Αφηρημένο

Ιστορικό

Τα καρκινικά αντιγόνα-όρχεων (CTA) είναι πιθανοί στόχοι για την ανοσοθεραπεία του καρκίνου. Πολλά CTAs βρίσκεται στο χρωμόσωμα Χ και επιγενετικώς ρυθμίζονται. Απώλεια απενεργοποίηση Χ χρωμοσώματος (XCI) παρατηρείται σε καρκίνους μαστού και ωοθήκης και πιστεύεται ότι σχετίζεται με την υπερέκφραση του CTAs. Ερευνήσαμε τη σχέση μεταξύ της έκφρασης των CTAs και απώλεια XCI στον καρκίνο του ενδομητρίου.

Υλικά και Μέθοδοι

Χρησιμοποιήσαμε τα δεδομένα που παράγονται από τα καρκινικά Genome Atlas Γονιδιώματος Data Centers Ανάλυση και στοιχεία για

Xist

knockout ποντίκια διαθέσιμα στο γονιδιακής έκφρασης Omnibus.

Αποτελέσματα

το καθεστώς της XCI εκτιμήθηκε από την κατάσταση μεθυλίωσης, και τη διαγραφή ή το κέρδος του χρωμοσώματος Χ. Οι καρκίνοι του ενδομητρίου ταξινομούνται στις ακόλουθες τρεις ομάδες: κονσέρβες αδρανοποιημένο χρωμόσωμα Χ (XI) (n = 281), η μερική επανενεργοποίηση της Xi (n = 52), και δύο αντίγραφα του δραστικού ομάδα Χ (n = 38). Απώλεια XCI ήταν πιο συχνή σε ορώδες αδενοκαρκίνωμα. Έκφραση CTAs αυξήθηκε σε καρκίνο του ενδομητρίου με απώλεια XCI, που συνοδεύτηκε από την παγκόσμια υπομεθυλίωση. Έκφραση των CTAs δεν αυξήθηκε σε ποσοστό

Xist

knockout ποντικών.

Συμπεράσματα

Απώλεια XCI είναι κοινή σε ορώδες αδενοκαρκίνωμα. Παγκόσμια υπομεθυλίωση, και όχι την απώλεια του XCI, είναι ο κύριος μηχανισμός υπερέκφρασης CTAs

Παράθεση:. Kang J, Lee HJ, Ιουν SY, Πάρκο ES, Maeng Ls (2015) Έκφραση του Καρκίνου-Όρχεων αντιγόνου σε υδαρής καρκίνου του ενδομητρίου με την απώλεια του Χ χρωμόσωμα Αδρανοποίηση. PLoS ONE 10 (9): e0137476. doi: 10.1371 /journal.pone.0137476

Επιμέλεια: Riccardo Dolcetti, IRCCS Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, Ιταλία

Ελήφθη: May 10, 2015? Αποδεκτές: 17 του Αυγούστου του 2015? Δημοσιεύθηκε: 11η Σεπτεμβρίου, 2015

Copyright: © 2015 Kang et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Σχετικά στοιχεία είναι διαθέσιμες στο Figshare:. https://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.1518535

χρηματοδότηση:. Οι συγγραφείς δεν έχουν καμία υποστήριξη ή χρηματοδότηση για να αναφέρετε

Αντικρουόμενα συμφέροντα: Η συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα.

Εισαγωγή

Ο καρκίνος είναι ανοσογόνος. Τα καρκινικά κύτταρα εκφράζουν με παρεκκλίνοντα αντιγονικές πρωτεΐνες που συνήθως δεν εκφράζονται σε φυσιολογικά κύτταρα. Αυτές οι αντιγονικές πρωτεΐνες προκαλεί ανοσία καρκίνου. ανοσοθεραπεία του καρκίνου ενισχύει τον καρκίνο του ασυλίας [1, 2]. Τα καρκινικά αντιγόνα-όρχεων (CTA) είναι δυνητικοί στόχοι για ανοσοθεραπεία καρκίνου [3, 4]. CTAs είναι αντιγονικά, επειδή δεν εκφράζονται σε φυσιολογικά κύτταρα, εκτός από γεννητικά κύτταρα του όρχεως [5-10]. Πολλά CTAs βρίσκεται στο χρωμόσωμα Χ και επιγενετικώς ρυθμίζονται [11]. Παγκόσμια υπομεθυλίωση των καρκινικών κυττάρων προκαλεί την ανώμαλη έκφραση των CTAs σε καρκινικά κύτταρα [12, 13].

Γυναίκα έχουν δύο αντίγραφα των χρωμοσωμάτων Χ, ενώ οι άνδρες έχουν ένα. Για να αντισταθμιστεί το Χ χρωμόσωμα δοσολογία, ένα από τα δύο αντίγραφα των χρωμοσωμάτων Χ τυχαία αδρανοποιείται κατά την διάρκεια μιας διαδικασίας που ονομάζεται Χ χρωμόσωμα αδρανοποίηση (XCI) σε γυναίκες. XCI ξεκινά και διατηρείται από το Χ-ανενεργό συγκεκριμένη μεταγραφή (XIST), ένα 17 kilobase μη κωδικοποιητική RNA.

