έλεγχοι από την Cohort 1958 Γέννηση (1958BC) (μελέτη βασισμένη στον πληθυσμό στο Ηνωμένο Βασίλειο των ατόμων που γεννήθηκαν σε 1 εβδομάδα το 1958) και 2.496 ελέγχους προσδιορίζονται μέσω της Εθνικής Υπηρεσίας του Ηνωμένου Βασιλείου αίματος (NBS) [22]. πληροφορίες επιδημιολογικών παραγόντων κινδύνου των θεμάτων υπόθεση από ANECS και αναζητήστε συλλέχθηκαν με χρήση των αντίστοιχων ερωτηματολογίων από τις δύο μελέτες. Ωστόσο, αυτή η πληροφορία δεν ήταν διαθέσιμη για την παρούσα μελέτη.

Για τα δείγματα ανακάλυψη και την επικύρωση, βιο-δείγμα συλλέχθηκαν με χρήση των γραπτών διαδικασιών ενημερώνεται-συγκατάθεση εγκριθεί από τις αντίστοιχες θεσμικές συμβούλια επανεξέταση.

υποψήφιο γονίδιο, Tagging SNP επιλογής και Γονοτυπικές

Οι λεπτομέρειες των γονιδίων συμπαράγοντα ER και ετικέτα επιλογή SNP έχουν περιγραφεί προηγουμένως [25]. Εν συντομία, οι επιλογές γονίδιο βασίστηκαν στα κριτήρια που το γονίδιο θα πρέπει να κωδικοποιεί ένα ER συμπαράγοντα πρωτεΐνη. Εμείς επιλέξαμε SNPs ετικέτα μέσα στα 60 υποψήφια γονίδια με βάση τα στοιχεία HapMap CEU (Σχετ # 22 /φάσης ΙΙ Apr07, για τη συναρμολόγηση NCBI B36, dbSNP B126). Χρησιμοποιώντας μια κατά ζεύγη προσέγγιση tagging SNP με r

2 & gt? 0,8 σε Haploview [26] (Έκδοση 4), επιλέχθηκαν 806 tagging SNPs με MAF πάνω 0,05 εντός ιντρονίων, εξώνια και το 5 περιοχή Kb πλευρικές του κάθε γονιδίου. Συνολικά 790 tagSNPs όλη 60 γονίδια επιτυχώς σχεδιαστεί και ο γονότυπος σε όλες τις διαθέσιμες δείγματα DNA από τις περιπτώσεις και τους ελέγχους με τη Δοκιμασία Illumina GoldenGate ακολουθώντας τις οδηγίες των κατασκευαστών. Μεταξύ αυτών, 105 SNPs είχαν αποκλειστεί βάσει των 81 SNPs που έχει ένα ποσοστό κλήσεων μικρότερη από 0,96, 6 SNPs αποτυχία μια δοκιμή Hardy-Weinberg Ισορροπίας (P & lt? (0.05 /685)) και 18 SNPs που έχουν MAF & lt? 0,01. Τέλος, 685 tagSNPs συμπεριλήφθηκαν στη στατιστική ανάλυση. Γονοτυπική αναπαρήχθη στο 2% των δειγμάτων και δεν υπήρχε συσχετισμός & gt?. 99% μεταξύ των διπλών δειγμάτων, γεγονός που υποδηλώνει υψηλή ακρίβεια του γονότυπου

Για την ανάλυση της επικύρωσης, η SNPs στο γονίδιο

NCOA2

,

CREBBP

,

PRMT1

,

EP300

και

CARM1

αντλήθηκαν από τον πίνακα 610 K με βάση τη φυσική θέση των 5 πλευρό kb του συγκεκριμένου γονιδίου περιοχές. Οι λεπτομέρειες της γονοτύπησης έχουν περιγραφεί προηγουμένως [19]. Εν συντομία, περιπτώσεις ο γονότυπος με Illumina Infinium 610 σειρά Κ και έλεγχοι γονότυπος χρησιμοποιώντας ένα Illumina Infinium 1.2 Μ array (Πίνακας 1). Τα ακόλουθα κριτήρια χρησιμοποιήθηκαν για φιλτράρισμα SNP: καλέστε ποσοστό ≥95%, αν MAF ≥5% (ή καλέστε το ποσοστό ≥99% αν MAF & lt? 5%), HWE P & gt? 10

