Αφηρημένο

Το

BRAF

(V600E) μετάλλαξη σε καρκίνους του παχέος εντέρου που είναι μικροδορυφορικού σταθερές (MSS) παρέχει μια φτωχή πρόγνωση των ασθενών, ενώ

BRAF

μεταλλαγμένο μικροδορυφόρων-ασταθής (MSI) του παχέος εντέρου έχουν εξαιρετική πρόγνωση.

BRAF

άγρια ​​καρκίνων του τύπου είναι συνήθως MSS και οθόνη χρωμοσωμική αστάθεια (CIN). CIN δεν έχει μελετηθεί εκτενώς σε ένα γονιδίωμα-ευρεία βάση σε σχέση με

BRAF

κατάστασης μεταλλάξεων σε καρκίνο του παχέος εντέρου.

BRAF

μεταλλαγμένο /MSS (

BRAF

mut /MSS) καρκίνων (n = 33) και

BRAF

μεταλλαγμένο /MSI (

BRAF

mut /MSI ) καρκίνων (n = 30) συγκρίθηκαν για την παρουσία του αριθμού αντιγράφων εκτροπών (προσαρμογείς CNA) ενδεικτική της CIN, με

BRAF

άγριου τύπου /MSS (

BRAF

κβ /MSS) καρκίνων (n = 18) χρησιμοποιώντας Illumina CytoSNP-12 συστοιχίες.

BRAF

mut /MSS και

BRAF

κβ /καρκίνων MSS έδειξε συγκρίσιμη αριθμούς των CNAs /καρκίνο σε 32,8 και 29,8 αντίστοιχα. Ωστόσο, υπήρχαν διαφορές στα πρότυπα του μήκους ΚΥΠΕ μεταξύ MSS ομάδες, με

BRAF

mut /MSS καρκίνους που έχουν σημαντικά μεγαλύτερες αναλογίες εστίασης CNAs σε σύγκριση με το

BRAF

κβ /καρκίνους MSS (p & lt? 0,0001 )? ενώ ολόκληρο το χρωμοσωμικό βραχίονα προσαρμογείς CNA ήταν πιο συχνές σε

καρκίνους BRAF

κβ /MSS (p & lt? 0,0001). Αυτό σχετίζεται με μειωμένο μέσο μήκος ΚΥΠΕ στο

BRAF

mut /MSS σε σύγκριση με το

BRAF

κβ /MSS καρκίνους (20,7 Mb vs 33.4 Mb? P & lt? 0.0001)? και ένα μικρότερο μέσο ποσοστό των CIN επηρεάζονται γονιδιωμάτων στο

BRAF

mut /MSS σε σύγκριση με το

καρκίνους BRAF

κβ /MSS (23,9% έναντι 34,9% αντίστοιχα).

BRAF

mut /καρκίνων MSI επιβεβαιώθηκαν να έχουν χαμηλά ποσοστά CNA (5.4 /καρκίνος) και ελάχιστη CIN που πλήττονται από γονιδιώματα (μέσος όρος 4,5%) σε σύγκριση με το MSS ομάδες (p & lt? 0,0001).

BRAF

mut /καρκίνων MSS είχε πιο συχνή διαγραφή προσαρμογείς CNA σε σύγκριση με το

BRAF

κβ /MSS καρκίνους για 6p και 17q σε τόπους που δεν συνήθως συσχετίζεται με καρκίνο του παχέος εντέρου, και μεγαλύτερη ενίσχυση προσαρμογείς CNA στην 8q και 18q σε σύγκριση με το

καρκίνους BRAF

κβ /MSS. Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι συγκρίσιμα ποσοστά CIN συμβαίνουν μεταξύ MSS υποομάδες, ωστόσο, σημαντικές διαφορές στα πρότυπα τους αστάθειας υπάρχουν, με το

BRAF

mut /MSS καρκίνους που δείχνει ένα «εστιακό πρότυπο» και

BRAF

κ.β. /καρκίνοι MSS έχει ένα «μοτίβο ολόκληρο το βραχίονα» της CIN. Αυτή και η γονιδιωματική τόπους που πλήττονται πιο συχνά σε

BRAF

mut /καρκίνων MSS παρέχει περαιτέρω αποδείξεις για τις βιολογικές διακρίσεις αυτού του σημαντικού υποομάδα του καρκίνου

Παράθεση:. Bond CE, Nancarrow DJ, Wockner LF, Wallace L, Μοντγκόμερι GW, Leggett ΒΑ, et al. (2014) Μικροδορυφορικοί Σταθερό παχέος εντέρου στρωματοποιημένη κατά τις

BRAF

V600E Μετάλλαξη Εμφάνιση Διακριτή Σχηματομορφές της χρωμοσωμικής αστάθειας. PLoS ONE 9 (3): e91739. doi: 10.1371 /journal.pone.0091739

Επιμέλεια: Daniela Aust, Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο του Carl Gustav Carus, Γερμανία

Ελήφθη: 30 Σεπτεμβρίου του 2013? Αποδεκτές: 13 του Φλεβάρη 2014? Δημοσιεύθηκε: 20 του Μάρτη του 2014

Copyright: © 2014 Bond et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η έρευνα υποστηρίχθηκε από ένα Εθνικό Σύστημα Υγείας και επιχορήγηση Ιατρικό Συμβούλιο Έρευνας (NHMRC # 1050455) και μια αυστραλιανή Βραβείο Μεταπτυχιακών Σπουδών. DN υποστηρίχθηκε από τον καρκίνο Αυστραλία επιχορήγηση # 552449. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

το

BRAF

μετάλλαξη V600E είναι παρούσα σε περίπου 10-15% των σποραδικών καρκίνου του παχέος εντέρου (CRC) [1] και είναι το σήμα κατατεθέν της οδοντωτή νεοπλασματικών οδό της CRC, όπου οι καρκίνοι αναπτύσσονται από οδοντωτή πρόδρομος πολύποδες [2], [3]. Το ΚΚΕ νησί Methylator φαινότυπο (CIMP) συνδέεται στενά με την παρουσία του

BRAF

μετάλλαξη [2], [4], [5]. Στις μισές περίπου από αυτές τις

BRAF

μεταλλαγμένων μορφών καρκίνου, CIMP που σχετίζονται με μεθυλίωση και αποσιώπηση του γονιδίου επιδιόρθωσης του DNA,

MLH1

, οδηγεί σε εκτεταμένες μεταλλάξεις πλαισίου γνωστή ως μικροδορυφορικού αστάθεια (MSI).