XIST

μεταγραφή παλτά τα ανενεργά χρωμοσώματα Χ (Xi). Η απώλεια XCI συμβαίνει σε καρκίνους ωοθηκών και του μαστού [14-17]. Πιστεύεται ότι αυτή η απώλεια αυξάνει δοσολογία Χ χρωμόσωμα και έκφραση των ογκογονιδίων που βρίσκεται στο χρωμόσωμα Χ [18]. Σε μια προηγούμενη μελέτη, δείξαμε ότι η απώλεια της XCI αυξημένη έκφραση του CTAs βρίσκεται στο Χ χρωμόσωμα (XCTAs), συμπεριλαμβανομένων Χ αντιγόνο μέλος της οικογένειας 3 (

XAGE3

) και η οικογένειά του αντιγόνου μελανώματος A4 (

MAGEA4

). Το αποτέλεσμα αυτό υποδεικνύει ότι η έκφραση της CTAs ρυθμίζεται όχι μόνο από την παγκόσμια υπομεθυλίωση, αλλά και από την απώλεια της XCI [15].

Απώλεια XCI εμφανίζεται σε υψηλής ποιότητας ορώδες αδενοκαρκίνωμα και βασική-όπως ο καρκίνος του μαστού των ωοθηκών [19] . Ορώδες αδενοκαρκίνωμα του ενδομητρίου μετοχών πολλά κλινικοπαθολογική χαρακτηριστικά και γονιδιωματικής αλλαγές με καρκίνους του μαστού των ωοθηκών και των βασικών-όπως. Καρκίνου του ενδομητρίου ταξινομείται σε ενδομητριοειδές αδενοκαρκίνωμα και ορώδες αδενοκαρκίνωμα [20]. Ενδομητριοειδές αδενοκαρκίνωμα συνδέεται με περίσσεια οιστρογόνων και του ενδομητρίου πολύποδα. Υδαρής αδενοκαρκίνωμα εμφανίζεται σε ηλικιωμένους ασθενείς και συχνά συνδέεται με ΤΡ53 μετάλλαξης και υψηλό βαθμό αριθμού αντιγράφων χρωμοσώματος παραλλαγές (CNV) [19].

Σε αυτή τη μελέτη, προσδιορίσαμε αν η απώλεια XCI συμβαίνει σε καρκίνο του ενδομητρίου της ορώδες τύπου και κατά πόσον αυτή η απώλεια οδηγεί σε αυξημένη έκφραση XCTA.

Υλικά και Μέθοδοι

Ο Καρκίνος γονιδιώματος Atlas (TCGA) δεδομένα

Χρησιμοποιήσαμε δεδομένων ανοικτού κώδικα που δημιουργείται από TCGA γονιδίωμα κέντρα ανάλυσης των δεδομένων [19]. Τα στοιχεία σχετικά με μεθυλίωση 450K είχαν κατεβάσει από την πύλη δεδομένων TCGA (https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaHome2.jsp). Στοιχεία σχετικά με CNV και την έκφραση του RNA είχαν κατεβάσει από την ιστοσελίδα Ευρεία κέντρο ανάλυσης του γονιδιώματος δεδομένων Firehose (https://gdac.broadinstitute.org/). Στοιχεία σχετικά με RNA έκφραση του

XIST

και κλινικά δεδομένα που συγκεντρώθηκαν με τη χρήση του πακέτου CGDS-R, το οποίο είναι ένα πακέτο R για την αναζήτηση του διακομιστή του καρκίνου Γονιδιωματική δεδομένων και φιλοξενείται από το Κέντρο Υπολογιστικής Βιολογίας στο Memorial-Sloan- Kettering, [21]. Οι τιμές βήτα για την κατάσταση μεθυλίωσης του DNA εκτιμήθηκαν χρησιμοποιώντας τις συστοιχίες Illumina Infinium Ανθρωπίνων μεθυλίωσης 450K. Η τιμή βήτα υπολογίστηκε ως εκτίμηση της αναλογίας των εντάσεων μεταξύ μεθυλιωμένων και μη μεθυλιωμένων αλληλίων. Κατάτμηση αριθμός αντιγράφων υπολογίσθηκε από log2 του λόγου της συνολικής έντασης του όγκου και κανονικού ιστού χρησιμοποιώντας Affymetrix SNP6.0. Κανονικοποιημένη RNA-Seq από μεγιστοποίησης προσδοκίας (RSEM) χρησιμοποιήθηκαν ως εκτίμηση για την έκφραση του mRNA [22]. Αναλυτικές πληροφορίες για τους ασθενείς και τις μεθόδους πειράματος έχουν περιγραφεί αλλού [19].

γονιδιακής έκφρασης δεδομένων Omnibus

Αναλύσαμε τα δεδομένα προφίλ γονιδιακής έκφρασης του

Xist

διαγράφονται τα κύτταρα του αίματος, συμπεριλαμβανομένων Β-λεμφοειδών, μυελοειδών, ερυθροειδών κυττάρων και αιμοποιητικών βλαστικών κυττάρων, των ποντικών με τη χρήση του συστήματος Cre /ΙοχΡ. Τα δεδομένα είχαν κατεβάσει από γονιδιακής έκφρασης ιστοσελίδα Omnibus (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/GDSbrowser?acc=GDS4755) [18]. Τα στοιχεία έκφρασης παρήχθησαν από συστοιχίες Affymetrix ποντικού Gene 1.0ST (Affimetrix). Οι λεπτομερείς πειραματικές μεθόδους που έχουν περιγραφεί αλλού [18].

