Αφηρημένο

Είναι γνωστό ότι η μετατροπή του φυσιολογικού επιθηλίου του παχέος εντέρου σε αδένωμα και στη συνέχεια να καρκίνωμα προέρχεται από αποκτήσει μοριακές αλλαγές στο γονιδιώματος. Η γενετική βάση του καρκίνου του παχέος εντέρου έχει διασαφηνιστεί σε κάποιο βαθμό, και πολλά μένει να είναι γνωστά σχετικά με την ταυτότητα συγκεκριμένων γονιδίων του καρκίνου που σχετίζονται με την πρόοδο του ορθοκολικού καρκίνου από το ένα στάδιο στο επόμενο. Εδώ σε αυτή τη μελέτη προσπαθήσαμε να πιστοποιηθούν νέα γονίδια του καρκίνου που θα μπορούσαν να αποτελούν τη βάση του σταδίου-ειδικό εξέλιξη και τη μετάσταση του καρκίνου του παχέος εντέρου. Πραγματοποιήσαμε μια φάση που βασίζεται μετα-ανάλυση των δεδομένων γονιδιώματος αλληλουχίας ογκώδη όγκου και εξορύσσονται με τη χρήση πολλαπλών προσεγγίσεων για τα νέα γονίδια που οδηγούν την εξέλιξη σε στάδιο-ΙΙ, το στάδιο-III και το στάδιο-IV του καρκίνου του παχέος εντέρου. Η συναίνεση αυτών των γονιδίων οδηγού σπέρνονται την κατασκευή του σταδίου-ειδικών δικτύων, τα οποία στη συνέχεια αναλύθηκαν για την κεντρικότητα των γονιδίων, η ομαδοποίηση των υποδίκτυα, και τον εμπλουτισμό των διαδικασιών γονιδίου-οντολογία. Η μελέτη μας εντόπισε τρία νέα γονίδια του οδηγού ως κόμβοι για την εξέλιξη της στάδιο-ΙΙ:

DYNC1H1

,

GRIN2A

,

GRM1

. Τέσσερα νέα γονίδια οδηγό εντοπίστηκαν ως κόμβοι για την εξέλιξη της στάδιο-ΙΙΙ:

IGF1R

,

CPS1

,

SPTA1

,

DSP

. Τρία νέα γονίδια οδηγό εντοπίστηκαν ως κόμβοι για το στάδιο-IV εξέλιξη:

GSK3B

,

GGT1

,

EIF2B5

. Εμείς εντόπισε επίσης πολλά γονίδια μη-οδηγός που εμφανίστηκε για να υπογραμμίσει την εξέλιξη του καρκίνου του παχέος εντέρου. Η μελέτη μας έδωσε δυναμικό διαγνωστικών βιοδείκτες για τον ορθοκολικό καρκίνο, καθώς και τα νέα φάση-ειδικούς στόχους φάρμακο για την ορθολογική παρέμβαση. Η μεθοδολογία μας είναι επεκτάσιμη με την ανάλυση άλλων τύπων καρκίνου να καλύψει τα κενά στις γνώσεις μας

Παράθεση:. Palaniappan Α, Ramar Κ, Ramalingam S (2016) Υπολογιστική Αναγνώριση Νέων θεαμάτων Ειδικές βιοδείκτες στον καρκίνο του παχέος εντέρου Προχώρηση. PLoS ONE 11 (5): e0156665. doi: 10.1371 /journal.pone.0156665

Επιμέλεια: Johnson Rajasingh, Πανεπιστήμιο του Κάνσας Ιατρικό Κέντρο, Ηνωμένες Πολιτείες |

Ελήφθη: 22 του Μάρτη 2016? Αποδεκτές: 17 Μαΐου 2016? Δημοσιεύθηκε: May 31, 2016

Copyright: © 2016 Palaniappan et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Όλη η δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

χρηματοδότηση:.. Οι συγγραφείς δεν έλαβαν καμία ειδική χρηματοδότηση για το έργο αυτό

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν αντικρουόμενα συμφέροντα

Εισαγωγή

καρκίνος του παχέος εντέρου είναι η τρίτη πιο κοινή μορφή καρκίνου στους άνδρες και η δεύτερη στις γυναίκες σε όλο τον κόσμο σύμφωνα με το Διεθνές Κέντρο Έρευνας για τον καρκίνο, της Παγκόσμιας Οργάνωσης Υγείας [1]. Τα τελευταία χρόνια, η συχνότητα εμφάνισης καρκίνου του παχέος εντέρου έχει αυξηθεί σημαντικά τα πρόσφατα ανεπτυγμένες χώρες όπου ο κίνδυνος ήταν κάποτε χαμηλή. Παρά την ύπαρξη των διαλογής και προληπτικές στρατηγικές, ορθοκολικό καρκίνο παραμένει ένα μείζον πρόβλημα δημόσιας υγείας. θνησιμότητα από καρκίνο είναι συσχετίστηκε σημαντικά με το στάδιο ανάπτυξης του καρκίνου και θα μπορούσε να μειωθεί αν οι υποθέσεις διαγνωστεί και αντιμετωπιστεί έγκαιρα. Το ποσοστό επιβίωσης 5-χρόνια των ασθενών με καρκίνο παχέος μειώνεται σημαντικά με το στάδιο του καρκίνου. Το πιο σημαντικό, το ποσοστό επιβίωσης 5 ετών για ασθενείς με απομακρυσμένες μεταστάσεις είναι μόνο το 10%. Λαμβάνοντας υπόψη το γεγονός ότι οι μεταστάσεις είναι η αιτία της το 90% των θανάτων από καρκίνο [2], δεν υπάρχουν αποτελεσματικά φάρμακα που διατίθενται για τον περιορισμό της διαδικασίας του καρκίνου εξαπλώνεται σε διαφορετικά συστήματα οργάνων. Η θεραπεία των μεταστάσεων παραμένει μια μεγάλη πρόκληση, αν μη τι άλλο επειδή η γνώση μας για παράγοντες που ευθύνονται για την εξέλιξη και τις μεταστάσεις του καρκίνου είναι πολύ από την ολοκλήρωσή. Με αυξημένη τάση στη συχνότητα και το θάνατο ποσοστά καρκίνου του παχέος εντέρου, καθώς και στη μη προβλεψιμότητα των παραγόντων που ευθύνονται για το μεταστατικό δυναμικό του εντοπισμένη όγκου, έχουμε ως προτεραιότητα τις προσπάθειές μας για την ταυτοποίηση των γονιδίων που είναι υπεύθυνα για την εξέλιξη του καρκίνου του παχέος εντέρου. Αύξηση τρέχουσα γνώση μας για τα γονίδια και τα μονοπάτια που παίζουν σημαντικό ρόλο στην εξέλιξη του καρκίνου από το ένα στάδιο στο επόμενο θα μπορούσε να αποδειχθεί πολύ χρήσιμο σε πρώιμο στάδιο της διάγνωσης, καθώς και τον προσδιορισμό στόχων για την εξατομικευμένη θεραπεία του καρκίνου.

