Αφηρημένο

Τα επιθηλιακά σε μεσεγχυματικά μετάβασης (EMT) αντιπροσωπεύει ένα σημαντικό γεγονός κατά τη διάρκεια της εξέλιξης και της διάδοσης του καρκίνου. ΕΜΤ είναι η μετατροπή των κυττάρων καρκινώματος από ένα επιθηλιακό σε φαινότυπο μεσεγχυματικά που συσχετίζει με υψηλότερη κινητικότητα κυττάρου, καθώς και αυξημένη χημειοαντίσταση και βλαστική ικανότητα του καρκίνου. Αξίζει να σημειωθεί ότι, EMT αναγνωρίζεται όλο και περισσότερο ως μια πρώιμη εκδήλωση της μετάστασης. Οι μελέτες πολλές γονιδιακής έκφρασης (GES) έχουν διεξαχθεί για την απόκτηση υπογραφές μεταγραφικό και γονίδια-δείκτες για την κατανόηση των ρυθμιστικών μηχανισμών που διέπουν EMT. Ωστόσο, δεν μετα-ανάλυση λαμβάνοντας υπόψη το πλήθος των GES της EMT έχει πραγματοποιηθεί για να επεξεργαστεί πλήρως τα βασικά γονίδια σε αυτή τη διαδικασία. Εδώ αναφέρουμε τη μετα-ανάλυση 18 ανεξάρτητων και δημοσιεύονται GES της EMT η οποία επικεντρώθηκε σε διαφορετικούς τύπους κυττάρων και τρόπους θεραπείας. Υπολογιστική ανάλυση αποκάλυψε ομαδοποίηση των ΓΕΣ, ανάλογα με το είδος της θεραπείας και όχι με τον τύπο του κυττάρου. GES της EMT που προκαλείται μέσω μετασχηματισμού αυξητικού παράγοντα-β και νέκρωσης όγκων θεραπεία παράγοντα-α απέδωσε ομοιόμορφα ορίζεται συστάδες, ενώ GES των μοντέλων με εναλλακτική επαγωγή EMT συγκεντρωμένα σε ένα πιο περίπλοκο τρόπο. Επιπλέον, εντοπίσαμε εκείνα τα πάνω και προς τα κάτω ρυθμισμένη γονίδια τα οποία μοιράστηκαν μεταξύ του πλήθους των GES. Αυτή η λίστα γονίδιο πυρήνας περιλαμβάνει γνωστά δείκτες EMT καθώς και νέα γονίδια μέχρι τώρα δεν περιγράφεται σε αυτή τη διαδικασία. Επιπλέον, αρκετά γονίδια της EMT-core λίστα γονίδιο συσχετίζεται σημαντικά με διαταραχές παθολογική πλήρη ανταπόκριση σε ασθενείς με καρκίνο του μαστού. Εν κατακλείδι, αυτό το μετα-ανάλυση παρέχει μια περιεκτική επισκόπηση των διαθέσιμων υπογραφών έκφρασης EMT και δείχνει θεμελιώδεις γνώσεις σχετικά με τους μηχανισμούς που διέπουν την εξέλιξη του καρκινώματος

Παράθεση:. Groger CJ, Grubinger Μ, Waldhör Τ, Vierlinger Κ, Mikulits W (2012) μετα-ανάλυση των υπογραφών γονιδιακής έκφρασης Καθορισμός των επιθηλιακών σε μεσεγχυματικά μετάβαση κατά τη διάρκεια του καρκίνου εξέλιξη. PLoS ONE 7 (12): e51136. doi: 10.1371 /journal.pone.0051136

Επιμέλεια: Olivier de Wever, Πανεπιστήμιο της Γάνδης, Βέλγιο

Ελήφθη: 28 Ιουν 2012? Αποδεκτές: 29 Οκτωβρίου του 2012? Δημοσιεύθηκε: 10 του Δεκέμβρη 2012

Copyright: © 2012 Groger et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από την Ευρωπαϊκή Ένωση, το 7ο ΠΠ Έρευνας Υγείας, έργο αριθμό ΥΓΕΙΑ-F4-2008-202047. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Η επιθηλιακά σε μεσεγχυματικά μετάβασης (EMT) έχει αρχικά περιγραφεί ως μια απαραίτητη διαδικασία των μεταζώων εμβρυογένεσης [1]. Κατά την τελευταία δεκαετία, ΕΜΤ έχει υλοποιηθεί ως ένα κρίσιμο συμβάν στην πρόοδο καρκινώματος όπως επιθηλιακά καρκινικά κύτταρα αποκτούν ένα φαινότυπο μεσεγχυματικά που τους επιτρέπει να αποσπώνται από τον πρωτογενή όγκο και να εισβάλλουν στην τοπική [2] ιστού. Σε γενικές γραμμές, τα πολωμένα επιθηλιακά κύτταρα που οργανώθηκε από κυττάρου-κυττάρου διασταυρώσεις και τα σύμπλοκα κυττάρων-αγκύρωσης για να σχηματίσουν κορυφαίων και βασεοπλευρικών επιφάνειες. Σε αντίθεση, μεσεγχυματικά κύτταρα σχηματίζουν ακανόνιστου σχήματος δομές σε απουσία σφιχτά συμφύσεων στα γειτονικά κύτταρα και μειωμένη κυτταρική επαφή με το υπόστρωμα. μεσεγχυματικά κύτταρα έχουν ένα επίμηκες σχήμα σε σύγκριση με επιθήλια και να εμφανίσει μια πρόσθια-οπίσθια πολικότητα που επιτρέπει αυξημένη μετανάστευση μέσω της μείωσης των δυνάμεων πρόσφυσης. Ενώ επιθηλιακά κύτταρα εισβάλλουν συλλογικά σε συστάδες, μεσεγχυματικά κύτταρα δείχνουν ατομική κίνηση των κυττάρων που τους επιτρέπει να διαδώσουν χύμα κύτταρα [3]. Επιπλέον, μια μερική ΕΜΤ εμφανίζει διαφορετικά επίπεδα έκφρασης Ε-καδερίνης έχει παρατηρηθεί ότι μπορεί ακόμα να οδηγήσει σε συλλογική κύτταρο εισβολή [4].