BRAF

μεταλλαγμένα /καρκίνων MSI έχουν χαρακτηριστεί καλά και δείχνουν τυπικά μοριακά και κλινικά χαρακτηριστικά, όπως ένα εξαιρετικό αποτέλεσμα ασθενή [4], [6], [7], [8], [9]. Το υπόλοιπο

BRAF

μεταλλαγμένο καρκίνοι δεν μεθυλίωση

MLH1

και μικροδορυφορικού σταθερές (MSS). Αυτές

BRAF

μεταλλαγμένο καρκίνους /MSS δεν έχουν καθώς και μελετηθεί, αλλά το σημαντικότερο προσδίδουν μια πολύ κακή πρόγνωση των ασθενών [9], [10], [11].

Η πλειοψηφία των σποραδικών CRC είναι

BRAF

άγριου τύπου και προκύπτουν από τα συμβατικά αδενώματα που ακολουθούν ένα καλά καθορισμένο μονοπάτι των μοριακών γεγονότων που οδηγούν σε καρκίνο [12]. Αυτά

BRAF

άγριου τύπου καρκίνοι είναι τυπικά MSS και δείχνουν συχνά χρωμοσωμική αστάθεια (CIN) [8], η παρουσία των οποίων έχει συσχετισθεί με κακή πρόγνωση σε αυτούς τους καρκίνους [13], [14], [15 ], [16]. Είναι ενδιαφέρον ότι η παρουσία του

BRAF

V600E μετάλλαξη σε καρκίνους MSS προσδίδει ένα ακόμα χειρότερη πρόγνωση [9], [17], ωστόσο CIN δεν έχει μελετηθεί εκτενώς σε γονιδίωμα κλίμακα σε αυτή την υποομάδα του καρκίνου.

CIN αναφέρεται στο ρυθμό απόκτησης αριθμού αντιγράφων εκτροπών (προσαρμογείς CNA), όπου τα τμήματα του DNA που επηρεάζονται είτε με τη διαγραφή ή την ενίσχυση γεγονότα [18]. CIN μπορεί να επηρεάσει ολόκληρα χρωμοσώματα σε μεγάλο βαθμό μέσα από δυσλειτουργική χρωμοσώματος διαχωρισμού κατά τη διάρκεια της μίτωσης [18], [19], και ανευπλοειδία είναι η σταθερή κατάσταση ανώμαλο αριθμό χρωμοσωμάτων [18]. Εναλλακτικά CIN μπορεί να αναφέρεται στην παρουσία γενικευμένη και διαρθρωτική υπο-χρωμοσωματικών αναδιατάξεων που προκύπτουν από λανθασμένη επισκευή των βλαβών του DNA [20]. Αυτές οι διαρθρωτικές ανακατατάξεις μπορούν να προκύψουν αν επαναλαμβανόμενη γύρους των κύκλων θραύσης και επισκευής σύντηξης που οδηγούν σε πολύπλοκα διαγραφές, ενισχύσεις και οι μετατοπίσεις [21].

Λίγες μελέτες έχουν ερευνηθεί εκτενώς CIN στο πλαίσιο του

BRAF

μεταλλάξεων και MSI κατάσταση. Έχουμε βρει προηγουμένως συγκριτικά υψηλές συχνότητες της ΑΕ γεγονότα μεταξύ

BRAF

μεταλλαγμένα /καρκίνους MSS και

BRAF

άγρια ​​καρκίνους τύπου σε διάφορες βασικές γονιδιωματική τόπους (18q, 17ρ, 5q και 8ρ), που είναι είναι γνωστό ότι φιλοξενούν σημαντικές ογκοκατασταλτικά γονίδια [22].

Εφαρμογή του γονιδιώματος σε επίπεδο πολυμορφισμού ενός νουκλεοτιδίου (SNP) συστοιχίες για τη μελέτη της παρουσίας των CIN επέτρεψε την ταυτοποίηση των διαφόρων τύπων των CNAs συμπεριλαμβανομένων των πολύπλοκων εκτροπές και να αντιγράψετε ουδέτερο απώλειας της ετεροζυγωτίας (cnLOH) γεγονότα. Αρκετά κοινά περιφέρειες που καλύπτονται από τους προσαρμογείς CNA στην CRC συμπεριλαμβανομένων των διαγραφών στα χρωμοσώματα 17ρ, 18q, 5q, 8ρ, 4Q και 1π, και ενισχύσεις στα χρωμοσώματα 13q, 20q, 7ρ, 7q και 8q, έχουν επιβεβαιωθεί μέσω μελετών σειρά SNP [23], [ ,,,0],24].

MSI και CIN έχουν προηγουμένως θεωρηθεί ως δύο ξεχωριστές πορείες της γονιδιωματικής αστάθειας λόγω ευρήματα των καρκίνων MSI είναι σε μεγάλο βαθμό διπλοειδή [13], [25], [26]. Ωστόσο, αρκετές μελέτες που χρησιμοποιούν κυτταρογενετική ανάλυση έχουν βρει κυτταρικές σειρές MSI και καρκίνους για να έχουν μια σημαντική παρουσία των χρωμοσωμικών ανωμαλιών, κυρίως cnLOH γεγονότα [27], [28], [29], [30]. Παρομοίως, μελέτες έχουν αναφέρει την παρουσία CIN και CIMP να συσχετίζεται αντίστροφα [31], [32], και η συχνότητα εμφάνισης της συχνής μεθυλίωσης να σχετίζεται με μειωμένους συντελεστές και τα μήκη των CNAs [33], [34], [35] . Ωστόσο, η πλειοψηφία αυτών των μελετών δεν διαστρωμάτωση για την παρουσία του ένα

BRAF

μετάλλαξη [31], [33], [35].

Εμείς και άλλοι έχουν υπογραμμίσει τη σημασία της

BRAF

mut /MSS τύπου καρκίνου με συσχετίσεις τους με κακή έκβαση του ασθενούς και η παρουσία διακριτών μοριακών και κλινικών χαρακτηριστικών [9], [10], [17], [22], [36]. Η μελέτη αυτή επεκτείνεται στον χαρακτηρισμό αυτών των καρκίνων διερευνώντας το βαθμό της CIN σε ένα γονιδίωμα-ευρεία βάση, η οποία μπορεί να βοηθήσει να καθορίσει την περαιτέρω μοριακές ανωμαλίες που θα μπορούσαν να συμβάλλουν στην επιθετικότητα αυτού του τύπου καρκίνου.