έχουν προηγουμένως δημοσιευθεί σε σημαντικούς ρόλους των δύο γονιδίων στον καρκίνο του παχέος εντέρου,

CELF2

ένα υποθετικό ογκοκατασταλτικό γονίδιο [3,4] και

RBM3

ένα πρωτο-ογκογονίδιο [5]. Εδώ έχουμε προσπαθήσει να εντοπίσει πιο νέα και βασικά γονίδια που στηρίζουν την εξέλιξη του καρκίνου του παχέος εντέρου με τη χρήση των διαθέσιμων δεδομένων από την κοινοπραξία TCGA [6]. Μεταλλάξεις σε καρκίνο του παχέος εντέρου είναι πολύπλοκη και ασαφής λόγω της παρουσίας των γονιδίων των επιβατών και του οδηγού, ακόμη και εντός του ίδιου του όγκου. Πολλή προσπάθεια έχει επικεντρωθεί στον εντοπισμό των γονιδίων του οδηγού. Ο σκοπός της παρούσας μελέτης είναι να χρησιμοποιήσει τις μεθόδους ανάλυσης δικτύου για την ταυτοποίηση νέων βιολογικών δεικτών υπεύθυνη για την παχέος εξέλιξης του καρκίνου σε κάθε στάδιο. Η διαφορική διείσδυση ανατομική του καρκίνου για κάθε στάδιο παρουσιάζεται στο Σχ 1.

Η αμερικανική Μικτή Επιτροπή για τον Καρκίνο (AJCC) έχει οργανώσει το ορθοκολικού καρκίνου με βάση την ανατομική έκταση της νόσου. Στάδιο Ι: όγκο που περιορίζεται στο στρώμα του βλεννογόνου (Τ1) ή muscularis propria (Τ2), χωρίς συμμετοχή κάθε λεμφαδένα ή μακρινές μεταστατικές όργανα. Στάδιο ΙΙ: όγκων που διαπερνά το propria muscularis (Τ3) ή εισβάλλει κοντινά όργανα ή δομές (Τ4), χωρίς τη συμμετοχή του κάθε λεμφαδένα ή μακρινό μεταστατικό όργανα. Φάση ΙΙΙ: στάδια όγκων με μετάσταση στους λεμφαδένες, αλλά χωρίς μακρινή μετάσταση. Στάδιο IV: Κάθε στάδιο του όγκου και των λεμφαδένων κατάσταση με μετάσταση μακρινό όργανο

Η

Υλικά και Μέθοδοι

Σύνολο δεδομένων

σύνολα δεδομένων TCGA σχολιασμένο από το στάδιο του καρκίνου ανακτήθηκαν. από το DriverDB [7] εκτελώντας την ακόλουθη μετα-ανάλυση. Έχουμε επιλέξει αδενοκαρκίνωμα παχέος εντέρου, όπως τον ιστό του ενδιαφέροντος, και προσδιορίζονται «το στάδιο του όγκου», όπως τα κλινικά κριτήρια. Έχουμε λάβει σύνολα δεδομένων για κάθε στάδιο του αδενοκαρκινώματος του παχέος εντέρου, δηλαδή το στάδιο Ι, στάδιο ΙΙ, το στάδιο ΙΙΙ, και το στάδιο IV του αδενοκαρκινώματος του παχέος εντέρου.

Αναγνώριση γονιδίων οδηγού συναίνεση

Framing το στάδιο του όγκου, όπως η μονάδα ανάλυσης, χρησιμοποιήσαμε τα παρακάτω εργαλεία για τον εντοπισμό των γονιδίων του οδηγού: ActiveDriver [8], Dendrix [9], MDPFinder [10], ο Simon [11], Netbox [12], OncodriveFM [13], MutSigCV [14], και MEMO [15]. Για να αποκτήσετε τα γονίδια του οδηγού συναίνεση, προσδιορίσαμε την επικάλυψη μεταξύ των προβλέψεων των διαφόρων εργαλείων για ένα δεδομένο στάδιο. Το επιλεκτικό πλεονέκτημα που παρέχεται από γονίδια οδηγός για την ανάπτυξη των κυττάρων του όγκου μπορεί να είναι είτε κέρδος της λειτουργίας ή απώλεια γεγονότων λειτουργία (π.χ., ογκογονίδια είναι κέρδος-of-λειτουργία και την αναισθησία σε όγκο καταστολέα είναι η απώλεια της λειτουργίας). Εμείς φιλτράρεται για τα γονίδια του οδηγού που εντοπίστηκαν από τουλάχιστον τρία εργαλεία και έλαβε την πρόβλεψη συναίνεση των γονιδίων του οδηγού για κάθε στάδιο.

Μυθιστόρημα γονίδια οδηγού

Για τον εντοπισμό νέων γονιδίων του οδηγού, θα αφαιρείται το πρόγραμμα οδήγησης γονίδια του σταδίου Ι από τα γονίδια του οδηγού του σταδίου II για να εξασφαλιστεί σταδίου ΙΙ-ειδικά γονίδια οδηγό στην εξέλιξη του καρκίνου. Κατά παρόμοιο τρόπο, λάβαμε σταδίου III-ειδικά και σταδίου IV-ειδικά γονίδια οδηγού. Για την εξάλειψη των μη-ειδικών γονιδίων του οδηγού από την ανάλυση, ελέγχονται κάθε στάδιο με φόντο τα γονίδια του οδηγού που προέρχονται από συνένωση όλα τα δείγματα αδενοκαρκινώματος του παχέος εντέρου, ανεξάρτητα από το στάδιο του καρκίνου. Αυτό το σύνολο των μη-περιττές γονίδια οδηγός στάδιο-ειδικό περαιτέρω διαλογή έναντι του V68 Cancer Gene Απογραφή [16] για να φιλτράρει όλα τα υπόλοιπα γνωστά γονίδια του καρκίνου. Έτσι πήραμε μυθιστόρημα και το στάδιο συγκεκριμένες ομάδες γονιδίων οδηγό για περαιτέρω ανάλυση.