Ηθική δήλωση

ιστών που χρησιμοποιούνται από TCGA συλλέχθηκαν μετά από έγκριση από τοπικά συμβούλια θεσμική αναθεώρηση (https://cancergenome.nih.gov/abouttcga /πολιτικές /informedconsent). Οι συγγραφείς της μελέτης ζωικών ιστών ειδικές

Xist

διαγραφή είχε λάβει έγκριση από την Επιτροπή Φροντίδας και Χρήσης Θεσμικών των ζώων [18].

TCGA μοριακό υπότυπο

TCGA ερευνητικό δίκτυο διαβαθμισμένες καρκίνο του ενδομητρίου σε τέσσερα μοριακά υποτύπους TCGA συμπεριλαμβανομένων των

POLE

(ultramutated), MSI (υπερμεταλλαχθούν), copy-χαμηλού αριθμού (ενδομητριοειδές) και αντιγράψτε-υψηλού αριθμού (ορώδες-όπως) [19].

POLE

υπότυπο ήταν ο καρκίνος του ενδομητρίου με υψηλή συχνότητα μετάλλαξης και έχει

POLE

εξωνουκλεάσης μεταλλάξεις. MSI υπότυπο ήταν ο καρκίνος του ενδομητρίου με υψηλή συχνότητα μετάλλαξης και αστάθεια μικροδορυφόρου (MSI) σε υψηλά επίπεδα. Αντιγραφή-χαμηλού αριθμού υπότυπο ήταν ο καρκίνος του ενδομητρίου με χαμηλό βαθμό CNV και ενδομητριοειδές ιστολογικό τύπο. Αντιγραφή-υψηλό αριθμό υπότυπο ήταν ο καρκίνος του ενδομητρίου με υψηλό βαθμό CNV και ορώδες ιστολογικό τύπο.

ανάλυση Ομαδοποίηση των Χ χρωμόσωμα μεθυλίωσης

Έχουμε επιλέξει 5441 ανιχνευτές σειρά μεθυλίωση που στοχεύουν CpG νησίδες στο χρωμόσωμα Χ . CpG νησιά είναι τα μεγάλα sites της μεθυλίωσης κατά τη διάρκεια XCI. Beta τιμές των επιλεγμένων ανιχνευτών αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας ιεραρχική συσταδοποίηση με πλήρη συσσωμάτωση. Η ομαδοποίηση έγινε χωριστά για κάθε ορώδες και του ενδομητρίου ιστολογικό τύπο. Έκφραση του

XIST

και την απώλεια του p ή q βραχίονα του χρωμοσώματος Χ αξιολογήθηκαν για να εκτιμηθεί η κατάσταση του Χ χρωμοσώματος αδρανοποίησης.

έκφραση της CTAs

Έχουμε επιλέξει 48 XCTAs και οκτώ CTAs βρίσκεται σε σωματικά χρωμοσώματα για την ανάλυση των δεδομένων TCGA. Σημαίνει RNA έκφραση του επιλεγμένου CTAs συγκρίθηκε σύμφωνα με TCGA μοριακό υπότυπο, ιστολογικό τύπο και την κατάσταση της XCI χρησιμοποιώντας το

t-test

ή ανάλυση διασποράς δοκιμής (ANOVA). Έχουμε επιλέξει 16 XCTAs (ανιχνευτές 20 array) για την ανάλυση των

Xist

knockout ποντικών. έκφραση μέση RNA συγκρίθηκε με ανάλυση ταινίας χάρτου. Η στατιστική ανάλυση δεν πραγματοποιήθηκε λόγω του μικρού μεγέθους του δείγματος. Τα ονόματα των επιλεγμένων CTAs εισήχθησαν (S1 κειμένου).

Η μεθυλίωση των σωματικών χρωμοσωμάτων για την αξιολόγηση της παγκόσμιας υπομεθυλίωση

Έχουμε επιλέξει 239905 μεθυλίωση ανιχνευτές σειρά που στοχεύουν CpG νησίδων σε σωματικά χρωμοσώματα. Σημαίνει βήτα τιμές των επιλεγμένων ανιχνευτές συγκρίθηκαν σύμφωνα με TCGA μοριακό υπότυπο, ιστολογικό τύπο και την κατάσταση της XCI χρησιμοποιώντας το

t-test

ή ANOVA test.

Κλινικά δεδομένα και την επιβίωση

τα χαρακτηριστικά των ασθενών και τα χαρακτηριστικά του όγκου συγκρίθηκαν ανάλογα με την κατάσταση της XCI. Η σημαντικότητα εκτιμάται χρησιμοποιώντας την ακριβή δοκιμή του Fisher για κατηγορικές μεταβλητές και δοκιμής ANOVA για τις συνεχείς μεταβλητές. μονοπαραγοντική ανάλυση επιβίωσης πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία log-rank. πολυπαραγοντική ανάλυση επιβίωσης πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας δοκιμές παλινδρόμησης Cox για την προσαρμογή για κλινικό στάδιο.