-12 (περιπτώσεις) (ή HWE P & gt ? 10

-7 και αν δεν υπάρχει καμία διαφορά με τις ομάδες ελέγχου) και P & lt? 10

-6 (έλεγχοι). Το αντίγραφο συμφωνία ήταν πάνω από 99,9%. Περιπτώσεις και οι έλεγχοι περιορίζονται στα ακόλουθα κριτήρια: το φύλο όλων των δειγμάτων επιβεβαιώθηκε να είναι θηλυκά? η ταυτότητα κατά την κάθοδο ανάλυση με βάση την ταυτότητα-από-κρατική διεξήχθη για την ανίχνευση αινιγματική σχέσεις πρώτου βαθμού? η αρχή ανάλυση στοιχείων (PCA) χρησιμοποιήθηκε για την απομάκρυνση του μη-ευρωπαϊκή καταγωγή και όλα τα δείγματα με χαμηλή ή υψηλή ετεροζυγωτία (& lt? 0,65 ή & gt? 0,68) ή ποσοστό & lt καλέσετε? 97% εξαιρέθηκαν. Συνολικά 1265 περιπτώσεις και 5190 ελέγχους χρησιμοποιήθηκαν για ανάλυση.

Στατιστική Ανάλυση

Για να εκτιμηθεί η συσχέτιση του κινδύνου μεταξύ SNPs και κίνδυνο καρκίνου του ενδομητρίου, ανά αλληλόμορφο αναλογία πιθανοτήτων (OR) και 95% διαστήματα εμπιστοσύνης υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας ένα λογιστικής παλινδρόμησης τόσο σουηδικά και επικύρωση GWAS δεδομένων του γονότυπου. Η δοκιμή τάση Cochran-Armitage χρησιμοποιήθηκε για τον υπολογισμό των τιμών P. Δεδομένου ότι οι έλεγχοι ήταν νεότεροι από περιπτώσεις στη σουηδική μελέτη, η ηλικία κατά τη διάγνωση /εγγραφής (ως συνεχής μεταβλητή) συμπεριλήφθηκε για προσαρμογή. Χρησιμοποιήσαμε μια διόρθωση Bonferroni για την προσαρμογή για πολλαπλές δοκιμές (685 δοκιμές της ένωσης), αν και αυτό είναι συντηρητική ως όχι όλες τις δοκιμές είναι ανεξάρτητες. Δεδομένου ότι οι πληροφορίες σχετικά με την ηλικία ήταν απούσα από την προϋπόθεση δεδομένων GWAS, πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση un-προσαρμοσμένη για το σύνολο επικύρωσης.