Ανάλυση Δικτύου

Η κατασκευή και η ανάλυση των δικτύων stagewise βοηθήθηκαν από Cytoscape [17]. Τα σύνολα γονίδιο οδηγός που προσδιορίζονται παραπάνω χρησιμοποιήθηκαν για να σπείρουν την κατασκευή του αντίστοιχου δικτύου στάδιο-ειδικό, χρησιμοποιώντας το εργαλείο Genemania [18]. Ψάξαμε για τους ακόλουθους τύπους αλληλεπιδράσεις των γονιδίων του οδηγού στάδιο: «φυσική», «αλληλεπιδράσεις μεταξύ πρωτεϊνών» και «προβλέψει». Αυτό έδωσε το στάδιο-σοφός δίκτυα. Να αναλύσει τις τοπολογικές ιδιότητες του κάθε δικτύου, χρησιμοποιήσαμε NetworkAnalyzer [19]. Η κατανομή βαθμός του κάθε δικτύου υπολογίστηκε και η καλοσύνη του ταιριάζει με κατανομή ισχύος του νόμου προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας το συντελεστή προσδιορισμού (R

2). Ένα υψηλό R

2 συνεπάγεται την ύπαρξη λίπους ουρές στην κατανομή βαθμό, που δείχνει ότι ορισμένα γονίδια έπαιξε το ρόλο του κόμβους. Μεταβολή της λειτουργίας αυτών των γονιδίων λόγω μετάλλαξης, μετατόπιση ή παραλλαγή αριθμό αντιγράφων θα μπορούσε να οδηγήσει σε επιβλαβή γονίδια βλάπτει την κυτταρική δραστηριότητα. Να αναλύσει τη δομή των σταδίου-σοφός δίκτυα, πραγματοποιήσαμε κεντρικότητα ανάλυση, ανάλυση σπονδυλωτής και ανάλυση Gene Ontology. Κεντρικότητα ανάλυση προσδιόρισε τις κεντρικές τους κόμβους σε κάθε δίκτυο στάδιο ειδικά από διάφορες μετρήσεις, χρησιμοποιώντας Centiscape [20]. Τρεις μετρήσεις της κεντρικότητας χρησιμοποιήθηκαν για την κατάταξη των γονιδίων, δηλαδή. η μεταξύ-ness κεντρικότητας, την εγγύτητα κεντρικότητα και συμφόρησης κεντρικότητας. Αυτές οι μετρήσεις επιλέχθηκαν για τη μέτρηση των συμπληρωματικών ιδιοτήτων του κόμβου σημασία. Τα κορυφαία 15 γονίδια από κάθε μέτρο επιλέχθηκαν, και η τομή τους προσδιορίστηκε για να αποδώσει μια συναίνεση σειράς κεντρικών γονίδια για κάθε στάδιο (Σχήμα 2). Αυτά είναι τα γονίδια «κόμβο» που προσδιορίζονται στο έργο μας και να συζητηθεί ξεχωριστά παρακάτω. Αυτό το στάδιο-ειδικό συναίνεση σύνολο συγκρίθηκε με το σύνολο των γονιδίων του οδηγού για κάθε στάδιο. Ένα γονίδιο που είναι κοινές στα δύο σύνολα είναι ένας οδηγός και ένα κομβικό σημείο. Τέτοια γονίδια ονομάζονται γονίδια οδηγού πλήμνη »για κάθε στάδιο. Στη συνέχεια ανέλυσε το σχέδιο ομαδοποίηση των σταδίου-σοφός δίκτυα που χρησιμοποιούν τον αλγόριθμο ModuLand [21]. Οι συστάδες που προκύπτουν είναι ενδεικτικά της υπο-δίκτυα οδηγός για το στάδιο-σοφός εξέλιξη του καρκίνου. Τέλος, θα ανακριθεί κάθε ένα από αυτά τα δίκτυα για Γονιδιακή Οντολογία (GO) τον εμπλουτισμό με Bingo [22] για τρεις όρους GO: βιολογική διαδικασία, μοριακή λειτουργία και κυτταρικού συστατικού. Για να διορθωθεί το ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη με p-τιμές σε πολλαπλές δοκιμές υπόθεση, θα εφαρμοστεί το φίλτρο Benjamini-Hochberg στο μπίνγκο και λαμβάνονται οι τιμές Q [23].

Συναίνεση νέα γονίδια οδηγό προσδιορίστηκαν για κάθε στάδιο από τα δεδομένα driverDB. κεντρική γονίδια συναίνεση ( «κόμβους») εντοπίστηκαν από κάθε δίκτυο στάδιο-ειδικό. Η επικάλυψη μεταξύ των δύο αυτών συνόλων γονιδίων «οδηγού hub» γονίδια αποδόσεις για κάθε στάδιο.

Η

Αποτελέσματα και Συζήτηση

Ο Πίνακας 1 δείχνει τον αριθμό των γονιδίων του οδηγού σε κάθε βήμα του ελέγχου μας, διαδικασία. Το τελικό σύνολο των νέων γονιδίων οδηγό για κάθε στάδιο χρησιμοποιήθηκε στην επόμενη αναζήτηση Genemania παρουσιάζεται στον Πίνακα S1. Αναλύσαμε την κατανομή βαθμός του καθενός από τα σοφό δικτύων στάδιο και διαπίστωσε ότι η διανομή κόμβος όλων των τριών δικτύων σύμφωνες καλύτερα σε μια διανομή νόμο ισχύος από ένα γραμμικό μοντέλο (S2 πίνακα). Μια προσαρμογή ισχύος του νόμου συνεπάγεται την παρουσία λίγων ιδιαίτερα συνδεδεμένους κόμβους (δηλαδή κόμβους) στο δίκτυο. Σε γενικές γραμμές, οι διανομείς θα μπορούσαν να προδιαθέτουν την ευπάθεια σε ασθένειες. Μεταλλάξεις σε γονίδια πλήμνη μπορεί να οδηγήσει σε λειτουργικές μεταβολές στην αντίστοιχη πρωτεΐνη η οποία θα μπορούσε να οδηγήσει σε αλλαγές στις αλληλεπιδράσεις της με άλλες πρωτεΐνες. Αυτό θα μπορούσε να οδηγήσει σε αποτυχία υπερχείλιση στην ασθένεια δίκτυο και την αιτία [24]. Σε αυτό το πλαίσιο, μια συμπεριφορά νόμο δύναμης υποδηλώνει ότι οι μεταλλάξεις στα γονίδια πλήμνη θα μπορούσε να αυξήσει την ευαισθησία σε τα χαρακτηριστικά του καρκίνου [25] και να διευκολύνει την εξάπλωση της διαταραχής του δικτύου. Ως εκ τούτου, ο προσδιορισμός των κόμβων κέντρου μπορεί να εντοπίσει τα βασικά γονίδια των οποίων η αποτυχία θα υπογραμμίσει την εξέλιξη του καρκίνου. Αν και η μέθοδός μας για την κατασκευή δικτύου ήταν τυφλός με τον αριθμό των εξαρτημάτων, όλα τα προκύπτοντα μοντέλα δικτύου μας ήταν μόνο συνδεδεμένα συστατικά γίγαντας (S3 Πίνακας).