Αποτελέσματα

Ομαδοποίηση των Χ χρωμόσωμα μεθυλίωσης

Εμείς περιλαμβάνονται δύο ιστολογικών τύπων (ενδομητριοειδές και ορώδες) σε αυτή η μελέτη. Εμείς κατατάσσονται 276 ενδομητριοειδές και 95 ορώδες ενδομητρίου καρκινώματα σε έξι συστάδες σύμφωνα με το Χ χρωμόσωμα μεθυλίωση (Σχήμα 1Α). Η ιδιότητα του XCI των clusters χαρακτηρίστηκε με

XIST

έκφρασης και το χέρι-επίπεδο διαγραφή Χ χρωμόσωμα. Δεδομένα σχετικά με

XIST

έκφραση δεν ήταν διαθέσιμα σε 253 (68,2%) περιπτώσεις. Clusters Α έως C ήταν ενδομητριοειδές αδενοκαρκινώματα και Συνεργατικών Σχηματισμών Α έως ΣΤ ήταν ορώδες αδενοκαρκίνωμα. Clusters Α και D έδειξε υπερμεθυλίωση των περισσότερων τόπων που περιλαμβάνονται στο Χ χρωμόσωμα (Σχήμα 1Α) και υψηλή

XIST

έκφραση (Σχ 1C και 1D). Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι Clusters Α και D είχαν τόσο ενεργός (Χα) και Xi. Clusters Β και F έδειξαν υπομεθυλίωση το πολύ θέσεις στο χρωμόσωμα Χ (Σχήμα 1Α) και χαμηλή

XIST

έκφραση (Σχ 1C και 1D). Τόσο υπομεθυλίωση του συνόλου του χρωμοσώματος Χ και χαμηλή

XIST

έκφραση έδειξε απουσία του Ξι. Η απουσία Xi μπορούσε να είναι είτε το αποτέλεσμα μιας από Xa με το συνοδευτικό διαγραφή μιας ολόκληρης Xi, ή το αποτέλεσμα πολλαπλών αντιγράφων Xa χωρίς Xi λόγω σφάλματος διαχωρισμό. Λόγω διαγραφή ενός ολόκληρου Xi δεν αύξησε δοσολογία του Χ χρωμοσώματος, προσδιορίσαμε αν η έλλειψη Xi συνοδεύτηκε με διαγραφή ολόκληρου του Ξι ή όχι. Ολόκληρο διαγραφή χρωμόσωμα Χ δεν παρατηρήθηκε σε συστάδες Β ή F (σχήμα 1Β). Αυτά τα αποτελέσματα έδειξαν ότι Clusters Β και F είχαν δύο αντίγραφα του Χα. Clusters C και Ε έδειξαν υψηλή

XIST

έκφρασης (Σχήμα 1Γ και 1Δ), όπως συστάδες Α και D, αλλά ήταν μόνο εν μέρει μεθυλιωμένος (Σχήμα 1Α). Η υψηλή

XIST

έκφραση πρότεινε την παρουσία του Ξι. Η μερική υπομεθυλίωση πρότεινε ότι η Xi των Clusters C και Ε μερικώς επανενεργοποιηθεί. Επιλεκτική χέρι-επίπεδο υπομεθυλίωση του Χ χρωμοσώματος παρατηρήθηκε σ βραχίονα (τις τρεις τελευταίες περιπτώσεις του Cluster D στο σχήμα 1Α) και του βραχίονα q (τα τελευταία πέντε περιπτώσεις Cluster Ε και το τρίτο τελευταία περίπτωση Cluster F στο Σχήμα 1Α). Αυτά επιλεκτική υπομεθυλίωση χέρι-επίπεδο αντιστοιχούσε σε βραχίονα επίπεδο διαγραφές του Χ χρωμοσώματος (Εικόνα 1Β). Η επιλεκτική υπομεθυλίωση βραχίονας επιπέδου πρότεινε ότι οι διαγραφές σημειώθηκαν σε Ξι, αλλά όχι σε Χα. Οι ενδομητρίου καρκίνων ταξινομήθηκαν στις ακόλουθες τρεις ομάδες: 1) «διατηρημένο Xi» στις περιπτώσεις των Clusters Α και D και σε περιπτώσεις με την απώλεια του βραχίονα q Ξι των Clusters Ε και F? 2) «μερική επανενεργοποίηση του Xi» (Χα

+) για Clusters C και Ε? και 3) «δύο αντίγραφα του Χα» (δύο Χα) για Συνεργατικών Σχηματισμών Β και ΣΤ

Α) Ομαδοποίηση των 371 ενδομητρίου καρκινώματα με βήτα αξία της μεθυλίωσης σε CpG νησίδων στο χρωμόσωμα Χ. αναλύσεις Ομαδοποίηση έγιναν ξεχωριστά για ορώδες και ενδομητριοειδές αδενοκαρκινώματα. Στήλη δείχνει ανιχνευτές σειρά μεθυλίωση που διοργανώνονται από το Χ χρωμόσωμα θέση. Η σειρά παρουσιάζει περιπτώσεις TCGA παραγγείλει από την ομάδα του συμπλέγματος. Η αριστερή πλευρά στήλες δείχνουν τον ιστολογικό τύπο, cluster, TCGA υποτύπου και

