Αφηρημένο

Ο καθορισμός η λειτουργική επίδραση των σωματικών μεταλλάξεων είναι ζωτικής σημασίας για την κατανόηση ογκογένεση και τη μετάσταση. Πρόσφατες αλληλουχίες διαφόρων καρκίνων έχουν παράσχει πλήρεις λίστες σωματικών μεταλλάξεων σε ολόκληρη γονιδιωμάτων, επιτρέποντας έρευνα της λειτουργικής επίπτωση των σωματικών μεταλλάξεων σε μη-κωδικοποιητικές περιοχές. Εδώ, μελετάμε σωματικές μεταλλάξεις στο 3’UTRs των γονιδίων που έχουν εντοπιστεί σε τέσσερις καρκίνους και υπολογιστικά προβλέψει πώς μπορεί να αλλάξει miRNA στόχευση, με πιθανό αποτέλεσμα απορρύθμιση της έκφρασης των γονιδίων που φέρουν αυτές τις μεταλλάξεις. Θεωρούμε ότι σωματικές μεταλλάξεις δημιουργήσετε ή να διαταράξουν πιθανές θέσεις-στόχους των miRNAs στα 3’UTRs πολλών γονιδίων, συμπεριλαμβανομένων αρκετών γονιδίων, όπως

MITF

,

EPHA3

,

ΤΑΙ1

,

SCG3

, και

GSDMA

, τα οποία έχουν προηγουμένως συνδεθεί με τον καρκίνο. Έχουμε ενσωματώσει επίσης τις σωματικές μεταλλάξεις με μεταλλάξεις βλαστικής σειράς και τα αποτελέσματα των μελετών συσχέτισης. Συγκεκριμένα, έχουμε εντοπίσει πιθανές θέσεις-στόχους των miRNAs στα 3’UTRs του

BMPR1B

,

KLK3

, και

SPRY4

που διαταράσσεται από δύο σωματικές και βλαστικές μεταλλάξεις και, επίσης, , είναι σε σύνδεση μπλοκ ανισορροπία με υψηλή δείκτες βαθμολόγησης από μελέτες σύνδεσης καρκίνο. Η σωματική μετάλλαξη στο

BMPR1B

βρίσκεται σε μια περιοχή-στόχο του miR-125b? μεταλλάξεις βλαστικής σειράς σε αυτό το site στόχο έχουν προηγουμένως ήταν τόσο φαίνεται να διαταράξει ρύθμιση του

BMPR1B από

miR-125b και συνδέονται με τον καρκίνο

Παράθεση:. Ziebarth JD, Bhattacharya Α, Cui Υ (2012) ολοκληρωμένη ανάλυση των σωματικών μεταλλάξεων αλλοίωση microRNA Στόχευση στον Καρκίνο γονιδιώματα. PLoS ONE 7 (10): e47137. doi: 10.1371 /journal.pone.0047137

Επιμέλεια: Srikumar Π Chellappan, H. Lee Moffitt Cancer Center & amp? Research Institute, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: May 10, 2012? Αποδεκτές: 11 Σεπτέμβρη, 2012? Δημοσιεύθηκε: 16 Οκτωβρίου 2012 |

Copyright: © Ziebarth et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο εν μέρει υποστηρίζεται από το Πανεπιστήμιο του Τενεσί Κέντρο Ολοκληρωμένης και Translational Genomics. Καμία πρόσθετη εξωτερική χρηματοδότηση ελήφθη για τη μελέτη αυτή. Ο χρηματοδότης δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Τα γονιδιώματα των ανθρώπινων καρκίνων πιο ενήλικα περιέχει χιλιάδες σωματικών μεταλλάξεων [1], και μια κρίσιμη πτυχή της έρευνας για τον καρκίνο είναι να προσδιορίσει ποια από αυτές τις σωματικές μεταλλάξεις έχουν κρίσιμη λειτουργική επίδραση στις βιολογικές διεργασίες που σχετίζονται με ογκογένεση και τη μετάσταση [2 ], [3], [4]. Μέχρι πρόσφατα, οι προσπάθειες για γονιδιώματα καρκίνο αλληλουχία επικεντρώθηκαν στην επίδραση των μεταλλάξεων σε περιοχές κωδικοποίησης και τον προσδιορισμό μη συνώνυμες μεταλλάξεις σημείου, μικρές μετατόπισης πλαισίου διαγραφές, ή μεγάλων γονιδιωματικών αναδιατάξεων που μπορεί, για παράδειγμα, να δημιουργήσει συντήξεις γονιδίων [5], [6] . Με την ταχεία εξέλιξη της τεχνολογίας προσδιορισμού αλληλουχίας, έχει καταστεί δυνατή η σειρά και συγκρίνετε ολόκληρων γονιδιωμάτων των φυσιολογικών και καρκινικών ιστών από το ίδιο άτομο για τον εντοπισμό σωματικών μεταλλάξεων [7]. Πρόσφατα, το σύνολο γονιδιώματα των φυσιολογικών και καρκινικών ιστών σε ασθενείς με καρκίνο του πνεύμονα [8], το μελάνωμα [9], μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα (SCLC) [10], και του καρκίνου του προστάτη [11] έχουν την αλληλουχία, παρέχοντας σωματικές μεταλλάξεις σε αυτά καρκίνους τόσο κωδικοποίησης και μη-κωδικοποίησης περιοχές. Ωστόσο, δεν έχει, σε αυτό το σημείο, υπήρξε περιορισμένη έρευνα της επίδρασης του μη κωδικοποιητικού σωματικές μεταλλάξεις στο παθογένεση του καρκίνου.