EMT έχει ταξινομηθεί σε τρεις υποτύπους [5]. Type 1 EMT απαιτείται για να παράσχει την εμβρυογένεση γαστριδίωση και σχηματισμό νευρικής ακρολοφίας κύτταρα που διαφοροποιούνται σε διάφορους τύπους κυττάρων χωρίς συστημική εξάπλωση. Τύπου 2 EMT εμπλέκεται στην αναγέννηση των ιστών και ίνωση διαφόρων οργάνων όπως των νεφρών, ήπατος, των πνευμόνων και του εντέρου που οδηγεί στην συσσώρευση του συνδετικού ιστού. Πληκτρολογήστε 3 συνεργάτες EMT με μια αύξηση στην κακοήθεια των καρκινικών κυττάρων. Τα νεοπλαστικά επιθηλιακά κύτταρα επάγονται να υποστούν EMT συχνά εντοπίζεται στο μεταναστευτικό μέτωπο του πρωτογενούς όγκου και να ξεκινήσει τον καταρράκτη διάδοσης των καρκινικών κυττάρων από την τοπική εισβολή των κυττάρων η οποία ακολουθείται από την είσοδο στο αγγειακό σύστημα. Αξιοσημείωτα, EMT αντιπροσωπεύει μια παροδική και αναστρέψιμη διαδικασία που μπορεί να οδηγήσει σε μια μεσεγχυματικά σε επιθηλιακό μετάβασης (ΜΕΤ) κατόπιν μεταστατικό αποικισμός [5],. Οι κύκλοι της ΕΜΤ και ΜΕΤ υποτίθεται ότι εμπλέκονται στο σχηματισμό μετάστασης στο απώτατο θέσεις [3]. Ωστόσο, η μοριακή βάση για τις αλλαγές στα επιθηλιακά πλαστικότητα από EMT και ΚΟΑ εξακολουθεί να είναι ένα ανοιχτό ζήτημα και το ρόλο της σε ασθενείς με καρκίνο είναι θέμα συζήτησης. Σηματοδοσίας μορίων και επαγωγείς του τύπου 3 ΕΜΤ προσδώσει την αντίσταση των καρκινικών κυττάρων σε απόπτωση και ογκογονίδιο προκαλούμενη γήρανση, καθώς και χημειοαντίσταση [6]. Πρόσφατα ευρήματα δείχνουν ότι η EMT παρέχει μεσεγχυματικά κύτταρα με χαρακτηριστικά των βλαστικών κυττάρων που επιτρέπουν καρκινικών κυττάρων να παράγουν μετάσταση σε δευτερεύουσες θέσεις [3]. Αυτά τα καρκινικά βλαστικά κύτταρα, που ονομάζεται επίσης καρκίνο έναρξη κύτταρα, το μερίδιο φαινοτυπικά και λειτουργικά χαρακτηριστικά με τα μεταναστευτικά εμβρυϊκά κύτταρα εμφανίζουν ένα φαινότυπο μεσεγχυματικά [6].

Ο χαρακτηρισμός της μεταγραφικό χρησιμοποιώντας μικροσυστοιχίες έχει χρησιμοποιηθεί ευρέως για να φωτιστούν οι μορφές έκφρασης κατά τη διάρκεια της EMT υπό διαφορετικές συνθήκες που αποκάλυψε νέες βιοδεικτών και μοριακών μηχανισμών από μεμονωμένες μελέτες. Μια μετα-ανάλυση περιγράφει συνήθως τον συνδυασμό ενός μεγάλου αριθμού μελετών από διαφορετικά δείγματα και ιστών ή τη σύγκριση των ιδίων στοιχείων με τα δημοσιευμένα στοιχεία [7], [8]. Η πρόσφατη πρόοδος στη δημιουργία συνόλων δεδομένων γονιδιακής έκφρασης επιτρέπει τον εντοπισμό νέων δεικτών και των σχετικών μηχανισμών που είχαν υποτιμηθεί σε μεμονωμένες μελέτες, αλλά προέκυψε από μια μετα-ανάλυση. Μέχρι τώρα, μια πληθώρα μελετών γονιδιακής έκφρασης (GES) που καλύπτουν μια ευρεία ποικιλία κυτταρικών τύπων που υποβάλλονται EMT, μαζί με διάφορους τρόπους επαγωγής είναι διαθέσιμα. Ωστόσο, για να τις γνώσεις μας, δεν μετα-ανάλυση που ασχολούνται με αυτές τις μελέτες EMT έχει πραγματοποιηθεί μέχρι σήμερα.

Οι αλλαγές σε ένα βιολογικό σύστημα απαιτεί μία μεταβολή των συνόλων γονιδιακής έκφρασης. Εργαλείων βιοπληροφορικής ανάλυσης εμπλουτισμό διερευνήσει σύνολα γονιδιακής έκφρασης για τέτοιες αλλαγές. Αυτά τα εργαλεία εξετάσει την υπερεκπροσώπηση των γονιδίων σύνολα σε σύγκριση με ολόκληρο το γονιδίωμα, χάρτης μιας λίστας εισόδου των γονιδίων σε βιολογικούς κατηγορίες σε απευθείας σύνδεση βάσεις δεδομένων και στατιστικά αξιολογήσει την υπερεκπροσώπηση των γονιδίων για κάθε βιολογική κατηγορία ή σχολιασμού, όπως Κιότο Εγκυκλοπαίδεια γονιδίων και γονιδιωμάτων (KEGG ) μονοπάτια και γονιδίων οντολογίας (GO) όρους [9]. Η χρήση των διαφόρων εργαλείων της ενιαίας εμπλουτισμού για την ίδια λίστα εισόδου και την εξέταση των εμπλουτισμένο μόνο με συνέπεια κατηγορίες έχουν αναφερθεί να είναι μια πολλά υποσχόμενη στρατηγική [10], [11].

συγκέντρωσε στοιχεία από 18 δημοσιευθεί και ανεξάρτητη GES της EMT και εξάγεται λίστες γονίδιο σημαντικά πάνω και προς τα κάτω ρυθμισμένη γονίδια για την ανάλυση διασποράς. Αυτή η προσέγγιση αποκάλυψε συστάδες γονιδίων σύμφωνα με τους όρους της θεραπείας και όχι με τον τύπο του κυττάρου. Εμείς στη συνέχεια εξάγεται μια λίστα EMT-πυρήνα που αποτελείται από 130 γονίδια με τα επίσημα σύμβολα γονίδιο και τα ονόματα που ερευνήθηκε περαιτέρω με εμπλουτισμό ανάλυση με πολλά και μόνο εργαλεία εμπλουτισμού. Αξίζει να σημειωθεί ότι, επιλεγμένα γονίδια από τον κατάλογο ΕΜΤ-core συσχετίζεται σημαντικά με διαταραγμένη παθολογική πλήρης απόκριση (PCR) σε ασθενείς με καρκίνο του μαστού. Αυτή η ανάλυση προτείνει ότι ο κατάλογος γονίδιο EMT-core είναι σημαντική για την αναγνώριση των μοριακών μηχανισμών της EMT. Επιπλέον, η ανάλυση συστάδων παρουσιάζει νέες γνώσεις σχετικά με τις σχέσεις των διαδικασιών EMT σε διάφορους τύπους κυττάρων και των τρόπων διέγερσης.