Η

Ανάλυση της εξέλιξης με τη φάση ΙΙ

το ανακατασκευασμένο ειδικό δίκτυο στάδιο-ΙΙ (με κόμβο και ακμή χαρακτηριστικά) δίδεται στο S1 αρχείου. Ο Πίνακας 2 δείχνει τις κεντρικές γονίδια που προσδιορίζονται από κεντρικότητα ανάλυση για το δίκτυο στάδιο ΙΙ. Για την εξέλιξη με τη φάση ΙΙ, εντοπίστηκαν τρία γονίδια οδηγό διανομέα: DYNC1H1, GRIN2A, GRM1. εντοπίστηκαν οκτώ γονίδια hub μη οδηγού: DLG4, SMC2, PLCG1, GRIN2B, RHOG, SMC1A, GRIN1, ΟΑΜΚ2Α. Ο Πίνακας 3 δείχνει τις μονάδες στο δίκτυο λαμβάνεται με ανάλυση ModuLand. Επτά σημαντικές ενότητες λήφθηκαν κάθε επικεντρώνεται σε διαφορετικό γονίδιο (Σχήμα 3). Κάθε ενότητα θα μπορούσε να λειτουργήσει ως ένα υποδίκτυο οδηγός για την εξέλιξη του καρκίνου με τη φάση ΙΙ. Η πιο ενδιαφέρουσα ενότητα ήταν ότι επικεντρώνεται σε DLG4, η οποία είχε επίσης τα γονίδια του οδηγού GRIN2A, GRM1, LRRC7 ως μέλη της. Από αυτά, GRIN2A και GRM1 είναι επίσης κεντρικό γονίδια. Μια ανάλυση του γονιδίου οντολογία για την βιολογική διαδικασία απέδωσε τα βασικά μονοπάτια στα οποία αυτοί οι κεντρικές γονίδια οδηγός έπαιξε κάποιο ρόλο. Το σηματοδοτικό μονοπάτι γλουταμινικό αναγνωρίστηκε ως βασικό εμπλουτισμένη βιολογική διαδικασία (Q-value & lt? 0.001). GRIN1, GRIN2A και GRIN2B αναδειχθεί ως βασικά γονίδια κόμβο που θα μπορούσαν να διαμορφώσουν αυτή την οδό. Μεταξύ μοριακής λειτουργίες, η δραστικότητα υποδοχέα γλουταμικού προέκυψε σημαντική (τιμή Q & lt? 0.001), στην οποία είχε εμπλακεί GRM1. Η οντολογία κυτταρικό συστατικό εμπλουτίστηκε σε πολύπλοκες ιονοτροπικού γλουταμινικού και συνάψεων (τιμές Q & lt? 0.001). (Πίνακας 4)

Ομαδοποίηση έγινε χρησιμοποιώντας Moduland

Η

Ανάλυση της εξέλιξης σε στάδιο ΙΙΙ

Το ανακατασκευασμένο ειδικό δίκτυο στάδιο-ΙΙΙ (με κόμβο και ακμή χαρακτηριστικά) δίδεται στο S2 αρχείου. Ο Πίνακας 5 δείχνει τις κεντρικές γονίδια που προσδιορίζονται από μια κεντρική ανάλυση για το δίκτυο στάδιο III. Για την ανέλιξη σε στάδιο ΙΙΙ, εντοπίστηκαν τέσσερα γονίδια του οδηγού κόμβο: IGF1R, CPS1, SPTA1, DSP. Εντοπίστηκαν έξι γονίδια hub μη οδηγού: HEATR1, MAPK9, Araf, PRKCE, Plec, το MSN. Ο Πίνακας 6 δείχνει τις μονάδες στο δίκτυο προσδιορίζονται από τον αλγόριθμο ModuLand. Όλα τα τέσσερα γονίδια οδηγού πλήμνη ταξινομήθηκαν ως βασικά μέλη των συστάδων δικτύου (Σχήμα 4). Το πιο σημαντικό εμπλουτισμό στην ανάλυση GO της βιολογικής διαδικασίας ήταν η ρύθμιση της ακτίνης οργάνωσης του κυτταροσκελετού (Q-value & lt? 0.001? Πίνακας 7). Ο εμπλουτισμός GO στη μοριακή λειτουργία ( «δεσμευτικό ακτίνη») και κυτταρικού συστατικού ( «ακτίνης του κυτταροσκελετού», «σπεκτρίνης») παρείχε περαιτέρω αποδείξεις για την εμπλοκή του SPTA1 και Plec. DSP φάνηκε να ρυθμίζουν τις ιδιότητες προσκόλλησης των κυττάρων στην προώθηση της κακοήθειας του καρκίνου.

Ομαδοποίηση έγινε χρησιμοποιώντας Moduland.

Η

Η

Ανάλυση της εξέλιξης στο στάδιο IV

Το συγκεκριμένο δίκτυο ανακατασκευασμένο στάδιο-IV (με κόμβο και ακμή χαρακτηριστικά) δίδεται στο S3 αρχείου. Ο Πίνακας 8 παρουσιάζει τις κεντρικές γονίδια που προσδιορίζονται από κεντρικότητα ανάλυση για το δίκτυο στάδιο IV. Για την ανέλιξη σε στάδιο IV, εντοπίστηκαν τρία γονίδια οδηγό διανομέα: GSK3B, GGT1, EIF2B5. Εντοπίστηκαν επτά γονίδια hub μη οδηγού: ΑΚΤ1, ΡΧΝ, SFN, GNAI2, CHKB, HSPA5, PLCG1. Μια ανάλυση ModuLand του δικτύου έδωσε μια μονάδα με κέντρο το EIF2B5, η οποία περιελάμβανε όλα τα τρία γονίδια οδηγός πλήμνη σημειώθηκε παραπάνω (Πίνακας 9? Σχήμα 5). Μια ανάλυση εμπλουτισμός βιολογική διαδικασία GO απέδωσε «αρνητική ρύθμιση της μεταφραστικής έναρξης σε απάντηση στο στρες» (Q-value & lt? 0.001? Πίνακας 10). Αυτό το χτύπημα περιείχε το γονίδιο EIF2B5, η οποία ήταν επίσης μέλος του εμπλουτισμένου κυτταρικού συστατικού »ευκαρυωτικό έναρξη της μετάφρασης συγκρότημα παράγοντα 2Β» (Q-value & lt? 0.001). Η ανάλυση μοριακής εμπλουτισμού της λειτουργίας GO απέδωσε τα εξής: δεσμευτική περιέχουν γονίδια κόμβο GSK3B και HSPA5 (Q-value = 0,001) και τη δραστηριότητα τρανσφεράσης γάμμα-γλουταμυλ που περιέχει γονίδιο κόμβο GGT1 (q-αξίας ≈ 0.01) νουκλεοτιδίων αδενυλ. Μια σύνδεση με τη νευρογένεση και ολιγοδενδροκυττάρων ανάπτυξη θεωρήθηκε (τιμές Q & lt? 0.001)., Η οποία μπορεί να φαίνεται περίεργο, αλλά οι πρόσφατες μελέτες έδειξαν μια κρίσιμη σύνδεση αυτών των οδών σηματοδότησης με την μετάσταση του καρκίνου του παχέος εντέρου [26]

ομαδοποίηση έγινε με τη χρήση Moduland.