Ένα αποτέλεσμα σωματικών μεταλλάξεων σε μη-κωδικοποιητικές περιοχές που έχει τη δυνατότητα να επηρεάσει σημαντικά τις κυτταρικές λειτουργίες που σχετίζονται με τον καρκίνο είναι η αλλοίωση των microRNA (miRNA) στόχευση. Τα microRNAs είναι μικρά, μη-κωδικοποίησης RNAs που λειτουργούν ως ρυθμιστές της μετα-μεταγραφική έκφραση του mRNA, τυπικά με αναστολή της μετάφρασης ή που προκαλεί την αποικοδόμηση του mRNA στόχων τους. Πολλοί miRNAs είναι ανάντη ή προς τα κάτω ρυθμισμένα σε καρκίνους, υποδεικνύοντας ότι δρουν ως ογκογονίδια ή καταστολείς όγκων, αντίστοιχα? και έχουν προφίλ έκφρασης των miRNAs έχουν χρησιμοποιηθεί για να ταξινομήσει με ακρίβεια υποτύπων καρκίνου [12]. έχουν miRNAs έχουν δειχθεί να ελέγχουν πολλές σημαντικές κυτταρικές διαδικασίες που έχουν αλλοιωθεί σε καρκίνους, συμπεριλαμβανομένων διαφοροποίηση, πολλαπλασιασμό και την απόπτωση [13]. Η λειτουργία των miRNAs είναι ιδιαίτερα ευαίσθητη σε γενετικές παραλλαγές, διότι η συμπληρωματικότητα μεταξύ της περιοχής των σπόρων του miRNA και μια ακολουθία mRNA είναι συχνά απαιτείται για miRNA στοχεύει [14]. Ως εκ τούτου, δεν προκαλεί έκπληξη το ότι οι μεταλλάξεις γραμμής σπέρματος που διαταράσσουν miRNA στόχευσης έχουν βρεθεί να παίζουν σημαντικό ρόλο σε πολλές ασθένειες [15], [16], [17], [18], συμπεριλαμβανομένων αρκετών τύπων καρκίνου [19], όπως το μελάνωμα [20], λευχαιμία [21], [22], και του καρκίνου του μαστού [23], [24], καθώς και σε ογκογόνο μετασχηματισμό [25]. μεταλλάξεις βλαστικής σειράς που μεταβάλλουν θέσεις-στόχους των miRNAs έχουν επίσης διερευνηθεί ως τις λειτουργικές παραλλαγές αιτιολογικός που διέπουν τα αποτελέσματα των μελετών συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία (GWAS) [26], [27]. Πρόσφατα, μια σωματική μετάλλαξη στην 3’UTR του

TNFAIP2

, ένα γνωστό στόχο του

PRAM1

ογκογονίδιο, δημιουργεί μια νέα θέση στόχο miRNA που έχει ως αποτέλεσμα τη μείωση του

TNFAIP2

έκφραση σε έναν ασθενή με οξεία μυελογενή λευχαιμία. [28] Το παράδειγμα αυτό δείχνει τις δυνατότητες για σωματικές μεταλλάξεις για να αλλάξει miRNA στόχευση και συμβάλλουν στην παθογένεση, αλλά έχει εκεί, σε αυτό το σημείο, ήταν περιορισμένη έρευνα σωματικών μεταλλάξεων που βρίσκονται σε θέσεις-στόχους των miRNAs.

Εδώ, εμείς συστηματικά εξετάσει πώς σωματικά μεταλλάξεις μπορεί να τροποποιήσει miRNA στοχεύει (Σχήμα 1). Πρώτον, συλλέγουμε σωματικές μεταλλάξεις σε 3’UTRs, οι γονιδιωματικές περιοχές που συνήθως θεωρούνται ότι είναι οι πιο κοινές θέσεις σύνδεσης του miRNAs, που λαμβάνεται από ολόκληρο αλληλουχίες γονιδιώματος τεσσάρων καρκίνων και αναλύουν τα μοτίβα αυτών των 3’UTR μεταλλάξεων. Στη συνέχεια, υπολογιστικά προβλέψουμε πώς 3’ΙΙΤΡ σωματικές μεταλλάξεις μεταβάλλουν θέσεις στόχους των miRNAs και να προσδιορίσει ποια από αυτές τις σωματικές μεταλλάξεις μπορεί να είναι ιδιαίτερα σημαντική για την παθογένεση του καρκίνου. Προσδιορίζουμε σωματικές μεταλλάξεις που και οι δύο βρίσκονται εντός των γονιδίων που έχουν συνδεθεί με τον καρκίνο και να μεταβάλλουν πιθανές θέσεις στόχου σχετίζονται με τον καρκίνο miRNAs. Έχουμε, επίσης, προσπαθούν να συνδέσουν τις μεταβολές του miRNA στοχεύει με τον καρκίνο μέσω της ενσωμάτωσης αυτών των σωματικών μεταλλάξεων με τα αποτελέσματα των μελετών σύνδεσης. Έχουμε εντοπίσει τρεις περιοχές-στόχους των miRNAs που έχουν αλλοιωθεί από τις δύο σωματική και βλαστική μεταλλάξεις σε σύνδεση μπλοκ ανισορροπία με υψηλή δείκτες βαθμολόγησης που προσδιορίζονται στο GWAS των καρκίνων.

Οι Σωματικές μεταλλάξεις μέσα στις περιοχές στόχου υποτιθέμενη miRNA που συνδέονται με γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο και miRNAs, καθώς και τα αποτελέσματα των μελετών συσχέτισης του καρκίνου.

η

αποτελέσματα

Πρότυπα σωματικών μεταλλάξεων σε 3’UTRs

Εμείς συλλέγονται συνολικά 610 σωματικές μεταλλάξεις στο 3’UTRs από τέσσερα καρκίνους (SCLC, μελάνωμα, του πνεύμονα, και προστάτη). Με εξαίρεση τον καρκίνο του προστάτη, σωματικές μεταλλάξεις προσδιορίστηκαν από ολόκληρη την γονιδιώματος των μεμονωμένων δειγμάτων? επτά δείγματα υποβλήθηκαν σε προσδιορισμό αλληλουχίας για τον καρκίνο του προστάτη. Καμία από τις σωματικές μεταλλάξεις σε 3’UTRs ταυτοποιήθηκαν σε πολλαπλούς τύπους καρκίνου. Μόνο 1 (α Τ & gt? Υποκατάσταση C σε 30.693.148 στο 3’UTR του