Αποτελέσματα

Η συλλογή δεδομένων των μελετών γονιδιακής έκφρασης (GES)

Για την εκτίμηση των ομοιοτήτων μεταξύ δημοσιεύονται GES και να ορίσετε ένα βασικό κατάλογο του γονιδίου της ανθρώπινης EMT, αναλύσαμε 18 ανεξάρτητες GES της EMT. Αυτές οι 18 ανεξάρτητοι και δημοσιεύονται GES αποτελούνταν από 24 σύνολα δεδομένων συνολικά (Πίνακας 1). Αρκετοί συγγραφείς ανέφεραν κινητική EMT διαφορετικών τύπων κυττάρων ή δοσοεξαρτώμενη επιδράσεις των επαγωγέων του EMT μέσα σε μεμονωμένες μελέτες. Παρ ‘όλα αυτά, μόνο το συγκεκριμένο σημείο δοκιμής δείχνει την ισχυρότερη επίδραση ή φαινότυπο EMT, όπως αναφέρθηκε από τους συγγραφείς, έχει επιλεγεί. Takahashi

et al. Κυκλοφόρησαν δύο σχετικές GES, εκ των οποίων το ένα αποτελείται από δύο σύνολα δεδομένων, καταλήγοντας σε τρία σύνολα δεδομένων από μια ανεξάρτητη μελέτη [12]. Taube

et al.

Αναφερθεί 5 σύνολα δεδομένων δημοσιευθεί εντός ενός GES με παρόμοια πρότυπα έκφρασης και διαφορετικούς τρόπους διέγερσης EMT [13]. Επεξεργασία των δεδομένων (κανονικοποιημένη και γενικά logarithmized δεδομένων) είχαν κατεβάσει από την γονιδιακή έκφραση Omnibus (GEO) και ArrayExpress (ΑΕ) βάσεις δεδομένων και σχολιασμένο με BioConductor και NetAffx. Πολυάριθμες GES, διαθέσιμο σε GEO και ΑΕ, εξαιρέθηκαν επειδή είτε δεν παρείχαν επεξεργασία δεδομένων ή δεν περιέχουν επαναλήψεις ή δεν έχουν δημοσιευθεί. Λόγω της ποικιλίας των μορφών μικροσυστοιχιών καθώς και διαφορετικές μεθόδους ομαλοποίηση και φιλτραρίσματος που χρησιμοποιείται στη βιβλιογραφία, χρησιμοποιήσαμε σε επεξεργασία αντί των πρώτων δεδομένων προκειμένου να διατηρηθούν τα κριτήρια ποιότητας που εφαρμόζονται από τους συγγραφείς κατά τη διάρκεια της προ-επεξεργασίας των δεδομένων. Δύο κατεύθυνσης Student

t-test

χρησιμοποιήθηκε για να υπολογιστεί ρ-τιμές. Σημαντικά επιλέχθηκαν πάνω και ρυθμίζεται προς τα κάτω γονίδια να πληρούν μια πολλαπλή μεταβολή μεγαλύτερη από 2 ή μικρότερη από 0,5 και p-τιμή κάτω από 0,05.

Η

GES ανάλυση διασποράς

Έχουμε δημιουργήσει μία μήτρα που περιέχει τα σύμβολα γονιδίου σε όλη την αναλύονται GES (n = 14.113), τα οποία είναι όλα μοναδικά αναφερθεί. Σημαντικά πάνω και προς τα κάτω ρυθμισμένη γονίδια του κάθε GES μεταφέρθηκαν στη μήτρα ανάλογα με τον τύπο της ρύθμισης. Προς τα πάνω ρυθμισμένη γονίδια σημάνθηκαν με 1, ρυθμίζεται προς τα κάτω γονίδια με -1 και δεν διαφορικά ρυθμιζόμενα γονίδια με 0 (Πίνακας S1). Αυτή η κατανομή των δεδομένων αποτελείται από 88,22% δεν διαφορικά ρυθμιζόμενα γονίδια και 11,78% στα ανάντη ή μειωτικά γονιδίων και είναι σημαντικά διαφορετικό σε μια διωνυμική κατανομή με αυτές τις παραμέτρους (p & lt? 0,0001). Για να καθοριστεί ένα αποκοπής για τον αριθμό των GES μοιράζονται ένα συγκεκριμένο γονίδιο που χρησιμοποιείται για την ανάλυση διασποράς, η λειτουργία διωνυμική κατανομή που παρέχονται από το R, καθώς και τα προκαταρκτικά αποτελέσματα ιεραρχική συσταδοποίηση κάθε επιλογής αποκοπής αναλύθηκαν (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Από αυτό αποφασίσαμε να ερευνήσουμε την ομαδοποίηση των γονιδίων κατανέμονται μεταξύ τουλάχιστον 10 σύνολα δεδομένων (n = 365? Ρ & lt? 0,0001? Σχήμα 1). Επιπλέον, αυτή η ανάλυση έδειξε συστάδες ΓΕΣ ανάλογα με τον τρόπο του ΕΜΤ ερέθισμα παρά με τύπο κυττάρων (Σχήμα 2Α). Είναι ενδιαφέρον, μια πιο αυστηρή ομαδοποίηση των γονιδίων μοιράζεται ανάμεσα σε τουλάχιστον 14 από τις αναλύονται GES σύνολα δεδομένων που παρέχονται παρόμοιες συστάδες, παρά το γεγονός ότι ο κατάλογος αυτός περιέχει μόνο 41 γονίδια (Εικόνα 2Β και Εικόνα S1).

Τα γονίδια που μοιράζονται σε τουλάχιστον 10 από τα 24 σύνολα δεδομένων χρησιμοποιήθηκαν για Μανχάταν ιεραρχική ομαδοποίηση. Το είδος της ρύθμισης εντός συγκεκριμένης μελέτης έγινε ορατή μέσω Heatmap. Στήλες: γονίδια μοιράζονται μεταξύ τουλάχιστον 10 σύνολα δεδομένων (n = 365)? σειρές: αναλυθεί GES (24 σύνολα δεδομένων στο σύνολο)? πράσινο: μειωτικά γονίδια? κόκκινο: ρυθμίζεται αυξητικά γονίδια? μαύρο: τα γονίδια που δεν ρυθμίζονται. GSE: Gene omnibus έκφραση (GEO) ρεκόρ της σειράς? E.TABM: ArrayExpress (ΑΕ) ρεκόρ της σειράς? TGF, αυξητικό παράγοντα μετασχηματισμού? TNF, παράγοντας νέκρωσης όγκων.