η

η

Εμείς πραγματοποίησε την έρευνα βιβλιογραφία για αυτά τα νέα γονίδια του οδηγού, για να παρέχει μια εικόνα για τους πιθανούς ρόλους αυτών των γονιδίων στην εξέλιξη του καρκίνου. Προς έκπληξή μας, τα περισσότερα από τα γονίδια ήταν κάτω μελετηθεί σε σχέση με τον καρκίνο του παχέος εντέρου.

Στάδιο ΙΙ γονίδια κόμβο

δυνεΐνης, Cytoplasmic 1, βαριά αλυσίδα 1 (

DYNC1H1

) .

DYNC1H1 έχει αποδειχθεί ότι λειτουργούν σε ενδοκυτταρική κινητικότητα όπως πρωτεΐνη διαλογή, την κίνηση των οργανιδίων και τη δυναμική των ατράκτων. Μια πρόσφατη μελέτη ανέφερε ότι

DYNC1H1

μεταλλάσσεται σε καρκίνο των ωοθηκών, του παγκρέατος νευροενδοκρινικά νεοπλάσματα, και πολύμορφο γλοιοβλάστωμα (GBM) [27]. Επιπλέον, η έκφραση του

DYNC1H1

ήταν σημαντικά ρυθμισμένη προς τα πάνω σε τρεις κυτταρικές γραμμές γαστρικού καρκίνου ανθεκτικών στα φάρμακα (5-φθοριοουρακίλη (5FU), πακλιταξέλη (ΤΑ) και σισπλατίνη (DDP) ανθεκτικών κυτταρικών γραμμών γαστρικού καρκίνου) [ ,,,0],28].

γλουταμινικό Receptor, ινοτροπικοί, Ν-μεθυλο-D ασπαρτικό 2Α (

GRIN2A

).

GRIN2A είναι μέλος των πρωτεϊνών διαύλου ιόντων γλουταμινικό πύλη. Είναι μια υπομονάδα του υποδοχέα Ν-μεθυλ-D-ασπαρτικού. Η ενεργοποίηση αυτών των υποδοχέων θα αυξήσει την εισροή ασβεστίου με αποτέλεσμα την πυροδότηση πολλών καταρρακτών σηματοδότησης. Το 2011, Wei et al., Εντόπισε ότι

GRIN2A

μεταλλάχθηκε σε 33% των δειγμάτων μελανώματος [29]. Επιπλέον, D’Mello et al., Έχει στοιχεία που αποδεικνύουν ότι οι μεταλλάξεις στο γονίδιο αυτό είναι αλληλένδετες με την εξέλιξη του μελανώματος [30].

Το γλουταμινικό υποδοχέα, μεταβοτροπικό 1 (

GRM1

).

GRM1 δείχθηκε να ενεργοποιεί φωσφολιπάση C. GRM1 συσχετίστηκε με διάφορες ασθένειες όπως η κατάθλιψη και ο καρκίνος. GRM1 έχει ενοχοποιηθεί σε καρκίνο του προστάτη [31], μετά από ταυτοποίηση νέων μεταλλάξεων και πολυμορφισμών μονού νουκλεοτιδίου. Επιπλέον,

GRM1

ήταν πάνω εκφράζονται σε μελάνωμα και έκτοπη υπερέκφραση αυτού του γονιδίου στα μελανοκύτταρα οδήγησε σε νεοπλασματικό μετασχηματισμό [32]. Τέλος, μελέτες με επιθηλιακά κύτταρα του μαστού έδειξαν ότι GRM1 συνεργάζεται με άλλους παράγοντες στην υπερπλασίας του μαστικού επιθηλίου με αποτέλεσμα την εξέλιξη του καρκίνου του μαστού [33].

Δίσκοι, Μεγάλες ομόλογο 4 (

DLG4

).

DLG4

(που ονομάζεται επίσης ως πρωτεΐνη μετασυναπτικό πυκνότητα 95) έχει δειχθεί ότι εκφράζεται σε φυσιολογικό τραχηλικό κερατινοκυττάρων. Η έκφραση του

DLG4

μειώνεται σημαντικά σε καρκίνο του τραχήλου κυτταρικές σειρές. Επίσης, η ογκογονικότητα των κυττάρων CaSki είχε κατασταλεί ακόλουθη υπερέκφραση του

DLG4

[34]. Επιπλέον, Hering et al., Έχει δείξει ότι DLG4 συνεργάζεται με Frizzled πρωτεΐνες για τη ρύθμιση της οδού σηματοδότηση Wnt, η οποία έχει εμπλακεί σε πολλαπλούς τύπους της εξέλιξης του καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του παχέος εντέρου [35]. Ο Πίνακας 3 δείχνει ότι DLG4 είναι το κέντρο της μονάδας του βασικού ενότητα του δικτύου σταδίου ΙΙ.

Διαρθρωτικά συντήρηση των χρωμοσωμάτων 2 (

SMC2

).

SMC2 παίζει ρόλο σε χρωμοσωμική σταθερότητα. Είναι μια υπομονάδα της συμπύκνωσης συμπλοκών πρωτεΐνης που εμφανίζονται να εμπλέκονται στη συμπύκνωση των χρωμοσωμάτων. Ο Πίνακας 3 δείχνει ότι SMC2 βρίσκεται στο κέντρο μιας μονάδας του δικτύου σταδίου II. Je et al., Ανέφερε ότι

SMC2

είναι μεταλλαγμένο σε γαστρικό και καρκίνο του παχέος εντέρου ιστούς υποδηλώνοντας τη συμμετοχή της στην εξέλιξη του καρκίνου [36]. Είναι ενδιαφέρον ότι, βήτα-κατενίνης βασικό μόριο σε ορθοκολικό καρκίνο έχει αποδειχθεί ότι δεσμεύουν άμεσα και ρυθμίζουν τη μεταγραφή του

SMC2

[37].