Υλικά και Μέθοδοι

Καρκίνος δείγματα

Μια πρώτη ομάδα του 1052 σποραδικών καρκίνων του παχέος εντέρου και να συνδυαστούν φυσιολογικά ελήφθησαν από ασθενείς μετά από χειρουργική επέμβαση στο Royal Brisbane και το Νοσοκομείο Γυναικών, Κουίνσλαντ, Αυστραλία. Γράφει, ενημερωμένη συγκατάθεση συλλέχθηκαν από όλους τους ασθενείς, και η μελέτη εγκρίθηκε σύμφωνα με την RBWH και Bancroft Επιτροπή Ανθρωπίνων Έρευνας Ηθικής. Κλινικά δεδομένα συμπεριλαμβανομένου του φύλου του ασθενούς, την ηλικία, το στάδιο κατά τη διάγνωση (American μεικτής επιτροπής για τον Καρκίνο, AJCC), και ανατομική θέση του καρκίνου (με την κεντρική τοποθεσία θεωρείται ότι είναι κοντά στον σπληνική καμπή) συλλέχθηκε όπου αυτά είναι διαθέσιμα.

BRAF, p53 και KRAS μετάλλαξη, MSI και CIMP Έρευνες

: Όλα τα δείγματα καρκίνου είχαν προηγουμένως ερευνηθεί για την κατάσταση της MSI, χρησιμοποιώντας τον πίνακα 5 δείκτη του Εθνικού Ινστιτούτου καρκίνου (μονονουκλεοτιδίου: BAT25, BAT26? δινουκλεοτίδιο: D5S346, D2S123 , D17S250) και ταξινομούνται MSI εάν τουλάχιστον δύο δείκτες, συμπεριλαμβανομένου τουλάχιστον ενός δείκτη μονονουκλεοτίδιο, ήταν θετικές. Η παρουσία του

BRAF

μετάλλαξη V600E,

p53

μετάλλαξη (σε όλη εξώνια 4-8),

KRAS

μετάλλαξη (στα κωδικόνια 12 και 13), και το ΚΚΕ νησί Methylator φαινότυπο (χρησιμοποιώντας ένα πίνακα 5 δείκτη που αποτελείται από

CACNA1G

,

IGF2

,

NEUROG1

,

RUNX3

,

SOCS1

[ ,,,0],5]) είχε προηγουμένως προσδιορισθεί [22], [36], [37]. Οι καρκίνοι στη συνέχεια χωρίζονται σε τρεις ομάδες ανάλογα με το MSI τους και

BRAF

κατάστασης μεταλλάξεων: όπως

BRAF

μεταλλαγμένο /MSS (n = 60),

BRAF

μεταλλαγμένο /MSI (n = 68) ή

BRAF

άγριου τύπου /MSS (n = 924).

πολυμορφισμού ενός νουκλεοτιδίου Πίνακες

Από αυτές τις ομάδες, 33

BRAF

μεταλλαγμένο /MSS, 30

BRAF

μεταλλαγμένα /MSI και 18

BRAF

άγριου τύπου /καρκίνους MSS και να συνδυαστούν φυσιολογικά δείγματα επιλέχθηκαν για την ποσοτικοποίηση χρησιμοποιώντας PicoGreen βαφής, και η ανάλυση για τον αριθμό αντιγράφων του γονιδιώματος σε επίπεδο εκτροπές (προσαρμογείς CNA) με HumanCytoSNP-12v2.1 πολυμορφισμού ενός νουκλεοτιδίου (SNP) συστοιχίες (Illumina? San Diego, Ca.) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Οι beadchips σαρώθηκαν με τη χρήση του συστήματος iScan Illumina και τα δεδομένα εικόνας αναλύθηκε με Illumina του GenomeStudio έκδοση 2011.1.0.24550. Τα ίχνη του καρκίνου αναφέρθηκαν σε συμφωνημένα κανονικό προφίλ τους και τα όρια όλων των σωματικών αριθμού αντιγράφων εκτροπές με το χέρι προσδιορίζεται και με βάση ανθρώπινο γονιδίωμα build NCBI36 /hg19. Για να ληφθεί υπόψη για τη μόλυνση των στρωματικών συνήθως υπάρχουν στα δείγματα του καρκίνου, η προσομοιωμένη DNA Αριθμός Copy (SiDCoN) [38] και ένα αυτοματοποιημένο εργαλείο SiDCoN2 που είναι εφαρμογές R σενάριο βασίζεται, χρησιμοποιήθηκαν για να εκχωρήσετε σε κάθε ΚΥΠΕ αναλογία log R και η βαθμολογία Β συχνότητα αλληλόμορφου να προσδιοριστεί ο γονότυπος κάθε CNA. Η εφαρμογή SiDCoN ήταν σε θέση να προσδιορίσει την έκταση των κυττάρων που έδειξε παρεκκλίνουσα αλλαγή αριθμού αντιγράφων για κάθε CNA, συμπεριλαμβανομένων ετερογενή γονότυπους. Κάθε άτομο CNA που σκόραρε λιγότερο από το 20% της ανώμαλης κυτταρικής συμμετοχή αποκλείστηκε από την ανάλυση προκειμένου να διασφαλιστεί αξιόπιστα δεδομένα ΚΥΠΕ [38], [39]. Η προσαρμογείς CNA στη συνέχεια μετατράπηκαν από το Excel στο κομμάτια προσαρμοσμένα στοιχεία και οπτικοποιούνται στο Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνιας στη Σάντα Κρουζ Γονιδίωμα Browser (https://genome.ucsc.edu/) [40].

ορολογία Κυτταρογενετικής εφαρμόστηκε με «κέρδη» και «απώλειες» αναφέρεται σε ολόκληρη γεγονότα βραχίονα του χρωμοσώματος όπου ένα μεγάλο γονιδιωματική περιοχή επλήγη και συνήθως αποτελούνταν από μικρό αριθμό αντιγράφων. «Ενισχύσεις» και «διαγραφές» αναφέρεται CNAs καλύπτουν υπο-χρωμοσωμικές ή εστιακή περιφέρειες και αυτές ενδεχομένως να εμπλέκονται σε μεγαλύτερο αριθμό αντιγράφων [41]. Συγκεκριμένοι τύποι διαγραφή και την ενίσχυση CNAs αναλύθηκαν με τη διαγραφή εκδηλώσεις που περιλαμβάνουν την απώλεια της ετεροζυγωτίας (ΑΕ), αντιγράψτε ουδέτερη απώλεια της ετεροζυγωτίας (cnLOH) και homozogous διαγραφή (HD) γεγονότα, ενώ η ενίσχυση προσαρμογείς CNA περιλαμβάνονται 3η και ≥4n (συγκρότημα) εκδηλώσεις ενίσχυσης .