Η

Ο τύπος κυττάρων και τροπικότητα θεραπεία της EMT ήταν σχολιασμένη και αποκάλυψε ομαδοποίηση ανάλογα με τον τρόπο της επαγωγής EMT. Η ομαδοποίηση συνεχίστηκε όταν τα γονίδια μοιράζονται μεταξύ τουλάχιστον 14 GES σύνολα δεδομένων χρησιμοποιήθηκαν για την ανάλυση. (Α) Ιεραρχική ομαδοποίηση των 365 γονίδια μοιράζονται μεταξύ τουλάχιστον 10 σύνολα δεδομένων. (Β) Ιεραρχική ομαδοποίηση των 41 γονιδίων μοιράζονται τουλάχιστον 14 σύνολα δεδομένων. Ο μύθος αναφέρει τον κυτταρικό τύπο και μορφή θεραπείας (δεξιά πλευρά). *, Φορείς παράγοντας Μεταγραφή: Runx2, Six1, σαλιγκάρι, Twist και Goosecoid. GSE: Gene omnibus έκφραση (GEO) ρεκόρ της σειράς? E.TABM: ArrayExpress (ΑΕ) ρεκόρ της σειράς? TGF, αυξητικό παράγοντα μετασχηματισμού? TNF, παράγοντας νέκρωσης όγκων.

Η

Δημιουργία του EMT-core λίστα γονίδιο

Με βάση την ανάλυση διασποράς του ΓΕΣ, έχουμε ως στόχο να ορίσει μια λίστα γονίδιο νόημα EMT-πυρήνα που περιγράφει την πλειονότητα των εμπλεκόμενων γονιδίων σε όλη την αναλύθηκαν GES. Η ανάλυση του συμπλέγματος των γονιδίων μοιράζονται τουλάχιστον 10 σύνολα δεδομένων που περιέχονται 365 γονίδια (Πίνακας S2). Ωστόσο, αυτό δεν προκύπτει αν ένα γονίδιο που είναι άνω ή προς τα κάτω ρυθμισμένη σε διαφορετικές GES. Ως εκ τούτου, η λίστα φιλτράρεται για να κρατήσει μόνο τα γονίδια τα οποία ήταν είτε πάνω ή προς τα προς τα κάτω σε τουλάχιστον 10 από τα σύνολα δεδομένων GES. Η προκύπτουσα κατάλογος περιείχε 130 γονίδια των οποίων 67 είναι ανοδικές και 63 ρυθμίζεται προς τα κάτω (Πίνακας 2 και Πίνακας S3). Αυτή η επιλογή των γονιδίων θα μπορούσαν να ταξινομηθούν περαιτέρω σε πέντε κατηγορίες ((i) κυτταρική προσκόλληση και μετανάστευση, (ii) την ανάπτυξη, τη διαφοροποίηση και τον πολλαπλασιασμό κυττάρων, (iii) την αγγειογένεση και την επούλωση τραυμάτων, (iv) μεταβολισμού, (v) άλλοι ή χωρίς διαβάθμιση) σύμφωνα με την ανάλυση ενιαίο εμπλουτισμού όπως περιγράφεται παρακάτω. Αρκετά γονίδια ήταν επίσης παρόντες σε περισσότερες από μία από αυτές τις κατηγορίες (Πίνακας S3). Εν κατακλείδι, αυτό που προκύπτει EMT-core λίστα γονίδιο περιέχει 130 γονίδια τα οποία προήλθαν από ένα πλήθος κυτταρικών τύπων και μεθόδων έναρξη EMT.

Η

Σταθερά εμπλουτίζεται οδού KEGG και GO διάρκεια ανάλυση της EMT-core γονίδιο κατάλογος

Για να αναλύσει περαιτέρω τον κατάλογο EMT-πυρήνα που αποτελείται από 130 γονιδίων, έγινε μια αυστηρή ενιαία ανάλυση του εμπλουτισμού σε συνδυασμό με αυστηρά κριτήρια επιλογής. Κατ ‘αρχάς, ένα εμπλουτισμένο KEGG μονοπάτι ή να πάτε όρος έπρεπε να περιέχει τουλάχιστον 5 γονίδια από τη λίστα εισόδου και ένα p-τιμή κάτω από 0.05 ώστε να θεωρούνται σημαντικά. Μια απαρίθμηση των εμπλουτίζεται σημαντικά τους όρους και τις πορείες παρουσιάζεται στον Πίνακα 3. Δεύτερον, μια σημαντικά εμπλουτισμένη μονοπάτι KEGG ή GO όρος είχε να παρατηρηθεί σε τουλάχιστον 4 από τα 5 που χρησιμοποιείται εργαλείων βιοπληροφορικής. Τρίτον, μια σταθερά εμπλουτίζεται KEGG οδού ή GO όρος έπρεπε να προσδιορίζονται τόσο στην EMT-core λίστα γονίδιο και ο κατάλογος 365 γονίδιο. Χρησιμοποιώντας αυτά τα κριτήρια, πήραμε 6 μονοπάτια KEGG, 20 GO βιολογικές διεργασίες και 15 GO μοριακή λειτουργίες εμπλουτισμένη με συνέπεια και στις δύο λίστες (Πίνακας 4). Οι οδοί KEGG αποτελούνταν του ΜΑΡΚ μονοπατιού, καθοδήγηση νευραξόνων, εστιακή πρόσφυση, την αλληλεπίδραση ECM-υποδοχέα, ρύθμιση των κυτταροσκελετού ακτίνης και μονοπάτια στον καρκίνο σηματοδότησης. Οι βιολογικές διαδικασίες GO μπορούσαν να ομαδοποιηθούν σε διεργασίες που εμπλέκονται στην ανάπτυξη των ιστών, την επούλωση των πληγών, η κυτταρική μετανάστευση ή πολλαπλασιασμό των κυττάρων. Τα μοριακά λειτουργίες GO αποτελούνταν από ECM και κυτταροσκελετού συστατικά, αναστολείς πεπτιδάσης και η σύνδεση του κολλαγόνου, αυξητικούς παράγοντες, ηπαρίνη και ιντεγκρίνης. Όπως ήταν αναμενόμενο, η λίστα με τα 365 γονίδια αποτελούνται όλα τα σημαντικά εμπλουτισμένη μονοπάτια και GO όρους από τη λίστα 130 γονίδια EMT-core εκτός για 2 GO βιολογικές διεργασίες (οργάνωση ECM και της ανάπτυξης των πνευμόνων). Αρκετές περισσότερα μονοπάτια KEGG, GO βιολογικές διεργασίες και μοριακές λειτουργίες θα μπορούσαν να εντοπιστούν στη λίστα με τα 365 γονίδια (Πίνακας 3 και 4). Όλα αυτά τα μονοπάτια, βιολογικές διεργασίες και μοριακές λειτουργίες είναι ευρέως γνωστό ότι εμπλέκονται σε ΕΜΤ [5], [14] – [16], και έτσι να επιβεβαιώσει την ακεραιότητα της ΕΜΤ-core λίστα γονίδιο μας. Επιπλέον, τόσο ο κατάλογος ΕΜΤ-πυρήνα και η λίστα με 365 γονίδια εμφανίζουν συγκρίσιμους λόγους εμπλουτισμού των οδών KEGG και GO βιολογικές διεργασίες (Σχήμα 3), καθώς και το μοριακό λειτουργίες GO (Εικόνα S2). Ως εκ τούτου, ο κατάλογος περιέχει 365 γονίδια μπορεί να θεωρηθεί ως βελτίωση της λίστας EMT-core με περιέχει επιπλέον γονίδια που θα μπορούσαν να έχουν ένα διφορούμενο ρόλο στην EMT. Εν ολίγοις, EMT-core λίστα των 130 γονιδίων και τη βελτίωση της περιέχει 365 γονίδια δείχνουν ισχυρή εμπλουτισμό της EMT-σχετικών διαδικασιών.