Tubb

ότι βρέθηκε σε δύο δείγματα καρκίνου του προστάτη) της 152 (0,66%) σωματικές μεταλλάξεις σε 3’UTRs προσδιορίζονται στον καρκίνο του προστάτη ήταν βρέθηκαν σε πολλαπλά δείγματα. Η εμφάνιση των σωματικών μεταλλάξεων σε πολλαπλά δείγματα καρκίνου του προστάτη σε ολόκληρο το γονιδίωμα ήταν παρομοίως σπάνια, καθώς μόνο 116 του 28626 (0,41%) των σωματικών μεταλλάξεων στον καρκίνο του προστάτη βρέθηκαν σε πολλαπλά δείγματα γονιδιώματος κλίμακα. Για να συγκρίνουμε τους τύπους των αντικαταστάσεων που σημειώθηκε σε κάθε τύπο καρκίνου, υπολογίσαμε τη συχνότητα του κάθε κατηγορία απλή υποκατάσταση βάσης (Σχήμα 2). Οι κατανομές των αντικαταστάσεων σε 3’UTRs ποίκιλαν ανάλογα με τους τύπους καρκίνων. Για παράδειγμα, η πλειονότητα των αντικαταστάσεων μελανώματος ήταν G & gt? A /C & gt? Τ, ενώ οι πιο διαδεδομένες μεταλλάξεις σε αμφότερα πνεύμονα και SCLC δείγματα ήταν G & gt? T /C & gt? A υποκαταστάσεις. Οι τάσεις που συμφωνήθηκε με τα ποσοστά από τις μεταλλάξεις που βρέθηκαν σε όλες τις περιοχές του γονιδιώματος για κάθε τύπο του καρκίνου, και, σε γενικές γραμμές, το ποσοστό των μεταλλάξεων για κάθε τύπο υποκατάστασης ήταν παρόμοιες για 3’UTRs και για ολόκληρο το γονιδίωμα. Μαζί, αυτά τα αποτελέσματα υποδεικνύουν ότι οι μεταλλάξεις σε 3’UTRs έχουν παρόμοιες αιτίες (π.χ., υπεριώδες έκθεση για το μελάνωμα, το κάπνισμα για τον καρκίνο του πνεύμονα), όπως οι μεταλλάξεις στο ολόκληρο το γονιδίωμα.

Το ποσοστό κάθε κατηγορίας υποκατάστασης μεταξύ σωματικών μεταλλάξεις σε 3’UTRs (μαύρη ράβδος) ή σε ολόκληρο το γονιδίωμα (λευκή ράβδος) παρουσιάζεται για το (Α) ο καρκίνος του πνεύμονα, (Β) SCLC, (Γ) μελάνωμα, και (Δ) καρκίνο του προστάτη.

η

επίσης διερευνήθηκε αν σωματικές μεταλλάξεις σε 3’UTRs ήταν πιο πιθανό να βρίσκονται στο 5 ‘άκρο ή στο 3’ άκρο του 3’UTR. Για κάθε σωματική μετάλλαξη, συγκρίναμε την απόσταση από την εκκίνηση του 3’UTR (δηλαδή, το άκρο του τελικού εξονίου) προς την μετάλλαξη με το συνολικό μήκος του 3’UTR. Στη συνέχεια μετρήθηκε ο αριθμός των σωματικών μεταλλάξεων σε διαφορετικές ενότητες των 3’UTRs χρησιμοποιώντας ένα παράθυρο κύλισης με πλάτος 5% και διαπιστώθηκε ότι ο αριθμός των σωματικών μεταλλάξεων ποικίλει σημαντικά κατά μήκος του 3’UTR (Σχήμα 3). Η συνολική μοτίβο της κατανομής όλων των σωματικών μεταλλάξεων (Σχήμα 3α) ταιριάζει περισσότερο με εκείνη που λαμβάνεται από καρκίνο του πνεύμονα (Σχήμα 3b), η μελέτη που παρήγαγαν τον μεγαλύτερο αριθμό των μεταλλάξεων. Στον καρκίνο του πνεύμονα (Σχήμα 3β), υπάρχουν πολλές μεταλλάξεις αμέσως κατάντη του άκρου του τελικού κωδικοποίησης εξόνιο, με τον αριθμό των μεταλλάξεων απότομα μειώνεται καθώς η απόσταση πλησίασε το 10% του μήκους 3’UTR.

Για κάθε σωματική μετάλλαξη, το ποσοστό της απόστασης από την έναρξη της 3’UTR στη σωματική μετάλλαξη σε σύγκριση με το συνολικό μήκος του 3’UTR υπολογίστηκε. Το σχήμα δείχνει τον αριθμό των μεταλλάξεων σε τροχαίο παράθυρα του 5% του μήκους 3’UTR για σωματικές μεταλλάξεις στο (Α) όλα τα είδη καρκίνου, (Β) ο καρκίνος του πνεύμονα, (Γ) SCLC, (D) μελάνωμα, και (Ε) καρκίνο του προστάτη.

η

Σωματικές μεταλλάξεις στο 3’UTRs αλλάξει miRNA στοχεύει

Ενώ μια πλήρη κατανόηση του πώς επιλέγονται οι στόχοι του mRNA ενός miRNA έχει ακόμη διευκρινιστεί, συμπληρωματικότητα αλληλουχίας μεταξύ νουκλεοτίδια στο 5 ‘άκρο, ή την περιοχή των σπόρων, της ώριμης αλληλουχίας miRNA και θέση-στόχο mRNA, το οποίο είναι τυπικά στην 3’UTR, είναι κοινή σε πολλά ζευγάρια miRNA-mRNA. Δεκάδες υπολογιστικών μεθόδων για την πρόβλεψη των στόχων του miRNAs έχουν αναπτυχθεί, με βάση τη συμπληρωματικότητα, καθώς και άλλα κριτήρια, συμπεριλαμβανομένης της διατήρησης της θέσης στόχου μεταξύ των ειδών, η προσβασιμότητα θέση στόχο στο δευτερογενή δομή του mRNA, το πλαίσιο αλληλουχία της θέσης στόχου , και οι θερμοδυναμικές παράμετροι της δέσμευσης [29], [30]. Χρησιμοποιήσαμε δύο μέθοδοι για τον εντοπισμό σωματικών μεταλλάξεων με τη δυνατότητα να επηρεάσουν miRNA στοχεύει (Πίνακας S1). Πρώτον, υπολογίσαμε το πλαίσιο + βαθμολογίες χρησιμοποιώντας την πιο πρόσφατη έκδοση του TargetScan [31], ένα από τα πιο ευρέως χρησιμοποιούμενα και υψηλότερες επιδόσεις miRNA εργαλεία πρόβλεψης [32], [33], για δύο σύνολα 3’ΙΙΤΡ ακολουθίες, ένα που περιέχει το αλληλόμορφο βρέθηκε στο φυσιολογικό ιστό και ένα που περιέχει το αλληλόμορφο βρέθηκε σε καρκινικό ιστό. Στη συνέχεια προσδιορίζονται σωματικές μεταλλάξεις που βρίσκονται μέσα σε περιοχές-στόχους που προβλέπονται από TargetScan και επηρέασε πλαίσιο + βαθμολογίες. Δεύτερον, προσπαθήσαμε να δημιουργήσουμε μια πιο περιεκτική λίστα των 3’ΙΙΤΡ σωματικών μεταλλάξεων που επηρεάζουν miRNA στοχεύει με τον προσδιορισμό των μεταλλάξεων που μεταβάλλουν 6mer, 7mer, ή 8-μερούς περιοχές συμπληρωματικές προς τους σπόρους miRNA. Αυτή η δεύτερη προσέγγιση υποκινήθηκε από πρόσφατη ανάλυση των αλληλουχιών mRNA στόχο miRNAs σε πειράματα CLIP-Seq σε ανθρώπινα πειράματα [34] και HITS-CLIP στο ποντίκι [35], η οποία διαπίστωσε ότι, ενώ πλέον (π.χ., 7 nt και 8 nt) αγώνες μεταξύ η ακολουθία mRNA και miRNA σπόροι είχαν υψηλότερα ιδιαιτερότητες, η πλειοψηφία των λειτουργικών θέσεων στόχων που περιέχονται μόνο 6 nt αγώνες [36].