XIST

έκφρασης. Οι περισσότερες περιπτώσεις ορώδες ιστολογικού τύπου είναι αντιγραφή υψηλού αριθμού (ορώδες-όπως) TCGA υπότυπο. Οι περιπτώσεις ενδομητριοειδές ιστολογικού τύπου αναμιγνύεται με τέσσερις υποτύπους TCGA. Β) χρώματα αντιπροσωπεύουν τμηματική μεταβολή αριθμού αντιγράφων του χρωμοσώματος Χ καρκινώματος του ενδομητρίου. Η σειρά παρουσιάζει περιπτώσεις TCGA διατεταγμένο ώστε να αντιστοιχούν με τις συσπειρώσεις μεθυλίωση. C, D) γραμμές Πυκνότητα δείχνουν διανομή

XIST

επίπεδο έκφρασης σε κάθε συστάδα. Οι συστάδες διακρίνονται από διαφορετικά χρώματα. Κλίμακα του X-άξονα είναι να συνδεθείτε μεταμορφωθεί RSEM. Α, Β) κεφάλια Arrow δείχνουν διαγραφή χέρι-επίπεδο ανενεργό χρωμόσωμα Χ.

Η

Η έκφραση της CTAs και την απώλεια της XCI

Από τις 371 περιπτώσεις, 110 περιπτώσεις (29,6%) ήταν αποκλείονται στην ανάλυση της έκφρασης του CTAs, λόγω της απουσίας των δεδομένων έκφρασης. Το επίπεδο έκφρασης μεταβάλλονταν μεταξύ CTAs (σχήμα 2Α και το Σχήμα 3Α). Οι περισσότεροι CTAs σπάνια εκφράζεται και η ανώμαλη έκφραση εμπλουτίστηκε στο Χα

+ και δύο Χα. Ωστόσο, ορισμένα CTAs ήταν εντόνως εκφρασμένο στις περισσότερες περιπτώσεις και υπερ-εκφράζεται σε Xa

+ και δύο Xa? αυτές οι CTAs ήταν Μαγκέντ οικογένεια γονιδίων,

Το μελάνωμα αντιγόνου Οικογένεια Η

, 1 (

MAGEH1

),

ακροσίνη Δεσμευτική Πρωτεΐνη

(

ACRBP

) και

CCCTC-Binding Factor (δάκτυλο ψευδαργύρου πρωτεΐνη) -Ακριβώς όπως

(

CTCFL)

.

Α) Το χρώμα των κυττάρων αντιπροσωπεύουν το επίπεδο έκφρασης RNA (log μετατραπεί RSEM). Η στήλη δείχνει καρκινικά αντιγόνα-όρχεων που βρίσκεται στο χρωμόσωμα Χ. Η σειρά παρουσιάζει τις περιπτώσεις κατά ομάδα συμπλέγματος. Η αριστερή πλευρά στήλη δείχνει την ομάδα της μεθυλίωσης ομαδοποίησης. Β-D) οικόπεδα ασφαλείας αντιπροσωπεύουν την κατανομή της μέσης έκφρασης RNA αντιγόνων καρκίνου των όρχεων που βρίσκεται στο χρωμόσωμα Χ (log μετασχηματισμένο RSEM). Η κορυφή και το κάτω μέρος του κουτιού είναι οι 75η και 25η τοις εκατό, αντίστοιχα, και η γραμμή στο παράθυρο είναι η διάμεσος. Η έκφραση των αντιγόνων καρκίνου όρχεων συγκρίνεται σύμφωνα με την κατάσταση του Χ χρωμοσώματος σε αδρανοποίηση ενδομητριοειδές ιστολογική υποομάδα (C) και ορώδες ιστολογική υποομάδα (D). NS: μη σημαντική, *:

P

& lt? 0.05, **:

P

& lt? 0,01, ***

P

& lt? 0.001

Η

Α) Το χρώμα των κυττάρων αντιπροσωπεύουν το επίπεδο έκφρασης RNA (log μετατραπεί RSEM). Η στήλη παρουσιάζει αντιγόνα του καρκίνου των όρχεων βρίσκονται σε σωματικών χρωμοσωμάτων. Η σειρά παρουσιάζει τις περιπτώσεις κατά ομάδα συμπλέγματος. Η αριστερή πλευρά στήλη δείχνει την ομάδα της μεθυλίωσης ομαδοποίησης. Β-Δ) οικόπεδα ασφαλείας αντιπροσωπεύουν την κατανομή της μέσης έκφρασης RNA των καρκινικών αντιγόνων-όρχεων βρίσκονται σε σωματικά χρωμοσώματα (log μετατραπεί RSEM). Η κορυφή και το κάτω μέρος του κουτιού είναι οι 75η και 25η τοις εκατό, αντίστοιχα, και η γραμμή στο παράθυρο είναι η διάμεσος. Δ) Η έκφραση των αντιγόνων Cancer-όρχεων που βρίσκεται στο χρωμόσωμα σωματικών συγκρίνεται σύμφωνα με την κατάσταση του Χ χρωμοσώματος σε αδρανοποίηση ενδομητριοειδές ιστολογική υποομάδα (C) και ορώδες ιστολογική υποομάδα (D). E-G) οικόπεδα ασφαλείας αντιπροσωπεύουν την κατανομή της μέσης μεθυλίωσης των CpG νησίδων σε σωματικά χρωμοσώματα (beta αξία). Η κορυφή και το κάτω μέρος του κουτιού είναι οι 75η και 25η τοις εκατό, αντίστοιχα, και η γραμμή στο παράθυρο είναι η διάμεσος. Ζ) Η μέση μεθυλίωση των CpG νησίδων σε σωματικά χρωμοσώματα (beta αξία) συγκρίνεται ανάλογα με την κατάσταση του Χ χρωμοσώματος αδρανοποίησης ενδομητριοειδές ιστολογική υποσύνολο (C) και ορώδες ιστολογική υποσύνολο (D). NS: μη σημαντική, *:

P

& lt? 0.05, **:

P

& lt? 0,01, ***

P

& lt? 0.001

Η

XCTAs ήταν περισσότερο εντόνως εκφρασμένο σε αριθμό αντιγράφων υψηλής (ορώδες-όπως) TCGA μοριακή υποτύπου και ορώδες ιστολογικό τύπο από ό, τι άλλες μοριακές υποτύπου TCGA και ενδομητριοειδές ιστολογικό τύπο. Xa

+ και δύο Χα έδειξε υψηλότερη έκφραση της XCTAs από ό, τι σώζεται Xi τόσο ενδομητριοειδές και ορώδες ιστολογικών τύπων. Ωστόσο, η

P

αξία δεν ήταν σημαντική μεταξύ Χα

+ και διατηρούνται Xi στο ορώδες ιστολογικό τύπο (Εικόνα 2).

Η έκφραση της CTAs βρίσκεται σε σωματικά χρωμοσώματα ήταν παρόμοια με εκείνη του XCTAs . Θα ήταν υψηλότερη σε αριθμό αντιγράφων υψηλής (ορώδες-όπως) TCGA μοριακή υποτύπου και ορώδες ιστολογικό τύπο από ό, τι άλλες μοριακές υποτύπου TCGA και ενδομητριοειδές ιστολογικό τύπο. Xa

+ και δύο Χα έδειξε υψηλότερη έκφραση της CTAs βρίσκεται σε σωματικά χρωμοσώματα από ό, τι σώζεται Xi τόσο ενδομητριοειδές και ορώδες ιστολογικών τύπων. Η

P

αξία ήταν σημαντική μόνο μεταξύ δύο Xa και διατηρούνται Xi στο ενδομητριοειδές ιστολογικό τύπο, αλλά

P

αξία, μεταξύ άλλων, δεν ήταν σημαντική (Σχήμα 3).

Παγκόσμια υπομεθυλίωση

Η μέση βήτα αξία των νήσων CpG σωματικών χρωμοσωμάτων ήταν μικρότερη σε αριθμό αντιγράφων υψηλής (ορώδες-όπως) TCGA μοριακό υπότυπο, ορώδες ιστολογικό τύπο, Χα

+ και δύο Χα από ό, τι άλλες μοριακές υπότυπο TCGA, ενδομητριοειδές ιστολογικό τύπο και διατηρείται Xi (Σχήμα 3F-3θ).

Η έκφραση της CTAs στο

Xist

knockout ποντίκια

Η έκφραση της XCTAs ήταν υψηλότερη σε αιμοποιητικά βλαστικά κύτταρα από ό, τι σε άλλες κύτταρα του αίματος, συμπεριλαμβανομένης της μυελογενούς, Β-κυττάρων, και ερυθροειδή κύτταρα (Σχήμα 4Α). Η μέση έκφραση XCTAs δεν διέφερε σημαντικά μεταξύ των διαφόρων

Xist

γονότυπους, συμπεριλαμβανομένων ετεροζυγωτικά διαγραφή, ομοζυγωτικών διαγραφή, και άγριου τύπου (Σχήμα 4Β).

Τα σημεία αναπαριστούν το μέσο έκφρασης RNA των 16 καρκινικά αντιγόνα-όρχεων που βρίσκεται στο Χ χρωμόσωμα, μεταξύ των κυττάρων του αίματος τύπων (Α) και

Xist

γονότυπους (Β). Ράβδοι αντιπροσωπεύουν μέσους όρους (Β).

Η

Κλινικές και όγκου χαρακτηριστικά

Χα

+ και δύο Χα ήταν πιο συχνές σε ορώδες ιστολογικό τύπο και αντίγραφο-υψηλό αριθμό (ορώδες παρόμοια) TCGA μοριακό υπότυπο. Επιπλέον Xa

+ και δύο Xa ήταν ως επί το πλείστον ανιχνεύθηκαν σε αριθμό αντιγράφων υψηλή (ορώδες παρόμοια) TCGA μοριακού υποτύπου (Πίνακας 1). Xa

+ και δύο ασθενείς Χα ήταν μεγαλύτερης ηλικίας και σε εμμηνοπαυσιακές κατάσταση από ό, τι οι ασθενείς διατηρούνται Xi (Πίνακας 2). Δεν υπήρχαν στατιστικά σημαντικές διαφορές στη φυλή, την εθνικότητα, το κλινικό στάδιο, ή υπολειμματική κατάσταση του όγκου μεταξύ των ομάδων ανάλογα με την κατάσταση του Ξι.