Η αναλογία εμπλουτισμού είναι ο αριθμός των παρατηρούμενων γονιδίων διαιρείται με τον αριθμό των αναμενόμενων γονίδια για ένα δεδομένο όρο ή μονοπάτι. Εμπλουτισμός αναλογίες ελήφθησαν από WebGestalt ή υπολογίζεται με δεδομένα από FatiGO. GO, το γονίδιο οντολογία? BP, βιολογική διαδικασία? KEGG, εγκυκλοπαίδεια του Κιότο γονιδίων και γονιδιωμάτων.

Η

Η

Η κλινική σημασία της EMT-core λίστα γονίδιο

Ο κατάλογος γονίδιο EMT-core περιέχει αρκετά γονίδια με ακόμα αγνώστων ρόλους σε εξέλιξη ή /και EMT καρκίνο. Έχουμε ως στόχο να διερευνήσει την κλινική σημασία αυτής της επιλογής γονιδίων. Ως εκ τούτου, συσχετίζεται έκφρασή τους με τη συνολική επιβίωση των ασθενών που πάσχουν από καρκινώματα πλακωδών κυττάρων του πνεύμονα (SCC) [17] και παθολογική πλήρης απόκριση (PCR) των ασθενών με καρκίνο του μαστού [18]. Από τα μειωτικά γονίδια του EMT-core λίστα γονίδιο, χαμηλή έκφραση FXYD3 έδειξε μια τάση για κακή συνολική επιβίωση των ασθενών SCC (p = 0.17) και χαμηλή έκφραση του LAD1 (p = 0,00074), SLC7A5 (p = 0,0093) και SLPI ( p = 0,043) συσχετίστηκαν σημαντικά με την χειρότερη pCR των ασθενών με καρκίνο του μαστού. Από τα αυξητικά γονίδια της ΕΜΤ-core λίστα γονίδιο, υψηλή έκφραση ΡΤΧ3 τείνει να κακή συνολική επιβίωση των ασθενών SCC (p = 0.16) και υψηλή έκφραση του NID2 (p = 0,0091), SPOCK1 (p = 0.038) και SULF1 (p = 0.00029) συσχετίστηκαν σημαντικά με διαταραχές της pCR του ασθενείς με καρκίνο του μαστού. Αυτές οι συσχετίσεις δείχνουν ότι η σύγκριση των διαφόρων συνόλων δεδομένων είναι ένα ισχυρό εργαλείο για τον εντοπισμό νέων σχετικών γονιδίων-στόχων που δεν προκύπτουν από μεμονωμένες μελέτες.

Συζήτηση

Κατά την τελευταία δεκαετία ένας σημαντικός αριθμός των GES που ασχολούνται με EMT έχουν συσσωρεύονται στη βιβλιογραφία. Αυτά καλύπτουν μια ποικιλία κυτταρικών τύπων που εμφανίζουν EMT και περιλαμβάνουν διαφορετικούς τρόπους επαγωγής EMT. Μέχρι στιγμής, οι πόροι αυτοί έχουν μόνο εν μέρει χρησιμοποιηθεί για να συγκρίνει μόνο τα ευρήματα με αυτά της βιβλιογραφίας [8], [19], [20]. Για τις γνώσεις μας, δεν έχει γίνει προσπάθεια να διερευνηθεί η πλειοψηφία των ανεξάρτητων GES της EMT για τις σχέσεις τους με το άλλο. Αν και γνωρίζουμε ότι τα δεδομένα γονιδιακής έκφρασης των EMT δεν είναι πλήρεις, αναλύσαμε το παρόν διαθέσιμο GES να δημιουργήσει ένα EMT-πυρήνα λίστα των γονιδίων μεταβάλλεται πιο συχνά κατά τη διάρκεια της διαδικασίας EMT, όπως απεικονίζεται στο διάγραμμα ροής (Σχήμα S3).

ανάλυση διασποράς των γονιδίων μοιράζονται τουλάχιστον 10 GES σύνολα δεδομένων αποκάλυψε συστάδες GES με τον ίδιο ή παρόμοιο τύπο θεραπείας. Η GES στην οποία ΕΜΤ προκλήθηκε με ΤΝΡ-α είτε μόνη της είτε σε συνδυασμό με ΤΟΡ-β, από τον TGF-β μόνη της είτε από διαφορετικούς παράγοντες μεταγραφής ομαδοποιούνται με συνέπεια μαζί. Αυτά τα συμπλέγματα συνεχίστηκε όταν τα γονίδια μοιράζονται μεταξύ τουλάχιστον 14 σύνολα δεδομένων χρησιμοποιήθηκαν για την ανάλυση διασποράς. Μια σαφής ομαδοποίηση των διαφορετικών τύπων επαγωγής EMT, ωστόσο, θα ήταν δυνατή μόνο εάν ένας επαρκής αριθμός GES σε κάθε μία από αυτές τις μεθόδους έναρξη EMT υπήρχε. Δεδομένου ότι οι διάφορες μορφές θεραπείας εκπροσωπούνται μόνο μία φορά στη βιβλιογραφία, όπως σύμπλεγμα GES στις περισσότερες σχετικές είδος της θεραπείας τους.

Ένα σύμπλεγμα προέκυψε κυρίως από GES του TGF-β επαγόμενη EMT που αποτελούνταν από 13 σύνολα δεδομένων. Είναι ενδιαφέρον, το σύμπλεγμα περιλαμβάνει την εξωγενή έκφραση Six1 (Micalizzi

et al

? GSE23655? [20]), το οποίο έχει αποδειχθεί ότι ενισχύει την καρκινογόνο δράση σηματοδότησης TGF-β, και Runx2 (Baniwal

κ.ά.