φωσφολιπάσης C γάμμα 1 (

PLCG1

).

PLCG1 έχει αποδειχθεί ότι παίζουν ένα σημαντικό ρόλο στις οδούς ενδοκυτταρικής σηματοδότησης, καθώς και μια αυξημένη αποπτωτική αντίσταση και διηθητικότητα των κυττάρων [38]. επίπεδα PLCG1 ήταν σημαντικά αυξημένα σε ιστούς καρκίνου του μαστού σε σύγκριση με το κανονικό [39]. Raimondi et al., Απέδειξε ένα σύνδεσμο μεταξύ PLCG1 και φωσφοϊνοσιτιδίου-εξαρτώμενη κινάση 1 (ΡϋΚ1), και η σημασία τους στη διαδικασία της κυτταρικής εισβολής του καρκίνου [40]. Επιπλέον, Park et al., Ανέφερε ότι τα επίπεδα PLCG1 είναι σημαντικά υψηλό σε αδενωμάτων και καρκινωμάτων σε σύγκριση με την κανονική βλεννογόνο του κόλου υποδεικνύοντας το ρόλο της στην εξέλιξη του καρκίνου του παχέος εντέρου [41].

Γλουταμινικό υποδοχέα, ιονοτροπικού, Ν μεθυλ ϋ-ασπαρτικό 2Β (

GRIN2B

).

GRIN2B είναι ένα γλουταμικό περιορισμένου διαύλου ιόντος με πολύ υψηλή διαπερατότητα ασβεστίου. Park et al., Έδειξε ότι το

GRIN2B

περιοχή του υποκινητή είναι υπερμεθυλίωση κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του καρκίνου του μαστού [42]. Παρόμοια επιγενετικές αλλαγές στο

GRIN2B

τόπος θα μπορούσε να συμμετέχει στην οδήγηση της εξέλιξης του καρκίνου του παχέος εντέρου.

Ras ομόλογο μέλος της οικογένειας G (

RHOG

).

RHOG είναι μέλος της Rho οικογένειας GTPases. RHOG είναι μικρότερο χαρακτηρίζεται μεταξύ των μελών της οικογένειας Rho, και ο ρόλος του στην εξέλιξη του καρκίνου είναι άγνωστη. Έχει αποδειχθεί ότι ρυθμίζει μορφολογικές αλλαγές στα κύτταρα. Επίσης, RHOG έχει αποδειχθεί ότι προάγουν την επιβίωση των κυττάρων μέσω της ενεργοποίησης του PI3Kinase και Akt [43].

RHOG

έχει δειχθεί ότι ρυθμίζεται προς τα πάνω σε γλοιοβλάστωμα σε σύγκριση με ένα μη-νεοπλασματική εγκεφάλου. Επιπλέον, έχει αποδειχθεί ότι μεσολαβούν εισβολή των κυττάρων γλοιοβλαστώματος μετά από cMet και διέγερση EGFR [44].

Διαρθρωτικά συντήρηση των χρωμοσωμάτων 1Α (

SMC1A

).

SMC πρωτεΐνη οικογένεια περιέχει 6 μέλη από SMC1 να SMC6 με ποικίλες λειτουργίες.

SMC1A

μεταλλάσσεται σε διάφορα κακοήθη καρκινώματα. Down ρύθμιση του

SMC1A

οδήγησε σε αναστολή της ανάπτυξης σε κύτταρα αδενοκαρκινώματος του πνεύμονα [45]. Επιπλέον, knockdown του

SMC1A

κατέστειλε σημαντικά τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων γλοιοβλαστώματος [46]. Πρόσφατα, Wang et al., Έχει δημοσιεύσει ότι SMC1A είναι ένας προγνωστικός παράγοντας για την κακή πρόγνωση του καρκίνου του παχέος εντέρου [47].

Γλουταμινικό ιονοτροπικού, NMDA 1 (

GRIN1

).

GRIN1 είναι το υπό μελετηθεί μέλος της οικογένειας υποδοχέων γλουταμικού σε σχέση με τον καρκίνο. Υπάρχει μόνο μία μελέτη που δείχνει την αλληλεπίδραση των GRIN1 και GRIN2A και ο ρόλος τους στο αγκυροβόλιο ανεξάρτητη ανάπτυξη των κυττάρων μελανώματος [48].

Ασβέστιο /Πρωτεΐνη καλμοδουλίνη κινάσης II Άλφα (

ΟΑΜΚ2Α

) .

ΟΑΜΚ2Α είναι μια πρωτεϊνική κινάση σερίνης /θρεονίνης. Yuan et al., Απέδειξε ότι CaMKII διαδραμάτισε πολύ σημαντικό ρόλο στον πολλαπλασιασμό οστεοσάρκωμα, και αυτό θα μπορούσε να είναι ένα θεραπευτικό στόχο για οστεοσάρκωμα [49]

Στάδιο III γονίδια κόμβο

ινσουλίνη-όπως. Growth Factor Receptor 1 (

IGF1R

).

Αυτός ο υποδοχέας κινάσης τυροσίνης διαδραματίζει έναν κρίσιμο ρόλο στην κυτταρική γεγονότα μετασχηματισμού μετά τη δέσμευση του αυξητικού παράγοντα που μοιάζει με ινσουλίνη. Είναι υπερεκφράζεται σε διάφορους κακοήθεις ιστούς, και ενισχύει την κυτταρική επιβίωση του καρκίνου με αναστολή αποπτωτικό κυτταρικό θάνατο. Επιπλέον, υπήρξε μια σημαντική συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης του

IGF1R

με ορθοκολικό το μέγεθος του όγκου και του βάθους των προσβολή όγκου [50]. Τέλος, Kucab et al., Κατέδειξε με σαφήνεια τον ρόλο του IGF1R στη μετάσταση του καρκίνου του μαστού [51].

Καρβαυοϋλ φωσφορική συνθετάση 1 (

CPS1

).

CPS1 είναι ένα ένζυμο των μιτοχονδρίων που εμπλέκονται στον κύκλο της ουρίας. Πρόσφατες μελέτες έχουν αναφέρει ότι η έκφραση του CPS1 είναι ένας αρνητικός προγνωστικός παράγοντας στην ορθού καρκίνους που λαμβάνουν ταυτόχρονη χημειοραδιοθεραπεία [52]. Επιπλέον, Li et al., Απέδειξε την χρησιμοποίηση του αντι-CSP1 για την ανίχνευση των κυκλοφορούντων καρκινικών κυττάρων σε ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα (HCC) [53]. Τέλος, οι μελέτες έχουν δείξει επίσης ότι

CPS1

έκφραση σε ανθρώπινα κύτταρα HCC έχει σιγήσει από μεθυλίωση του DNA [54] .CSP1 θα μπορούσε να είναι ένας πιθανός βιολογικός δείκτης για HCC.Milinkovic et al., Εντόπισε CPS1 ως γενετικά τροποποιημένα σε κακοήθη γλοίωμα δείγματα ασθενών [55].