Λόγω του μεγάλου αριθμού των μοναδικών σπόρων miRNA, που αναμένεται να διαπιστώσετε ότι οι περισσότερες σωματικές μεταλλάξεις είτε διαταραχθεί ή δημιουργήσει τουλάχιστον έναν αγώνα 6mer σε ένα σπόρο miRNA (Πίνακας S1). 608 από τα 610 σωματικών μεταλλάξεων σε 3’UTRs μεταβληθεί τουλάχιστον ένα 6mer μακρά πιθανή θέση πρόσδεσης miRNA και 525 μεταλλάξεις αλλαγή σκηνικού + βαθμολογίες υπολογίζονται TargetScan 6,0 για τουλάχιστον ένα miRNA. Στη συνέχεια προσπάθησε να προσδιορίσει σωματικές μεταλλάξεις που είχαν μια υψηλή προτεραιότητα έχουν ένα ρόλο στην παθογένεση του καρκίνου. Πρώτον, επιλέγονται μόνο τα ζεύγη miRNA-mRNA για τα οποία η σωματική μετάλλαξη είχε ως αποτέλεσμα μια αλλαγή μεγέθους μεγαλύτερη από 0,2 για πλαίσια + σκορ ενός miRNA στόχευση του mRNA, παρέχοντας τα σωματικές μεταλλάξεις σε θέσεις στόχους που ήταν στην κορυφή του 15% αυτών πιο πιθανό να είναι λειτουργική βασίζεται στο πλαίσιο + σκορ. Στη συνέχεια, θα περιορίσει τις επηρεάζονται πιθανές θέσεις στόχου με βάση τη miRNA και να απομακρύνονται miRNAs που είτε είχαν χαμηλή έκφραση (με λιγότερους από 100 συνολικές διαβάζει) στις RNA-Seq πειράματα συλλέγονται σε miRBase [37] ή δεν έχουν προηγουμένως συνδέονται με τον καρκίνο στο βάση δεδομένων PhenomiR [38]. Τέλος, χρησιμοποιήσαμε το Cancer Gene Απογραφή [39] και άλλες πηγές βιβλιογραφίας για την ταυτοποίηση γονιδίων που είναι γνωστό καταστολείς όγκων, ογκογονίδια, ή να έχουν άλλες λειτουργικές ενώσεις με τον καρκίνο. Ο Πίνακας 1 περιέχει μια επιλογή των σωματικών μεταλλάξεων που άλλαξε miRNA στόχευση και ικανοποιεί τα κριτήρια αυτά. Εξετάσαμε επίσης ιστών και ειδική για τον καρκίνο έκφραση miRNA να διαπιστώσετε miRNAs που έχουν αποδειχθεί ότι είναι εξαιρετικά εκφράζεται στον συγκεκριμένο ιστό ή καρκίνο στο οποίο προσδιορίστηκαν οι σωματικές μεταλλάξεις (Πίνακας S1). Αρκετές από τις σωματικές μεταλλάξεις στον Πίνακα 1, συμπεριλαμβανομένων εκείνων στο

ΤΑΙ1

,

BMPR1B

,

KDM5A

,

SCG3

, και

BCAS3

επηρέασε θέσεις στόχους των miRNAs που έχουν αποδειχθεί να εκφράζονται στον ίδιο ιστό στον οποίο ταυτοποιήθηκε ο miRNA.

η

Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν ογκογονίδια με σωματικές μεταλλάξεις που διαταράσσουν miRNA στόχευσης και του όγκου καταστολείς με σωματικές μεταλλάξεις που δημιουργούν νέους στόχους miRNA, όπως αυτές οι μεταλλάξεις θα μπορούσαν ενδεχομένως να εξηγήσουν την αντίστοιχη επάνω και κάτω ρύθμιση αυτών των γονιδίων σε καρκίνους (οι μεταλλάξεις που πληρούν το κριτήριο αυτό εμφανίζεται με έντονους χαρακτήρες στον πίνακα 1). Για παράδειγμα, η αυξημένη έκφραση του

TAL1

[40],

SCG3

[41] και

GSDMA

[42], [43], έχει παρατηρηθεί σε καρκίνους, και τα σωματικά μεταλλάξεις στα 3’UTRs αυτών των γονιδίων διαταράσσει υποθετικές στόχοι miRNAs που έχουν συσχετιστεί με τον καρκίνο. Η διακοπή αυτών των χώρων στόχου μπορεί να εμποδίσει τη ρύθμιση των επιπέδων αυτών των γονιδίων από τα miRNAs, οδηγώντας σε υψηλότερη έκφραση. Σε αντίθεση,

EPHA3

[44] και

MITF

[45] είναι υπό-εκφράζεται σε καρκίνους ή έχουν δειχθεί ότι δρουν ως καταστολείς όγκων? οι σωματικές μεταλλάξεις μπορούν να δημιουργήσουν νέες θέσεις στόχους που οδηγούν σε αυξημένη αναστολή της μετάφρασης ή αποικοδόμησης των mRNAs. Αξίζει να σημειωθεί ότι, μία από τις σωματικές μεταλλάξεις που επιλέγονται με τη μέθοδο αυτή επηρέασε μια πειραματικά επικυρωμένη στόχο site του miR-125b στο

BMPR1B

[46], τα οποία θα εξεταστούν αναλυτικότερα στην επόμενη ενότητα.