? GSE24261? [21]) που δρα στα κατάντη του ΤΟΡ-β σηματοδότηση [22] – [25]. Ως εκ τούτου, αυτό υποστηρίζει την ομαδοποίηση των εν λόγω μελετών μαζί με άλλους χρησιμοποιώντας ΤΟΡ-β ως EMT εκκινητή. Η μελέτη από τους van Zijl

et al

(GSE26391? [26]). Περιέγραψαν την ανάλυση των κυττάρων του καρκινώματος επιθηλιακών και μεσεγχυματικών ηπατοκυτταρικού που προέρχονται από τον ίδιο ασθενή όγκου. Η ομαδοποίηση της μελέτης αυτής, μαζί με άλλες μελέτες με TGF-β επαγόμενη EMT προτείνει μια συμμετοχή της σηματοδότησης TGF-β κατά τη διάρκεια της δημιουργίας του μεσεγχυματικών κυττάρων γραμμή.

Το σύμπλεγμα των GES με TNF-α και EMT επαγωγέα περιείχε την μελέτη από Takahashi

et al.

η οποία ανέλυσε το ARPE19 κυτταρικής γραμμής θεραπεία είτε με ΤΝΡ-α μόνο (GSE15205_TNFa), ΤΝΡ-α, μαζί με TGF-β (GSE12548) ή ΤΟΡ-β μόνο (GSE15205_TGFb) προκειμένου να προκληθεί EMT [12]. Τα δύο σύνολα δεδομένων με τη θεραπεία με TNF-α σχηματίζεται μια συνεκτική δέσμη. Ωστόσο, η τρίτη σύνολο δεδομένων το οποίο ελήφθη από την αποκλειστική θεραπεία με ΤΟΡ-β σε σύμπλεγμα με άλλες GES περιγράφει έναρξη ΕΜΤ από τον TGF-β. . Ως εκ τούτου, τα στοιχεία αυτά υποδηλώνουν μια ισχυρότερη επίδραση του ερεθίσματος EMT για την ομαδοποίηση και όχι τον τύπο κυττάρου

Μια ομάδα αποτελούνταν κυρίως από τα σύνολα δεδομένων από Taube

et al

(GSE24202?. [13 ]), οι οποίοι ανέφεραν την επαγωγή ΕΜΤ σε κύτταρα HMLE χρησιμοποιώντας υπερέκφραση Twist, σαλιγκάρι, Goosecoid και ΤΟΡ-β, καθώς και την knockdown του Ε-καδερίνης. Σύμφωνα με τα στοιχεία που αναφέρθηκαν από Taube

et al

, τα σύνολα δεδομένων από Snail- και Twist-επαγόμενη EMT ήταν η πιο παρόμοια μέσα σε αυτό το σύμπλεγμα. Αυτό το εύρημα είναι σύμφωνη με το γεγονός ότι Twist είναι ένας άμεσος στόχος του σαλιγκαριού [27]. Ο μεγάλος αριθμός των συνόλων δεδομένων στη μελέτη αυτή θα μπορούσε να οδηγήσει σε μια υπερεκπροσώπηση στο πλαίσιο της ανάλυσης διασποράς. Επιπλέον, η χρήση της ίδιας κυτταρικής σειράς, καθώς και μεταγραφικών παραγόντων με παρόμοιους στόχους, όπως Twist και σαλιγκάρι μπορεί να οδηγήσει σε ένα υψηλό επίπεδο ομοιότητας μέσα στα σύνολα δεδομένων της συγκεκριμένης μελέτης.

Το σύμπλεγμα αποτελείται από Ke

et al

(E-TABM-949? [28]). που χρησιμοποιούνται υψηλής κυτταρικής πυκνότητας καλλιέργεια των κυττάρων EPT2 και Ohashi

et al

(GSE27424? [29]). ο οποίος περιέγραψε ένα NOTCH3 knock-down στα κύτταρα EPC2 εμφανίζει ένα χαμηλό επίπεδο του σχέση με άλλες συστάδες λόγω των μοναδικών τύπων επαγωγής EMT. Φαίνεται πιθανό ότι από τη μία πλευρά οι εν λόγω GES σχηματίζουν ένα σύμπλεγμα λόγω της έλλειψης της σχέσης με τις άλλες ομάδες. Από την άλλη πλευρά, θα μπορούσε επίσης να προτείνει μια σχέση των τύπων τους για την έναρξη EMT, καθώς και.

Βρήκαμε μια ποικιλία γνωστών δεικτών της EMT υπερεκφράζεται σε EMT-core λίστα γονιδίων μας, όπως CDH2, CDH11 , COL1A1, COL3A1, FBLN5, FN1, HAS2, LOX, ΜΜΡ2, PLAT, SERPINE1, VIM, WNT5A και ZEB1 [15], [30], [31]. Επιπλέον, εντοπίσαμε ρυθμίζεται προς τα κάτω γονίδια αναφερθεί να μειωθεί σε EMT, όπως ANK3, Cdh1, CXADR, PRSS8 και SYK [15], [32] – [34], πολλά μειωτικά δείκτες των επιθηλιακών κυττάρων, όπως EpCAM, JUP, KRT15, ​​KRT17, OCLN, PKP2 και PPL [5], [15] και μια σειρά από μειωτικά καταστολείς όγκου όπως KLK10, MTUS1, OAS1 και SERPINB1 [35] – [38]. Μαζί, αυτά τα γονίδια παρέχουν μια σταθερή επαλήθευση της EMT-core λίστα γονιδίων μας. Εκτός αυτών των γονιδίων που επιβεβαιώνει την ακεραιότητα του καταλόγου γονίδιο μας, ωστόσο, τα γονίδια με άγνωστες λειτουργίες, καθώς και ένα άγνωστο ή ασαφή σχέση με τον καρκίνο και /ή EMT προέκυψαν οι οποίες είναι νέες υποψήφιες για περαιτέρω έρευνα. Ρυθμίζεται προς τα πάνω γονίδια περιλαμβάνουν ΜΑΡ1Β, NID2, ΡΤΧ3, SPOCK1, SULF1, TAGLN και TMEM158 ενώ ρυθμίζεται προς τα κάτω γονίδια αποτελούνται ABLIM1, LAD1, FAM169A, FXYD3, SLC7A5, SLPI, TMEM30B και TPD52L1.

Δύο μετα-αναλύσεις των EMT στο μητρικό καρκίνος θεωρώντας διαφορετικές κυτταρικές σειρές ή τύπους της επαγωγής EMT έχουν αναφερθεί. Αυτά έχουν εντοπιστεί ΕΜΤ-core λίστες γονίδιο με 200 και 251 γονιδίων [13], [39], ωστόσο, επικάλυψη με μόνο περίπου 10%. EMT-core λίστα μας περιέχει 130 γονίδια δείχνει μια φτωχή επικάλυψη των 7% με τον κατάλογο των Choi

et al.