για να προσδιορίσει την έκταση της CNA κάλυψη ανά χρωμόσωμα, το μήκος του κάθε CNA υπολογίστηκε ως κλάσμα της κάλυψης της σε όλο το μήκος του συγκεκριμένου βραχίονα του χρωμοσώματος, ώστε να καταστεί δυνατή η σύγκριση των CNAs συμβαίνουν σε όλους τα χέρια χρωμόσωμα με διαφορετικά μήκη [41]. Συνεχής προσαρμογείς CNA καλύπτουν ≥95% των χρωμοσωμικών βραχίονα ονομάστηκαν προσαρμογείς CNA ‘ολόκληρο το βραχίονα του χρωμοσώματος »? περιφερειακών προσαρμογείς CNA καλύπτονται μεταξύ 50-94% ενός βραχίονα χρωμοσώματος? και εστιακή γεγονότα θεωρήθηκαν ως & lt? 50% του μήκους ενός βραχίονα χρωμοσώματος σύμφωνα με προηγουμένως δημοσιευμένα δεδομένα [24], [41], [42], [43]. Σε αυτή τη μελέτη, ολόκληρο το χρωμόσωμα CNAs (συνεχείς εκτροπές που εκτείνεται πάνω από δύο σκέλη του χρωμοσώματος) συμπεριλήφθηκαν στην ανάλυση του ολόκληρο το βραχίονα του χρωμοσώματος προσαρμογείς CNA και σε Beroukhim

et al

[41] και ο χαρακτηρισμός του Καρκίνου Γονιδιώματος Atlas Δικτύου της CRC [ ,,,0],24]. Ελάχιστες κοινές περιοχές (MCRs) επίσης εντοπίζονται και αναφέρονται στο μικρότερο γονιδιωματικής τόπους που περιείχε τη διαγραφή ή τον αριθμό αντιγράφων ενίσχυση αλλάζει στις υψηλότερες συχνότητες σε όλη καρκίνων σε κάθε ομάδα.

Cancer Cell Πυκνότητα σε δείγματα

: SiDCoN βοήθησε στην εκτίμηση της πυκνότητας των καρκινικών κυττάρων του κάθε δείγματος [39], και εκείνα τα δείγματα που περιείχαν & gt? το 40% των καρκινικών κυττάρων ήταν περιλαμβάνεται αυτόματα για ανάλυση (Σχήμα S1 σε S1 File). Όπως περιγράφεται από Dulak et al [43], οι υπόλοιποι καρκίνοι (

BRAF

μεταλλαγμένα /MSS 11/33 = 33%?

BRAF

μεταλλαγμένα /MSI 12/30 = 40%?

BRAF

άγριου τύπου /MSS 2/18 = 11%) αναλύθηκαν για την παρουσία των συνυπάρχουν μοριακές αλλαγές που σχετίζονται με ογκογένεση, προκειμένου να επιβεβαιώσει υπήρχε επαρκής αναλογία καρκινικών κυττάρων σε σύγκριση με το κανονικό περιεχόμενο των κυττάρων για να δικαιολογήσει μοριακές αναλύσεις . Η ανάλυση αυτή προϋποθέτει την παρουσία του μετουσιωμένο δείκτες, στοιχεία για MSI και ΑΕ, και οι μεταλλάξεις των γονιδίων που σχετίζονται με τον καρκίνο [22], [36] (Πίνακας S1 στο αρχείο S1). Δεδομένα και στατιστικές διαφορές με αυτά τα δείγματα καρκίνου είτε εξαιρούνται είτε δεν είχαν σχέση με την επαλήθευση ένταξή τους σε αυτή τη μελέτη (Πίνακας S2 στο αρχείο S1).

Στατιστική Ανάλυση

Οι σημαντικές διαφορές μεταξύ των κατηγορικά δεδομένα αναλύθηκαν με τεστ chi-τετράγωνο του Pearson, ή το ακριβές τεστ του Fisher, όπου ενδείκνυται. Αναλογίες δοκιμάστηκαν χρησιμοποιώντας ένα τεστ αναλογία, και, ενδεχομένως, αυτές οι p-τιμές διορθώθηκαν για πολλαπλές συγκρίσεις χρησιμοποιώντας τη μέθοδο Benjamini-Hochberg. Για τις συνεχείς μεταβλητές, ANOVA χρησιμοποιήθηκε για να ελεγχθεί η σημαντική διαφορά μεταξύ των ομάδων, και post-hoc ανάλυση (χρησιμοποιώντας HSD του Tukey) διεξήχθη για να διερευνήσει περαιτέρω διαφορές. Για τις δοκιμές στο πλαίσιο ομάδες, είτε paired t-test ή σημάδι κατάταξη Wilcox και τεστ Friedman των σχετικών δειγμάτων έγινε. Τιμές ρ ≤0.05 θεωρήθηκαν σημαντικές.

Αποτελέσματα

Κλινικής και Μοριακής Χαρακτηριστικά της μελέτης Κοόρτεις

33

BRAF

μεταλλαγμένο /MSS (

BRAF

mut /MSS), 18

BRAF

άγριου τύπου /MSS (

BRAF

κβ /MSS), και 30

BRAF

μεταλλαγμένο /MSI (

BRAF

mut /MSI καρκίνοι) αναλύθηκαν. Η πλειοψηφία των

BRAF

μεταλλαγμένο καρκίνους που προέρχονται από το εγγύς κόλον, ενώ τα περισσότερα

καρκίνους BRAF

κβ /MSS βρέθηκαν περιφερικά (p & lt? 0,0001) (Πίνακας 1). Η

BRAF

mut /MSS καρκίνων που παρουσιάζονται κυρίως σε προχωρημένα στάδια (AJCC III και IV), σε σύγκριση με το

BRAF

κβ /MSS και

BRAF

mut /καρκίνους MSI (p = 0.03) (Πίνακας 1).

BRAF

mut /καρκίνους MSI παρέχει μια νεότερη ηλικία εμφάνισης σε σύγκριση με καρκίνους MSS (p = 0.01. Μοριακά, η CpG νησί φαινότυπο (CIMP) ήταν κυρίαρχη στο

BRAF

μεταλλαγμένο ομάδες, ιδιαίτερα οι

BRAF

mut /καρκίνων MSI? εκτιμώντας ότι κανένας

BRAF

κβ /καρκίνων MSS είχαν CIMP υψηλή (p & lt? 0,0001). (Πίνακας 1)

KRAS

μεταλλάξεις ήταν παρούσες στην 28%

BRAF

κβ /MSS καρκίνων και η αμοιβαία αποκλειστικότητα του

KRAS

με

BRAF

μεταλλάξεων επιβεβαιώθηκε.