GWAS- και CGAS ενημερωμένοι λειτουργική ανάλυση των σωματικών μεταλλάξεων που μεταβάλλουν miRNA στοχεύει

Γονιδίωμα-ευρύ και των υποψήφιων γονιδίων ένωση έχουν εντοπίσει ένα μεγάλο και αυξανόμενο, αριθμό γονιδιωματικής θέσεις που φέρουν μεταλλάξεις βλαστικής σειράς σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο για Καρκίνος. Σε πολλές περιπτώσεις, οι συγκεκριμένες μεταλλάξεις βλαστικής σειράς που κρύβονται κάτω από αυτές τις ενώσεις και τις λειτουργικές επιπτώσεις τους παραμένουν άγνωστες? Ωστόσο, βλαστική μεταλλάξεις που μεταβάλλουν miRNA στόχευση έχουν προσδιοριστεί ως ελπιδοφόρα υποψήφιοι για πιθανώς εξηγούν τον αυξημένο κίνδυνο για αρκετές καρκίνου [19]. Ως εκ τούτου, προσπαθήσαμε να ενσωματώσουν τις σωματικές μεταλλάξεις που μεταβάλλουν miRNA στοχεύει με βλαστική μεταλλάξεις και τα αποτελέσματα των μελετών συσχέτισης. Επιδιώξαμε να εντοπιστούν οι περιοχές-στόχους των miRNAs σε ανισορροπία σύνδεσης με υψηλή δείκτες βαθμολόγησης από μελέτες σύνδεσης που έχουν αλλοιωθεί από τις δύο βλαστική μεταλλάξεις και σωματικές μεταλλάξεις εντοπίστηκαν σε καρκίνους. Συγκεκριμένα, εντοπίστηκαν τα δύο πειραματικά υποστηριζόμενη και υπολογιστικά προβλεπόμενες θέσεις στόχου miRNA μεταβληθεί με σωματικές μεταλλάξεις που είχαν επίσης μεταβληθεί από βλαστικής σειράς μεταλλάξεων, και στη συνέχεια, προσδιορίζεται αν ο στόχος ήταν στο ίδιο μπλοκ απλότυπος δεικτών όπως υψηλής βαθμολογίας από μελέτες σύνδεσης καρκίνο. Τρία γονίδια,

BMPR1B

,

KLK3

, και

SPRY4

, περιείχαν θέσεις-στόχους των miRNAs μεταβληθεί από δύο σωματικές και βλαστικές μεταλλάξεις που ήταν στο μπλοκ disequilbrium σύνδεση που περιέχει τη μελέτη σύνδεσης υψηλής βαθμολόγησης δείκτες (Πίνακας 2 και Σχήμα 4).

(Α) Διακοπή της θέση-στόχο του miR-125b στην 3’UTR του

BMPR1B

. (Β) Η διακοπή της θέση-στόχο των miR-210 στην 3’UTR του

KLK3

. (Γ) Η διακοπή της θέση-στόχο των miR-608 στην 3’UTR του

SPRY4

.

Η

Το 3’UTR του

BMPR1B

περιέχει μία θέση σύνδεσης για miR-125b που διαταράσσεται από ένα τόσο σωματικά μετάλλαξη που ταυτοποιήθηκε σε καρκίνο του πνεύμονα (CHR4: g.96075969G & gt? Τ) και ένα βλαστικής γραμμής SNP (rs1434536). Αυτή η περιοχή-στόχος είναι, επίσης, σε ένα μπλοκ απλότυπος με rs11097457, ένα από τα κορυφαία 100 υψηλότερα δείκτες βαθμολόγησης στον καρκίνο Γενετικοί δείκτες ευαισθησίας (CGEMS) μελέτη, η οποία σχετίζεται με τον κίνδυνο καρκίνου του μαστού [46] (Σχήμα 4α). Το

2 τιμή R για τη συσχέτιση μεταξύ rs11097457 και rs1434536 στο γονιδιώματος Έργου 1000 [47] είναι 0,82. Η στόχευση του

BMPR1B από

miR-125b και η πιθανότητα ότι οι γενετικές παραλλαγές διαταράξει αυτήν την περιοχή-στόχο και να παίξουν ένα ρόλο στον καρκίνο έχουν ήδη μελετηθεί [46]. Saetrom et al. διαπίστωσε ότι rs1434536 ήταν σε ισχυρή ανισορροπία σύνδεσης με δύο δείκτες υψηλής βαθμολόγησης σε μια μελέτη συσχέτιση του καρκίνου του μαστού, επιβεβαίωσε την ένωση σε μια ανεξάρτητη ομάδα του καρκίνου του μαστού, και έδειξε ότι το SNP διαταραχές στη ρύθμιση του

BMPR1B από

miR-125b.

Τόσο η σωματική μετάλλαξη (CHR19: g.51363764A & gt? C) και μία μετάλλαξη βλαστικής σειράς (rs1803136) στην 3’UTR του

KLK3

, ένα γονίδιο του οποίου η έκφραση χρησιμοποιείται συχνά ως διαγνωστικό δείκτης στον καρκίνο του προστάτη [48], διαταράσσεται προβλεπόμενες θέσεις στόχους για το miR-675, miR-138 και miR-210. Οι τόποι αυτοί στόχοι ήταν στο ίδιο μπλοκ ανισορροπία σύνδεσης, και μόνο ~850 ζεύγη βάσεων μακριά από rs2735839 (Σχήμα 4β), η οποία σχετίζεται στενά με αυξημένο κίνδυνο σε μια GWAS του καρκίνου του προστάτη [49]. Επιπλέον, η σωματική μετάλλαξη (CHR19: g.51363764A & gt? C) αναγνωρίστηκε επίσης σε έναν ασθενή με καρκίνο του προστάτη [11]. Υπήρξε επίσης προηγούμενες ενδείξεις ότι miR-675 [50], miR-210 [51] και miR-138 [52] ρυθμίζουν τον πολλαπλασιασμό των καρκινικών κυττάρων. Βρήκαμε επίσης μια σωματική μετάλλαξη (CHR5: ζ. 141691500G & gt? Τ) και ένα rs72117814 μετάλλαξη βλαστικής γραμμής μέσα σε ένα προβλεπόμενο σημείο δέσμευσης για miR-608 στην 3’UTR του

SPRY4

που βρισκόταν στην ίδια διαταραχή ισορροπίας σύνδεσης μπλοκ, όπως rs4624820, ένας δείκτης υψηλόβαθμος σε καρκίνο των όρχεων GWAS [53], [54] (Σχήμα 4γ).

SPRY4

αναστέλλει την ενεργοποιούμενη από μιτογόνο πρωτεϊνική κινάση οδού (ΜΑΡΚ) η οποία ενεργοποιείται από την οδό KITLG-KIT, το οποίο έχει συνδεθεί με τον καρκίνο των όρχεων [53]. Επειδή οι μεταλλάξεις βλαστικής σειράς που διαταράσσουν τις περιοχές στόχου στο

SPRY4

και

KLK3

δεν περιλαμβάνονται στο γονιδιώματος Έργου 1000 ή HapMap δεδομένα, δεν ήμασταν σε θέση να υπολογίσει την αντιστοιχία μεταξύ των βλαστικής σειράς SNPs και η υψηλόβαθμος δείκτες GWAS.