Γενικά στοιχεία σύνδεσης μεταξύ των γενετικών παραλλαγών στο συγκρότημα ER συμπαράγοντα και κίνδυνο καρκίνου του ενδομητρίου αξιολογήθηκε με τη χρήση η μέθοδος πρόσμειξη μέγιστη Πιθανότητα (AML), η οποία περιγράφεται λεπτομερώς στο Tyrer et al [27] και σε προηγούμενη μελέτη μας [18]. Εν συντομία, το λογισμικό για τη δοκιμή AML αξιολογεί τη σημασία πείραμα-σοφός, εξετάζοντας την εμπειρική κατανομή των μεμονωμένων στατιστικών τεστ δείκτη βασίζεται σε ένα τεστ «αναλογία ψευδο-πιθανότητας», συγκρίνοντας την αναλογία των αξιών των βελτιστοποιημένων πιθανοτήτων σύμφωνα με τις άκυρες και εναλλακτικές υποθέσεις για τις παρατηρούμενες δεδομένων, με τις αντίστοιχες τιμές που λαμβάνονται από τα σύνολα δεδομένων με καθεστώς-μαρτύρων permuted τυχαία. Η μέθοδος βασίζεται στην τοποθέτηση ενός μοντέλου μείγμα με τη διανομή των στατιστικών δοκιμών, και έχει δύο συνιστώσες, μία εκπροσωπούν SNPs που είναι ανεξάρτητες από το καθεστώς case-control, οι άλλοι εκπροσωπούν SNPs που σχετίζονται με την κατάσταση ασθενών-μαρτύρων. Προκειμένου να διαπιστωθεί αν υπάρχει ένα σωρευτικό αποτέλεσμα από πολλαπλές παραλλαγές, τα στατιστικά στοιχεία της δοκιμής Cochran-Armitage για την συνδεδεμένων SNPs υποτίθεται ότι όλοι έχουν την ίδια μη κεντρικότητας τιμή παραμέτρου (chi-τετράγωνο). Η κοινή μέγεθος της επίδρασης των συνδεδεμένων SNPs μέσα στο συγκρότημα Εκτιμάται επίσης μέσω της παραμέτρου μη κεντρικότητας. Πραγματοποιήσαμε την παγκόσμια δοκιμή του συνδέσμου AML που βασίζονται για τα σύμπλοκα συμπαράγοντα 5 ER, 3 υπο-συγκροτημάτων και 60 γονιδίων ER συμπαράγοντας ειδική ανάλυση στα σουηδικά ανάλυση, καθώς επίσης και για NCOA2 υπο-συγκρότημα στην ανάλυση των δεδομένων επικύρωσης. Αυτή η δοκιμή αξιολογεί τη σημασία πείραμα-σοφός, εξετάζοντας την εμπειρική κατανομή των στατιστικών τεστ και μόνο δείκτη, προκειμένου να διαπιστωθεί αν υπάρχει ένα σωρευτικό αποτέλεσμα από πολλαπλές παραλλαγές.

Για την ανάλυση καταλογισμό

NCOA2

(CHR8: 71181 έως 71484 kbp) και

CREBBP

(Chr16: 3720-3875 kbp), που καταλόγισε τις δύο περιοχές στα δύο σύνολα δεδομένων: 2074 σουηδική δείγματα και 6455 δείγματα επικύρωσης, χρησιμοποιώντας γονότυπος SNPs, των οποίων οι γονότυποι περάσει όλες τις όρια QC (ποσοστό & gt καλέσετε? 90%, MAF & gt? 1%, HWE P & gt? 10

-6 στους ελέγχους). Καταλογισμό διεξήχθη με τη χρήση των δεδομένων από το 1000 γονιδιώματος [28], όπως πίνακα αναφοράς 0 και τα δεδομένα από το HapMap ΙΙΙ [29], όπως πίνακα αναφοράς 1 (στοιχεία CEU) σε μια ενιαία ανάλυση καταλογισμού, όπως συνιστάται από τους συντάκτες της Impute2. Τεκμαρτά γονότυπων με πιθανότητα λιγότερο από το 90% εξαιρέθηκαν? και SNPs με καταλόγισε πληροφορίες λιγότερο από 80%, MAF λιγότερο από 1%, HWE P & lt? 0,0001 σε ελέγχους και λείπει ποσοστό μεγαλύτερο από το 10% των γονότυπων έπεσαν από την περαιτέρω ανάλυση. δοκιμασία σύνδεσης διεξήχθη σε plink [29] με τη χρήση της δοκιμής Cochran-τάση Armitage για την ανάλυση της συσχέτισης γενότυπου-φαινότυπου σε αμφότερες τις μελέτες. Στην μετα-ανάλυση, η δοκιμή Cochran-Mantel-Haenszel εφαρμόστηκε για τη δοκιμή σύνδεσης γενότυπου-φαινότυπου στα συνδυασμένα δείγματα δια κατεργασίας των δύο επιμέρους δείγματα ως ανεξάρτητες μελέτες. Η δοκιμή Breslow-Day και η δοκιμή Q διεξήχθησαν για να αξιολογηθεί η σημασία της ετερογένειας μεταξύ των επιμέρους μελετών.