η

Τιμές Αριθμός Αντιγραφή εκτροπές στη Μοριακή υποομάδες

Ατομικό αριθμό αντιγράφων εκτροπές (προσαρμογείς CNA) που είχαν ≥20% κυτταρική συμμετοχή, όπως καθορίζεται από SiDCoN [38], [39] συμπεριλήφθηκαν στην ανάλυση που ακολουθεί. οι καρκίνοι που είχαν λιγότερο από το 40% του όγκου περιεχόμενο, όπως εκτιμάται από SiDCoN [39] είχε ουσιαστικές αποδείξεις μοριακές αλλαγές που σχετίζονται με τον καρκίνο (Πίνακας S1 στο αρχείο S1) [43], γεγονός που υποδηλώνει επαρκή κυτταροβρίθεια του όγκου για τον εντοπισμό και CNAs. Στατιστικές διαφορές στο ποσοστό και το είδος των CNAs συμβαίνουν μεταξύ ομάδων εξακολουθούν να ισχύουν όταν οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τον αποκλεισμό τους (Πίνακας S2). Ως εκ τούτου, οι πλήρεις ομάδες θεωρήθηκαν για την παρούσα έρευνα.

Οι ομάδες MSS είχαν συγκρίσιμες μέσες τιμές των CNAs ανά τον καρκίνο, με ποσοστό 32,8 τοις

BRAF

mut /MSS καρκίνο και 29,8 τοις

BRAF καρκίνο

κβ /MSS. Η

BRAF

mut /MSI ομάδα είχαν σημαντικά χαμηλότερο ποσοστό του 5,4 CNAs ανά τον καρκίνο (p & lt? 0,0001). (Πίνακας 2)

Η

Η μέση διάρκεια ενός ενιαίου ΚΥΠΕ στο

BRAF

κβ /MSS ομάδα (33,4 Mb) ήταν σημαντικά μεγαλύτερο από το μέσο μήκος ΚΥΠΕ στο

BRAF

mut /MSS ομάδα (20,7 Mb) (p & lt? 0,0001), και το

BRAF

mut /MSI ομάδα (23,6 Mb) (p & lt? 0,0001) (Πίνακας 2). Το μήκος κάθε CNA θεωρήθηκε ως κλάσμα του μήκους της συγκεκριμένης βραχίονα χρωμόσωμα [41]. Αυτό έδειξε σημαντικές διαφορές στην μέση και διάμεση κλάσμα χρωμόσωμα επηρεάζεται από προσαρμογείς CNA συμβαίνουν μεταξύ ομάδων, με το

BRAF

κβ /MSS έχει το υψηλότερο ποσοστό συμμετοχής βραχίονα του χρωμοσώματος σε σύγκριση με τις

BRAF

μεταλλαγμένο ομάδες (ρ & lt? 0,0001) (Πίνακας 2). Αυτή η διαφορά στο μέσο μήκος CNA αντιστοιχούσε σε μεγαλύτερο μέσο ποσοστό των γονιδιωμάτων που επηρεάζονται από τους προσαρμογείς CNA στο

BRAF

κβ /MSS ομάδα (34,9%? Εύρος μηδέν έως 80,5%), σε σύγκριση με το

BRAF

mut /MSS ομάδα (23,9%? εύρος μηδέν έως 68,6%). Σε σύγκριση με καρκίνους MSS,

BRAF

mut /καρκίνους MSI είχε ένα ελάχιστο ποσοστό συμμετοχής γονιδιώματος (4,5%? Εύρος μηδέν έως 25,8%) (p & lt? 0,0001) (Πίνακας 2). Λόγω αυτής της μικρής έκτασης των CNAs επηρεάζουν

BRAF

mut /καρκίνων MSI, τα ακόλουθα αποτελέσματα θα συγκρίνει κυρίως τις δύο ομάδες MSS.

Διαγραφή και την ενίσχυση CNAs θεωρήθηκαν ως ποσοστό του συνολικού αριθμού των CNAs που συμβαίνουν εντός της εν λόγω κλάσης, καθώς και ο αριθμός των γεγονότων που συμβαίνουν ανά τον καρκίνο μέσα σε κάθε ομάδα. Σε όλες τις ομάδες, διαγραφή CNAs ήταν πιο συχνές από ό, τι προσαρμογείς CNA ενίσχυση, με διαγραφή γεγονότα που αποτελούν περίπου το 73% όλων των CNAs ανά ομάδα (Πίνακας 2). Η

BRAF

κβ /MSS ομάδα είχε ένα σημαντικά μεγαλύτερο μέσο ποσοστό του γονιδιώματος που επηρεάζονται από τα γεγονότα ενίσχυση από

BRAF

mut /καρκίνους MSS (12,2% έναντι 5,2% αντίστοιχα? P = 0.01) ( Πίνακας 2).

Οι πιο συχνές εκδηλώσεις διαγραφή συμβαίνουν σε τουλάχιστον 50% των καρκίνων και στις δύο ομάδες MSS, εμπλέκονται χρωμοσώματα 1p, 4Q, 5q, 17ρ, 18q και 22q. Η

BRAF

mut /MSS ομάδα είχαν σημαντικά πιο κοινές εκδηλώσεις διαγραφή από το

BRAF

κβ /MSS ομάδα στα χρωμοσώματα 6P (p = 0.02), 6q (p & lt? 0,05) και 17q (p = 0,02) (Σχήμα 1). γεγονότα σημαντικά πιο συχνή ενίσχυση εμφανίστηκαν σε

BRAF

κβ /MSS σε σύγκριση με το

BRAF

mut /MSS καρκίνων σε 13q (p = 0,0009) και 7q (p = 0,006). Η

BRAF

mut /καρκίνων MSS είχαν σημαντικά πιο συχνές εκδηλώσεις ενίσχυσης σε 8q σε σύγκριση με το

BRAF

κβ /καρκίνους MSS (p = 0,02) (Σχήμα 1).

Οι αστερίσκοι διευκρινίσουν τα χέρια του χρωμοσώματος όπου σημαντικές διαφορές (p & lt? 0,05) σημειώθηκε στο ποσοστό των CNAs ανά καρκίνου μεταξύ MSS ομάδες (κόκκινο για το

BRAF

mut /MSS ομάδα και πράσινο για το

BRAF

κ.β. /MSS ομάδα για να δείξει το οποίο έχει ένα σημαντικά μεγαλύτερο ποσοστό των CNAs ανά τον καρκίνο).

Η

Ο μέσος αριθμός του συγκεκριμένου είδους, είτε την ενίσχυση ή τη διαγραφή τους προσαρμογείς CNA ανά τον καρκίνο κατέδειξε οι ομάδες MSS είχαν παρόμοια ποσοστά των τύπων γεγονότων (Πίνακας 2). Ωστόσο, η

καρκίνους BRAF

κβ /MSS είχαν σημαντικά μεγαλύτερα μήκη όλων των τύπων της διαγραφής και της ενίσχυσης εκδηλώσεις, εκτός από cnLOH CNAs (Σχήμα 2).