Συζήτηση

Πρόσφατα αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος των φυσιολογικών και καρκινικών ιστών από το ίδιο άτομο έχουν παράσχει πλήρεις λίστες σωματικών μεταλλάξεων. Αν και υπήρξαν αρκετές προσπάθειες για να εντοπίσει τη λειτουργική επίδραση των σωματικών μεταλλάξεων σε περιοχές κωδικοποίησης [5], [55], μη-κωδικοποίησης σωματικές μεταλλάξεις έχουν λάβει σχετικά μικρή προσοχή, παρά τη σημασία των περιοχών αυτών για την ρύθμιση των γονιδίων. Μία έκθεση ερεύνησε τα ποσοστά των μη-κωδικοποίησης σωματικές μεταλλάξεις στο πολλαπλό μυέλωμα και παρατήρησε ότι πολλοί μη-κωδικοποίησης μεταλλάξεις ήταν κοντά περιοχές κωδικοποίησης με γνωστές σωματική υπερμετάλλαξη και ότι η συχνότητα μετάλλαξης σε μερικά-μη-κωδικοποιητικές περιοχές ήταν μεγαλύτερη από εκείνη που αναμένεται από την τύχη [ ,,,0],56], αλλά η λειτουργική επίδραση αυτών των μη-κωδικοποίησης μεταλλάξεις δεν διερευνήθηκε. Εδώ, κάναμε μια πρώτη προσπάθεια για τον εντοπισμό μη-κωδικοποίησης σωματικές μεταλλάξεις που έχουν τη δυνατότητα να προκαλέσουν απορύθμιση της έκφρασης των γονιδίων και να συμβάλλουν στην παθογένεση του καρκίνου. Συγκεκριμένα, επικεντρωθήκαμε σε σωματικές μεταλλάξεις που βρίσκεται στην 3’UTRs και να διερευνηθεί το πώς αυτές οι μεταλλάξεις μπορεί να τροποποιήσει miRNA στόχευση. Βρήκαμε ότι οι κατανομές των διαφόρων τύπων και μόνο υποκαταστάσεις βάσεως μεταξύ σωματικές μεταλλάξεις σε 3’UTRs ποικίλει για διαφορετικούς τύπους καρκίνων, αλλά συμφώνησε με τις κατανομές σε ολόκληρο το γονιδίωμα σε κάθε τύπο καρκίνου (Σχήμα 2). Διερευνήσαμε επίσης την κατανομή μεταξύ των miRNAs 3’UTRs και διαπίστωσε ότι, για τον καρκίνο του πνεύμονα, υπήρχε ένας μεγάλος αριθμός σωματική μετάλλαξη βρίσκεται στην 3’UTR πολύ κοντά στην τελική εξόνη. Η κατανομή των μεταλλάξεων κατά μήκος γονιδίων έχει χρησιμοποιηθεί για να προσδιοριστεί η επιλεκτική εφαρμογή της επιδιόρθωσης του DNA, και έχει δειχθεί ότι η επισκευή του DNA είναι πιο κοινή μεταξύ των μεταγράφεται κλώνων σε σύγκριση με μη-μεταγράφονται σκέλη και στο 5 ‘άκρο των γονιδίων σε σύγκριση με τα 3 ‘άκρο [9]. Ενώ ο μεγάλος αριθμός των σωματικών μεταλλάξεων στο 3’UTR κοντά στον τελικό εξόνη στον καρκίνο του πνεύμονα είναι μόνο ένα αρχικό αποτέλεσμα βασίζεται σε ένα σχετικά μικρό αριθμό σωματικών μεταλλάξεων, παρατήρηση της συμπεριφοράς ως παρόμοιες περισσότερες σωματικές μεταλλάξεις ταυτοποιούνται μπορεί επιτρέπουν αυξημένη κατανόηση του επιδιόρθωσης του DNA στο 3’ΙΙΤΡ.

Ένας τρόπος με τον οποίο σωματικές μεταλλάξεις στο 3’UTRs ενδέχεται να έχουν λειτουργική επίδραση είναι εάν αντίκτυπο miRNA στοχεύει διαταράσσοντας ή τη δημιουργία θέσεων στόχων miRNA. Ταυτοποιήσαμε ειδικά σωματικές μεταλλάξεις που προβλέπεται να διαταράξουν θέσεις στόχους miRNA εντός γονιδίων, συμπεριλαμβανομένων των

ΤΑΙ_1

,

SCG3

, και

GSDMA

, που υπερ-εκφράζεται σε καρκίνο και μεταλλάξεις που προβλέπεται να δημιουργήσει νέες θέσεις στόχου miRNA μέσα στα γονίδια, συμπεριλαμβανομένων των

MITF

και

EPHA3

, που υποεκφράζονται στον καρκίνο. Ενώ είναι εύκολο να προσδιοριστεί πώς σωματικές μεταλλάξεις μπορεί να επηρεάσουν miRNA λειτουργία μέσω αυτών των δύο λειτουργιών (ογκογονίδια με διαταράσσεται sites και καταστολείς των όγκων με δημιουργήθηκαν sites), είναι πιθανό ότι απορύθμιση της λειτουργίας miRNA στον καρκίνο εμφανίζεται με πιο πολύπλοκες σχέσεις που μπορεί να μην είναι συνεπής για όλους τους τύπους καρκίνου. Για παράδειγμα, αρκετές miRNAs, συμπεριλαμβανομένου του miR-17-19b σύμπλεγμα [12], [57], [58], και τα γονίδια, συμπεριλαμβανομένων των

Cdh1

[59], έχουν δειχθεί ότι έχουν ογκογονικές ιδιότητες σε ορισμένες τύπους καρκίνου ενώ παράλληλα δρουν ως καταστολείς των όγκων σε άλλα. Επιπλέον, miRNAs αυξάνουν την έκφραση των στόχων τους, σε ορισμένες περιπτώσεις [60].