[39], αλλά μια επικάλυψη του 55% με Taube

et al.

[ ,,,0],13]. Τόσο οι λίστες από Choi

et al.

Και Taube

et al.

Περιέχει unmapped αναγνωριστικά (IDs), όπως αναγνωριστικά σειρά, εξέφρασε ετικέτες σειρά και τα αναγνωριστικά τόπο. Χρησιμοποιήσαμε συνέπεια εμπλουτισμένο ανάλυση μονοπατιού για να διερευνήσει περαιτέρω αυτές τις λίστες γονίδιο. Αξίζει να σημειωθεί ότι, κατάλογος EMT-core μας εμφανίζεται πιο εμπλουτισμένο μονοπάτια KEGG και GO όρους από τους καταλόγους του γονιδίου του Choi

et al.

Και Taube

et al.

(Πίνακας 3 και 4). Μετά τη μείωση της αυστηρότητας της ανάλυσης σε δύο γονίδια μέσα σε ένα εμπλουτισμένο κατηγορία, τον εμπλουτισμό του καταλόγου των Choi

et al.

Δεν βελτιωθεί, ενώ σχεδόν όλα πορείες KEGG και GO όρους εμπλουτισμένο σε EMT-core λίστα μας θα μπορούσε να είναι παρατηρήθηκαν στον κατάλογο των Taube

et al.

(δεν παρουσιάζονται τα δεδομένα, Πίνακας 4).

Ο κατάλογος ΕΜΤ-πυρήνας περιέχει αρκετά γονίδια με άγνωστες λειτουργίες και τις σχέσεις με τον καρκίνο ή /και EMT. Ήμασταν σε θέση να αποδείξει ότι η έκφραση FXYD3 και ΡΤΧ3 συνδέεται με κακή συνολική επιβίωση των ασθενών στην SCC ασθενείς και LAD1, SLC7A5, SLPI, NID2, SPOCK1 και SULF1 συσχετίστηκαν σημαντικά με διαταραχές της PCR σε ασθενείς με καρκίνο του μαστού. FXYD3 έχει δειχθεί ότι εμπλέκεται στον πολλαπλασιασμό των καρκινικών κυττάρων και να ρυθμίζεται προς τα κάτω από τον TGF-β σηματοδότηση [40], [41]. ΡΤΧ3 έχει αναφερθεί να είναι ένας βιοδείκτης καρκίνου του πνεύμονα [42]. NID2 έχει δειχθεί ότι είναι αυξημένα κατά τη διάρκεια της φορβόλης 12-μυριστική 13-οξική-επαγόμενη εισβολή διαφόρων καρκινικών κυτταρικών γραμμών ανθρώπινου και ως δυνητικό βιοδείκτη όγκου [43], [44]. SPOCK1 έχει αναφερθεί ότι εμπλέκεται στη νευρωνική προσκόλληση και ενεργοποίηση των μεταλλοπρωτεϊνασών πλέγματος [45], [46]. SULF1 έχει δειχθεί ότι είναι ένας δυνητικός βιοδείκτης για καρκίνο του στομάχου που μπορεί να προκληθεί από τον TGF-β1 [47], [48]. LAD1 είναι μια πρωτεΐνη προσαρμογέα που εμπλέκονται στην ERK5 και JNK οδών [49]. SLPI έχει αναφερθεί ότι δρουν αντι-ογκογόνο για ορισμένους όγκους, καθώς και για την προώθηση της μετανάστευσης και της εισβολής σε άλλες [50] – [52]. Ως εκ τούτου, αυτά τα γονίδια φαίνεται ότι είναι πολλά υποσχόμενοι υποψήφιοι για περαιτέρω έρευνα. Στο σύνολό τους, προτείνουμε ότι η EMT-core λίστα των 130 γονιδίων είναι ιδιαίτερα σημαντική για την EMT και η ανάλυση διασποράς αποτελεί μια χρήσιμη επισκόπηση των σχέσεων των διαθέσιμων GES της EMT.

Υλικά και Μέθοδοι

Η συλλογή δεδομένων και σχολιασμό

Επεξεργασμένα δεδομένα μικροσυστοιχιών είχαν κατεβάσει από τις ιστοσελίδες του GEO (διατίθεται: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) και AE (διαθέσιμα: http: //www.ebi.ac.uk/arrayexpress/) με τη χρήση «EMT» ως λέξη-κλειδί για δημοσιεύονται GES μέχρι το Φεβρουάριο του 2012. Οι κατεβάσει GES σχολιάστηκαν για να ανακτήσετε τα επίσημα σύμβολα γονιδίου, EntrezID και τα ονόματα των γονιδίων με τη χρήση BioConductor 2.9 (διαθέσιμο: http: //www.bioconductor.org/? προσπελαστεί: 2012 2 Ιανουαρίου) [53] και το online εργαλείο NetAffx (διατίθεται: https://www.affymetrix.com/analysis/index.affx? προσπελαστεί: 2012 25 του Ιουνίου). BioConductor χρησιμοποιήθηκε εντός του περιβάλλοντος R [54]. Σχολιασμένο δεδομένα που εισάγονται στο MS-Excel 2010 και log2 μεταμορφωθεί. Στη συνέχεια, διπλώστε τις αλλαγές και p-τιμές χρησιμοποιώντας

t-test

υπολογίστηκαν δύο όψεων του Student. Σημαντικά επιλέχθηκαν και διαχωρίζονται μεταξύ τους, όταν δείχνει μια πολλαπλή μεταβολή είναι μεγαλύτερη από 2 ή κάτω από 0,5 και μία τιμή ρ κάτω από 0.05 ανερχόμενη και ρυθμίζεται προς τα κάτω γονιδίων. Ρυθμίζεται προς τα πάνω γονίδια διατάχθηκαν από το υψηλότερο στο χαμηλότερο αλλαγή φορές. Αντίστροφα, μειωτικά γονίδια που διοργανώνονται από το χαμηλότερο στο υψηλότερο αλλαγή φορές. Αντίγραφα αφαιρέθηκαν μετά. Οι χαρακτήρες του γονιδίου έχουν χρησιμοποιηθεί για περαιτέρω ανάλυση και θα αναφέρονται ως γονίδια.