σπεκτρίνης, άλφα, ερυθροκυτταρικού 1 (SPTA1).

SPTA1 είναι μια πρωτεΐνη ικρίωμα που λειτουργεί στον καθορισμό σχήμα των κυττάρων και την οργάνωση των οργανιδίων. Αυτές οι οικογένειες πρωτεϊνών που αποτελούνται κυρίως από επαναλήψεις σπεκτρίνης εμπλέκονται στο σχηματισμό διμερούς. Πρόσφατες μελέτες έχουν δείξει ότι η β2-σπεκτρίνη εμπλέκεται σε ορθοκολικό και παγκρεατικό καρκίνο, όπου ρυθμίζει τις μεταγραφικοί ενεργοποιητές SMAD να επηρεάσει τον αυξητικό παράγοντα μετασχηματισμού βήτα (ΤΟΡβ) οδού σηματοδότησης. Απορύθμιση του TGFβ σηματοδότηση μέσω της απώλειας της β2-σπεκτρίνης ενεργοποιεί ανάρμοστα σηματοδότηση Wnt και προωθεί την ογκογένεση [56] – [57]. Επιπλέον, σπεκτρίνης οικογένεια πρωτεϊνών έχει δειχθεί ότι παίζει ένα ρόλο στον καρκίνο στο ήπαρ μέσω της ρύθμισης της κυκλίνης D1 [58]. Είναι ενδιαφέρον, έχουν αποδειχθεί ότι συμβάλλουν στην αντοχή φαρμάκου στον καρκίνο των ωοθηκών [59]. Επιπλέον, η αύξηση στην έκφραση και την ετερογένεια της κυτταροπλασματικής σπεκτρίνης συσχετίζεται με την ικανότητα εισβολής του κακοήθους μελανώματος και ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα [60].

δεσμοπλακίνη (

DSP

).

DSP είναι ένα βασικό συστατικό της μεσοκυττάρια κόμβους ονομάζονται δεσμοσώματα. Η απώλεια της έκφρασης DSP έχει δειχθεί ότι παίζει σημαντικό ρόλο στην εξέλιξη του καρκίνου του μαστού και τη μετάσταση [61]. Papagerakis et al., Απέδειξε τη χρησιμότητα της DSP ως δείκτης για την αξιολόγηση του κινδύνου στοματοφαρυγγικής μετάστασης του καρκίνου [62].

HEAT Επαναλάβετε περιέχει 1 (

HEATR1

).

HEATR1 είναι γνωστό ότι είναι να συμμετέχουν στην βιογένεση των ριβοσωμάτων. Liu et al., Απέδειξε πρόσφατα ότι HEATR1 παίζει σημαντικό ρόλο σε παγκρεατικά αντοχή φαρμάκου των καρκινικών κυττάρων, και ότι HEATR1 ρυθμίζει Akt μονοπάτι [63]. Επιπλέον, Wu et al., Έχει αποδειχθεί ότι η υπερέκφραση του

HEATR1

σε κύτταρα γλοιοβλαστώματος είχε ως αποτέλεσμα την επαγωγή μιας απόκρισης κυτταροτοξικών Τ λεμφοκυττάρων με επιτόπια της, η οποία επέτρεψε την επιλεκτική στόχευση των κυττάρων γλοιοβλαστώματος και γλοιώματος βλαστικά κύτταρα που μοιάζουν [64].

Μιτογόνο-ενεργοποιημένης κινάσης πρωτεΐνης 9 (

MAPK9

).

MAPK9 ονομάζεται επίσης ως c-Jun Ν-τερματικές κινάσες (JNK2), ανήκει στην οικογένεια των κινασών ΜΑΡΚ και έχει αποδειχθεί ότι ρυθμίζει πολλαπλές κυτταρικές διαδικασίες, συμπεριλαμβανομένων πολλαπλασιασμού, διαφοροποίησης, και ρύθμιση της μεταγραφής. Ahmed et al., Απέδειξε ότι JNK2 μεσολάβηση καταστολή της JNK1 αποπτωτικής οδού απαιτείται για την επιβίωση των καρκινικών κυττάρων [65]. Επιπλέον, αναστέλλοντας την έκφραση του JNK2 έχει ανέστειλε σημαντικά την ικανότητα μετανάστευση των κυττάρων καρκίνου του μαστού [66].

Α-Raf κινάση σερίνης /θρεονίνης (

Araf

).

Araf

πρωτο-ογκογονιδίου είναι ένα μέλος της υποοικογένειας RAF, και έχει εμπλακεί σε αύξηση και ανάπτυξη των κυττάρων. Οι μεταλλάξεις στο γονίδιο αυτό έχει αποδειχθεί για το μετασχηματισμό αθανατοποιημένα ανθρώπινα επιθηλιακά κύτταρα των αεραγωγών [67]. Επιπλέον, Mooz et al., Έχει δείξει ότι Araf έχει σημαντικό ρόλο στην τόνωση της δραστηριότητας ΜΑΡΚ και τη μετανάστευση των κυττάρων [68].

πρωτεΐνης κινάσης C, Epsilon (

PRKCE

).

PRKCE είναι μια άλλη σερίνη και θρεονίνη-ειδική κινάση πρωτεΐνης που ενεργοποιείται από ασβέστιο και διακυλογλυκερόλη. PRKCE συσχετίζεται με το μετασχηματισμό των κυττάρων και ογκογένεση. Έχει αποδειχθεί για να καταστείλει αποπτωτικό θάνατο των κυττάρων. Το ογκογόνο δυναμικό των PRKEC στον καρκίνο του θυρεοειδούς αποδείχθηκε από Zhang et al [69]. PRKCE έχει αποδειχθεί ότι παίζει σημαντικό ρόλο στην προώθηση μιας επιθετικής μεταστατικό φαινότυπο του καρκίνου του μαστού [70].

Plectin (

Plec

).

Plec είναι η πρωτεΐνη cytolinker εμφανίζονται για τη ρύθμιση της ακεραιότητας ιστού, οργάνωση ακτίνης και την κυτταρική μετανάστευση. Yoneyama et al., Απέδειξε τον ρόλο του plectin στη διευκόλυνση των καρκινικών κυττάρων εισβολή και τη μετάσταση [71]. Επιπλέον, plectin έχει δειχθεί ότι ρυθμίζουν τη διεισδυτικότητα με ρύθμιση συναρμολόγησης ακτίνης σε SW480 κύτταρα καρκίνου κόλου [72].