Η

προγνωστική σημασία

Από οι 371 ασθενείς, πέντε (1,3%) και 174 (46,9%) αποκλείστηκαν από τη γενική και επιβίωσης χωρίς νόσο αναλύσεις, αντίστοιχα, λόγω της απουσίας των διαθέσιμων δεδομένων. Οι δύο ασθενείς Χα έδειξε χειρότερη συνολική και την ελεύθερη νόσου επιβίωση σε μονοπαραγοντική ανάλυση επιβίωσης (Σχήμα 5Α). Η Χα ασθενείς

+ έδειξε το χειρότερο συνολική επιβίωση, αλλά όχι την ελεύθερη νόσου επιβίωση (Σχήμα 5Β). Μετά από προσαρμογή για κλινικό στάδιο, η διαφορά μεταξύ των ομάδων ανάλογα με την κατάσταση της Xi δεν ήταν σημαντική (Πίνακας 3). Η αναλογία κινδύνου για ανεπιθύμητες κλινικές εκβάσεις της απώλειας της XCI ήταν περίπου 1.6, με ένα ευρύ εμπιστευτικά εσωτερικά (0,7-3,5). Στην υπο-ανάλυση για κάθε ιστολογικό τύπο, Δύο Χα έδειξε χειρότερη συνολική επιβίωση σε ενδομητριοειδές ιστολογικό τύπο και χειρότερα ελεύθερη νόσου επιβίωση σε ορώδες ιστολογικό τύπο? Ωστόσο,

P

-τιμή δεν ήταν σημαντική (S1 Σχήμα). Μετά από προσαρμογή για κλινικό στάδιο, δύο Χα έδειξε σημαντικά χειρότερη ελεύθερη νόσου επιβίωση σε ορώδες ιστολογικό τύπο (S1 πίνακα).

Σε γενικές γραμμές (Α) και την ελεύθερη νόσου επιβίωση (Β) συγκρίθηκαν σύμφωνα με την κατάσταση της Χ αδρανοποίηση χρωμόσωμα. Σημασία εκτιμήθηκε από τη συνολική δοκιμασία log-rank.

Η

Συζήτηση

Απώλεια XCI μπορεί να προκληθεί από λάθος διαχωρισμό, προκαλώντας καρκίνο θυγατρικά κύτταρα να κληρονομήσει δύο μονογονεϊκή Χα ( δύο Xa) αντί ενός Xa και ένας Xi [23]. Ένας άλλος μηχανισμός για την απώλεια των XCI είναι η απομεθυλίωση του Ξι (Χα

+) που σχετίζονται με την παγκόσμια υπομεθυλίωση. Αναφέραμε προηγουμένως ότι τόσο λάθος ο διαχωρισμός και η απομεθυλίωση του Xi συμβαίνει σε υψηλού βαθμού ωοθηκών ορώδες αδενοκαρκίνωμα [15]. Σε αυτή τη μελέτη, προσπαθήσαμε να καθοριστεί αν η απώλεια XCI παρουσιάζεται επίσης σε ορώδες αδενοκαρκίνωμα του ενδομητρίου. Βρήκαμε ότι η απώλεια της XCI συνέβη σχεδόν αποκλειστικά στην ορώδες αδενοκαρκίνωμα του ενδομητρίου ή ορώδες-όπως TCGA μοριακό υπότυπο. Όπως και σε καρκίνο των ωοθηκών, η απώλεια των XCI προκαλείται τόσο από λάθος διαχωρισμό και απομεθυλίωση του XI σε καρκίνο του ενδομητρίου. Η αποκλειστική εμφάνιση απώλειας XCI σε ορώδες αδενοκαρκινώματα του ενδομητρίου και των ωοθηκών είναι καλά συσχετισμένη με τον υψηλό βαθμό CNV σε αυτά καρκινώματα. Αυτό υποδηλώνει ότι η απώλεια του XCI μπορεί να συμβεί σε άλλους καρκίνους με υψηλό βαθμό CNV, όπως του παχέος εντέρου, μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα, και κεφαλής και λαιμού καρκίνωμα από πλακώδες επιθήλιο [24-27].

προηγούμενη μελέτη μας, κάποιοι XCTAs, συμπεριλαμβανομένων των

XAGE3

και

MAGEA4

, ήταν υπερεκφράζεται στον καρκίνο των ωοθηκών με την απώλεια της XCI [15]. Θέλουμε να γνωρίζουμε αν CTAs επίσης υπερεκφράζεται στον καρκίνο του ενδομητρίου με την απώλεια της XCI. Σε αυτή τη μελέτη, η συνολική έκφραση της XCTAs αυξηθεί σε καρκίνο του ενδομητρίου με απώλεια XCI, τόσο δύο Χα και Χβ