Συνδέσμου

SNP αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση του λογισμικού STATA έκδοση 8.0 (σταθμός StataCorp, Κολλέγιο, TX, USA). υπολογισμό ανισορροπίας σύνδεσης (LD) πραγματοποιήθηκε σε Haploview έκδοση 4.1 [26]. Η ανάλυση AML πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας ένα λογισμικό που λαμβάνονται από τους συντάκτες της μεθόδου [27]. Το λογισμικό Quanto έκδοση 1.2.3 χρησιμοποιήθηκε για την εκτίμηση της ισχύος [30]. Η καταλογίσει την έκδοση του λογισμικού 2 [31], [32] χρησιμοποιήθηκε για τον καταλογισμό των δεδομένων γονότυπο της untyped SNPs.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1. αξιολόγηση

Κάλυψη των κοινών παραλλαγή στα γονίδια συμπαράγοντα 60 ER

doi:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s001

(DOC)

Πίνακας S2.

Επιλεγμένα χαρακτηριστικά του δείγματος ανακάλυψη που στο σουηδικό πληθυσμό

doi:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s002

(DOC)

Πίνακα S3.

Gene-based test AML σε κίνδυνο καρκίνου του ενδομητρίου σε σουηδικού πληθυσμού

doi:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s003

(DOC)

Πίνακας S4. .

P-τιμές των 53 SNPs που εξάγεται από GWAS μετά την προσαρμογή PCA

doi: 10.1371 /journal.pone.0042445.s004

(DOC)

Πίνακας S5.

Κάλυψη σύγκριση των 5 NCOA2 υπο-συγκρότημα γονιδίων μεταξύ σουηδική μελέτη και ανάλυση GWAS

doi:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s005

(DOC)

Πίνακας S6.

Κοινόχρηστο καταλόγισε και ο γονότυπος SNPs σε δύο σουηδικά και GWAS ανάλυση σχετικά με NCOA2 και CREBBP γονίδια

doi:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s006

(DOC)

Ευχαριστίες

θα θέλαμε να ευχαριστήσουμε Heng Khai Κουν και Ong Eng Hu Jason για προσδιορισμό του γονότυπου, Frans Βέρχεφ για την επεξεργασία των δεδομένων του γονότυπου.

Είμαστε επίσης ευγνώμονες σε όλες τις γυναίκες που πήραν το χρόνο και την προσπάθεια να συμμετέχουν σε αυτή η μελέτη.

ANECS και αναζητήστε ευχαριστώ Penny Webb και η ερευνητική ομάδα ANECS, η εγγραφή της Ανατολικής Καρκίνο και Κέντρο Πληροφόρησης και η ερευνητική ομάδα SEARCH, τα πολυάριθμα όργανα και το προσωπικό τους που στήριξαν την πρόσληψη, και να αναγνωρίσουμε τη συμβολή του μας κλινικών και επιστημονικών συνεργατών και του προσωπικού τους. Δείτε https://www.anecs.org.au/for πλήρη κατάλογο του Ομίλου ANECS και άλλοι συνεισφέροντες να ANECS

ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ

συνεργάτες περιλαμβάνουν

:.

Caroline Baynes , Don Conroy, Μπρίτζετ Curzon, Patricia Harrington, Sue Irvine, Clare την Ιορδανία, Craig Luccarini, Rebecca Mayes, Hannah Munday, Barbara Perkins, Radka Πλατ, Anabel Simpson, Anne Stafford και Judy Δύση.