Cluster ανάλυση

Οι πάνω και προς τα κάτω ρυθμισμένη γονίδια από κάθε μελέτης συνοψίζονται, διέταξε και τα διπλότυπα αφαιρέθηκαν για να αποκτήσουν ένα κατάλογος όλων μοναδικά αναφερθεί γονίδια σε όλες τις μελέτες. Προς τα πάνω ρυθμισμένη γονίδια σημάνθηκαν με 1 και ρυθμίζεται προς τα κάτω γονίδια σημάνθηκαν με -1. Γονίδια που δεν είχαν απελευθερωθεί σημαντικά μέσα σε ένα GES και τα γονίδια που βρέθηκαν να είναι τόσο πάνω και προς τα κάτω ρυθμισμένη μέσα σε μια μελέτη επισημάνθηκαν με 0. Η κατανομή της παρατηρούμενης αριθμού των πάνω και προς τα κάτω ρυθμισμένη γονιδίων ελέγχθηκε έναντι ενός διωνυμική κατανομή με παράμετρο p = 11,78% με τη βοήθεια ενός τεστ chi-τετράγωνο. Υπολογίσαμε τις δυνατότητες κατάρτισης κάθε επιλογή αποκοπής για την ανάλυση διασποράς (& gt? 1, & gt? 2, & gt? 3, και ούτω καθεξής), κατά τύχη με τη λειτουργία διωνυμική κατανομή που παρέχονται από το R (πιθανότητα = 11,78%). Οι δυνατότητες να επιστήσω την κάθε επιλογή αποκοπής κατά τύχη συγκρίθηκαν με τα προκαταρκτικά σύμπλεγμα αναλύσεις της κάθε επιλογής αποκοπής, προκειμένου να καθορίσουν μια κατάλληλη αποκοπής. Η ομαδοποίηση έγινε σε BioConductor 2,9 ενσωματωμένα σε R 2.14.1 (64 bit) με τον πακέτα GData [55], gplots [56] και heatmap.plus [57] με τη χρήση ιεραρχικής ομαδοποίησης heatmap με τη λειτουργία του Μανχάταν απόσταση.

Σταθερά εμπλουτισμό των οδών KEGG και GO όρους

Οι λίστες γονιδίου αναλύθηκαν με τη χρήση πέντε διαφορετικών εργαλείων βιοπληροφορικής εμπλουτισμού. Μια περιεκτική επισκόπηση των χρησιμοποιούμενων εργαλείων και τα χαρακτηριστικά τους φαίνονται στον Πίνακα S4. Τα εργαλεία FatiGO και GeneCodis χρησιμοποιήθηκαν για την Babelomics 4 πλατφόρμα [58], η οποία παρέχεται πρόσβαση και στα δύο προγράμματα ταυτόχρονα. Τα κριτήρια επιλογής για σημαντικά εμπλουτισμένη μονοπάτια ήταν μια p-value ή FDR κάτω από 0,05 και τουλάχιστον 5 γονίδια της λίστας εισόδου μέσα σε ένα εμπλουτισμένο κατηγορία. Επιπλέον, με συνέπεια εμπλουτίζεται όρους GO και μονοπάτια KEGG εντοπίστηκαν σε τουλάχιστον 4 από 5 προγράμματα τόσο στην EMT-core λίστα γονίδιο και ο κατάλογος 365 γονίδιο. Εμπλουτισμός αναλογίες (αριθμός των παρατηρούμενων γονιδίων διαιρείται με τον αριθμό των αναμενόμενων γονίδια για ένα GO ή κατηγορία KEGG) έχουν ληφθεί από WebGestalt, ή, εναλλακτικά, έχουν υπολογιστεί όπως περιγράφεται από τον Zhang

et al.

Με τα δεδομένα από FatiGO [59].

Συσχέτιση του καταλόγου ΕΜΤ-πυρήνα με κλινικά δεδομένα

Microarray και κλινικά δεδομένα για τους ασθενείς με καρκινώματα των πλακωδών κυττάρων του πνεύμονα (n = 130) που αναφέρθηκαν από Raponi

et al.

[17] με την προσχώρηση GDS2373 είχαν κατεβάσει από GEO. . Μικροσυστοιχιών και κλινικά δεδομένα για ασθενείς με καρκίνο του μαστού (n = 133) που αναφέρθηκαν από Hess

et al

[18] είχαν κατεβάσει από την ιστοσελίδα του Κέντρου MD Anderson Cancer (διαθέσιμο: https://bioinformatics.mdanderson.org/pubdata.html? προσπελαστεί 2012 7η Σεπ). Οι ασθενείς χωρίστηκαν σε υψηλές και χαμηλές ομάδες που εκφράζουν για επιλεγμένα γονίδια μέσα στη λίστα EMT-πυρήνα. Οι p-τιμές υπολογίστηκαν με τη χρήση δύο όψεων του Student

t-test

. Η ανάλυση επιβίωσης για τα δεδομένα από Raponi

et al.

πραγματοποιήθηκε με το τεστ χι-τετραγώνου της ισότητας χρησιμοποιώντας το πακέτο επιβίωσης σε Ε [60]. P-τιμές κάτω από 0,05 θεωρήθηκαν σημαντικές.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

Cluster ανάλυση των γονιδίων μοιράζονται τουλάχιστον 14 GES σύνολα δεδομένων εμφανίζει επίμονη και διακριτές συστάδες.

doi: 10.1371 /journal.pone.0051136.s001

(PDF)

Εικόνα S2.

Το 130 γονίδια EMT-core λίστα και τα 365 γονίδια λίστα παρουσιάζουν συγκρίσιμες αναλογίες εμπλουτισμό του GO μοριακής λειτουργίες.

doi: 10.1371 /journal.pone.0051136.s002

(PDF)

Εικόνα S3.

διάγραμμα ροής που απεικονίζει τη δημιουργία του EMT-core λίστα γονίδιο.

doi: 10.1371 /journal.pone.0051136.s003

(PDF)

Πίνακα S1.

Matrix περιέχει σημαντικά πάνω και προς τα κάτω ρυθμισμένη γονίδια σε όλη την αναλύονται σύνολα δεδομένων GES

doi:. 10.1371 /journal.pone.0051136.s004

(XLS)

Πίνακας S2.

Λίστα των 365 γονιδίων που ρυθμίζονται σημαντικά σε τουλάχιστον 10 GES σύνολα δεδομένων

doi:. 10.1371 /journal.pone.0051136.s005

(DOC)

Πίνακα S3.

EMT-core λίστα γονίδιο 130 ανάντη ή μειωτικά γονίδια μοιράζονται μεταξύ τουλάχιστον 10 GES σύνολα δεδομένων

doi:. 10.1371 /journal.pone.0051136.s006

(DOC)

Πίνακας S4.

Εμπλουτισμός εργαλεία που χρησιμοποιούνται σε αυτή τη μελέτη και τις περιουσίες τους

doi:. 10.1371 /journal.pone.0051136.s007

(DOC)