BRAF

mut /MSI είχαν σημαντικά χαμηλότερα ποσοστά και μικρότερα μήκη όλων των τύπων των γεγονότων σε σχέση με τις ομάδες MSS (Πίνακας 2, Σχήμα 2).

Δεν υπήρχαν σημαντικά μεγαλύτερα μήκη για όλες τις εκδηλώσεις ( εκτός cnLOH) στο

BRAF

κβ /MSS σε σύγκριση με το

BRAF

mut /MSS ομάδα.

BRAF

mut /καρκίνων MSI είχαν σημαντικά μικρότερα μήκη για όλους τους τύπους των εκδηλώσεων σε σχέση με καρκίνους MSS (p & lt? 0.0001).

Η

Συχνότητα Copy Number Παρεκκλίσεις σύμφωνα με το μήκος

Όλοι CNAs αξιολογήθηκαν για το κλάσμα της κάλυψης σύμφωνα με το συγκεκριμένο χρωμοσωμικό βραχίονα. Ανάλυση του μήκους όλων των CNAs έδειξε η συντριπτική πλειοψηφία ήταν είτε μικρότερη από 50% ή περισσότερο από το 95% του μήκους του βραχίονα χρωμοσώματος για κάθε μία από τις τρεις ομάδες (Σχήμα S2 σε File S1). Ως εκ τούτου, προκειμένου να συγκριθεί περαιτέρω συχνότητες των CNAs μεταξύ ομάδων, CNAs θεωρήθηκαν είτε ως ολόκληρο το χέρι (≥95% μήκους χρωμοσωμικό βραχίονα), ή εστιακή (όπως & lt? 50% το μήκος χρωμοσωμικές βραχίονα [24], [41], [42 ], [43]). Οι υπόλοιπες προσαρμογείς CNA (50-94% το μήκος του βραχίονα του χρωμοσώματος) θεωρήθηκαν ως περιφερειακές εκδηλώσεις. Μεταβάλλοντας το κατώφλι του εστιακού μήκους από & lt? 35% σε & lt? 65% το μήκος του βραχίονα του χρωμοσώματος, ακόμα οδήγησε στην πλειοψηφία των CNAs διατηρούνται είτε στην εστιακή ή υποσύνολα σε όλο το μήκος, και δεν μετέβαλε την στατιστική σημαντικότητα των σημαντικών ευρημάτων ( πίνακες S3A και S3b στο S1 αρχείου).

Σύνολο των χρωμοσωμάτων Arm Αριθμός Αντιγραφή εκτροπές.

Το

BRAF

κβ /MSS ομάδα είχαν σημαντικά υψηλότερη τάση για ολόκληρο το χέρι χρωμόσωμα ΚΥΠΕ εκδηλώσεις στο 32% σε σύγκριση με το

BRAF

mut /MSS ομάδα στο 17% (p & lt? 0,0001) (Πίνακας 2). Αυτό αντιστοιχούσε σε ένα σημαντικά υψηλότερο μέσο ρυθμό ολόκληρη CNAs βραχίονα του χρωμοσώματος ανά τον καρκίνο στο

BRAF

κβ /MSS σε σύγκριση με το

BRAF

mut /καρκίνους MSS (p = 0,04)? και ένα μεγαλύτερο μέσο ποσοστό των γονιδιώματος που επηρεάζονται από ολόκληρο γεγονότα χέρι σε BRAFwt /MSS σε σύγκριση με καρκίνους BRAFmut /MSS (22% έναντι 12%, ρ = 0,02) (Πίνακας 2). Η

BRAF

mut /MSI ομάδα είχε το χαμηλότερο ολόκληρο το χέρι ΚΥΠΕ ρυθμό μόλις 1,4 ανά τον καρκίνο (p & lt? 0.0001)? και μόλις το 3% του γονιδιώματός τους, επηρεάζονται από ολόκληρη προσαρμογείς CNA βραχίονα (p & lt? 0,0001) (Πίνακας 2). Μέσα σε δύο ομάδες MSS, ο μέσος αριθμός των ολόκληρων απώλειες βραχίονα ήταν σημαντικά μεγαλύτερη από τον μέσο αριθμό των ολόκληρων κέρδη βραχίονα (

BRAF

mut /MSS p & lt? 0,0001,

BRAF

κβ /MSS p = 0.001).

BRAF

κβ /καρκίνων MSS είχαν σημαντικά περισσότερες σύνολό εκδηλώσεις κέρδος βραχίονα από καρκίνους BRAFmut /MSS (p = 0,01) (Πίνακας 2).

Περιφερειακή Αριθμός Αντιγραφή εκτροπές.

ποσοστά των περιφερειακών CNAs ήταν παρόμοια μεταξύ των ομάδων πληθυσμού και ενώ αυτά συνέβησαν σε ένα χαμηλότερο ρυθμό σε σύγκριση με ολόκληρο το χέρι και το εστιακό εκδηλώσεις, την ένταξή τους επιτρέπεται για μια ολοκληρωμένη περιγραφή των CIN σε όλες τις τρεις ομάδες (Πίνακας 2). Και οι δύο ομάδες MSS είχαν σημαντικά περισσότερες περιφερειακές διαγραφή από γεγονότα ενίσχυσης ανά δείγμα (Πίνακας 2).

Focal Αριθμός Αντιγραφή εκτροπές.

Το

BRAF

mut /MSS ομάδα είχε το υψηλότερο αναλογία των εστιακών CNAs στο 70,7% του συνόλου των CNAs, ενώ η

BRAF

κβ /MSS είχαν σημαντικά μικρότερη σε 54,9% (p & lt? 0,0001). Αυτό εξισώνεται σε ποσοστό 23,2 εστιακό CNAs ανά

BRAF

mut /καρκίνο MSS, και 16,3 ανά

BRAF

κβ /καρκίνο MSS? η

BRAF

mut /καρκίνων MSI είχε σημαντικά λιγότερες εστιακό προσαρμογείς CNA σε 3,4 ανά τον καρκίνο (p & lt? 0,0001) (Πίνακας 2). Υπήρχαν διαφέρουν σημαντικά μέσο μήκος των εστιακών εκτροπών ανά ομάδα με 6,3 Mb για

BRAF

mut /MSS, 10.9 Mb για

BRAF

κβ /MSS και 2,3 Mb για

BRAF

mut /καρκίνους MSI (p & lt? 0.0001).