+. Επιπλέον, τόσο Xa

+ και δύο Xa έδειξε παγκόσμια υπομεθυλίωση και υπερέκφραση CTAs βρίσκονται σε σωματικά χρωμοσώματα. Σε προηγούμενη μελέτη μας, τα δύο Xa του καρκίνου των ωοθηκών ήταν συνολικά μεθυλιωμένος, όπως εκείνη του καρκίνου του ενδομητρίου [15]. Ήταν αβέβαιο ότι η επίδραση στην έκφραση των XCTAs απώλειας XCI είναι ανεξάρτητη από την παγκόσμια υπομεθυλίωση. Αναλύσαμε έκφραση XCTAs στο

Xist

knockout ποντικών για να προσδιοριστεί αν η απώλεια της Xi αυξάνει την έκφραση της XCTAs ανεξάρτητα από την παγκόσμια υπομεθυλίωσης. Έκφραση των XCTAs δεν αυξήθηκε σε ποσοστό

Xist

knockout ποντικών. Καταλήγουμε στο συμπέρασμα ότι η απώλεια της XCI έχει πολύ μικρότερη επίδραση στην έκφραση των XCTAs από την παγκόσμια υπομεθυλίωση. Η υπερέκφραση του XCTAs στον καρκίνο με απώλεια XCI μπορεί να προκαλείται κυρίως από το συνοδευτικό παγκόσμιο υπομεθυλίωση. Ωστόσο, η επίδραση επί της έκφρασης του XCTAs απώλειας XCI δεν μπορεί να γενικευθεί σε άλλες κακοήθειες. Επιπλέον, το αποτέλεσμα των

Xist

ποντικών νοκ-άουτ έχει περιορισμό για την εφαρμογή των κακοηθειών του ανθρώπου συμπαγών οργάνων. Απαιτείται περαιτέρω μελέτη για να γενικεύσουμε το συμπέρασμα.

Απώλεια XCI είναι ογκογόνο σε ποντίκια, γεγονός που υποδηλώνει ότι η απώλεια της XCI θα μπορούσε να έχει ένα ρόλο στην πρόοδο του όγκου ή κακή πρόγνωση των ασθενών. Η αναλογία κινδύνου για ανεπιθύμητες κλινικές εκβάσεις της απώλειας της XCI ήταν περίπου 1,6 με μεγάλη εμπιστευτική εσωτερική (0,7-3,5), η οποία είναι παρόμοια με εκείνη του καρκίνου των ωοθηκών [15]. Το αποτέλεσμα ελεύθερη νόσου επιβίωση δεν ήταν σύμφωνο με την συνολική επιβίωση. Αυτή η διαφορά θα μπορούσε να προκληθεί από προκατάληψη οφείλεται σε ένα μεγάλο ποσοστό των ελλειπόντων στοιχείων. Η τάση των χειρότερη πρόγνωση των δύο Χα παρατηρήθηκε σε υπο-ανάλυση ενδομητριοειδές και ορώδες ιστολογικές υποομάδες. Συλλογικά, τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι η απώλεια των XCI συνδέεται με ελαφρώς υψηλότερο κίνδυνο για ανεπιθύμητες κλινικές εκβάσεις αλλά με περιορισμένες ενδείξεις.

Συμπέρασμα

Οι παρατηρήσεις μας παρέχουν αποδείξεις ότι η απώλεια της XCI είναι κοινή σε ορώδες αδενοκαρκίνωμα του ενδομητρίου και σε αδενοκαρκίνωμα ορώδες-όπως, η οποία έδειξε έναν υψηλό βαθμό CNV. Το αποτέλεσμα αυτό υποδεικνύει ότι η απώλεια του XCI συμβαίνει όχι μόνο σε ορώδες καρκίνο των ωοθηκών ή βασικοκυτταρικό-όπως ο καρκίνος του μαστού, αλλά και σε καρκίνο με υψηλό βαθμό CNV. Βρήκαμε ότι η παγκόσμια υπομεθυλίωση, και όχι την απώλεια της XCI, ήταν ο κύριος μηχανισμός της υπερέκφραση XCTAs, και ότι η απώλεια της XCI έχει ελαφρώς υψηλότερο κίνδυνο για κακή έκβαση, αλλά με περιορισμένες ενδείξεις.

Υποστήριξη Πληροφορίες

S1 κειμένου. Λίστα των επιλεγμένων αντιγόνων καρκίνου των όρχεων

doi:. 10.1371 /journal.pone.0137476.s001

(DOCX)

S1 Εικ. . Υπο-ανάλυση για την επιβίωση του κάθε ιστολογικό τύπο

σημαντικότητα εκτιμήθηκε από τη συνολική δοκιμασία log-rank

doi:. 10.1371 /journal.pone.0137476.s002

(ΔΕΘ)

S1 πίνακα. Υπο-ανάλυση για την πολυμεταβλητή δοκιμή παλινδρόμησης Cox κάθε ιστολογικό τύπο

doi:. 10.1371 /journal.pone.0137476.s003

(DOCX)

Ευχαριστίες

Χρησιμοποιήσαμε δεδομένα που παρήχθησαν από το Δίκτυο Έρευνας TCGA. Οι συγγραφείς θα ήθελα να ευχαριστήσω τον TCGA Δίκτυο Έρευνας και τους χορηγούς δείγμα. Θα θέλαμε επίσης να ευχαριστήσουμε τον καθηγητή Jeannie T. Lee για μας επιτρέπει να χρησιμοποιούν τα δεδομένα από τους ποντικούς νοκ-άουτ.