Greenberg et al. [61] ερεύνησε την παγκόσμια επίδραση των σωματικών μεταλλάξεων σε μελάνωμα, καρκίνο του πνεύμονα, και λευχαιμία. Βρήκαν ότι οι μεταλλάξεις σε μελάνωμα μείωσε τη σύνδεση του miRNAs να 3’UTRs, αλλά δεν τηρούν ως σημαντική από μια μείωση στη σύνδεση για σωματικές μεταλλάξεις στις άλλες μορφές καρκίνου. Θα αποδοθεί αυτό το αποτέλεσμα να προκαλεί η ακτινοβολία UV μεταλλάξεις που βρέθηκαν σε μελάνωμα είναι κυρίως Ισχυρή-to-Ασθενής μεταλλάξεων (δηλαδή, αυτές οι μεταλλάξεις που μειώνουν θερμοδυναμική σταθερότητα υβριδισμού). Ενώ έχουμε επικεντρωθεί στο πώς οι σωματικές μεταλλάξεις επηρέασαν τη συμπληρωματικότητα μεταξύ των σπόρων miRNA και θέσεις στόχους, και όχι την επίδραση των μεταλλάξεων σε δεσμευτική ενέργεια, πολλά από τα αποτελέσματά μας συμφώνησε με τα συμπεράσματα από Greenberg et al. Βρήκαμε ότι οι συχνότητες των απλών αντικαταστάσεων βάσεως μεταβάλλεται σε όλους τους τύπους καρκίνου (Σχήμα 2), με αποτέλεσμα πιο Strong-to-Ασθενής μεταλλάξεις σε μελάνωμα από άλλους καρκίνους. Μπορούμε επίσης να χρησιμοποιήσουμε τα αποτελέσματά μας (Πίνακας S1) σε σύγκριση με Greenberg et al. με υπολογισμό της αναλογίας του αριθμού των υποθετικών θέσεων στόχων miRNA διασπάστηκαν με σωματικές μεταλλάξεις με τον αριθμό των υποθετικών θέσεων στόχων miRNA που δημιουργούνται από τις σωματικές μεταλλάξεις. Η διαταραχθεί να δημιουργούνται αναλογία θέση στόχο είναι 1,18 για μεταλλάξεις μελάνωμα, το οποίο είναι παρόμοιο με την αναλογία βρέθηκε σε SCLC (1,19) και υψηλότερο από εκείνο που βρέθηκε στον προστάτη (1.12) και του καρκίνου του πνεύμονα (1,08), γεγονός που υποδηλώνει ότι είναι πιθανό ότι το σωματικό μεταλλάξεις στο αποτέλεσμα του μελανώματος σε μια συνολική μείωση των miRNA δέσμευσης σε σύγκριση με φυσιολογικούς ιστούς και άλλους καρκίνους.

Προσπαθήσαμε να εντοπίσει σημαντικές λειτουργικές σωματικές μεταλλάξεις με τη μόχλευση των αποτελεσμάτων των μελετών σύνδεσης. Εντοπίσαμε τοποθεσίες στόχο που περιέχουν και σωματικές και βλαστικές μεταλλάξεις και είναι σε σύνδεση μπλοκ ανισορροπία με υψηλή δείκτες βαθμολόγησης από μελέτες συσχέτισης των καρκίνων. Αυτή η διαδικασία ενσωματώνει δύο πηγές πληροφοριών υποδεικνύει την πιθανότητα ότι η μεταβολή της θέσης στόχου παίζει ρόλο στον καρκίνο? η μετάλλαξη βλαστικής σειράς στην θέση-στόχος είναι μια πιθανή αιτία του αυξημένου κινδύνου που συνδέεται με τη συνδεδεμένη δείκτη στην μελέτη σύνδεσης, ενώ η σωματική μετάλλαξη στο στόχο μπορεί να παίζει κάποιο ρόλο στην ογκογένεση σε άλλα άτομα. Έχουμε εντοπίσει τρεις περιοχές στόχους που βρίσκονται σε

BMPR1B

,

KLK3

, και

SRPY4

που περιέχουν και σωματικές και βλαστικές μεταλλάξεις και συνδέονται με τις σπουδές του συνεταιρίζεσθαι. Τόσο τα γονίδια που περιέχουν αυτές τις σωματικές μεταλλάξεις και τα miRNAs που στοχεύουν αυτές τις θέσεις έχουν προηγουμένως σχετίζονται με τον καρκίνο. Ένα 3’UTR σωματική μετάλλαξη σε

BMPR1B

προσδιορίζονται σε έναν ασθενή με καρκίνο του πνεύμονα διαταράσσει την ειδική θέση στόχο του miR-125b που έχει προηγουμένως ερευνηθεί για το ρόλο της στον καρκίνο [46]. Η ιστοσελίδα στόχος περιέχει ένα SNP, rs1434536, που είναι σε ανισορροπία σύνδεσης με δύο δείκτες υψηλής βαθμολόγησης σε μια μελέτη συσχέτιση του καρκίνου του μαστού και έχει ως αποτέλεσμα διατάραξη της ρύθμισης του

BMPR1B από

miR-125b. Η σωματική μετάλλαξη δείχνει μια δεύτερη διαδρομή μέσω της οποίας θα μπορούσε να διαταραχθεί η ρύθμιση του γονιδίου με miRNAs, ενδεχομένως συμβάλλουν στην ογκογένεση. Ενώ δεν υπήρξε τόσο ισχυρή πειραματική υποστήριξη για μεταλλάξεις διαταράσσουν τη ρύθμιση των

KLK3

[49] και

SPRY4

[53], [54] με miRNAs στον καρκίνο, τα δύο αυτά γονίδια έχουν ισχυρές συσχετίσεις με τον καρκίνο. Επίπεδα

KLK3

χρησιμοποιούνται συνήθως για τη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη [48], και η σωματική μετάλλαξη μεταβάλλοντας miRNA στόχευσης του

KLK3

ταυτοποιήθηκε σε καρκίνο του προστάτη.

SPRY4

εμπλέκεται στην οδό KITLG-KIT, το οποίο έχει συνδεθεί με τον καρκίνο [53]. Επιπλέον, δύο σωματικές μεταλλάξεις (CHR12: g.88889449G & gt? Α και CHR12: g.88887136G & gt? Α), σε υποθετικές θέσεις σύνδεσης για miR-203 και miR-183, αντίστοιχα, που βρίσκεται στην 3’UTR του

KITLG

. Η έκφραση του miR-183 έχει δειχθεί ότι συσχετίζεται με την έκφραση του miR-203 [62], και οι δύο miRNAs εμπλέκονται στην καταστολή της έκφρασης των παραγόντων αρχέγονων κυττάρων σε καρκινικά κύτταρα [62] και στον πολλαπλασιασμό των καρκινικών [62], [ ,,,0],63]. Οι

KITLG

σωματικές μεταλλάξεις είναι σε ένα μπλοκ ανισορροπία σύνδεσης με rs995030, ένα δείκτη SNP rs995030 η οποία συνδέεται στενά με τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου των όρχεων [53]. Ως εκ τούτου, αυτές οι σωματικές μεταλλάξεις στα 3’UTRs του

SPRY4

και

KITLG

υπόσχονται οι υποψήφιοι για τη συμβολή στην ογκογένεση από την απορρύθμιση της οδού KITLG-KIT.