Σε όλες τις ομάδες εστίασης διαγραφή προσαρμογείς CNA, κυρίως μέσα από τις εκδηλώσεις ΑΕ, ήταν σημαντικά μεγαλύτερη από ό, τι εστιακό ενίσχυση προσαρμογείς CNA (

BRAF

mut /MSS p = 0,004,

BRAF

κβ /MSS p = 0,03) (Πίνακας 2), (

BRAF

mut /MSI p = 0,0001). Σε σύγκριση με το

BRAF

κβ /καρκίνων MSS,

BRAF

mut /καρκίνων MSS παρουσίασαν σημαντικά πιο συχνές εστιακό διαγραφές στο 18q (11/33, 33% Vs 1/18, 6%? P = 0,04) κυρίως περιλαμβάνει 18q21.2 που περιλαμβάνει το

SMAD2

γονιδιακό τόπο. Εστιακό ενισχύσεις στο

BRAF

mut /καρκίνων MSS ήταν επίσης πιο συχνές σε σύγκριση με το

BRAF

κβ /MSS καρκίνων σε 8q (11/33, 33% Vs 1/18, 6%? P = 0.04) κατά κύριο λόγο σε 8q24.21 καλύπτει το

Myc

τόπο, και 18q (7/33, 21% Vs 0/18? p = 0.04) που επηρεάζουν 18q11.2 (που περιέχει

GATA6

και

CTAGE).

Η

ελάχιστο κοινό Περιφερειών (MCRs).

ελάχιστες κοινές περιοχές θεωρήθηκαν περιλαμβάνουν όλα τα μήκη των CNAs. Και οι δύο ομάδες MSS έδειξε ένα υψηλό ποσοστό των καρκίνων (≥40%) με στοχευμένες εκδηλώσεις διαγραφή σε διάφορους τόπους στο παρελθόν που σχετίζονται με CRC, όπως 18q21.1-18q21.2 (που περιλαμβάνει

SMAD2, Smad4

,

DCC

) και 17ρ13.1 (

p53

) (Πίνακας S4A στο αρχείο S1). Τόπους όχι ως συνήθως συνδέεται με CRC βρέθηκαν επίσης να διαγραφούν σε ένα παρόμοιο ποσοστό των καρκίνων MSS, και περιλαμβάνονται 22q12.1, 22q11.1, 22q13.2, 17p12, 17ρ11.2, καθένα από τα οποία περιέχει πολλά γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο ( Πίνακας S4A σε S1 αρχείου).

Ανάλυση MCRs επηρεάζουν ≥20% των καρκίνων σε τουλάχιστον μία από τις δύο ομάδες MSS αποκάλυψε αρκετούς τόπους όπου τα ποσοστά των CNAs διέφερε σημαντικά μεταξύ ομάδων. Αν και μετά την προσαρμογή για πολλαπλές συγκρίσεις σημασία δεν επιτεύχθηκε, η

BRAF

mut /καρκίνους MSS είχε μια υψηλή συχνότητα της διαγραφής CNAs σε σύγκριση με το

BRAF

κβ /MSS καρκίνων σε διάφορες θέσεις στο 17q και 6P συμπεριλαμβανομένων 17q22 (που περιέχει σχετικά με τον καρκίνο γονίδια

RNF43

και

VEZF1

), 17q24.3 (

SOX9

) και 6p25.1 (

CDYL

) (Πίνακας 3). Ενίσχυση MCRs ήταν πιο συχνές σε

BRAF

mut /MSS από καρκίνους BRAFwt /MSS σε 8q24.21 (

Myc

), και 18q11.2 (

GATA6, CTAGE

) (Πίνακας 3).

Η

Το

BRAF

mut /καρκίνων MSI είχαν σημαντικά λιγότερες MCRs από τις ομάδες MSS, ωστόσο, είχε συγκριτικά υψηλό ποσοστό των καρκίνων (≥20%) με εστιακή διαγραφές σε 3p14.2 (

FHIT

), 16p13.3 (

RBFOX1

) και 20p12.1 (

MACROD2)

(Πίνακας S4C στο Αρχείο 1).

διαφορετικά μοτίβα των CIN υπάρχουν μεταξύ του

BRAF

mut /MSS και

BRAF

κβ /καρκίνοι MSS

Παρά το γεγονός ότι οι ομάδες MSS είχαν παρόμοια μέση αριθμούς προσαρμογείς CNA ανά καρκίνου (Σχήμα 3Α, Πίνακας 2), η

καρκίνους BRAF

κβ /MSS είχε το μεγαλύτερο ποσοστό του γονιδιώματος που επηρεάζονται από προσαρμογείς CNA (Εικόνα 3Β). CIN σε ένα τυπικό

BRAF

κβ /καρκίνο MSS κατά κύριο λόγο συνέβη με ολόκληρη γεγονότα βραχίονα του χρωμοσώματος, ενώ CIN στο

BRAF

mut καρκίνους /MSS συσχετίζεται σε μεγάλο βαθμό με τις συχνές εστιακό προσαρμογείς CNA που οδήγησε σε μικρότερο ποσοστό γονιδιώματος που επηρεάζονται (Εικόνες 3Α και 3Β).

Α) Μέσος αριθμός CNAs οριοθετείται από το μήκος ανά τον καρκίνο σε κάθε ομάδα MSS. MSS ομάδες είχαν παρόμοιο αριθμό των συνολικών CNAs που συμβαίνουν ανά τον καρκίνο, ωστόσο, το

BRAF

mut /καρκίνους MSS έδειξαν μεγαλύτερο αριθμό εστιακών CNAs, με το

καρκίνους BRAF

κβ /MSS που έχουν μεγαλύτερη ακέραιο αριθμό γεγονότων βραχίονα.

BRAF

mut /καρκίνων MSI είχε σημαντικά λιγότερες προσαρμογείς CNA όλων των τύπων. Β) Μέσο ποσοστό του γονιδιώματος που επηρεάζονται από προσαρμογείς CNA οριοθετείται από το μήκος σε κάθε ομάδα MSS.

καρκίνους BRAF

κβ /MSS είχε το μεγαλύτερο ποσοστό του γονιδιώματος που επηρεάζονται από ΚΥΠΕ γεγονότα, η οποία οφείλεται στην αύξηση του αριθμού των ολόκληρων γεγονότα βραχίονα στην ομάδα αυτή.

BRAF

mut /καρκίνους MSS έδειξε ένα χαμηλότερο ποσοστό του γονιδιώματος που επηρεάζονται από τους προσαρμογείς CNA, η οποία είναι αντανακλαστικό της συγκριτικά χαμηλότερο ποσοστό ολόκληρο το χέρι και υψηλότερο ποσοστό των εστιακών γεγονότα που συνέβησαν σε σύγκριση με το

BRAF

κβ /καρκίνων MSS.