μοεσίνη (

MSN

).

MSN είναι μια μεμβράνη -organizing επεκτάσεις ακίδα πρωτεΐνη. Μοεσίνη ταυτοποιείται να είναι παρόν στο filopodia και άλλα μεμβρανώδη προεξοχές που παίζουν έναν κρίσιμο ρόλο στην κυτταρική κίνηση και κυτταρική σηματοδότηση. Μια πρόσφατη μελέτη έδειξε ότι microRNA 200b ανέστειλε τη μετάσταση του καρκίνου του μαστού μέσω της ρύθμισης των μοεσίνη έκφρασης. Επιπλέον, αυξημένη έκφραση του μοεσίνη έχει δειχθεί ότι έχει μια ένωση με φτωχή ελεύθερη υποτροπής επιβίωση [73]. Είναι ενδιαφέρον ότι, η φωσφορυλίωση του μοεσίνη από κινάση υποδοχέα συζευγμένου με πρωτεΐνη έχει δειχθεί ότι ρυθμίζει τον καρκίνο του προστάτη μετάσταση [74].

γονίδια Stage IV πλήμνη

Η κινάση συνθετάσης γλυκογόνου-3 (

GSK3B

).

GSK-3 είναι μία κινάση σερίνης-θρεονίνης και φαίνεται να παίζουν ένα ρόλο σε ένα ευρύ φάσμα κυτταρικών διαδικασιών. Η αναστολή της δραστικότητας GSK3B από Akt έχει αποδειχτεί ότι επηρεάζει την εξέλιξη του καρκίνου. Επιπλέον, μελέτες έχουν δείξει ότι η αναστολή της GSK3 επάγεται ικανότητας εισβολής του καρκίνου του μαστού. Σηματοδότηση Wnt παίζει έναν κρίσιμο ρόλο στην εξέλιξη του καρκίνου του παχέος εντέρου, και GSK3B είναι γνωστό ότι ρυθμίζει αυτή την οδό [75]. Η κατανόηση των μεταλλάξεων στο

GSK3B

θα οδηγήσουν σε βελτιωμένες θεραπείες για τον καρκίνο του παχέος εντέρου.

Gamma-γλουταμυλ τρανσφεράσης 1 (

GGT1

).

GGT1 είναι ένα ένζυμο δεσμευμένο σε μεμβράνη καταβολισμού ανηγμένη γλουταθειόνη σε κυστεΐνη και γλυκίνη. GGT είναι ένας δείκτης του οξειδωτικού στρες στα κύτταρα. Αυξημένη έκφραση του

GGT

έχει δείξει να ανυψώσει τον κίνδυνο εξέλιξης του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας [76]. Επιπλέον, τα αυξημένα επίπεδα GGT φαίνεται να σχετίζεται με αυξημένη εισβολή των κυττάρων του μελανώματος, τόσο in vitro και in vivo μελέτες [77].

ευκαρυωτικοί έναρξης μετάφρασης Factor 2Β, Υπομονάδα 5 Εψιλον (

EIF2B5

).

EIF2B5 είναι ένας ρυθμιστής της πρωτεϊνοσύνθεσης. Έχει συνδεθεί με καρκίνο των ωοθηκών, και την αγγειογένεση [78]. Επιπλέον, το γονιδίωμα-ευρεία μελέτη φάσμα εντόπισε EIF2B5 αλλοίωση αντίγραφο γονιδίου σε ασθενείς οισοφάγου ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα [79] – [80]

παξιλλίνη (

ΡΧΝ

)

ΡΧΝ είναι μία πρωτεΐνη του κυτταροσκελετού που φαίνεται ότι εμπλέκονται στην προσκόλληση των κυττάρων.

Οι ΡΧΝ

μεταλλάξεις που σχετίζονται με αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα και είναι ένας ανεξάρτητος προγνωστικός δείκτης επιβίωσης και υποτροπής του μη μικροκυτταρικού καρκίνου του πνεύμονα [81]. Επιπλέον, υπάρχουν μελέτες που δείχνουν το ρόλο της ΡΧΝ στη μετάσταση του οστεοσαρκώματος και του καρκίνου του προστάτη [82,83]. Μια πολύ πρόσφατη μελέτη ανέφερε ότι ΡΧΝ ρυθμίζει την εισβολή όγκου, και είναι υπεύθυνος για την κακή έκβαση των ασθενών σε ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου [84].

Stratifin (

SFN

).

SFN είναι μία πρωτεΐνη προσαρμογέας φαίνεται να ρυθμίζουν διάφορες οδούς σηματοδότησης. Οι περιοχές υποκινητή του

SFN

στις περισσότερες από τις επεμβατικές δείγματα αδενοκαρκινώματος του πνεύμονα μεθυλιώνονται να φιμώσουν

SFN

έκφρασης [85]. Το 2015, Shiba et al απέδειξαν το ρόλο της SFN για την ανάπτυξη και την εξέλιξη [86].

νουκλεοτίδιο γουανίνης Δεσμευτική Πρωτεΐνη, η Alpha αναστολή της δραστικότητας του πολυπεπτιδίου 2 (

GNAI2

).

Όγκου πνεύμονα

GNAI2 έχει δειχθεί ότι ενέχεται ως ρυθμιστές ή μετατροπείς σε αρκετές διαμεμβρανικές μονοπατιών σηματοδότησης. GNAI2 έχει ενοχοποιηθεί σε καρκίνο των ωοθηκών, όπου δρα ως κινητήρια δύναμη της εξέλιξης του καρκίνου [87]. Jiang et al., Ανέφερε το πρωτο-ογκογόνο ρόλο της GNAI2 στην έναρξη και την εξέλιξη [88].

βήτα κινάσης χολίνης (

CHKB

).

CHKB έχει δειχθεί ότι εμπλέκεται στη βιοσύνθεση των φωσφολιπιδίων. Υπάρχουν πολύ λίγες πληροφορίες σχετικά με το ρόλο των CHKB για τον καρκίνο. Ωστόσο, ΤΡ53 και CHKB μπορούν να ρυθμίζουν CDK4 /6 συνεργατικά για να καταστείλει την εξέλιξη του καρκίνου των ωοθηκών [89]. Gallego-Ortega et al., Προσπάθησε να καθορίσει τη συμμετοχή της CHKA και CHKB στον καρκίνο [90].

Σοκ θερμότητας 70kDa πρωτεΐνη 5 (

HSPA5

).

HSPA5 εμπλέκεται στην αναδίπλωση και συναρμολόγηση των πρωτεϊνών.