Ενώ η παρούσα μελέτη ήταν σε θέση να προσδιορίσει σωματικές μεταλλάξεις που μπορεί να επηρεάσουν miRNA στόχευση και παίζουν ρόλο στην παθογένεση του καρκίνου, που περιορίζεται από διάφορους παράγοντες. Πρώτον, όλες εκτός από μία από τις μεταλλάξεις που μελετήθηκαν σωματικών εδώ ταυτοποιήθηκε σε έναν μόνο ασθενή, και, ως εκ τούτου, οι μεταλλάξεις μπορεί να μην συνήθως να βρεθεί σε άλλους ασθενείς ή μπορεί να μην είναι γενικευθούν σε άλλους πληθυσμούς και αιτιολογίες καρκίνο. Δεύτερον, λόγω του σχετικά μικρού αριθμού των πειραματικά γνωστών θέσεων δέσμευσης miRNA και έλλειψη κατανόησης της τις ιδιαιτερότητες των miRNA στόχευση, αυτή η μελέτη ήταν, στις περισσότερες περιπτώσεις, μόνο σε θέση να εντοπίσει σωματικές μεταλλάξεις που μεταβάλλουν προβλεπόμενες θέσεις-στόχους των miRNAs. Συγκεκριμένα, επικεντρωθήκαμε στο πώς σωματικές μεταλλάξεις επιπτώσεις αλληλουχίες εντός 3’UTRs συμπληρωματικές προς miRNA σπόρους, καθώς αυτά τα χαρακτηριστικά ήταν το επίκεντρο των πιο miRNA στοχεύει αλγόριθμους πρόβλεψης? Ωστόσο, η προσέγγιση αυτή αγνοεί το πώς σωματικές μεταλλάξεις εντός άλλες θέσεις σε μια θέση-στόχο, όπως 3 ‘αντισταθμιστικές θέσεις, μπορεί να επηρεάσει δέσμευσης. Επιπλέον, ενώ 3’UTRs έχουν παραδοσιακά πιστεύεται ότι φιλοξενούν την πλειοψηφία των θέσεων στόχων των miRNAs, αρκετά πρόσφατα πειράματα έχουν δείξει ότι 5’UTRs [64] και η κωδικοποίηση των περιφερειών [65] περιέχουν επίσης λειτουργικά στόχους miRNA. Κατά τα επόμενα έτη, αναμένουμε ότι οι βελτιώσεις στις τεχνολογίες αλληλουχίας μπορεί να είναι σε θέση να αντιμετωπίσει αυτούς τους περιορισμούς, αυξάνοντας την κατανόηση του τρόπου μεταβολής των miRNA στοχεύει από βλαστικής σειράς και σωματικών μεταλλάξεων παίζει ρόλο στον καρκίνο και άλλες ασθένειες κατά τα επόμενα χρόνια. Νέα πειραματικές τεχνικές, όπως η CLIP-Seq [34], [35], έχουν την υπόσχεση να παρέχει τόσο εκτεταμένη καταλόγους πειραματικά υποστηρίζεται θέσεις στόχους των miRNAs και τη βάση για μια πιο πλήρη κατανόηση των miRNA στόχευση, δυνητικά βελτίωση της υπολογιστικής προβλέψεις στόχο. Επίσης, ο αριθμός των σωματικών μεταλλάξεων και καρκίνου που σχετίζονται με δείκτες από GWAS κατά πάσα πιθανότητα θα συνεχίσει να αυξάνεται με ταχείς ρυθμούς, και ως εκ τούτου, τις μεθόδους που ενσωματώνουν αυτούς τους πόρους θα γίνεται ολοένα και πιο καρποφόρα. Ειδικότερα, η αύξηση του αριθμού των γνωστών σωματικών μεταλλάξεων θα επιτρέψει την ταυτοποίηση των μεταλλάξεων που εμφανίζονται συχνά στον καρκίνο. Ενώ ήμασταν για να καθορίσει μια περιοχή-στόχο (την περιοχή-στόχο του miR-125b στο

BMPR1B

) που προσέφερε ο συνδυασμός της πειραματικής υποστήριξης, αναστάτωση τόσο από βλαστικής σειράς και σωματικών μεταλλάξεων, και συνδέσεις με μελέτες συσχέτισης, αυτές τις αναπτυσσόμενες πόρους μπορεί να επιτρέψει σύντομα την αναγνώριση των πολλών παρόμοιων στόχων υψηλής προτεραιότητας miRNA.

Υλικά και Μέθοδοι

Πηγές σωματικών μεταλλάξεων σε 3’UTRs

σωματικές μεταλλάξεις που καταρτίζονται από το συμπληρωματικό υλικό από τις αρχικές εργασίες για πνεύμονα [8] και του προστάτη [11] του καρκίνου και από τις μη-κωδικοποίησης παραλλαγές της κοσμικής βάσης δεδομένων [66] για μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα [10] και το μελάνωμα [9]. Σωματικές μεταλλάξεις προσδιορίσθηκαν με τη χρήση στερεού, για τις πλατφόρμες SCLC [10], και Illumina GAII, για το μελάνωμα [10] και του καρκίνου του προστάτη [11]. Οι μεταλλάξεις του καρκίνου του πνεύμονα [8] προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας 31- έως 35-βάση σύντροφο-ζεύγη διαβάζει από nanoarrays DNA που παράγεται από την προσρόφηση υπόστρωμα ακολουθία σε υποστρώματα πυριτίου με πλέγμα-patterened συστοιχίες. Για τον προσδιορισμό σωματικές μεταλλάξεις που βρίσκονται σε 3’UTRs, συγκρίναμε την τοποθεσία της μετάλλαξης με τις θέσεις έναρξης και λήξης των 3’UTRs γονιδίων REFSEQ από το γονιδίωμα πρόγραμμα περιήγησης UCSC [67], [68]. Όταν είναι απαραίτητο, θα χρησιμοποιηθεί το εργαλείο liftover στο Galaxy web-server [69] για να μετατρέψετε γονιδιωματικής θέσεις στο συγκρότημα /hg19 GRCh37 του ανθρώπινου γονιδιώματος.