η

το σχήμα 4 δείχνει την ευρεία διανομή του γονιδιώματος των CNAs στις τρεις ομάδες ανάλογα με το είδος και τη διάρκεια της εκδήλωσης που έλαβε χώρα σε ένα συγκεκριμένο βραχίονα του χρωμοσώματος. Παρά το γεγονός ότι οι ομάδες MSS κάνουν δείξει δείγμα ετερογένεια, η κυρίως εστιακό πρότυπο του CIN είναι εμφανής σε

BRAF

mut /καρκίνους MSS, και αυτό έρχεται σε αντίθεση με το σύνολο μοτίβο βραχίονα του χρωμοσώματος φαίνεται στο

BRAF

κβ /MSS καρκίνους.

Δείγμα ετερογένεια συνέβη μέσα ομάδες, ωστόσο ένα κεντρικό μοτίβο είναι εμφανές στο

BRAF

mut /MSS και ένα ολόκληρο σχέδιο βραχίονας είναι παρούσα στο

BRAF

κβ /MSS ομάδα.

η

Συζήτηση

Αυτή η μελέτη έχει δείξει ότι

BRAF

καρκίνους mut /MSS παχέος φιλοξενούν κυρίως εστιακή ή στοχευμένη προσαρμογείς CNA, ενώ η

BRAF

κβ /MSS καρκίνοι του παχέος εντέρου έχουν σημαντικά πιο συχνή ολόκληρο το βραχίονα του χρωμοσώματος CNAs. Αυτό οδηγεί σε ένα μεγαλύτερο μέσο ποσοστό γονιδιώματος που πλήττονται από CIN στο

BRAF

κβ /MSS σε σύγκριση με το

BRAF

mut /καρκίνων MSS.

καρκίνους BRAF

κβ /MSS δείχνουν μια παρόμοια υψηλό ποσοστό του γονιδιώματος που επηρεάζονται από ολόκληρο το χέρι προσαρμογείς CNA ως προηγούμενη έκθεση μιας μεγάλης σειράς διαφορετικών τύπων καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου του CRC [41]. Συγκριτικά, η

BRAF

mut /MSS ομάδα έχει ένα σημαντικά μικρότερο ποσοστό του CIN πληγείσα γονιδιωμάτων τους καλύπτονται από ολόκληρη γεγονότα βραχίονα. Συνολικά αυτές οι παρατηρήσεις προσδιορίσει ότι

BRAF

mut /καρκίνοι MSS αντιπροσωπεύουν μια πιο «εστιακό πρότυπο» της CIN, ενώ

BRAF

κβ /καρκίνους MSS εμφανιστεί ένα μοτίβο ‘ολόκληρο το βραχίονα του χρωμοσώματος »της CIN.

Σε όλες τις ομάδες, η συχνότητα της διαγραφής CNAs υπέρβαση εκδηλώσεις ενίσχυσης για όλους τους τύπους των CNAs. Η διαφορά αυτή μπορεί να αντικατοπτρίζει μια μεγαλύτερη επιλογή για τις διαγραφές που θα μπορούσε να του όγκου προώθηση και περιλαμβάνει πιο απλό μηχανισμούς της αγοράς, ενώ ενισχύσεις μπορεί να απαιτήσει περισσότερο πολύπλοκες αλληλεπιδράσεις με ομόλογα και μη ομόλογα χρωμοσώματα [44].

Σύνολο βραχίονα του χρωμοσώματος προσαρμογείς CNA ήταν σημαντικά πιο συχνή σε

BRAF

κβ /MSS σε σχέση με το

BRAF

mut /καρκίνων MSS. Ολόκληρο το βραχίονα χρωμόσωμα CNAs μπορεί να προωθήσει ογκογένεση μέσω της απολαβής των ογκογονιδίων και απώλεια καταστολείς όγκων σε μεγάλη κλίμακα [19]. Ωστόσο, ολόκληρο το βραχίονα χρωμόσωμα CIN συνδέεται επίσης με την καταστολή του καρκίνου όπου συμβαίνουν η αντίστροφη του καρκίνου αποτελέσματα προαγωγής, και υπάρχει μια πληθωρικό απώλεια ογκογόνους παράγοντες και κέρδος του όγκου κατασταλτικά αποτελέσματα [19]. Επιπροσθέτως, αυξημένο αριθμό αντιγράφων του χρωμοσώματος μπορεί να οδηγήσει σε υπερβολική παραγωγή πρωτεΐνης η οποία μπορεί να δώσει μεγαλύτερη μεταβολική καταπόνηση του καρκινικού κυττάρου και τελικά να μειώσει το ποσοστό τους της κυτταρικής ανάπτυξης και του πολλαπλασιασμού [19], [45], [46], [47]. Αν η τάση του ολόκληρο το χέρι CNAs μπορεί να συμβάλλουν στην λιγότερο δυσμενείς φύση της BRAFwt /MSS καρκίνους σε σύγκριση με καρκίνους BRAFmut /MSS μέσω των μηχανισμών που περιγράφονται παραπάνω, μπορούν να απαιτούν περαιτέρω διερεύνηση.

Η επιθετική

BRAF

καρκίνους mut /MSS είχαν σημαντικά υψηλότερο ποσοστό των εστιακών CNAs σε όλη γονιδιωμάτων τους. Υπήρξαν προηγούμενες εκθέσεις του νωρίς σε σύγκριση με τους καρκίνους προχωρημένο στάδιο υπόθαλψη περισσότερα ολόκληρο το βραχίονα σε σχέση με εστιακό CNAs [48], όπου καρκίνους του μαστού σταδίου Ι βρέθηκαν να έχουν πιο συχνές ολόκληρο το βραχίονα του χρωμοσώματος προσαρμογείς CNA σε σύγκριση με τη φάση ΙΙ /ΙΙΙ καρκίνους του μαστού που είχαν μικρότερα , πιο σύνθετες εκδηλώσεις [49]. Επιπλέον, μια επιζήμια κλινική έκβαση σε μελάνωμα έχει συσχετιστεί με μια μεγαλύτερη συχνότητα της εστιακής CNAS σε σύγκριση με ολόκληρο γεγονότα βραχίονα χρωμόσωμα [50]. Δυνητικά αυτά τα πολύπλοκα, υπο-χρωμοσωμική γεγονότα μπορεί να διευκολύνοντας την εξέλιξη του καρκίνου με στοχεύουν ειδικά βασικές κινητήριες δυνάμεις της ογκογένεσης.

Διαφορετικές μηχανισμών που σχετίζονται με την προέλευση είτε ολόκληρο το χρωμόσωμα ή εστιακή CNAs υπάρχουν. Έχει συχνά αναφερθεί ότι CIN αφορούν ολόκληρα χρωμοσώματα οφείλεται σε σφάλματα που σχετίζονται με το χρωμόσωμα διαχωρισμού κατά τη διάρκεια της μίτωσης [19], [51]. Εικόνα S2. Πίνακας S1. Πίνακας S2. Πίνακας S4.